3U5JA

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with alprazolam
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Benzodiazepines and benzotriazepines as protein interaction inhibitors targeting bromodomains of the BET family.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Signaling protein/inhibitor
total genus 44
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-10-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 3u5jA01
4UYDA 2RNYA 4YY6A 4AKNA 4LZ2A 5G4RA 4YYDA 5D3LA 4J1PA 4O7AA 4QC3A 4LR6A 3HMEA 4A9LA 3LQJA 5CFWA 2DVQA 5F1HA 5TCMA 4HXMA 5CZGA 5II2A 4HBXA 2DWWA 4N4IA 4NUCA 5E0RA 5I86A 5EPBA 5CUBA 5IIDA 5F62A 3O35A 4OGIA 4MR6A 2YDWA 4YYKA 3MULA 4HXKA 4NR4A 5EA1A 4YBMA 4LRGA 2R0SA 5ENBA 5DBMA 5EICA 4QNSA 4HBWA 4YBSA 4QBMA 4YYJA 1ZS5A 4QSXA 5FBXA 3LJWA 4NQMA 2LSPB 4TT2A 4TU4A 5KTXA 4YYHA 4O7FA 4ZQLA 5EISA 4O70A 4A9JA 2E7OA 2RS9B 4YYGA 2F6JA 3GG3A 2RNWA 4CUPA 4YAXA 5FE3A 2R0VA 5FG6A 4O75A 5F1LA 2RI7A 4QR4A 5FG5A 3U5OA 3JVKA 4Y03A 5DFCA 3QZSA 5CP5A 3UV5A 4A9IA 5HCLA 4NUDA 5HFQA 5L97A 5HRXA 5C8GA 3QZTA 4UIXA 5EV9A 5ACYA 5IGNA 3JVJA 4O74A 4UIWA 5DFBA 5CQ5A 5LJ2A 4N4GA 5D0CA 4CUSA 2E3KA 3DAIA 5ENHA 5H1UA 5COIA 5DKCA 4A9EA 3DWYA 3UVXA 5II1A 4BW4A 2RNXA 4ALGA 5I7YA 5FE6A 2WP1A 4NRAA 4PCEA 5CQAA 5F63A 5CUCA 4QSUA 5F61A 5F3AA 4HXNA 4Z1QA 3JVMA 5C85A 5EQ1A 1N72A 2OUOA 5F5ZA 5E9MA 4N4FA 5DYUA 3UV4A 2GRCA 4J0SA 4OUFA 3AADA 5EI4A 5LKZA 4TZ2A 5FB1A 5A5RA 4MEQA 4IOQA 5L99A 5CUGA 4TT4A 5CUAA 3G0JA 4QY4A 5E9VA 5FE7A 4A9MA 4LYWA 4QEWA 1X0JA 5BT5A 5ETBA 4UIZA 4X2IA 4LDFA 5LKTA 4UITA 4PY6A 5D3TA 3ONIA 4QUTA 5A5OA 5CTLA 5IGLA 4CFKA 4CUQA 5HENA 5D3PA 4DONA 5CRZA 5CQ8A 1JSPB 2I8NA 4MR4A 4NYVA 5C7NA 5IGKA 4YYNA 5LVRA 5HELA 5A5QA 4FLPA 5F25A 5BT3A 5F36A 2DVRA 5AMFA 2MJVB 5TB6A 4QEVA 4XY8A 2L85A 5FFYA 5DYXA 4ALHA 4XUAA 4QYDA 5FH8A 4KV4A 3LXJA 4YY4A 4TT6A 5FE1A 4QZSA 2YEMA 5E9YA 4ZC9A 2H60A 2I7KA 4O71A 4NR9A 3ZYUA 2R0YA 5F60A 5ENFA 5I83A 5K29A 4OGJA 5CQ7A 5EWDA 5LUUA 2YYNA 4YYIA 1WUMA 5CS8A 5I1QA 4LZSA 4NR8A 1WUGA 3LQIA 4YATA 3S91A 3MB3A 2D82A 4N3WA 3P1FA 4O72A 5A5NA 2KTBB 5HQ6A 4QSRA 5A5SA 4QC1A 5CGPA 4TU6A 5CY9A 4NR5A 2YQDA 2G4AA 4NYWA 3P1DA 3O34A 4A9FA 3U5JA 5EK9A 4PKLA 4TTEA 4NYXA 4NUEA 5FE8A 4O76A 5EWCA 5I7XA 3P1CA 4IOOA 4Q0OA 4UIYA 5CQTA 3UVWA 5AD3A 5EP7A 4C67A 5CQ3A 3MUKA 5DX4A 4C66A 5G4SA 4HXLA 4IR4A 4Q0NA 4MEOA 3K2JA 2E7NA 2R10A 5ENJA 5D7XA 4LYSA 4E96A 5HQ5A 5E3GA 4O78A 4A9OA 5D26A 5CUDA 2DVVA 5FH6A 4O7BA 5FFVA 2NXBA 3U5PA 4QB3A 5FFWA 4CUTA 5A7CA 5E74A 2YW5A 4YADA 4O7CA 5FDZA 4UYEA 5A81A 3Q2FA 3SVGA 5L8UA 4CFLA 4BW2A 5I89A 4N4HA 4XYAA 5L98A 4TZ8A 5EPRA 1E6IA 4J0RA 5ENGA 4QSVA 5E7DA 5EWWA 5FE4A 5L96A 5A83A 2L84A 5A5PA 3Q2EA 5JWMA 4NXJA 4BW1A 2DKWA 5E9LA 5ENEA 4YK0A 4TS8A 5LKUA 5ENCA 5LVQA 5CU8A 4IR3A 4XUBA 4NR7A 5DKDA 5FE9A 4KCXA 5IGMA 4GPJA 3UV2A 4QSQA 4QR3A 4Z1SA 5CPEA 4CUUA 4TYLA 3U5MA 4A9NA 4NQNA 5E9IA 2YELA 4NR6A 2RFJA 5LJ0A 5CUEA 4PCIA 4CLBA 5EPSA 5EWHA 5D24A 3O37A 4MEPA 3UVDA 4BHWA 2N9GA 4ZW1A 4WIVA 5D3NA 3I3JA 5C4QA 4LYIA 4MENA 4O77A 4IORA 4A9KA 3O33A 4UIVA 3U5KA 4CL9A 4Z93A 5EM3A 3HMHA 5I88A 2DATA 4IR6A 5D25A 5D3HA 5DKHA 4WHUA 4LC2A 5HQ7A 4RVRA 5FG4A 5HEMA 4NRBA 5HRVA 4QEUA 3MB4A 2YEKA 3JVLA 5AD2A 3SVHA 5IG6A 5H1TA 5CQ6A 5I40A 4A9HA 3S92A 5L8TA 4YYMA 4HBYA 5CQ4A 5A85A 4HXPA 4TQNA 4YC9A 5DW2A 4UYFB 4XY9A 5A82A 5J0DA 2OO1A 5EVAA 5FE2A 3IU6A 3FKMX 5IBNA 3UVYA 1EQFA 3P1EA 3QZVA 4HXSA 5C87A 3HMFA 4QR5A 3O36A 3MQMA 4QSTA 5D3JA 5AMEA 3MXFA 5DY7A 4UYFA 3IU5A 3P5OA 5CRMA 3D7CA 2OSSA 5C89A 5HFRA 5FE0A 5HM0A 2FSAA 4UIUA 4BW3A 4PTBA 4UYHA 5ENIA 4YABA 3AQAA 4NRCA 2F6NA 3SVFA 3U5LA 4J3IA 2RO1A 5HJCA 5I29A 1F68A 5H85A 4HBVA 5KO4A 4LZRA 3UW9A 5E3DA 5E73A 5KU3A 4QSWA 5HRWA 2D9EA 4IR5A 4QSSA 3G0LA 3LQHA 2DVSA 5E9KA 5I80A 5KTUA 5DYCA 5LJ1A 4QSPA 5HLSA 5LKXA 4PS5A 5DLXA 5JI8A 5FB0A 4YBTA 5DFDA 5EGUA 4UYGA 5FE5A 5F2PA 2L5EA 5EU1A 4Z6HA 5EWVA 4QUUA 5D3RA 4YH4A 5DLZA 3U5NA 4O7EA 5ETDA 4BJXA 4NS5A 4WHWA 4MR5A 5FH7A 4HXOA 5KHMA 4Z6IA 5KTWA 4CURA 4F3IA 4HXRA 2WP2A 5DW1A 1JM4B 3TLPA 4YH3A 5DYAA 4QYLA 3RCWA 4KV1A 3NXBA 5H1VA 5BT4A 4MR3A 5D3SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4UYDA 2RNYA 4YY6A 4AKNA 3VKGA 4LZ2A 5G4RA 4AKGA 4YYDA 5D3LA 4J1PA 4O7AA 4QC3A 4LR6A 3HMEA 4A9LA 3LQJA 5CFWA 2DVQA 5F1HA 5TCMA 1PUOA 4HXMA 5CZGA 5II2A 4HBXA 2DWWA 4N4IA 4NUCA 5E0RA 5I86A 5EPBA 5CUBA 5IIDA 5F62A 3O35A 4OGIA 4MR6A 2YDWA 4YYKA 3MULA 4HXKA 4NR4A 5EA1A 4YBMA 4LRGA 2R0SA 5ENBA 5DBMA 5EICA 4QNSA 4HBWA 4YBSA 4AKHA 4QBMA 4YYJA 1ZS5A 3VKHA 4QSXA 5FBXA 3LJWA 4NQMA 2LSPB 4TT2A 4TU4A 5KTXA 4YYHA 4O7FA 4ZQLA 5EISA 4O70A 4A9JA 2E7OA 2RS9B 4YYGA 2F6JA 3GG3A 2RNWA 4CUPA 4YAXA 5FE3A 2R0VA 5FG6A 4O75A 5F1LA 2RI7A 4QR4A 5FG5A 3D1DA 3U5OA 3JVKA 4Y03A 5DFCA 3QZSA 5CP5A 3UV5A 4A9IA 5HCLA 4NUDA 5HFQA 5L97A 5HRXA 5C8GA 3QZTA 4UIXA 5EV9A 5ACYA 5IGNA 3JVJA 4O74A 4UIWA 5DFBA 5CQ5A 5LJ2A 4N4GA 5D0CA 4CUSA 2E3KA 3DAIA 5ENHA 5H1UA 5COIA 5DKCA 4A9EA 3DWYA 3UVXA 5II1A 4BW4A 4AI6A 2RNXA 4ALGA 5I7YA 5FE6A 2WP1A 4NRAA 4PCEA 5CQAA 5F63A 5CUCA 4QSUA 5F61A 5F3AA 4HXNA 4Z1QA 3JVMA 5C85A 5EQ1A 1N72A 2OUOA 5F5ZA 5E9MA 4N4FA 5DYUA 3UV4A 2GRCA 4J0SA 4OUFA 3AADA 5EI4A 5LKZA 4TZ2A 5FB1A 5A5RA 4MEQA 4IOQA 5L99A 5CUGA 4TT4A 5CUAA 3G0JA 4QY4A 5E9VA 5FE7A 4A9MA 4LYWA 4QEWA 1X0JA 5BT5A 5ETBA 4UIZA 4X2IA 4LDFA 5LKTA 4UITA 4PY6A 5D3TA 3ONIA 4QUTA 5A5OA 5CTLA 5IGLA 4CFKA 4CUQA 5HENA 5D3PA 4DONA 5CRZA 5CQ8A 1JSPB 2I8NA 4MR4A 4NYVA 5C7NA 5IGKA 4YYNA 5LVRA 5HELA 5A5QA 4FLPA 5F25A 5BT3A 5F36A 2DVRA 5AMFA 2MJVB 5TB6A 4QEVA 4XY8A 2L85A 5FFYA 1ZKRA 5DYXA 4ALHA 4XUAA 4QYDA 5FH8A 4KV4A 3LXJA 4YY4A 4TT6A 5FE1A 3ERRA 4QZSA 2YEMA 2EJNA 5E9YA 4ZC9A 2H60A 2I7KA 4O71A 4NR9A 3ZYUA 2R0YA 5F60A 5ENFA 5I83A 5K29A 4OGJA 5CQ7A 5EWDA 5LUUA 2YYNA 4YYIA 1WUMA 5CS8A 5I1QA 4LZSA 4NR8A 1WUGA 3LQIA 4YATA 3S91A 3MB3A 2D82A 4N3WA 3P1FA 4O72A 5A5NA 2KTBB 5HQ6A 4QSRA 5A5SA 4QC1A 5CGPA 4TU6A 5CY9A 4NR5A 2YQDA 2G4AA 4NYWA 3P1DA 3O34A 4A9FA 3U5JA 5EK9A 4PKLA 4TTEA 4NYXA 4NUEA 5FE8A 4O76A 5EWCA 5I7XA 3P1CA 4IOOA 4Q0OA 4UIYA 5CQTA 3UVWA 5AD3A 5EP7A 4C67A 5CQ3A 3MUKA 5DX4A 4C66A 3D1BA 5G4SA 4HXLA 4IR4A 4Q0NA 4MEOA 3K2JA 2E7NA 2R10A 5ENJA 5D7XA 4LYSA 4E96A 5HQ5A 5E3GA 4O78A 4A9OA 5D26A 5CUDA 2DVVA 5FH6A 4O7BA 5FFVA 2NXBA 3U5PA 4QB3A 5FFWA 4CUTA 5A7CA 5E74A 2YW5A 4YADA 4O7CA 5FDZA 4UYEA 5A81A 3Q2FA 3SVGA 5L8UA 4CFLA 4BW2A 5I89A 4N4HA 4XYAA 5L98A 4TZ8A 5EPRA 1E6IA 4J0RA 5ENGA 4QSVA 5E7DA 5EWWA 5FE4A 5L96A 5A83A 2L84A 5A5PA 3Q2EA 5JWMA 4NXJA 4BW1A 2DKWA 5E9LA 5ENEA 4YK0A 4TS8A 5LKUA 5ENCA 5LVQA 5CU8A 4IR3A 4XUBA 4NR7A 5DKDA 5FE9A 4KCXA 5IGMA 4GPJA 3UV2A 4QSQA 4QR3A 4Z1SA 5CPEA 4CUUA 4TYLA 3U5MA 4A9NA 4NQNA 5E9IA 2YELA 4NR6A 2RFJA 5LJ0A 5CUEA 4PCIA 4CLBA 5EPSA 5EWHA 5D24A 3O37A 4MEPA 3UVDA 4BHWA 2N9GA 4ZW1A 4WIVA 5D3NA 3I3JA 5C4QA 4LYIA 4MENA 4O77A 4IORA 4A9KA 3O33A 4UIVA 3U5KA 4CL9A 4Z93A 5EM3A 3HMHA 5I88A 2DATA 4IR6A 5D25A 5D3HA 5DKHA 4WHUA 4LC2A 5HQ7A 4RVRA 5FG4A 5HEMA 4NRBA 5HRVA 4QEUA 3MB4A 2YEKA 3JVLA 5AD2A 3SVHA 5IG6A 5H1TA 5CQ6A 5I40A 4A9HA 3S92A 5L8TA 4YYMA 4HBYA 5CQ4A 5A85A 4HXPA 4TQNA 4YC9A 5DW2A 4UYFB 4XY9A 5A82A 5J0DA 2OO1A 5EVAA 5FE2A 3IU6A 3FKMX 5IBNA 3UVYA 1EQFA 3P1EA 3QZVA 4HXSA 5C87A 3HMFA 4QR5A 3O36A 3MQMA 4QSTA 5D3JA 5AMEA 3MXFA 5DY7A 4UYFA 3IU5A 3P5OA 5CRMA 3D7CA 2OSSA 5C89A 5HFRA 5FE0A 5HM0A 2FSAA 4UIUA 4BW3A 4PTBA 4UYHA 5ENIA 4YABA 3AQAA 4NRCA 2F6NA 3SVFA 3U5LA 4J3IA 2RO1A 5HJCA 5I29A 1F68A 4AKIA 5H85A 4HBVA 5KO4A 4LZRA 3UW9A 5E3DA 5E73A 5KU3A 4QSWA 5HRWA 2D9EA 4IR5A 4QSSA 3G0LA 3LQHA 2DVSA 5E9KA 5I80A 5KTUA 5DYCA 5LJ1A 4QSPA 5HLSA 5LKXA 4PS5A 5DLXA 5JI8A 5FB0A 4YBTA 5DFDA 5EGUA 4UYGA 5FE5A 5F2PA 2L5EA 5EU1A 4Z6HA 5EWVA 4QUUA 5D3RA 4YH4A 5DLZA 3U5NA 4O7EA 5ETDA 4BJXA 4NS5A 4WHWA 4MR5A 5FH7A 4HXOA 5KHMA 4Z6IA 5KTWA 4CURA 4F3IA 4HXRA 2WP2A 5DW1A 1JM4B 3TLPA 4YH3A 5DYAA 4QYLA 3RCWA 4KV1A 3NXBA 5H1VA 5BT4A 4MR3A 5D3SA
chains in the Genus database with same CATH topology
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