3UV4A

Crystal structure of the second bromodomain of human transcription initiation factor tfiid subunit 1 (taf1)
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
125
structure length
125
Chain Sequence
SMDDDQVAFSFILDNIVTQKMMAVPDSWPFHHPVNKKFVPDYYKVIVNPMDLETIRKNISKHKYQSRESFLDDVNLILANSVKYNGPESQYTKTAQEIVNVCYQTLTEYDEHLTQLEKDICTAKE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transcription
molecule keywords second bromodomain of human Transcription initiation factor
publication title Histone recognition and large-scale structural analysis of the human bromodomain family.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 48
structure length 125
sequence length 125
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.3.1.48: Histone acetyltransferase.
pdb deposition date 2011-11-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 3uv4A00
4TZ8A 4QSWA 5CTLA 5IGLA 2N9GA 5EGUA 4Z6IA 4KV4A 4FLPA 4A9OA 3O33A 5D3HA 3QZSA 1X0JA 4N4FA 5EWDA 5E9LA 5L8TA 4Q0NA 4LYWA 5F3AA 5AD2A 4O7BA 4UIXA 5DYCA 2E7OA 3FKMX 3O35A 5HENA 5HFQA 2GRCA 5HCLA 5DYXA 4UIYA 2RO1A 4YABA 5FE3A 5D26A 2F6JA 4MEPA 5FE9A 4XUBA 5CQ6A 4O7FA 5F62A 4Z93A 3P5OA 4X2IA 4A9KA 4UYDA 4MR4A 4LZ2A 5IGKA 3S92A 5FH6A 5LJ2A 5DKHA 4J1PA 5CS8A 5HEMA 5CY9A 4YAXA 5CUAA 5FFYA 5CQAA 5E73A 5IBNA 2DVSA 5D3NA 3DAIA 4QNSA 4GPJA 5ACYA 4QUUA 5FE4A 4CUPA 3MUKA 5A81A 4F3IA 2D82A 4O7AA 4UIVA 4A9EA 3JVMA 5EVAA 4QR4A 5A82A 4UITA 4E96A 5LKTA 5A5SA 5ENCA 5FE2A 5DYAA 3K2JA 4NQNA 5CZGA 3SVFA 5FE7A 3IU5A 3GG3A 4NXJA 4IOOA 5EA1A 4HBXA 4O75A 5CP5A 4OGJA 5KTXA 5C89A 4QY4A 4PCIA 3HMHA 4UYHA 3Q2EA 5L96A 4QR3A 4PCEA 5ENJA 5EWCA 5G4SA 5EQ1A 4MR6A 5J0DA 5DW2A 5FE1A 4BW4A 4NS5A 4A9FA 5FE0A 3UV5A 5CGPA 4OGIA 4Z6HA 5F1LA 5H1VA 4ALHA 4QC1A 4O7CA 4NYVA 5E9IA 5HLSA 4LYIA 4YYJA 5HFRA 5AMEA 4CUSA 2YQDA 5H1UA 5LUUA 5FG4A 5CQ3A 4ZQLA 4YC9A 4WHUA 5E9MA 4YYIA 3UVDA 4QR5A 4UYGA 2DVQA 4YY4A 4QSUA 5E7DA 5EWHA 5ENBA 4PKLA 4OUFA 4O76A 5H85A 5KO4A 2RI7A 2I8NA 4O71A 5HRVA 5ENFA 5ENEA 4XUAA 4A9NA 4IR4A 5EU1A 5CUDA 4A9MA 3ZYUA 4J0RA 4HXPA 4YYKA 4C66A 2YW5A 3TLPA 3LXJA 5I88A 2L5EA 3U5LA 3O37A 4N4IA 5BT4A 2YEMA 5L97A 2RFJA 5FB0A 5KU3A 2RNYA 3UV4A 4QUTA 2WP1A 4YBTA 4TS8A 4XY8A 5ENIA 4NR5A 4ZW1A 4QYLA 4IOQA 4YYNA 4RVRA 1ZS5A 2L85A 5DX4A 5EWVA 3G0LA 5I89A 2YDWA 2R0YA 4UIZA 4QSTA 5F25A 5HJCA 4QSXA 2L84A 5DY7A 5L98A 2RNWA 5D25A 4TZ2A 3UVWA 2OO1A 3D7CA 5BT5A 4Z1QA 5E9YA 5A7CA 2WP2A 5FG6A 5DFCA 5IIDA 2OUOA 4QZSA 3MULA 5KHMA 4YYGA 5HQ5A 4NQMA 4XYAA 5D3JA 5CRMA 3QZTA 5D3SA 4LRGA 4HXKA 5CQ8A 5TB6A 4IR5A 5H1TA 4HXRA 5EI4A 5EK9A 5EV9A 4QC3A 5D0CA 4WIVA 3P1DA 4N4HA 4YBMA 2G4AA 4QSQA 5EISA 3P1FA 4NR9A 5FH8A 4HBYA 2OSSA 4UIUA 5CRZA 4O78A 5DKCA 4IORA 1N72A 4QSPA 5FH7A 2E3KA 5HM0A 4A9IA 5F63A 4BW1A 2H60A 4TTEA 3G0JA 4O70A 5C85A 3P1CA 1E6IA 1F68A 4N3WA 5DYUA 5DFBA 5C87A 5HQ6A 5EPBA 1JM4B 5A5QA 2DATA 4ALGA 2I7KA 4QSVA 5CUEA 3LQIA 5D3PA 5ETBA 4NRBA 4NYWA 5FDZA 5L99A 5E9KA 5DFDA 5FE5A 2YELA 5DW1A 5A83A 5CQ7A 5D3RA 3O34A 4NYXA 4ZC9A 2DVVA 2KTBB 4BW3A 4QYDA 5D3LA 5FG5A 5G4RA 3U5KA 4YH3A 5FFVA 5I1QA 2D9EA 4PS5A 4UYEA 3U5JA 5CU8A 4A9JA 5ETDA 2YYNA 3MB4A 4IR6A 5F5ZA 5I86A 3U5NA 3U5PA 5A85A 4LDFA 2LSPB 4NR7A 5HELA 3JVJA 3IU6A 5CUCA 4BJXA 5I83A 4DONA 5LKXA 5DLZA 4NUEA 5FE8A 4YK0A 5HRWA 4UIWA 5D3TA 5I7XA 2R0VA 4YATA 3RCWA 4O77A 4HXOA 4J3IA 5F2PA 3ONIA 4NR8A 5I29A 4J0SA 2R0SA 4CUUA 4CURA 5FE6A 4LZSA 5FBXA 5ENHA 1WUMA 3U5OA 3UW9A 4HBVA 5CQ5A 3AQAA 5CQTA 3SVHA 5A5PA 4AKNA 5HRXA 4Z1SA 5CPEA 2YEKA 5IGMA 5DKDA 5LJ0A 2FSAA 2RS9B 4YADA 4C67A 4MEQA 1WUGA 4NUCA 5F1HA 4UYFA 3U5MA 5AMFA 4MR5A 4A9LA 4TYLA 3MQMA 4Q0OA 4KV1A 5L8UA 5CQ4A 4BW2A 2E7NA 3UV2A 3Q2FA 4O74A 5A5OA 3MXFA 5KTWA 4IR3A 5CUGA 4XY9A 4Y03A 5EPRA 3AADA 5FB1A 5LKUA 4TU6A 3LJWA 4CUQA 5I40A 3P1EA 4CUTA 5BT3A 5I80A 4LR6A 2NXBA 5C4QA 5E3DA 5TCMA 5KTUA 4QSRA 3S91A 4CL9A 5IGNA 4TT4A 5ENGA 3UVXA 4YBSA 2MJVB 5C8GA 4A9HA 4LYSA 3MB3A 5F60A 5LVRA 4O7EA 4NRCA 4N4GA 5A5NA 4YYDA 2DWWA 3JVLA 4UYFB 4QB3A 5DBMA 5CUBA 4BHWA 4CFLA 5C7NA 3NXBA 4QEVA 5JI8A 5LVQA 3LQJA 3UVYA 5E0RA 4KCXA 4PTBA 5F61A 5IG6A 5EWWA 5II1A 5EP7A 2R10A 5COIA 5EPSA 4YYMA 5FFWA 4HXMA 5LKZA 4HXNA 4QBMA 4MEOA 4YYHA 5JWMA 4LZRA 5A5RA 2DKWA 5I7YA 2RNXA 5HQ7A 1JSPB 5LJ1A 2DVRA 4O72A 4PY6A 4QSSA 5II2A 4YH4A 4TU4A 5EICA 3HMEA 5D7XA 3JVKA 5DLXA 4MENA 1EQFA 4QEUA 3I3JA 3LQHA 4LC2A 3QZVA 4HXSA 4TT2A 5E9VA 4NR6A 4TQNA 3DWYA 2F6NA 5EM3A 5AD3A 4TT6A 5D24A 4HBWA 5CFWA 4NRAA 4CFKA 3HMFA 4HXLA 4CLBA 5E74A 4NUDA 5F36A 5E3GA 3O36A 3SVGA 5K29A 4YY6A 4NR4A 4WHWA 4MR3A 4QEWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4TZ8A 4QSWA 5CTLA 5IGLA 2N9GA 5EGUA 4Z6IA 4KV4A 4FLPA 4A9OA 3O33A 5D3HA 3QZSA 1X0JA 4N4FA 5EWDA 5E9LA 5L8TA 4Q0NA 4LYWA 5F3AA 5AD2A 4O7BA 4UIXA 5DYCA 2E7OA 3FKMX 3O35A 5HENA 5HFQA 2GRCA 5HCLA 5DYXA 4UIYA 2RO1A 4YABA 5FE3A 5D26A 2F6JA 4MEPA 5FE9A 4XUBA 5CQ6A 4O7FA 5F62A 4Z93A 3P5OA 4X2IA 4A9KA 4UYDA 4MR4A 4LZ2A 5IGKA 3S92A 5FH6A 5LJ2A 4AKIA 5DKHA 4J1PA 5CS8A 5HEMA 5CY9A 4YAXA 5CUAA 5FFYA 5CQAA 5E73A 5IBNA 2DVSA 5D3NA 3DAIA 4QNSA 4GPJA 5ACYA 4QUUA 5FE4A 4CUPA 3MUKA 5A81A 4F3IA 2D82A 4O7AA 4UIVA 4A9EA 3JVMA 5EVAA 4QR4A 5A82A 4UITA 4E96A 5LKTA 5A5SA 5ENCA 5FE2A 5DYAA 3K2JA 4NQNA 5CZGA 3SVFA 5FE7A 3GG3A 3IU5A 4NXJA 4IOOA 5EA1A 4HBXA 4O75A 5CP5A 4OGJA 5KTXA 5C89A 4QY4A 4PCIA 3HMHA 4UYHA 3Q2EA 5L96A 4QR3A 4AKGA 4PCEA 5ENJA 5EWCA 5G4SA 5EQ1A 4MR6A 5J0DA 5DW2A 5FE1A 4BW4A 4NS5A 4A9FA 5FE0A 3UV5A 5CGPA 4OGIA 4Z6HA 5F1LA 5H1VA 4ALHA 4QC1A 4O7CA 4NYVA 5E9IA 5HLSA 4LYIA 4YYJA 5HFRA 5AMEA 4CUSA 2YQDA 5H1UA 5LUUA 5FG4A 5CQ3A 3D1BA 4ZQLA 4YC9A 4WHUA 5E9MA 4YYIA 3UVDA 4QR5A 4UYGA 2DVQA 4YY4A 4QSUA 5E7DA 5EWHA 5ENBA 4PKLA 4OUFA 4O76A 1PUOA 5H85A 5KO4A 2RI7A 2I8NA 4O71A 5HRVA 5ENFA 5ENEA 4XUAA 4A9NA 4IR4A 5EU1A 5CUDA 4A9MA 3ZYUA 4J0RA 4HXPA 4YYKA 4C66A 2YW5A 3TLPA 3LXJA 5I88A 2L5EA 3U5LA 3O37A 4N4IA 5BT4A 2YEMA 5L97A 2RFJA 5FB0A 5KU3A 2RNYA 3UV4A 4QUTA 2WP1A 4YBTA 4TS8A 4XY8A 5ENIA 4NR5A 4AI6A 4ZW1A 4QYLA 4IOQA 4YYNA 4RVRA 1ZS5A 2L85A 5DX4A 5EWVA 3G0LA 5I89A 2YDWA 2R0YA 4UIZA 4QSTA 5F25A 5HJCA 4QSXA 2L84A 5DY7A 5L98A 2RNWA 5D25A 4TZ2A 3UVWA 2OO1A 3D7CA 2EJNA 5BT5A 4Z1QA 5E9YA 5A7CA 2WP2A 5FG6A 5DFCA 5IIDA 2OUOA 4QZSA 3MULA 5KHMA 4YYGA 5HQ5A 4NQMA 4XYAA 5D3JA 5CRMA 3QZTA 5D3SA 4LRGA 4HXKA 5CQ8A 5TB6A 4IR5A 5H1TA 4HXRA 5EI4A 5EK9A 5EV9A 4QC3A 5D0CA 4WIVA 3P1DA 4N4HA 4YBMA 2G4AA 4QSQA 5EISA 3P1FA 4NR9A 5FH8A 4HBYA 2OSSA 4UIUA 5CRZA 4O78A 5DKCA 4IORA 1N72A 4QSPA 5FH7A 2E3KA 5HM0A 4A9IA 5F63A 4BW1A 2H60A 4TTEA 3G0JA 4O70A 5C85A 3P1CA 1E6IA 1F68A 4N3WA 5DYUA 5DFBA 5C87A 5HQ6A 5EPBA 1JM4B 5A5QA 2DATA 4ALGA 2I7KA 4QSVA 5CUEA 3LQIA 5D3PA 5ETBA 3ERRA 4NRBA 4NYWA 5FDZA 5L99A 5E9KA 5DFDA 5FE5A 2YELA 5DW1A 5A83A 5CQ7A 5D3RA 3O34A 4NYXA 4ZC9A 2DVVA 2KTBB 4BW3A 4QYDA 5D3LA 5FG5A 5G4RA 3U5KA 4YH3A 5FFVA 5I1QA 4AKHA 2D9EA 4PS5A 4UYEA 3U5JA 5CU8A 4A9JA 5ETDA 2YYNA 3MB4A 4IR6A 5F5ZA 5I86A 3U5NA 3U5PA 5A85A 1ZKRA 4LDFA 2LSPB 4NR7A 5HELA 3JVJA 3D1DA 3IU6A 5CUCA 4BJXA 5I83A 4DONA 5LKXA 5DLZA 4NUEA 5FE8A 4YK0A 5HRWA 4UIWA 5D3TA 5I7XA 2R0VA 4YATA 3RCWA 4O77A 4HXOA 4J3IA 5F2PA 3ONIA 4NR8A 5I29A 4J0SA 2R0SA 4CUUA 4CURA 5FE6A 4LZSA 5FBXA 5ENHA 1WUMA 3U5OA 3UW9A 4HBVA 5CQ5A 3AQAA 5CQTA 3SVHA 5A5PA 4AKNA 5HRXA 4Z1SA 5CPEA 2YEKA 5IGMA 5DKDA 5LJ0A 2FSAA 2RS9B 4YADA 3VKHA 4C67A 4MEQA 1WUGA 4NUCA 5F1HA 4UYFA 3U5MA 5AMFA 4MR5A 4A9LA 4TYLA 3MQMA 4Q0OA 4KV1A 5L8UA 5CQ4A 4BW2A 2E7NA 3UV2A 3Q2FA 4O74A 5A5OA 3MXFA 5KTWA 4IR3A 5CUGA 4XY9A 4Y03A 5EPRA 3AADA 5FB1A 5LKUA 4TU6A 3LJWA 4CUQA 5I40A 3P1EA 4CUTA 5BT3A 5I80A 4LR6A 2NXBA 5C4QA 5E3DA 5TCMA 5KTUA 4QSRA 3S91A 4CL9A 5IGNA 4TT4A 5ENGA 3UVXA 4YBSA 2MJVB 5C8GA 4A9HA 4LYSA 3MB3A 5F60A 5LVRA 4O7EA 4NRCA 4N4GA 5A5NA 4YYDA 2DWWA 3JVLA 4UYFB 4QB3A 5DBMA 5CUBA 4BHWA 4CFLA 5C7NA 3NXBA 4QEVA 5JI8A 5LVQA 3LQJA 3UVYA 5E0RA 3VKGA 4KCXA 4PTBA 5F61A 5IG6A 5EWWA 5II1A 5EP7A 2R10A 5COIA 5EPSA 4YYMA 5FFWA 4HXMA 5LKZA 4HXNA 4QBMA 4MEOA 4YYHA 5JWMA 4LZRA 5A5RA 2DKWA 5I7YA 2RNXA 5HQ7A 1JSPB 5LJ1A 2DVRA 4O72A 4PY6A 4QSSA 5II2A 4YH4A 4TU4A 5EICA 3HMEA 3JVKA 5D7XA 5DLXA 4MENA 1EQFA 4QEUA 3I3JA 3LQHA 4LC2A 3QZVA 4HXSA 4TT2A 5E9VA 4NR6A 4TQNA 3DWYA 2F6NA 5EM3A 5AD3A 4TT6A 5D24A 4HBWA 5CFWA 4NRAA 4CFKA 3HMFA 4HXLA 4CLBA 5E74A 4NUDA 5F36A 5E3GA 3O36A 3SVGA 5K29A 4YY6A 4NR4A 4WHWA 4MR3A 4QEWA
chains in the Genus database with same CATH topology
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 4TZ8 A;  4QSW A;  5CTL A;  5IGL A;  2N9G A;  5EGU A;  4Z6I A;  4KV4 A;  4FLP A;  4A9O A;  3O33 A;  5D3H A;  3QZS A;  1X0J A;  4N4F A;  5EWD A;  5E9L A;  5L8T A;  4Q0N A;  4LYW A;  5F3A A;  5AD2 A;  4O7B A;  4UIX A;  5DYC A;  2E7O A;  3FKM X;  3O35 A;  5HEN A;  5HFQ A;  2GRC A;  5HCL A;  5DYX A;  4UIY A;  2RO1 A;  4YAB A;  5FE3 A;  5D26 A;  2F6J A;  4MEP A;  5FE9 A;  4XUB A;  5CQ6 A;  4O7F A;  5F62 A;  4Z93 A;  3P5O A;  4X2I A;  4A9K A;  4UYD A;  4MR4 A;  4LZ2 A;  5IGK A;  3S92 A;  5FH6 A;  5LJ2 A;  5DKH A;  4J1P A;  5CS8 A;  5HEM A;  5CY9 A;  4YAX A;  5CUA A;  5FFY A;  5CQA A;  5E73 A;  5IBN A;  2DVS A;  5D3N A;  3DAI A;  4QNS A;  4GPJ A;  5ACY A;  4QUU A;  5FE4 A;  4CUP A;  3MUK A;  5A81 A;  4F3I A;  2D82 A;  4O7A A;  4UIV A;  4A9E A;  3JVM A;  5EVA A;  4QR4 A;  5A82 A;  4UIT A;  4E96 A;  5LKT A;  5A5S A;  5ENC A;  5FE2 A;  5DYA A;  3K2J A;  4NQN A;  5CZG A;  3SVF A;  5FE7 A;  3IU5 A;  3GG3 A;  4NXJ A;  4IOO A;  5EA1 A;  4HBX A;  4O75 A;  5CP5 A;  4OGJ A;  5KTX A;  5C89 A;  4QY4 A;  4PCI A; 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