3IU5A

Crystal structure of the first bromodomain of human poly-bromodomain containing protein 1 (pb1)
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
114
structure length
114
Chain Sequence
SMTVDPIAVCHELYNTIRDYKDEQGRLLCELFIRAPKRRNQPDYYEVVSQPIDLMKIQQKLKMEEYDDVNLLTADFQLLFNNAKSYYKPDSPEYKAACKLWDLYLRTRNEFVQK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transcription
source organism Homo sapiens
publication title Histone recognition and large-scale structural analysis of the human bromodomain family.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protein polybromo-1
total genus 39
structure length 114
sequence length 114
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 3iu5A00
4YYJA 5ENJA 5A5QA 4N3WA 5I40A 2H60A 5CUAA 5L98A 4HBVA 4TTEA 5II1A 4PCEA 4LYWA 5CZGA 4BW4A 5EK9A 3UVDA 5I80A 5F60A 3MXFA 3U5LA 5LKZA 5EM3A 5FH8A 4AKNA 4C66A 5FB0A 4NYXA 4A9MA 2R0YA 5KHMA 4A9NA 5HFQA 4N4GA 3P1EA 4NRCA 5EPBA 4YYDA 5ENGA 5AMEA 5L8UA 5C89A 2RI7A 4HBXA 4LZSA 5DW1A 4NR8A 5CS8A 4CURA 4XY9A 5HJCA 4IOOA 4CFKA 2L85A 3MULA 5L96A 4Z6IA 5AD2A 4QUTA 5FB1A 5I88A 3JVMA 4HXRA 5F36A 4J3IA 5EI4A 5EP7A 5DYCA 2YQDA 3O36A 4PTBA 4QNSA 5DYAA 4PS5A 5LKUA 5EWCA 3NXBA 5FE9A 5FE6A 4NUDA 4A9OA 1WUGA 5ENIA 4NRBA 3ONIA 5DFDA 5IGMA 5A82A 5A5SA 5FE7A 5C7NA 4WHUA 4LR6A 4YYHA 5F5ZA 5HENA 3SVGA 3UVWA 4CUTA 4A9KA 4YC9A 4DONA 4TU4A 5FH6A 5TCMA 3HMEA 4HXLA 4CUSA 4QSUA 4KCXA 5E9IA 5EICA 2F6NA 5A7CA 4UITA 5IIDA 4YBSA 2E7OA 4C67A 3U5KA 3IU5A 3AQAA 2R0SA 4O7CA 4Q0NA 3SVFA 3S91A 3UV2A 5EWWA 4OUFA 2GRCA 4QYLA 4Y03A 1F68A 2R0VA 4QSTA 4QR4A 4LZ2A 5A85A 5D3NA 2OUOA 4LZRA 4BJXA 2E7NA 5FE3A 4MR6A 2DWWA 5I83A 3IU6A 3DAIA 3RCWA 5KU3A 5CFWA 5LUUA 5LVQA 4NYWA 5I86A 4OGIA 5LKXA 5D26A 4TQNA 5CU8A 3UW9A 5ACYA 4O75A 5LJ2A 5F25A 4LDFA 5DY7A 5EWDA 3G0LA 5G4SA 2YYNA 4PY6A 5FFWA 5CUDA 4Z93A 4YY4A 4YADA 3TLPA 5DFCA 4QY4A 5IGNA 3JVLA 4IR5A 1JM4B 5D3SA 5C87A 4NUCA 4NUEA 3MB3A 5KTUA 2I8NA 3U5MA 5C4QA 5KO4A 5LJ1A 4CUQA 4HXSA 5TB6A 5A5RA 4HXMA 3QZTA 4HXOA 5H85A 4KV1A 5DX4A 5F61A 4HXKA 4NR5A 5HLSA 5KTXA 5A81A 3O35A 4WIVA 1N72A 4QZSA 5ETDA 5L99A 4A9FA 4YATA 5HRWA 4TZ2A 4Z6HA 5LVRA 3QZVA 5HELA 5L97A 4PKLA 5AMFA 3P5OA 2RNWA 4QSVA 4IR3A 4QSQA 5FH7A 4QR5A 5EWVA 4HXNA 1E6IA 5DKCA 4PCIA 5DFBA 4IORA 4Q0OA 4TZ8A 5ENHA 5ENBA 4NR9A 4O7EA 4MR4A 3O37A 5BT3A 4UYDA 5D3LA 5DBMA 5E74A 2L84A 2R10A 3AADA 2D82A 3UV5A 2DVVA 5DLXA 4BW1A 5C8GA 5I1QA 4MEQA 4YBMA 4HBWA 4NR7A 4YH4A 4CLBA 4MEOA 5L8TA 2N9GA 4CUPA 2YEMA 4IOQA 3Q2FA 5CQ7A 4YH3A 4QB3A 4XYAA 3HMFA 5CUBA 5ENFA 3MQMA 5ENCA 5D0CA 4LYSA 3GG3A 4N4FA 5CTLA 4O7BA 2DATA 3LQIA 4QBMA 5HCLA 5FFYA 2RNYA 5HQ5A 2RO1A 5E9VA 5D25A 5JWMA 4KV4A 4TS8A 4QR3A 3S92A 4O77A 2E3KA 2G4AA 4QUUA 4A9HA 5CUEA 5E9LA 4LYIA 5IGLA 4TT2A 4O78A 4UIYA 3MB4A 3UV4A 4CFLA 5CRZA 4MR3A 4QSWA 5D3PA 4ZW1A 2DVQA 5E9MA 4YYIA 5DYXA 4MEPA 4UYEA 4YAXA 5EVAA 4NXJA 5F1LA 5C85A 3U5JA 5D3RA 5IGKA 5F2PA 5J0DA 1X0JA 4YYKA 4CUUA 4ZQLA 3QZSA 4QEWA 5LKTA 4YBTA 3LQHA 5D7XA 5FFVA 5FG6A 4NR6A 3Q2EA 4WHWA 5CQ3A 5F3AA 5HM0A 4TT4A 2DKWA 5IG6A 4NS5A 5FE5A 4O7FA 5F63A 2WP2A 2FSAA 4QSRA 4MR5A 4NRAA 5CQAA 4IR6A 4TYLA 5CUGA 3ZYUA 1ZS5A 3O33A 3P1DA 4J0SA 5FE8A 5CY9A 4Z1QA 5DKHA 5EPRA 4O74A 5HQ6A 4FLPA 4N4HA 3U5NA 2MJVB 4QC3A 3UVYA 5BT4A 4QYDA 4YK0A 3I3JA 3D7CA 1WUMA 4UYFB 2YDWA 5EISA 2RNXA 4O7AA 2LSPB 5FG5A 5I89A 4QSPA 5COIA 2OSSA 4OGJA 5FE4A 5F62A 3SVHA 4J1PA 4XY8A 5E9YA 4ALHA 5G4RA 4NQNA 2YEKA 4QSXA 4XUBA 3P1FA 5FBXA 4BW2A 5ETBA 4YYMA 2I7KA 4YYNA 5ENEA 4UYGA 5FG4A 5I7XA 5KTWA 5HEMA 4O72A 5HFRA 5EWHA 5BT5A 2KTBB 3LXJA 5DKDA 2DVRA 1JSPB 2YELA 4QC1A 5E3GA 5A5PA 4IR4A 5E3DA 4O70A 4UIUA 4Z1SA 5LJ0A 5F1HA 5FDZA 5FE0A 3LJWA 5E9KA 4TT6A 5EU1A 4NR4A 5CP5A 4GPJA 4UYFA 3HMHA 5I7YA 5II2A 2OO1A 3JVKA 5D24A 4NYVA 5AD3A 5EQ1A 5H1UA 4LC2A 2L5EA 3JVJA 2YW5A 4MENA 3FKMX 3MUKA 3DWYA 5FE2A 4LRGA 5A83A 2RS9B 4QSSA 3O34A 5EGUA 4ALGA 4NQMA 4F3IA 4HBYA 4A9JA 2D9EA 4N4IA 4RVRA 5DYUA 4CL9A 5K29A 5EPSA 3G0JA 4XUAA 4O71A 5A5NA 4A9IA 4QEUA 5HRVA 4YYGA 4A9LA 5CRMA 3U5PA 4TU6A 5E7DA 5HQ7A 4E96A 3P1CA 5CPEA 2DVSA 5HRXA 4UIWA 4UIXA 5CQ6A 5EV9A 5I29A 5IBNA 2RFJA 5E73A 4UIVA 4X2IA 4O76A 4UYHA 5CQ5A 5H1TA 4A9EA 5CQTA 2NXBA 5EA1A 3U5OA 2F6JA 1EQFA 4HXPA 5E0RA 4UIZA 5D3HA 5JI8A 5CQ4A 5DLZA 2WP1A 5D3TA 5DW2A 5D3JA 4J0RA 4QEVA 5H1VA 4YY6A 3LQJA 5CGPA 5CQ8A 4ZC9A 4BHWA 3K2JA 3UVXA 5A5OA 5CUCA 4YABA 4BW3A 5FE1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4YYJA 5ENJA 5A5QA 4N3WA 5I40A 2H60A 5CUAA 5L98A 4HBVA 4TTEA 5II1A 4PCEA 4LYWA 5CZGA 4BW4A 5EK9A 3UVDA 5I80A 5F60A 3MXFA 3U5LA 5LKZA 5EM3A 5FH8A 4AKNA 4C66A 5FB0A 4NYXA 4A9MA 2R0YA 5KHMA 4A9NA 5HFQA 4N4GA 3P1EA 4NRCA 5EPBA 4YYDA 5ENGA 5AMEA 5L8UA 5C89A 2RI7A 4HBXA 4LZSA 5DW1A 4NR8A 5CS8A 4CURA 4XY9A 5HJCA 4AKGA 4IOOA 4CFKA 2L85A 3MULA 5L96A 4Z6IA 5AD2A 4QUTA 5FB1A 5I88A 3JVMA 4HXRA 5F36A 4J3IA 5EI4A 5EP7A 5DYCA 2YQDA 3O36A 4PTBA 4QNSA 5DYAA 4PS5A 5LKUA 5EWCA 3NXBA 5FE9A 5FE6A 4NUDA 4A9OA 1WUGA 2EJNA 5ENIA 4NRBA 3ONIA 5DFDA 5IGMA 5A82A 5A5SA 5FE7A 5C7NA 4WHUA 4LR6A 4YYHA 5F5ZA 5HENA 3SVGA 3UVWA 4CUTA 4A9KA 4YC9A 4DONA 4TU4A 5FH6A 5TCMA 3HMEA 4HXLA 4CUSA 4QSUA 4KCXA 5E9IA 5EICA 2F6NA 5A7CA 4UITA 5IIDA 4YBSA 2E7OA 4C67A 3U5KA 3IU5A 3AQAA 2R0SA 4O7CA 4Q0NA 3SVFA 3S91A 3UV2A 5EWWA 4OUFA 2GRCA 4QYLA 4Y03A 1F68A 2R0VA 4QSTA 4QR4A 4LZ2A 5A85A 5D3NA 2OUOA 4LZRA 4BJXA 2E7NA 5FE3A 4MR6A 2DWWA 5I83A 3IU6A 3DAIA 3RCWA 5KU3A 5CFWA 5LUUA 5LVQA 4NYWA 5I86A 4OGIA 5LKXA 3VKHA 5D26A 3D1BA 4TQNA 5CU8A 3UW9A 5ACYA 4O75A 5LJ2A 5F25A 4LDFA 5DY7A 5EWDA 3G0LA 5G4SA 2YYNA 4PY6A 5FFWA 5CUDA 4Z93A 4YY4A 4YADA 3TLPA 5DFCA 4QY4A 5IGNA 3JVLA 4IR5A 1JM4B 5D3SA 5C87A 4NUCA 4NUEA 3MB3A 5KTUA 2I8NA 3U5MA 5C4QA 5KO4A 5LJ1A 4CUQA 4HXSA 5TB6A 5A5RA 4HXMA 3QZTA 4HXOA 5H85A 4KV1A 5DX4A 5F61A 4HXKA 4NR5A 5HLSA 5KTXA 5A81A 3O35A 4WIVA 1N72A 4QZSA 5ETDA 5L99A 4A9FA 4YATA 5HRWA 4TZ2A 4Z6HA 5LVRA 3QZVA 5HELA 5L97A 4PKLA 5AMFA 3P5OA 2RNWA 4QSVA 4IR3A 4QSQA 5FH7A 4QR5A 5EWVA 4HXNA 1E6IA 5DKCA 4PCIA 5DFBA 4IORA 4Q0OA 4TZ8A 5ENHA 5ENBA 4NR9A 4O7EA 4MR4A 3O37A 5BT3A 4UYDA 5D3LA 5DBMA 5E74A 2L84A 2R10A 3AADA 2D82A 3UV5A 2DVVA 5DLXA 4BW1A 5C8GA 5I1QA 4MEQA 4YBMA 4HBWA 4NR7A 4YH4A 4CLBA 4MEOA 5L8TA 2N9GA 4CUPA 2YEMA 3VKGA 4IOQA 3Q2FA 5CQ7A 4YH3A 4QB3A 4XYAA 3HMFA 5CUBA 5ENFA 3MQMA 5ENCA 5D0CA 4LYSA 3GG3A 4N4FA 5CTLA 4O7BA 2DATA 3LQIA 4QBMA 5HCLA 5FFYA 2RNYA 5HQ5A 2RO1A 5E9VA 5D25A 5JWMA 4KV4A 4TS8A 4QR3A 3S92A 4O77A 2E3KA 2G4AA 4QUUA 4A9HA 5CUEA 5E9LA 4LYIA 5IGLA 4TT2A 4O78A 4UIYA 3MB4A 3UV4A 4CFLA 5CRZA 4MR3A 4QSWA 5D3PA 4ZW1A 2DVQA 5E9MA 4YYIA 5DYXA 4MEPA 4UYEA 4YAXA 5EVAA 4NXJA 5F1LA 5C85A 3U5JA 5D3RA 5IGKA 5F2PA 5J0DA 1X0JA 4YYKA 4CUUA 4ZQLA 3QZSA 4QEWA 5LKTA 4YBTA 3LQHA 5D7XA 5FFVA 5FG6A 4NR6A 3Q2EA 4WHWA 5CQ3A 5F3AA 5HM0A 4TT4A 2DKWA 5IG6A 4NS5A 5FE5A 4O7FA 5F63A 2WP2A 2FSAA 4QSRA 4MR5A 4NRAA 5CQAA 4IR6A 4TYLA 5CUGA 3ZYUA 1ZS5A 4AKHA 3O33A 3P1DA 4J0SA 5FE8A 5CY9A 1ZKRA 4Z1QA 5DKHA 5EPRA 4O74A 5HQ6A 4FLPA 4N4HA 3U5NA 2MJVB 4QC3A 3UVYA 5BT4A 4QYDA 4YK0A 3I3JA 3D7CA 1WUMA 4UYFB 2YDWA 3D1DA 5EISA 2RNXA 4O7AA 2LSPB 5FG5A 5I89A 4QSPA 5COIA 2OSSA 4OGJA 5FE4A 5F62A 3SVHA 4J1PA 4XY8A 5E9YA 4ALHA 5G4RA 4NQNA 2YEKA 4QSXA 4XUBA 3P1FA 5FBXA 4BW2A 5ETBA 4YYMA 2I7KA 4YYNA 5ENEA 4UYGA 5FG4A 4AI6A 5I7XA 5KTWA 5HEMA 4O72A 5HFRA 5EWHA 5BT5A 2KTBB 3LXJA 5DKDA 2DVRA 1JSPB 2YELA 4QC1A 5E3GA 5A5PA 4IR4A 5E3DA 4O70A 4UIUA 4Z1SA 5LJ0A 5F1HA 5FDZA 5FE0A 3LJWA 5E9KA 4TT6A 5EU1A 4NR4A 5CP5A 4GPJA 4UYFA 3HMHA 5I7YA 5II2A 2OO1A 3JVKA 5D24A 4NYVA 5AD3A 5EQ1A 3ERRA 5H1UA 4LC2A 2L5EA 3JVJA 2YW5A 4MENA 3FKMX 3MUKA 3DWYA 5FE2A 4LRGA 5A83A 2RS9B 4QSSA 3O34A 5EGUA 4ALGA 4NQMA 4F3IA 4HBYA 4A9JA 2D9EA 4N4IA 4RVRA 5DYUA 4CL9A 5K29A 5EPSA 3G0JA 4XUAA 4O71A 5A5NA 4A9IA 4QEUA 5HRVA 1PUOA 4YYGA 4A9LA 5CRMA 3U5PA 4TU6A 5E7DA 5HQ7A 4E96A 3P1CA 5CPEA 2DVSA 5HRXA 4UIWA 4UIXA 5CQ6A 5EV9A 5I29A 5IBNA 2RFJA 5E73A 4UIVA 4X2IA 4O76A 4UYHA 5CQ5A 5H1TA 4A9EA 4AKIA 5CQTA 2NXBA 5EA1A 3U5OA 2F6JA 1EQFA 4HXPA 5E0RA 4UIZA 5D3HA 5JI8A 5CQ4A 5DLZA 2WP1A 5D3TA 5DW2A 5D3JA 4J0RA 4QEVA 5H1VA 4YY6A 3LQJA 5CGPA 5CQ8A 4ZC9A 4BHWA 3K2JA 3UVXA 5A5OA 5CUCA 4YABA 4BW3A 5FE1A
chains in the Genus database with same CATH topology
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