3MB3A

Crystal structure of the second bromodomain of pleckstrin homology domain interacting protein (phip)
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
116
structure length
116
Chain Sequence
b'YDIQAWKKQCEELLNLIFQCEDSEPFRQPVDLLEYPDYRDIIDTPMDFATVRETLEAGNYESPMELCKDVRLIFSNSKAYTPSKRSRIYSMSLRLSAFFEEHISSVLSDYKSALRF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Histone recognition and large-scale structural analysis of the human bromodomain family.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PH-interacting protein
source organism Homo sapiens
molecule tags Signaling protein
total genus 40
structure length 116
sequence length 116
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-03-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 3mb3A00
5C89A 4YH4A 5F25A 1F68A 4XUBA 5HRWA 5I7YA 5AD2A 3LQIA 5CGPA 3FKMX 5D3PA 5A85A 4A9EA 3P1FA 1JM4B 4WHWA 4TQNA 5I89A 4DONA 4UYHA 2KTBB 5IGLA 4YAXA 4Z6HA 3U5OA 5CZGA 4ZW1A 4PKLA 4WIVA 5DBMA 5L99A 3JVMA 5HFQA 5H85A 4OGJA 2R10A 3QZVA 3HMFA 5CPEA 5H1TA 3AADA 5DKCA 5FG5A 4LZRA 4HXRA 4O7FA 3G0LA 4IR3A 5A5QA 4O71A 4AKNA 5DW2A 3U5LA 5DYAA 3U5NA 4CUSA 2RI7A 5FE2A 4XUAA 4Z1QA 4IOQA 2H60A 4PS5A 5ETDA 3QZTA 5KTUA 4CUQA 4LYSA 4KV1A 2MJVB 4NUEA 5CQTA 4UIXA 5EPSA 3UVDA 5CFWA 2RFJA 5CUGA 3UV4A 4O72A 2L85A 4KV4A 5CP5A 4OGIA 4F3IA 5ENHA 2DATA 4QEUA 5EPRA 5I40A 1WUGA 3MUKA 4YADA 2YYNA 3P5OA 5LJ1A 5EV9A 2E3KA 5C87A 5FE0A 4BW3A 4HXKA 2L5EA 5D26A 5F1HA 5DW1A 5E9MA 4MR3A 4QB3A 3P1CA 5L8UA 4A9NA 3LXJA 5DFBA 5D3RA 3K2JA 2YDWA 4A9LA 4YYIA 4QZSA 5CUBA 3GG3A 4A9KA 1EQFA 4Z6IA 4LZSA 5EWVA 5DKDA 3I3JA 4WHUA 4XY8A 3UW9A 3O33A 5CUDA 4TYLA 4YABA 3SVFA 2G4AA 1WUMA 2DWWA 5A5SA 3P1EA 5E9LA 3QZSA 3U5JA 4N4IA 5C8GA 4NR6A 4QSUA 5AD3A 5DYUA 4QEVA 5C85A 2RNYA 4HBXA 5JI8A 4QR5A 1X0JA 5F5ZA 3UVYA 5F36A 4BW1A 4MR4A 5EICA 1ZS5A 3JVLA 4HBYA 4J0SA 4YATA 4YK0A 5ENCA 5A5PA 5ENGA 2RNWA 2YW5A 5FE1A 2I8NA 4UIUA 2YQDA 2DVSA 5F62A 4A9OA 5CRMA 5EA1A 4HXMA 2RO1A 5HRVA 5HJCA 5FBXA 4HXNA 4Q0NA 5CQ4A 4O74A 5I1QA 4HXSA 4TT4A 5A5OA 4YYMA 5D24A 4QSWA 2R0SA 5FFVA 5EPBA 2FSAA 4QSQA 5L96A 2F6NA 3IU5A 5EP7A 4RVRA 3LQJA 2OSSA 5F63A 5HEMA 3S91A 4J0RA 4QYDA 3U5MA 4YYHA 5CQAA 4QC1A 4QUUA 4NR5A 2DKWA 4CLBA 5KTWA 4O7CA 5IGNA 4PCIA 4YYJA 5LJ2A 5I86A 4QY4A 4ALGA 5ENBA 4C67A 5ETBA 2RNXA 5E73A 5E7DA 5HQ7A 4MENA 4X2IA 4O75A 5KU3A 3MB3A 4NQNA 3DWYA 4KCXA 4UYFB 5E9VA 5D3HA 5HENA 4UYDA 4LR6A 4IR4A 4YC9A 4PCEA 5EWCA 3UV2A 4O76A 5D3JA 2DVRA 3MB4A 4TU4A 4NR7A 4MR6A 4YBMA 5H1VA 4YYKA 4YBSA 4QEWA 4TTEA 3TLPA 5ENEA 4QSRA 4NUCA 5TB6A 4NRAA 5HRXA 4YY6A 5FE8A 5CRZA 4O7EA 5FB1A 5CUCA 5DX4A 4QNSA 4O70A 4UIYA 5D3LA 5FFYA 5LKZA 5BT3A 5EVAA 4MR5A 3JVKA 4TZ8A 5K29A 5E0RA 5DFCA 4A9MA 5D3TA 5I80A 5FDZA 4E96A 3MULA 4J3IA 4NYVA 1N72A 4MEQA 5FB0A 5A81A 4A9JA 5FE9A 4QSXA 4YH3A 5G4RA 5EM3A 5F60A 5LKUA 5ENIA 2DVQA 3AQAA 4YYDA 5ACYA 5LVQA 4UYEA 3DAIA 3JVJA 4TS8A 4HXPA 4XY9A 4NQMA 4XYAA 4CL9A 4NRBA 2DVVA 2OO1A 5F3AA 5CQ3A 3UV5A 5AMEA 5HLSA 5H1UA 5FH7A 5D7XA 4LRGA 3HMEA 3SVHA 5C7NA 3ONIA 4NUDA 4TT2A 5A7CA 3RCWA 5LKTA 5E74A 4NYXA 5LKXA 4QBMA 5EU1A 4MEOA 4QYLA 4O77A 3SVGA 5EQ1A 4A9IA 4NR8A 2YEKA 4UIWA 2YEMA 3O37A 3S92A 3LJWA 4Y03A 4NRCA 4NXJA 5D25A 4HXLA 5CS8A 4CUTA 2RS9B 5FE5A 5JWMA 5FH6A 3Q2FA 4BJXA 4QC3A 5E9YA 4ALHA 5CUAA 5D3SA 5TCMA 5FE7A 2E7OA 5F1LA 5COIA 3UVWA 5CUEA 5I83A 5A83A 3UVXA 4O78A 5DLZA 5DYCA 5FG6A 4IOOA 4O7BA 4Z93A 4CFKA 3ZYUA 5EWDA 4Z1SA 5HFRA 4QR4A 5II1A 2NXBA 2R0YA 5I7XA 4QUTA 4J1PA 5HQ5A 2N9GA 2E7NA 5CQ7A 5CQ5A 1JSPB 5D3NA 2F6JA 5EK9A 4CURA 3U5KA 5EGUA 2OUOA 4MEPA 5E3GA 4Q0OA 5E9KA 2WP2A 2YELA 5LUUA 5BT5A 4UYGA 5I29A 4BW4A 5IIDA 4N4GA 4A9FA 4CUUA 5II2A 4FLPA 5FG4A 4NR4A 4QR3A 5LJ0A 2WP1A 3G0JA 5I88A 3NXBA 5HQ6A 4NS5A 4UIZA 2L84A 5ENJA 4IR6A 5CY9A 5L98A 4TU6A 3P1DA 3Q2EA 5DKHA 5E9IA 3O34A 4UITA 4OUFA 4YBTA 3U5PA 5E3DA 5KTXA 4N4FA 5EWHA 4O7AA 5AMFA 2D9EA 4N4HA 5HM0A 5HCLA 4TZ2A 4YY4A 4LDFA 5DFDA 4LC2A 1E6IA 3LQHA 5DY7A 3D7CA 4BW2A 5J0DA 3MQMA 5CU8A 4QSPA 3O36A 2GRCA 4BHWA 5IGMA 4LYIA 4PY6A 4LZ2A 5FH8A 5FE4A 4QSSA 5A5RA 2LSPB 5EISA 4HXOA 5IG6A 5EWWA 4ZQLA 4QSTA 2R0VA 5FE3A 5KHMA 5F61A 4YYGA 4NYWA 5FFWA 5CTLA 4ZC9A 5D0CA 4UIVA 5EI4A 2I7KA 3MXFA 4NR9A 5F2PA 5KO4A 3IU6A 5CQ6A 5LVRA 3HMHA 5A5NA 2D82A 4HBVA 4C66A 4PTBA 4CFLA 5L8TA 4IORA 4UYFA 5C4QA 4TT6A 4CUPA 5ENFA 5IGKA 5FE6A 4YYNA 5A82A 4A9HA 4HBWA 5DLXA 5BT4A 3O35A 5CQ8A 4GPJA 4N3WA 5IBNA 4LYWA 5DYXA 5G4SA 4IR5A 5L97A 4QSVA 5HELA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5C89A 4YH4A 5F25A 1F68A 4XUBA 5HRWA 5I7YA 5AD2A 3LQIA 5CGPA 3FKMX 5D3PA 5A85A 4A9EA 3P1FA 1JM4B 4WHWA 4TQNA 5I89A 4DONA 4UYHA 2KTBB 5IGLA 4YAXA 4Z6HA 3U5OA 5CZGA 4ZW1A 4PKLA 4WIVA 5DBMA 5L99A 3JVMA 5HFQA 5H85A 4OGJA 2R10A 3QZVA 3HMFA 5CPEA 5H1TA 3AADA 5DKCA 5FG5A 4LZRA 4HXRA 4O7FA 3G0LA 4IR3A 5A5QA 4O71A 4AKNA 5DW2A 3U5LA 5DYAA 3U5NA 4CUSA 2RI7A 5FE2A 4XUAA 4Z1QA 4IOQA 2H60A 4PS5A 5ETDA 3QZTA 5KTUA 4CUQA 4LYSA 4KV1A 2MJVB 4NUEA 5CQTA 4UIXA 5EPSA 3UVDA 5CFWA 2RFJA 5CUGA 3UV4A 4O72A 2L85A 4KV4A 5CP5A 4OGIA 4F3IA 5ENHA 2DATA 4QEUA 3VKHA 5EPRA 5I40A 1WUGA 3ERRA 3MUKA 4YADA 2YYNA 3P5OA 5LJ1A 5EV9A 2E3KA 5C87A 5FE0A 4BW3A 4HXKA 2L5EA 5D26A 5F1HA 5DW1A 5E9MA 4MR3A 4QB3A 3P1CA 5L8UA 4A9NA 3LXJA 5DFBA 5D3RA 3K2JA 2YDWA 4A9LA 4YYIA 4QZSA 5CUBA 3GG3A 4A9KA 1EQFA 4Z6IA 4LZSA 5EWVA 5DKDA 3I3JA 4WHUA 4XY8A 3UW9A 3O33A 5CUDA 4TYLA 4YABA 3SVFA 2G4AA 1WUMA 2DWWA 5A5SA 3P1EA 5E9LA 3QZSA 3U5JA 4N4IA 5C8GA 4NR6A 4QSUA 5AD3A 5DYUA 4QEVA 5C85A 2RNYA 4HBXA 5JI8A 4QR5A 1X0JA 5F5ZA 3UVYA 5F36A 4BW1A 4MR4A 5EICA 1ZS5A 3JVLA 4HBYA 4J0SA 4YATA 4YK0A 5ENCA 5A5PA 5ENGA 2RNWA 2YW5A 5FE1A 2I8NA 4UIUA 2YQDA 2DVSA 5F62A 4A9OA 5CRMA 5EA1A 4HXMA 2RO1A 5HRVA 5HJCA 5FBXA 4AI6A 4HXNA 4Q0NA 5CQ4A 4O74A 5I1QA 4HXSA 4TT4A 5A5OA 4YYMA 5D24A 4QSWA 2R0SA 1ZKRA 5FFVA 5EPBA 2FSAA 4QSQA 5L96A 2F6NA 3IU5A 5EP7A 4RVRA 3LQJA 2OSSA 5F63A 5HEMA 3S91A 4J0RA 4QYDA 3U5MA 4YYHA 5CQAA 4QC1A 4QUUA 4AKIA 4NR5A 2DKWA 4CLBA 5KTWA 4O7CA 5IGNA 4PCIA 4YYJA 5LJ2A 5I86A 4QY4A 4ALGA 5ENBA 4C67A 5ETBA 2RNXA 5E73A 5E7DA 5HQ7A 4MENA 4X2IA 4O75A 5KU3A 3MB3A 4NQNA 3DWYA 4KCXA 4UYFB 5E9VA 5D3HA 5HENA 4UYDA 4LR6A 4IR4A 1PUOA 4YC9A 4PCEA 5EWCA 3UV2A 4O76A 5D3JA 2DVRA 3MB4A 4TU4A 4NR7A 4MR6A 4YBMA 5H1VA 4YYKA 4YBSA 4QEWA 4TTEA 3TLPA 5ENEA 4QSRA 4NUCA 5TB6A 4NRAA 5HRXA 4YY6A 5FE8A 5CRZA 4O7EA 5FB1A 5CUCA 5DX4A 4QNSA 4O70A 4UIYA 5D3LA 5FFYA 5LKZA 5BT3A 5EVAA 4MR5A 3JVKA 4TZ8A 5K29A 5E0RA 5DFCA 4A9MA 5D3TA 5I80A 5FDZA 4E96A 3MULA 4J3IA 4NYVA 1N72A 4MEQA 5FB0A 5A81A 4A9JA 5FE9A 4QSXA 4YH3A 5G4RA 5EM3A 5F60A 5LKUA 5ENIA 2DVQA 3AQAA 4YYDA 5ACYA 5LVQA 4UYEA 3DAIA 3JVJA 4TS8A 4HXPA 4XY9A 4NQMA 4XYAA 4CL9A 3D1BA 4NRBA 2DVVA 2OO1A 5F3AA 5CQ3A 3UV5A 5AMEA 5HLSA 5H1UA 5FH7A 5D7XA 4LRGA 3HMEA 3SVHA 5C7NA 3ONIA 4NUDA 4TT2A 5A7CA 3RCWA 5LKTA 5E74A 4NYXA 5LKXA 4QBMA 5EU1A 4MEOA 4QYLA 4O77A 3SVGA 5EQ1A 4A9IA 4NR8A 2YEKA 4UIWA 2YEMA 3O37A 3S92A 3LJWA 4Y03A 4NRCA 4NXJA 5D25A 4HXLA 5CS8A 4CUTA 2RS9B 5FE5A 5JWMA 5FH6A 3Q2FA 4BJXA 4QC3A 5E9YA 4ALHA 5CUAA 5D3SA 5TCMA 5FE7A 2E7OA 5F1LA 5COIA 3UVWA 5CUEA 5I83A 5A83A 3UVXA 4O78A 5DLZA 5DYCA 5FG6A 4IOOA 4O7BA 4Z93A 4CFKA 3ZYUA 5EWDA 4Z1SA 5HFRA 4AKHA 4QR4A 5II1A 2NXBA 2R0YA 5I7XA 4QUTA 4J1PA 5HQ5A 2N9GA 2E7NA 5CQ7A 5CQ5A 1JSPB 5D3NA 2F6JA 5EK9A 4CURA 3U5KA 5EGUA 2OUOA 4MEPA 5E3GA 2EJNA 4Q0OA 5E9KA 2WP2A 2YELA 5LUUA 5BT5A 4UYGA 5I29A 4BW4A 5IIDA 4N4GA 4A9FA 4CUUA 5II2A 4FLPA 5FG4A 4NR4A 4QR3A 5LJ0A 2WP1A 3G0JA 5I88A 3NXBA 5HQ6A 4NS5A 4UIZA 2L84A 5ENJA 4IR6A 5CY9A 5L98A 4TU6A 3P1DA 3Q2EA 5DKHA 4AKGA 5E9IA 3O34A 4UITA 4OUFA 4YBTA 3U5PA 5E3DA 5KTXA 4N4FA 5EWHA 4O7AA 5AMFA 2D9EA 4N4HA 5HM0A 5HCLA 4TZ2A 4YY4A 4LDFA 5DFDA 4LC2A 1E6IA 3LQHA 5DY7A 3D7CA 4BW2A 5J0DA 3MQMA 5CU8A 4QSPA 3O36A 2GRCA 4BHWA 5IGMA 4LYIA 4PY6A 4LZ2A 5FH8A 5FE4A 4QSSA 5A5RA 2LSPB 5EISA 4HXOA 5IG6A 5EWWA 4ZQLA 4QSTA 2R0VA 5FE3A 5KHMA 5F61A 4YYGA 4NYWA 5FFWA 3D1DA 5CTLA 4ZC9A 5D0CA 4UIVA 5EI4A 2I7KA 3MXFA 4NR9A 5F2PA 5KO4A 3IU6A 5CQ6A 5LVRA 3HMHA 5A5NA 2D82A 4HBVA 4C66A 4PTBA 4CFLA 5L8TA 4IORA 4UYFA 5C4QA 3VKGA 4TT6A 4CUPA 5ENFA 5IGKA 5FE6A 4YYNA 5A82A 4A9HA 4HBWA 5DLXA 5BT4A 3O35A 5CQ8A 4GPJA 4N3WA 5IBNA 4LYWA 5DYXA 5G4SA 4IR5A 5L97A 4QSVA 5HELA
chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5C89 A;  4YH4 A;  5F25 A;  1F68 A;  4XUB A;  5HRW A;  5I7Y A;  5AD2 A;  3LQI A;  5CGP A;  3FKM X;  5D3P A;  5A85 A;  4A9E A;  3P1F A;  1JM4 B;  4WHW A;  4TQN A;  5I89 A;  4DON A;  4UYH A;  2KTB B;  5IGL A;  4YAX A;  4Z6H A;  3U5O A;  5CZG A;  4ZW1 A;  4PKL A;  4WIV A;  5DBM A;  5L99 A;  3JVM A;  5HFQ A;  5H85 A;  4OGJ A;  2R10 A;  3QZV A;  3HMF A;  5CPE A;  5H1T A;  3AAD A;  5DKC A;  5FG5 A;  4LZR A;  4HXR A;  4O7F A;  3G0L A;  4IR3 A;  5A5Q A;  4O71 A;  4AKN A;  5DW2 A;  3U5L A;  5DYA A;  3U5N A;  4CUS A;  2RI7 A;  5FE2 A;  4XUA A;  4Z1Q A;  4IOQ A;  2H60 A;  4PS5 A;  5ETD A;  3QZT A;  5KTU A;  4CUQ A;  4LYS A;  4KV1 A;  2MJV B;  4NUE A;  5CQT A;  4UIX A;  5EPS A;  3UVD A;  5CFW A;  2RFJ A;  5CUG A;  3UV4 A;  4O72 A;  2L85 A;  4KV4 A;  5CP5 A;  4OGI A;  4F3I A;  5ENH A;  2DAT A;  4QEU A;  5EPR A;  5I40 A;  1WUG A;  3MUK A;  4YAD A;  2YYN A;  3P5O A;  5LJ1 A;  5EV9 A;  2E3K A;  5C87 A;  5FE0 A;  4BW3 A;  4HXK A;  2L5E A;  5D26 A;  5F1H A;  5DW1 A;  5E9M A;  4MR3 A;  4QB3 A;  3P1C A;  5L8U A; 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