5FG5A

Crystal structure of the bromodomain of human brpf1 in complex with pfi-4 chemical probe
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
114
structure length
114
Chain Sequence
MEMQLTPFLILLRKTLEQLQEKDTGNIFSEPVPLSEVPDYLDHIKKPMDFFTMKQNLEAYRYLNFDDFEEDFNLIVSNCLKYNAKDTIFYRAAVRLREQGGAVLRQARRQAEKM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transcription
molecule keywords Peregrin
publication title Crystal structure of the bromodomain of human BRPF1 in complex with PFI-4 chemical probe
rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 42
structure length 114
sequence length 114
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-12-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5fg5A00
4QR3A 4CUTA 3SVFA 4Z1SA 5L96A 2YW5A 4QEUA 3Q2EA 5CY9A 5A82A 5EGUA 4F3IA 4GPJA 4QBMA 2YEKA 5CQ4A 4WHWA 4PY6A 3UW9A 5CFWA 4QR4A 2GRCA 5FE1A 5AD2A 4QSPA 5DKHA 5FH6A 4O7AA 3JVMA 2DVQA 5E9LA 5F1HA 2WP1A 4KCXA 3AQAA 5AD3A 5LKZA 4TQNA 4KV1A 3HMFA 4YH4A 3O35A 5HFQA 5L8UA 2YDWA 5D26A 3P1FA 5ETDA 5H1TA 5D7XA 4IR6A 2WP2A 5JI8A 4UYDA 5TB6A 5LKUA 5ENFA 3IU5A 4HBVA 3GG3A 3U5OA 4XUAA 4PTBA 5D3SA 5FE7A 4MR5A 3JVKA 3U5NA 5CUCA 5FBXA 5LKXA 4QSTA 5ENBA 5D3LA 5E7DA 4PS5A 3I3JA 5DW1A 5H1UA 4LR6A 5DYAA 5E9VA 4YYKA 4C67A 1WUMA 4X2IA 3LQHA 5C87A 4YH3A 4NUCA 4BJXA 4MENA 4N4IA 5FE5A 4CUQA 5CQ5A 5D3NA 5L97A 3UV4A 5C4QA 4YYHA 3ONIA 5A81A 2F6JA 5I7YA 4YADA 5ETBA 5HJCA 5EM3A 4BW1A 4YYIA 5HELA 5ENGA 5DW2A 5LJ0A 5EPBA 5LKTA 4QSSA 4XUBA 4YAXA 4CUPA 5LUUA 3O34A 2H60A 2D82A 4MEPA 4TYLA 5I80A 4YYJA 2RFJA 4J3IA 4IORA 2NXBA 5E0RA 5A85A 5E3GA 3LJWA 4UYGA 5BT3A 2RNWA 4YYGA 4O75A 3K2JA 1EQFA 4MR6A 4CL9A 4CUSA 4QR5A 2RNXA 4YYDA 5E3DA 5EICA 4QC1A 3ZYUA 5IGLA 4IR4A 5JWMA 5KTUA 1N72A 4HXKA 5CUBA 5EPSA 4BW2A 4LYIA 5EV9A 3DWYA 4LZ2A 4HXMA 2YELA 4Q0NA 3UVDA 5EWHA 5D24A 5FB1A 5D3TA 5FDZA 5ENHA 4LZSA 4YBSA 3SVGA 5ENIA 5FE8A 5IGNA 1ZS5A 5HFRA 4NS5A 5FB0A 2OO1A 4ZW1A 5EU1A 4J0RA 4LDFA 5DKCA 5L8TA 5F2PA 3TLPA 3JVJA 5FFYA 5KTWA 2R0YA 4UIZA 1JM4B 4YBTA 4QEWA 2L85A 4CURA 5IGKA 4O78A 1WUGA 4NR7A 4Z6IA 5FFVA 4YABA 2G4AA 5DYUA 5FE0A 4LYSA 4UIUA 4YATA 5IG6A 5CQ3A 2FSAA 5CP5A 4IOQA 4A9FA 4NR4A 4TZ2A 4J1PA 5F25A 5A7CA 4LRGA 5CPEA 5EQ1A 4WHUA 2E3KA 4Z6HA 5ENJA 2R0VA 3MUKA 5COIA 5I7XA 2R10A 5D0CA 3MULA 5A5OA 4O71A 4NR8A 4YBMA 5DLZA 2DATA 5CUAA 3IU6A 1F68A 4PCEA 2L5EA 5ENCA 4NRAA 4NRCA 3O36A 4MEOA 4NR5A 3SVHA 4A9OA 5D3RA 5F36A 2RI7A 4J0SA 4UYFA 4NR9A 3P1CA 5CZGA 5AMEA 4XY9A 4DONA 5F5ZA 4CLBA 5DLXA 4UIYA 4TS8A 3UVYA 5HRWA 4UYEA 5I40A 4QB3A 3MXFA 4KV4A 2OSSA 5FH7A 5IBNA 4YY6A 2RNYA 5HRXA 2LSPB 4O70A 3HMEA 3LQJA 4MEQA 5I1QA 4N4FA 5CUDA 4TT4A 4OGJA 2RS9B 5CQ7A 2DKWA 4TU6A 5A5SA 5CRZA 4UYFB 3MB3A 5DFCA 5FE3A 5HQ5A 3U5PA 2YEMA 3U5MA 4BW3A 4QUUA 3QZSA 4A9KA 2L84A 5A5NA 2KTBB 5L98A 4O76A 5HLSA 2YYNA 4NR6A 5E73A 5HQ6A 5FG6A 4PKLA 5I88A 4TTEA 4TT2A 4CFLA 5KU3A 4NXJA 5HENA 4Z93A 5CQ6A 5DKDA 5DX4A 5EWDA 5F61A 5I86A 3P5OA 5D3HA 4BHWA 4N3WA 4IOOA 3O37A 5CS8A 5KO4A 4RVRA 4N4HA 5G4RA 5FG4A 3HMHA 4YK0A 5EA1A 3QZVA 2E7OA 4HXLA 5IIDA 4ZQLA 5A5QA 4QNSA 5EI4A 5CRMA 4NYWA 5F60A 2MJVB 3AADA 5A5RA 4A9HA 3P1DA 4MR3A 2F6NA 2OUOA 5EISA 2RO1A 2I8NA 5II2A 5F63A 5KHMA 5FE2A 4HXOA 3UV2A 5F1LA 4UYHA 3U5JA 4A9MA 5A83A 4UIXA 4QUTA 3O33A 3LXJA 5EPRA 3LQIA 4MR4A 4TT6A 5L99A 5D3JA 4ALGA 4O72A 3Q2FA 5FE6A 5ACYA 4HBXA 4HBWA 5DYCA 4O7CA 2D9EA 4Q0OA 4LYWA 4AKNA 4HXPA 5C85A 5CUGA 3G0LA 4YYMA 1JSPB 3FKMX 5LVQA 4QSUA 4TZ8A 4QY4A 5BT5A 5I89A 5F62A 3RCWA 4CUUA 5EP7A 5EWCA 5HM0A 4YC9A 5EK9A 5E74A 3D7CA 4LZRA 5AMFA 1X0JA 4NYXA 5K29A 4C66A 5ENEA 2DVSA 5BT4A 3UVWA 5HEMA 5EWWA 4QYLA 5DYXA 4ALHA 4OGIA 5DFDA 5IGMA 5EVAA 4PCIA 5E9YA 5FE9A 4BW4A 2DVVA 4Z1QA 4O77A 5FG5A 3G0JA 4CFKA 3QZTA 4NRBA 4UITA 4Y03A 3NXBA 3S91A 4O7BA 5LVRA 5CUEA 5E9KA 3JVLA 4E96A 4QSVA 4QSWA 5II1A 4UIVA 5A5PA 4IR3A 4LC2A 4NUEA 5G4SA 5H1VA 5TCMA 4QEVA 4XYAA 3MB4A 5CU8A 4A9LA 5D3PA 4A9JA 4QSQA 2DVRA 5HCLA 4A9IA 4XY8A 5I83A 5FH8A 5CTLA 5CGPA 5C89A 2N9GA 4HXSA 4QC3A 5I29A 5EWVA 5E9IA 4ZC9A 5C7NA 5E9MA 4YYNA 5LJ1A 2DWWA 4QYDA 5HRVA 4A9EA 4HXNA 5HQ7A 3U5LA 4QSXA 5FFWA 2YQDA 4O7FA 5DBMA 4HXRA 4QSRA 3U5KA 4NUDA 4UIWA 4YY4A 4N4GA 1E6IA 4TU4A 4NQMA 4WIVA 4OUFA 3UVXA 4QZSA 5D25A 3P1EA 4FLPA 4HBYA 4NQNA 4A9NA 5DFBA 5C8GA 3DAIA 4NYVA 5FE4A 5CQAA 5KTXA 3S92A 4O74A 5CQTA 4IR5A 2R0SA 2E7NA 5LJ2A 5CQ8A 5H85A 3MQMA 4O7EA 5F3AA 2I7KA 5J0DA 5DY7A 3UV5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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