4PCEA

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with compound b13
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transcription/transcription inhibitor
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Discovery of BRD4 bromodomain inhibitors by fragment-based high-throughput docking.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 44
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-04-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4pceA01
5I1QA 4QZSA 4N4FA 4UITA 5E74A 5LVQA 4NS5A 5FE9A 4QSXA 4ZC9A 1N72A 2L84A 4QUTA 5CFWA 4MEOA 5ENFA 4YATA 5A83A 4YYNA 5FG6A 2E7NA 4NR9A 2YQDA 5KO4A 5LUUA 3U5MA 4MEPA 4O75A 4UIVA 5EWVA 5E7DA 5LVRA 5ETDA 4O76A 5KTUA 4NYXA 4PY6A 5CUEA 2MJVB 3O36A 4QSSA 1WUMA 4Y03A 4Q0NA 5F5ZA 4BW1A 5AMEA 5F36A 5D3NA 4XUAA 5FE7A 4HXMA 3SVHA 5BT4A 3QZSA 4YYDA 3UV2A 3HMEA 2DVVA 4QYLA 5CRMA 4ALGA 4LZ2A 4YY4A 4PS5A 4NRCA 4TZ8A 4TQNA 4O7EA 4N4HA 1X0JA 2DVQA 5C87A 4J0RA 5E0RA 4Z93A 5I89A 5DW1A 4O70A 4QY4A 4NQMA 4XYAA 5EP7A 4BHWA 5CQ7A 5A5RA 4PCEA 2RNWA 5EA1A 2YDWA 4HBWA 2RFJA 4CUSA 3MB3A 4A9KA 5CY9A 4NR7A 4QR3A 2DATA 4YBSA 4Q0OA 5F1LA 5CQ5A 3O35A 4IORA 2DKWA 5CQ8A 4NR4A 2DWWA 5DLXA 3U5KA 5I40A 5LKTA 5COIA 4QUUA 5H1UA 4MEQA 5HFQA 4A9IA 3NXBA 3UV4A 5FFYA 4QBMA 5D25A 4QSPA 3AQAA 5ENJA 5HQ5A 4A9LA 4YBMA 5AD3A 2DVRA 2H60A 2KTBB 4OGJA 5JWMA 5IGKA 5L97A 3IU5A 3LQJA 3K2JA 5C4QA 5D7XA 4UYEA 4MR4A 4HXSA 5FH7A 4NR6A 4WIVA 4MR5A 2E7OA 4YYGA 3I3JA 5F61A 2WP2A 5K29A 4NUDA 2DVSA 5EI4A 5DX4A 5A5QA 4CLBA 4Z6HA 4HBXA 5EVAA 4YBTA 5KU3A 5E3DA 3TLPA 4YYIA 5DY7A 4TU4A 4UYHA 5L8TA 5H1TA 4UIUA 3P1DA 5HRWA 5DFCA 4A9OA 5J0DA 4NXJA 3P5OA 2GRCA 5DYAA 3SVFA 4QC1A 4N4GA 4IR4A 5FBXA 3P1FA 2RO1A 5G4RA 5D3PA 4YYJA 5F62A 5KTXA 5ENGA 5D0CA 2YYNA 5I83A 5CTLA 4QEUA 5FG4A 4UIXA 5CUBA 4TYLA 5HQ6A 4IOQA 5CQ4A 4A9NA 5HRXA 2L85A 4LYIA 4LDFA 4MR3A 4IR5A 3RCWA 5F2PA 5KHMA 5EWDA 5TB6A 5AD2A 5EPRA 2YELA 4A9FA 4HBYA 5FE3A 5CP5A 5FH8A 4NYVA 4OUFA 5C89A 5C85A 5E3GA 3IU6A 5DYXA 5JI8A 5E9LA 3ONIA 3G0JA 5D3LA 5DLZA 5DW2A 3LXJA 5IIDA 4TT2A 5D3JA 4A9MA 5EGUA 2G4AA 1E6IA 2RS9B 3Q2FA 4UIZA 2R0SA 4YC9A 4YYKA 5HJCA 5HRVA 4X2IA 1WUGA 5DYUA 3U5LA 3UV5A 4BJXA 5LJ2A 4NR8A 4PCIA 3D7CA 4YADA 4NRBA 4BW3A 1JM4B 5IGNA 5FH6A 4CUTA 3JVJA 2RNYA 2OO1A 3MXFA 4CUUA 5DFDA 4Z1QA 5CRZA 2L5EA 5IGMA 4LRGA 5FFWA 4N3WA 3HMHA 4TS8A 3UVDA 4PKLA 4CUPA 3QZVA 4UYFB 4GPJA 3MULA 4YYHA 4QR5A 5ENCA 4C67A 5EK9A 4HXKA 5LKXA 5C7NA 5C8GA 4KV4A 5ENIA 4QSWA 4O78A 3P1CA 5EICA 2R10A 4WHWA 4J3IA 5D3SA 5F63A 4CL9A 4QEWA 2OSSA 5HELA 5I7YA 5ETBA 4NUEA 5FDZA 5I88A 4O72A 3U5OA 3O33A 4QSRA 5FE8A 5E9YA 5CQ6A 3HMFA 5A5OA 2D9EA 4O77A 3UVXA 5ENBA 4YYMA 4LYWA 4NUCA 5E9IA 4TT4A 4YABA 5EISA 5FE0A 5CUDA 4UYFA 5G4SA 3MUKA 5BT5A 5DFBA 5CUAA 5A85A 5EWCA 2F6NA 4QSTA 2R0YA 5HENA 4AKNA 4WHUA 5II2A 4UYDA 5IGLA 5L96A 5L8UA 4QSQA 5E73A 2YEKA 5E9VA 4RVRA 4O7FA 4HXOA 3QZTA 5L98A 5HQ7A 5FFVA 5A5SA 5CZGA 5CUGA 3P1EA 4N4IA 5DYCA 5H1VA 3UVWA 5KTWA 5CQAA 2RNXA 3LQIA 3MQMA 5EV9A 5IBNA 3GG3A 4O74A 4YH4A 5EPSA 5ENHA 5D24A 4XUBA 4YK0A 3MB4A 4NRAA 5E9KA 3FKMX 1ZS5A 5AMFA 4FLPA 5CUCA 4UIYA 4O7BA 5DKCA 3JVKA 5DKDA 3DWYA 4CFKA 4YH3A 5IG6A 4UYGA 3S92A 5A5PA 5F1HA 4O7CA 2OUOA 4O71A 5F60A 1F68A 5CPEA 2FSAA 2YW5A 4HXLA 3O34A 4LR6A 4QNSA 3Q2EA 4NR5A 4MENA 5D3HA 5I7XA 5D26A 5A81A 5F3AA 3S91A 4ALHA 5I29A 3U5JA 3UVYA 5A82A 4QEVA 5EU1A 5D3RA 5A7CA 4CUQA 5A5NA 2E3KA 5FE5A 4HXNA 5HEMA 2YEMA 3U5PA 5FE1A 4F3IA 5CQ3A 2LSPB 5EM3A 4XY9A 4XY8A 5CS8A 5FB1A 5LJ0A 5LKZA 4NYWA 5DBMA 5II1A 3G0LA 4A9JA 5ACYA 5FE6A 4A9EA 4KCXA 4CURA 4HXRA 4LYSA 5FB0A 3JVMA 5I80A 4IR3A 4UIWA 5EWWA 2I8NA 4IOOA 5LJ1A 3O37A 4J0SA 4YY6A 4MR6A 3U5NA 4TZ2A 4QR4A 4C66A 4NQNA 1JSPB 4PTBA 4Z1SA 4QSUA 2D82A 4ZQLA 5DKHA 5E9MA 3SVGA 4O7AA 4LZSA 5FG5A 5TCMA 5CGPA 5I86A 4DONA 4Z6IA 2R0VA 3UW9A 4HBVA 4KV1A 3AADA 3JVLA 5F25A 4J1PA 4TU6A 2RI7A 4BW4A 4QYDA 4E96A 5BT3A 4OGIA 5HLSA 5ENEA 5EQ1A 4QB3A 4TTEA 5FE4A 4TT6A 4A9HA 4ZW1A 1EQFA 4HXPA 5H85A 5L99A 2N9GA 3ZYUA 4YAXA 5EWHA 5CU8A 4CFLA 4LZRA 4IR6A 5FE2A 5HCLA 2I7KA 2F6JA 3LJWA 5LKUA 3LQHA 4LC2A 5EPBA 4QSVA 2NXBA 5HFRA 2WP1A 5D3TA 3DAIA 4BW2A 5HM0A 5CQTA 4QC3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5I1QA 4QZSA 4N4FA 4UITA 5E74A 5LVQA 3VKHA 4NS5A 5FE9A 4QSXA 4ZC9A 1N72A 2L84A 4QUTA 5CFWA 4MEOA 5ENFA 4YATA 5A83A 4YYNA 5FG6A 2E7NA 4NR9A 2YQDA 5KO4A 5LUUA 3U5MA 4MEPA 4O75A 4UIVA 5EWVA 5E7DA 5LVRA 5ETDA 4O76A 5KTUA 4NYXA 4PY6A 5CUEA 2MJVB 3O36A 4QSSA 1WUMA 4AKHA 4Y03A 4Q0NA 5F5ZA 4BW1A 5AMEA 5F36A 5D3NA 3D1BA 4XUAA 5FE7A 4HXMA 3SVHA 5BT4A 3QZSA 4YYDA 3UV2A 3HMEA 2DVVA 4QYLA 5CRMA 4ALGA 4LZ2A 4YY4A 4PS5A 4NRCA 4TZ8A 4TQNA 4O7EA 4N4HA 1X0JA 2DVQA 5C87A 4J0RA 5E0RA 4Z93A 5I89A 5DW1A 4O70A 4QY4A 4NQMA 4XYAA 5EP7A 4BHWA 5CQ7A 5A5RA 4PCEA 2RNWA 5EA1A 2YDWA 4HBWA 2RFJA 4CUSA 3MB3A 4A9KA 5CY9A 4NR7A 4QR3A 2DATA 4YBSA 4Q0OA 5F1LA 5CQ5A 3O35A 4IORA 2DKWA 5CQ8A 4NR4A 2DWWA 5DLXA 3U5KA 5I40A 5LKTA 5COIA 4QUUA 5H1UA 4MEQA 5HFQA 4A9IA 3NXBA 3UV4A 5FFYA 4QBMA 5D25A 4QSPA 3AQAA 5ENJA 5HQ5A 4A9LA 4YBMA 5AD3A 2DVRA 2H60A 2KTBB 3ERRA 4OGJA 5JWMA 2EJNA 5IGKA 5L97A 3IU5A 3LQJA 3K2JA 3VKGA 5C4QA 5D7XA 4UYEA 4MR4A 4HXSA 5FH7A 4NR6A 4WIVA 4MR5A 2E7OA 4YYGA 3I3JA 5F61A 2WP2A 5K29A 4NUDA 2DVSA 5EI4A 5DX4A 5A5QA 4CLBA 4Z6HA 4HBXA 5EVAA 4YBTA 5KU3A 5E3DA 3TLPA 4YYIA 5DY7A 4TU4A 4UYHA 5L8TA 5H1TA 4UIUA 3P1DA 5HRWA 5DFCA 4A9OA 5J0DA 4NXJA 3P5OA 2GRCA 5DYAA 3SVFA 4QC1A 4N4GA 4IR4A 5FBXA 3P1FA 2RO1A 5G4RA 5D3PA 4YYJA 5F62A 5KTXA 5ENGA 5D0CA 2YYNA 5I83A 5CTLA 4QEUA 5FG4A 4UIXA 5CUBA 4TYLA 5HQ6A 4IOQA 5CQ4A 4A9NA 5HRXA 2L85A 4LYIA 4LDFA 4MR3A 4IR5A 3RCWA 5F2PA 5KHMA 5EWDA 5TB6A 5AD2A 5EPRA 2YELA 4A9FA 4HBYA 5FE3A 5CP5A 5FH8A 4NYVA 4OUFA 5C89A 5C85A 5E3GA 3IU6A 5DYXA 5JI8A 5E9LA 3ONIA 3G0JA 5D3LA 5DLZA 5DW2A 3LXJA 5IIDA 4TT2A 5D3JA 4A9MA 5EGUA 2G4AA 1E6IA 2RS9B 3Q2FA 4UIZA 2R0SA 4YC9A 4YYKA 5HJCA 5HRVA 4X2IA 1WUGA 5DYUA 3U5LA 3UV5A 4BJXA 5LJ2A 1ZKRA 4NR8A 4PCIA 3D7CA 4YADA 4NRBA 4BW3A 1JM4B 5IGNA 5FH6A 4CUTA 3JVJA 2RNYA 2OO1A 3MXFA 4CUUA 5DFDA 4Z1QA 5CRZA 2L5EA 5IGMA 4LRGA 5FFWA 4N3WA 3HMHA 4TS8A 3UVDA 4PKLA 4CUPA 3QZVA 4UYFB 4GPJA 3MULA 4YYHA 4AI6A 4QR5A 5ENCA 4C67A 5EK9A 4HXKA 5LKXA 5C7NA 5C8GA 4KV4A 5ENIA 4QSWA 4O78A 3P1CA 5EICA 2R10A 4WHWA 4J3IA 5D3SA 5F63A 4CL9A 4QEWA 2OSSA 5HELA 5I7YA 5ETBA 4NUEA 5FDZA 5I88A 4O72A 3U5OA 3O33A 4QSRA 5FE8A 5E9YA 5CQ6A 3HMFA 5A5OA 2D9EA 4O77A 3UVXA 5ENBA 4YYMA 4LYWA 4NUCA 5E9IA 4TT4A 1PUOA 4YABA 5EISA 5FE0A 5CUDA 4UYFA 5G4SA 3MUKA 5BT5A 5DFBA 5CUAA 5A85A 5EWCA 2F6NA 4QSTA 2R0YA 5HENA 4AKNA 4WHUA 5II2A 4UYDA 5IGLA 5L96A 5L8UA 4QSQA 5E73A 2YEKA 5E9VA 4RVRA 4O7FA 4AKGA 4HXOA 3QZTA 5L98A 5HQ7A 5FFVA 5A5SA 5CZGA 5CUGA 3P1EA 4N4IA 5DYCA 5H1VA 3UVWA 5KTWA 5CQAA 2RNXA 3D1DA 3LQIA 3MQMA 5EV9A 5IBNA 3GG3A 4O74A 4YH4A 5EPSA 5ENHA 5D24A 4XUBA 4YK0A 3MB4A 4NRAA 5E9KA 3FKMX 1ZS5A 5AMFA 4FLPA 5CUCA 4UIYA 4O7BA 5DKCA 3JVKA 5DKDA 3DWYA 4CFKA 4YH3A 5IG6A 4UYGA 3S92A 5A5PA 5F1HA 4O7CA 2OUOA 4O71A 5F60A 1F68A 5CPEA 2FSAA 2YW5A 4HXLA 3O34A 4LR6A 4QNSA 3Q2EA 4NR5A 4MENA 5D3HA 5I7XA 5D26A 5A81A 5F3AA 3S91A 4ALHA 5I29A 3U5JA 3UVYA 5A82A 4QEVA 5EU1A 5D3RA 5A7CA 4CUQA 5A5NA 2E3KA 5FE5A 4HXNA 5HEMA 2YEMA 3U5PA 5FE1A 4F3IA 5CQ3A 2LSPB 5EM3A 4XY9A 4XY8A 5CS8A 4AKIA 5FB1A 5LJ0A 5LKZA 4NYWA 5DBMA 5II1A 3G0LA 4A9JA 5ACYA 5FE6A 4A9EA 4KCXA 4CURA 4HXRA 4LYSA 5FB0A 3JVMA 5I80A 4IR3A 4UIWA 5EWWA 2I8NA 4IOOA 5LJ1A 3O37A 4J0SA 4YY6A 4MR6A 3U5NA 4TZ2A 4QR4A 4C66A 4NQNA 1JSPB 4PTBA 4Z1SA 4QSUA 2D82A 4ZQLA 5DKHA 5E9MA 3SVGA 4O7AA 4LZSA 5FG5A 5TCMA 5CGPA 5I86A 4DONA 4Z6IA 2R0VA 3UW9A 4HBVA 4KV1A 3AADA 3JVLA 5F25A 4J1PA 4TU6A 2RI7A 4BW4A 4QYDA 4E96A 5BT3A 4OGIA 5HLSA 5ENEA 5EQ1A 4QB3A 4TTEA 5FE4A 4TT6A 4A9HA 4ZW1A 1EQFA 4HXPA 5H85A 5L99A 2N9GA 3ZYUA 4YAXA 5EWHA 5CU8A 4CFLA 4LZRA 4IR6A 5FE2A 5HCLA 2I7KA 2F6JA 3LJWA 5LKUA 3LQHA 4LC2A 5EPBA 4QSVA 2NXBA 5HFRA 2WP1A 5D3TA 3DAIA 4BW2A 5HM0A 5CQTA 4QC3A
chains in the Genus database with same CATH topology
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