5HRWA

Crystal structure of the fifth bromodomain of human pb1 in complex with 1-propylisochromeno[3,4-c]pyrazol-5(2h)-one) compound
Total Genus 35
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
35
sequence length
110
structure length
110
Chain Sequence
YMTPMQQKLNEVYEAVKNYTDKRGRRLSAIFLRLPSRSELPDYYLTIKKPMDMEKIRSHMMANKYQDIDSMVEDFVMMFNNACTYNEPESLIYKDALVLHKVLLETRRDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transcription
molecule keywords Protein polybromo-1
publication title Discovery and Optimization of a Selective Ligand for the Switch/Sucrose Nonfermenting-Related Bromodomains of Polybromo Protein-1 by the Use of Virtual Screening and Hydration Analysis.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 35
structure length 110
sequence length 110
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-01-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5hrwA00
4UITA 5A83A 3O34A 2RO1A 1X0JA 5F36A 3LQHA 2N9GA 4ZW1A 5F60A 5A5QA 5A5NA 5EWHA 4A9FA 4A9HA 4NR5A 4YBSA 5EVAA 4BW2A 3JVMA 2L5EA 4A9EA 5F25A 3SVHA 3O37A 2DATA 3MB3A 5A5SA 5D7XA 5FE6A 4Q0OA 5EICA 4YH4A 4O70A 5HRVA 3UW9A 1F68A 2DVQA 4MEOA 4NR4A 5HENA 4UYHA 4LRGA 5CRMA 5E9IA 4OGJA 5I80A 5EM3A 3UVDA 4NYXA 5CZGA 5II2A 4UYGA 5H1UA 5F2PA 4E96A 5EU1A 4UYEA 5CQ4A 4Z93A 2DWWA 5IG6A 4QBMA 3K2JA 5HFRA 4YYIA 5CTLA 4CURA 5EV9A 5HQ7A 2L85A 5ENJA 5E9LA 4CUQA 4O7BA 5C85A 3IU6A 4O76A 4TZ8A 4QSRA 5CQ7A 5FH6A 5D26A 3HMEA 4BHWA 4N4FA 5F1LA 5HELA 2OSSA 5CQ3A 5DLXA 4NUCA 5CUGA 5D3SA 4O78A 5E9VA 5D3JA 4NR7A 4Z6HA 5AMFA 4HBVA 2E3KA 4A9NA 3O36A 4QB3A 4XUBA 5LJ0A 4NRBA 5I1QA 4NUDA 5J0DA 5DW1A 5FBXA 5ETDA 4ZC9A 4HXPA 5G4SA 4BW3A 5C7NA 5I40A 2RNWA 2DVSA 3LQIA 5I7XA 5FFVA 1ZS5A 3UV4A 2GRCA 4QR5A 3MUKA 3DAIA 5CUCA 5LKUA 5CFWA 5ENEA 5FE1A 4F3IA 5HRWA 5HM0A 2I7KA 5IIDA 2H60A 2D9EA 3U5KA 5L97A 4OUFA 5H85A 5ENCA 4HXNA 5EWVA 4QSSA 3GG3A 4XY8A 5I7YA 5FB1A 4YABA 5HRXA 5E3DA 5LVRA 2I8NA 4YY6A 4IORA 4J1PA 2YQDA 4YYNA 3TLPA 4HXRA 4HXMA 5A81A 4MENA 2MJVB 5CY9A 4O7CA 5I86A 4HXOA 5L99A 1E6IA 4HXSA 2E7NA 5F61A 4LYIA 5HFQA 4QZSA 4NRAA 4Q0NA 5LKTA 3FKMX 5CGPA 4N4IA 5CUBA 3MQMA 5E9YA 4O72A 5DYUA 4NQMA 4QR3A 4KCXA 5D0CA 5D3LA 3U5OA 3LQJA 4O75A 4A9JA 3Q2FA 4TYLA 4BW4A 4TT2A 5DKHA 5C8GA 4NUEA 4N4GA 5ENBA 4LZ2A 3SVFA 4J3IA 5D3PA 4NRCA 4TZ2A 5DKCA 5CQTA 4PCIA 5A5RA 4ALHA 4UIVA 5BT5A 5I29A 5D3RA 5F3AA 4AKNA 5DYCA 5ENGA 5FE4A 5EGUA 3D7CA 4QEVA 4N4HA 3P1DA 3ZYUA 5BT3A 5C87A 5EPRA 2RNYA 4QSXA 4NXJA 2FSAA 4TU6A 4YYMA 5LJ1A 5E3GA 4YATA 4LYSA 3JVLA 4HXLA 4PCEA 5BT4A 3S92A 2E7OA 4C67A 5E9KA 4KV4A 4QSUA 5AMEA 1WUGA 4Y03A 5DFDA 5DX4A 4YYGA 4O74A 4QY4A 5K29A 5FFYA 2WP2A 2OUOA 5DY7A 2DVRA 5I89A 4QUTA 5EWDA 5FB0A 2YEKA 3QZSA 4TU4A 5FG6A 4LC2A 4XYAA 5JWMA 5CUAA 5AD2A 4QYLA 4OGIA 5FH8A 4MR5A 4YYJA 4XY9A 3UV2A 5FE0A 5FG4A 5A82A 3QZVA 5CS8A 5A5OA 4NQNA 5TCMA 4J0SA 5F1HA 5DYXA 5KO4A 5HEMA 4CUSA 3U5MA 3U5PA 2YEMA 4A9LA 5CQ5A 4QSWA 5EISA 5KTXA 4YH3A 4GPJA 4O71A 4YADA 3U5JA 4MEQA 5IGNA 4QEWA 2RNXA 5L96A 5F5ZA 4CFLA 4FLPA 3MB4A 5KHMA 4YBMA 4WIVA 4PKLA 4UYFA 5A7CA 5ENFA 2YDWA 1WUMA 4UIZA 5C89A 4NR6A 3AQAA 5KTWA 3HMFA 4UIWA 4BJXA 5KTUA 5DFBA 4Z1QA 3HMHA 5EPSA 5LKXA 5L8UA 4ALGA 4TT6A 5ENIA 5LKZA 5EK9A 4NS5A 4CFKA 4A9IA 4LYWA 5IGMA 2DVVA 4IR3A 3DWYA 4O7AA 4TT4A 3SVGA 4ZQLA 5COIA 4LZSA 3U5NA 5L98A 5LJ2A 3LJWA 4KV1A 5DFCA 2R0SA 4MR3A 4X2IA 1JSPB 5ETBA 4HXKA 5EWCA 5A85A 5ACYA 3ONIA 5HLSA 3UVXA 5EQ1A 2RFJA 5CUEA 5FE5A 3UVYA 4WHWA 4HBWA 4TTEA 4IR4A 4A9OA 2YW5A 5IGLA 4QYDA 4TS8A 4CLBA 5CU8A 4UIYA 5IBNA 4NR9A 2R0YA 5DYAA 5DBMA 2F6NA 4LR6A 5CQAA 4A9KA 4QUUA 5EA1A 4NR8A 2OO1A 5EI4A 5HCLA 4MEPA 4CUTA 3MXFA 5II1A 4O77A 4XUAA 4LZRA 4QC1A 5I88A 4QR4A 5C4QA 4NYWA 2RS9B 5CPEA 4Z1SA 5DW2A 3O33A 3G0LA 4YK0A 4CUPA 4YYDA 2KTBB 5FFWA 5FE2A 5FDZA 3P1FA 5ENHA 3QZTA 4C66A 2RI7A 5E74A 4HBYA 3P5OA 4IR6A 4QEUA 1EQFA 2YELA 5AD3A 4UYFB 4QC3A 4IOOA 4YYKA 4YBTA 4QSPA 4UIUA 4N3WA 5HJCA 4YAXA 4MR4A 4CUUA 4UIXA 4O7FA 5HQ6A 5CP5A 5IGKA 4YC9A 4Z6IA 3JVKA 3P1EA 5D3TA 2DKWA 4QSTA 2G4AA 5D3HA 3UVWA 5F63A 2R0VA 3JVJA 4WHUA 5KU3A 2L84A 5EP7A 5EWWA 3IU5A 4QNSA 4LDFA 3G0JA 4RVRA 2R10A 4QSVA 5E0RA 5CQ6A 5HQ5A 3LXJA 5DKDA 2D82A 4DONA 2NXBA 3Q2EA 3I3JA 3MULA 5FE3A 4IR5A 3RCWA 2F6JA 5EPBA 3UV5A 5LUUA 4PY6A 4CL9A 4O7EA 4NYVA 5D25A 5FE9A 4A9MA 3O35A 2LSPB 5CRZA 5CUDA 5TB6A 5LVQA 5G4RA 5F62A 4IOQA 4BW1A 5E9MA 1N72A 5FE8A 5FG5A 2YYNA 5DLZA 5FH7A 4YY4A 5D3NA 4YYHA 5A5PA 5D24A 4QSQA 3AADA 5CQ8A 5E73A 3U5LA 5E7DA 5FE7A 5I83A 5H1VA 3P1CA 4TQNA 4MR6A 5L8TA 4PTBA 4PS5A 3NXBA 4HBXA 5H1TA 2WP1A 3S91A 4UYDA 5JI8A 1JM4B 4J0RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4UITA 5A83A 3O34A 2RO1A 1X0JA 5F36A 3LQHA 2N9GA 4ZW1A 5F60A 5A5QA 5A5NA 5EWHA 4A9FA 4A9HA 4NR5A 4AKIA 4YBSA 5EVAA 4BW2A 3JVMA 2L5EA 4A9EA 5F25A 3SVHA 3O37A 2DATA 3MB3A 5A5SA 5D7XA 5FE6A 4Q0OA 5EICA 4YH4A 4O70A 5HRVA 3UW9A 1F68A 2DVQA 4MEOA 4NR4A 5HENA 4UYHA 4LRGA 5CRMA 5E9IA 4OGJA 5I80A 5EM3A 3UVDA 4NYXA 5CZGA 5II2A 4UYGA 5H1UA 5F2PA 4E96A 5EU1A 4UYEA 5CQ4A 4Z93A 2DWWA 5IG6A 4QBMA 3K2JA 5HFRA 4YYIA 5CTLA 4CURA 5EV9A 5HQ7A 2L85A 5ENJA 5E9LA 4CUQA 4O7BA 5C85A 3IU6A 4O76A 4TZ8A 4QSRA 5CQ7A 5FH6A 5D26A 3HMEA 4BHWA 4N4FA 5F1LA 5HELA 2OSSA 5CQ3A 5DLXA 4NUCA 5CUGA 5D3SA 4O78A 5E9VA 5D3JA 4NR7A 4Z6HA 5AMFA 4HBVA 2E3KA 4A9NA 3O36A 4QB3A 4XUBA 5LJ0A 4NRBA 4AKGA 5I1QA 4NUDA 5J0DA 5DW1A 5FBXA 5ETDA 4ZC9A 4HXPA 5G4SA 4BW3A 5C7NA 5I40A 2RNWA 2DVSA 3LQIA 5I7XA 5FFVA 1ZS5A 3UV4A 2GRCA 1PUOA 4QR5A 3MUKA 3DAIA 5CUCA 5LKUA 5CFWA 5ENEA 5FE1A 4F3IA 5HRWA 5HM0A 2I7KA 5IIDA 2H60A 2D9EA 3U5KA 5L97A 4OUFA 5H85A 5ENCA 4HXNA 5EWVA 4QSSA 3GG3A 4XY8A 5I7YA 5FB1A 4YABA 5HRXA 5E3DA 5LVRA 2I8NA 4YY6A 4IORA 4J1PA 2YQDA 4YYNA 3TLPA 4HXRA 4HXMA 5A81A 4MENA 2EJNA 2MJVB 5CY9A 4O7CA 5I86A 4HXOA 5L99A 1E6IA 3VKGA 4HXSA 2E7NA 5F61A 4LYIA 5HFQA 4QZSA 4NRAA 4Q0NA 5LKTA 3FKMX 5CGPA 4N4IA 5CUBA 3MQMA 5E9YA 4O72A 5DYUA 4NQMA 4QR3A 4KCXA 5D0CA 5D3LA 3U5OA 3LQJA 4O75A 4A9JA 3Q2FA 4TYLA 4BW4A 4TT2A 5DKHA 5C8GA 4NUEA 4N4GA 5ENBA 4LZ2A 3SVFA 4J3IA 5D3PA 4NRCA 4TZ2A 5DKCA 5CQTA 4PCIA 5A5RA 4ALHA 4UIVA 5BT5A 5I29A 5D3RA 5F3AA 4AKNA 5DYCA 5ENGA 5FE4A 3D1BA 3D7CA 5EGUA 4QEVA 4N4HA 3P1DA 3ZYUA 5BT3A 5C87A 5EPRA 2RNYA 4QSXA 4NXJA 2FSAA 4TU6A 4YYMA 5LJ1A 5E3GA 4YATA 4LYSA 3JVLA 4HXLA 4PCEA 1ZKRA 3S92A 5BT4A 2E7OA 4C67A 5E9KA 4KV4A 4QSUA 5AMEA 1WUGA 4Y03A 5DFDA 5DX4A 4YYGA 4O74A 4QY4A 5K29A 5FFYA 2WP2A 2OUOA 5DY7A 2DVRA 5I89A 4QUTA 5EWDA 5FB0A 2YEKA 3QZSA 4TU4A 5FG6A 4LC2A 4XYAA 5JWMA 5CUAA 5AD2A 4QYLA 4OGIA 5FH8A 4MR5A 4YYJA 4XY9A 3UV2A 5FE0A 5FG4A 5A82A 3QZVA 5CS8A 5A5OA 4NQNA 5TCMA 4J0SA 5F1HA 5DYXA 5KO4A 5HEMA 4CUSA 3U5MA 3U5PA 2YEMA 4A9LA 5CQ5A 4QSWA 5EISA 5KTXA 4YH3A 4GPJA 4O71A 4YADA 3U5JA 4MEQA 5IGNA 4QEWA 2RNXA 5L96A 5F5ZA 4CFLA 4FLPA 3MB4A 5KHMA 4YBMA 4WIVA 4PKLA 4UYFA 5A7CA 5ENFA 2YDWA 1WUMA 4UIZA 5C89A 4NR6A 3AQAA 5KTWA 3HMFA 4UIWA 4BJXA 5KTUA 5DFBA 4Z1QA 3HMHA 3D1DA 5EPSA 5LKXA 5L8UA 4ALGA 4TT6A 5ENIA 5LKZA 5EK9A 4NS5A 4CFKA 4A9IA 4LYWA 5IGMA 2DVVA 4IR3A 3DWYA 4O7AA 4TT4A 3SVGA 4ZQLA 5COIA 4LZSA 3U5NA 5L98A 5LJ2A 3LJWA 4KV1A 5DFCA 2R0SA 4MR3A 4X2IA 1JSPB 5ETBA 4HXKA 5EWCA 5A85A 5ACYA 3ONIA 5HLSA 3UVXA 5EQ1A 2RFJA 5CUEA 5FE5A 3UVYA 4WHWA 4HBWA 4TTEA 4IR4A 4A9OA 2YW5A 5IGLA 4QYDA 4TS8A 4CLBA 5CU8A 4UIYA 5IBNA 4NR9A 2R0YA 5DYAA 5DBMA 2F6NA 4LR6A 5CQAA 4A9KA 4QUUA 5EA1A 4NR8A 2OO1A 5EI4A 5HCLA 4MEPA 4CUTA 3MXFA 5II1A 4O77A 4XUAA 4LZRA 4QC1A 5I88A 4QR4A 5C4QA 4NYWA 2RS9B 5CPEA 4Z1SA 5DW2A 3O33A 3G0LA 4YK0A 4CUPA 4YYDA 2KTBB 5FFWA 5FE2A 5FDZA 3P1FA 5ENHA 4AKHA 3QZTA 4C66A 2RI7A 5E74A 4HBYA 3P5OA 4IR6A 4QEUA 1EQFA 2YELA 5AD3A 4UYFB 4QC3A 4IOOA 4YYKA 4YBTA 4QSPA 4UIUA 4N3WA 5HJCA 4YAXA 4MR4A 4CUUA 4UIXA 4O7FA 5HQ6A 5CP5A 5IGKA 4YC9A 4Z6IA 3ERRA 3JVKA 3P1EA 5D3TA 2DKWA 4QSTA 2G4AA 5D3HA 3UVWA 5F63A 2R0VA 3JVJA 4WHUA 5KU3A 2L84A 5EP7A 5EWWA 3IU5A 4QNSA 4LDFA 3G0JA 4RVRA 2R10A 4QSVA 5E0RA 5CQ6A 5HQ5A 3LXJA 5DKDA 2D82A 4DONA 2NXBA 3Q2EA 3I3JA 3MULA 5FE3A 4IR5A 3RCWA 2F6JA 5EPBA 3UV5A 5LUUA 4PY6A 4CL9A 4AI6A 4O7EA 4NYVA 5D25A 5FE9A 4A9MA 3O35A 2LSPB 5CRZA 5CUDA 5TB6A 5LVQA 5G4RA 5F62A 4IOQA 4BW1A 5E9MA 1N72A 5FE8A 5FG5A 2YYNA 5DLZA 5FH7A 4YY4A 5D3NA 4YYHA 5A5PA 5D24A 4QSQA 3AADA 5CQ8A 5E73A 3U5LA 5E7DA 3VKHA 5FE7A 5I83A 5H1VA 3P1CA 4TQNA 4MR6A 5L8TA 4PTBA 4PS5A 3NXBA 4HBXA 5H1TA 2WP1A 3S91A 4UYDA 5JI8A 1JM4B 4J0RA
chains in the Genus database with same CATH topology
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