5D3RA

First bromodomain of brd4 bound to inhibitor xd42
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transcription
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title 4-Acyl Pyrrole Derivatives Yield Novel Vectors for Designing Inhibitors of the Acetyl-Lysine Recognition Site of BRD4(1).
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 38
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5d3rA01
4WHWA 2L85A 4HXRA 5EP7A 4YH3A 5L99A 3MB3A 5ENFA 2E7NA 5ENEA 4HBXA 4QYLA 5HQ5A 4CFKA 2RNXA 5EK9A 4J3IA 4O7FA 4OUFA 5D3NA 4LZRA 2FSAA 5IIDA 2L5EA 5C87A 5A85A 4LR6A 4XY8A 5E3GA 5FE5A 5F1LA 4O74A 5EWWA 5DFCA 5F61A 5CQ8A 4CUSA 5KHMA 5HFRA 5H1UA 4ZQLA 4Q0NA 5K29A 4YY4A 5DLXA 4YYKA 4XY9A 5FG6A 2I8NA 4QSQA 4O78A 5FFYA 4A9LA 4RVRA 5BT4A 5IGKA 4N4FA 4IR4A 4IR5A 4BJXA 5H1VA 5I89A 3FKMX 4O72A 3UVYA 5I88A 5CRZA 3U5OA 3UVDA 4O70A 5EA1A 3JVKA 3O37A 2H60A 4Z6HA 4N3WA 5DY7A 4NUDA 2YYNA 2R0VA 2RI7A 5H85A 4PY6A 5E9VA 5FE9A 4QC3A 4UYEA 4NXJA 4WIVA 4N4IA 5A83A 4PS5A 5LJ2A 3QZVA 3SVFA 5FB1A 4QEVA 5FE4A 5IGLA 1N72A 4NRCA 4LZSA 1ZS5A 2KTBB 4YYIA 5FH6A 4LYWA 4QSRA 3AADA 3Q2EA 4HBWA 4A9IA 5D3SA 5ENCA 3P1DA 5ENHA 3O33A 5F62A 2E3KA 5LUUA 5HQ7A 5CQAA 5EPBA 3U5MA 5HFQA 4A9EA 5EPSA 5AD3A 4NR5A 3SVGA 5CGPA 2DVVA 4TT6A 5E7DA 2F6NA 2N9GA 4YYJA 3UW9A 5A5OA 2R0SA 3UV4A 4F3IA 5C7NA 4UIVA 4PCIA 4CUQA 4UIXA 5DYXA 4YBSA 5DW1A 4Z1QA 2D82A 4O76A 4J0SA 4MEQA 4TS8A 2RS9B 4TZ8A 4HXNA 5I7YA 2RNWA 4NRBA 5E9MA 5TCMA 5FE8A 4QUTA 3TLPA 5CFWA 2L84A 5FB0A 4ZW1A 4UYGA 5IGMA 4KCXA 3D7CA 4KV1A 2DVSA 4A9HA 4HXKA 3MULA 5LKXA 3SVHA 4YYHA 3S91A 2E7OA 5EQ1A 1F68A 5ENJA 4YC9A 4A9FA 5JI8A 5F36A 5FFWA 2OO1A 5EVAA 5E9IA 5FH7A 5C8GA 5F63A 4O75A 5D7XA 4HXOA 5BT3A 5A5SA 4MR3A 4UYFB 4QEWA 5HJCA 4NR8A 5FDZA 5A81A 4J0RA 4LZ2A 4A9JA 4QNSA 3K2JA 2F6JA 5DKDA 4YADA 4NYWA 5DX4A 4LRGA 4CUUA 2YW5A 4Q0OA 5D3PA 5IG6A 5E3DA 3LJWA 4PKLA 4QSUA 4Y03A 4A9NA 5LJ1A 5DBMA 4A9OA 3P1EA 2OSSA 2DWWA 5ENGA 4YH4A 5E0RA 3JVJA 5A5QA 4NR4A 5CPEA 2WP2A 5HRVA 5A5PA 3DAIA 5HLSA 5L8TA 5D3RA 5EU1A 4TTEA 5E74A 4QC1A 4QEUA 1X0JA 5L98A 3AQAA 3MQMA 5CQ5A 3LQIA 3NXBA 4QZSA 5EWDA 4NQNA 3U5LA 5HQ6A 5A7CA 3HMFA 5CQ4A 4QSVA 5II1A 5C85A 5EPRA 5EWVA 4PTBA 5CUBA 4TT4A 5EICA 5G4SA 5EISA 5KO4A 5DW2A 4OGJA 5EWCA 4NR9A 5ENIA 5DKCA 3LXJA 4ALHA 4O71A 4MEOA 4YABA 5E9YA 4YYDA 2RNYA 2DVQA 4YBMA 4LYIA 3ZYUA 5D3LA 3G0LA 2RO1A 5F3AA 4E96A 5LKTA 5EM3A 4QSTA 5ETDA 4LYSA 4DONA 4QR5A 4CUTA 5BT5A 5LKUA 5F1HA 5EWHA 4BW2A 4N4GA 4NYXA 5CUDA 4HXMA 2DKWA 5LVQA 1JSPB 4QR4A 4LDFA 2MJVB 4QSXA 3HMEA 4YYNA 4C67A 5I7XA 5CQ3A 5HCLA 3O35A 4QR3A 4IOQA 5H1TA 3I3JA 5KU3A 4QBMA 5LKZA 3S92A 4YYMA 2D9EA 5E9LA 3HMHA 4PCEA 4HXLA 3UVWA 3G0JA 4N4HA 5DYCA 4IOOA 5CQTA 5FFVA 5II2A 5HM0A 3GG3A 4TYLA 2GRCA 4X2IA 5CUEA 4UYHA 5CZGA 5HRWA 5KTXA 4C66A 4HXSA 5JWMA 5C4QA 2WP1A 4NYVA 5F5ZA 4CL9A 2YDWA 4Z6IA 5DFDA 4A9KA 5A82A 4J1PA 4YY6A 3IU5A 4FLPA 5I29A 3JVLA 5AD2A 4YK0A 5FG4A 2I7KA 2DATA 4IORA 5CUCA 3LQHA 1WUGA 3LQJA 3P1CA 5FE3A 4MR6A 4NUEA 4NUCA 5IGNA 4NR7A 2DVRA 5F2PA 1WUMA 5L96A 4IR6A 5DKHA 4XUAA 5ENBA 4NR6A 5EGUA 4Z1SA 5EV9A 2YEMA 2R10A 1E6IA 5CRMA 2G4AA 4KV4A 4QSSA 5D3TA 4BW3A 3QZSA 5E73A 4HBYA 5EI4A 5A5NA 4BHWA 5COIA 4ALGA 4O77A 5FG5A 5CUGA 5KTUA 5CP5A 4HXPA 4QUUA 4MR5A 4XUBA 5FBXA 5FE2A 5LJ0A 4MR4A 4UIWA 5FE6A 3U5JA 2YEKA 4TU4A 4NRAA 4TU6A 5C89A 2YQDA 4QYDA 5FE0A 2OUOA 5L8UA 5CS8A 5G4RA 2LSPB 4UIUA 5D26A 5LVRA 5D0CA 5D3JA 4CLBA 5DFBA 5DYUA 4MENA 5DLZA 3U5KA 5ACYA 4YATA 5D24A 3P5OA 4YAXA 5D3HA 4BW1A 3UV5A 2NXBA 4HBVA 4O7EA 3O34A 5CY9A 5CUAA 3ONIA 5FE1A 5CTLA 4QY4A 4QSPA 5TB6A 4AKNA 4GPJA 4OGIA 5DYAA 5E9KA 4UYFA 5A5RA 5CQ6A 3DWYA 3U5NA 5AMFA 4YBTA 3Q2FA 5J0DA 3MUKA 4CURA 4UIZA 4ZC9A 5HEMA 4TZ2A 5FH8A 4BW4A 1JM4B 4A9MA 4LC2A 5HRXA 3JVMA 2R0YA 5CU8A 5I83A 5KTWA 4CUPA 3U5PA 4MEPA 3P1FA 5F60A 5FE7A 5I86A 2YELA 4NS5A 5IBNA 4O7BA 3MB4A 4O7CA 4WHUA 5I80A 4Z93A 5I40A 3MXFA 5ETBA 3UV2A 5HENA 5I1QA 4IR3A 3UVXA 3QZTA 4QSWA 5F25A 5HELA 4CFLA 5D25A 3IU6A 3RCWA 4TQNA 4UIYA 4UYDA 2RFJA 5L97A 4NQMA 4YYGA 5AMEA 1EQFA 4UITA 3O36A 5CQ7A 4QB3A 4XYAA 4O7AA 4TT2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WHWA 2L85A 4HXRA 5EP7A 4YH3A 5L99A 3MB3A 5ENFA 2E7NA 5ENEA 2EJNA 4HBXA 4QYLA 5HQ5A 4CFKA 2RNXA 5EK9A 3VKGA 4J3IA 4O7FA 4OUFA 5D3NA 4LZRA 2FSAA 5IIDA 2L5EA 5C87A 5A85A 4LR6A 4XY8A 1PUOA 5E3GA 5FE5A 5F1LA 4O74A 5EWWA 5DFCA 5F61A 5CQ8A 4CUSA 5KHMA 5HFRA 5H1UA 4ZQLA 4Q0NA 5K29A 4YY4A 5DLXA 4YYKA 4XY9A 5FG6A 2I8NA 4QSQA 4O78A 5FFYA 4A9LA 4RVRA 5BT4A 5IGKA 4N4FA 4IR4A 4IR5A 3D1BA 4BJXA 5H1VA 5I89A 3FKMX 4O72A 3UVYA 5I88A 5CRZA 3U5OA 3UVDA 4O70A 5EA1A 3JVKA 3O37A 2H60A 4Z6HA 4N3WA 5DY7A 4NUDA 2YYNA 2R0VA 2RI7A 5H85A 4PY6A 5E9VA 5FE9A 4QC3A 4UYEA 4NXJA 4WIVA 4N4IA 5A83A 4PS5A 5LJ2A 3QZVA 3SVFA 5FB1A 4QEVA 5FE4A 5IGLA 1N72A 4NRCA 4LZSA 1ZS5A 2KTBB 4YYIA 5FH6A 4LYWA 3D1DA 4QSRA 3AADA 3Q2EA 4HBWA 4A9IA 5D3SA 5ENCA 3P1DA 5ENHA 3O33A 5F62A 2E3KA 5LUUA 5HQ7A 5CQAA 5EPBA 3U5MA 5HFQA 4A9EA 5EPSA 5AD3A 4NR5A 3SVGA 5CGPA 2DVVA 4TT6A 5E7DA 2F6NA 2N9GA 4YYJA 3UW9A 5A5OA 2R0SA 3UV4A 4F3IA 5C7NA 4UIVA 4PCIA 4CUQA 4UIXA 5DYXA 4YBSA 5DW1A 4Z1QA 2D82A 4O76A 4J0SA 4MEQA 4TS8A 2RS9B 4TZ8A 4HXNA 5I7YA 4AI6A 2RNWA 4NRBA 5E9MA 5TCMA 5FE8A 4QUTA 3TLPA 5CFWA 2L84A 5FB0A 4ZW1A 4UYGA 5IGMA 4KCXA 3D7CA 4KV1A 2DVSA 4A9HA 4HXKA 3MULA 5LKXA 3SVHA 4YYHA 3S91A 2E7OA 5EQ1A 1F68A 5ENJA 4YC9A 4A9FA 5JI8A 5F36A 5FFWA 2OO1A 5EVAA 5E9IA 5FH7A 5C8GA 5F63A 4O75A 5D7XA 4HXOA 5BT3A 5A5SA 4MR3A 3ERRA 4UYFB 4QEWA 5HJCA 4NR8A 5FDZA 5A81A 4J0RA 4AKIA 4LZ2A 4A9JA 4QNSA 3K2JA 2F6JA 5DKDA 4YADA 4NYWA 5DX4A 4LRGA 4CUUA 2YW5A 4Q0OA 5D3PA 5IG6A 5E3DA 3LJWA 4PKLA 4QSUA 4Y03A 4A9NA 5LJ1A 5DBMA 4A9OA 3P1EA 2OSSA 2DWWA 5ENGA 4YH4A 5E0RA 3JVJA 5A5QA 4NR4A 5CPEA 2WP2A 5HRVA 5A5PA 3DAIA 5HLSA 5L8TA 5D3RA 5EU1A 4TTEA 5E74A 4QC1A 4QEUA 1X0JA 5L98A 3AQAA 3MQMA 5CQ5A 3LQIA 3NXBA 4QZSA 5EWDA 4NQNA 3U5LA 5HQ6A 5A7CA 3HMFA 5CQ4A 4QSVA 5II1A 5C85A 5EPRA 5EWVA 4PTBA 5CUBA 4TT4A 5EICA 5G4SA 5EISA 5KO4A 5DW2A 4OGJA 5EWCA 4NR9A 5ENIA 5DKCA 3LXJA 4ALHA 4O71A 4MEOA 4YABA 5E9YA 4YYDA 2RNYA 2DVQA 4YBMA 4LYIA 3ZYUA 5D3LA 3G0LA 2RO1A 5F3AA 4E96A 5LKTA 5EM3A 4QSTA 5ETDA 4LYSA 4DONA 4QR5A 4CUTA 5BT5A 5LKUA 5F1HA 5EWHA 4BW2A 4N4GA 4NYXA 5CUDA 4HXMA 2DKWA 5LVQA 1JSPB 4QR4A 4LDFA 2MJVB 4QSXA 3HMEA 4YYNA 4AKGA 4C67A 5I7XA 5CQ3A 5HCLA 3O35A 4QR3A 4IOQA 5H1TA 3I3JA 5KU3A 4QBMA 5LKZA 3S92A 4YYMA 2D9EA 5E9LA 3HMHA 4PCEA 4HXLA 3UVWA 3G0JA 4N4HA 5DYCA 4IOOA 5CQTA 5FFVA 5II2A 5HM0A 3GG3A 4TYLA 2GRCA 4X2IA 5CUEA 4UYHA 5CZGA 5HRWA 5KTXA 4C66A 4HXSA 5JWMA 5C4QA 2WP1A 4NYVA 5F5ZA 4CL9A 2YDWA 4Z6IA 5DFDA 4A9KA 5A82A 4J1PA 4YY6A 3IU5A 4FLPA 5I29A 3JVLA 5AD2A 4YK0A 5FG4A 2I7KA 2DATA 4IORA 5CUCA 3VKHA 3LQHA 1WUGA 3LQJA 3P1CA 5FE3A 4MR6A 4NUEA 4NUCA 5IGNA 4NR7A 2DVRA 5F2PA 1WUMA 5L96A 4IR6A 5DKHA 4XUAA 5ENBA 4NR6A 5EGUA 4Z1SA 5EV9A 2YEMA 2R10A 4AKHA 1E6IA 5CRMA 2G4AA 4KV4A 4QSSA 5D3TA 4BW3A 3QZSA 5E73A 4HBYA 5EI4A 5A5NA 4BHWA 5COIA 4ALGA 4O77A 5FG5A 5CUGA 5KTUA 5CP5A 4HXPA 4QUUA 4MR5A 4XUBA 5FBXA 5FE2A 5LJ0A 4MR4A 4UIWA 5FE6A 3U5JA 2YEKA 4TU4A 4NRAA 4TU6A 5C89A 2YQDA 4QYDA 5FE0A 2OUOA 5L8UA 5CS8A 5G4RA 2LSPB 4UIUA 5D26A 5LVRA 5D0CA 5D3JA 4CLBA 5DFBA 5DYUA 4MENA 5DLZA 3U5KA 5ACYA 4YATA 5D24A 3P5OA 4YAXA 5D3HA 4BW1A 3UV5A 2NXBA 4HBVA 1ZKRA 4O7EA 3O34A 5CY9A 5CUAA 3ONIA 5FE1A 5CTLA 4QY4A 4QSPA 5TB6A 4AKNA 4GPJA 4OGIA 5DYAA 5E9KA 4UYFA 5A5RA 5CQ6A 3DWYA 3U5NA 5AMFA 4YBTA 3Q2FA 5J0DA 3MUKA 4CURA 4UIZA 4ZC9A 5HEMA 4TZ2A 5FH8A 4BW4A 1JM4B 4A9MA 4LC2A 5HRXA 3JVMA 2R0YA 5CU8A 5I83A 5KTWA 4CUPA 3U5PA 4MEPA 3P1FA 5F60A 5FE7A 5I86A 2YELA 4NS5A 5IBNA 4O7BA 3MB4A 4O7CA 4WHUA 5I80A 4Z93A 5I40A 3MXFA 5ETBA 3UV2A 5HENA 5I1QA 4IR3A 3UVXA 3QZTA 4QSWA 5F25A 5HELA 4CFLA 5D25A 3IU6A 3RCWA 4TQNA 4UIYA 4UYDA 2RFJA 5L97A 4NQMA 4YYGA 5AMEA 1EQFA 4UITA 3O36A 5CQ7A 4QB3A 4XYAA 4O7AA 4TT2A
chains in the Genus database with same CATH topology
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