5C7NA

Crystal structure of the human brpf1 bromodomain in complex with bromosporine
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
112
structure length
112
Chain Sequence
MQLTPFLILLRKTLEQLQEKDTGNIFSEPVPLSEVPDYLDHIKKPMDFFTMKQNLEAYRYLNFDDFEEDFNLIVSNCLKYNAKDTIFYRAAVRLREQGGAVLRQARRQAEKM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Dna binding protein
molecule keywords Peregrin
publication title Twenty Crystal Structures of Bromodomain and PHD Finger Containing Protein 1 (BRPF1)/Ligand Complexes Reveal Conserved Binding Motifs and Rare Interactions.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 39
structure length 112
sequence length 112
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5c7nA00
5J0DA 5L8TA 5EU1A 5FG4A 5ENCA 5CFWA 5E9IA 2DVSA 5COIA 4N4FA 5HM0A 4UYGA 4CURA 4YY6A 4TTEA 4YABA 4J0RA 5FE1A 2RI7A 5CUEA 4MR3A 5DW2A 4CUQA 5HCLA 4LZ2A 4NR9A 4NYVA 4YBMA 4YC9A 4OUFA 2L85A 5HJCA 5D3SA 5L96A 4QYDA 5EK9A 5A85A 4A9NA 5HFQA 2RNWA 4HBVA 4HBXA 4O74A 1N72A 4PTBA 4YYHA 5FDZA 1E6IA 5L99A 4QSSA 4N4IA 4NRBA 5A82A 4O7BA 5ENEA 4TU4A 2F6JA 4LR6A 3SVGA 4BW1A 4QUTA 2N9GA 3GG3A 4IR5A 4Q0OA 5E9VA 5DYXA 4NYXA 5D26A 4YYNA 5FE2A 5E9MA 3HMEA 3MB3A 5DBMA 3ZYUA 3DWYA 5AD2A 5FE9A 5FE3A 5FB1A 5E74A 5FE0A 3Q2FA 2FSAA 5EWWA 2OO1A 5HFRA 5D3TA 4KCXA 5HQ7A 5CU8A 4MR5A 4ZC9A 5F1HA 4QSWA 4J1PA 5FE7A 3G0JA 5II2A 4KV4A 3MQMA 4LC2A 4HBYA 3MXFA 4TT2A 3JVMA 2D9EA 5I29A 3UW9A 4F3IA 5CRZA 3LJWA 4BHWA 4UIUA 4QBMA 5H1UA 5L97A 5ENIA 2DVQA 4Y03A 3O37A 5CPEA 4YYKA 4NS5A 5FE5A 3SVHA 4QC1A 5FB0A 5CZGA 4XY8A 4QEVA 5EP7A 4QSXA 2E7NA 5C89A 3DAIA 4O78A 5HENA 5LVQA 4C66A 5DYCA 2GRCA 5DFBA 5DW1A 3G0LA 1F68A 3Q2EA 2E7OA 3P5OA 4TYLA 5EPBA 4WHUA 5LKUA 4O75A 4OGIA 5CQ4A 4CFLA 4CUTA 5KHMA 4TZ2A 4NRCA 4HBWA 4BJXA 4IR6A 4QEWA 5EPSA 3SVFA 4CUSA 5I1QA 4NYWA 4YY4A 4N4GA 5JWMA 5E9YA 5II1A 4YYIA 4LZSA 2YELA 4YBTA 4CL9A 2WP2A 4WHWA 5I80A 4LYSA 5D7XA 5LJ1A 5CUGA 4MR4A 5L8UA 3P1CA 1JM4B 4TT4A 4ALGA 3U5NA 4A9OA 5CQ3A 5H85A 4QEUA 4CUUA 5A7CA 5CY9A 2I8NA 5FFVA 4J3IA 4PCEA 5F60A 4YH4A 5ENJA 4UYFA 4YBSA 4ZW1A 4J0SA 4NUDA 3RCWA 2R0VA 4YH3A 5CQ5A 4UYHA 4C67A 4CUPA 4CFKA 5DYUA 5ENFA 3JVKA 5AMFA 4IR3A 5FH7A 5EICA 4YYDA 5AD3A 5CTLA 5D3HA 4NR5A 1EQFA 4O7FA 5CRMA 5EM3A 4Z93A 3U5OA 2RS9B 3UV4A 4UIWA 2DWWA 4PKLA 4QSPA 5F61A 3O36A 5I7XA 2YDWA 4QY4A 4MEPA 4YADA 4QR5A 4TZ8A 5CQ8A 5F1LA 5FE8A 4O7AA 4Z6IA 4O7EA 4QYLA 4UIZA 2DKWA 4E96A 2KTBB 5E9LA 5F63A 5D3JA 5TB6A 4QB3A 5CS8A 4A9KA 1WUGA 5A5NA 3P1FA 5EV9A 3AQAA 4NR8A 2WP1A 2RNXA 5I83A 3LQJA 5JI8A 5EWCA 2G4AA 4A9EA 5IGMA 5LKXA 2DVVA 2LSPB 2R0SA 2MJVB 4QZSA 5EA1A 5HRVA 5E73A 5EGUA 5CQ6A 2YW5A 3ONIA 4HXKA 4UIXA 4NUCA 4XY9A 3UVWA 3K2JA 2RNYA 4UITA 4Q0NA 4A9JA 4HXLA 4XUAA 2R0YA 3O35A 4A9HA 2D82A 4AKNA 4O76A 4QR4A 4LZRA 2RFJA 5FH8A 2L5EA 3S92A 5I89A 4A9LA 4GPJA 5FG6A 5LKZA 4XYAA 4QUUA 5A5RA 4MR6A 3UVYA 4HXRA 3JVJA 5H1TA 4YAXA 5KTWA 4PCIA 4O70A 3LQIA 2OSSA 5FE6A 4HXSA 5DKHA 3S91A 2I7KA 2RO1A 5F36A 3O34A 4QC3A 1WUMA 4QSRA 5IGKA 5FBXA 4QR3A 4QNSA 5EISA 5D24A 4NQMA 4PY6A 4YYJA 4UYFB 5DLXA 3QZTA 5CQ7A 5KTUA 5CUAA 4Z1QA 1JSPB 4YK0A 1ZS5A 5ENGA 5D0CA 3P1DA 5DLZA 5EWVA 5DKCA 5A5QA 5IGNA 4O72A 5D25A 5ENHA 4HXOA 4HXPA 4FLPA 4CLBA 2F6NA 5EPRA 5A81A 4O71A 4TU6A 4ALHA 5E3GA 5H1VA 4BW2A 5E7DA 1X0JA 5FE4A 4A9MA 5IIDA 2DVRA 4TT6A 5E3DA 3IU5A 5EWDA 5EWHA 5BT4A 4Z6HA 4A9IA 5FH6A 3HMFA 4QSVA 5F3AA 5LKTA 5D3LA 3UVDA 5KU3A 3HMHA 5FG5A 5K29A 3MUKA 5DX4A 5DYAA 4NQNA 4NXJA 3MULA 5I40A 5CQTA 5A5PA 3JVLA 3U5PA 5ETBA 4IORA 2NXBA 5D3NA 5LJ2A 4IR4A 5IGLA 5IG6A 5I86A 4NR7A 5EVAA 3UV2A 4QSTA 4N4HA 3U5MA 3UV5A 5DKDA 4O77A 4KV1A 3UVXA 2H60A 5C87A 5C8GA 5AMEA 2OUOA 5F5ZA 3P1EA 5ENBA 5HEMA 5FFWA 3O33A 4IOQA 5KTXA 4MEQA 5ETDA 4IOOA 5BT3A 3QZVA 5D3PA 4QSQA 4NRAA 4NR6A 5CGPA 5BT5A 2DATA 4YATA 4HXMA 5F25A 5G4SA 3D7CA 5CP5A 5IBNA 5EI4A 2E3KA 4A9FA 3LXJA 4UYDA 4XUBA 5LVRA 4RVRA 5TCMA 3FKMX 5I7YA 4LDFA 5DY7A 5E0RA 5HQ6A 3AADA 4WIVA 5HRXA 4Z1SA 5HELA 2L84A 5A83A 5E9KA 5A5OA 4OGJA 4BW3A 4NR4A 4UIVA 2YEMA 5F62A 5C4QA 3MB4A 4LYIA 4N3WA 5C85A 5EQ1A 5A5SA 4MEOA 5DFDA 5LUUA 5G4RA 4UIYA 5CQAA 5F2PA 3QZSA 5I88A 4LRGA 5ACYA 2YQDA 4YYGA 4BW4A 4ZQLA 5KO4A 5CUBA 5DFCA 2YYNA 3I3JA 4UYEA 5HRWA 2R10A 5L98A 4HXNA 5CUCA 5CUDA 3IU6A 4PS5A 5HQ5A 5FFYA 3U5KA 3U5LA 4QSUA 3LQHA 4TS8A 4MENA 2YEKA 4O7CA 4NUEA 3TLPA 5C7NA 3U5JA 5D3RA 4YYMA 5LJ0A 5HLSA 4LYWA 4DONA 3NXBA 4TQNA 4X2IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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