4MEOA

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with a 2-methyl-quinoline ligand
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transcription/transcription inhibitor
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Discovery of Novel Small-Molecule Inhibitors of BRD4 Using Structure-Based Virtual Screening.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 44
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-08-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4meoA01
4PY6A 5H85A 4A9JA 5ENCA 4Z6HA 5H1TA 3AADA 4YABA 5HENA 5E74A 3TLPA 4UIWA 1X0JA 4KCXA 3RCWA 5D3RA 2NXBA 3DWYA 5FH7A 2KTBB 4NUDA 5L99A 5C87A 3DAIA 5HJCA 5I83A 4OUFA 4MEQA 4QZSA 4QUTA 4UYFB 5BT5A 4J0SA 4YBMA 5C4QA 3P1EA 2DVVA 5FBXA 3UW9A 4J1PA 5H1UA 4NR9A 5FE1A 4A9MA 4NR6A 4QR5A 4CFKA 5FDZA 3S92A 4QSRA 5CQ7A 4J3IA 1WUMA 4MEPA 5ETBA 5H1VA 5A85A 5CUBA 4QEWA 4TS8A 5FE0A 4O7AA 4QSXA 5FH6A 3HMHA 3O33A 4ZW1A 4O7CA 5I29A 5EPSA 5D3SA 4PTBA 3MB4A 4A9NA 5C85A 4QSTA 4YYKA 4LYIA 5ENHA 4YYJA 5FB1A 5F3AA 5I88A 4UIZA 2YEKA 2YELA 5CQ4A 5TCMA 5AMEA 2I7KA 4CLBA 4HXLA 3I3JA 3D7CA 4E96A 3UV5A 5FE5A 5JWMA 2RI7A 4YAXA 4BW2A 5D3LA 4Z6IA 4PCEA 5EWHA 3JVMA 5FG4A 5IBNA 5A81A 4XUAA 4TQNA 5LKXA 2L5EA 5ENFA 4LZSA 5LVRA 5D3HA 5F2PA 4BW4A 5FG5A 5A7CA 5DYXA 3MQMA 4J0RA 4YYGA 5D0CA 5I80A 4QUUA 5IGLA 4HBVA 5HCLA 4IOOA 4YBSA 4PKLA 4XY9A 4NUCA 5D25A 3NXBA 4YH3A 3JVLA 4IOQA 2OO1A 3QZTA 4TT6A 5EA1A 4CUPA 5HRWA 4BW3A 5EPBA 5IGMA 4QB3A 4UIUA 4OGJA 4Q0OA 4QNSA 3O36A 4XYAA 4LDFA 5C7NA 5IGNA 4O74A 5EWWA 4WHWA 5DBMA 2DKWA 3UV4A 4DONA 5CUCA 2F6NA 4N4HA 3O35A 5FB0A 2GRCA 4NR4A 1E6IA 2RNYA 5HQ5A 5CRMA 4KV4A 5FE2A 5AD3A 4NR8A 4CUTA 5F62A 4UITA 5EGUA 4HBWA 5D3NA 5CQTA 4HXMA 2F6JA 5FG6A 4TTEA 5FE4A 5L96A 1JSPB 4O70A 5CUDA 5DKCA 5DYAA 4CUUA 3JVJA 5EK9A 4NRCA 5HRXA 3U5OA 5AMFA 4UYGA 5E9VA 3JVKA 4HXOA 4IR5A 5KTUA 5C8GA 4CUQA 5E9IA 4NYVA 4ZC9A 5HFQA 4YATA 5LJ0A 4NXJA 4MR6A 4QSWA 5EWDA 5FH8A 3P1CA 3GG3A 4NRAA 3U5LA 4IR4A 4UIYA 4O78A 3HMFA 2R0SA 4AKNA 3ZYUA 4YK0A 5KTWA 5G4RA 5E3DA 4TU6A 4CURA 4YADA 4UYEA 4LRGA 4QSSA 5CFWA 5TB6A 4C66A 3S91A 5ETDA 5IIDA 4TZ2A 4HBYA 3IU6A 4NR5A 5LKZA 4MENA 5FFYA 5LJ2A 4NUEA 5LKTA 4XY8A 2YQDA 5HFRA 3QZSA 4UYDA 4TU4A 5LUUA 5CUAA 5CQ8A 5E9KA 5F25A 4YYHA 2G4AA 2WP2A 4Z1QA 5LJ1A 4YH4A 2N9GA 3AQAA 5EM3A 5D3PA 5E73A 5CY9A 5EU1A 2WP1A 5ACYA 5KU3A 4N4GA 4YYNA 2E7OA 5A5RA 4QBMA 4ZQLA 5FE6A 2FSAA 5C89A 4X2IA 3Q2EA 4A9EA 3U5PA 5DLZA 3O37A 3P1FA 5EISA 2L84A 4QEVA 4YY6A 5KHMA 3UVXA 4TT2A 2LSPB 3SVFA 3UVYA 4O7FA 4O72A 5A83A 4XUBA 5L8TA 5CQ6A 5L98A 4UIVA 4ALHA 4TYLA 5LVQA 4YBTA 5DFBA 5DKHA 4YYIA 3UVWA 4F3IA 4WIVA 5ENJA 4HXSA 4O71A 5CUEA 5HQ6A 4RVRA 5BT4A 5A5QA 5CU8A 4HXRA 2RNXA 5CP5A 4IR3A 4PCIA 5CS8A 5CQAA 5DW2A 5D24A 2OSSA 4Y03A 5CZGA 2YDWA 3HMEA 2DATA 4A9OA 5L8UA 5F5ZA 2L85A 5D7XA 5A5PA 5EWVA 5K29A 4QC1A 3LQJA 5ENGA 4LYWA 4WHUA 5I1QA 5KTXA 5HELA 2DWWA 3LQHA 2D82A 3MB3A 5DYUA 5E7DA 3UVDA 3P5OA 4HXPA 4QSVA 4BW1A 1F68A 4A9HA 1N72A 2E7NA 5DX4A 5E9MA 5KO4A 4NR7A 4LYSA 5F60A 4UIXA 2YW5A 5CTLA 3G0LA 3UV2A 2YYNA 3K2JA 1ZS5A 4QC3A 5FE3A 4IR6A 2R0VA 4UYFA 4QSUA 4QSQA 5IGKA 2OUOA 5G4SA 5EWCA 5J0DA 5HRVA 2DVQA 2RNWA 3SVHA 4YYDA 4ALGA 3MUKA 2MJVB 2RO1A 2R10A 5EI4A 5COIA 5FE9A 3FKMX 4A9LA 4MR4A 4QR4A 5IG6A 5CQ3A 4LZRA 5ENIA 4QEUA 4UYHA 5FE8A 4HBXA 4CUSA 4GPJA 4NYXA 3LQIA 4NS5A 3U5JA 4NRBA 5ENEA 5II1A 4PS5A 5HLSA 3MXFA 4LR6A 4Z93A 4LC2A 4O76A 4TT4A 4QSPA 5DLXA 4QY4A 5F63A 4MR5A 4QR3A 5A82A 3U5KA 5FFVA 5DFDA 5CGPA 4O75A 5L97A 4N3WA 2YEMA 4N4FA 5DKDA 5I89A 3SVGA 4N4IA 5DY7A 5CPEA 3U5NA 2RS9B 5DYCA 5HQ7A 4NQMA 3ONIA 5EQ1A 5EVAA 4A9FA 5AD2A 5EV9A 4BHWA 4CL9A 4HXKA 3O34A 5F1LA 4FLPA 5E9YA 3Q2FA 4NQNA 4A9IA 2E3KA 4YC9A 3IU5A 2H60A 5D3TA 5D3JA 4C67A 4A9KA 4O77A 5FE7A 4QYLA 5CQ5A 4YY4A 5JI8A 5EPRA 4QYDA 3P1DA 1WUGA 5EICA 4IORA 3LJWA 4O7EA 4LZ2A 3G0JA 4MEOA 5I7YA 5CUGA 2I8NA 4OGIA 5F61A 5E0RA 5D26A 5LKUA 2D9EA 5A5SA 2RFJA 4HXNA 4BJXA 5BT3A 4NYWA 5I7XA 4TZ8A 1JM4B 5A5NA 5DW1A 5ENBA 3QZVA 5HEMA 5II2A 5F1HA 4Q0NA 1EQFA 5DFCA 4MR3A 2R0YA 5E3GA 3LXJA 5FFWA 3U5MA 4KV1A 5HM0A 4O7BA 2DVRA 5CRZA 2DVSA 4CFLA 5F36A 5I86A 5E9LA 4Z1SA 4YYMA 5A5OA 5I40A 3MULA 5EP7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4PY6A 5H85A 4A9JA 5ENCA 4Z6HA 5H1TA 3AADA 4YABA 5HENA 5E74A 3TLPA 4UIWA 1X0JA 4KCXA 3RCWA 5D3RA 2NXBA 3DWYA 5FH7A 2KTBB 4NUDA 5L99A 5C87A 3DAIA 5HJCA 5I83A 4OUFA 4MEQA 4QZSA 4QUTA 4UYFB 5BT5A 4J0SA 4YBMA 5C4QA 3P1EA 2DVVA 5FBXA 3UW9A 4J1PA 5H1UA 4NR9A 5FE1A 4A9MA 4NR6A 4QR5A 4CFKA 5FDZA 3S92A 4QSRA 5CQ7A 4J3IA 1WUMA 4MEPA 5ETBA 5H1VA 5A85A 5CUBA 4QEWA 4TS8A 5FE0A 4O7AA 4QSXA 5FH6A 3HMHA 3O33A 4ZW1A 4O7CA 5I29A 5EPSA 5D3SA 4PTBA 3MB4A 4A9NA 5C85A 4QSTA 4YYKA 4LYIA 5ENHA 4YYJA 5FB1A 5F3AA 1PUOA 5I88A 4UIZA 2YEKA 2YELA 5CQ4A 5TCMA 5AMEA 2I7KA 4CLBA 4HXLA 3I3JA 3D7CA 4E96A 3UV5A 5FE5A 5JWMA 2RI7A 4YAXA 4BW2A 5D3LA 4Z6IA 4PCEA 5EWHA 3JVMA 5FG4A 5IBNA 5A81A 4XUAA 4TQNA 5LKXA 2L5EA 5ENFA 4LZSA 5LVRA 4AKIA 5D3HA 5F2PA 4BW4A 5FG5A 5A7CA 5DYXA 3MQMA 4J0RA 4YYGA 5D0CA 5I80A 4QUUA 5IGLA 4HBVA 5HCLA 4IOOA 4YBSA 4PKLA 4XY9A 4NUCA 5D25A 3NXBA 4YH3A 3JVLA 4IOQA 2OO1A 3QZTA 4TT6A 5EA1A 4CUPA 5HRWA 4BW3A 5EPBA 5IGMA 4QB3A 4UIUA 4OGJA 4Q0OA 4QNSA 3O36A 4XYAA 4LDFA 5C7NA 3D1BA 5IGNA 4O74A 5EWWA 4WHWA 5DBMA 2DKWA 3UV4A 4DONA 5CUCA 2F6NA 4N4HA 3O35A 5FB0A 2GRCA 4NR4A 1E6IA 2RNYA 5HQ5A 5CRMA 4KV4A 4AKHA 5FE2A 5AD3A 4NR8A 4CUTA 5F62A 4UITA 5EGUA 4HBWA 5D3NA 5CQTA 4HXMA 2F6JA 3VKGA 5FG6A 4TTEA 5FE4A 5L96A 1JSPB 4O70A 5CUDA 5DKCA 5DYAA 4CUUA 3JVJA 5EK9A 4NRCA 5HRXA 3U5OA 5AMFA 4UYGA 5E9VA 3JVKA 4HXOA 4IR5A 5KTUA 5C8GA 4CUQA 5E9IA 4NYVA 4ZC9A 5HFQA 4YATA 5LJ0A 4NXJA 4MR6A 4QSWA 5EWDA 5FH8A 3P1CA 3GG3A 4NRAA 3U5LA 4IR4A 4UIYA 4O78A 3HMFA 2R0SA 4AKNA 3ZYUA 4YK0A 5KTWA 5G4RA 5E3DA 4TU6A 4CURA 4YADA 4UYEA 4LRGA 4QSSA 5CFWA 5TB6A 4C66A 3S91A 5ETDA 5IIDA 4TZ2A 4HBYA 3IU6A 4NR5A 5LKZA 4MENA 5FFYA 5LJ2A 4NUEA 5LKTA 4XY8A 2YQDA 5HFRA 3QZSA 4UYDA 4TU4A 5LUUA 5CUAA 5CQ8A 5E9KA 5F25A 4YYHA 2G4AA 2WP2A 4Z1QA 4AKGA 5LJ1A 4YH4A 2N9GA 3AQAA 5EM3A 5D3PA 5E73A 5CY9A 5EU1A 2WP1A 5ACYA 5KU3A 4N4GA 4YYNA 2E7OA 5A5RA 4QBMA 4ZQLA 5FE6A 2FSAA 5C89A 4X2IA 3Q2EA 4A9EA 3U5PA 5DLZA 3O37A 3P1FA 5EISA 2L84A 4QEVA 4YY6A 5KHMA 3UVXA 4TT2A 2LSPB 3SVFA 3UVYA 4O7FA 4O72A 5A83A 4XUBA 5L8TA 5CQ6A 5L98A 4UIVA 4ALHA 4TYLA 5LVQA 3ERRA 4YBTA 5DFBA 5DKHA 4YYIA 3UVWA 4F3IA 4WIVA 5ENJA 4HXSA 4O71A 5CUEA 5HQ6A 4RVRA 5BT4A 5A5QA 5CU8A 4HXRA 2RNXA 5CP5A 4IR3A 4PCIA 5CS8A 5CQAA 5DW2A 5D24A 2OSSA 4Y03A 5CZGA 2YDWA 3HMEA 2DATA 4A9OA 5L8UA 5F5ZA 2L85A 5D7XA 5A5PA 5EWVA 5K29A 4QC1A 3LQJA 5ENGA 4LYWA 4WHUA 5I1QA 5KTXA 5HELA 2DWWA 3LQHA 2D82A 3MB3A 5DYUA 5E7DA 3UVDA 3P5OA 4HXPA 4QSVA 4BW1A 1F68A 4A9HA 1N72A 2E7NA 5DX4A 5E9MA 5KO4A 4NR7A 4LYSA 5F60A 4UIXA 2YW5A 5CTLA 3G0LA 3D1DA 3UV2A 2YYNA 3K2JA 1ZS5A 4QC3A 5FE3A 4IR6A 2R0VA 4UYFA 4QSUA 4QSQA 5IGKA 2OUOA 5G4SA 5EWCA 5J0DA 5HRVA 2DVQA 2RNWA 3SVHA 4YYDA 4AI6A 4ALGA 3MUKA 2MJVB 2RO1A 2R10A 5EI4A 5COIA 5FE9A 3FKMX 2EJNA 4A9LA 4MR4A 4QR4A 5IG6A 5CQ3A 4LZRA 1ZKRA 5ENIA 4QEUA 4UYHA 5FE8A 4HBXA 4CUSA 4GPJA 4NYXA 3LQIA 4NS5A 3U5JA 4NRBA 5ENEA 5II1A 4PS5A 5HLSA 3MXFA 4LR6A 4Z93A 4LC2A 4O76A 4TT4A 4QSPA 5DLXA 4QY4A 5F63A 4MR5A 4QR3A 5A82A 3U5KA 5FFVA 5DFDA 5CGPA 4O75A 5L97A 4N3WA 2YEMA 3VKHA 4N4FA 5DKDA 5I89A 3SVGA 4N4IA 5DY7A 5CPEA 3U5NA 2RS9B 5DYCA 5HQ7A 4NQMA 3ONIA 5EQ1A 5EVAA 4A9FA 5AD2A 5EV9A 4BHWA 4CL9A 4HXKA 3O34A 5F1LA 4FLPA 5E9YA 3Q2FA 4NQNA 4A9IA 2E3KA 4YC9A 3IU5A 2H60A 5D3TA 5D3JA 4C67A 4A9KA 4O77A 5FE7A 4QYLA 5CQ5A 4YY4A 5JI8A 5EPRA 4QYDA 3P1DA 1WUGA 5EICA 4IORA 3LJWA 4O7EA 4LZ2A 3G0JA 4MEOA 5I7YA 5CUGA 2I8NA 4OGIA 5F61A 5E0RA 5D26A 5LKUA 2D9EA 5A5SA 2RFJA 4HXNA 4BJXA 5BT3A 4NYWA 5I7XA 4TZ8A 1JM4B 5A5NA 5DW1A 5ENBA 3QZVA 5HEMA 5II2A 5F1HA 4Q0NA 1EQFA 5DFCA 4MR3A 2R0YA 5E3GA 3LXJA 5FFWA 3U5MA 4KV1A 5HM0A 4O7BA 2DVRA 5CRZA 2DVSA 4CFLA 5F36A 5I86A 5E9LA 4Z1SA 4YYMA 5A5OA 5I40A 3MULA 5EP7A
chains in the Genus database with same CATH topology
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 4PY6 A;  5H85 A;  4A9J A;  5ENC A;  4Z6H A;  5H1T A;  3AAD A;  4YAB A;  5HEN A;  5E74 A;  3TLP A;  4UIW A;  1X0J A;  4KCX A;  3RCW A;  5D3R A;  2NXB A;  3DWY A;  5FH7 A;  2KTB B;  4NUD A;  5L99 A;  5C87 A;  3DAI A;  5HJC A;  5I83 A;  4OUF A;  4MEQ A;  4QZS A;  4QUT A;  4UYF B;  5BT5 A;  4J0S A;  4YBM A;  5C4Q A;  3P1E A;  2DVV A;  5FBX A;  3UW9 A;  4J1P A;  5H1U A;  4NR9 A;  5FE1 A;  4A9M A;  4NR6 A;  4QR5 A;  4CFK A;  5FDZ A;  3S92 A;  4QSR A;  5CQ7 A;  4J3I A;  1WUM A;  4MEP A;  5ETB A;  5H1V A;  5A85 A;  5CUB A;  4QEW A;  4TS8 A;  5FE0 A;  4O7A A;  4QSX A;  5FH6 A;  3HMH A;  3O33 A;  4ZW1 A;  4O7C A;  5I29 A;  5EPS A;  5D3S A;  4PTB A;  3MB4 A;  4A9N A;  5C85 A;  4QST A;  4YYK A;  4LYI A;  5ENH A;  4YYJ A;  5FB1 A;  5F3A A;  5I88 A;  4UIZ A;  2YEK A;  2YEL A;  5CQ4 A;  5TCM A;  5AME A;  2I7K A;  4CLB A;  4HXL A;  3I3J A;  3D7C A;  4E96 A;  3UV5 A;  5FE5 A;  5JWM A;  2RI7 A;  4YAX A;  4BW2 A;  5D3L A;  4Z6I A;  4PCE A;  5EWH A;  3JVM A;  5FG4 A;  5IBN A;  5A81 A;  4XUA A;  4TQN A;  5LKX A; 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