4YH4A

Crystal structure of human brd4(1) in complex with 4-[(5-phenylpyridin-3-yl)carbonyl]-3,4-dihydroquinoxalin-2(1h)-one (compound 19d)
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Protein binding
source organism Homo sapiens
publication title Discovery of a new chemical series of BRD4(1) inhibitors using protein-ligand docking and structure-guided design.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
total genus 45
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-02-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4yh4A01
5IGMA 4BW3A 3MB3A 5EPSA 5E9YA 5CRZA 2E7OA 5E9KA 4IORA 5EK9A 4ALHA 4CFLA 3U5PA 5FE6A 5LUUA 4MR5A 5FBXA 2D82A 5BT5A 5H1TA 2DVVA 4QC1A 5F3AA 5DFDA 1WUGA 5A5QA 5EV9A 4HXOA 4A9KA 4N4GA 3UVXA 5FG6A 4BW1A 3QZSA 4UYDA 4XY9A 4X2IA 5FFYA 3U5LA 4J0SA 2YEKA 4J3IA 4YBSA 4IR3A 4LR6A 4O74A 5A5OA 4QBMA 5KO4A 4LZ2A 3MUKA 4YYDA 4NYWA 3U5KA 2F6NA 5HEMA 5L96A 5DLZA 2L84A 3JVMA 4NRAA 4YYMA 3SVFA 5LJ0A 5H1VA 3O33A 4XY8A 5CQTA 4HBXA 5TB6A 3P5OA 4QB3A 5E73A 4UITA 4YY6A 5KTUA 5A5SA 5IGLA 2E3KA 5AD2A 4YAXA 4CURA 4C66A 4E96A 2R0YA 4UYEA 4YH3A 5LVRA 2DVSA 4O7BA 4MEOA 4RVRA 4MR6A 2RI7A 4NYVA 5DYCA 5KU3A 4NR6A 5CUDA 4QC3A 4QUTA 4UIUA 1JM4B 3MXFA 5AMFA 4Z6HA 2E7NA 4PCIA 2RNXA 5EWVA 3MB4A 5DKCA 4UIYA 5HJCA 4LC2A 4QSXA 5C87A 2FSAA 5EICA 5I7YA 5D3PA 5D3RA 4KV4A 3UVWA 5FB1A 4QSQA 5L8TA 5HELA 4GPJA 4TZ8A 5E9IA 4XYAA 5F60A 5FE7A 5EM3A 5CUAA 4TU6A 3QZTA 4O7AA 4MENA 5H85A 4QY4A 4NRCA 5HCLA 4N3WA 4ZW1A 5IGNA 5A83A 4CLBA 4NUEA 5A5NA 5CP5A 5C4QA 4UIXA 5CUGA 5HQ6A 5ENCA 3TLPA 3HMEA 5CQ8A 5E0RA 4Z6IA 5A5PA 5D25A 4LZRA 4IOOA 5FE5A 3JVLA 3NXBA 5A81A 2KTBB 4PY6A 4YYIA 5CRMA 3DAIA 2I8NA 4O7CA 5EWWA 3Q2FA 4A9LA 4AKNA 4CUSA 2L85A 5TCMA 5EU1A 5D3TA 5ENFA 4N4FA 5EVAA 4HBVA 5FG4A 3UV4A 4TU4A 5ENEA 5EP7A 3O35A 4YATA 4TYLA 3P1FA 5L98A 5F63A 4ZQLA 5ENJA 5EQ1A 4Z93A 5LJ2A 5FE2A 2RFJA 2DKWA 5HRXA 4HBYA 4HXRA 4A9FA 5DW2A 3ZYUA 5FDZA 4NR5A 5DFCA 2DVRA 4CUUA 1X0JA 4YYKA 4NR8A 5D3LA 4QSUA 5L97A 5D0CA 2LSPB 3U5MA 3LXJA 5ETDA 4FLPA 3P1CA 2L5EA 5EGUA 4J1PA 5E9VA 2R10A 2GRCA 4BW4A 5DYUA 5LKTA 4YABA 5FE8A 3UV5A 5KTXA 5CQ3A 3LJWA 4IR5A 3JVKA 5L8UA 5C89A 4O71A 4YADA 4TQNA 4PKLA 5FH7A 5II1A 3LQIA 2WP2A 5EA1A 2G4AA 4PTBA 5EI4A 4QSTA 4NR9A 5F2PA 5EWCA 5A7CA 4MR4A 3P1DA 3HMHA 4LZSA 2RS9B 4NR7A 4TS8A 3LQHA 5EPBA 4QYLA 5EWHA 3AADA 5D3JA 4ZC9A 5C7NA 3DWYA 5C8GA 5EPRA 5A5RA 5LVQA 3G0LA 2YW5A 1EQFA 4YH4A 4NUDA 3FKMX 4WHWA 4OGIA 2RO1A 5F62A 4QSSA 4UIWA 2RNWA 4QNSA 4HXKA 3UW9A 3HMFA 3I3JA 5DYXA 4CUTA 2NXBA 5HFQA 2DVQA 5HQ7A 4HXSA 4WIVA 4UIVA 2DATA 2F6JA 4O72A 4QR3A 5DW1A 5CY9A 3GG3A 3UVYA 4DONA 4YYGA 2OUOA 5CTLA 4QEVA 4O7FA 5CS8A 4NQMA 4QYDA 5E9LA 5CGPA 4CL9A 4TZ2A 4UYFB 5ENIA 5FB0A 5I7XA 3D7CA 5E3DA 4NQNA 4A9NA 2OO1A 5FH6A 2H60A 5KTWA 5BT4A 5HLSA 5CQ4A 5BT3A 4HBWA 4QSVA 5I86A 4UYGA 4BJXA 3MQMA 4N4IA 5LKZA 5KHMA 4Q0OA 4A9OA 1WUMA 4LYSA 5DY7A 4A9JA 5E9MA 4A9EA 4O78A 5IGKA 1JSPB 4A9IA 4A9HA 5FFVA 5FE3A 3O36A 5I1QA 5ENBA 2YEMA 4HXPA 5CPEA 4QSWA 3S92A 2R0SA 5HENA 4TT4A 4LDFA 4MEQA 5DFBA 4QR4A 4YBTA 4WHUA 5F5ZA 5K29A 4LRGA 4HXMA 5G4RA 3IU6A 4MR3A 3MULA 4J0RA 5ETBA 3G0JA 5CU8A 4QR5A 3S91A 3U5NA 5G4SA 2YYNA 4C67A 5FE4A 4PCEA 3RCWA 4PS5A 1ZS5A 4OUFA 5I89A 3UVDA 5ACYA 4HXLA 4TT2A 4O77A 4IR6A 5FE1A 3ONIA 5F36A 4NR4A 4QSPA 2R0VA 4XUAA 3SVHA 5HRWA 4UYFA 3LQJA 3U5OA 4NXJA 4CFKA 2D9EA 5E74A 2DWWA 1E6IA 4OGJA 5JWMA 4Z1SA 4YY4A 2YQDA 5CQ5A 5CZGA 4YBMA 5LJ1A 5FFWA 5DYAA 5CQAA 2MJVB 5F25A 3P1EA 4IR4A 2N9GA 3SVGA 5IIDA 5I83A 5JI8A 3UV2A 4TT6A 5L99A 5F61A 4UIZA 3K2JA 4UYHA 1F68A 4CUPA 3U5JA 4F3IA 4NUCA 4TTEA 5F1LA 5FH8A 5CFWA 5HM0A 4NRBA 4YYHA 5J0DA 3JVJA 5COIA 5I88A 4O7EA 4BW2A 5CUBA 4YYNA 5DLXA 4Z1QA 5H1UA 5I29A 4BHWA 5D3SA 1N72A 5DBMA 3QZVA 2YDWA 4Q0NA 5II2A 4CUQA 2YELA 2WP1A 4N4HA 3IU5A 5D3HA 5IG6A 4IOQA 5AD3A 4YC9A 5D26A 5DKDA 5AMEA 5D7XA 4YYJA 4NS5A 5D24A 5F1HA 4XUBA 4KCXA 4A9MA 5E7DA 5DX4A 4LYIA 5EWDA 4MEPA 5CUEA 5I80A 4HXNA 5CUCA 4O70A 5ENHA 5FE9A 4KV1A 5LKUA 4Y03A 5D3NA 5HFRA 3AQAA 4QSRA 5LKXA 4ALGA 5ENGA 5DKHA 3Q2EA 4LYWA 5FE0A 2RNYA 4QEUA 4QEWA 5HQ5A 5IBNA 4YK0A 5CQ6A 5A82A 4O75A 5C85A 4NYXA 2OSSA 5EISA 5E3GA 5CQ7A 4O76A 5HRVA 5FG5A 3O37A 3O34A 4QUUA 2I7KA 5I40A 4QZSA 5A85A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5IGMA 4BW3A 3MB3A 5EPSA 5E9YA 5CRZA 2E7OA 5E9KA 3ERRA 4IORA 5EK9A 4ALHA 4CFLA 3U5PA 5FE6A 5LUUA 4MR5A 5FBXA 2D82A 5BT5A 5H1TA 2DVVA 4QC1A 5F3AA 5DFDA 1WUGA 5A5QA 5EV9A 4HXOA 4A9KA 4N4GA 3UVXA 5FG6A 4BW1A 3QZSA 4UYDA 4XY9A 4X2IA 5FFYA 3U5LA 4J0SA 2YEKA 4J3IA 4YBSA 4IR3A 4LR6A 4O74A 5A5OA 4QBMA 5KO4A 4LZ2A 3MUKA 4YYDA 4NYWA 3U5KA 2F6NA 5HEMA 5L96A 5DLZA 2L84A 3JVMA 4NRAA 4YYMA 3SVFA 5LJ0A 5H1VA 3O33A 4XY8A 5CQTA 4HBXA 5TB6A 3P5OA 4AKIA 4QB3A 5E73A 4UITA 4YY6A 5KTUA 2EJNA 5A5SA 5IGLA 2E3KA 5AD2A 4YAXA 4CURA 4C66A 4E96A 2R0YA 4UYEA 4YH3A 5LVRA 2DVSA 4O7BA 4MEOA 4RVRA 4MR6A 2RI7A 4NYVA 5DYCA 5KU3A 4NR6A 5CUDA 4QC3A 4QUTA 4UIUA 1JM4B 3MXFA 5AMFA 4Z6HA 2E7NA 4PCIA 2RNXA 5EWVA 3MB4A 5DKCA 4UIYA 5HJCA 4LC2A 4QSXA 5C87A 2FSAA 5EICA 5I7YA 5D3PA 5D3RA 4KV4A 3UVWA 5FB1A 4QSQA 5L8TA 5HELA 4GPJA 4TZ8A 5E9IA 4XYAA 5F60A 5FE7A 5EM3A 5CUAA 4TU6A 3QZTA 4O7AA 4MENA 5H85A 4QY4A 4NRCA 5HCLA 4N3WA 4ZW1A 5IGNA 5A83A 4CLBA 4NUEA 5A5NA 5CP5A 5C4QA 4UIXA 5CUGA 5HQ6A 5ENCA 3TLPA 3HMEA 5CQ8A 5E0RA 4Z6IA 5A5PA 5D25A 4LZRA 4IOOA 5FE5A 3JVLA 3NXBA 5A81A 2KTBB 4PY6A 4YYIA 5CRMA 3DAIA 2I8NA 4O7CA 5EWWA 3Q2FA 4A9LA 4AKNA 4CUSA 2L85A 5TCMA 5EU1A 5D3TA 5ENFA 4N4FA 5EVAA 4HBVA 5FG4A 3UV4A 4TU4A 5ENEA 5EP7A 3O35A 4YATA 4TYLA 3P1FA 5L98A 5F63A 4ZQLA 5ENJA 5EQ1A 4Z93A 5LJ2A 5FE2A 2RFJA 2DKWA 5HRXA 4HBYA 4HXRA 4A9FA 5DW2A 3ZYUA 5FDZA 4NR5A 5DFCA 2DVRA 4CUUA 1X0JA 4YYKA 4NR8A 5D3LA 4QSUA 5L97A 5D0CA 2LSPB 3U5MA 3LXJA 5ETDA 4FLPA 3P1CA 2L5EA 3D1DA 5EGUA 4J1PA 5E9VA 2R10A 2GRCA 4BW4A 5DYUA 5LKTA 4YABA 5FE8A 3UV5A 5KTXA 5CQ3A 3LJWA 4IR5A 3JVKA 5L8UA 5C89A 4O71A 4YADA 4TQNA 4PKLA 5FH7A 5II1A 3LQIA 2WP2A 5EA1A 2G4AA 4PTBA 5EI4A 4QSTA 4NR9A 5F2PA 5EWCA 5A7CA 4MR4A 3P1DA 3HMHA 4LZSA 2RS9B 4NR7A 4TS8A 3LQHA 5EPBA 4QYLA 5EWHA 3AADA 5D3JA 4ZC9A 5C7NA 3DWYA 5C8GA 5EPRA 5A5RA 5LVQA 3G0LA 2YW5A 1EQFA 4YH4A 4NUDA 3FKMX 4WHWA 4OGIA 2RO1A 5F62A 4QSSA 4UIWA 2RNWA 4QNSA 4HXKA 3UW9A 3HMFA 3I3JA 5DYXA 4CUTA 2NXBA 5HFQA 2DVQA 5HQ7A 4HXSA 4WIVA 4UIVA 2DATA 2F6JA 4O72A 4QR3A 1ZKRA 5DW1A 3GG3A 3UVYA 4DONA 5CY9A 4YYGA 2OUOA 5CTLA 4QEVA 4O7FA 5CS8A 4NQMA 4QYDA 5E9LA 5CGPA 4CL9A 4TZ2A 4UYFB 5ENIA 5FB0A 5I7XA 3D7CA 5E3DA 4NQNA 4A9NA 2OO1A 5FH6A 4AKGA 2H60A 5KTWA 5BT4A 5HLSA 5CQ4A 5BT3A 4HBWA 4QSVA 5I86A 4UYGA 4BJXA 3MQMA 4N4IA 5LKZA 5KHMA 4Q0OA 4A9OA 1WUMA 4LYSA 5DY7A 4A9JA 5E9MA 4A9EA 1PUOA 4O78A 5IGKA 1JSPB 4A9IA 4A9HA 5FFVA 5FE3A 3O36A 5I1QA 5ENBA 2YEMA 4HXPA 5CPEA 4QSWA 3S92A 2R0SA 5HENA 4TT4A 4LDFA 4MEQA 5DFBA 4QR4A 4YBTA 4WHUA 5F5ZA 5K29A 4LRGA 4HXMA 5G4RA 3IU6A 4MR3A 3MULA 4J0RA 5ETBA 3G0JA 5CU8A 4QR5A 3S91A 3U5NA 5G4SA 2YYNA 4C67A 5FE4A 4PCEA 3RCWA 4PS5A 1ZS5A 4OUFA 5I89A 3UVDA 5ACYA 4HXLA 4TT2A 4O77A 4IR6A 5FE1A 3ONIA 5F36A 4NR4A 4QSPA 2R0VA 4XUAA 3SVHA 5HRWA 4UYFA 3LQJA 3U5OA 4NXJA 4CFKA 2D9EA 5E74A 2DWWA 3VKHA 1E6IA 4OGJA 5JWMA 4Z1SA 4YY4A 2YQDA 5CQ5A 5CZGA 4YBMA 5LJ1A 5FFWA 5DYAA 5CQAA 2MJVB 5F25A 3P1EA 4IR4A 2N9GA 3SVGA 5IIDA 5I83A 5JI8A 3UV2A 4TT6A 5L99A 5F61A 4UIZA 3K2JA 4UYHA 1F68A 4CUPA 3U5JA 4F3IA 4NUCA 4TTEA 3D1BA 5F1LA 5FH8A 5CFWA 5HM0A 4NRBA 4YYHA 5J0DA 3JVJA 5COIA 5I88A 4O7EA 4BW2A 5CUBA 4YYNA 5DLXA 4Z1QA 5H1UA 5I29A 4BHWA 5D3SA 3VKGA 1N72A 5DBMA 3QZVA 2YDWA 4Q0NA 5II2A 4AKHA 4CUQA 2YELA 2WP1A 4N4HA 3IU5A 5D3HA 5IG6A 4IOQA 5AD3A 4YC9A 5D26A 5DKDA 5AMEA 5D7XA 4YYJA 4NS5A 5D24A 5F1HA 4XUBA 4KCXA 4A9MA 5E7DA 5DX4A 4LYIA 5EWDA 4AI6A 4MEPA 5CUEA 5I80A 4HXNA 5CUCA 4O70A 5ENHA 5FE9A 4KV1A 5LKUA 4Y03A 5D3NA 5HFRA 3AQAA 4QSRA 5LKXA 4ALGA 5ENGA 5DKHA 3Q2EA 4LYWA 5FE0A 2RNYA 4QEUA 4QEWA 5HQ5A 5IBNA 4YK0A 5CQ6A 5A82A 4O75A 5C85A 4NYXA 2OSSA 5EISA 5E3GA 5CQ7A 4O76A 5HRVA 5FG5A 3O37A 3O34A 4QUUA 2I7KA 5I40A 4QZSA 5A85A
chains in the Genus database with same CATH topology
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