4YH4A

Crystal structure of human brd4(1) in complex with 4-[(5-phenylpyridin-3-yl)carbonyl]-3,4-dihydroquinoxalin-2(1h)-one (compound 19d)
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
b'SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Discovery of a new chemical series of BRD4(1) inhibitors using protein-ligand docking and structure-guided design.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
source organism Homo sapiens
molecule tags Protein binding
total genus 45
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-02-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4yh4A01
4KV1A 5F25A 4NR4A 2RS9B 5KTXA 4IOOA 4LYSA 3UW9A 5EPBA 5LKUA 4TZ8A 1WUGA 4E96A 4YYIA 5C87A 1WUMA 2H60A 2RI7A 4YYGA 2KTBB 5CU8A 4O71A 4RVRA 5A5SA 5CQTA 5FFVA 4A9JA 5ENHA 5D3LA 5FFYA 3S91A 4C67A 4QSTA 4MEPA 5CUCA 4UYFA 5F60A 5IIDA 5EP7A 4CUSA 3ZYUA 4UYHA 3G0LA 5KHMA 4YH4A 4YBSA 3IU5A 5FE9A 5L97A 4ALHA 5H1UA 2NXBA 5D7XA 5ACYA 5E9LA 5DW2A 4OGJA 2R0YA 4C66A 2OUOA 2R0VA 5ETDA 4QC1A 4NUDA 2L85A 4HBVA 5DKHA 5DYAA 5F1LA 4TZ2A 4NRBA 4J3IA 2RO1A 3P5OA 5FE4A 4TT2A 3K2JA 5F1HA 3FKMX 3LQIA 2RFJA 5FH8A 5FDZA 5L8UA 5D3HA 4TYLA 4QUTA 5CTLA 3P1FA 4XY8A 4YY4A 4YYDA 4MENA 4KV4A 4QSPA 5DKCA 5H1VA 5CRMA 4UIUA 4UYDA 5DBMA 4TS8A 4MR5A 4A9NA 5EU1A 5CQ8A 4UIZA 5F3AA 2DVRA 4N4FA 3U5PA 4HXLA 4IR3A 4IR4A 2OO1A 4NYWA 4YH3A 4YATA 5JI8A 5EWHA 2YW5A 5F5ZA 4BW3A 4QEUA 4WIVA 5CQ6A 5CUEA 5K29A 3MB3A 3QZSA 5A5RA 3SVFA 4QBMA 5CRZA 5E0RA 3HMHA 3QZTA 4N4GA 5E9KA 4UIWA 5I88A 4QR3A 5DFCA 5A5NA 3U5OA 4HXNA 3JVJA 5C89A 2FSAA 4QR5A 5I80A 4O78A 5EI4A 4WHUA 3Q2EA 5FE7A 4CLBA 4MEOA 4QC3A 4UIYA 5HM0A 5EV9A 5F61A 5HLSA 5ENJA 4BW4A 5C85A 3HMFA 4PCEA 4BJXA 5LJ0A 4Z1QA 5JWMA 4QSXA 5HQ6A 5C7NA 2I8NA 5I29A 5A83A 4J0RA 5E3GA 4YADA 5KO4A 5I7XA 5D25A 1N72A 4UIXA 5D0CA 2L84A 4HXSA 3UV4A 2MJVB 4HBWA 4IR5A 1JSPB 4MR4A 4QSVA 5ENFA 4QR4A 4YYJA 3UVWA 4FLPA 3MULA 5DYXA 3U5JA 2DVSA 3UV5A 5EISA 5FB0A 4UYGA 5CZGA 4Q0NA 5DLZA 4GPJA 3IU6A 4PS5A 5EWDA 4BHWA 2WP2A 5F63A 5H85A 4LDFA 4NR7A 4DONA 5C4QA 3UVXA 5ENIA 4O7EA 5FE8A 2YEMA 3HMEA 4HXRA 4IORA 4N4HA 4BW2A 4MR3A 4HBYA 5LVRA 3RCWA 4CL9A 4QSQA 4CUPA 3MUKA 2D82A 5F62A 3QZVA 5HRXA 4NQMA 5I1QA 3MXFA 5EK9A 4IR6A 4A9LA 4TT4A 2YELA 4ALGA 4O7FA 5AD2A 4QSWA 4QSSA 2RNXA 2DVVA 5L98A 5IG6A 4CURA 4PKLA 4NR6A 4CFLA 5CQAA 2E7OA 4O7CA 4YYKA 5LKXA 5CUGA 3SVHA 3SVGA 4YYMA 4NUEA 5EVAA 4YK0A 5HELA 2YYNA 3AQAA 5A5OA 5EICA 5DKDA 5AMFA 5DW1A 5LKTA 5HJCA 3TLPA 4QB3A 5TCMA 4XY9A 2G4AA 5FB1A 3U5MA 5C8GA 4TTEA 5DLXA 5FG6A 4J0SA 5FE0A 4PY6A 1EQFA 3LXJA 3O35A 5LJ2A 5G4SA 4NRAA 4QY4A 5EWVA 2OSSA 5H1TA 2GRCA 5D26A 5D3TA 4ZW1A 4BW1A 4O76A 3JVMA 2WP1A 2R0SA 5CQ7A 3UVDA 4YAXA 4Z6HA 5AMEA 5EWWA 4HXKA 5I86A 4MEQA 3JVLA 4A9EA 3Q2FA 4QZSA 4NYXA 4XUBA 4O75A 5E73A 5EPSA 3ONIA 4TU4A 5LJ1A 1F68A 4NR5A 4OGIA 2D9EA 4CFKA 5IBNA 5E9MA 5FH7A 5FE1A 3AADA 5FG4A 4QYLA 2I7KA 4YBTA 4QEVA 3U5LA 5D3PA 4MR6A 4UYFB 5EQ1A 5CUDA 4Z1SA 4A9MA 5BT3A 3MB4A 4O77A 4J1PA 5HQ5A 4QSUA 4WHWA 3U5KA 4A9FA 4TT6A 5CQ3A 5E3DA 4QNSA 4NUCA 5FG5A 4Y03A 5LVQA 4LZSA 5ENGA 5D3NA 4QUUA 2YDWA 5LKZA 4OUFA 2YQDA 2E3KA 5EGUA 4LZRA 4NQNA 4O70A 3DWYA 4LYWA 4UYEA 5L96A 4A9OA 5DFDA 5I7YA 5ETBA 4O7AA 5IGKA 5DFBA 5A82A 5LUUA 5CQ5A 4PCIA 2F6NA 3O36A 5D3SA 5A81A 5L8TA 5D24A 5II2A 3P1DA 4LR6A 5D3JA 4Z93A 5EPRA 4CUUA 5FE2A 5CFWA 5A7CA 4NR8A 5BT4A 2L5EA 5D3RA 5BT5A 3LQHA 2RNYA 4Q0OA 4QSRA 3MQMA 3LQJA 4O7BA 5G4RA 4LYIA 3UVYA 4A9HA 5HRWA 5L99A 4ZC9A 4YABA 4UITA 4LC2A 5CY9A 4LZ2A 3LJWA 4XYAA 5HCLA 4KCXA 5I89A 5IGLA 5EM3A 4HXMA 4A9KA 5COIA 5AD3A 5E74A 5EA1A 3I3JA 5CUBA 2DATA 3P1CA 2DVQA 4YYHA 5E9YA 5HQ7A 5CP5A 2LSPB 5DY7A 4HXPA 4QEWA 4YYNA 5CQ4A 5ENCA 3JVKA 5EWCA 5F36A 5I40A 2E7NA 1X0JA 2R10A 4YY6A 5FE6A 1JM4B 3UV2A 4PTBA 3NXBA 4NS5A 4YBMA 3GG3A 4HBXA 2RNWA 4HXOA 5CGPA 4NYVA 4NRCA 5CUAA 5FE5A 2N9GA 4O74A 4TQNA 4CUTA 5HENA 5IGNA 3D7CA 4LRGA 3S92A 5IGMA 3DAIA 5A5PA 3G0JA 2DKWA 3O34A 4A9IA 2DWWA 5E9IA 4X2IA 5ENBA 4IOQA 5CPEA 4CUQA 5II1A 5DX4A 5FBXA 5FE3A 5HFQA 5J0DA 5TB6A 5E9VA 4F3IA 5DYUA 3O37A 5KU3A 5ENEA 5FFWA 4XUAA 5KTUA 5I83A 5HEMA 5F2PA 3P1EA 4ZQLA 5KTWA 4YC9A 4QYDA 4O72A 5A85A 2YEKA 5HRVA 5E7DA 5CS8A 4N3WA 4NXJA 4NR9A 4UIVA 4N4IA 5A5QA 1E6IA 4TU6A 3O33A 4AKNA 5DYCA 4Z6IA 1ZS5A 2F6JA 3U5NA 5FH6A 5HFRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VKGA 4KV1A 5F25A 4NR4A 2RS9B 5KTXA 4IOOA 4LYSA 3UW9A 5EPBA 5LKUA 4TZ8A 1WUGA 4E96A 4YYIA 5C87A 1WUMA 2H60A 2RI7A 4YYGA 2KTBB 5CU8A 4O71A 4RVRA 5A5SA 5CQTA 5FFVA 4A9JA 5ENHA 5D3LA 5FFYA 3S91A 4C67A 4QSTA 4MEPA 5CUCA 4UYFA 5F60A 5IIDA 5EP7A 4CUSA 3ZYUA 4UYHA 3G0LA 5KHMA 4YH4A 4YBSA 3IU5A 5FE9A 5L97A 4ALHA 5H1UA 2NXBA 5D7XA 5ACYA 5E9LA 5DW2A 4OGJA 2R0YA 4C66A 2OUOA 2R0VA 5ETDA 4QC1A 4NUDA 2L85A 4HBVA 5DKHA 5DYAA 5F1LA 4TZ2A 4NRBA 4J3IA 2RO1A 3P5OA 5FE4A 4TT2A 3K2JA 5F1HA 3FKMX 3LQIA 2RFJA 5FH8A 5FDZA 5L8UA 5D3HA 4TYLA 4QUTA 5CTLA 3P1FA 4XY8A 4YY4A 4YYDA 4MENA 4KV4A 4QSPA 5DKCA 5H1VA 5CRMA 4UIUA 4UYDA 5DBMA 4TS8A 4MR5A 4A9NA 5EU1A 5CQ8A 4UIZA 5F3AA 2DVRA 4N4FA 3U5PA 4HXLA 4IR3A 4IR4A 2OO1A 4NYWA 4YH3A 4YATA 5JI8A 5EWHA 2YW5A 5F5ZA 4BW3A 4QEUA 4WIVA 5CQ6A 5CUEA 5K29A 3MB3A 3QZSA 5A5RA 3SVFA 4AKHA 4QBMA 5CRZA 5E0RA 3HMHA 3QZTA 4N4GA 5E9KA 4UIWA 5I88A 4QR3A 5DFCA 5A5NA 3U5OA 4HXNA 3JVJA 5C89A 2FSAA 4QR5A 5I80A 4O78A 5EI4A 4WHUA 3Q2EA 5FE7A 4CLBA 4MEOA 4QC3A 4UIYA 5HM0A 5EV9A 5F61A 5HLSA 5ENJA 4BW4A 5C85A 3HMFA 4PCEA 3ERRA 4BJXA 5LJ0A 4Z1QA 5JWMA 4QSXA 5HQ6A 5C7NA 2I8NA 5I29A 5A83A 4J0RA 5E3GA 4YADA 5KO4A 5I7XA 5D25A 1N72A 4UIXA 5D0CA 2L84A 4HXSA 3UV4A 2MJVB 4HBWA 4IR5A 1JSPB 4MR4A 4QSVA 5ENFA 4QR4A 4YYJA 3UVWA 4FLPA 3MULA 5DYXA 3U5JA 2DVSA 3UV5A 5EISA 5FB0A 4UYGA 5CZGA 4Q0NA 5DLZA 4GPJA 3IU6A 4PS5A 5EWDA 4BHWA 2WP2A 5F63A 5H85A 4LDFA 4NR7A 4DONA 5C4QA 3UVXA 5ENIA 4O7EA 5FE8A 2YEMA 3HMEA 4HXRA 4IORA 4N4HA 4BW2A 4MR3A 4HBYA 4AKGA 5LVRA 3RCWA 4CL9A 4QSQA 4CUPA 3MUKA 2D82A 5F62A 3QZVA 5HRXA 4NQMA 5I1QA 3MXFA 5EK9A 4IR6A 4A9LA 4TT4A 2YELA 4ALGA 4O7FA 5AD2A 4QSWA 4QSSA 2RNXA 2DVVA 4AI6A 5L98A 5IG6A 4CURA 4PKLA 4NR6A 4CFLA 5CQAA 2E7OA 4O7CA 4YYKA 5LKXA 5CUGA 3SVHA 3SVGA 4YYMA 4NUEA 5EVAA 4YK0A 5HELA 2YYNA 3AQAA 5A5OA 5EICA 5DKDA 5AMFA 5DW1A 5LKTA 5HJCA 3TLPA 4QB3A 5TCMA 4XY9A 2G4AA 5FB1A 3U5MA 5C8GA 4TTEA 5DLXA 5FG6A 4J0SA 5FE0A 4PY6A 1EQFA 3LXJA 3O35A 5LJ2A 5G4SA 4NRAA 4QY4A 5EWVA 2OSSA 5H1TA 2GRCA 5D26A 5D3TA 4ZW1A 4BW1A 4O76A 2WP1A 3JVMA 2R0SA 5CQ7A 3UVDA 4YAXA 4Z6HA 1ZKRA 5AMEA 5EWWA 4HXKA 5I86A 4MEQA 3JVLA 4A9EA 3Q2FA 4QZSA 4NYXA 4XUBA 4O75A 5E73A 5EPSA 4AKIA 3ONIA 4TU4A 5LJ1A 1F68A 4NR5A 4OGIA 2D9EA 4CFKA 5IBNA 5E9MA 5FH7A 5FE1A 3AADA 5FG4A 4QYLA 2I7KA 4YBTA 4QEVA 3U5LA 5D3PA 4MR6A 4UYFB 5EQ1A 5CUDA 4Z1SA 4A9MA 5BT3A 3MB4A 4O77A 4J1PA 5HQ5A 4QSUA 4WHWA 3U5KA 4A9FA 4TT6A 5CQ3A 5E3DA 4QNSA 4NUCA 5FG5A 2EJNA 4Y03A 5LVQA 4LZSA 5ENGA 5D3NA 4QUUA 2YDWA 5LKZA 4OUFA 2YQDA 2E3KA 5EGUA 4LZRA 4NQNA 4O70A 3DWYA 4LYWA 4UYEA 5L96A 4A9OA 5DFDA 5I7YA 5ETBA 4O7AA 5IGKA 5DFBA 5A82A 5LUUA 5CQ5A 4PCIA 2F6NA 3O36A 5D3SA 5A81A 5L8TA 3VKHA 5D24A 5II2A 3P1DA 4LR6A 5D3JA 4Z93A 5EPRA 4CUUA 5FE2A 5CFWA 3D1BA 5A7CA 4NR8A 5BT4A 2L5EA 5D3RA 5BT5A 3D1DA 3LQHA 2RNYA 4Q0OA 4QSRA 3MQMA 3LQJA 4O7BA 5G4RA 4LYIA 3UVYA 4A9HA 5HRWA 5L99A 4ZC9A 4YABA 4UITA 4LC2A 5CY9A 4LZ2A 3LJWA 4XYAA 5HCLA 4KCXA 5I89A 5IGLA 5EM3A 4HXMA 4A9KA 5COIA 5AD3A 5E74A 5EA1A 3I3JA 5CUBA 2DATA 3P1CA 2DVQA 4YYHA 5E9YA 5HQ7A 5CP5A 2LSPB 5DY7A 4HXPA 4QEWA 4YYNA 5CQ4A 5ENCA 3JVKA 5EWCA 5F36A 5I40A 2E7NA 1X0JA 2R10A 4YY6A 5FE6A 1JM4B 3UV2A 4PTBA 3NXBA 4NS5A 4YBMA 3GG3A 4HBXA 2RNWA 4HXOA 5CGPA 4NYVA 4NRCA 5CUAA 5FE5A 2N9GA 4O74A 4TQNA 4CUTA 5HENA 5IGNA 3D7CA 4LRGA 3S92A 5IGMA 3DAIA 5A5PA 3G0JA 2DKWA 3O34A 4A9IA 2DWWA 5E9IA 5FH6A 4X2IA 5ENBA 4IOQA 5CPEA 4CUQA 5II1A 5DX4A 5FBXA 5FE3A 5HFQA 5J0DA 5TB6A 5E9VA 4F3IA 5DYUA 3O37A 5KU3A 5ENEA 5FFWA 4XUAA 5KTUA 5I83A 5HEMA 5F2PA 3P1EA 4ZQLA 5KTWA 4YC9A 4QYDA 4O72A 5A85A 2YEKA 5HRVA 5E7DA 5CS8A 4N3WA 4NXJA 4NR9A 4UIVA 4N4IA 5A5QA 1E6IA 4TU6A 3O33A 4AKNA 5DYCA 4Z6IA 1ZS5A 2F6JA 3U5NA 1PUOA 5HFRA
chains in the Genus database with same CATH topology
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