5D3RA

First bromodomain of brd4 bound to inhibitor xd42
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title 4-Acyl Pyrrole Derivatives Yield Novel Vectors for Designing Inhibitors of the Acetyl-Lysine Recognition Site of BRD4(1).
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription
total genus 38
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5d3rA01
5LJ1A 5EK9A 4Z6IA 5J0DA 5F60A 5D0CA 5FB0A 5HRVA 4A9EA 2YQDA 4UIWA 3MUKA 5DKDA 3U5PA 2RFJA 5FG4A 4NR9A 5II1A 4NR5A 4LYSA 4QSUA 2RNYA 4O77A 4QSVA 4MEPA 5HQ5A 3G0LA 5DW2A 4BHWA 4O70A 4MR6A 5E9VA 5II2A 5ACYA 3S91A 3MULA 4YBSA 4UYFA 5CQ3A 4KV4A 2R0VA 3JVLA 4Z6HA 3ONIA 4NUDA 4TZ8A 5ENEA 4LR6A 4YATA 5A5PA 4BW2A 3SVGA 2F6JA 2YDWA 5AD2A 5ENCA 5EP7A 5C7NA 4TU4A 5EI4A 5IGKA 3Q2EA 5HEMA 5EICA 2DVQA 5E7DA 5CTLA 4MEQA 5A5QA 4ZQLA 4TT6A 4QSWA 4TQNA 3DAIA 4HXKA 5LJ0A 5EWCA 4NR4A 4NYXA 5LVQA 5CQ6A 4CURA 2NXBA 5I80A 4PS5A 2RNXA 3UV2A 4QSSA 5TB6A 4CFLA 4QZSA 2H60A 5D7XA 5CQ5A 4QSTA 2R0SA 5E73A 4RVRA 4O7BA 5ENFA 3IU5A 3P5OA 4O76A 5FE3A 5BT5A 4QEVA 5FE7A 5FG5A 3LJWA 4O72A 4QEUA 5LKZA 3U5NA 5E3GA 5DY7A 5I86A 4A9IA 5CGPA 4QB3A 3LQJA 5I1QA 1WUMA 4X2IA 1X0JA 3SVHA 1WUGA 5FE1A 5IGLA 2E7NA 3D7CA 4WHWA 4FLPA 3UVYA 3U5JA 4YYGA 3NXBA 4YH4A 4ALHA 4YYHA 2DVRA 5CQTA 5I7YA 5JI8A 5I89A 3P1CA 5IIDA 5FFVA 5HELA 5K29A 3Q2FA 4N4IA 5ETDA 4NR8A 5G4SA 4BJXA 2DWWA 5D25A 4IR4A 5E9KA 4MR5A 4NUCA 5DKCA 4OUFA 2G4AA 5F25A 5DX4A 2R10A 4J0SA 5FFWA 5I29A 4MR4A 4XY9A 4LYWA 5CFWA 4YYJA 4XYAA 4MEOA 5F1LA 5HCLA 5KO4A 5EWWA 5A82A 5EV9A 4J0RA 5EQ1A 5IGMA 5EPSA 5A85A 5A5RA 2L5EA 5EU1A 4QUTA 5LKTA 4HXRA 5LKUA 5E0RA 3JVMA 4TU6A 3K2JA 5ETBA 4O7EA 4QUUA 5H1UA 5DFBA 4YADA 5F62A 5CQAA 3LXJA 1EQFA 3O37A 5E9YA 4TZ2A 5F63A 4Z93A 5DLXA 4YBMA 5A5SA 3HMHA 5I88A 4CUTA 5KTUA 5EISA 3P1EA 4Z1SA 4YK0A 4O74A 5L98A 5E9LA 5FH6A 4CUQA 4HBXA 5FH8A 4NR7A 4WHUA 3FKMX 3I3JA 3MXFA 4AKNA 3UVWA 4YYMA 3JVJA 4NQMA 5LVRA 5L99A 2D9EA 4ZC9A 5TCMA 4Q0OA 4XUAA 4YY4A 5E74A 5FE4A 4C66A 5HJCA 2MJVB 4HBVA 3U5MA 5CUDA 2YEKA 3MB4A 4A9NA 4NYWA 4QC1A 5CUBA 5KU3A 4N4HA 5EWHA 2I7KA 5E3DA 5FG6A 4OGJA 4UYDA 3O33A 3AADA 3UV4A 4O7AA 5LUUA 5ENBA 4QBMA 5CQ7A 4CL9A 4O78A 4A9OA 5FH7A 5CQ8A 5D3SA 5HQ7A 3P1FA 4O75A 5F2PA 4UIVA 5C85A 5CUAA 4TT2A 5C4QA 4WIVA 2DKWA 4A9KA 4PCIA 4DONA 4QYLA 5DYAA 5FBXA 4ALGA 4LDFA 5C89A 4O7FA 5EWDA 4CFKA 5DLZA 5D3JA 3IU6A 2OO1A 5ENJA 1F68A 2L85A 3QZSA 4QSQA 2DVVA 3O34A 5HFRA 4NUEA 5C87A 1ZS5A 3U5LA 5FDZA 5CS8A 4QR4A 2WP2A 5HLSA 4PY6A 4N4FA 4NS5A 4QY4A 4PTBA 2YELA 5HM0A 3UV5A 4BW1A 4YYNA 4NRCA 5EVAA 4HXPA 5EWVA 3JVKA 4QC3A 4UYEA 4O7CA 4UIYA 4QSPA 2R0YA 5D3RA 5A7CA 3RCWA 4O71A 5DKHA 4YYIA 4UIZA 5F3AA 5F61A 4HBYA 5C8GA 5A5OA 5I7XA 2OUOA 5H85A 5L8UA 4A9LA 4Y03A 5KHMA 5CRZA 4C67A 4LZSA 2F6NA 5FB1A 4N3WA 4YYKA 5L8TA 5A83A 4LZRA 2RNWA 4GPJA 4A9HA 5BT4A 5IBNA 3HMEA 4MR3A 5ENHA 5CRMA 2D82A 5F1HA 3QZVA 4IR5A 1E6IA 4QSXA 3MB3A 4IOQA 4QR3A 4IR6A 4YH3A 4A9FA 4UIXA 3UVXA 5BT3A 4KCXA 4E96A 2DATA 5HRXA 4OGIA 5AD3A 5CP5A 4LRGA 4IOOA 5CUGA 4CUUA 5HFQA 5I83A 4YAXA 4NRBA 4QNSA 5EM3A 3DWYA 5DYUA 4UITA 5ENIA 5CY9A 5FE9A 4UYHA 4MENA 5D3HA 4NRAA 4Z1QA 2YYNA 3TLPA 2FSAA 2I8NA 5D24A 5LJ2A 5HENA 4YY6A 5EA1A 2GRCA 1N72A 5D3NA 3HMFA 4HXOA 4ZW1A 4N4GA 5KTWA 2LSPB 4QEWA 4BW3A 4LC2A 4Q0NA 5ENGA 2N9GA 5DFCA 4UIUA 5JWMA 5F5ZA 2KTBB 5F36A 4A9JA 4J1PA 5L96A 2YW5A 2RI7A 4XY8A 5DW1A 2L84A 5A5NA 4UYGA 4TTEA 4IORA 4HXMA 5DFDA 3MQMA 5L97A 5CQ4A 4A9MA 5H1TA 4QYDA 2YEMA 3SVFA 5FE5A 3G0JA 4PKLA 3UVDA 5FFYA 2OSSA 5CUEA 3ZYUA 3LQHA 5D3TA 4IR3A 5EPBA 5FE0A 5D26A 3S92A 4PCEA 4KV1A 2E7OA 4NR6A 4HXNA 4LZ2A 5DYXA 4HBWA 4TT4A 4NYVA 5D3PA 5HQ6A 5AMFA 2E3KA 5AMEA 4TYLA 5E9MA 5IG6A 3UW9A 4CUPA 4HXSA 4J3IA 5FE8A 4QR5A 4NXJA 3AQAA 5KTXA 1JM4B 4YYDA 1JSPB 4YBTA 3U5OA 3QZTA 5G4RA 5COIA 4UYFB 4XUBA 4BW4A 4F3IA 5CU8A 5I40A 2RO1A 4LYIA 4QSRA 3O35A 5CUCA 5FE6A 3GG3A 3O36A 4NQNA 4YC9A 2DVSA 4YABA 3LQIA 5DYCA 5CZGA 5FE2A 2RS9B 5HRWA 5EPRA 4HXLA 5EGUA 5H1VA 3P1DA 5DBMA 5CPEA 4CLBA 5D3LA 5IGNA 5LKXA 5A81A 2WP1A 4TS8A 5E9IA 4CUSA 3U5KA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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