4YH4A

Crystal structure of human brd4(1) in complex with 4-[(5-phenylpyridin-3-yl)carbonyl]-3,4-dihydroquinoxalin-2(1h)-one (compound 19d)
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
b'SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Discovery of a new chemical series of BRD4(1) inhibitors using protein-ligand docking and structure-guided design.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Protein binding
total genus 45
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-02-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4yh4A01
4YABA 2DATA 2YELA 5L8TA 3MXFA 4MR4A 4O72A 5COIA 5CUAA 5CTLA 5L97A 5C8GA 4UYHA 2YEMA 4N4GA 4J3IA 4HXMA 5CUBA 5IG6A 4HXLA 5EI4A 4IOOA 4QB3A 4YYDA 4PTBA 5EK9A 3UVXA 5G4SA 5C4QA 4QC3A 5EVAA 5CQ8A 4HXKA 5CQ5A 4UYGA 5IGNA 4CUUA 5HENA 5FG4A 4HXNA 5IBNA 5H85A 5EWDA 4NR4A 4A9LA 4MR3A 4C67A 3MB3A 5EV9A 2KTBB 5IIDA 5AMFA 5FFYA 2YYNA 4XY8A 5H1VA 5LUUA 2MJVB 4UIWA 2F6JA 4QEVA 3GG3A 5DKCA 4YAXA 5E9MA 4O7AA 4XUBA 3NXBA 4TU4A 5LKZA 4Z6IA 4XYAA 4BW2A 5F63A 5F5ZA 3MB4A 5I1QA 5D3LA 5FE7A 4AKNA 4LZRA 4YY4A 5CQTA 5I86A 4O74A 2E7OA 5CUEA 4CFLA 5FFVA 4IR5A 5ETBA 5EWVA 3FKMX 4A9MA 5D3HA 4KCXA 4LRGA 4F3IA 3U5PA 4YH4A 5E9VA 4Z6HA 4HBVA 5EPBA 4QSQA 5JWMA 4O7CA 2RFJA 1ZS5A 3U5MA 5HRVA 4QSWA 5G4RA 4QUUA 5D3PA 4HBYA 4OGIA 5CUCA 4DONA 4MR5A 5A81A 5F3AA 4BW3A 4KV4A 5CUGA 4BJXA 4O75A 2D82A 4HBXA 4MEPA 4QEUA 3U5LA 4YYKA 3O36A 5DYCA 4QSUA 4NRCA 5A5QA 2DVVA 5II2A 4E96A 5CQ4A 5AD3A 3AQAA 4TT4A 1N72A 4CUTA 5D3JA 5ENJA 3UV4A 5F60A 4NUCA 5KTWA 5CPEA 4O71A 4UIVA 5A85A 4QBMA 4O76A 4PY6A 4O78A 3ZYUA 5DFDA 2YEKA 5FE3A 4HXSA 4QR3A 4YC9A 5ENBA 4CL9A 4NYXA 5F62A 3Q2FA 3O37A 4TZ8A 3U5JA 5CFWA 4WHUA 3P1DA 5DYAA 4A9NA 1E6IA 4QSXA 5A5SA 5DW1A 4CUPA 5HQ5A 4QY4A 5LVRA 4O7EA 2RS9B 4ZQLA 4LYWA 4BW4A 5HLSA 3IU6A 3G0LA 4QSSA 3K2JA 5FB1A 5CS8A 4PKLA 4HBWA 5CUDA 5FH8A 5FE0A 5LKXA 5C85A 4UIUA 3QZTA 5E0RA 5CRMA 5AMEA 2R0SA 4Y03A 5A5PA 5E7DA 5HQ7A 5E9KA 3JVLA 4TYLA 1JSPB 2I7KA 3QZSA 4XY9A 4NR8A 4UYFB 2WP2A 4Z93A 5HFQA 2L5EA 4PCEA 3SVHA 4UITA 4ZC9A 5I7XA 1EQFA 5I29A 5J0DA 5C7NA 4NR7A 3TLPA 5BT3A 4HXRA 4YH3A 5EA1A 5FE2A 5FE4A 3U5KA 4LDFA 4WIVA 5A83A 5I88A 4J1PA 2D9EA 4YYMA 4QSRA 5D3NA 2L84A 4N4FA 4RVRA 4HXPA 5E74A 4NR9A 4QSVA 5EPRA 2RO1A 4YADA 4J0SA 5FB0A 5I83A 5E9LA 4Q0OA 5BT4A 4IORA 4O7FA 5LJ1A 4NYVA 2NXBA 4NYWA 4TT6A 3JVKA 5L98A 3P1EA 4BW1A 5I80A 4YYJA 5TB6A 5DYUA 3SVFA 4OGJA 5EWWA 2F6NA 5HCLA 5E73A 3P5OA 4TS8A 5D0CA 5D26A 2YQDA 3MQMA 5DLXA 5FE5A 5CRZA 5FBXA 5EWCA 5A7CA 1JM4B 5ETDA 4CURA 5ENGA 2DVRA 5EQ1A 4QR5A 4IR6A 2RNWA 3UW9A 5F1HA 1F68A 5HQ6A 3LQHA 5EICA 3HMFA 2LSPB 4NRBA 5DY7A 4NR6A 5AD2A 3DWYA 5ENIA 4CFKA 4MR6A 5CP5A 2DWWA 5FE6A 5D3SA 3O35A 5KTUA 2DVQA 5L8UA 5ENEA 4O7BA 2RI7A 5A5NA 4YY6A 4MENA 4NUDA 5DBMA 5K29A 2OUOA 5CZGA 5HFRA 5IGKA 5IGMA 5HJCA 4UIYA 3LXJA 2WP1A 4NRAA 5FG6A 2L85A 5L99A 4XUAA 5LKUA 5ENFA 5F61A 5EPSA 5FH7A 4A9IA 5D3RA 2R0YA 5H1TA 5EISA 4TZ2A 4A9JA 2OSSA 5DLZA 3IU5A 5FG5A 4UIXA 5HEMA 4UYDA 5DX4A 4QYDA 2DKWA 3I3JA 4IOQA 4MEOA 5CQ3A 4QUTA 4PCIA 5FDZA 4NQNA 4A9EA 5ENHA 3Q2EA 3S92A 4LC2A 3MULA 5II1A 2FSAA 4N3WA 3AADA 4TU6A 4N4IA 2R0VA 4TQNA 5E9IA 3U5OA 3U5NA 5E3DA 3UVDA 5KO4A 4UYEA 5KTXA 5ENCA 5FE9A 4BHWA 5CGPA 5FE1A 5IGLA 5D7XA 5DYXA 4QYLA 3P1CA 4YBMA 5DKHA 5F2PA 5C89A 5C87A 5CY9A 5F1LA 5EWHA 3JVMA 4Q0NA 4NS5A 4LR6A 4QSPA 4N4HA 4O77A 5FFWA 4Z1QA 2OO1A 4KV1A 4QZSA 4CLBA 4YATA 5JI8A 5KU3A 3LQIA 4IR4A 5KHMA 4X2IA 5A5RA 4CUQA 4YYIA 5FH6A 5LKTA 1WUGA 3QZVA 2YW5A 4NR5A 5A82A 5LJ0A 5LVQA 4LYSA 5H1UA 4NQMA 4TTEA 4LYIA 3G0JA 5F36A 5D25A 4QSTA 4A9OA 1WUMA 3S91A 4GPJA 2YDWA 3JVJA 4WHWA 3UVWA 2GRCA 5D24A 4IR3A 4CUSA 4ALHA 3LQJA 2E3KA 5HELA 2N9GA 5CQAA 5L96A 4HXOA 4LZSA 5TCMA 5DFCA 4UIZA 1X0JA 5E9YA 5A5OA 2RNYA 4NUEA 3RCWA 2RNXA 4FLPA 4QC1A 5CU8A 2E7NA 3MUKA 4C66A 5HM0A 5EP7A 5I89A 5DFBA 4YBSA 3UV5A 4A9HA 5E3GA 5I7YA 2H60A 3UV2A 3P1FA 3D7CA 4NXJA 5HRXA 2I8NA 4MEQA 4YBTA 4PS5A 4YYHA 5LJ2A 2R10A 4J0RA 5DKDA 4A9KA 4QNSA 5BT5A 2G4AA 3DAIA 4LZ2A 5EGUA 3ONIA 4ALGA 5D3TA 5EM3A 3HMEA 4O70A 5EU1A 5HRWA 4A9FA 4QR4A 4YK0A 4TT2A 4YYGA 4ZW1A 4Z1SA 5I40A 4YYNA 5FE8A 2DVSA 5CQ6A 3SVGA 5DW2A 4OUFA 3O34A 4UYFA 3HMHA 5F25A 3LJWA 5CQ7A 5ACYA 3O33A 3UVYA 4QEWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4YABA 2DATA 2YELA 5L8TA 3MXFA 4MR4A 4O72A 5COIA 5CUAA 5CTLA 5L97A 5C8GA 4UYHA 2YEMA 4N4GA 4J3IA 4HXMA 5CUBA 5IG6A 4HXLA 5EI4A 4IOOA 4QB3A 4YYDA 4PTBA 5EK9A 3UVXA 5G4SA 5C4QA 4QC3A 5EVAA 5CQ8A 4HXKA 5CQ5A 4UYGA 5IGNA 4CUUA 5HENA 5FG4A 4HXNA 5IBNA 5H85A 5EWDA 4NR4A 4A9LA 4MR3A 4C67A 3MB3A 5EV9A 2KTBB 4AKHA 5IIDA 5AMFA 5FFYA 2YYNA 4XY8A 5H1VA 5LUUA 2MJVB 4UIWA 2F6JA 4QEVA 3GG3A 5DKCA 4YAXA 5E9MA 4O7AA 4XUBA 3NXBA 4TU4A 5LKZA 4Z6IA 4AKGA 4XYAA 4BW2A 5F63A 5F5ZA 3MB4A 5I1QA 5D3LA 5FE7A 4AKNA 4LZRA 4YY4A 5CQTA 5I86A 4O74A 2E7OA 5CUEA 4CFLA 5FFVA 4IR5A 5ETBA 5EWVA 3FKMX 4A9MA 5D3HA 4KCXA 4LRGA 4F3IA 3U5PA 4YH4A 5E9VA 4Z6HA 4HBVA 5EPBA 4QSQA 5JWMA 4O7CA 2RFJA 1ZS5A 3U5MA 5HRVA 4QSWA 5G4RA 5D3PA 3ERRA 4HBYA 4QUUA 4OGIA 5CUCA 4DONA 4MR5A 5A81A 5F3AA 4BW3A 4KV4A 5CUGA 4BJXA 4O75A 2D82A 4HBXA 4MEPA 4QEUA 3U5LA 4YYKA 3O36A 5DYCA 4QSUA 4NRCA 5A5QA 2DVVA 5II2A 4E96A 5CQ4A 5AD3A 3AQAA 4TT4A 1N72A 4CUTA 5D3JA 5ENJA 3UV4A 5F60A 4NUCA 5KTWA 5CPEA 4O71A 4UIVA 5A85A 4QBMA 4O76A 4PY6A 4O78A 3ZYUA 5DFDA 2YEKA 5FE3A 4HXSA 4QR3A 4YC9A 5ENBA 4CL9A 4NYXA 5F62A 3Q2FA 2EJNA 3O37A 4TZ8A 3U5JA 5CFWA 4WHUA 3P1DA 5DYAA 4A9NA 1E6IA 4QSXA 5A5SA 5DW1A 4CUPA 5HQ5A 4QY4A 5LVRA 4O7EA 2RS9B 4ZQLA 4LYWA 4BW4A 5HLSA 3IU6A 3G0LA 4QSSA 3K2JA 5FB1A 5CS8A 4PKLA 4HBWA 5CUDA 5FH8A 5FE0A 5LKXA 5C85A 4UIUA 3QZTA 5E0RA 5CRMA 5AMEA 2R0SA 4Y03A 5A5PA 5E7DA 5HQ7A 5E9KA 3JVLA 4TYLA 1JSPB 2I7KA 1ZKRA 3QZSA 4XY9A 4NR8A 4UYFB 2WP2A 4Z93A 5HFQA 2L5EA 4PCEA 3SVHA 4UITA 4ZC9A 5I7XA 1EQFA 5I29A 5J0DA 5C7NA 4NR7A 3TLPA 5BT3A 4HXRA 4YH3A 5EA1A 5FE2A 5FE4A 3U5KA 4LDFA 4WIVA 5A83A 5I88A 4J1PA 2D9EA 4YYMA 4AKIA 4QSRA 5D3NA 2L84A 4N4FA 4RVRA 4HXPA 5E74A 4NR9A 4QSVA 5EPRA 2RO1A 4YADA 4J0SA 5FB0A 5I83A 5E9LA 4Q0OA 5BT4A 4IORA 4O7FA 5LJ1A 4NYVA 2NXBA 4NYWA 4TT6A 3JVKA 5L98A 3P1EA 4BW1A 5I80A 4YYJA 5TB6A 5DYUA 3SVFA 4OGJA 3VKGA 5EWWA 1PUOA 2F6NA 5HCLA 5E73A 3P5OA 4TS8A 5D0CA 5D26A 2YQDA 3MQMA 5DLXA 5FE5A 5CRZA 5FBXA 5EWCA 5A7CA 1JM4B 5ETDA 4CURA 5ENGA 2DVRA 5EQ1A 4QR5A 4IR6A 2RNWA 3UW9A 5F1HA 1F68A 5HQ6A 3LQHA 5EICA 3HMFA 2LSPB 4NRBA 5DY7A 4NR6A 5AD2A 3DWYA 5ENIA 4CFKA 4MR6A 5CP5A 4AI6A 2DWWA 5FE6A 5D3SA 3O35A 5KTUA 2DVQA 5L8UA 5ENEA 4O7BA 2RI7A 5A5NA 4YY6A 4MENA 4NUDA 5DBMA 5K29A 2OUOA 5CZGA 5HFRA 5IGKA 5IGMA 5HJCA 4UIYA 3LXJA 2WP1A 4NRAA 5FG6A 2L85A 5L99A 4XUAA 5LKUA 5ENFA 5F61A 5EPSA 5FH7A 4A9IA 5D3RA 2R0YA 5H1TA 5EISA 4TZ2A 4A9JA 2OSSA 5DLZA 3IU5A 5FG5A 4UIXA 5HEMA 4UYDA 5DX4A 4QYDA 2DKWA 3I3JA 4IOQA 4MEOA 5CQ3A 4QUTA 4PCIA 5FDZA 4NQNA 4A9EA 5ENHA 3Q2EA 3S92A 4LC2A 3MULA 5II1A 2FSAA 4N3WA 3AADA 4TU6A 4N4IA 2R0VA 4TQNA 5E9IA 3U5OA 3U5NA 5E3DA 3UVDA 5KO4A 4UYEA 5KTXA 5ENCA 5FE9A 4BHWA 5CGPA 5FE1A 5IGLA 5D7XA 5DYXA 4QYLA 3P1CA 4YBMA 5DKHA 5F2PA 5C89A 5C87A 5CY9A 5F1LA 5EWHA 3JVMA 4Q0NA 4NS5A 4LR6A 4QSPA 4N4HA 4O77A 5FFWA 4Z1QA 2OO1A 4KV1A 4QZSA 4CLBA 4YATA 5JI8A 5KU3A 3LQIA 4IR4A 5KHMA 4X2IA 3VKHA 5A5RA 4CUQA 4YYIA 5FH6A 5LKTA 1WUGA 3D1DA 3QZVA 2YW5A 4NR5A 5A82A 5LJ0A 5LVQA 4LYSA 5H1UA 4NQMA 4TTEA 4LYIA 3G0JA 5F36A 5D25A 4QSTA 4A9OA 1WUMA 3S91A 4GPJA 2YDWA 3JVJA 4WHWA 3UVWA 2GRCA 5D24A 4IR3A 4CUSA 4ALHA 3LQJA 2E3KA 5HELA 2N9GA 5CQAA 5L96A 4HXOA 4LZSA 5TCMA 5DFCA 4UIZA 1X0JA 5E9YA 5A5OA 2RNYA 4NUEA 3RCWA 2RNXA 4FLPA 4QC1A 5CU8A 2E7NA 3MUKA 4C66A 5HM0A 5EP7A 5I89A 5DFBA 4YBSA 3UV5A 4A9HA 5E3GA 5I7YA 2H60A 3UV2A 3P1FA 3D7CA 4NXJA 5HRXA 2I8NA 4MEQA 4YBTA 4PS5A 4YYHA 5LJ2A 2R10A 4J0RA 5DKDA 4A9KA 4QNSA 5BT5A 2G4AA 3DAIA 4LZ2A 5EGUA 3ONIA 4ALGA 5D3TA 5EM3A 3HMEA 3D1BA 4O70A 5EU1A 5HRWA 4A9FA 4QR4A 4YK0A 4TT2A 4YYGA 4ZW1A 4Z1SA 5I40A 4YYNA 5FE8A 2DVSA 5CQ6A 3SVGA 5DW2A 4OUFA 3O34A 4UYFA 3HMHA 5F25A 3LJWA 5CQ7A 5ACYA 3O33A 3UVYA 4QEWA
chains in the Genus database with same CATH topology
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