3U5JA

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with alprazolam
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein/inhibitor
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Benzodiazepines and benzotriazepines as protein interaction inhibitors targeting bromodomains of the BET family.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 44
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-10-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 3u5jA01
5HQ7A 4PY6A 5FFWA 3UV4A 3QZTA 3P1DA 5D3PA 3HMEA 4NR5A 3MB4A 4J1PA 5DFBA 4HXMA 4Y03A 5FB0A 5CTLA 5C87A 4YYGA 4YBSA 4J0RA 5ENGA 5BT3A 3O37A 5KHMA 5FG5A 3P1FA 5E3GA 3DAIA 5A5SA 3QZVA 5L99A 4QSVA 4TYLA 4CUSA 3SVFA 3UVDA 5CUBA 4YYMA 4IR4A 5KU3A 4LR6A 5EPBA 4TT6A 2DVVA 5LKTA 4GPJA 4YYHA 5FH8A 5F61A 2F6JA 4XY8A 5JWMA 4NR7A 5IIDA 3U5KA 2YW5A 3O36A 3LJWA 4BW2A 5C89A 5J0DA 4F3IA 5CFWA 5DKHA 5D25A 4HBVA 3SVHA 4NS5A 5CP5A 5IG6A 4TZ2A 4NRAA 5EQ1A 3U5PA 4YABA 4KCXA 3Q2EA 3ONIA 5CQTA 4A9FA 5D3SA 5HQ6A 4QY4A 3D7CA 5HCLA 5CQ3A 5F1HA 4TU4A 4MR6A 5CZGA 3LXJA 2R0SA 4IR3A 4WHWA 4YY4A 4J3IA 5EISA 4CURA 4IOQA 4OUFA 5A85A 5DLXA 3QZSA 4MEPA 5CU8A 4YH3A 1N72A 3TLPA 5EA1A 3RCWA 4MR3A 5EWVA 3JVJA 4CFKA 5E9VA 4NQMA 4UYHA 5CS8A 5LVRA 4QSUA 3DWYA 2OO1A 5HLSA 2R0VA 4QEVA 5II1A 5KTUA 2OUOA 4QSPA 4PTBA 4TTEA 5CQAA 2DVQA 4LC2A 4LZSA 4UIZA 4ZQLA 5LKUA 5IGNA 1JM4B 5LKZA 5FE3A 4YYDA 4O7AA 2NXBA 5FFYA 5F62A 5F60A 4QNSA 5FE5A 4NQNA 4J0SA 4YYKA 4O74A 2RNXA 4Z6HA 5CPEA 5AMEA 4QC3A 3U5MA 2MJVB 2WP2A 3I3JA 4XY9A 2E7OA 4MR5A 4IR5A 4O7CA 5BT4A 5EK9A 5DFDA 2RFJA 3U5JA 4NXJA 4CUUA 5E7DA 5CY9A 5F5ZA 5CRZA 5HRVA 4E96A 5IGMA 5I7XA 4HBYA 5A7CA 4UIXA 5I89A 2L84A 2DVRA 2RNWA 4NYXA 5H1UA 4LRGA 3MQMA 4NR9A 4A9LA 4QSXA 4UITA 5II2A 4HXOA 4YADA 5I88A 4LZ2A 4QSTA 5E9YA 3UV2A 2YYNA 2YEMA 5DFCA 4HXNA 5ETDA 5DKDA 4QUTA 4CLBA 2DKWA 4IOOA 5A5OA 4O72A 4CUQA 5D0CA 2YDWA 4WIVA 4N4IA 2DWWA 4QYLA 5FE9A 3P1CA 3SVGA 3S92A 4XUAA 4O71A 5K29A 3MB3A 4HXRA 5FG4A 5BT5A 3JVKA 3U5LA 4NUEA 5L96A 4Z6IA 2I7KA 4YY6A 3P1EA 5I1QA 4QUUA 4BHWA 4NRCA 5C7NA 4NRBA 5E3DA 4YK0A 5DW1A 5FBXA 2D82A 5KO4A 4HXPA 4QR4A 4PKLA 4MEOA 5CQ4A 3U5OA 2RS9B 4QSQA 5TCMA 4NR6A 2RNYA 4YBTA 5H1VA 4CUPA 5FE7A 4NR8A 4ALHA 4C67A 5D3NA 2DATA 5ENEA 4A9JA 4TQNA 4ZC9A 2L85A 5EWWA 4QEWA 4A9MA 5FE6A 4TS8A 4ALGA 5G4RA 5H1TA 4QZSA 4NYWA 1F68A 4N4FA 5D3LA 5HQ5A 4UYEA 5C8GA 2WP1A 3FKMX 3NXBA 4QSSA 5IGKA 5A81A 2E3KA 5F36A 5FH6A 3O34A 5D26A 3UVYA 4QYDA 5HRXA 4YH4A 2F6NA 4QEUA 4RVRA 5ENHA 5DLZA 5EWDA 3LQHA 4HBXA 4Q0OA 4HXKA 4QR3A 5ENCA 4OGIA 4NUCA 5D7XA 5FE1A 4IORA 4Z1QA 2DVSA 5FE8A 5CQ8A 5ENJA 5LJ1A 3JVLA 3AADA 5ENIA 4BW1A 2I8NA 4Q0NA 5FE4A 3G0JA 5C85A 5IGLA 5TB6A 4QB3A 5I83A 4MR4A 4ZW1A 4UIWA 5EI4A 5EWHA 3UW9A 5A83A 4TZ8A 3UVXA 5EM3A 1ZS5A 4PCIA 5DYUA 5A82A 5CUDA 4YYIA 5D3JA 4BW3A 5KTXA 5D3HA 5I29A 5D24A 3UVWA 5CRMA 2OSSA 5EU1A 5EGUA 5HELA 5CQ5A 4IR6A 4N4HA 4O76A 5EVAA 5EP7A 4QBMA 5DX4A 2YQDA 2GRCA 5CQ6A 3U5NA 2R10A 5FH7A 5FDZA 4O78A 5I80A 4XYAA 5LVQA 4A9IA 5AD3A 3ZYUA 5L97A 5KTWA 4DONA 2LSPB 5CUGA 4WHUA 5EPSA 2YELA 4MEQA 4A9EA 4LZRA 5E74A 5FE2A 5FE0A 1E6IA 4TT2A 4A9KA 5LJ2A 4QSWA 5I86A 1JSPB 4A9OA 4HXLA 4A9NA 4UIYA 5E9IA 3O35A 4YYJA 5HFQA 4KV4A 1X0JA 3LQJA 5CUCA 5E0RA 5HRWA 3S91A 4LYSA 4X2IA 5L8TA 2G4AA 5IBNA 5L8UA 5CGPA 5EICA 5HFRA 4YATA 4O70A 2FSAA 3MUKA 3Q2FA 5CUEA 5G4SA 4LDFA 3GG3A 1WUMA 5E73A 4UIUA 2D9EA 4HBWA 3K2JA 4Z93A 4O75A 5FB1A 3G0LA 2KTBB 3UV5A 5A5NA 4UYDA 5LJ0A 3MXFA 4N4GA 3HMFA 3P5OA 4LYWA 5HENA 1WUGA 4O7EA 4XUBA 4YYNA 5DYXA 2E7NA 4BJXA 4O7BA 5ETBA 4NR4A 5F3AA 4O7FA 2L5EA 5COIA 4A9HA 2YEKA 4LYIA 5FFVA 4UIVA 3IU5A 5DBMA 4BW4A 5DY7A 4PCEA 4QR5A 4QC1A 4CL9A 4Z1SA 4YAXA 3AQAA 4UYFA 4FLPA 5HM0A 5F63A 5E9LA 5E9KA 4TT4A 5F2PA 5I40A 5DW2A 5E9MA 5D3TA 2RI7A 5FG6A 5D3RA 4AKNA 5A5PA 5JI8A 3LQIA 5DYCA 5ACYA 5HJCA 5LUUA 4HXSA 2H60A 4MENA 4QSRA 3JVMA 4NYVA 4YC9A 5EWCA 5I7YA 4NUDA 4C66A 3HMHA 5CUAA 5ENBA 5L98A 4UYGA 3O33A 3IU6A 5EPRA 5A5QA 5DKCA 5DYAA 4KV1A 2R0YA 5A5RA 5F25A 5AMFA 1EQFA 5C4QA 4PS5A 5CQ7A 4CUTA 4OGJA 5F1LA 4TU6A 2RO1A 3MULA 4N3WA 4YBMA 4O77A 5EV9A 5H85A 4CFLA 5AD2A 4UYFB 5ENFA 5LKXA 2N9GA 5HEMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5HQ7A 4PY6A 5FFWA 3UV4A 3QZTA 3P1DA 5D3PA 3HMEA 1PUOA 3MB4A 4NR5A 4J1PA 5DFBA 4HXMA 4Y03A 5FB0A 5CTLA 5C87A 4YYGA 4YBSA 4J0RA 5ENGA 5BT3A 3O37A 5KHMA 5FG5A 3P1FA 5E3GA 3DAIA 5A5SA 3QZVA 5L99A 4QSVA 4TYLA 4CUSA 3SVFA 3UVDA 5CUBA 4YYMA 4IR4A 5KU3A 4LR6A 5EPBA 4TT6A 2DVVA 5LKTA 4GPJA 4YYHA 5FH8A 5F61A 2F6JA 4XY8A 5JWMA 4NR7A 5IIDA 3U5KA 2YW5A 3O36A 3LJWA 4BW2A 5C89A 5J0DA 4F3IA 5CFWA 5DKHA 5D25A 3D1DA 4HBVA 3SVHA 4NS5A 5CP5A 5IG6A 4TZ2A 4NRAA 5EQ1A 3U5PA 4YABA 4KCXA 3Q2EA 3ONIA 5CQTA 4A9FA 5D3SA 5HQ6A 4QY4A 3D7CA 5HCLA 5CQ3A 5F1HA 4TU4A 4MR6A 5CZGA 3LXJA 2R0SA 4IR3A 4WHWA 4YY4A 4AKHA 4J3IA 5EISA 4CURA 4IOQA 4OUFA 5A85A 5DLXA 3QZSA 4MEPA 5CU8A 4YH3A 1N72A 3TLPA 5EA1A 3RCWA 4MR3A 5EWVA 3JVJA 4CFKA 5E9VA 4NQMA 4UYHA 5CS8A 5LVRA 4QSUA 3DWYA 2OO1A 5HLSA 2R0VA 4QEVA 5II1A 5KTUA 2OUOA 4QSPA 4PTBA 4TTEA 5CQAA 2DVQA 4LC2A 4LZSA 4UIZA 4ZQLA 5LKUA 5IGNA 1JM4B 5LKZA 5FE3A 4YYDA 4O7AA 2NXBA 5FFYA 5F62A 5F60A 4QNSA 5FE5A 4NQNA 4J0SA 4YYKA 4O74A 2RNXA 4Z6HA 5CPEA 5AMEA 4QC3A 3U5MA 2MJVB 2WP2A 3I3JA 4AI6A 4XY9A 2E7OA 4MR5A 4IR5A 4O7CA 5BT4A 5EK9A 5DFDA 2RFJA 3U5JA 4NXJA 4CUUA 5E7DA 5CY9A 5F5ZA 5CRZA 5HRVA 4E96A 5IGMA 2EJNA 5I7XA 4HBYA 5A7CA 4UIXA 5I89A 2L84A 2DVRA 2RNWA 4NYXA 5H1UA 4LRGA 3MQMA 4NR9A 4A9LA 4QSXA 4UITA 5II2A 4HXOA 4YADA 5I88A 4LZ2A 4QSTA 5E9YA 3UV2A 2YYNA 2YEMA 5DFCA 4HXNA 5ETDA 5DKDA 4QUTA 4CLBA 2DKWA 4IOOA 5A5OA 4O72A 4CUQA 4AKGA 5D0CA 2YDWA 4WIVA 4N4IA 2DWWA 4QYLA 5FE9A 3P1CA 3SVGA 3S92A 4XUAA 4O71A 5K29A 3MB3A 4HXRA 5FG4A 5BT5A 3JVKA 3U5LA 4NUEA 5L96A 4Z6IA 2I7KA 4YY6A 3P1EA 5I1QA 4QUUA 4BHWA 4NRCA 5C7NA 4NRBA 5E3DA 4YK0A 5DW1A 5FBXA 2D82A 5KO4A 4HXPA 4QR4A 4PKLA 4MEOA 5CQ4A 3U5OA 2RS9B 4QSQA 5TCMA 4NR6A 2RNYA 4YBTA 5H1VA 4CUPA 5FE7A 4NR8A 4ALHA 4C67A 5D3NA 2DATA 5ENEA 4A9JA 4TQNA 4ZC9A 2L85A 5EWWA 4QEWA 4A9MA 5FE6A 4TS8A 4ALGA 5G4RA 5H1TA 4QZSA 4NYWA 1F68A 4N4FA 5D3LA 5HQ5A 4UYEA 5C8GA 2WP1A 3FKMX 3NXBA 4QSSA 5IGKA 5A81A 2E3KA 5F36A 5FH6A 3O34A 5D26A 3UVYA 4QYDA 5HRXA 4YH4A 2F6NA 4QEUA 4RVRA 5ENHA 5DLZA 5EWDA 3LQHA 4HBXA 4Q0OA 4HXKA 4QR3A 5ENCA 4OGIA 4NUCA 5D7XA 5FE1A 4IORA 4Z1QA 2DVSA 5FE8A 5CQ8A 5ENJA 5LJ1A 3JVLA 3AADA 5ENIA 4BW1A 2I8NA 1ZKRA 4Q0NA 5FE4A 3G0JA 5C85A 5IGLA 5TB6A 4QB3A 5I83A 4MR4A 4ZW1A 4UIWA 5EI4A 5EWHA 3UW9A 5A83A 4TZ8A 3UVXA 5EM3A 1ZS5A 4PCIA 5DYUA 5A82A 5CUDA 4YYIA 5D3JA 4BW3A 5KTXA 5D3HA 5I29A 5D24A 3UVWA 5CRMA 2OSSA 5EU1A 5EGUA 5HELA 5CQ5A 4IR6A 4N4HA 4O76A 5EVAA 5EP7A 4QBMA 5DX4A 2YQDA 2GRCA 5CQ6A 3U5NA 2R10A 5FH7A 5FDZA 4O78A 5I80A 4XYAA 5LVQA 4A9IA 5AD3A 3ZYUA 5L97A 5KTWA 4DONA 2LSPB 5CUGA 4WHUA 5EPSA 2YELA 4MEQA 4A9EA 4LZRA 5E74A 5FE2A 5FE0A 1E6IA 4TT2A 4A9KA 5LJ2A 4QSWA 5I86A 1JSPB 4AKIA 4A9OA 4HXLA 4A9NA 4UIYA 5E9IA 3O35A 4YYJA 5HFQA 4KV4A 1X0JA 3LQJA 5CUCA 5E0RA 5HRWA 3S91A 4LYSA 4X2IA 5L8TA 2G4AA 5IBNA 5L8UA 5CGPA 5EICA 5HFRA 4YATA 4O70A 2FSAA 3MUKA 3Q2FA 5CUEA 5G4SA 4LDFA 3GG3A 1WUMA 5E73A 4UIUA 2D9EA 4HBWA 3K2JA 4Z93A 4O75A 5FB1A 3G0LA 2KTBB 3UV5A 5A5NA 4UYDA 5LJ0A 3MXFA 4N4GA 3HMFA 3P5OA 4LYWA 5HENA 1WUGA 4O7EA 4XUBA 4YYNA 5DYXA 2E7NA 4BJXA 4O7BA 5ETBA 4NR4A 5F3AA 4O7FA 2L5EA 5COIA 4A9HA 2YEKA 4LYIA 5FFVA 4UIVA 3IU5A 5DBMA 4BW4A 5DY7A 4PCEA 4QR5A 4QC1A 3VKGA 4CL9A 4Z1SA 4YAXA 3AQAA 4UYFA 4FLPA 5HM0A 5F63A 5E9LA 5E9KA 4TT4A 5F2PA 5I40A 3ERRA 5DW2A 5E9MA 5D3TA 2RI7A 5FG6A 3D1BA 5D3RA 4AKNA 5A5PA 5JI8A 3LQIA 5DYCA 5ACYA 3VKHA 5HJCA 5LUUA 4HXSA 2H60A 4MENA 4QSRA 3JVMA 4NYVA 4YC9A 5EWCA 5I7YA 4NUDA 4C66A 3HMHA 5CUAA 5ENBA 5L98A 4UYGA 3O33A 3IU6A 5EPRA 5A5QA 5DKCA 5DYAA 4KV1A 2R0YA 5A5RA 5F25A 5AMFA 1EQFA 5C4QA 4PS5A 5CQ7A 4CUTA 4OGJA 5F1LA 4TU6A 2RO1A 3MULA 4N3WA 4YBMA 4O77A 5EV9A 5H85A 4CFLA 5AD2A 4UYFB 5ENFA 5LKXA 2N9GA 5HEMA
chains in the Genus database with same CATH topology
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 5HQ7 A;  4PY6 A;  5FFW A;  3UV4 A;  3QZT A;  3P1D A;  5D3P A;  3HME A;  4NR5 A;  3MB4 A;  4J1P A;  5DFB A;  4HXM A;  4Y03 A;  5FB0 A;  5CTL A;  5C87 A;  4YYG A;  4YBS A;  4J0R A;  5ENG A;  5BT3 A;  3O37 A;  5KHM A;  5FG5 A;  3P1F A;  5E3G A;  3DAI A;  5A5S A;  3QZV A;  5L99 A;  4QSV A;  4TYL A;  4CUS A;  3SVF A;  3UVD A;  5CUB A;  4YYM A;  4IR4 A;  5KU3 A;  4LR6 A;  5EPB A;  4TT6 A;  2DVV A;  5LKT A;  4GPJ A;  4YYH A;  5FH8 A;  5F61 A;  2F6J A;  4XY8 A;  5JWM A;  4NR7 A;  5IID A;  3U5K A;  2YW5 A;  3O36 A;  3LJW A;  4BW2 A;  5C89 A;  5J0D A;  4F3I A;  5CFW A;  5DKH A;  5D25 A;  4HBV A;  3SVH A;  4NS5 A;  5CP5 A;  5IG6 A;  4TZ2 A;  4NRA A;  5EQ1 A;  3U5P A;  4YAB A;  4KCX A;  3Q2E A;  3ONI A;  5CQT A;  4A9F A;  5D3S A;  5HQ6 A;  4QY4 A;  3D7C A;  5HCL A;  5CQ3 A;  5F1H A;  4TU4 A;  4MR6 A;  5CZG A;  3LXJ A;  2R0S A;  4IR3 A;  4WHW A;  4YY4 A;  4J3I A;  5EIS A;  4CUR A;  4IOQ A;  4OUF A;  5A85 A;  5DLX A;  3QZS A;  4MEP A;  5CU8 A;  4YH3 A;  1N72 A;  3TLP A;  5EA1 A;  3RCW A;  4MR3 A;  5EWV A; 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