3MB3A

Crystal structure of the second bromodomain of pleckstrin homology domain interacting protein (phip)
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
116
structure length
116
Chain Sequence
YDIQAWKKQCEELLNLIFQCEDSEPFRQPVDLLEYPDYRDIIDTPMDFATVRETLEAGNYESPMELCKDVRLIFSNSKAYTPSKRSRIYSMSLRLSAFFEEHISSVLSDYKSALRF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Signaling protein
source organism Homo sapiens
publication title Histone recognition and large-scale structural analysis of the human bromodomain family.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PH-interacting protein
total genus 40
structure length 116
sequence length 116
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-03-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 3mb3A00
5JI8A 5DYAA 2YDWA 5IGKA 5F5ZA 5H1TA 5C4QA 5IG6A 5HENA 3TLPA 5A7CA 4UYGA 5EI4A 2F6JA 4CL9A 4HXLA 4UITA 3UV4A 5FFVA 4HXPA 4Q0NA 5CQ8A 3MQMA 5CUEA 5H85A 4UIZA 4QSVA 4LZSA 3Q2FA 5HRXA 4IR3A 5D3TA 4NUDA 5FE8A 3MXFA 3AADA 5DLZA 4Y03A 3LQIA 4YATA 5FFYA 5IGMA 5KTWA 5CUBA 5F2PA 5FE7A 3U5OA 5CUGA 4YK0A 4CUQA 3UV2A 4QYDA 4MEOA 5F36A 5EISA 5HCLA 4UIWA 5I7XA 5I89A 5CGPA 5FE0A 5LKXA 5CQ3A 5D3HA 4QEUA 5A85A 4LRGA 2DKWA 2F6NA 4YY4A 1X0JA 4NR7A 3DAIA 4QSRA 5EA1A 4FLPA 5KO4A 3U5JA 3IU6A 5DW1A 4C67A 2G4AA 4X2IA 4O72A 4YYMA 4N4GA 5FFWA 4Z1SA 3HMHA 4UIUA 2LSPB 5FE3A 5IGLA 4N4HA 4BJXA 5KTXA 3I3JA 5HQ6A 4UYFA 3LJWA 4A9NA 4J0RA 4O70A 5KU3A 4A9LA 5FG5A 4NXJA 5A5SA 5EGUA 4YABA 4O7AA 4ZW1A 4YH4A 4ALGA 4LYWA 4O71A 3UVWA 4YADA 5CQTA 5EQ1A 4UIVA 5EM3A 5CQ6A 5EPSA 5I1QA 4IORA 4QNSA 5EP7A 1JM4B 4CUPA 5I88A 5I7YA 4WIVA 3SVGA 4PS5A 4QSUA 3UVDA 5BT3A 5AMFA 5HEMA 5FBXA 5AMEA 5HFQA 4Z6HA 2YW5A 4YBMA 4TU4A 5EICA 2RI7A 4A9FA 4NS5A 5II2A 4QSPA 2R0VA 4GPJA 4QR5A 4HBWA 2WP2A 5LVRA 2I7KA 2OUOA 4QSSA 5I29A 5CP5A 5FB0A 5LJ1A 1JSPB 5E3DA 3K2JA 4LDFA 5D26A 5F3AA 4Z1QA 4CURA 5EVAA 4MENA 4NR9A 3NXBA 2FSAA 3JVLA 4PTBA 5ETDA 5DKHA 3U5MA 5F25A 4ALHA 4TTEA 5D3SA 5FH6A 5FE1A 5D7XA 5E9MA 5A5RA 4UYEA 4PCEA 4C66A 4N3WA 5CQ4A 3LQHA 5D24A 3HMEA 4BHWA 4QSTA 5F1LA 5CZGA 4IR6A 5FDZA 5D0CA 1ZS5A 4YH3A 2I8NA 3G0JA 4NR6A 5ENJA 4QSWA 4QUUA 5FG4A 4UYHA 3UVXA 5DFCA 5HLSA 4YAXA 4MEPA 5C87A 5F1HA 4O78A 5E9IA 4Z6IA 5KHMA 4IR5A 4O7FA 4CUUA 4A9EA 4UYDA 5D3NA 5F61A 3O34A 5CFWA 5DYCA 5E9VA 4MR3A 5HQ7A 4YBSA 4QYLA 3SVHA 4YYJA 2R0YA 5EWWA 4YYDA 3MUKA 4QR3A 4QUTA 4XUBA 5ENCA 5H1VA 5A5QA 4A9JA 2YEMA 5C8GA 2MJVB 5ENHA 5HJCA 5BT4A 5A83A 4LR6A 2RFJA 4O75A 2R0SA 4ZQLA 2NXBA 4PCIA 5EPRA 2YEKA 5LVQA 4MR5A 3P1CA 5FH8A 5CY9A 5DW2A 5TB6A 5L8UA 2WP1A 5L8TA 5CRMA 3SVFA 3O36A 5E0RA 4OGIA 5DLXA 5A5PA 4XUAA 4IOOA 4N4IA 4LC2A 4YY6A 5CTLA 4TS8A 2KTBB 4F3IA 5EV9A 4QSQA 5EWVA 2E7OA 4QB3A 5I86A 5LKTA 3O33A 3O35A 5E9LA 5COIA 3S92A 5FH7A 4HBXA 4O7EA 4YYKA 2N9GA 4TU6A 2GRCA 5CQAA 4NRBA 4UIXA 4NR4A 4Z93A 3O37A 2RNXA 4YC9A 4MEQA 4NRCA 5DX4A 4NRAA 5FB1A 4CUSA 2DVVA 5EU1A 5F62A 3P1FA 3DWYA 3P5OA 5E9KA 5C89A 4TZ8A 5EWHA 4O74A 4KV4A 2DWWA 5DFDA 5D3PA 3QZSA 3Q2EA 4KCXA 2L85A 1WUMA 2D82A 4A9HA 3IU5A 5I83A 4QC1A 4CFLA 4IR4A 4WHWA 5FG6A 2RS9B 4DONA 4NR8A 5HFRA 3LQJA 5D3LA 3JVKA 5KTUA 4AKNA 5HELA 5A5NA 5L99A 4O7CA 2YYNA 4QEVA 4YYIA 4LYSA 4IOQA 5C7NA 4QEWA 5L98A 5EK9A 5DKDA 5ACYA 5F63A 5CUAA 5FE5A 4NYXA 5TCMA 3D7CA 2RNYA 3P1EA 5DKCA 3MULA 4J1PA 4KV1A 5HRWA 4Q0OA 5FE4A 5FE2A 4PKLA 3MB3A 5D3JA 5LKUA 5LKZA 5AD3A 5A82A 2DVQA 4HXSA 4CLBA 4TZ2A 2E3KA 4XY9A 4OGJA 4UIYA 3U5LA 5IBNA 5ENEA 4BW4A 2OO1A 2OSSA 1F68A 5G4SA 5D25A 4WHUA 5E73A 3UW9A 5BT5A 4A9KA 2L5EA 3P1DA 4QZSA 5E7DA 4QSXA 4HXRA 5IGNA 5HM0A 3QZVA 4MR4A 5E74A 5I40A 3HMFA 2E7NA 5ENIA 4LZRA 4QY4A 4HBYA 4O7BA 3UVYA 4HXOA 5CUDA 5IIDA 5ETBA 4PY6A 5HQ5A 4J3IA 4HXMA 5G4RA 2YQDA 4NUEA 1EQFA 3QZTA 5DYXA 4A9IA 2D9EA 5C85A 5ENFA 4OUFA 4TT4A 3GG3A 3U5PA 5LUUA 4LYIA 5E3GA 5I80A 4NQNA 4NYWA 4NYVA 3RCWA 5E9YA 2DVRA 5EWCA 3FKMX 4BW2A 4NUCA 2DVSA 4NR5A 1E6IA 5CU8A 4HXNA 5L96A 3U5NA 4TQNA 3JVMA 4BW1A 4XYAA 5CUCA 5LJ0A 4CFKA 3MB4A 5JWMA 5K29A 3JVJA 5J0DA 4O77A 5CQ5A 3U5KA 4HXKA 5DYUA 4TT2A 2DATA 2H60A 1WUGA 5LJ2A 4YYNA 4QC3A 3AQAA 4ZC9A 4NQMA 4RVRA 5DBMA 3ZYUA 4CUTA 2R10A 3UV5A 4QBMA 2RNWA 1N72A 5H1UA 5CQ7A 5FE6A 5D3RA 5AD2A 4YYGA 4QR4A 4TT6A 4BW3A 4E96A 4XY8A 5ENBA 2YELA 5CS8A 5DY7A 5CRZA 4HBVA 4J0SA 4YBTA 5HRVA 3LXJA 5EPBA 4O76A 5EWDA 3S91A 4YYHA 3G0LA 4N4FA 4UYFB 2RO1A 5A81A 5DFBA 5FE9A 5L97A 5A5OA 3ONIA 5ENGA 4MR6A 4LZ2A 5CPEA 2L84A 4TYLA 4A9OA 5F60A 5II1A 4A9MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5JI8A 5DYAA 2YDWA 5IGKA 5F5ZA 3D1DA 5C4QA 5H1TA 5IG6A 5HENA 3TLPA 5A7CA 4UYGA 5EI4A 2F6JA 4CL9A 4HXLA 4UITA 3UV4A 5FFVA 4HXPA 4Q0NA 5CQ8A 3MQMA 5CUEA 5H85A 4UIZA 4QSVA 4LZSA 3Q2FA 5HRXA 4IR3A 5D3TA 4NUDA 5FE8A 3MXFA 3AADA 5DLZA 4Y03A 3LQIA 4YATA 5FFYA 5IGMA 5KTWA 5CUBA 5F2PA 5FE7A 3U5OA 5CUGA 4YK0A 4CUQA 3UV2A 4QYDA 4MEOA 5F36A 5EISA 5HCLA 4UIWA 5I7XA 5I89A 5CGPA 5FE0A 5LKXA 5CQ3A 5D3HA 4QEUA 5A85A 4LRGA 2DKWA 2F6NA 4YY4A 1X0JA 4NR7A 3DAIA 4QSRA 5EA1A 4FLPA 5KO4A 3U5JA 3IU6A 5DW1A 4C67A 2G4AA 4X2IA 4O72A 4YYMA 4N4GA 5FFWA 4Z1SA 3HMHA 4UIUA 2LSPB 5FE3A 5IGLA 4N4HA 4BJXA 5KTXA 3I3JA 5HQ6A 4UYFA 3LJWA 4A9NA 4J0RA 4O70A 5KU3A 4A9LA 5FG5A 4NXJA 5A5SA 5EGUA 4YABA 4O7AA 4ZW1A 4YH4A 4ALGA 4LYWA 4O71A 3UVWA 4YADA 5CQTA 5EQ1A 4UIVA 5EM3A 4AKGA 5CQ6A 5EPSA 5I1QA 4IORA 4QNSA 5EP7A 1JM4B 4CUPA 5I88A 5I7YA 4WIVA 4AKHA 3SVGA 4PS5A 4QSUA 3UVDA 5BT3A 5AMFA 5HEMA 5FBXA 5AMEA 1PUOA 5HFQA 4Z6HA 2YW5A 4YBMA 4TU4A 5EICA 3VKHA 2RI7A 4A9FA 4NS5A 5II2A 4QSPA 2R0VA 4GPJA 4QR5A 4HBWA 2WP2A 5LVRA 2I7KA 2OUOA 4QSSA 5I29A 5CP5A 5FB0A 5LJ1A 1JSPB 5E3DA 3K2JA 4LDFA 5D26A 5F3AA 4Z1QA 4CURA 5EVAA 4MENA 4NR9A 3NXBA 2FSAA 3JVLA 4PTBA 5ETDA 5DKHA 3U5MA 5F25A 4ALHA 4TTEA 5D3SA 5FH6A 5FE1A 5D7XA 5E9MA 5A5RA 4UYEA 4AKIA 4PCEA 4C66A 4N3WA 5CQ4A 3LQHA 5D24A 3HMEA 4BHWA 4QSTA 5F1LA 5CZGA 4IR6A 5FDZA 5D0CA 1ZS5A 4YH3A 2I8NA 3G0JA 4NR6A 5ENJA 4QSWA 4QUUA 5FG4A 4UYHA 3UVXA 5DFCA 5HLSA 4YAXA 4MEPA 5C87A 5F1HA 4O78A 5E9IA 4Z6IA 5KHMA 4IR5A 4O7FA 4CUUA 4A9EA 4UYDA 5D3NA 5F61A 3O34A 5CFWA 5DYCA 5E9VA 4MR3A 5HQ7A 4YBSA 4QYLA 3SVHA 4YYJA 2R0YA 5EWWA 4YYDA 3MUKA 1ZKRA 4QR3A 4QUTA 4XUBA 5ENCA 5H1VA 5A5QA 4A9JA 2YEMA 5C8GA 2MJVB 5ENHA 5HJCA 5BT4A 5A83A 4LR6A 2RFJA 4O75A 2R0SA 4ZQLA 2NXBA 4PCIA 5EPRA 2YEKA 5LVQA 4MR5A 3P1CA 5FH8A 5CY9A 5DW2A 5TB6A 5L8UA 2WP1A 5L8TA 5CRMA 3SVFA 3O36A 5E0RA 4OGIA 5DLXA 5A5PA 4XUAA 4IOOA 4N4IA 4LC2A 4YY6A 4AI6A 5CTLA 4TS8A 2KTBB 4F3IA 5EV9A 4QSQA 5EWVA 2E7OA 4QB3A 5I86A 5LKTA 3O33A 3O35A 5E9LA 5COIA 3S92A 5FH7A 4HBXA 4O7EA 4YYKA 2N9GA 4TU6A 2GRCA 5CQAA 4NRBA 4UIXA 4NR4A 4Z93A 3O37A 2RNXA 4YC9A 4MEQA 4NRCA 5DX4A 4NRAA 5FB1A 4CUSA 2DVVA 5EU1A 5F62A 3P1FA 3DWYA 3P5OA 5E9KA 5C89A 4TZ8A 5EWHA 4O74A 4KV4A 2DWWA 5DFDA 5D3PA 3QZSA 3Q2EA 3VKGA 4KCXA 2L85A 1WUMA 2D82A 4A9HA 3IU5A 5I83A 4QC1A 4CFLA 4IR4A 4WHWA 5FG6A 2RS9B 4DONA 4NR8A 5HFRA 3LQJA 5D3LA 3JVKA 5KTUA 4AKNA 5HELA 5A5NA 5L99A 4O7CA 2YYNA 4QEVA 4YYIA 4LYSA 4IOQA 5C7NA 4QEWA 5L98A 5EK9A 5DKDA 5ACYA 5F63A 5CUAA 5FE5A 4NYXA 5TCMA 3D7CA 2RNYA 3P1EA 5DKCA 3MULA 4J1PA 4KV1A 5HRWA 4Q0OA 5FE4A 5FE2A 4PKLA 3MB3A 5D3JA 5LKUA 5LKZA 5AD3A 5A82A 2DVQA 4HXSA 4CLBA 4TZ2A 2E3KA 4XY9A 4OGJA 4UIYA 3U5LA 5IBNA 5ENEA 4BW4A 2OO1A 2OSSA 1F68A 5G4SA 5D25A 4WHUA 5E73A 3UW9A 5BT5A 4A9KA 2L5EA 3P1DA 4QZSA 5E7DA 4QSXA 4HXRA 5IGNA 5HM0A 2EJNA 3QZVA 4MR4A 5E74A 5I40A 3HMFA 2E7NA 5ENIA 4LZRA 4QY4A 4HBYA 4O7BA 3UVYA 4HXOA 5CUDA 5IIDA 5ETBA 4PY6A 5HQ5A 4J3IA 4HXMA 5G4RA 2YQDA 4NUEA 1EQFA 3QZTA 5DYXA 4A9IA 2D9EA 5C85A 5ENFA 4OUFA 4TT4A 3ERRA 3GG3A 3U5PA 5LUUA 4LYIA 5E3GA 5I80A 4NQNA 3D1BA 4NYWA 4NYVA 3RCWA 5E9YA 2DVRA 5EWCA 3FKMX 4BW2A 4NUCA 2DVSA 4NR5A 1E6IA 5CU8A 4HXNA 5L96A 3U5NA 4TQNA 3JVMA 4BW1A 4XYAA 5CUCA 5LJ0A 4CFKA 3MB4A 5JWMA 5K29A 3JVJA 5J0DA 4O77A 5CQ5A 3U5KA 4HXKA 5DYUA 4TT2A 2DATA 2H60A 1WUGA 5LJ2A 4YYNA 4QC3A 3AQAA 4ZC9A 4NQMA 4RVRA 5DBMA 3ZYUA 4CUTA 2R10A 3UV5A 4QBMA 2RNWA 1N72A 5H1UA 5CQ7A 5FE6A 5D3RA 5AD2A 4YYGA 4QR4A 4TT6A 4BW3A 4E96A 4XY8A 5ENBA 2YELA 5CS8A 5DY7A 5CRZA 4HBVA 4J0SA 4YBTA 5HRVA 3LXJA 5EPBA 4O76A 5EWDA 3S91A 4YYHA 3G0LA 4N4FA 4UYFB 2RO1A 5A81A 5DFBA 5FE9A 5L97A 5A5OA 3ONIA 5ENGA 4MR6A 4LZ2A 5CPEA 2L84A 4TYLA 4A9OA 5F60A 5II1A 4A9MA
chains in the Genus database with same CATH topology
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