4MENA

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with a 5-methyl-triazolopyrimidine ligand
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transcription/transcription inhibitor
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Discovery of Novel Small-Molecule Inhibitors of BRD4 Using Structure-Based Virtual Screening.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 45
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-08-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4menA01
4IR5A 4XY9A 2R0VA 5E0RA 4UIZA 5D3HA 2KTBB 2E7NA 5FE7A 5F5ZA 5L99A 5EICA 4XYAA 2E7OA 5BT5A 2F6JA 4TU4A 2YW5A 4O7AA 5EWCA 4CUPA 2YYNA 3D7CA 4QSQA 2GRCA 4CFKA 4NUDA 4MEOA 5HCLA 5D3LA 4O7EA 4A9HA 4YYJA 3U5OA 5DLZA 4TS8A 4ZW1A 4HBVA 4N3WA 4UYDA 4YYHA 2DATA 4HXSA 5CQTA 5F36A 5CQ4A 4CURA 4XUAA 3S91A 4HXPA 5HQ7A 3S92A 5AMFA 5I7YA 2WP1A 3O33A 4TZ8A 5LJ1A 4ALHA 4LZSA 2E3KA 5CY9A 5IGNA 2LSPB 3DAIA 5D7XA 5DKDA 5CQ5A 5A5SA 4HXLA 5ENHA 5DFBA 4YH3A 5EP7A 4ZC9A 2NXBA 3LQIA 1WUGA 4TZ2A 4IR3A 4O71A 5LVRA 3QZVA 5HJCA 2RFJA 3P1CA 4NRBA 5CRMA 4QEUA 4Q0OA 5CGPA 3U5KA 5EPSA 5LKXA 3UVWA 3IU6A 3UVXA 2I8NA 5AD3A 5FBXA 4MR6A 4PS5A 3U5NA 4KCXA 4QBMA 4QC1A 4NR5A 2OO1A 4OGIA 5FDZA 5HENA 5F2PA 4DONA 5L8UA 5IG6A 4YYKA 5C4QA 5F61A 2F6NA 5D3RA 3SVFA 4LDFA 4NR9A 4MEPA 5G4RA 2RI7A 3AQAA 4QEWA 5E9IA 5AMEA 4Y03A 5IIDA 4LRGA 4YH4A 4QR4A 3HMFA 4NQMA 4NR7A 5F63A 3UVDA 4O75A 4TYLA 5E9KA 5FE2A 5ENCA 3UV5A 5E9YA 3MXFA 4AKNA 4UIVA 4O72A 5EM3A 3SVGA 5A5QA 3P1EA 5H1TA 3AADA 5HRVA 5CUEA 4QSRA 3O37A 5EVAA 5H1VA 5A81A 5D3SA 5HRWA 3O35A 4QUUA 5EI4A 4NXJA 5D26A 2R10A 4TTEA 5IBNA 2OSSA 4YYGA 4TT6A 3SVHA 5EPBA 4MR3A 4BW3A 5C89A 4UYHA 5ETDA 2I7KA 5E9LA 4NRCA 5FE6A 5D25A 4Z6HA 5L8TA 3U5PA 2RNWA 3UV4A 4LR6A 4YABA 2R0SA 5EK9A 5FH7A 5KU3A 5JI8A 5EU1A 4IORA 4O78A 4LC2A 4QSPA 2WP2A 4HXMA 4IR4A 2G4AA 3P5OA 4J3IA 5D24A 4N4GA 5ENJA 2MJVB 4OGJA 5JWMA 4LZRA 4N4HA 4PCEA 4RVRA 5ENIA 2DVSA 3G0JA 4O7BA 4A9KA 5HFRA 5I40A 2DKWA 5LKUA 4QNSA 4IR6A 4OUFA 5L96A 5KTWA 5CUCA 4J0SA 5DKHA 5FH8A 5CTLA 4Q0NA 5E9MA 5F1HA 5DBMA 5EGUA 5DYXA 3FKMX 4QY4A 5H1UA 5A85A 3JVKA 4Z1SA 5ENEA 4YBMA 3JVLA 5LKTA 4NYVA 4WHUA 4ZQLA 4CUUA 5HFQA 4CUTA 5CU8A 4YBSA 4QYDA 3UVYA 4TT2A 5HQ6A 5E73A 4FLPA 3LQJA 5L98A 4MR5A 4HBWA 3HMHA 4QR3A 4X2IA 4XUBA 5EV9A 2L85A 2YEKA 5DYAA 4HBXA 3LJWA 4HXOA 4XY8A 4UYFB 3MB4A 5ETBA 2DVQA 5A5NA 4YYDA 4J0RA 5D3PA 4A9JA 4MEQA 5DW2A 4WHWA 4O76A 4A9IA 4A9NA 4QSTA 5A5RA 4NR6A 2RS9B 3U5JA 3I3JA 5FE4A 4TU6A 5J0DA 2RNXA 5A82A 1ZS5A 5H85A 5II1A 5I88A 5I1QA 5DFCA 4C67A 4YADA 5EWWA 3UW9A 5EWDA 4O7CA 5FE1A 5CQ6A 5TCMA 5FFVA 5CZGA 2YELA 4WIVA 3LQHA 5ENFA 4YBTA 5F25A 5I89A 5CRZA 2DVRA 4NR8A 4PTBA 5KTXA 2FSAA 5CP5A 4QR5A 5EQ1A 4NS5A 5LUUA 5FE0A 5F60A 1F68A 5D0CA 4C66A 5A83A 5DY7A 4LYSA 4BW1A 5FE5A 4E96A 4QSUA 3ONIA 5CUAA 2YEMA 5E7DA 4A9EA 5BT4A 5FG5A 5D3JA 3Q2EA 3QZTA 5CQ7A 4PY6A 2RO1A 5HQ5A 5C8GA 5F1LA 4UYFA 5II2A 4BW4A 4MR4A 4QC3A 3Q2FA 2DWWA 4TQNA 3K2JA 4NR4A 3MB3A 5I83A 3HMEA 4HXKA 4IOQA 5EWHA 5KO4A 5FE3A 2YDWA 3G0LA 5BT3A 5KHMA 5EISA 5COIA 5LJ0A 2H60A 5LKZA 3JVMA 2DVVA 5C85A 5EWVA 1X0JA 4QSWA 4BJXA 3JVJA 5FH6A 4HXRA 5ENGA 4KV4A 5I7XA 4QSXA 4UYGA 4ALGA 5EA1A 4QZSA 4YY6A 5FG6A 4O77A 2R0YA 4O70A 5FG4A 3P1DA 4KV1A 3U5LA 4Z1QA 3NXBA 3RCWA 4IOOA 2OUOA 3ZYUA 5CUGA 2L84A 3O36A 4PKLA 5DKCA 5AD2A 4YK0A 4NYWA 4O7FA 3MQMA 3MUKA 4A9FA 4MENA 5CPEA 4YYMA 4Z93A 5G4SA 4NYXA 5HRXA 5ENBA 4PCIA 4BHWA 4YYIA 4CFLA 4A9LA 4N4IA 3GG3A 3DWYA 5FFWA 4LYWA 5CUBA 3P1FA 4UIWA 4YATA 5D3NA 4HBYA 5IGLA 5DYUA 5TB6A 4NQNA 4LZ2A 5A5OA 4UYEA 3LXJA 5DLXA 4YC9A 2D82A 5L97A 5EPRA 5F62A 4A9MA 5CQ8A 5F3AA 4O74A 5DFDA 4NUCA 3MULA 4Z6IA 2RNYA 4YAXA 4UITA 4NUEA 4YY4A 5FB0A 5LVQA 5CFWA 4HXNA 5C87A 4TT4A 2N9GA 5DX4A 4UIXA 4CUSA 5HLSA 5FE8A 5HEMA 1WUMA 5CQ3A 5CS8A 5A5PA 5E3GA 4UIYA 3TLPA 4CUQA 3O34A 4F3IA 5IGMA 4CLBA 4QSVA 5FB1A 4CL9A 5I80A 5E9VA 5CUDA 5D3TA 5HM0A 1JSPB 5CQAA 3UV2A 5I86A 4NRAA 3QZSA 4QSSA 4QYLA 5FE9A 5C7NA 5I29A 1JM4B 2L5EA 5FFYA 5KTUA 5A7CA 2D9EA 5K29A 4BW2A 4QUTA 5IGKA 5DYCA 4QB3A 5DW1A 4J1PA 5E3DA 4GPJA 4A9OA 5ACYA 3IU5A 5HELA 4QEVA 4LYIA 5LJ2A 5E74A 4YYNA 1N72A 1E6IA 2YQDA 1EQFA 4UIUA 4N4FA 3U5MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4IR5A 4XY9A 2R0VA 5E0RA 4UIZA 5D3HA 2KTBB 2E7NA 5FE7A 5F5ZA 5L99A 5EICA 4XYAA 2E7OA 5BT5A 2F6JA 4TU4A 2YW5A 4O7AA 5EWCA 3ERRA 2YYNA 3D7CA 4CUPA 4QSQA 2GRCA 4CFKA 4NUDA 4MEOA 5HCLA 5D3LA 4O7EA 4A9HA 4YYJA 3U5OA 5DLZA 4TS8A 4ZW1A 4HBVA 4N3WA 4UYDA 4YYHA 2DATA 4HXSA 5CQTA 5F36A 5CQ4A 4CURA 4XUAA 3S91A 4HXPA 5HQ7A 3S92A 5AMFA 5I7YA 2WP1A 3O33A 4TZ8A 5LJ1A 4ALHA 4LZSA 2E3KA 5CY9A 5IGNA 2LSPB 1ZKRA 3DAIA 5D7XA 5DKDA 5CQ5A 5A5SA 4HXLA 5ENHA 5DFBA 4YH3A 5EP7A 4ZC9A 2NXBA 3LQIA 1WUGA 4TZ2A 4IR3A 4O71A 5LVRA 3QZVA 5HJCA 2RFJA 3P1CA 4NRBA 5CRMA 4QEUA 4Q0OA 5CGPA 3U5KA 5EPSA 5LKXA 3UVWA 3IU6A 3UVXA 2I8NA 5AD3A 5FBXA 4MR6A 4PS5A 3U5NA 4KCXA 4QBMA 4QC1A 4NR5A 2OO1A 4OGIA 5FDZA 5HENA 5F2PA 4DONA 5L8UA 5IG6A 4YYKA 5C4QA 5F61A 2F6NA 5D3RA 3SVFA 4LDFA 4NR9A 4MEPA 5G4RA 2RI7A 3AQAA 4QEWA 5E9IA 5AMEA 4Y03A 5IIDA 4LRGA 4YH4A 4QR4A 3HMFA 4NQMA 4NR7A 5F63A 3UVDA 4O75A 4TYLA 5E9KA 5FE2A 5ENCA 3UV5A 5E9YA 3MXFA 4AKNA 4UIVA 4O72A 5EM3A 3SVGA 5A5QA 3P1EA 5H1TA 3AADA 5HRVA 5CUEA 4QSRA 3O37A 5EVAA 5H1VA 5A81A 5D3SA 5HRWA 1PUOA 3O35A 4QUUA 5EI4A 4NXJA 5D26A 2R10A 4TTEA 5IBNA 2OSSA 4AI6A 4YYGA 4TT6A 3SVHA 5EPBA 4MR3A 4BW3A 5C89A 4UYHA 5ETDA 2I7KA 5E9LA 4NRCA 5FE6A 5D25A 4Z6HA 5L8TA 3U5PA 2RNWA 3UV4A 4LR6A 4YABA 2R0SA 5EK9A 5FH7A 5KU3A 5JI8A 5EU1A 4IORA 4O78A 4LC2A 4QSPA 2WP2A 4HXMA 4IR4A 2G4AA 3P5OA 4J3IA 5D24A 4N4GA 5ENJA 2MJVB 4OGJA 5JWMA 4LZRA 4N4HA 4PCEA 4RVRA 5ENIA 2DVSA 3G0JA 4O7BA 4A9KA 5HFRA 5I40A 2DKWA 5LKUA 4QNSA 4IR6A 4OUFA 5L96A 5KTWA 5CUCA 4J0SA 5DKHA 5FH8A 5CTLA 4Q0NA 5E9MA 5F1HA 5DBMA 5EGUA 2EJNA 5DYXA 3FKMX 4AKIA 4QY4A 4AKHA 5H1UA 5A85A 3JVKA 4Z1SA 5ENEA 4YBMA 3JVLA 5LKTA 4NYVA 4WHUA 4ZQLA 4CUUA 5HFQA 4CUTA 5CU8A 4YBSA 4QYDA 3UVYA 4TT2A 5HQ6A 5E73A 4FLPA 3LQJA 5L98A 4MR5A 4HBWA 3HMHA 4QR3A 4X2IA 4XUBA 5EV9A 2L85A 2YEKA 5DYAA 4HBXA 3LJWA 4HXOA 4XY8A 4UYFB 3MB4A 5ETBA 2DVQA 5A5NA 4YYDA 4J0RA 5D3PA 4A9JA 4MEQA 5DW2A 4WHWA 4O76A 4A9IA 4A9NA 4QSTA 5A5RA 4NR6A 2RS9B 3U5JA 3I3JA 5FE4A 4TU6A 5J0DA 2RNXA 5A82A 1ZS5A 5H85A 5II1A 5I88A 5I1QA 5DFCA 4C67A 4YADA 5EWWA 3UW9A 5EWDA 4O7CA 5FE1A 5CQ6A 5TCMA 5FFVA 5CZGA 2YELA 4WIVA 3LQHA 5ENFA 4YBTA 5F25A 5I89A 5CRZA 2DVRA 4NR8A 4PTBA 5KTXA 2FSAA 5CP5A 4QR5A 5EQ1A 4NS5A 5LUUA 5FE0A 5F60A 1F68A 5D0CA 4C66A 5A83A 5DY7A 4LYSA 4BW1A 5FE5A 4E96A 4QSUA 3ONIA 5CUAA 2YEMA 5E7DA 4A9EA 5BT4A 5FG5A 5D3JA 3Q2EA 3QZTA 5CQ7A 4PY6A 2RO1A 5HQ5A 5C8GA 5F1LA 4UYFA 5II2A 4BW4A 4MR4A 4QC3A 3Q2FA 2DWWA 4TQNA 3K2JA 4NR4A 3MB3A 5I83A 3HMEA 4HXKA 3VKGA 4IOQA 5EWHA 5KO4A 5FE3A 2YDWA 3G0LA 5BT3A 5KHMA 5EISA 5COIA 5LJ0A 2H60A 5LKZA 3JVMA 2DVVA 5C85A 5EWVA 1X0JA 4QSWA 4BJXA 3JVJA 5FH6A 4HXRA 5ENGA 4KV4A 5I7XA 4QSXA 4UYGA 4ALGA 5EA1A 4QZSA 4YY6A 5FG6A 4O77A 2R0YA 4O70A 5FG4A 3P1DA 4KV1A 3U5LA 4Z1QA 3NXBA 3RCWA 4IOOA 2OUOA 3ZYUA 5CUGA 2L84A 3O36A 4PKLA 5DKCA 5AD2A 4YK0A 4NYWA 4O7FA 3MQMA 3MUKA 4A9FA 4MENA 5CPEA 4YYMA 4Z93A 5G4SA 4NYXA 5HRXA 5ENBA 3VKHA 4PCIA 4BHWA 4YYIA 4CFLA 4A9LA 4N4IA 3GG3A 3DWYA 5FFWA 4LYWA 5CUBA 3P1FA 4UIWA 4YATA 5D3NA 3D1BA 4HBYA 5IGLA 5DYUA 5TB6A 4NQNA 4LZ2A 5A5OA 4UYEA 3LXJA 5DLXA 4YC9A 2D82A 5L97A 5EPRA 5F62A 4A9MA 5CQ8A 5F3AA 4O74A 5DFDA 4NUCA 3MULA 4Z6IA 2RNYA 4YAXA 4UITA 4NUEA 4YY4A 5FB0A 5LVQA 5CFWA 4HXNA 5C87A 4TT4A 2N9GA 5DX4A 4UIXA 4CUSA 5HLSA 5FE8A 5HEMA 1WUMA 5CQ3A 5CS8A 5A5PA 5E3GA 4UIYA 3TLPA 4CUQA 3O34A 4F3IA 5IGMA 4CLBA 4QSVA 5FB1A 4CL9A 5I80A 5E9VA 5CUDA 5D3TA 5HM0A 1JSPB 5CQAA 3UV2A 5I86A 4NRAA 3QZSA 4QSSA 4QYLA 5FE9A 5C7NA 5I29A 1JM4B 2L5EA 4AKGA 5FFYA 5KTUA 5A7CA 2D9EA 5K29A 4BW2A 4QUTA 5IGKA 5DYCA 4QB3A 5DW1A 4J1PA 5E3DA 4GPJA 4A9OA 5ACYA 3IU5A 5HELA 4QEVA 4LYIA 5LJ2A 5E74A 4YYNA 1N72A 1E6IA 2YQDA 1EQFA 4UIUA 4N4FA 3D1DA 3U5MA
chains in the Genus database with same CATH topology
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 4IR5 A;  4XY9 A;  2R0V A;  5E0R A;  4UIZ A;  5D3H A;  2KTB B;  2E7N A;  5FE7 A;  5F5Z A;  5L99 A;  5EIC A;  4XYA A;  2E7O A;  5BT5 A;  2F6J A;  4TU4 A;  2YW5 A;  4O7A A;  5EWC A;  4CUP A;  2YYN A;  3D7C A;  4QSQ A;  2GRC A;  4CFK A;  4NUD A;  4MEO A;  5HCL A;  5D3L A;  4O7E A;  4A9H A;  4YYJ A;  3U5O A;  5DLZ A;  4TS8 A;  4ZW1 A;  4HBV A;  4N3W A;  4UYD A;  4YYH A;  2DAT A;  4HXS A;  5CQT A;  5F36 A;  5CQ4 A;  4CUR A;  4XUA A;  3S91 A;  4HXP A;  5HQ7 A;  3S92 A;  5AMF A;  5I7Y A;  2WP1 A;  3O33 A;  4TZ8 A;  5LJ1 A;  4ALH A;  4LZS A;  2E3K A;  5CY9 A;  5IGN A;  2LSP B;  3DAI A;  5D7X A;  5DKD A;  5CQ5 A;  5A5S A;  4HXL A;  5ENH A;  5DFB A;  4YH3 A;  5EP7 A;  4ZC9 A;  2NXB A;  3LQI A;  1WUG A;  4TZ2 A;  4IR3 A;  4O71 A;  5LVR A;  3QZV A;  5HJC A;  2RFJ A;  3P1C A;  4NRB A;  5CRM A;  4QEU A;  4Q0O A;  5CGP A;  3U5K A;  5EPS A;  5LKX A;  3UVW A;  3IU6 A;  3UVX A;  2I8N A;  5AD3 A;  5FBX A;  4MR6 A;  4PS5 A;  3U5N A;  4KCX A;  4QBM A;  4QC1 A;  4NR5 A;  2OO1 A;  4OGI A;  5FDZ A;  5HEN A;  5F2P A; 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