4YH4A

Crystal structure of human brd4(1) in complex with 4-[(5-phenylpyridin-3-yl)carbonyl]-3,4-dihydroquinoxalin-2(1h)-one (compound 19d)
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Protein binding
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Discovery of a new chemical series of BRD4(1) inhibitors using protein-ligand docking and structure-guided design.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 45
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-02-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4yh4A01
4NR7A 5A5QA 4UYFA 5HQ5A 5DLXA 4TTEA 4TT2A 5CFWA 3G0JA 2KTBB 4MR5A 5HRWA 4IOOA 3O35A 3QZTA 1X0JA 4KV1A 4Z6IA 4QR5A 4QC1A 5I88A 5FG6A 5CUDA 5IGLA 4YATA 4IORA 5CQTA 2RNWA 4FLPA 4O71A 4WIVA 5ETDA 5FE1A 5CQ3A 5E9LA 2WP1A 4YH4A 4NS5A 4OGJA 4OGIA 4O72A 4YC9A 4CUSA 4LYIA 5EV9A 4O7AA 5CP5A 2E7OA 5CY9A 2OUOA 4QR3A 4YY4A 5FBXA 3U5KA 3UVXA 3P1CA 3UV2A 4QYDA 4HBVA 5LVRA 3U5LA 4QB3A 3JVLA 3UVDA 4UYEA 5D3TA 4HXRA 5LKUA 5D3LA 4PY6A 4QNSA 5FE9A 4HXKA 5D7XA 4HBXA 5EWDA 4TT6A 5KTWA 4X2IA 4IR4A 4QYLA 3O34A 5EISA 4CL9A 4KCXA 5AMFA 5EPSA 3UV4A 5C89A 5A5PA 4YBTA 5F2PA 5FE6A 4QUTA 2L85A 5HENA 3GG3A 5LVQA 2I8NA 2WP2A 4QC3A 2R0SA 4C66A 2YELA 5A5NA 3SVHA 3IU6A 5EM3A 4Z1QA 5G4RA 4YBSA 4BJXA 5LJ1A 3U5PA 4QSWA 5KU3A 5HRXA 5CRMA 5F5ZA 5EI4A 5EWHA 4NQNA 4YYMA 5E73A 4O7FA 4HXLA 5FE3A 5KTUA 5EQ1A 5FE2A 5CUGA 3UVWA 1WUGA 5D3NA 5A83A 5KO4A 3HMFA 5A5OA 5HELA 4TT4A 3QZVA 5CUAA 5LJ0A 2NXBA 4CUPA 3ZYUA 4Z93A 2H60A 5FH7A 5CQ8A 4UITA 1E6IA 4YYNA 5FG4A 5L99A 5A5RA 4O7BA 4TS8A 3QZSA 4HXSA 3SVFA 2N9GA 5E9VA 1ZS5A 4QR4A 4O70A 5E9KA 5ETBA 5A82A 4HXPA 4PTBA 4O75A 5G4SA 3SVGA 4N4FA 4CLBA 5F1LA 4A9IA 4QBMA 4YY6A 5FFVA 2OSSA 4TU4A 4Z6HA 5BT3A 4BW4A 4O7EA 5CQ7A 5F25A 5EPRA 3LJWA 4NRAA 4LDFA 2DKWA 5KHMA 5I80A 3I3JA 4NUEA 4YAXA 5DYCA 5E7DA 5HFQA 4XY8A 2RNYA 4O78A 2R0YA 4TZ2A 5A85A 3HMHA 2YEKA 3LQHA 2D82A 2F6JA 5HQ7A 3LQJA 3JVKA 2GRCA 3MULA 4YBMA 5BT5A 3Q2EA 3HMEA 4UIVA 5EA1A 5L8TA 5FE5A 5IGKA 4WHWA 4GPJA 4PCIA 5FH8A 4QEUA 4UIWA 5ENBA 5E3DA 4YH3A 5DLZA 5DKHA 5L96A 4MEOA 5A81A 4J0RA 4A9MA 4QZSA 5FE0A 5CQ4A 5I7XA 5L98A 3P5OA 3MQMA 5C85A 5DBMA 4N4HA 5D3PA 5FE4A 4Y03A 4LYSA 5E9YA 5F60A 5FG5A 3RCWA 3UVYA 5II1A 5HCLA 2E3KA 4BW1A 3TLPA 4QSQA 4MENA 4UYGA 4XY9A 3UW9A 4CFKA 2L5EA 4TU6A 4NR9A 5DFCA 5F1HA 5ACYA 4CUTA 4XUBA 5I7YA 4Q0NA 5I1QA 5HLSA 5K29A 4N4GA 4RVRA 3DAIA 4PS5A 5EU1A 5I83A 4J1PA 5CQ5A 5FFWA 4WHUA 2DWWA 4IR6A 5D25A 3U5OA 4NR5A 5H1TA 2DVVA 5I86A 4YADA 5EVAA 4ZW1A 3AADA 2RNXA 4TZ8A 1N72A 4DONA 5II2A 5TCMA 4UYDA 1WUMA 5FB0A 2L84A 5I89A 4MEQA 4UIXA 1JSPB 3O37A 4LYWA 4CUQA 5CGPA 5CS8A 5L8UA 5I40A 4HXMA 3O33A 2F6NA 4ALGA 4CUUA 4NYVA 2RO1A 4HBYA 5C4QA 5IIDA 4A9EA 2RS9B 5ENEA 5HEMA 5FB1A 5EICA 3AQAA 3Q2FA 4HXNA 5D3JA 5ENFA 5CTLA 4Z1SA 5C87A 5FH6A 5DKDA 5EWCA 5HJCA 5E9MA 5CRZA 4MEPA 5A5SA 5JI8A 5D3SA 4IR3A 5DKCA 5DY7A 3FKMX 1JM4B 2E7NA 4MR6A 1EQFA 2G4AA 4QY4A 5HRVA 5D26A 5ENCA 4XYAA 4Q0OA 4NYXA 3ONIA 4O77A 5ENJA 3U5NA 4NYWA 5IBNA 5LKXA 2YQDA 5CUCA 5DYUA 2DATA 5CUEA 5ENHA 2OO1A 5F62A 5ENGA 4NR8A 4QSXA 3S92A 2D9EA 5DFDA 4BW3A 3D7CA 5C7NA 2DVRA 4HXOA 4QSSA 2I7KA 4NQMA 4J0SA 4ALHA 4NRCA 5E0RA 5LKZA 5LKTA 5D3RA 5CPEA 5CUBA 4IR5A 4YYKA 4PKLA 4NXJA 5FE8A 4ZQLA 5CQ6A 3U5JA 3MB4A 2RI7A 2FSAA 4LC2A 4YYDA 2DVQA 3K2JA 2LSPB 4QSVA 4A9FA 4O76A 5BT4A 5C8GA 5HQ6A 5A7CA 4UYFB 4NRBA 4QSRA 3DWYA 4UYHA 4AKNA 4YYIA 3P1EA 4XUAA 5F63A 4NR6A 4J3IA 4ZC9A 5E74A 5IG6A 4QEVA 5FFYA 4A9OA 5D3HA 4QSUA 4C67A 5DW1A 5CQAA 5FDZA 5JWMA 4QSTA 3U5MA 4YABA 3UV5A 3MB3A 5DX4A 5HM0A 5IGMA 2MJVB 4LZ2A 2YEMA 3JVJA 4E96A 5D24A 5AD2A 2DVSA 5HFRA 5H1VA 5J0DA 4TQNA 4QSPA 5DYAA 5DFBA 3S91A 3P1DA 4TYLA 4YYJA 2YYNA 4N4IA 4F3IA 3NXBA 4LRGA 5LUUA 2RFJA 4OUFA 4NR4A 5EGUA 5H85A 4PCEA 4IOQA 5LJ2A 3IU5A 5E3GA 5ENIA 5COIA 4N3WA 5EWVA 5L97A 2YW5A 4YYHA 3G0LA 4BHWA 3MUKA 5AD3A 2YDWA 4UIUA 5I29A 5H1UA 4BW2A 4A9JA 4A9LA 5IGNA 5DYXA 4HBWA 5EK9A 4LZSA 5F3AA 4UIYA 4YK0A 3MXFA 3JVMA 4O74A 5D0CA 3LXJA 4NUDA 5EPBA 5FE7A 4KV4A 4NUCA 3LQIA 3O36A 4CFLA 5CU8A 4QEWA 1F68A 4MR4A 4QUUA 5CZGA 5EP7A 5KTXA 4UIZA 4MR3A 5DW2A 2R10A 3P1FA 4A9NA 5E9IA 4A9KA 5AMEA 5F61A 5EWWA 5TB6A 4A9HA 4LZRA 4YYGA 4LR6A 5F36A 2R0VA 4CURA 4O7CA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NR7A 5A5QA 4UYFA 5HQ5A 5DLXA 4TTEA 4TT2A 5CFWA 3G0JA 2KTBB 4MR5A 5HRWA 4IOOA 3O35A 3QZTA 1X0JA 4KV1A 4Z6IA 4QR5A 4QC1A 5I88A 5FG6A 5CUDA 5IGLA 4YATA 4IORA 5CQTA 2RNWA 4FLPA 4O71A 4WIVA 5ETDA 5FE1A 5CQ3A 5E9LA 2WP1A 4YH4A 4NS5A 4OGJA 3VKHA 4OGIA 4O72A 4YC9A 4CUSA 4LYIA 5EV9A 4O7AA 5CP5A 2E7OA 3ERRA 5CY9A 2OUOA 4QR3A 4YY4A 5FBXA 3U5KA 3UVXA 3P1CA 3UV2A 4QYDA 4HBVA 5LVRA 3U5LA 4QB3A 3JVLA 3UVDA 4UYEA 5D3TA 4HXRA 5LKUA 5D3LA 4PY6A 4QNSA 5FE9A 4HXKA 5D7XA 4HBXA 5EWDA 4TT6A 5KTWA 4X2IA 4IR4A 4QYLA 3O34A 5EISA 4CL9A 4KCXA 5AMFA 5EPSA 3UV4A 5C89A 5A5PA 4YBTA 4AKHA 5F2PA 5FE6A 4QUTA 2L85A 5HENA 3GG3A 5LVQA 2I8NA 2WP2A 4QC3A 2R0SA 4C66A 2YELA 5A5NA 3SVHA 3IU6A 5EM3A 4Z1QA 5G4RA 4YBSA 4BJXA 5LJ1A 3U5PA 4QSWA 5KU3A 5HRXA 5CRMA 5F5ZA 5EI4A 3D1DA 5EWHA 4NQNA 4YYMA 5E73A 4O7FA 4HXLA 5FE3A 5KTUA 5EQ1A 5FE2A 5CUGA 3UVWA 1WUGA 5D3NA 5A83A 5KO4A 3HMFA 5A5OA 5HELA 4TT4A 3QZVA 5CUAA 5LJ0A 2NXBA 4CUPA 3ZYUA 4Z93A 2H60A 5FH7A 5CQ8A 4UITA 1E6IA 4YYNA 5FG4A 5L99A 5A5RA 4O7BA 4TS8A 3QZSA 4HXSA 3SVFA 2N9GA 5E9VA 4AKGA 1ZS5A 4QR4A 4O70A 5E9KA 5ETBA 5A82A 4HXPA 4PTBA 4O75A 5G4SA 3SVGA 4N4FA 4CLBA 5F1LA 4A9IA 4QBMA 4YY6A 5FFVA 2OSSA 4TU4A 4Z6HA 5BT3A 4BW4A 4O7EA 5CQ7A 5F25A 5EPRA 3LJWA 4NRAA 4LDFA 2DKWA 5KHMA 5I80A 3I3JA 4NUEA 4YAXA 5DYCA 5E7DA 5HFQA 4XY8A 2RNYA 4O78A 2R0YA 4TZ2A 5A85A 3HMHA 2YEKA 3LQHA 2D82A 2F6JA 5HQ7A 3LQJA 3JVKA 2GRCA 3MULA 4YBMA 5BT5A 3Q2EA 3HMEA 4UIVA 5EA1A 5L8TA 5FE5A 5IGKA 4WHWA 4GPJA 4PCIA 5FH8A 4QEUA 4UIWA 5ENBA 5E3DA 4YH3A 5DLZA 5DKHA 5L96A 4MEOA 5A81A 4J0RA 4A9MA 4QZSA 5FE0A 5CQ4A 5I7XA 5L98A 3P5OA 3MQMA 5C85A 5DBMA 4N4HA 5D3PA 5FE4A 4Y03A 4LYSA 5E9YA 5F60A 5FG5A 3RCWA 3UVYA 5II1A 5HCLA 2E3KA 4BW1A 3TLPA 4QSQA 4MENA 4UYGA 4XY9A 3UW9A 4CFKA 2L5EA 4TU6A 4NR9A 5DFCA 5F1HA 5ACYA 4CUTA 4XUBA 5I7YA 4Q0NA 5I1QA 5HLSA 5K29A 4N4GA 4RVRA 3DAIA 4PS5A 5EU1A 5I83A 4J1PA 5CQ5A 5FFWA 4WHUA 2DWWA 4IR6A 5D25A 3U5OA 4NR5A 5H1TA 2DVVA 5I86A 4YADA 5EVAA 4ZW1A 3AADA 2RNXA 4TZ8A 1N72A 4DONA 5II2A 5TCMA 4UYDA 1WUMA 5FB0A 3VKGA 2L84A 5I89A 4MEQA 4UIXA 1JSPB 3O37A 4LYWA 4CUQA 5CGPA 5CS8A 5L8UA 5I40A 4HXMA 3O33A 2F6NA 4ALGA 4CUUA 4NYVA 2RO1A 4HBYA 5C4QA 5IIDA 4A9EA 2RS9B 5ENEA 5HEMA 5FB1A 5EICA 3AQAA 3Q2FA 4HXNA 5D3JA 5ENFA 5CTLA 4Z1SA 5C87A 5FH6A 5DKDA 5EWCA 5HJCA 5E9MA 5CRZA 4MEPA 5A5SA 5JI8A 5D3SA 4IR3A 5DKCA 5DY7A 3FKMX 1JM4B 2E7NA 4MR6A 1EQFA 2G4AA 4QY4A 5HRVA 5D26A 5ENCA 4XYAA 4Q0OA 4NYXA 3ONIA 4O77A 5ENJA 3U5NA 4NYWA 5IBNA 5LKXA 2YQDA 5CUCA 5DYUA 2DATA 5CUEA 5ENHA 2OO1A 5F62A 5ENGA 4NR8A 4QSXA 3S92A 2D9EA 5DFDA 4BW3A 3D7CA 5C7NA 2DVRA 4AI6A 4HXOA 4QSSA 2I7KA 4NQMA 4J0SA 4ALHA 4NRCA 5E0RA 5LKZA 5LKTA 5D3RA 5CPEA 5CUBA 4IR5A 4YYKA 4PKLA 4NXJA 5FE8A 4ZQLA 5CQ6A 3U5JA 3MB4A 2RI7A 2FSAA 4LC2A 4YYDA 2DVQA 3K2JA 2LSPB 4QSVA 4A9FA 4O76A 5BT4A 5C8GA 5HQ6A 5A7CA 4UYFB 4AKIA 4NRBA 3D1BA 4QSRA 3DWYA 4UYHA 4AKNA 4YYIA 3P1EA 4XUAA 5F63A 4NR6A 4J3IA 4ZC9A 5E74A 5IG6A 4QEVA 5FFYA 4A9OA 5D3HA 4QSUA 4C67A 5DW1A 5CQAA 5FDZA 5JWMA 4QSTA 3U5MA 4YABA 3UV5A 3MB3A 5DX4A 5HM0A 5IGMA 2MJVB 4LZ2A 2YEMA 3JVJA 4E96A 5D24A 5AD2A 2DVSA 5HFRA 5H1VA 5J0DA 4TQNA 4QSPA 5DYAA 5DFBA 3S91A 3P1DA 4TYLA 4YYJA 2YYNA 4N4IA 4F3IA 2EJNA 3NXBA 4LRGA 5LUUA 2RFJA 4OUFA 4NR4A 5EGUA 5H85A 4PCEA 4IOQA 5LJ2A 3IU5A 5E3GA 5ENIA 5COIA 4N3WA 1PUOA 5EWVA 5L97A 2YW5A 4YYHA 3G0LA 4BHWA 3MUKA 5AD3A 2YDWA 4UIUA 5I29A 5H1UA 4BW2A 4A9JA 4A9LA 5IGNA 5DYXA 4HBWA 5EK9A 4LZSA 5F3AA 4UIYA 4YK0A 3MXFA 3JVMA 4O74A 5D0CA 3LXJA 4NUDA 5EPBA 5FE7A 4KV4A 4NUCA 3LQIA 3O36A 4CFLA 5CU8A 1ZKRA 4QEWA 1F68A 4MR4A 4QUUA 5CZGA 5EP7A 5KTXA 4UIZA 4MR3A 5DW2A 2R10A 3P1FA 4A9NA 5E9IA 4A9KA 5AMEA 5F61A 5EWWA 5TB6A 4A9HA 4LZRA 4YYGA 4LR6A 5F36A 2R0VA 4CURA 4O7CA
chains in the Genus database with same CATH topology
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