4MENA

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with a 5-methyl-triazolopyrimidine ligand
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Discovery of Novel Small-Molecule Inhibitors of BRD4 Using Structure-Based Virtual Screening.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription/transcription inhibitor
total genus 45
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-08-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4menA01
4YYIA 4NR8A 5E9LA 5C85A 5FE4A 4LYSA 4IR6A 5ETDA 5E73A 4CUTA 5BT5A 3D7CA 3FKMX 4UIUA 5FE5A 5E9YA 5CQ8A 4Q0OA 4QSPA 5TCMA 5KTUA 5E9MA 4A9IA 4TU6A 5HEMA 4O7FA 5FE1A 5D3SA 5IG6A 5ENJA 4HXMA 4HXPA 5CU8A 5D7XA 4TT6A 5HRWA 4X2IA 4J0RA 4QY4A 5F2PA 4BW1A 5D3TA 4QSRA 5E3GA 4UITA 5L97A 4Z1SA 2MJVB 5DKHA 2I8NA 3ZYUA 3LQIA 4O77A 4TQNA 3Q2EA 2E7OA 5LKXA 5I40A 5ENHA 5EWWA 3QZVA 4NR4A 5CUGA 2RI7A 3S91A 4IR4A 4QYDA 4CUUA 4NYWA 3SVFA 4MR3A 4YADA 4NR9A 4HXKA 5E9IA 1N72A 4NUDA 5I88A 3S92A 5A7CA 5CS8A 5CPEA 2DATA 4KCXA 4MR5A 4YC9A 4UIZA 5ENFA 5HQ6A 4LDFA 2OO1A 3QZSA 4PKLA 4LZ2A 5CUDA 4QR4A 5HFQA 4YYKA 3G0LA 1JSPB 4PY6A 5EPRA 4A9MA 5AD3A 4C67A 5I89A 5D26A 2YEKA 2DVRA 2F6JA 4CUPA 3LQJA 1WUMA 4YK0A 4TTEA 5AD2A 5F61A 5HJCA 4NQMA 5LUUA 1EQFA 5ETBA 4Z1QA 5F25A 4XY9A 5KU3A 5I7XA 5FH8A 4YY6A 5I1QA 4LC2A 4TS8A 3JVJA 5L98A 4HBVA 5TB6A 4J0SA 4UIYA 4FLPA 4NYVA 4YYDA 3ONIA 5IGMA 4O74A 4QUUA 4ALGA 5D3HA 4YH4A 5CUEA 5ENIA 4N4IA 5CZGA 5LVQA 4CFLA 4Z6IA 5FFYA 3UVDA 5FE0A 3GG3A 5H85A 5D25A 5I29A 5FH7A 4A9JA 4CURA 5FFVA 3HMEA 2YDWA 4TT4A 4QUTA 5CY9A 4O70A 5EQ1A 4NS5A 5HRXA 2FSAA 5C4QA 5CQ4A 4NXJA 2DVVA 4YYNA 2RS9B 5EPBA 4LR6A 4NUEA 4ALHA 4BHWA 3UW9A 4QNSA 2RNYA 4NYXA 4QYLA 3U5JA 4QSTA 5EWVA 5FE6A 3UVXA 5LKTA 4LZSA 5D3PA 5IGLA 4MEQA 5DW1A 5II1A 3O33A 4QC3A 4CFKA 5D24A 5E7DA 4J1PA 4QEUA 2DWWA 3U5LA 4NRBA 5L8UA 2E7NA 4NRAA 2N9GA 5F63A 4N3WA 5HCLA 2D82A 5DYAA 5A85A 5L99A 5EVAA 4LYIA 5L96A 3LXJA 5IBNA 2RNXA 4WHUA 4AKNA 5HFRA 4IOOA 4QEVA 4A9LA 5EV9A 3I3JA 4MEOA 4A9FA 4QEWA 3P5OA 4TZ2A 4NR5A 5AMEA 4CUSA 5EWDA 4A9EA 4LYWA 3K2JA 4ZC9A 5J0DA 4NR7A 5CUAA 4O7EA 4BW2A 3U5NA 2YEMA 4OUFA 5FBXA 5EPSA 4Y03A 2G4AA 3NXBA 4QBMA 4IR3A 5CUBA 5CQAA 5FE8A 3O34A 5FB0A 5EI4A 4O7BA 4A9KA 5AMFA 5EU1A 1WUGA 4WHWA 5H1UA 2H60A 4HBWA 4YYJA 5CTLA 4CLBA 2R0YA 4XY8A 3MB3A 2DVQA 5E74A 5A5SA 4QSVA 3JVLA 2I7KA 4YBMA 4QC1A 5F36A 5C87A 4UIVA 5CP5A 3O36A 5KHMA 3HMFA 3LQHA 4MEPA 5DW2A 5H1TA 3UV2A 4UYDA 1X0JA 5EK9A 3P1FA 3P1DA 5CQ5A 5CRMA 3U5MA 5FE2A 5ENCA 1E6IA 5DFBA 5L8TA 4TZ8A 4ZW1A 4E96A 4YAXA 3UV5A 4GPJA 3UVWA 4YBSA 3HMHA 5II2A 5I80A 4OGIA 3MUKA 4QSXA 4YATA 4UYGA 4A9OA 3G0JA 5FB1A 5HRVA 5CGPA 5CQ7A 5F60A 4IORA 5D0CA 3U5OA 4NR6A 3TLPA 5D3NA 2DKWA 2OUOA 3IU6A 4MR6A 4O76A 3JVKA 5LVRA 5H1VA 3MXFA 4HBYA 5LKUA 5F5ZA 5CUCA 5FFWA 4QR3A 5EGUA 5E9VA 4TYLA 4J3IA 3P1EA 3SVGA 5BT4A 4NUCA 2WP1A 5ACYA 5D3JA 3AADA 5FH6A 4PS5A 5K29A 5EP7A 3DAIA 4O7AA 5DFCA 2L84A 5HELA 5E9KA 4HXRA 4LRGA 2KTBB 4ZQLA 4YYHA 5F62A 5IGKA 5ENEA 5A5NA 4CUQA 5EA1A 3AQAA 4N4GA 5A81A 2OSSA 3SVHA 2YQDA 4PCEA 5LJ2A 4MR4A 5EM3A 2R0VA 5EICA 3P1CA 4N4HA 2GRCA 2LSPB 2F6NA 5A82A 5I86A 5FG4A 5JI8A 3DWYA 1F68A 3O37A 3UV4A 1JM4B 3Q2FA 5D3RA 5DYXA 1ZS5A 4O72A 3MQMA 5C8GA 5FG5A 4O71A 4TU4A 3LJWA 5EWCA 5F1LA 4HXSA 4XUAA 4QSWA 2R10A 5KO4A 5LJ0A 4BW4A 3U5PA 5D3LA 5CQ6A 2NXBA 4YBTA 4C66A 5CQTA 5DKCA 4KV1A 4NRCA 5EWHA 5FG6A 5KTXA 5FE3A 4QSSA 5JWMA 2YYNA 2E3KA 4NQNA 4UIWA 4UYFA 2WP2A 4QR5A 5A5PA 5IIDA 2R0SA 5DKDA 3UVYA 5DYCA 5FDZA 4N4FA 5CRZA 4MENA 4O78A 5A5OA 3IU5A 3QZTA 4HXOA 4XYAA 5I83A 4BW3A 5DX4A 2YW5A 4LZRA 4Z93A 3O35A 5C89A 5A5RA 4YH3A 5LJ1A 5FE7A 5LKZA 3RCWA 5HQ7A 4HBXA 4DONA 5CFWA 5F1HA 4A9NA 4HXLA 4QSUA 4UYFB 4YYMA 4CL9A 3MULA 5HLSA 3JVMA 4UIXA 4BJXA 4XUBA 4QZSA 2RFJA 5HQ5A 4IOQA 4QB3A 5HENA 4UYHA 5G4RA 4YABA 2L5EA 5FE9A 5BT3A 5IGNA 4RVRA 4Q0NA 5I7YA 5DFDA 3U5KA 4Z6HA 5CQ3A 2DVSA 4F3IA 5DYUA 4QSQA 4YYGA 3MB4A 5HM0A 4TT2A 4O75A 4KV4A 5A83A 5ENGA 4YY4A 2D9EA 5DY7A 5COIA 4A9HA 4HXNA 4WIVA 5E0RA 5F3AA 5C7NA 2RNWA 5EISA 5DLXA 5ENBA 5KTWA 4IR5A 5DBMA 2L85A 4UYEA 5A5QA 4OGJA 5E3DA 5G4SA 2RO1A 4PCIA 5DLZA 4O7CA 2YELA 4PTBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4YYIA 4NR8A 5E9LA 5C85A 5FE4A 4LYSA 4IR6A 5ETDA 5E73A 4CUTA 5BT5A 3D7CA 3FKMX 4UIUA 5FE5A 5E9YA 5CQ8A 4Q0OA 4QSPA 5TCMA 5KTUA 5E9MA 4A9IA 4TU6A 5HEMA 4O7FA 5FE1A 5D3SA 5IG6A 5ENJA 4HXMA 4HXPA 5CU8A 5D7XA 4TT6A 5HRWA 4X2IA 4J0RA 4QY4A 5F2PA 4BW1A 5D3TA 4QSRA 5E3GA 4UITA 5L97A 4Z1SA 2MJVB 5DKHA 2I8NA 3ZYUA 3LQIA 4O77A 4TQNA 3Q2EA 2E7OA 5LKXA 5I40A 5ENHA 5EWWA 3QZVA 4NR4A 5CUGA 2RI7A 3S91A 4IR4A 4QYDA 4CUUA 4NYWA 3SVFA 4MR3A 4YADA 4NR9A 4HXKA 5E9IA 1N72A 4NUDA 5I88A 3S92A 5A7CA 5CS8A 5CPEA 2DATA 4KCXA 4MR5A 4YC9A 4UIZA 5ENFA 5HQ6A 4LDFA 3D1DA 2OO1A 3QZSA 4PKLA 4LZ2A 5CUDA 4QR4A 5HFQA 4YYKA 3G0LA 1JSPB 4PY6A 5EPRA 4A9MA 5AD3A 4C67A 5I89A 5D26A 2YEKA 2DVRA 2F6JA 4CUPA 3LQJA 1WUMA 4YK0A 4TTEA 5AD2A 5F61A 5HJCA 4NQMA 5LUUA 1EQFA 5ETBA 4Z1QA 5F25A 4XY9A 5KU3A 5I7XA 5FH8A 4YY6A 5I1QA 4LC2A 4TS8A 3JVJA 5L98A 4HBVA 4AKIA 5TB6A 4J0SA 4UIYA 4FLPA 4NYVA 4YYDA 3ONIA 5IGMA 4O74A 4QUUA 4ALGA 5D3HA 4YH4A 5CUEA 5ENIA 4N4IA 5CZGA 5LVQA 4CFLA 4Z6IA 5FFYA 3UVDA 5FE0A 3GG3A 5H85A 5D25A 5I29A 5FH7A 4A9JA 4CURA 5FFVA 3HMEA 2YDWA 4TT4A 4QUTA 5CY9A 2EJNA 4O70A 5EQ1A 4NS5A 5HRXA 2FSAA 5C4QA 5CQ4A 4NXJA 2DVVA 4YYNA 2RS9B 5EPBA 4LR6A 4NUEA 4ALHA 4BHWA 3UW9A 4QNSA 2RNYA 4NYXA 4QYLA 3U5JA 4QSTA 5EWVA 5FE6A 3UVXA 5LKTA 4LZSA 5D3PA 5IGLA 4MEQA 5DW1A 5II1A 3O33A 4QC3A 4CFKA 5D24A 5E7DA 4J1PA 4QEUA 2DWWA 3U5LA 4NRBA 5L8UA 2E7NA 4NRAA 2N9GA 5F63A 4N3WA 5HCLA 2D82A 5DYAA 5A85A 5L99A 5EVAA 4LYIA 5L96A 3LXJA 5IBNA 2RNXA 4WHUA 4AKNA 5HFRA 4IOOA 4QEVA 4A9LA 5EV9A 3I3JA 4MEOA 4A9FA 4QEWA 3P5OA 4TZ2A 4NR5A 5AMEA 4CUSA 5EWDA 4A9EA 4LYWA 3K2JA 4ZC9A 5J0DA 4NR7A 5CUAA 4O7EA 4BW2A 3U5NA 2YEMA 4OUFA 5FBXA 5EPSA 4Y03A 2G4AA 3NXBA 4QBMA 4IR3A 5CUBA 5CQAA 5FE8A 3O34A 5FB0A 5EI4A 4O7BA 4A9KA 5AMFA 5EU1A 1WUGA 4WHWA 5H1UA 2H60A 4HBWA 4YYJA 5CTLA 4CLBA 2R0YA 4XY8A 3MB3A 2DVQA 5E74A 5A5SA 4QSVA 3JVLA 2I7KA 4YBMA 4QC1A 5F36A 5C87A 4UIVA 5CP5A 3O36A 5KHMA 3HMFA 3LQHA 4MEPA 5DW2A 5H1TA 3UV2A 4UYDA 1X0JA 5EK9A 3P1FA 3P1DA 5CQ5A 5CRMA 3U5MA 5FE2A 5ENCA 1E6IA 5DFBA 5L8TA 4TZ8A 4ZW1A 4E96A 4YAXA 3UV5A 4GPJA 3UVWA 4YBSA 3HMHA 5II2A 5I80A 4OGIA 3MUKA 4QSXA 4YATA 4UYGA 4A9OA 3G0JA 5FB1A 5HRVA 5CGPA 5CQ7A 5F60A 4IORA 5D0CA 3U5OA 4NR6A 3TLPA 5D3NA 2DKWA 2OUOA 3IU6A 4MR6A 4O76A 3JVKA 5LVRA 5H1VA 3MXFA 4HBYA 5LKUA 5F5ZA 5CUCA 5FFWA 3VKHA 4QR3A 5EGUA 5E9VA 4TYLA 4J3IA 3P1EA 3SVGA 5BT4A 4NUCA 2WP1A 5ACYA 5D3JA 3AADA 5FH6A 4PS5A 5K29A 5EP7A 3DAIA 4O7AA 5DFCA 2L84A 5HELA 5E9KA 4HXRA 4LRGA 2KTBB 4ZQLA 4YYHA 3ERRA 5F62A 5IGKA 5ENEA 5A5NA 4CUQA 5EA1A 3AQAA 4N4GA 5A81A 2OSSA 3SVHA 2YQDA 4PCEA 5LJ2A 4MR4A 5EM3A 2R0VA 5EICA 3P1CA 4N4HA 2GRCA 2LSPB 2F6NA 5A82A 5I86A 5FG4A 5JI8A 3DWYA 1F68A 3O37A 3UV4A 1JM4B 3Q2FA 5D3RA 5DYXA 1ZS5A 4O72A 3MQMA 5C8GA 5FG5A 4O71A 4TU4A 3LJWA 5EWCA 5F1LA 4HXSA 4XUAA 4QSWA 2R10A 5KO4A 5LJ0A 4BW4A 3U5PA 5D3LA 5CQ6A 2NXBA 4YBTA 4C66A 5CQTA 5DKCA 4KV1A 4NRCA 5EWHA 5FG6A 5KTXA 5FE3A 4QSSA 5JWMA 2YYNA 2E3KA 4NQNA 4UIWA 4UYFA 1PUOA 2WP2A 4QR5A 5A5PA 5IIDA 2R0SA 5DKDA 3UVYA 5DYCA 5FDZA 4N4FA 5CRZA 4MENA 4O78A 5A5OA 3IU5A 3QZTA 4HXOA 4XYAA 5I83A 4BW3A 5DX4A 2YW5A 4LZRA 4AI6A 4Z93A 4AKGA 3O35A 1ZKRA 5A5RA 5C89A 4YH3A 5LJ1A 3VKGA 5FE7A 5LKZA 3RCWA 5HQ7A 4HBXA 4DONA 5CFWA 5F1HA 4A9NA 4HXLA 4QSUA 4UYFB 4YYMA 4CL9A 3MULA 5HLSA 3JVMA 4UIXA 4BJXA 4XUBA 4QZSA 2RFJA 5HQ5A 4IOQA 4QB3A 5HENA 4UYHA 5G4RA 4YABA 2L5EA 5FE9A 5BT3A 5IGNA 4RVRA 4Q0NA 5I7YA 5DFDA 3U5KA 4Z6HA 5CQ3A 2DVSA 4F3IA 5DYUA 4QSQA 4YYGA 3MB4A 5HM0A 4TT2A 4O75A 4KV4A 5A83A 5ENGA 4YY4A 2D9EA 5DY7A 3D1BA 5COIA 4A9HA 4HXNA 4WIVA 5E0RA 5F3AA 5C7NA 4AKHA 2RNWA 5EISA 5DLXA 5ENBA 5KTWA 4IR5A 5DBMA 2L85A 4UYEA 5A5QA 4OGJA 5E3DA 5G4SA 2RO1A 4PCIA 5DLZA 4O7CA 2YELA 4PTBA
chains in the Genus database with same CATH topology
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