5HRWA

Crystal structure of the fifth bromodomain of human pb1 in complex with 1-propylisochromeno[3,4-c]pyrazol-5(2h)-one) compound
Total Genus 35
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
35
sequence length
110
structure length
110
Chain Sequence
YMTPMQQKLNEVYEAVKNYTDKRGRRLSAIFLRLPSRSELPDYYLTIKKPMDMEKIRSHMMANKYQDIDSMVEDFVMMFNNACTYNEPESLIYKDALVLHKVLLETRRDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transcription
molecule keywords Protein polybromo-1
publication title Discovery and Optimization of a Selective Ligand for the Switch/Sucrose Nonfermenting-Related Bromodomains of Polybromo Protein-1 by the Use of Virtual Screening and Hydration Analysis.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 35
structure length 110
sequence length 110
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-01-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5hrwA00
2R0VA 5E74A 2R0YA 4QC1A 4CFLA 4HXNA 3S91A 5AD3A 5DYXA 4OGIA 3JVKA 4UIVA 5ACYA 5FB0A 4QSPA 2D9EA 3LQIA 5C89A 3TLPA 4LC2A 2YELA 5CTLA 5A5SA 4YBTA 2RI7A 5FH8A 5L98A 4J3IA 3MUKA 3AQAA 5CU8A 5D26A 4BW1A 5A5PA 4E96A 3MQMA 4TT6A 5L97A 4QR5A 4NR5A 4IORA 1X0JA 5F2PA 3P1FA 5ETBA 2DVVA 5E9VA 3O33A 5E3DA 3MB4A 4YABA 5ENJA 4PCIA 4O72A 4HBVA 5D7XA 3O35A 3P1CA 5E0RA 4CURA 5DYUA 4UYDA 4NR7A 4N4GA 5EM3A 5AD2A 5FB1A 4NS5A 4YH3A 4QNSA 2WP2A 3JVLA 5F3AA 5CRMA 4Z6IA 3HMFA 5EWDA 4LRGA 4NUDA 4MR3A 2RO1A 2YEKA 3GG3A 4QEVA 5HQ5A 3QZSA 5I7XA 5D0CA 3I3JA 5E3GA 5HELA 5I80A 5EWWA 2LSPB 4HBWA 4UYHA 4UIXA 2R0SA 5L8UA 5HM0A 5L99A 5D3RA 2DVRA 5FFYA 5DKCA 3AADA 4ZW1A 5I40A 5G4RA 3SVGA 1JM4B 3ONIA 3G0LA 4MR6A 5HFQA 4YAXA 4PS5A 3MB3A 4BJXA 5F63A 5EQ1A 3UV2A 5LUUA 4QY4A 5HFRA 4TU6A 4F3IA 4UYFA 5DFDA 5CP5A 3O34A 4N3WA 5CFWA 5EV9A 3DWYA 5E9LA 4UIWA 5HCLA 5ENEA 2F6NA 4TTEA 2GRCA 5E73A 4LYIA 5D24A 4IR3A 5F25A 5K29A 5LJ2A 5F1HA 4QYLA 5FE9A 4LDFA 4LZ2A 2E7NA 5KTUA 5DLXA 4YY6A 5F1LA 1F68A 4O70A 4CUSA 5C8GA 4QSXA 4LZRA 3UVYA 5FBXA 4HXLA 5DYCA 4QSTA 4CUUA 4NRCA 2OUOA 5TB6A 5DY7A 4NR4A 5A81A 4IOQA 2OO1A 4O71A 2I8NA 5CGPA 5HRWA 2G4AA 4O74A 4NR6A 5EPSA 2YW5A 2L5EA 4NQMA 4HXSA 5CQ4A 3S92A 5A5QA 5I86A 4WIVA 5IG6A 4IOOA 4YH4A 2D82A 5KTXA 4QSSA 2YQDA 4LYSA 2RS9B 5F5ZA 4O7EA 4PCEA 2DVSA 5E9YA 4LZSA 5IBNA 4AKNA 5I29A 5FE6A 5CQTA 5HJCA 4HXPA 4QB3A 4O7BA 2MJVB 4HBYA 3FKMX 5CS8A 2F6JA 5EISA 5J0DA 5LJ0A 5CQ5A 4J0SA 4XY9A 4Z1QA 4LYWA 5EPBA 5IGNA 2E3KA 4QYDA 3MULA 5HRXA 5II1A 4A9FA 4J1PA 5TCMA 2N9GA 5A5OA 4IR5A 4N4IA 3LQJA 4TYLA 3LXJA 5LKZA 5E9KA 5FE3A 5DW1A 4NYWA 5CRZA 3O37A 4CFKA 4TT2A 5D3PA 4Q0NA 4OGJA 5FE4A 4HBXA 4HXKA 4WHUA 3Q2FA 5EA1A 5LJ1A 5FDZA 5F62A 5BT3A 4LR6A 4O7CA 5CQ7A 5FE1A 5H1UA 4QC3A 4FLPA 1JSPB 5CUDA 5G4SA 5H1VA 4CUTA 4Q0OA 5E7DA 2E7OA 5ETDA 5D3LA 4A9MA 4BW2A 5DKDA 5FH7A 4RVRA 4NRBA 4WHWA 3QZVA 3HMHA 5COIA 5DBMA 4NRAA 5IIDA 2R10A 5I89A 5KTWA 5DLZA 3Q2EA 4BW4A 4CUPA 4Z93A 4QEWA 4MENA 4NYXA 4QBMA 4ZQLA 4C67A 5A82A 4O76A 5A85A 5JWMA 5CUBA 5EICA 5A5RA 4YATA 3D7CA 2L84A 4UYGA 5E9IA 4TT4A 5EU1A 5ENFA 4TU4A 5DX4A 4YYNA 5A83A 4QUTA 5DFCA 4UITA 4ZC9A 4QR3A 4XUBA 4O7FA 5L96A 3RCWA 5HQ6A 3U5JA 5BT4A 5EPRA 5D3HA 5F61A 5I1QA 5DKHA 4XYAA 5I83A 4QR4A 4KCXA 5DYAA 4CLBA 5FE5A 3IU6A 5CZGA 4IR4A 4UYEA 5D25A 4YYIA 3LJWA 5C87A 5EWHA 5LVRA 4A9IA 3NXBA 4KV4A 4O7AA 1N72A 4YADA 3P1EA 4YK0A 1WUMA 1EQFA 5ENHA 5EI4A 4J0RA 5HENA 4BW3A 4N4HA 5HRVA 3QZTA 5HEMA 5LKUA 5FH6A 3U5NA 2FSAA 4A9JA 3DAIA 2WP1A 4YYDA 2DATA 4MR4A 5HQ7A 4YYMA 1ZS5A 2DWWA 4MEOA 5A5NA 5AMEA 4PTBA 5CQ8A 4TZ2A 4NR9A 5ENCA 2KTBB 5FE7A 4NR8A 5FE8A 4NYVA 5F36A 4MEPA 5H1TA 4CL9A 4QSWA 2RNWA 4MR5A 3U5LA 2L85A 3U5KA 5KO4A 4QEUA 5E9MA 5II2A 2OSSA 2H60A 4A9LA 5EWCA 2YDWA 4ALGA 4QSRA 4QZSA 4IR6A 5F60A 5DW2A 4O78A 5CQ3A 5EGUA 5JI8A 2DVQA 5CY9A 3UVWA 4N4FA 4YYHA 4Z6HA 4HXOA 4A9OA 3U5MA 4YYGA 3P1DA 4TS8A 5I88A 4UYFB 2NXBA 5D3NA 3UV5A 5C85A 5EWVA 2YEMA 4TZ8A 5I7YA 4HXRA 5LVQA 5IGLA 5A7CA 4O77A 2RNYA 3G0JA 4XY8A 5D3TA 4PY6A 4QSQA 4NQNA 4YBSA 5CUAA 4A9HA 3HMEA 5D3JA 2DKWA 4CUQA 3UV4A 5HLSA 5LKXA 5CUGA 4C66A 4YYKA 3UVDA 4BHWA 3LQHA 4QSVA 4A9KA 5IGKA 3MXFA 4NUCA 4UIUA 5C4QA 5CQ6A 1E6IA 5EP7A 3U5OA 4HXMA 4KV1A 3SVHA 3JVJA 5L8TA 5CPEA 3K2JA 5FFWA 4ALHA 4NUEA 4UIZA 5LKTA 5CQAA 4MEQA 5AMFA 5ENIA 4YY4A 5FG5A 4DONA 4UIYA 3UVXA 4PKLA 5DFBA 2I7KA 4O75A 3ZYUA 5FE2A 5CUCA 5EK9A 3JVMA 4GPJA 4Y03A 5BT5A 3IU5A 5EVAA 5H85A 2RFJA 2YYNA 4OUFA 4TQNA 4QSUA 4QUUA 5FFVA 4YYJA 4YC9A 3U5PA 4YBMA 5FG4A 5D3SA 5ENGA 4XUAA 5ENBA 4A9NA 5FE0A 5IGMA 3O36A 5CUEA 2RNXA 1WUGA 4A9EA 5KU3A 3P5OA 5FG6A 4Z1SA 3SVFA 4X2IA 4NXJA 3UW9A 5KHMA 5C7NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2R0VA 5E74A 2R0YA 4QC1A 4CFLA 4HXNA 3S91A 5AD3A 5DYXA 4OGIA 3JVKA 4UIVA 5ACYA 5FB0A 3VKGA 4QSPA 2D9EA 3LQIA 5C89A 3TLPA 4LC2A 2YELA 5CTLA 5A5SA 4YBTA 2RI7A 5FH8A 5L98A 4J3IA 3MUKA 3AQAA 5CU8A 5D26A 4BW1A 5A5PA 4E96A 3MQMA 4TT6A 5L97A 4QR5A 4NR5A 4IORA 1X0JA 5F2PA 3P1FA 5ETBA 2DVVA 5E9VA 3O33A 5E3DA 3MB4A 4YABA 5ENJA 4PCIA 4O72A 4HBVA 5D7XA 3O35A 3P1CA 5E0RA 4CURA 5DYUA 4UYDA 4NR7A 4N4GA 5EM3A 5AD2A 5FB1A 4NS5A 4YH3A 4QNSA 2WP2A 3JVLA 5F3AA 5CRMA 4Z6IA 3HMFA 5EWDA 4LRGA 4NUDA 4MR3A 2RO1A 2YEKA 3GG3A 4QEVA 5HQ5A 3QZSA 5I7XA 5D0CA 3I3JA 5E3GA 5HELA 5I80A 5EWWA 2LSPB 4HBWA 4UYHA 4UIXA 2R0SA 5L8UA 5HM0A 5L99A 5D3RA 2DVRA 5FFYA 5DKCA 3AADA 4ZW1A 5I40A 5G4RA 3SVGA 1JM4B 3ONIA 3G0LA 4MR6A 5HFQA 4YAXA 4PS5A 3MB3A 4BJXA 5F63A 5EQ1A 3UV2A 5LUUA 4QY4A 5HFRA 4TU6A 4F3IA 4UYFA 5DFDA 5CP5A 3O34A 4N3WA 5CFWA 5EV9A 3DWYA 5E9LA 4UIWA 5HCLA 5ENEA 2F6NA 4TTEA 2GRCA 5E73A 4LYIA 5D24A 4IR3A 5F25A 5K29A 5LJ2A 5F1HA 4QYLA 5FE9A 4LDFA 4LZ2A 2E7NA 5KTUA 5DLXA 3D1BA 2EJNA 4YY6A 5F1LA 1F68A 4O70A 4CUSA 5C8GA 4QSXA 4LZRA 3UVYA 5FBXA 4HXLA 5DYCA 4QSTA 4CUUA 4NRCA 2OUOA 5TB6A 5DY7A 4NR4A 5A81A 4IOQA 2OO1A 4O71A 2I8NA 5CGPA 5HRWA 2G4AA 4O74A 3VKHA 4NR6A 5EPSA 2YW5A 2L5EA 4NQMA 4HXSA 5CQ4A 3S92A 5A5QA 5I86A 4WIVA 5IG6A 4IOOA 4YH4A 2D82A 5KTXA 4QSSA 2YQDA 3ERRA 4LYSA 2RS9B 5F5ZA 4O7EA 4PCEA 2DVSA 5E9YA 4LZSA 5IBNA 4AKNA 5I29A 5FE6A 4AKGA 5CQTA 5HJCA 4HXPA 4QB3A 4O7BA 2MJVB 4HBYA 3FKMX 5CS8A 2F6JA 5EISA 5J0DA 5LJ0A 5CQ5A 4J0SA 4XY9A 4Z1QA 4LYWA 5EPBA 5IGNA 2E3KA 4QYDA 3MULA 5HRXA 5II1A 4A9FA 4J1PA 5TCMA 2N9GA 5A5OA 4IR5A 4N4IA 3LQJA 4TYLA 3LXJA 5LKZA 5E9KA 5FE3A 5DW1A 4NYWA 5CRZA 3O37A 4CFKA 4TT2A 5D3PA 4Q0NA 4OGJA 5FE4A 4HBXA 4HXKA 4WHUA 3Q2FA 5EA1A 5LJ1A 5FDZA 5F62A 5BT3A 4LR6A 4O7CA 5CQ7A 5FE1A 5H1UA 4QC3A 4FLPA 1JSPB 5CUDA 5G4SA 5H1VA 4CUTA 4Q0OA 5E7DA 2E7OA 5ETDA 5D3LA 4A9MA 4BW2A 5DKDA 5FH7A 4RVRA 4NRBA 4WHWA 3QZVA 3HMHA 5COIA 5DBMA 4NRAA 5IIDA 2R10A 5I89A 5KTWA 5DLZA 3Q2EA 4BW4A 4CUPA 4Z93A 4QEWA 4MENA 4NYXA 4QBMA 4ZQLA 4C67A 5A82A 4O76A 5A85A 5JWMA 5CUBA 5EICA 5A5RA 4YATA 3D7CA 2L84A 4UYGA 5E9IA 4TT4A 5EU1A 5ENFA 4TU4A 5DX4A 4YYNA 5A83A 4QUTA 5DFCA 4UITA 4ZC9A 4QR3A 4XUBA 4O7FA 5L96A 3RCWA 5HQ6A 3U5JA 5BT4A 5EPRA 5D3HA 5F61A 5I1QA 5DKHA 4XYAA 5I83A 4QR4A 4KCXA 5DYAA 4CLBA 5FE5A 3IU6A 5CZGA 4IR4A 4UYEA 5D25A 4YYIA 3LJWA 5C87A 5EWHA 5LVRA 4A9IA 3NXBA 4KV4A 4O7AA 1N72A 4YADA 3P1EA 4YK0A 1WUMA 1EQFA 5ENHA 5EI4A 4J0RA 5HENA 4BW3A 4N4HA 1PUOA 5HRVA 3QZTA 5HEMA 5LKUA 5FH6A 3U5NA 2FSAA 4A9JA 3DAIA 2WP1A 4YYDA 2DATA 4MR4A 5HQ7A 4YYMA 1ZS5A 2DWWA 4MEOA 5A5NA 5AMEA 4PTBA 5CQ8A 4TZ2A 4NR9A 5ENCA 2KTBB 5FE7A 4NR8A 5FE8A 4NYVA 5F36A 4MEPA 5H1TA 4CL9A 4QSWA 2RNWA 4MR5A 3U5LA 2L85A 3U5KA 5KO4A 4QEUA 5E9MA 5II2A 2OSSA 2H60A 4A9LA 5EWCA 2YDWA 4ALGA 4QSRA 4QZSA 4IR6A 5F60A 5DW2A 4O78A 5CQ3A 5EGUA 5JI8A 4AKIA 2DVQA 5CY9A 3UVWA 4N4FA 4YYHA 4Z6HA 4HXOA 4A9OA 3U5MA 4YYGA 3P1DA 4TS8A 5I88A 4UYFB 4AKHA 2NXBA 5D3NA 3UV5A 5C85A 5EWVA 2YEMA 4TZ8A 5I7YA 4HXRA 5LVQA 1ZKRA 5IGLA 5A7CA 4O77A 2RNYA 3G0JA 4XY8A 5D3TA 4PY6A 4QSQA 4NQNA 4YBSA 5CUAA 3D1DA 4A9HA 3HMEA 5D3JA 2DKWA 4CUQA 3UV4A 5HLSA 5LKXA 5CUGA 4C66A 4YYKA 3UVDA 4BHWA 3LQHA 4QSVA 4A9KA 5IGKA 3MXFA 4NUCA 4UIUA 5C4QA 5CQ6A 1E6IA 5EP7A 3U5OA 4HXMA 4KV1A 3SVHA 3JVJA 5L8TA 5CPEA 3K2JA 5FFWA 4ALHA 4NUEA 4UIZA 5LKTA 5CQAA 4MEQA 5AMFA 5ENIA 4YY4A 5FG5A 4DONA 4UIYA 3UVXA 4PKLA 5DFBA 2I7KA 4O75A 3ZYUA 5FE2A 5CUCA 5EK9A 3JVMA 4GPJA 4Y03A 5BT5A 3IU5A 5EVAA 5H85A 2RFJA 2YYNA 4OUFA 4TQNA 4QSUA 4QUUA 5FFVA 4YYJA 4YC9A 3U5PA 4YBMA 5FG4A 5D3SA 5ENGA 4XUAA 5ENBA 4A9NA 5FE0A 5IGMA 4AI6A 3O36A 5CUEA 2RNXA 1WUGA 4A9EA 5KU3A 3P5OA 5FG6A 4Z1SA 3SVFA 4X2IA 4NXJA 3UW9A 5KHMA 5C7NA
chains in the Genus database with same CATH topology
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