3IU5A

Crystal structure of the first bromodomain of human poly-bromodomain containing protein 1 (pb1)
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
114
structure length
114
Chain Sequence
SMTVDPIAVCHELYNTIRDYKDEQGRLLCELFIRAPKRRNQPDYYEVVSQPIDLMKIQQKLKMEEYDDVNLLTADFQLLFNNAKSYYKPDSPEYKAACKLWDLYLRTRNEFVQK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Protein polybromo-1
publication title Histone recognition and large-scale structural analysis of the human bromodomain family.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription
total genus 39
structure length 114
sequence length 114
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 3iu5A00
3NXBA 2L5EA 4UIVA 4BW3A 5LUUA 5ENCA 4N4FA 5LJ1A 3HMHA 3LQHA 5HRWA 5TB6A 4YYDA 4UYHA 5IGNA 2YDWA 5C89A 5I86A 4A9NA 4TZ8A 3DWYA 4CUPA 3MULA 4NXJA 5D25A 3JVKA 5CRMA 5IGMA 4HXRA 5DW2A 5LKTA 4QBMA 5BT3A 5AMFA 2RFJA 3O33A 4LC2A 5FH7A 4UIYA 3MUKA 5D3LA 5EI4A 4Z93A 5BT4A 5ENGA 4J0RA 5KHMA 5LJ2A 4NR4A 2WP2A 2DKWA 3IU6A 4A9JA 5EWWA 2E3KA 4J0SA 4ZQLA 3GG3A 3JVJA 5FG4A 5HRVA 5EA1A 4PCEA 5I7YA 5A5OA 4YYGA 5ACYA 4A9EA 4PCIA 4O7AA 5EM3A 4YH4A 4LYIA 4QB3A 4A9KA 5C87A 5I89A 4BW1A 5IGLA 2YW5A 4TT4A 3JVMA 4QUTA 2RS9B 4UYFA 3U5PA 5E73A 3QZTA 5D3NA 4CUSA 3DAIA 3JVLA 4HXMA 2YYNA 4MR6A 4CLBA 4YK0A 5DKDA 5IG6A 4PY6A 4XUAA 2DWWA 4NR8A 3LQJA 5CTLA 2R0VA 5CU8A 5FG5A 3SVHA 5CUBA 4CUUA 3MQMA 2OUOA 4O78A 5II2A 4AKNA 4O76A 2LSPB 5AD3A 5HFQA 4UYEA 5F25A 5FH8A 5HFRA 5DBMA 4A9FA 3SVFA 2D82A 5C7NA 4C66A 3AQAA 1ZS5A 2G4AA 5HQ6A 5KU3A 4LDFA 4HXNA 5EISA 4NRCA 4PKLA 4QEVA 5F61A 3Q2EA 5G4RA 3UVDA 4WHWA 5HQ7A 5I83A 5I29A 4TT2A 5E3GA 5FE4A 1EQFA 5CY9A 3UVWA 4ALHA 3SVGA 3K2JA 4YYJA 5IGKA 5FFWA 4NYVA 3O34A 4UIUA 4BJXA 4YABA 4O71A 3U5LA 4UIWA 3P1EA 2YEKA 5EPSA 3HMFA 5CQ8A 5DKHA 5DYUA 4O7BA 5I7XA 5DYAA 4HBXA 3QZSA 4WIVA 4O7EA 1JM4B 5C4QA 5EV9A 4DONA 5E3DA 4HBVA 4LR6A 4HXSA 4A9HA 4MEQA 4ALGA 5EP7A 5DFCA 5LVRA 2GRCA 4OGJA 4UYDA 1X0JA 5ETDA 3LXJA 4A9IA 2YQDA 3O36A 5JWMA 4NRBA 4NRAA 5EWCA 4QEUA 5HLSA 4YYKA 5D3SA 5COIA 5HJCA 5ENEA 2KTBB 5ENIA 5I80A 5IBNA 4UIXA 5FBXA 5CQ5A 3UW9A 5BT5A 3S91A 3P1FA 5EPBA 5F2PA 4XY8A 5EWHA 3AADA 4MR5A 5A5SA 5F63A 4QZSA 4YYIA 2OO1A 5L8TA 5EWDA 5A5NA 3IU5A 5CQ7A 5L8UA 4Q0OA 5FH6A 3P5OA 5E9MA 5F36A 2L85A 5LKXA 4LYWA 5AD2A 4X2IA 4QSQA 5KO4A 5LKUA 4O74A 5L96A 4HXKA 3MB3A 2R10A 3FKMX 5FG6A 4LZSA 4N4HA 4IR5A 3ONIA 4Y03A 4CUQA 4F3IA 2RNWA 4YC9A 4TU4A 4KCXA 4OUFA 4NS5A 4YADA 4QNSA 5E7DA 4QSRA 4UIZA 4QR3A 2OSSA 4NYWA 4Z6HA 5HRXA 4MR4A 4YBTA 4PS5A 5JI8A 4ZC9A 4N4IA 4QSWA 3P1CA 4XYAA 1JSPB 3UV2A 2DVQA 4BW4A 5CQ4A 5F62A 4MEPA 4MR3A 5CFWA 4IOOA 4A9MA 5C8GA 5L98A 3G0LA 5E0RA 5FDZA 4O7CA 2R0YA 5EQ1A 5A5RA 4Q0NA 4GPJA 4HBWA 5CUGA 4NYXA 5II1A 5DY7A 4MEOA 5EGUA 4O75A 3LQIA 2D9EA 4QR5A 4QYDA 4HXPA 4TS8A 4C67A 4QY4A 4YBSA 5HEMA 5AMEA 5H1VA 3UVYA 3UVXA 5FE6A 5C85A 3MB4A 2I7KA 5CQTA 5FB0A 5CUCA 2FSAA 5E74A 5FE1A 3D7CA 5KTWA 5CUEA 4XUBA 4QSVA 4QUUA 5D3RA 2NXBA 3RCWA 3TLPA 4UYGA 2I8NA 5L97A 4Z6IA 5E9YA 5FE5A 5CQ3A 4LZRA 5FFYA 2E7NA 4OGIA 2H60A 4LRGA 4YATA 5CZGA 3U5NA 3HMEA 4TYLA 4IR3A 5E9VA 5DYXA 5A81A 4HBYA 5A7CA 4N3WA 4WHUA 2E7OA 3UV5A 5HELA 5I40A 4J3IA 5HCLA 5D26A 2F6NA 4YYHA 4UYFB 4Z1SA 5FB1A 2RNXA 5ENJA 5CPEA 4O70A 5D0CA 4PTBA 4IOQA 5F3AA 4QC1A 5LJ0A 5DLXA 4YH3A 4O7FA 4QSTA 4CURA 4QYLA 5CGPA 5J0DA 5HQ5A 3U5KA 3U5JA 5F1HA 2RNYA 4O72A 2YELA 3Q2FA 5K29A 5CUDA 4QR4A 4A9OA 4ZW1A 5EK9A 5H1UA 5ENFA 4LZ2A 3O35A 5CQAA 2DVVA 5EWVA 5HM0A 4YAXA 4TZ2A 5DLZA 4E96A 2L84A 4CFKA 5FE0A 5A82A 4QSXA 5FE8A 4MENA 5F5ZA 4TQNA 5FE3A 3I3JA 2R0SA 5KTXA 5D3HA 4QSPA 4IR4A 5EICA 5F60A 5CUAA 5KTUA 1WUGA 4IR6A 2DVRA 5DYCA 4NQMA 1E6IA 4CUTA 5EPRA 5DKCA 4HXOA 5D3JA 5H1TA 5G4SA 2DATA 4KV4A 5E9LA 5CP5A 4HXLA 3U5OA 5DFBA 5TCMA 2RI7A 4LYSA 5LKZA 2DVSA 4TTEA 4KV1A 4NR7A 4YYNA 4UITA 1WUMA 4YY4A 3LJWA 4BHWA 5CRZA 4J1PA 4O77A 5A5QA 4NUEA 5CQ6A 5A85A 2RO1A 5FE9A 4TT6A 4NUCA 4NR9A 5D3PA 1F68A 5FE7A 4N4GA 3UV4A 5FE2A 4BW2A 4QSUA 3QZVA 4IORA 5E9KA 5DFDA 5A83A 5L99A 4QSSA 2N9GA 5DW1A 5D24A 5ENBA 4CFLA 5IIDA 4CL9A 4NUDA 5A5PA 1N72A 5FFVA 2WP1A 3MXFA 4NR6A 4QEWA 5ENHA 4A9LA 4FLPA 5D3TA 4NQNA 4TU6A 4YY6A 3U5MA 4RVRA 5D7XA 5EVAA 3ZYUA 5EU1A 3O37A 4YYMA 5CS8A 4Z1QA 4YBMA 5LVQA 5HENA 2YEMA 3P1DA 5F1LA 2MJVB 5H85A 5DX4A 3S92A 5I1QA 5I88A 5ETBA 4NR5A 2F6JA 4XY9A 5E9IA 3G0JA 4QC3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3NXBA 2L5EA 4UIVA 4BW3A 5LUUA 5ENCA 4N4FA 5LJ1A 3HMHA 3LQHA 5HRWA 5TB6A 4YYDA 4UYHA 5IGNA 2YDWA 5C89A 5I86A 4A9NA 4TZ8A 3DWYA 4CUPA 3MULA 4NXJA 5D25A 3JVKA 4AKGA 5CRMA 5IGMA 4HXRA 5DW2A 5LKTA 4QBMA 5BT3A 5AMFA 2RFJA 3O33A 4LC2A 5FH7A 4UIYA 3MUKA 5D3LA 5EI4A 4Z93A 5BT4A 5ENGA 4J0RA 5KHMA 5LJ2A 4NR4A 2WP2A 2DKWA 3IU6A 4A9JA 5EWWA 2E3KA 4J0SA 4ZQLA 3GG3A 3JVJA 5FG4A 5HRVA 5EA1A 4PCEA 5I7YA 5A5OA 4YYGA 5ACYA 4A9EA 4PCIA 4O7AA 5EM3A 4YH4A 4LYIA 4QB3A 4A9KA 5C87A 5I89A 4BW1A 5IGLA 2YW5A 4TT4A 3JVMA 4QUTA 2RS9B 4UYFA 3U5PA 5E73A 3QZTA 5D3NA 4CUSA 3DAIA 3JVLA 4HXMA 2YYNA 4MR6A 4CLBA 4YK0A 5DKDA 5IG6A 4PY6A 4XUAA 2DWWA 4NR8A 3LQJA 5CTLA 2R0VA 5CU8A 5FG5A 3SVHA 5CUBA 4CUUA 3MQMA 2OUOA 4O78A 5II2A 4AKNA 4O76A 2LSPB 5AD3A 5HFQA 4UYEA 5F25A 5FH8A 5HFRA 5DBMA 4A9FA 3SVFA 2D82A 5C7NA 4C66A 3AQAA 1ZS5A 2G4AA 5HQ6A 5KU3A 4LDFA 4HXNA 5EISA 4NRCA 4PKLA 4QEVA 5F61A 3Q2EA 2EJNA 5G4RA 3UVDA 4WHWA 5HQ7A 5I83A 5I29A 4TT2A 5E3GA 5FE4A 1EQFA 5CY9A 3UVWA 4ALHA 3SVGA 3K2JA 4YYJA 5IGKA 5FFWA 4NYVA 3O34A 4UIUA 4BJXA 4YABA 4O71A 3U5LA 4UIWA 3P1EA 2YEKA 5EPSA 3HMFA 5CQ8A 5DKHA 5DYUA 4O7BA 5I7XA 5DYAA 3VKHA 4HBXA 3QZSA 4WIVA 4O7EA 1JM4B 5C4QA 5EV9A 4DONA 5E3DA 4HBVA 4LR6A 4HXSA 4A9HA 4MEQA 4ALGA 5EP7A 5DFCA 5LVRA 2GRCA 4OGJA 4UYDA 1X0JA 5ETDA 3LXJA 4A9IA 2YQDA 3O36A 5JWMA 4NRBA 4NRAA 5EWCA 3D1BA 4QEUA 5HLSA 4YYKA 5D3SA 5COIA 5HJCA 5ENEA 2KTBB 5ENIA 5I80A 5IBNA 4UIXA 5FBXA 5CQ5A 3UW9A 5BT5A 3S91A 3P1FA 5EPBA 5F2PA 4XY8A 5EWHA 3AADA 4MR5A 5A5SA 5F63A 4QZSA 4YYIA 2OO1A 5L8TA 5EWDA 5A5NA 3IU5A 5CQ7A 5L8UA 4Q0OA 5FH6A 3P5OA 3ERRA 5E9MA 5F36A 2L85A 5LKXA 4LYWA 5AD2A 4X2IA 4QSQA 5KO4A 5LKUA 4O74A 5L96A 4HXKA 3MB3A 2R10A 3FKMX 5FG6A 4LZSA 4N4HA 4IR5A 3ONIA 4Y03A 4CUQA 4F3IA 2RNWA 4YC9A 4TU4A 4KCXA 4OUFA 4NS5A 4YADA 4QNSA 5E7DA 4QSRA 4UIZA 4QR3A 2OSSA 4NYWA 4Z6HA 5HRXA 4MR4A 4YBTA 4PS5A 5JI8A 4ZC9A 4N4IA 4QSWA 3P1CA 4XYAA 1JSPB 3UV2A 2DVQA 4BW4A 5CQ4A 5F62A 4MEPA 4MR3A 5CFWA 4IOOA 4A9MA 5C8GA 5L98A 3G0LA 5E0RA 5FDZA 4O7CA 2R0YA 5EQ1A 5A5RA 4Q0NA 4GPJA 4HBWA 5CUGA 4NYXA 5II1A 5DY7A 4MEOA 5EGUA 4O75A 3LQIA 2D9EA 4QR5A 4QYDA 4HXPA 4TS8A 4C67A 4QY4A 4YBSA 5HEMA 5AMEA 5H1VA 3UVYA 1ZKRA 3UVXA 5FE6A 5C85A 3MB4A 2I7KA 5CQTA 5FB0A 5CUCA 2FSAA 5E74A 5FE1A 3D7CA 5KTWA 5CUEA 4XUBA 4QSVA 4QUUA 5D3RA 2NXBA 3RCWA 3TLPA 4UYGA 2I8NA 5L97A 4Z6IA 5E9YA 5FE5A 5CQ3A 4LZRA 5FFYA 2E7NA 4OGIA 2H60A 1PUOA 3VKGA 4LRGA 4YATA 5CZGA 3U5NA 3HMEA 4TYLA 4IR3A 5E9VA 5DYXA 5A81A 4HBYA 5A7CA 4N3WA 4WHUA 2E7OA 3UV5A 5HELA 5I40A 4J3IA 5HCLA 5D26A 2F6NA 4YYHA 4UYFB 4Z1SA 5FB1A 2RNXA 5ENJA 5CPEA 4O70A 5D0CA 4PTBA 4IOQA 5F3AA 4QC1A 5LJ0A 4AI6A 5DLXA 4YH3A 4O7FA 4QSTA 4CURA 4QYLA 5CGPA 5J0DA 5HQ5A 3U5KA 3U5JA 5F1HA 2RNYA 4O72A 2YELA 3Q2FA 5K29A 5CUDA 4QR4A 4A9OA 4ZW1A 5EK9A 5H1UA 5ENFA 4LZ2A 3O35A 5CQAA 2DVVA 5EWVA 5HM0A 4YAXA 4TZ2A 5DLZA 4E96A 2L84A 4CFKA 5FE0A 5A82A 4QSXA 5FE8A 4MENA 5F5ZA 4TQNA 5FE3A 3I3JA 2R0SA 5KTXA 5D3HA 4QSPA 4IR4A 5EICA 5F60A 5CUAA 5KTUA 1WUGA 4IR6A 2DVRA 5DYCA 4NQMA 1E6IA 4CUTA 5EPRA 5DKCA 4HXOA 5D3JA 5H1TA 5G4SA 2DATA 4KV4A 5E9LA 5CP5A 4AKHA 4HXLA 3U5OA 5DFBA 5TCMA 2RI7A 4LYSA 5LKZA 4AKIA 2DVSA 4TTEA 4KV1A 4NR7A 4YYNA 4UITA 1WUMA 4YY4A 3LJWA 4BHWA 5CRZA 4J1PA 4O77A 5A5QA 4NUEA 5CQ6A 5A85A 2RO1A 5FE9A 4TT6A 4NUCA 4NR9A 5D3PA 1F68A 5FE7A 4N4GA 3UV4A 5FE2A 4BW2A 4QSUA 3QZVA 4IORA 5E9KA 5DFDA 5A83A 5L99A 4QSSA 2N9GA 5DW1A 5D24A 5ENBA 4CFLA 5IIDA 4CL9A 4NUDA 5A5PA 1N72A 5FFVA 2WP1A 3MXFA 4NR6A 4QEWA 5ENHA 4A9LA 4FLPA 5D3TA 4NQNA 4TU6A 4YY6A 3U5MA 4RVRA 5D7XA 5EVAA 3ZYUA 5EU1A 3O37A 4YYMA 5CS8A 4Z1QA 4YBMA 5LVQA 5HENA 2YEMA 3P1DA 5F1LA 2MJVB 5H85A 5DX4A 3S92A 5I1QA 5I88A 3D1DA 5ETBA 4NR5A 2F6JA 4XY9A 5E9IA 3G0JA 4QC3A
chains in the Genus database with same CATH topology
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