5EPSA

Crystal structure of the human brpf1 bromodomain in complex with seed10
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
113
structure length
113
Chain Sequence
EMQLTPFLILLRKTLEQLQEKDTGNIFSEPVPLSEVPDYLDHIKKPMDFFTMKQNLEAYRYLNFDDFEEDFNLIVSNCLKYNAKDTIFYRAAVRLREQGGAVLRQARRQAEKM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Dna binding protein
source organism Homo sapiens
publication title Twenty Crystal Structures of Bromodomain and PHD Finger Containing Protein 1 (BRPF1)/Ligand Complexes Reveal Conserved Binding Motifs and Rare Interactions.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Peregrin
total genus 38
structure length 113
sequence length 113
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-11-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5epsA00
4IR3A 5ENJA 1JSPB 4XY9A 4A9OA 5CUBA 4TT4A 3O35A 3U5LA 3I3JA 5DKHA 3MULA 4NXJA 5A7CA 4TS8A 5DYAA 5FFYA 5FE9A 4NUDA 4QZSA 5F5ZA 5CQAA 5EPRA 5G4SA 3LQJA 5F60A 5A85A 4CUSA 3UV2A 5ENCA 3U5PA 5FFVA 3LJWA 4QSSA 2DWWA 4QR5A 5C89A 4LZRA 2DVRA 4DONA 4YYKA 3O33A 4NRAA 4UIXA 4YAXA 5HQ5A 3Q2EA 4IOQA 5I1QA 4YH3A 2R0VA 5J0DA 3S92A 4NR9A 5D3SA 2DVVA 4C66A 1X0JA 4NR6A 4MEPA 4TT2A 3QZSA 5I40A 5EGUA 5LKUA 4Z93A 5HENA 5H85A 4NR5A 4YATA 5ENBA 3UVDA 4HXRA 4O7EA 5FE5A 3MUKA 5H1UA 4O7FA 3Q2FA 4HXOA 4QEUA 2D9EA 5F62A 4LZ2A 4UIWA 3U5OA 5FH6A 4YYJA 4Q0OA 5LKTA 5KHMA 5HQ7A 5EWWA 4RVRA 5HM0A 3MB4A 4YYGA 4BW2A 5BT3A 5LUUA 5I88A 2WP2A 5JI8A 4LYIA 2WP1A 5ACYA 2F6NA 4CUPA 4YK0A 4ALGA 4PY6A 4N4GA 2YQDA 2GRCA 5IGMA 4J0RA 5D3NA 5HRVA 2I8NA 4KV1A 5DKDA 2OO1A 5CGPA 5A5OA 5A83A 4CFLA 4HXNA 2L84A 5HRXA 4IORA 5CQ7A 3O37A 5DX4A 4J1PA 3SVGA 5D3RA 5I7XA 4ZC9A 5EI4A 4CURA 4XUBA 5FE1A 5E9IA 4NRBA 5DFCA 4HXSA 5D3PA 4LRGA 2L85A 3U5KA 5L97A 5D3LA 4Y03A 1E6IA 5A5RA 5JWMA 3MXFA 4A9KA 4QEWA 5LVQA 2RS9B 4Q0NA 5G4RA 3SVHA 1F68A 4UYGA 5CY9A 4QBMA 4QSXA 5COIA 4UYEA 4NR7A 5C85A 4O71A 3U5JA 4XUAA 5KTXA 5DKCA 4QUUA 5F63A 5F25A 5IGLA 4UYFA 3MB3A 2R0YA 3FKMX 4N4FA 4QC3A 4QEVA 4A9LA 5E9LA 4ZW1A 4PKLA 2RNXA 4CL9A 5CU8A 3ZYUA 3DWYA 4BHWA 4UITA 3U5MA 5F1LA 3UV5A 4N3WA 5AD2A 4NUCA 5FG6A 5IGNA 3HMFA 4J0SA 4PTBA 4NRCA 4MR4A 4F3IA 4QB3A 5CUCA 4CUTA 5DLZA 2E3KA 5E9MA 2R10A 4PS5A 2DKWA 5E3GA 5LJ1A 3SVFA 5C8GA 4FLPA 3G0JA 4IOOA 4NYVA 5CUEA 5C7NA 5CS8A 5IG6A 3P1FA 2F6JA 5CQ4A 5FE0A 4TU4A 4HBWA 4N4IA 1JM4B 5C87A 3QZVA 3G0LA 3P1CA 5A5QA 1ZS5A 5FE7A 5A5NA 5FDZA 5ENEA 5A5PA 5DW2A 5CQ5A 5D0CA 3AADA 2R0SA 4O72A 5AMEA 1N72A 4HBYA 5D3JA 4QSTA 3AQAA 5DY7A 1WUGA 5CUGA 4OGIA 5AMFA 4YYMA 5CQ3A 5CQTA 2YYNA 5F2PA 5I83A 4QR3A 5F36A 5BT5A 1EQFA 4QSQA 4YYHA 4O7BA 5E0RA 4QSPA 5IBNA 4E96A 5I7YA 5CRMA 5EP7A 4LYWA 5TCMA 2RNWA 5EV9A 5CRZA 2LSPB 5ENFA 5AD3A 5EISA 4YBSA 5FH7A 4OUFA 5EICA 4MEOA 5ETDA 5D26A 5CPEA 3MQMA 4YBMA 4O78A 5FE4A 4MEQA 4C67A 5FG4A 3TLPA 5E7DA 5DYUA 5KU3A 4MR6A 4QYDA 2DATA 5EQ1A 4O7CA 3P5OA 5D3TA 5HFRA 2DVQA 3LQIA 4LR6A 4UIUA 5I80A 5I86A 5IIDA 4YABA 2KTBB 5DBMA 4YYDA 5E9KA 4PCIA 2YEKA 2RNYA 4WIVA 4CFKA 4WHWA 5EWDA 5L8TA 5A82A 5ENIA 4CUQA 4A9EA 5EWVA 5F61A 4HBXA 5L98A 2RO1A 5BT4A 5CUDA 2YELA 4X2IA 4QSRA 2I7KA 5HLSA 4WHUA 2OUOA 4BW4A 5LJ2A 5FE2A 4LYSA 5EK9A 5L96A 5CQ6A 2MJVB 4J3IA 2YW5A 3UVXA 4HXMA 5F1HA 5DW1A 4A9NA 5E9YA 2G4AA 5TB6A 4QSWA 3UW9A 4O75A 4TT6A 5I29A 2E7OA 4NR8A 4HBVA 4NR4A 3NXBA 5DYXA 2H60A 4TU6A 5LJ0A 3GG3A 5D3HA 4NUEA 4YYNA 2E7NA 4YADA 5FE3A 5HELA 3IU5A 5II2A 3IU6A 3JVLA 5D24A 4A9IA 4IR4A 4QSUA 5HEMA 4YY6A 4A9JA 4BW1A 5FG5A 5DYCA 4QUTA 4QYLA 2N9GA 4UYHA 5FH8A 5HFQA 4YY4A 3DAIA 3UVYA 3D7CA 5EPSA 4IR5A 5FFWA 2OSSA 3P1DA 5D7XA 5DFDA 5CTLA 4ALHA 5D25A 5L8UA 2NXBA 4A9HA 3ONIA 5ETBA 4IR6A 3RCWA 3LXJA 4PCEA 3JVMA 4XY8A 4BJXA 4MENA 5KTUA 5EVAA 5FE6A 4Z1SA 3O36A 5E9VA 5EPBA 4XYAA 4NYXA 5H1TA 5EA1A 4TZ2A 5HJCA 3P1EA 3QZTA 4QC1A 5II1A 2DVSA 3UV4A 5CP5A 5C4QA 4QR4A 3U5NA 5CFWA 3UVWA 5IGKA 5KTWA 5CZGA 4NS5A 4QY4A 4A9FA 2RFJA 2YEMA 4CUUA 5K29A 4TQNA 4HXLA 4UIZA 5A5SA 5HRWA 4O77A 5DLXA 4A9MA 5EWCA 4BW3A 4ZQLA 5FBXA 3JVKA 4CLBA 4LZSA 5EWHA 3JVJA 4YYIA 1WUMA 2FSAA 4HXPA 4KV4A 5EU1A 4NYWA 4YH4A 4YC9A 5KO4A 4YBTA 5E3DA 5A81A 5FB1A 4AKNA 4LC2A 4MR3A 4UYDA 2L5EA 4GPJA 5LVRA 4QNSA 2YDWA 4Z6HA 4MR5A 4TTEA 4HXKA 3S91A 5ENGA 5LKXA 4OGJA 5E74A 4Z1QA 5I89A 4TZ8A 5E73A 3LQHA 4Z6IA 5FB0A 4O7AA 3HMEA 4NQNA 5L99A 5F3AA 2RI7A 3O34A 5EM3A 5LKZA 5DFBA 4NQMA 4O70A 3HMHA 5ENHA 2D82A 5HCLA 4KCXA 4O76A 5CUAA 5CQ8A 5FE8A 5HQ6A 4N4HA 4O74A 3K2JA 4QSVA 4UIVA 5H1VA 4UYFB 4LDFA 4TYLA 4UIYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4IR3A 5ENJA 1JSPB 4XY9A 4A9OA 5CUBA 4TT4A 3O35A 3U5LA 3I3JA 5DKHA 3MULA 4NXJA 5A7CA 4TS8A 5DYAA 5FFYA 5FE9A 4NUDA 4QZSA 5F5ZA 5CQAA 5EPRA 5G4SA 3LQJA 5F60A 5A85A 4CUSA 3UV2A 5ENCA 3U5PA 3D1DA 5FFVA 3LJWA 4QSSA 2DWWA 4QR5A 5C89A 4LZRA 2DVRA 4DONA 4YYKA 3O33A 4NRAA 4UIXA 4YAXA 5HQ5A 3Q2EA 4IOQA 5I1QA 4YH3A 2R0VA 5J0DA 3S92A 4NR9A 5D3SA 2DVVA 4C66A 1X0JA 4NR6A 4MEPA 4TT2A 3QZSA 5I40A 5EGUA 5LKUA 4Z93A 5HENA 5H85A 4NR5A 4YATA 5ENBA 3UVDA 4HXRA 4O7EA 5FE5A 3MUKA 5H1UA 4O7FA 3Q2FA 4HXOA 4QEUA 2D9EA 5F62A 4LZ2A 4UIWA 3U5OA 5FH6A 4YYJA 4Q0OA 5LKTA 5KHMA 5HQ7A 5EWWA 4RVRA 5HM0A 3MB4A 4YYGA 4BW2A 5BT3A 5LUUA 5I88A 2WP2A 5JI8A 4LYIA 2WP1A 5ACYA 2F6NA 4CUPA 4YK0A 4ALGA 4PY6A 4N4GA 2YQDA 2GRCA 5IGMA 4J0RA 5D3NA 5HRVA 2I8NA 4KV1A 5DKDA 2OO1A 5CGPA 5A5OA 5A83A 4CFLA 4HXNA 2L84A 5HRXA 4IORA 5CQ7A 3O37A 5DX4A 4J1PA 3SVGA 5D3RA 5I7XA 4ZC9A 5EI4A 4CURA 4XUBA 5FE1A 5E9IA 4NRBA 5DFCA 4HXSA 5D3PA 4LRGA 2L85A 3U5KA 4AKHA 5L97A 5D3LA 4Y03A 1E6IA 5A5RA 2EJNA 5JWMA 3MXFA 4A9KA 4QEWA 5LVQA 2RS9B 4Q0NA 5G4RA 3SVHA 1F68A 4UYGA 5CY9A 4QBMA 4QSXA 5COIA 4UYEA 1ZKRA 4NR7A 5C85A 4O71A 3U5JA 4XUAA 5KTXA 5DKCA 4QUUA 5F63A 5F25A 5IGLA 4UYFA 3MB3A 2R0YA 3FKMX 4N4FA 4QC3A 4QEVA 4A9LA 5E9LA 4ZW1A 4PKLA 2RNXA 4CL9A 5CU8A 3ZYUA 3DWYA 4BHWA 4UITA 3U5MA 5F1LA 3UV5A 4N3WA 5AD2A 4NUCA 5FG6A 5IGNA 3HMFA 4J0SA 4PTBA 4NRCA 4MR4A 4F3IA 4QB3A 5CUCA 4CUTA 5DLZA 2E3KA 5E9MA 2R10A 4PS5A 2DKWA 5E3GA 5LJ1A 3SVFA 5C8GA 4FLPA 3G0JA 4IOOA 4NYVA 5CUEA 5C7NA 5CS8A 5IG6A 3P1FA 2F6JA 5CQ4A 5FE0A 4TU4A 4HBWA 4N4IA 1JM4B 5C87A 3QZVA 3G0LA 3P1CA 5A5QA 1ZS5A 5FE7A 5A5NA 5FDZA 5ENEA 5A5PA 5DW2A 5CQ5A 5D0CA 3AADA 2R0SA 4O72A 5AMEA 1N72A 4HBYA 5D3JA 4QSTA 3AQAA 5DY7A 1WUGA 5CUGA 4OGIA 5AMFA 4YYMA 5CQ3A 5CQTA 2YYNA 5F2PA 5I83A 4QR3A 5F36A 5BT5A 1EQFA 4QSQA 4YYHA 4O7BA 5E0RA 4QSPA 5IBNA 4E96A 5I7YA 5CRMA 5EP7A 4LYWA 5TCMA 2RNWA 5EV9A 5CRZA 2LSPB 5ENFA 5AD3A 5EISA 4YBSA 5FH7A 4OUFA 5EICA 4MEOA 5ETDA 5D26A 5CPEA 3MQMA 4YBMA 4O78A 5FE4A 4MEQA 4C67A 4AKGA 5FG4A 3TLPA 5E7DA 5DYUA 5KU3A 4MR6A 4QYDA 2DATA 5EQ1A 4O7CA 3P5OA 5D3TA 5HFRA 2DVQA 3LQIA 4LR6A 4UIUA 5I80A 5I86A 5IIDA 4YABA 2KTBB 5DBMA 4YYDA 5E9KA 4PCIA 2YEKA 2RNYA 4WIVA 4CFKA 4WHWA 5EWDA 5L8TA 5A82A 5ENIA 4CUQA 4A9EA 5EWVA 5F61A 4HBXA 5L98A 2RO1A 5BT4A 5CUDA 2YELA 4X2IA 4QSRA 2I7KA 5HLSA 4WHUA 2OUOA 4BW4A 5LJ2A 5FE2A 4AI6A 4LYSA 5EK9A 5L96A 5CQ6A 2MJVB 4J3IA 2YW5A 3UVXA 4HXMA 5F1HA 5DW1A 4A9NA 5E9YA 2G4AA 5TB6A 4QSWA 3UW9A 4O75A 4TT6A 5I29A 2E7OA 4NR8A 4HBVA 4NR4A 3NXBA 5DYXA 2H60A 4TU6A 5LJ0A 3GG3A 5D3HA 4NUEA 4YYNA 2E7NA 4YADA 5FE3A 5HELA 3IU5A 5II2A 3IU6A 3JVLA 5D24A 4A9IA 4IR4A 4QSUA 4AKIA 5HEMA 4YY6A 4A9JA 4BW1A 5FG5A 5DYCA 4QUTA 4QYLA 3ERRA 2N9GA 1PUOA 4UYHA 5FH8A 5HFQA 4YY4A 3DAIA 3UVYA 3D7CA 5EPSA 4IR5A 5FFWA 2OSSA 3P1DA 5D7XA 5DFDA 5CTLA 4ALHA 5D25A 5L8UA 3VKHA 2NXBA 4A9HA 3ONIA 5ETBA 4IR6A 3RCWA 3LXJA 4PCEA 3JVMA 4XY8A 4BJXA 4MENA 5KTUA 5EVAA 5FE6A 4Z1SA 3O36A 5E9VA 5EPBA 4XYAA 4NYXA 5H1TA 5EA1A 4TZ2A 5HJCA 3P1EA 3QZTA 4QC1A 5II1A 2DVSA 3UV4A 5CP5A 5C4QA 4QR4A 3U5NA 5CFWA 3UVWA 5IGKA 5KTWA 5CZGA 4NS5A 4QY4A 4A9FA 2RFJA 2YEMA 4CUUA 5K29A 4TQNA 4HXLA 3D1BA 4UIZA 5A5SA 5HRWA 4O77A 5DLXA 4A9MA 5EWCA 4BW3A 4ZQLA 5FBXA 3JVKA 4CLBA 4LZSA 5EWHA 3JVJA 4YYIA 1WUMA 2FSAA 4HXPA 4KV4A 5EU1A 4NYWA 4YH4A 4YC9A 5KO4A 4YBTA 5E3DA 5A81A 5FB1A 4AKNA 4LC2A 4MR3A 4UYDA 2L5EA 4GPJA 5LVRA 4QNSA 2YDWA 4Z6HA 4MR5A 4TTEA 4HXKA 3S91A 5ENGA 5LKXA 4OGJA 5E74A 4Z1QA 5I89A 4TZ8A 5E73A 3LQHA 4Z6IA 5FB0A 4O7AA 3HMEA 4NQNA 5L99A 5F3AA 2RI7A 3O34A 5EM3A 5LKZA 5DFBA 4NQMA 4O70A 3HMHA 5ENHA 2D82A 5HCLA 4KCXA 3VKGA 4O76A 5CUAA 5CQ8A 5FE8A 5HQ6A 4N4HA 4O74A 3K2JA 4QSVA 4UIVA 5H1VA 4UYFB 4LDFA 4TYLA 4UIYA
chains in the Genus database with same CATH topology
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 4IR3 A;  5ENJ A;  1JSP B;  4XY9 A;  4A9O A;  5CUB A;  4TT4 A;  3O35 A;  3U5L A;  3I3J A;  5DKH A;  3MUL A;  4NXJ A;  5A7C A;  4TS8 A;  5DYA A;  5FFY A;  5FE9 A;  4NUD A;  4QZS A;  5F5Z A;  5CQA A;  5EPR A;  5G4S A;  3LQJ A;  5F60 A;  5A85 A;  4CUS A;  3UV2 A;  5ENC A;  3U5P A;  5FFV A;  3LJW A;  4QSS A;  2DWW A;  4QR5 A;  5C89 A;  4LZR A;  2DVR A;  4DON A;  4YYK A;  3O33 A;  4NRA A;  4UIX A;  4YAX A;  5HQ5 A;  3Q2E A;  4IOQ A;  5I1Q A;  4YH3 A;  2R0V A;  5J0D A;  3S92 A;  4NR9 A;  5D3S A;  2DVV A;  4C66 A;  1X0J A;  4NR6 A;  4MEP A;  4TT2 A;  3QZS A;  5I40 A;  5EGU A;  5LKU A;  4Z93 A;  5HEN A;  5H85 A;  4NR5 A;  4YAT A;  5ENB A;  3UVD A;  4HXR A;  4O7E A;  5FE5 A;  3MUK A;  5H1U A;  4O7F A;  3Q2F A;  4HXO A;  4QEU A;  2D9E A;  5F62 A;  4LZ2 A;  4UIW A;  3U5O A;  5FH6 A;  4YYJ A;  4Q0O A;  5LKT A;  5KHM A;  5HQ7 A;  5EWW A;  4RVR A;  5HM0 A;  3MB4 A;  4YYG A;  4BW2 A;  5BT3 A;  5LUU A;  5I88 A;  2WP2 A;  5JI8 A;  4LYI A;  2WP1 A;  5ACY A;  2F6N A;  4CUP A;  4YK0 A;  4ALG A;  4PY6 A;  4N4G A; 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