4TTEA

Crystal structure of atad2a bromodomain complexed with methyl 3-amino-5-(3,5-dimethyl-1,2-oxazol-4-yl)benzoate
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
SMQEEDTFRELRIFLRNVTHRLAIDKRFRVFTKPVDPDEVPDYVTVIKQPMDLSSVISKIDLHKYLTVKDYLRDIDLICSNALEYNPDRDPGDRLIRHRACALRDTAYAIIKEELDEDFEQLCEEIQESR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Gene regulation
molecule keywords ATPase family AAA domain-containing protein 2
publication title Observed bromodomain flexibility reveals histone peptide- and small molecule ligand-compatible forms of ATAD2.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 54
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.6.1.3: Adenosinetriphosphatase.
pdb deposition date 2014-06-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4tteA00
5DW1A 5F3AA 3U5OA 2LSPB 5ENBA 5ETBA 4YYDA 4BW2A 4QSRA 4PTBA 4O7AA 5H1TA 4MENA 4NR8A 5A83A 5HRWA 4LYWA 3O34A 4HXSA 5FE6A 5E0RA 4HBXA 3UV5A 5TCMA 5EWVA 4TS8A 5LKUA 4NQMA 2RNYA 5E3DA 1ZS5A 4NR7A 4O72A 2RFJA 5HRXA 5C7NA 4TU6A 5HLSA 2DVRA 5CQ6A 4NXJA 3IU6A 4Z93A 4A9KA 2WP1A 4N3WA 5FFYA 5E73A 2E7NA 4QNSA 4QSXA 5L99A 5C4QA 4TT2A 5DKDA 5EQ1A 5HEMA 5LKXA 5H1UA 1JSPB 4A9OA 5CUGA 4IR6A 2E3KA 4XY8A 1E6IA 1N72A 4HXPA 4Q0NA 4YC9A 5II1A 4X2IA 5E9MA 4YY4A 5KO4A 5DW2A 2I8NA 5IIDA 4PCEA 3P1DA 4NUDA 5ENHA 4Z1QA 5IGMA 1F68A 4NQNA 3UVDA 4LZ2A 5CGPA 4A9JA 5F1LA 2OSSA 4O78A 4NRBA 5DYAA 4UIWA 4Y03A 5EI4A 4A9IA 2RO1A 5DFBA 4TZ8A 5CQ8A 5EPSA 4YYJA 5A82A 5L98A 3P1EA 5CUBA 5A7CA 5FE5A 5F61A 4IR3A 5L8TA 5EM3A 4O7CA 3LQJA 5ENEA 5FH6A 4O74A 4QSTA 5FH7A 5E74A 4ALHA 2YELA 5FBXA 4IR5A 3LQIA 5HFRA 2DVSA 4HXOA 5FH8A 4UITA 4J3IA 2I7KA 5G4RA 4UYEA 4MR5A 5A5QA 4QY4A 4OUFA 5EU1A 5LUUA 4J0SA 3P1CA 5TB6A 5KTWA 5I88A 2D82A 4QSWA 4A9MA 4UYFB 2WP2A 5A81A 4PCIA 5F63A 3IU5A 4BW4A 1WUMA 5H85A 5A5RA 2NXBA 5EWWA 3MB4A 3HMFA 5LVQA 4UIZA 4IR4A 4CUSA 3U5LA 1EQFA 4A9HA 3Q2EA 5KTUA 5DLXA 5D3SA 2YYNA 5FE9A 4O7EA 5EICA 3O37A 2F6JA 2R0YA 5L96A 4LRGA 4XYAA 5EPRA 4QC1A 3UV2A 4YYHA 4YY6A 3RCWA 3HMEA 1WUGA 5K29A 4O7BA 2DATA 4QB3A 5FE8A 4QEUA 2YW5A 3O33A 4Z6HA 4YATA 3DAIA 5HQ7A 4OGIA 3DWYA 4UIVA 5I7XA 5C87A 5I7YA 5C8GA 2R0VA 2G4AA 3D7CA 4QSPA 4OGJA 4QZSA 4NYXA 3QZTA 5IG6A 5EPBA 5F1HA 3UV4A 4CL9A 4YH4A 4YYKA 5BT3A 3UVXA 3LJWA 4LYIA 3NXBA 5ENFA 5A5OA 4KV4A 4YBSA 4UIUA 3JVJA 4CFKA 3LQHA 5EISA 5C89A 4LC2A 5IGKA 5FFWA 4DONA 4YYNA 4BW1A 5CQ5A 5CTLA 5CQ7A 5CS8A 5FFVA 4Q0OA 4HBYA 5CPEA 3O36A 3MUKA 4HXRA 4J1PA 4NUEA 4XUBA 5DYUA 5HRVA 5AMFA 4MEQA 4O70A 4NR6A 5CUEA 4MR6A 3JVLA 4LR6A 5D24A 3LXJA 2DVQA 4MR3A 5LKZA 5HQ5A 3G0JA 4ALGA 5IGLA 4O75A 5F60A 4LZSA 4CUTA 4YYMA 3S91A 5I89A 5CUCA 5F36A 5BT4A 4NYWA 5CQAA 3I3JA 4HXMA 5A5NA 2R10A 4E96A 4N4IA 2L5EA 4CUQA 3JVKA 5FE3A 4YBMA 5EVAA 3AQAA 2GRCA 5I83A 3JVMA 5EK9A 5FE2A 5DKHA 4WHUA 4YYIA 5CRMA 4A9EA 3G0LA 5I29A 4QC3A 5DYCA 5JI8A 4BHWA 4NYVA 5G4SA 5F5ZA 4NR9A 4QSQA 4CURA 2DVVA 5HELA 4A9NA 5CQTA 4O7FA 2DWWA 5DFDA 5DY7A 4Z6IA 5FDZA 5BT5A 3AADA 3Q2FA 4TTEA 5I86A 4J0RA 4O77A 4A9FA 4NR4A 5FE4A 4YBTA 2FSAA 5LKTA 4UIYA 4PS5A 4UYGA 5DKCA 2N9GA 4NR5A 2OO1A 4YH3A 5EWCA 1JM4B 5D3RA 4UIXA 4YK0A 5CP5A 5C85A 3MQMA 5DLZA 5D3HA 2KTBB 5F25A 2RS9B 3QZVA 4TT6A 3FKMX 5D3NA 5DYXA 4MEOA 5A5PA 5FE1A 2E7OA 5D7XA 2DKWA 4QR3A 2L85A 5KU3A 5ENJA 4O71A 4YYGA 5CFWA 5D3PA 4CUPA 5DFCA 5A5SA 5KTXA 5I80A 5I40A 4FLPA 5FE0A 5CQ4A 5D26A 2R0SA 3P5OA 5EWDA 4ZQLA 4XUAA 4ZC9A 4UYFA 4TT4A 5F2PA 4CFLA 4KV1A 4C66A 4LZRA 5L97A 2MJVB 4HXKA 3TLPA 4NS5A 4HXLA 5E9YA 5HENA 4WIVA 4IOQA 2RI7A 4QSSA 4PKLA 3HMHA 5F62A 4QUUA 5LJ1A 5H1VA 4TQNA 5CRZA 4CLBA 4NUCA 4XY9A 3SVFA 2L84A 5IBNA 3U5JA 3O35A 5FG4A 5EP7A 5DX4A 5HJCA 5HQ6A 4QBMA 5COIA 5FG6A 4IORA 5ENCA 5FB0A 4QSVA 5JWMA 5AD3A 3MXFA 4HXNA 4N4GA 5KHMA 4NRCA 5D3TA 4TYLA 5ETDA 5EV9A 3S92A 5CZGA 4A9LA 2OUOA 5HM0A 4Z1SA 4QR5A 5HCLA 3SVGA 5LVRA 3UVWA 3K2JA 2YDWA 1X0JA 3GG3A 5CQ3A 3P1FA 4UYDA 4WHWA 3UW9A 4QEVA 4TU4A 5AMEA 3QZSA 5LJ2A 5D3LA 2H60A 4YAXA 4CUUA 4MR4A 4YABA 5E9IA 4ZW1A 2D9EA 5D0CA 4UYHA 4BJXA 4PY6A 4YADA 4QYDA 5D25A 4QSUA 4HBVA 5ENIA 5CY9A 5CUAA 3ONIA 4N4FA 4BW3A 3U5NA 2YEMA 5ACYA 4LDFA 2YQDA 5E9VA 4IOOA 4GPJA 5IGNA 5AD2A 3UVYA 5EGUA 3MULA 3SVHA 5EA1A 3U5KA 5E9LA 4N4HA 5DBMA 2F6NA 4NRAA 5FB1A 4QUTA 5L8UA 5CUDA 5II2A 5ENGA 2RNXA 4MEPA 4AKNA 4RVRA 3ZYUA 2YEKA 4LYSA 4O76A 5E9KA 5E3GA 5FG5A 4TZ2A 3MB3A 5LJ0A 5I1QA 5E7DA 5A85A 3U5MA 5FE7A 4QEWA 3U5PA 4HBWA 2RNWA 4QR4A 4KCXA 4QYLA 5D3JA 4C67A 5EWHA 5HFQA 5J0DA 4F3IA 5CU8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5DW1A 5F3AA 3U5OA 2LSPB 5ENBA 5ETBA 4YYDA 4BW2A 4QSRA 4PTBA 4O7AA 5H1TA 4MENA 4NR8A 5A83A 5HRWA 4LYWA 3O34A 1ZKRA 4HXSA 5FE6A 5E0RA 4HBXA 3UV5A 5TCMA 5EWVA 4TS8A 5LKUA 4NQMA 2RNYA 1PUOA 5E3DA 1ZS5A 4NR7A 4O72A 2RFJA 5HRXA 5C7NA 4TU6A 5HLSA 2DVRA 5CQ6A 4NXJA 3IU6A 4Z93A 4A9KA 2WP1A 4N3WA 5FFYA 5E73A 2E7NA 4QNSA 4QSXA 5L99A 5C4QA 4TT2A 5DKDA 5EQ1A 5HEMA 5LKXA 5H1UA 1JSPB 4A9OA 5CUGA 4IR6A 2E3KA 4XY8A 1E6IA 1N72A 4HXPA 4Q0NA 4YC9A 5II1A 4X2IA 5E9MA 4YY4A 5KO4A 5DW2A 2I8NA 5IIDA 4PCEA 3P1DA 4NUDA 5ENHA 4Z1QA 5IGMA 1F68A 4NQNA 3UVDA 4LZ2A 5CGPA 4A9JA 5F1LA 2OSSA 4O78A 4NRBA 5DYAA 4UIWA 4Y03A 5EI4A 4A9IA 2RO1A 5DFBA 4TZ8A 5CQ8A 5EPSA 4YYJA 5A82A 5L98A 3P1EA 5CUBA 5A7CA 5FE5A 5F61A 4IR3A 5L8TA 5EM3A 4O7CA 3LQJA 5ENEA 5FH6A 4O74A 4QSTA 5FH7A 5E74A 4ALHA 2YELA 5FBXA 4IR5A 3LQIA 5HFRA 2DVSA 4HXOA 5FH8A 4UITA 4J3IA 2I7KA 5G4RA 4UYEA 4MR5A 5A5QA 4QY4A 4OUFA 5EU1A 5LUUA 4J0SA 3P1CA 5TB6A 5KTWA 5I88A 2D82A 4QSWA 4A9MA 4UYFB 2WP2A 5A81A 4PCIA 5F63A 3IU5A 4BW4A 1WUMA 5H85A 5A5RA 2NXBA 5EWWA 3MB4A 3HMFA 5LVQA 4UIZA 4IR4A 4CUSA 3U5LA 1EQFA 4A9HA 3Q2EA 5KTUA 5DLXA 5D3SA 2YYNA 5FE9A 4O7EA 5EICA 3O37A 2F6JA 2R0YA 5L96A 4LRGA 4XYAA 5EPRA 4QC1A 3UV2A 4YYHA 4YY6A 3RCWA 3HMEA 1WUGA 4AKGA 5K29A 4O7BA 2DATA 4QB3A 5FE8A 4QEUA 2YW5A 3O33A 4Z6HA 4YATA 3DAIA 3VKHA 5HQ7A 4OGIA 3DWYA 4UIVA 5I7XA 5C87A 5I7YA 5C8GA 2R0VA 2G4AA 3D7CA 4QSPA 4OGJA 4QZSA 4NYXA 3QZTA 5IG6A 5EPBA 5F1HA 3UV4A 4CL9A 4YH4A 4YYKA 5BT3A 3UVXA 3LJWA 4LYIA 3NXBA 5ENFA 5A5OA 4KV4A 4YBSA 4UIUA 3JVJA 4CFKA 3LQHA 5EISA 5C89A 4LC2A 5IGKA 4AKHA 5FFWA 4DONA 4YYNA 4BW1A 3D1BA 3D1DA 5CQ5A 5CTLA 5CQ7A 5CS8A 5FFVA 4Q0OA 4HBYA 5CPEA 3O36A 3MUKA 4HXRA 4J1PA 4NUEA 4XUBA 5DYUA 5HRVA 5AMFA 4MEQA 4O70A 4NR6A 5CUEA 4MR6A 3JVLA 4LR6A 5D24A 3LXJA 2DVQA 4MR3A 5LKZA 5HQ5A 3G0JA 4ALGA 5IGLA 4O75A 5F60A 4LZSA 4CUTA 4YYMA 3S91A 5I89A 5CUCA 5F36A 5BT4A 4NYWA 5CQAA 3I3JA 4HXMA 5A5NA 2R10A 4E96A 4N4IA 2L5EA 4CUQA 3JVKA 5FE3A 4YBMA 5EVAA 3AQAA 2GRCA 5I83A 3JVMA 5EK9A 5FE2A 5DKHA 4WHUA 4YYIA 5CRMA 4A9EA 3G0LA 5I29A 4QC3A 5DYCA 5JI8A 4BHWA 4NYVA 5G4SA 5F5ZA 4NR9A 4QSQA 4CURA 2DVVA 5HELA 4A9NA 5CQTA 4O7FA 2DWWA 5DFDA 5DY7A 4Z6IA 5FDZA 5BT5A 3AADA 3Q2FA 4TTEA 5I86A 4J0RA 4O77A 4A9FA 4NR4A 5FE4A 4YBTA 2FSAA 5LKTA 4UIYA 4PS5A 4UYGA 5DKCA 3VKGA 2N9GA 4NR5A 2OO1A 4YH3A 5EWCA 1JM4B 5D3RA 4UIXA 4YK0A 5CP5A 5C85A 3MQMA 5DLZA 5D3HA 2KTBB 5F25A 2RS9B 3QZVA 4TT6A 3FKMX 5D3NA 5DYXA 4MEOA 5A5PA 5FE1A 2E7OA 5D7XA 2DKWA 4QR3A 2L85A 5KU3A 5ENJA 4O71A 4YYGA 5CFWA 5D3PA 4CUPA 5DFCA 5A5SA 5KTXA 5I80A 5I40A 4FLPA 5FE0A 5CQ4A 5D26A 2R0SA 3P5OA 5EWDA 4ZQLA 4XUAA 4ZC9A 4UYFA 4TT4A 5F2PA 4CFLA 4KV1A 4C66A 4LZRA 5L97A 2MJVB 4HXKA 3TLPA 4NS5A 4HXLA 5E9YA 5HENA 4WIVA 4IOQA 2RI7A 4QSSA 4PKLA 3HMHA 5F62A 4QUUA 5LJ1A 5H1VA 4TQNA 5CRZA 4CLBA 4NUCA 4XY9A 3SVFA 2L84A 5IBNA 3U5JA 3O35A 5FG4A 5EP7A 5DX4A 5HJCA 5HQ6A 4AKIA 4QBMA 5COIA 5FG6A 4IORA 5ENCA 5FB0A 4QSVA 5JWMA 5AD3A 3MXFA 4HXNA 4N4GA 5KHMA 4NRCA 5D3TA 4TYLA 5ETDA 5EV9A 3S92A 5CZGA 4A9LA 2OUOA 5HM0A 4Z1SA 4QR5A 5HCLA 3SVGA 5LVRA 3UVWA 3K2JA 2YDWA 1X0JA 3GG3A 5CQ3A 3P1FA 4UYDA 4WHWA 3UW9A 4QEVA 4TU4A 5AMEA 3QZSA 5LJ2A 5D3LA 2H60A 4YAXA 4CUUA 4MR4A 4YABA 5E9IA 4ZW1A 2D9EA 5D0CA 4UYHA 4BJXA 4PY6A 4YADA 4QYDA 5D25A 2EJNA 4HBVA 4QSUA 5ENIA 5CY9A 3ERRA 3ONIA 5CUAA 4N4FA 4BW3A 3U5NA 2YEMA 5ACYA 4LDFA 2YQDA 5E9VA 4IOOA 4GPJA 5IGNA 5AD2A 3UVYA 5EGUA 3MULA 3SVHA 5EA1A 3U5KA 5E9LA 4N4HA 5DBMA 2F6NA 4NRAA 5FB1A 4QUTA 5L8UA 5CUDA 5II2A 5ENGA 2RNXA 4MEPA 4AKNA 4RVRA 3ZYUA 2YEKA 4LYSA 4O76A 5E9KA 5E3GA 5FG5A 4TZ2A 3MB3A 5LJ0A 5I1QA 5E7DA 4AI6A 5A85A 3U5MA 5FE7A 4QEWA 3U5PA 4HBWA 2RNWA 4QR4A 4KCXA 4QYLA 5D3JA 4C67A 5EWHA 5HFQA 5J0DA 4F3IA 5CU8A
chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5DW1 A;  5F3A A;  3U5O A;  2LSP B;  5ENB A;  5ETB A;  4YYD A;  4BW2 A;  4QSR A;  4PTB A;  4O7A A;  5H1T A;  4MEN A;  4NR8 A;  5A83 A;  5HRW A;  4LYW A;  3O34 A;  4HXS A;  5FE6 A;  5E0R A;  4HBX A;  3UV5 A;  5TCM A;  5EWV A;  4TS8 A;  5LKU A;  4NQM A;  2RNY A;  5E3D A;  1ZS5 A;  4NR7 A;  4O72 A;  2RFJ A;  5HRX A;  5C7N A;  4TU6 A;  5HLS A;  2DVR A;  5CQ6 A;  4NXJ A;  3IU6 A;  4Z93 A;  4A9K A;  2WP1 A;  4N3W A;  5FFY A;  5E73 A;  2E7N A;  4QNS A;  4QSX A;  5L99 A;  5C4Q A;  4TT2 A;  5DKD A;  5EQ1 A;  5HEM A;  5LKX A;  5H1U A;  1JSP B;  4A9O A;  5CUG A;  4IR6 A;  2E3K A;  4XY8 A;  1E6I A;  1N72 A;  4HXP A;  4Q0N A;  4YC9 A;  5II1 A;  4X2I A;  5E9M A;  4YY4 A;  5KO4 A;  5DW2 A;  2I8N A;  5IID A;  4PCE A;  3P1D A;  4NUD A;  5ENH A;  4Z1Q A;  5IGM A;  1F68 A;  4NQN A;  3UVD A;  4LZ2 A;  5CGP A;  4A9J A;  5F1L A;  2OSS A;  4O78 A;  4NRB A;  5DYA A;  4UIW A;  4Y03 A;  5EI4 A;  4A9I A;  2RO1 A;  5DFB A;  4TZ8 A;  5CQ8 A;  5EPS A;  4YYJ A;  5A82 A;  5L98 A;  3P1E A;  5CUB A;  5A7C A;  5FE5 A;  5F61 A; 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