5DFCA

Crystal structure of brd2(bd2) w370f mutant with ligand i-bet 762 bound
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
109
structure length
109
Chain Sequence
b'LSEQLKHCNGILKELLSKKHAAYAFPFYKPVDASALGLHDYHDIIKHPMDLSTVKRKMENRDYRDAQEFAADVRLMFSNCYKYNPPDHDVVAMARKLQDVFEFRYAKMP'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title New Synthetic Routes to Triazolo-benzodiazepine Analogues: Expanding the Scope of the Bump-and-Hole Approach for Selective Bromo and Extra-Terminal (BET) Bromodomain Inhibition.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bromodomain-containing protein 2
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription
total genus 41
structure length 109
sequence length 109
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5dfcA00
5I80A 5D3PA 4O7AA 4LDFA 5F3AA 4YABA 5KTUA 5CRMA 5HLSA 2E3KA 5L99A 4CFKA 5FFWA 5E9KA 4O7EA 5L8TA 5HEMA 5HJCA 5DFCA 4NQNA 4PY6A 3HMHA 4UIWA 4HXPA 5HQ6A 4IORA 4YYJA 5LJ1A 4IOQA 4ALGA 3U5MA 4Q0NA 3MB4A 5CUGA 4N4FA 5EM3A 5E0RA 5CQ3A 3O37A 5F2PA 5KTXA 4QSRA 5DW1A 4UIUA 4IOOA 5LJ0A 2RNXA 5CU8A 5EWVA 5AD3A 4NR9A 4UYFB 4Z1QA 4YYDA 5HRXA 5E74A 4NR7A 5TB6A 4NRCA 5CQTA 3DWYA 4QEWA 5A82A 5HENA 2OSSA 4A9FA 5EISA 4HBXA 4YH4A 4DONA 1E6IA 5EPBA 4XY8A 4TT4A 4QSWA 4TYLA 5F1HA 2R0SA 5D26A 2YYNA 4UIXA 5DFDA 2D82A 3NXBA 5A5SA 2RFJA 4UIYA 4A9JA 2DKWA 4XUAA 4QC3A 5D24A 5EPRA 2RO1A 5CQ4A 5F60A 2FSAA 3G0JA 5HRVA 4UYDA 4A9MA 2F6NA 4BW4A 4YC9A 5F25A 5CUEA 3LJWA 5C7NA 5I1QA 3TLPA 5FBXA 5DY7A 4NS5A 4QUUA 5CZGA 2DVVA 4PKLA 1JSPB 4NUEA 4YYMA 3U5KA 5IGNA 5EV9A 5CRZA 3JVKA 4QY4A 3O34A 5I89A 4UIVA 4YH3A 5C87A 1WUMA 4XYAA 5CY9A 5DKDA 3S92A 4UITA 4YBMA 2L84A 4HXKA 4YATA 4QSQA 5D3TA 4QEVA 4QYDA 1ZS5A 2DVSA 5CQAA 5ENGA 4TZ8A 2YW5A 5D3RA 5KTWA 2I8NA 4O7BA 5D3HA 4NXJA 5AD2A 5H85A 4QZSA 5D3NA 3GG3A 2N9GA 5CGPA 4X2IA 4YYIA 5KHMA 4YBSA 2YEMA 5K29A 3SVGA 4Z6HA 4A9HA 4YYHA 3P1EA 4N4GA 4QC1A 1JM4B 3QZTA 5I40A 3ZYUA 5C89A 5COIA 5FE2A 4UYFA 4O77A 4QEUA 5IGLA 5CUDA 4YY4A 4TU4A 5L96A 3O33A 4C67A 5I29A 2DVRA 5LKUA 5TCMA 5II1A 5ENBA 2WP1A 5F5ZA 5A85A 4YY6A 2R0VA 4A9LA 4E96A 3P1FA 5DYUA 2D9EA 5EA1A 3UV2A 5CQ5A 4QSXA 5CQ7A 5HQ7A 4QR4A 3U5LA 4QSSA 5CQ8A 5FB0A 4N3WA 3IU6A 4LYWA 5J0DA 5E3GA 2DVQA 4C66A 3SVFA 3O35A 3ONIA 4CUQA 4J3IA 5HELA 2YEKA 5CUAA 4MEQA 3JVMA 5HCLA 5E73A 5FE3A 2R0YA 2L85A 5FE6A 4BJXA 5BT4A 1N72A 4TTEA 2E7OA 5A5PA 5E9LA 4O75A 4LYSA 5DFBA 3LXJA 3MB3A 4NR6A 3U5JA 5F62A 3AQAA 3UV4A 5DYXA 5EVAA 1X0JA 2F6JA 5A81A 3LQIA 2YQDA 5L97A 4CUUA 5L98A 5DYCA 5E3DA 5FE5A 2DWWA 5DKHA 5ETBA 3U5PA 4YK0A 3JVLA 4BHWA 5FB1A 3QZSA 5E9VA 4QNSA 4HXOA 4CL9A 4QBMA 5F1LA 5AMFA 4MR4A 5L8UA 4IR4A 5LUUA 3JVJA 5FH6A 4NYVA 4TT6A 4Z1SA 5A5QA 4NR4A 5FE1A 4NUDA 4MR3A 4YADA 5I7XA 5HM0A 4TU6A 5FG5A 5EPSA 4NRAA 4N4IA 5E9MA 2RNWA 4TT2A 5C8GA 5EP7A 2YDWA 4PCEA 1WUGA 5HFQA 5EWWA 5D25A 5A5NA 4NRBA 4HBWA 4MR5A 3SVHA 5FH8A 4UIZA 4UYHA 3O36A 4LZSA 4CFLA 5ETDA 3FKMX 4CUSA 4NUCA 4F3IA 5C85A 4QSVA 5D7XA 5IGMA 4ZW1A 4A9OA 2I7KA 5D0CA 3MQMA 4IR6A 4RVRA 5E9IA 5F63A 5H1TA 3LQHA 4O72A 4WHUA 5EICA 4WIVA 3UVXA 4CLBA 3Q2FA 4J1PA 4AKNA 2OO1A 5HFRA 5LVQA 5A83A 5I7YA 4MR6A 4LR6A 5DW2A 3QZVA 3LQJA 5C4QA 5EWDA 5A5OA 5DX4A 4PCIA 4OGJA 5I86A 5BT3A 5ENJA 5EWHA 4PS5A 5A7CA 5G4RA 4LC2A 5KO4A 3IU5A 4YYGA 5FE9A 2GRCA 4KCXA 3MUKA 3RCWA 4O78A 1EQFA 4J0RA 5FFYA 4A9IA 5HQ5A 5ENEA 5D3SA 5D3LA 5E9YA 5F36A 4UYEA 2L5EA 5CUBA 4XUBA 2WP2A 3K2JA 2RS9B 4QUTA 4LZRA 4HXMA 2R10A 2OUOA 4Q0OA 4HBYA 5FE8A 1F68A 3MULA 5LKZA 5BT5A 4BW3A 4PTBA 5F61A 5ACYA 4YYNA 4LYIA 3I3JA 3U5NA 4HXLA 5FG4A 5IGKA 4OGIA 4O74A 4CUTA 4NYWA 5LJ2A 5EK9A 4Z6IA 4GPJA 4IR3A 5A5RA 4A9EA 3UVDA 5FE4A 3UW9A 3D7CA 4ALHA 4TS8A 2E7NA 5DLZA 5II2A 5FE7A 4LZ2A 5CUCA 5H1VA 4TQNA 5CS8A 4YYKA 3P1CA 5AMEA 4MEPA 5E7DA 4O76A 3P1DA 5H1UA 4BW2A 5JWMA 5EGUA 4UYGA 5ENHA 4NR5A 4A9KA 5LKTA 4HXSA 4QSPA 4J0SA 4QR5A 5EQ1A 4O70A 4QSUA 4YAXA 5KU3A 2LSPB 2G4AA 3UVYA 5IIDA 5FE0A 4YBTA 2DATA 3HMEA 4TZ2A 5CFWA 4KV1A 5IG6A 5ENIA 3HMFA 5EU1A 4Y03A 5DLXA 5EWCA 4MEOA 5I88A 4NYXA 4QR3A 2KTBB 4NQMA 4O71A 5DBMA 4Z93A 4HBVA 4OUFA 5CPEA 5LKXA 4ZC9A 5HRWA 4LRGA 5FFVA 4WHWA 2RI7A 4IR5A 3UVWA 4QSTA 4FLPA 3G0LA 4O7CA 5DYAA 4MENA 5ENFA 4QYLA 5FH7A 2H60A 5CP5A 4KV4A 5CQ6A 4QB3A 3UV5A 5IBNA 3P5OA 3Q2EA 4CUPA 3DAIA 4A9NA 5G4SA 5FDZA 5LVRA 5DKCA 4BW1A 4O7FA 4ZQLA 2MJVB 2YELA 4N4HA 4XY9A 5I83A 5ENCA 3S91A 2RNYA 3U5OA 3MXFA 5JI8A 4NR8A 4CURA 4HXNA 5FG6A 3AADA 5D3JA 4HXRA 5EI4A 2NXBA 5CTLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5I80A 5D3PA 4O7AA 4LDFA 5F3AA 4YABA 5KTUA 5CRMA 5HLSA 2E3KA 5L99A 4CFKA 5FFWA 5E9KA 4O7EA 5L8TA 5HEMA 5HJCA 5DFCA 4NQNA 4PY6A 3HMHA 4UIWA 4HXPA 5HQ6A 4IORA 4YYJA 5LJ1A 4IOQA 4ALGA 3U5MA 4Q0NA 3MB4A 5CUGA 4N4FA 5EM3A 5E0RA 5CQ3A 3O37A 5F2PA 5KTXA 4QSRA 5DW1A 4UIUA 4IOOA 5LJ0A 2RNXA 5CU8A 5EWVA 5AD3A 4NR9A 4UYFB 4Z1QA 4YYDA 5HRXA 5E74A 4NR7A 5TB6A 4NRCA 5CQTA 3DWYA 4QEWA 5A82A 5HENA 2OSSA 4A9FA 5EISA 4HBXA 4YH4A 4DONA 1E6IA 5EPBA 4XY8A 4TT4A 4QSWA 4TYLA 5F1HA 2R0SA 5D26A 2YYNA 4UIXA 5DFDA 2D82A 3NXBA 5A5SA 2RFJA 4UIYA 4A9JA 2DKWA 4XUAA 4QC3A 5D24A 5EPRA 2RO1A 5CQ4A 5F60A 2FSAA 3G0JA 5HRVA 4UYDA 4A9MA 2F6NA 4BW4A 4YC9A 5F25A 5CUEA 3LJWA 5C7NA 5I1QA 3TLPA 2EJNA 5FBXA 5DY7A 4NS5A 4QUUA 5CZGA 2DVVA 4PKLA 1JSPB 4NUEA 4YYMA 3U5KA 5IGNA 5EV9A 5CRZA 3JVKA 4QY4A 3O34A 5I89A 4UIVA 4YH3A 3ERRA 5C87A 1WUMA 4XYAA 5CY9A 5DKDA 3S92A 4UITA 4YBMA 2L84A 4HXKA 4YATA 4QSQA 1PUOA 5D3TA 4QEVA 4QYDA 1ZS5A 2DVSA 5CQAA 5ENGA 4TZ8A 2YW5A 5D3RA 5KTWA 2I8NA 4O7BA 5D3HA 4NXJA 5AD2A 5H85A 4QZSA 5D3NA 3GG3A 2N9GA 5CGPA 4X2IA 4YYIA 5KHMA 4YBSA 2YEMA 5K29A 3SVGA 4Z6HA 4A9HA 4YYHA 3P1EA 4N4GA 4QC1A 1ZKRA 1JM4B 3QZTA 5I40A 3ZYUA 5C89A 5COIA 5FE2A 4UYFA 4O77A 4QEUA 5IGLA 5CUDA 4YY4A 4TU4A 5L96A 3O33A 4C67A 5I29A 2DVRA 5LKUA 5TCMA 5II1A 5ENBA 2WP1A 5F5ZA 5A85A 4YY6A 2R0VA 4A9LA 4E96A 4AKIA 3P1FA 5DYUA 2D9EA 5EA1A 3UV2A 5CQ5A 4QSXA 5CQ7A 5HQ7A 4QR4A 3U5LA 4QSSA 5CQ8A 5FB0A 4N3WA 3IU6A 4LYWA 5J0DA 5E3GA 2DVQA 4C66A 3SVFA 3O35A 3ONIA 4CUQA 4J3IA 5HELA 2YEKA 5CUAA 4MEQA 3JVMA 5HCLA 5E73A 4AKGA 5FE3A 2R0YA 2L85A 5FE6A 4BJXA 5BT4A 1N72A 4TTEA 2E7OA 5A5PA 5E9LA 4O75A 4LYSA 5DFBA 3LXJA 3MB3A 4NR6A 3U5JA 5F62A 3AQAA 3UV4A 5DYXA 5EVAA 1X0JA 2F6JA 5A81A 3LQIA 2YQDA 5L97A 4CUUA 5L98A 5DYCA 5E3DA 5FE5A 2DWWA 5DKHA 5ETBA 3U5PA 4YK0A 3JVLA 4BHWA 5FB1A 3VKHA 3QZSA 5E9VA 4QNSA 4HXOA 4CL9A 4QBMA 5F1LA 5AMFA 4MR4A 5L8UA 4IR4A 3D1DA 5LUUA 3JVJA 5FH6A 4NYVA 4TT6A 4Z1SA 5A5QA 4NR4A 5FE1A 4NUDA 4MR3A 3VKGA 4YADA 5I7XA 5HM0A 4TU6A 5FG5A 5EPSA 4NRAA 4N4IA 5E9MA 2RNWA 4TT2A 5C8GA 5EP7A 2YDWA 4PCEA 1WUGA 5HFQA 5EWWA 5D25A 5A5NA 4NRBA 4HBWA 4MR5A 3SVHA 5FH8A 4UIZA 4UYHA 3O36A 4LZSA 4CFLA 5ETDA 3FKMX 4CUSA 4NUCA 4F3IA 5C85A 4QSVA 5D7XA 5IGMA 4ZW1A 4A9OA 2I7KA 5D0CA 3MQMA 4IR6A 4RVRA 5E9IA 5F63A 5H1TA 3LQHA 4O72A 4WHUA 5EICA 4WIVA 3UVXA 4CLBA 3Q2FA 4J1PA 4AKNA 2OO1A 5HFRA 4AKHA 5LVQA 5A83A 5I7YA 4MR6A 4LR6A 5DW2A 3QZVA 3LQJA 5C4QA 5EWDA 5A5OA 5DX4A 4PCIA 4OGJA 5I86A 5BT3A 5ENJA 5EWHA 4PS5A 5A7CA 5G4RA 4LC2A 5KO4A 3IU5A 4YYGA 5FE9A 2GRCA 4KCXA 3MUKA 3RCWA 4O78A 1EQFA 4J0RA 5FFYA 4A9IA 5HQ5A 5ENEA 5D3SA 5D3LA 5E9YA 5F36A 4UYEA 2L5EA 5CUBA 4XUBA 2WP2A 3K2JA 2RS9B 4QUTA 4LZRA 4HXMA 2R10A 2OUOA 4Q0OA 4HBYA 5FE8A 1F68A 3MULA 5LKZA 5BT5A 4BW3A 4PTBA 5F61A 5ACYA 4YYNA 4LYIA 3I3JA 3U5NA 4HXLA 5FG4A 5IGKA 4OGIA 4AI6A 4O74A 4CUTA 4NYWA 5LJ2A 5EK9A 4Z6IA 4GPJA 4IR3A 5A5RA 4A9EA 3UVDA 5FE4A 3UW9A 3D7CA 4ALHA 4TS8A 2E7NA 5DLZA 5II2A 5FE7A 4LZ2A 5CUCA 5H1VA 4TQNA 5CS8A 4YYKA 3P1CA 5AMEA 4MEPA 5E7DA 4O76A 3P1DA 5H1UA 4BW2A 5JWMA 5EGUA 4UYGA 5ENHA 4NR5A 4A9KA 5LKTA 4HXSA 4QSPA 4J0SA 4QR5A 5EQ1A 4O70A 4QSUA 4YAXA 5KU3A 2LSPB 2G4AA 3UVYA 5IIDA 5FE0A 4YBTA 2DATA 3HMEA 4TZ2A 5CFWA 4KV1A 5IG6A 5ENIA 3HMFA 5EU1A 4Y03A 5DLXA 5EWCA 4MEOA 5I88A 4NYXA 4QR3A 2KTBB 4NQMA 4O71A 5DBMA 4Z93A 4HBVA 4OUFA 5CPEA 5LKXA 4ZC9A 5HRWA 4LRGA 5FFVA 4WHWA 2RI7A 4IR5A 3UVWA 4QSTA 4FLPA 3G0LA 4O7CA 5DYAA 4MENA 5ENFA 4QYLA 5FH7A 2H60A 5CP5A 4KV4A 5CQ6A 4QB3A 3UV5A 5IBNA 3P5OA 3Q2EA 4CUPA 3DAIA 4A9NA 5G4SA 5FDZA 5LVRA 5DKCA 3D1BA 4BW1A 4O7FA 4ZQLA 2MJVB 2YELA 4N4HA 4XY9A 5I83A 5ENCA 3S91A 2RNYA 3U5OA 3MXFA 5JI8A 4NR8A 4CURA 4HXNA 5FG6A 3AADA 5D3JA 4HXRA 5EI4A 2NXBA 5CTLA
chains in the Genus database with same CATH topology
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 5I80 A;  5D3P A;  4O7A A;  4LDF A;  5F3A A;  4YAB A;  5KTU A;  5CRM A;  5HLS A;  2E3K A;  5L99 A;  4CFK A;  5FFW A;  5E9K A;  4O7E A;  5L8T A;  5HEM A;  5HJC A;  5DFC A;  4NQN A;  4PY6 A;  3HMH A;  4UIW A;  4HXP A;  5HQ6 A;  4IOR A;  4YYJ A;  5LJ1 A;  4IOQ A;  4ALG A;  3U5M A;  4Q0N A;  3MB4 A;  5CUG A;  4N4F A;  5EM3 A;  5E0R A;  5CQ3 A;  3O37 A;  5F2P A;  5KTX A;  4QSR A;  5DW1 A;  4UIU A;  4IOO A;  5LJ0 A;  2RNX A;  5CU8 A;  5EWV A;  5AD3 A;  4NR9 A;  4UYF B;  4Z1Q A;  4YYD A;  5HRX A;  5E74 A;  4NR7 A;  5TB6 A;  4NRC A;  5CQT A;  3DWY A;  4QEW A;  5A82 A;  5HEN A;  2OSS A;  4A9F A;  5EIS A;  4HBX A;  4YH4 A;  4DON A;  1E6I A;  5EPB A;  4XY8 A;  4TT4 A;  4QSW A;  4TYL A;  5F1H A;  2R0S A;  5D26 A;  2YYN A;  4UIX A;  5DFD A;  2D82 A;  3NXB A;  5A5S A;  2RFJ A;  4UIY A;  4A9J A;  2DKW A;  4XUA A;  4QC3 A;  5D24 A;  5EPR A;  2RO1 A;  5CQ4 A;  5F60 A;  2FSA A;  3G0J A;  5HRV A;  4UYD A;  4A9M A;  2F6N A;  4BW4 A;  4YC9 A;  5F25 A;  5CUE A;  3LJW A;  5C7N A;  5I1Q A;  3TLP A;  5FBX A;  5DY7 A; 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