5C7NA

Crystal structure of the human brpf1 bromodomain in complex with bromosporine
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
112
structure length
112
Chain Sequence
MQLTPFLILLRKTLEQLQEKDTGNIFSEPVPLSEVPDYLDHIKKPMDFFTMKQNLEAYRYLNFDDFEEDFNLIVSNCLKYNAKDTIFYRAAVRLREQGGAVLRQARRQAEKM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Dna binding protein
molecule keywords Peregrin
publication title Twenty Crystal Structures of Bromodomain and PHD Finger Containing Protein 1 (BRPF1)/Ligand Complexes Reveal Conserved Binding Motifs and Rare Interactions.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 39
structure length 112
sequence length 112
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5c7nA00
5E3DA 5FE5A 2L84A 4LYWA 5HEMA 4PKLA 4J1PA 2YEKA 4A9EA 4UYEA 2RNXA 4LC2A 4LZ2A 4OGJA 5EP7A 5DKHA 4E96A 5EWHA 5LJ0A 1JSPB 2FSAA 5CQ8A 5I86A 5FG5A 2MJVB 4PY6A 5EU1A 4MR6A 2DVVA 4Z93A 5ENCA 2R10A 2DWWA 1E6IA 5EWVA 3O36A 1ZS5A 5DYAA 4TTEA 5D3TA 5C4QA 3GG3A 4C66A 4HBXA 4A9FA 5CUAA 1WUGA 3UVWA 4NR8A 5CY9A 4PTBA 4TT6A 4UYHA 4CL9A 5L98A 5FDZA 4NS5A 4NUEA 4A9LA 3P1EA 2D9EA 5HLSA 5CQ7A 5D3JA 5HRVA 4NUDA 4QUTA 3U5JA 4IORA 4IR6A 4Q0OA 4XY8A 4Z1QA 5AMEA 3AADA 5EK9A 2DVRA 5CQ3A 5DKDA 5EPRA 5H1VA 4BW3A 5D3HA 4UIXA 5BT4A 5ENJA 4HXMA 5FFYA 5KTXA 5A83A 4IR5A 1WUMA 5IIDA 5EI4A 4YYKA 5CP5A 4RVRA 5HENA 2D82A 5FE4A 4HXSA 4NR4A 4QEVA 5LKUA 4N4IA 4A9KA 5HM0A 4OUFA 4DONA 4IR4A 4N3WA 4F3IA 5CGPA 4QSPA 2YEMA 4QEWA 4QSVA 4YC9A 4A9NA 5HQ6A 3P5OA 4O70A 4Y03A 2E3KA 5E9VA 5H1UA 5E0RA 5E9MA 5FFWA 5FE8A 4PCEA 4NR5A 5EISA 5EPSA 4IR3A 5H1TA 3P1CA 5H85A 5CPEA 5CRMA 2RO1A 4HXKA 4QYLA 5G4SA 5DKCA 4MEPA 4TS8A 5F5ZA 4CUQA 3FKMX 3U5NA 5FE9A 4YADA 2F6JA 4O7BA 5DFDA 3LQIA 4QR4A 5DLZA 3U5OA 3MXFA 3LJWA 4FLPA 5F1HA 3MULA 4BW2A 4ZQLA 2YDWA 4QSTA 4CLBA 4LR6A 5DFBA 2R0YA 3U5PA 4O76A 4HXLA 4QSUA 2NXBA 4CUUA 4CURA 4O7AA 5A5NA 5FG4A 4LZRA 2L85A 4MR5A 5CUEA 5HQ7A 4NXJA 3O33A 4OGIA 5FG6A 2DVSA 5CQTA 2WP1A 3ONIA 4CUPA 4QC3A 5ENEA 3UVXA 3U5KA 5C8GA 4PS5A 4UYFB 5L8UA 2N9GA 5HQ5A 5LKZA 4A9HA 5FBXA 4O78A 5ENHA 3P1FA 4UIWA 4MR4A 1EQFA 4GPJA 3K2JA 1JM4B 4NYXA 4QEUA 4Z6IA 5IGKA 3NXBA 2RI7A 5KU3A 5CTLA 4TU4A 3IU6A 2R0SA 4MENA 5I29A 4QB3A 4Q0NA 5CUDA 4YY6A 5G4RA 5CRZA 4YK0A 4TQNA 5A81A 3UVDA 4YH3A 5CZGA 5DY7A 5EV9A 4UYDA 3O37A 4TZ2A 5EQ1A 5A7CA 3Q2FA 5CS8A 5F1LA 5FH7A 4MR3A 5ENFA 5C89A 5CQAA 5KTUA 2L5EA 5LUUA 4J0SA 2DVQA 4KV4A 5E9KA 4QY4A 4XYAA 5EM3A 5F61A 3UW9A 5I83A 3JVMA 4YH4A 4KV1A 4BW1A 4Z6HA 3MQMA 2DATA 5I89A 4HBYA 5FH6A 4YYNA 5BT5A 4QBMA 3G0LA 4C67A 4QUUA 4HBWA 5D3PA 3IU5A 5KHMA 4LYIA 4O75A 1N72A 4NUCA 4BW4A 5ACYA 5E9LA 4ZC9A 5DYUA 4O72A 3ZYUA 5F3AA 4UIZA 2YYNA 4BJXA 5A85A 3JVJA 3S91A 5CUCA 3LQHA 3HMFA 5EWCA 3S92A 3DAIA 4YYIA 5A5PA 2OUOA 4HXPA 4NQNA 4HBVA 4A9MA 1X0JA 5I88A 5LJ1A 3U5MA 5ENBA 3JVKA 5HRXA 5CUBA 5L99A 4BHWA 4YBTA 4QNSA 4AKNA 5EWDA 4A9IA 5CFWA 4QSWA 3G0JA 5KO4A 5DX4A 2I8NA 5E9YA 4NRCA 3JVLA 1F68A 4A9JA 5EVAA 4LDFA 5EGUA 5HJCA 3D7CA 5F62A 2R0VA 4O7FA 5K29A 4CFKA 4YBMA 5A82A 5D7XA 4NR9A 4QSSA 2G4AA 3Q2EA 5L8TA 4WHUA 5FE7A 5DFCA 4NQMA 5LVRA 5I80A 3QZSA 4UIYA 4TT2A 5I40A 4X2IA 5F63A 5IG6A 5FE1A 5DBMA 3AQAA 4MEOA 4TYLA 5JWMA 5D3NA 2F6NA 5HFRA 4UITA 5ETBA 2YELA 5E3GA 5IBNA 3HMEA 5LKXA 5D3LA 4UIUA 3UV4A 4NRAA 4XY9A 4NYWA 2E7OA 5A5RA 4YYDA 4KCXA 5LVQA 4N4GA 4O77A 3U5LA 5FE6A 5A5OA 4QR3A 3TLPA 4YBSA 5FB0A 4QZSA 2H60A 5L96A 4CUTA 4LZSA 5F25A 3QZTA 5TB6A 2RNYA 2I7KA 4WIVA 5EA1A 4MEQA 2OSSA 5D0CA 5CQ5A 5ENGA 3MUKA 4QC1A 4XUBA 4O7EA 5FE3A 2RNWA 4UIVA 4IOOA 4UYGA 5D3RA 5I7XA 4O74A 4HXOA 2OO1A 4QYDA 5CUGA 5CQ6A 5BT3A 4Z1SA 5F2PA 5D3SA 4N4FA 5L97A 4QSRA 3RCWA 2YQDA 4TZ8A 4NR6A 3MB3A 3DWYA 2E7NA 4CUSA 4NYVA 4YY4A 3UV2A 5IGNA 2GRCA 5E9IA 4HXNA 4J0RA 5DYCA 5CU8A 5FB1A 4QR5A 3SVFA 5TCMA 5LKTA 5JI8A 5A5QA 3MB4A 5D24A 3LXJA 5C7NA 3SVHA 5E73A 2RS9B 4UYFA 4LYSA 5HRWA 5C85A 4XUAA 5J0DA 4TT4A 5AMFA 4QSXA 4J3IA 5F60A 5DW1A 3P1DA 2DKWA 4PCIA 5EICA 5II1A 5FE2A 4N4HA 4ALHA 4NR7A 5A5SA 5FE0A 5I7YA 2KTBB 2RFJA 5ETDA 5D26A 5EWWA 5II2A 4WHWA 4TU6A 5ENIA 3O34A 4IOQA 4NRBA 5KTWA 3LQJA 3QZVA 4YABA 5HFQA 5AD2A 3I3JA 2YW5A 2WP2A 4CFLA 5C87A 4A9OA 4O7CA 4YATA 3UVYA 4LRGA 5DYXA 4YYJA 5LJ2A 5DLXA 5HCLA 3SVGA 5D25A 4YAXA 3O35A 3UV5A 5IGLA 5E74A 5F36A 4YYMA 5IGMA 4YYGA 5HELA 2LSPB 4ALGA 4HXRA 5DW2A 5E7DA 3HMHA 5COIA 4ZW1A 5FH8A 4O71A 5AD3A 5I1QA 5FFVA 4YYHA 4QSQA 5EPBA 5CQ4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5E3DA 5FE5A 2L84A 4LYWA 5HEMA 4PKLA 4J1PA 2YEKA 4A9EA 4UYEA 2RNXA 4LC2A 4LZ2A 4OGJA 5EP7A 5DKHA 4E96A 5EWHA 5LJ0A 1JSPB 2FSAA 5CQ8A 5I86A 5FG5A 2MJVB 4PY6A 5EU1A 4MR6A 2DVVA 4Z93A 5ENCA 2R10A 2DWWA 1E6IA 5EWVA 3O36A 1ZS5A 5DYAA 4TTEA 5D3TA 5C4QA 3GG3A 4C66A 4HBXA 4A9FA 5CUAA 1WUGA 3UVWA 4NR8A 5CY9A 4PTBA 4TT6A 4UYHA 4CL9A 5L98A 5FDZA 4NS5A 4NUEA 4A9LA 3P1EA 2D9EA 5HLSA 5CQ7A 5D3JA 5HRVA 4NUDA 4QUTA 3U5JA 4IORA 4IR6A 4Q0OA 4XY8A 4Z1QA 5AMEA 3AADA 5EK9A 2DVRA 5CQ3A 5DKDA 5EPRA 5H1VA 4BW3A 3ERRA 5D3HA 4UIXA 5BT4A 5ENJA 4HXMA 5FFYA 5KTXA 5A83A 4IR5A 1WUMA 5IIDA 5EI4A 4YYKA 5CP5A 4RVRA 5HENA 2D82A 2EJNA 4HXSA 5FE4A 4NR4A 4QEVA 5LKUA 4N4IA 4A9KA 5HM0A 4OUFA 4DONA 4IR4A 4N3WA 4F3IA 5CGPA 4QSPA 2YEMA 4QEWA 4QSVA 4YC9A 4A9NA 5HQ6A 3P5OA 4O70A 4Y03A 2E3KA 5E9VA 5H1UA 5E0RA 5E9MA 5FFWA 5FE8A 4PCEA 4NR5A 5EISA 5EPSA 4IR3A 5H1TA 3P1CA 5H85A 5CPEA 5CRMA 2RO1A 4HXKA 4QYLA 5G4SA 5DKCA 4MEPA 4TS8A 5F5ZA 4CUQA 3FKMX 3U5NA 5FE9A 4YADA 2F6JA 4O7BA 5DFDA 3LQIA 4QR4A 5DLZA 3U5OA 3MXFA 3LJWA 4FLPA 5F1HA 3MULA 4BW2A 4ZQLA 2YDWA 4QSTA 4CLBA 4LR6A 5DFBA 2R0YA 3U5PA 4O76A 4AKGA 4HXLA 4QSUA 2NXBA 4CUUA 4CURA 4O7AA 5A5NA 5FG4A 4LZRA 1PUOA 2L85A 4MR5A 5CUEA 5HQ7A 4NXJA 3O33A 4OGIA 5FG6A 2DVSA 5CQTA 2WP1A 3ONIA 4CUPA 4QC3A 5ENEA 3UVXA 3U5KA 5C8GA 4PS5A 4UYFB 5L8UA 2N9GA 5HQ5A 5LKZA 4A9HA 5FBXA 4O78A 5ENHA 4AKIA 3P1FA 4UIWA 4MR4A 1EQFA 4GPJA 3K2JA 1JM4B 4NYXA 4QEUA 4Z6IA 5IGKA 3NXBA 2RI7A 5KU3A 5CTLA 4TU4A 3IU6A 2R0SA 4MENA 5I29A 4QB3A 4Q0NA 5CUDA 4YY6A 5G4RA 5CRZA 4YK0A 4TQNA 5A81A 3UVDA 4YH3A 5CZGA 5DY7A 5EV9A 4UYDA 3O37A 4TZ2A 5EQ1A 5A7CA 3Q2FA 5CS8A 5F1LA 5FH7A 4MR3A 5ENFA 5C89A 5CQAA 5KTUA 2L5EA 5LUUA 4J0SA 2DVQA 4KV4A 5E9KA 4QY4A 4XYAA 5EM3A 5F61A 3UW9A 5I83A 3JVMA 4YH4A 4KV1A 4BW1A 4Z6HA 3MQMA 2DATA 5I89A 4HBYA 5FH6A 4YYNA 5BT5A 4QBMA 3G0LA 4C67A 4QUUA 4HBWA 5D3PA 3IU5A 5KHMA 4LYIA 4O75A 4AI6A 1N72A 4NUCA 4BW4A 5ACYA 5E9LA 4ZC9A 5DYUA 4O72A 3ZYUA 5F3AA 4UIZA 2YYNA 4BJXA 5A85A 3JVJA 3S91A 5CUCA 3LQHA 3HMFA 5EWCA 3S92A 3DAIA 4YYIA 5A5PA 2OUOA 4HXPA 4NQNA 4HBVA 3D1BA 4A9MA 1X0JA 5I88A 5LJ1A 3U5MA 5ENBA 3JVKA 5HRXA 5CUBA 5L99A 4BHWA 4YBTA 4QNSA 4AKNA 5EWDA 4A9IA 5CFWA 4QSWA 3G0JA 5KO4A 5DX4A 2I8NA 5E9YA 4NRCA 3JVLA 1F68A 4A9JA 3D1DA 5EVAA 4LDFA 5EGUA 5HJCA 3D7CA 5F62A 2R0VA 4O7FA 5K29A 4CFKA 4YBMA 5A82A 5D7XA 4NR9A 4QSSA 2G4AA 3Q2EA 5L8TA 4WHUA 5FE7A 5DFCA 4NQMA 5LVRA 5I80A 3QZSA 4UIYA 4TT2A 5I40A 4X2IA 5F63A 5IG6A 5FE1A 5DBMA 3AQAA 4MEOA 4TYLA 5JWMA 5D3NA 2F6NA 5HFRA 4UITA 5ETBA 2YELA 5E3GA 5IBNA 3HMEA 5LKXA 5D3LA 4UIUA 3UV4A 4NRAA 4XY9A 4NYWA 2E7OA 5A5RA 4YYDA 4KCXA 5LVQA 4N4GA 4O77A 3U5LA 5FE6A 5A5OA 4QR3A 3TLPA 4YBSA 5FB0A 4QZSA 2H60A 5L96A 4CUTA 4LZSA 5F25A 3QZTA 5TB6A 2RNYA 2I7KA 4WIVA 5EA1A 4MEQA 2OSSA 5D0CA 5CQ5A 5ENGA 3MUKA 4QC1A 4XUBA 4O7EA 5FE3A 2RNWA 4UIVA 4IOOA 4UYGA 5D3RA 5I7XA 4O74A 4HXOA 1ZKRA 2OO1A 4QYDA 5CUGA 5CQ6A 5BT3A 3VKGA 4Z1SA 5F2PA 5D3SA 4N4FA 5L97A 4QSRA 3RCWA 2YQDA 4TZ8A 4NR6A 3MB3A 3DWYA 2E7NA 4CUSA 4NYVA 4YY4A 3UV2A 5IGNA 2GRCA 5E9IA 4HXNA 4J0RA 5DYCA 5CU8A 5FB1A 4QR5A 3SVFA 5TCMA 5LKTA 5JI8A 5A5QA 3MB4A 5D24A 3LXJA 5C7NA 3SVHA 5E73A 2RS9B 4UYFA 4LYSA 5HRWA 5C85A 4XUAA 5J0DA 4TT4A 5AMFA 4QSXA 4J3IA 5F60A 5DW1A 3P1DA 2DKWA 4PCIA 5EICA 5II1A 5FE2A 4N4HA 4ALHA 4AKHA 4NR7A 5A5SA 5FE0A 5I7YA 2KTBB 2RFJA 5ETDA 5D26A 5EWWA 5II2A 4WHWA 4TU6A 5ENIA 3O34A 4IOQA 3VKHA 4NRBA 5KTWA 3LQJA 3QZVA 4YABA 5HFQA 5AD2A 3I3JA 2YW5A 2WP2A 4CFLA 5C87A 4A9OA 4O7CA 4YATA 3UVYA 4LRGA 5DYXA 4YYJA 5LJ2A 5DLXA 5HCLA 3SVGA 5D25A 4YAXA 3O35A 3UV5A 5IGLA 5E74A 5F36A 4YYMA 5IGMA 4YYGA 5HELA 2LSPB 4ALGA 4HXRA 5DW2A 5E7DA 3HMHA 5COIA 4ZW1A 5FH8A 4O71A 5AD3A 5I1QA 5FFVA 4YYHA 4QSQA 5EPBA 5CQ4A
chains in the Genus database with same CATH topology
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