5HRWA

Crystal structure of the fifth bromodomain of human pb1 in complex with 1-propylisochromeno[3,4-c]pyrazol-5(2h)-one) compound
Total Genus 35
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
35
sequence length
110
structure length
110
Chain Sequence
YMTPMQQKLNEVYEAVKNYTDKRGRRLSAIFLRLPSRSELPDYYLTIKKPMDMEKIRSHMMANKYQDIDSMVEDFVMMFNNACTYNEPESLIYKDALVLHKVLLETRRDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Protein polybromo-1
publication title Discovery and Optimization of a Selective Ligand for the Switch/Sucrose Nonfermenting-Related Bromodomains of Polybromo Protein-1 by the Use of Virtual Screening and Hydration Analysis.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription
total genus 35
structure length 110
sequence length 110
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-01-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5hrwA00
5H1TA 5FE1A 5JWMA 4CURA 5DYXA 5KO4A 4NRAA 5C4QA 5I7XA 4UITA 2RFJA 5JI8A 2RI7A 5FBXA 4J0SA 5F36A 5A83A 5DW2A 5FE7A 5LKUA 5F25A 4O7BA 3LQHA 4QSRA 5EM3A 3O35A 4KV1A 1EQFA 4O70A 2RNXA 3RCWA 4NR6A 4UIYA 5DFBA 3IU5A 5CFWA 4YH3A 3UV5A 3LJWA 3QZSA 4QBMA 5ETBA 4A9HA 1JM4B 5HEMA 5BT4A 3G0JA 4BW1A 4AKNA 4YYGA 5D3NA 4MEOA 4UYGA 5A5SA 4LR6A 5LKXA 4A9MA 2YDWA 5DLZA 5I29A 1N72A 4QY4A 4MR5A 3MB4A 3AQAA 5D0CA 4QUUA 5HQ5A 5CUEA 5E9VA 5CRZA 4YY4A 4BW2A 4YBSA 5CUCA 4PCIA 2E7NA 3JVJA 2DVVA 5AD3A 4NRBA 5A82A 4XUBA 5ETDA 4UIZA 5FE9A 4BHWA 4UYFB 5LJ1A 3U5NA 5EI4A 2F6NA 5D3LA 5CQAA 3I3JA 3QZTA 5A5RA 4TZ2A 4UIVA 5ENCA 3UW9A 4XY8A 3P1CA 4IR3A 4Q0OA 5KU3A 4HXMA 4HXPA 5HQ7A 5FE3A 4CLBA 3O37A 5CPEA 2DVQA 2KTBB 2FSAA 4MENA 5L97A 3DWYA 4QR4A 5HCLA 1WUMA 2LSPB 4O74A 5F5ZA 3U5MA 4A9LA 5A7CA 5A81A 5IGLA 4YH4A 4A9FA 5A85A 5LKTA 5E9KA 5KHMA 5F60A 4NR9A 4YADA 4LYSA 4J1PA 1ZS5A 5EWVA 1E6IA 4UYEA 2I8NA 4LRGA 4UIUA 5E7DA 5CQ3A 4YYHA 5DKCA 4TT6A 4A9EA 4A9KA 5D26A 4QC3A 5D24A 4KCXA 3O36A 5IGNA 5AMFA 1WUGA 5CQTA 2NXBA 2OO1A 4HBVA 3D7CA 2OUOA 3U5OA 5FE5A 5FE8A 5IBNA 5FDZA 5E74A 5EWHA 5FE6A 2L85A 3K2JA 3HMEA 3UV4A 4CUUA 5HELA 2D82A 5ENIA 5E9MA 5ENEA 5HQ6A 4TU6A 3U5PA 5CS8A 4A9IA 4XUAA 5D3RA 5EQ1A 1JSPB 4YK0A 4XYAA 5EISA 4F3IA 4CFKA 4LZSA 4OGJA 5IIDA 4YY6A 3JVLA 5EWCA 4CUQA 4QNSA 5ENGA 4HXOA 4QSPA 5DKHA 5COIA 4CUSA 4O76A 4ZC9A 5E9LA 4J0RA 5CQ4A 5G4RA 2I7KA 3U5LA 1F68A 4UIWA 3SVHA 4N3WA 5FFVA 4HXRA 3S91A 5CUAA 5A5NA 4YYKA 3FKMX 4YYMA 4TQNA 4A9OA 5E73A 5C8GA 5AD2A 2D9EA 5CGPA 3U5JA 4HXLA 4LZRA 5F3AA 4J3IA 5FB1A 5IGKA 4QB3A 4OUFA 3UVWA 4ALHA 3P1EA 4Z6IA 3UV2A 4NR4A 4O72A 5H85A 4IOQA 5E0RA 4NR5A 4A9JA 4YBMA 3Q2FA 5CQ6A 5F62A 5I80A 4UYHA 4O78A 4UYDA 4HBXA 4YAXA 4NUDA 4CFLA 4NXJA 5D3SA 2RNYA 4PCEA 4YYIA 5LJ0A 5BT3A 5FE0A 5CUDA 5A5QA 4TTEA 4O71A 5CZGA 4KV4A 4HXSA 5J0DA 2YEMA 5II1A 5D3JA 5DYUA 5KTUA 4PY6A 4TU4A 5I7YA 5CUGA 5CY9A 5HRXA 5E9YA 4ZQLA 5EK9A 4LC2A 5F1LA 5DBMA 5FG4A 4TT4A 4X2IA 2OSSA 4YYDA 4N4GA 4O7EA 4MR4A 4TYLA 2DWWA 2E3KA 3ONIA 5H1UA 3JVMA 3O33A 5CUBA 5FH6A 4YABA 5E3GA 5ENBA 5C85A 5D25A 2R0YA 4C67A 3Q2EA 4QSXA 4IR5A 5EPRA 5KTXA 5DKDA 4O77A 4QEUA 3G0LA 5DFDA 5TCMA 3MUKA 5D3PA 4GPJA 4TT2A 2MJVB 2YQDA 2WP1A 5FH7A 3AADA 2YW5A 3LQIA 5L8UA 2F6JA 4Q0NA 3MXFA 5EGUA 2G4AA 3DAIA 4HBWA 5DYCA 4LDFA 5I89A 2DATA 5IG6A 5EA1A 4E96A 5LVRA 4NQMA 4UYFA 4YBTA 4Z1QA 4TZ8A 4A9NA 5TB6A 3LXJA 5CU8A 4NR8A 2YELA 5LUUA 5CQ7A 4NR7A 3JVKA 5ENHA 5FG5A 5HM0A 4RVRA 2L84A 5D3HA 4HXNA 3UVYA 3ZYUA 4FLPA 5II2A 3P1DA 5FB0A 5EU1A 4BW3A 5EPBA 3MULA 5EVAA 5LKZA 4IOOA 3UVXA 4QSTA 5ACYA 5EWWA 2YYNA 5K29A 5CQ8A 5F61A 4DONA 3UVDA 5I88A 5HRVA 4IR6A 3NXBA 4YYNA 4IR4A 4WHWA 5FH8A 4ALGA 2DVSA 5KTWA 2RO1A 4NUEA 4UIXA 5CRMA 5D3TA 5BT5A 5I86A 5CP5A 5EICA 5HFRA 5EP7A 4O7AA 4NRCA 4QYDA 2RNWA 5FE2A 5CTLA 5C87A 4MR6A 4YC9A 2R0SA 4QR3A 3MQMA 5I83A 5DFCA 5D7XA 4WHUA 4NYXA 5HJCA 4YYJA 4QSWA 5DW1A 5HFQA 5C7NA 4OGIA 4MEQA 5LJ2A 5FFWA 4ZW1A 3S92A 3SVFA 3HMHA 3HMFA 4TS8A 4WIVA 4N4FA 5L8TA 5I1QA 4NYWA 4MEPA 4QSSA 4QSQA 4PS5A 5HLSA 4Z93A 4YATA 1X0JA 4NUCA 3TLPA 4BJXA 5CQ5A 5DX4A 4LZ2A 5EWDA 2L5EA 2H60A 3P5OA 5C89A 5A5OA 4QC1A 2R0VA 4QSVA 3U5KA 3P1FA 3LQJA 4LYWA 3GG3A 4Z1SA 5DY7A 4Z6HA 5I40A 2R10A 5ENFA 4N4IA 4O7CA 3SVGA 3QZVA 4QYLA 5E3DA 2RS9B 4Y03A 5L99A 5L96A 3O34A 4N4HA 4QR5A 4QSUA 5HRWA 3IU6A 4QZSA 2YEKA 4CUTA 5A5PA 4QEVA 4CUPA 4PTBA 4QUTA 5ENJA 4O75A 5H1VA 5EPSA 5AMEA 2E7OA 2DVRA 5F1HA 5HENA 2N9GA 5IGMA 5G4SA 5LVQA 4C66A 4QEWA 4XY9A 4CL9A 4HBYA 5FE4A 5EV9A 5F63A 4LYIA 4MR3A 5L98A 4NYVA 4PKLA 2GRCA 3MB3A 5E9IA 5FFYA 4NQNA 5F2PA 4HXKA 4IORA 2DKWA 2WP2A 4O7FA 4NS5A 5DYAA 5FG6A 5DLXA 4BW4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5H1TA 5FE1A 5JWMA 4CURA 4AI6A 5DYXA 5KO4A 4NRAA 5C4QA 5I7XA 4UITA 2RFJA 5JI8A 2RI7A 5FBXA 4J0SA 5F36A 5A83A 5DW2A 5FE7A 5LKUA 5F25A 4O7BA 3LQHA 4QSRA 5EM3A 1ZKRA 3O35A 4KV1A 1EQFA 4O70A 2RNXA 3RCWA 4NR6A 4UIYA 5DFBA 3IU5A 5CFWA 4YH3A 3UV5A 3LJWA 3QZSA 4QBMA 2EJNA 4AKGA 5ETBA 4A9HA 1JM4B 5HEMA 5BT4A 3G0JA 4BW1A 4AKNA 4YYGA 5D3NA 4MEOA 4UYGA 5A5SA 4LR6A 5LKXA 4A9MA 2YDWA 5DLZA 5I29A 1N72A 4QY4A 4MR5A 3MB4A 3AQAA 5D0CA 4QUUA 5HQ5A 5CUEA 5E9VA 5CRZA 4YY4A 4BW2A 4YBSA 5CUCA 4PCIA 2E7NA 3JVJA 2DVVA 5AD3A 4NRBA 5A82A 4XUBA 5ETDA 4UIZA 5FE9A 4BHWA 4UYFB 5LJ1A 3U5NA 5EI4A 2F6NA 5D3LA 5CQAA 3I3JA 3QZTA 5A5RA 4TZ2A 4UIVA 4AKIA 5ENCA 3UW9A 4XY8A 1PUOA 3P1CA 4IR3A 4Q0OA 5KU3A 4HXMA 4HXPA 5HQ7A 5FE3A 4CLBA 3O37A 5CPEA 2DVQA 2KTBB 2FSAA 4MENA 5L97A 3DWYA 4QR4A 5HCLA 1WUMA 2LSPB 4O74A 5F5ZA 3U5MA 4A9LA 5A7CA 5A81A 5IGLA 4YH4A 4A9FA 5A85A 5LKTA 5E9KA 5KHMA 5F60A 4NR9A 4YADA 4LYSA 4J1PA 1ZS5A 5EWVA 1E6IA 4UYEA 2I8NA 4LRGA 4UIUA 5E7DA 5CQ3A 4YYHA 5DKCA 4TT6A 4A9EA 4A9KA 5D26A 4QC3A 5D24A 4KCXA 3O36A 5IGNA 5AMFA 1WUGA 5CQTA 2NXBA 2OO1A 4HBVA 3D7CA 2OUOA 3U5OA 5FE5A 3VKHA 5FE8A 5IBNA 5FDZA 5E74A 5EWHA 5FE6A 2L85A 3K2JA 3HMEA 3UV4A 4CUUA 5HELA 2D82A 3ERRA 5ENIA 5E9MA 5ENEA 5HQ6A 4TU6A 3U5PA 5CS8A 4A9IA 4XUAA 5D3RA 5EQ1A 1JSPB 4YK0A 4XYAA 5EISA 4F3IA 4CFKA 4LZSA 4OGJA 5IIDA 4YY6A 3JVLA 5EWCA 4CUQA 4QNSA 5ENGA 4HXOA 4QSPA 5DKHA 5COIA 4CUSA 4O76A 4ZC9A 5E9LA 4J0RA 5CQ4A 5G4RA 2I7KA 3U5LA 1F68A 4UIWA 3SVHA 4N3WA 5FFVA 4HXRA 3S91A 5CUAA 5A5NA 4YYKA 3FKMX 4YYMA 4TQNA 4A9OA 5E73A 5C8GA 5AD2A 2D9EA 5CGPA 3U5JA 4HXLA 4LZRA 5F3AA 4J3IA 5FB1A 5IGKA 4QB3A 4OUFA 3UVWA 4ALHA 3P1EA 4Z6IA 3UV2A 4NR4A 4O72A 5H85A 4IOQA 5E0RA 4NR5A 4A9JA 4YBMA 3Q2FA 5CQ6A 5F62A 5I80A 4UYHA 4O78A 3D1DA 4UYDA 4HBXA 4YAXA 4NUDA 4CFLA 4NXJA 5D3SA 2RNYA 4PCEA 4YYIA 5LJ0A 5BT3A 5FE0A 5CUDA 5A5QA 4TTEA 4O71A 5CZGA 4KV4A 4HXSA 5J0DA 2YEMA 5II1A 5D3JA 5DYUA 4AKHA 5KTUA 4PY6A 4TU4A 5I7YA 5CUGA 5CY9A 5HRXA 5E9YA 4ZQLA 5EK9A 4LC2A 5F1LA 5DBMA 5FG4A 4TT4A 4X2IA 2OSSA 4YYDA 4N4GA 4O7EA 4MR4A 4TYLA 2DWWA 2E3KA 3ONIA 5H1UA 3JVMA 3O33A 5CUBA 5FH6A 4YABA 5E3GA 5ENBA 5C85A 5D25A 2R0YA 4C67A 3Q2EA 4QSXA 4IR5A 5EPRA 5KTXA 5DKDA 4O77A 4QEUA 3G0LA 5DFDA 5TCMA 3MUKA 5D3PA 4GPJA 4TT2A 2MJVB 2YQDA 2WP1A 5FH7A 3AADA 2YW5A 3LQIA 5L8UA 2F6JA 4Q0NA 3MXFA 5EGUA 2G4AA 3DAIA 4HBWA 5DYCA 4LDFA 5I89A 2DATA 5IG6A 5EA1A 4E96A 5LVRA 4NQMA 4UYFA 4YBTA 4Z1QA 4TZ8A 4A9NA 5TB6A 3LXJA 5CU8A 4NR8A 2YELA 5LUUA 5CQ7A 4NR7A 3JVKA 5ENHA 5FG5A 5HM0A 4RVRA 2L84A 5D3HA 4HXNA 3UVYA 3ZYUA 4FLPA 5II2A 3P1DA 5FB0A 5EU1A 4BW3A 5EPBA 3MULA 5EVAA 5LKZA 4IOOA 3UVXA 4QSTA 5ACYA 5EWWA 2YYNA 5K29A 5CQ8A 5F61A 4DONA 3UVDA 5I88A 5HRVA 4IR6A 3NXBA 4YYNA 4IR4A 4WHWA 3VKGA 5FH8A 4ALGA 2DVSA 5KTWA 2RO1A 4NUEA 4UIXA 5CRMA 5D3TA 5BT5A 5I86A 5CP5A 5EICA 5HFRA 5EP7A 4O7AA 4NRCA 4QYDA 2RNWA 5FE2A 5CTLA 5C87A 4MR6A 4YC9A 2R0SA 4QR3A 3MQMA 5I83A 5DFCA 5D7XA 4WHUA 4NYXA 5HJCA 4YYJA 4QSWA 5DW1A 5HFQA 5C7NA 4OGIA 4MEQA 5LJ2A 5FFWA 4ZW1A 3S92A 3SVFA 3HMHA 3HMFA 4TS8A 4WIVA 4N4FA 5L8TA 5I1QA 4NYWA 4MEPA 4QSSA 4QSQA 4PS5A 5HLSA 4Z93A 4YATA 1X0JA 4NUCA 3TLPA 4BJXA 5CQ5A 5DX4A 4LZ2A 5EWDA 2L5EA 2H60A 3P5OA 5C89A 5A5OA 4QC1A 2R0VA 4QSVA 3U5KA 3P1FA 3LQJA 4LYWA 3GG3A 4Z1SA 5DY7A 4Z6HA 5I40A 2R10A 5ENFA 4N4IA 4O7CA 3SVGA 3QZVA 4QYLA 5E3DA 2RS9B 4Y03A 5L99A 5L96A 3O34A 4N4HA 4QR5A 4QSUA 5HRWA 3IU6A 4QZSA 2YEKA 3D1BA 4CUTA 5A5PA 4QEVA 4CUPA 4PTBA 4QUTA 5ENJA 4O75A 5H1VA 5EPSA 5AMEA 2E7OA 2DVRA 5F1HA 5HENA 2N9GA 5IGMA 5G4SA 5LVQA 4C66A 4QEWA 4XY9A 4CL9A 4HBYA 5FE4A 5EV9A 5F63A 4LYIA 4MR3A 5L98A 4NYVA 4PKLA 2GRCA 3MB3A 5E9IA 5FFYA 4NQNA 5F2PA 4HXKA 4IORA 2DKWA 2WP2A 4O7FA 4NS5A 5DYAA 5FG6A 5DLXA 4BW4A
chains in the Genus database with same CATH topology
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