3UVXA

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with a diacetylated histone 4 peptide (h4k12ack16ac)
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Histone recognition and large-scale structural analysis of the human bromodomain family.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription/protein binding
total genus 45
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 3uvxA01
4PS5A 2YELA 4J1PA 4O75A 5ENBA 4UYFA 5I40A 4A9OA 4XYAA 5LKXA 4QSUA 5EA1A 4MR4A 4ZW1A 5II2A 5CPEA 5IIDA 2I7KA 5EPBA 5COIA 4XY8A 4BW1A 5ACYA 5C8GA 5LKZA 2R10A 3SVHA 3DWYA 4XUBA 5EPSA 5IGKA 4IR4A 5FG4A 4MR6A 5L99A 5IGNA 4BW4A 5ENHA 4UYHA 4HBWA 4O7CA 4A9HA 4TQNA 5HJCA 2OUOA 1EQFA 5LJ2A 5CFWA 2G4AA 4TTEA 5CQ3A 4CFKA 4J0SA 3JVLA 5EPRA 4YABA 5A5QA 4BHWA 4TZ2A 4E96A 2DVQA 2E3KA 4QC1A 4IR3A 4HXPA 4UIWA 4IR5A 5L98A 3SVFA 4QSSA 4DONA 3IU5A 5ENCA 5DY7A 2RNYA 5I86A 4MEPA 4YAXA 4QNSA 5FFYA 4Z6IA 3FKMX 5HLSA 4O74A 2RS9B 5J0DA 2NXBA 5KTWA 4YC9A 3UV5A 4MR5A 2OO1A 2GRCA 5CUBA 5FE3A 4HBXA 5FB1A 1F68A 5H85A 4TT2A 4HXOA 5E3GA 2MJVB 4IOOA 5HRVA 4XY9A 4PCIA 3GG3A 4OUFA 5CRZA 5HELA 4ALGA 2RFJA 4LYIA 5F3AA 3U5OA 5FE4A 5FE6A 5FH6A 4O70A 4QBMA 4N4GA 5CS8A 4QY4A 5ENEA 5D3NA 5EVAA 5E3DA 3MB4A 5A5OA 5C4QA 2H60A 5FE7A 4QEUA 4Y03A 5C7NA 5D0CA 5TCMA 4QEWA 4YATA 5DX4A 4CUSA 4UIVA 3LQIA 3TLPA 5A7CA 4QR5A 5FH8A 4UITA 4N3WA 3U5NA 3U5PA 5F1LA 2RNXA 5CQAA 3O33A 4IOQA 2KTBB 1WUGA 4Z1SA 5CTLA 5EWVA 4A9EA 3JVJA 4LC2A 3HMFA 5I88A 3HMEA 4CUQA 5ENIA 4YYNA 4A9KA 3QZVA 5IGMA 5D26A 4QR4A 4RVRA 4WHUA 5D3TA 4YYKA 5BT3A 5A85A 4Q0NA 2RO1A 5ETBA 4ZQLA 4QYDA 4O76A 5AD3A 2L5EA 5FB0A 3RCWA 5CUEA 2D82A 4QSXA 2YDWA 3P1DA 5CU8A 3S91A 4YYDA 4YK0A 5F2PA 5DKHA 4YBMA 3UV2A 5G4SA 4LYSA 4CUPA 5CQ8A 2YQDA 5EWWA 3UW9A 5F62A 4CUTA 4HXKA 5F61A 5CQTA 4YYGA 3DAIA 5EV9A 5CQ6A 5DKCA 5F36A 4N4HA 4A9IA 5FFVA 4NRAA 2FSAA 4CURA 3I3JA 5JI8A 4OGIA 1JM4B 2DVVA 5DBMA 5E9YA 4MEOA 4NR4A 4QEVA 2DWWA 3ZYUA 5CQ4A 4LYWA 5DFCA 5D25A 5FE5A 4QR3A 4TYLA 4UIXA 5FE1A 3P5OA 4A9JA 4O77A 1WUMA 4J3IA 4WIVA 4IORA 4YYJA 5IG6A 3O37A 5FBXA 5ENGA 3G0LA 2R0YA 4NR9A 4QB3A 5D3LA 5DKDA 5LVRA 4ALHA 3Q2EA 2YEMA 5D3SA 5EK9A 5AD2A 5DW1A 5FDZA 2YYNA 4HXMA 5FG6A 5K29A 4NYWA 3HMHA 5DYAA 2LSPB 5L8UA 4XUAA 5G4RA 5I7XA 5EM3A 3O35A 5E73A 4HBYA 3UVDA 4NRCA 5L96A 5A81A 1X0JA 5LKTA 4BW2A 5D7XA 5CQ7A 4N4IA 2L85A 4YBSA 4QZSA 2N9GA 5FE2A 3IU6A 3SVGA 4YBTA 5II1A 4ZC9A 5LVQA 2R0VA 3AADA 4PCEA 4KV1A 4MEQA 5CUDA 5CRMA 4Z93A 3AQAA 5HFQA 4TU6A 4O78A 2DKWA 4QSTA 4O7EA 5H1VA 4NR5A 5CUGA 4X2IA 2DATA 4O71A 5LUUA 5IGLA 4C66A 5EWDA 3NXBA 5E9KA 5D3HA 5IBNA 3ONIA 3QZSA 4TS8A 3U5JA 5DYCA 5A5NA 5FFWA 5HRWA 4NQNA 5EGUA 4NUDA 2E7NA 4UIZA 5KO4A 5EU1A 5D3JA 5C87A 5I29A 5I89A 5EWCA 3MQMA 5DYUA 5DFDA 5FH7A 4Z1QA 4CL9A 4FLPA 5FG5A 2OSSA 4OGJA 4QUTA 5A5SA 4PTBA 5F5ZA 4YYIA 5CUAA 2WP1A 4A9LA 2RI7A 4LZ2A 4AKNA 5LJ1A 4TZ8A 2F6JA 4NYVA 3P1FA 4YH3A 5EWHA 5HCLA 4QSWA 5ENFA 3LQHA 5L97A 5H1UA 5HFRA 4QSRA 5E74A 5I1QA 3LXJA 5FE0A 2RNWA 4C67A 5BT5A 4UYGA 5E9LA 2D9EA 4CLBA 4TT4A 2L84A 4UYDA 5LKUA 5D3PA 5A5RA 4NRBA 2E7OA 1JSPB 5F1HA 5HRXA 3MUKA 3JVKA 3P1EA 3LJWA 5HM0A 4YH4A 5I83A 4NUCA 5D3RA 4QSPA 2F6NA 3O36A 5EI4A 4YADA 4N4FA 5H1TA 5KU3A 4O72A 5HEMA 4UIUA 5JWMA 2I8NA 4NQMA 4LR6A 2YEKA 3S92A 3UVWA 4QUUA 5TB6A 5DW2A 5I7YA 5HQ6A 4NUEA 5CQ5A 5I80A 4HXLA 4LRGA 5CUCA 4WHWA 5E9MA 3QZTA 3U5MA 4BW3A 5EP7A 4UYEA 5E7DA 3U5KA 3JVMA 3MB3A 5KTUA 4PY6A 2DVRA 4NR6A 4O7FA 4NS5A 4YY6A 4IR6A 3LQJA 4MENA 2YW5A 4A9MA 2R0SA 3MULA 5CY9A 5HQ7A 1ZS5A 3UVYA 4QYLA 4YYMA 2DVSA 4A9FA 4LZSA 3U5LA 3G0JA 5A82A 5AMEA 4HXRA 5HQ5A 5EQ1A 4UIYA 5E9VA 5CGPA 4TT6A 4MR3A 5F25A 4GPJA 4Z6HA 5D24A 4YY4A 4PKLA 5DYXA 5EISA 4CUUA 2WP2A 4KCXA 5BT4A 4HBVA 5KHMA 4UYFB 5E9IA 4NXJA 5F60A 5LJ0A 5A83A 3P1CA 1E6IA 4HXSA 4O7BA 4QSQA 5CP5A 5L8TA 1N72A 3K2JA 3MXFA 4QC3A 4TU4A 3Q2FA 5DLZA 3D7CA 4Q0OA 3O34A 4LZRA 4NR8A 5E0RA 5EICA 3UV4A 4CFLA 4A9NA 4YYHA 5C89A 5AMFA 5FE8A 5A5PA 4NR7A 5KTXA 3UVXA 5F63A 4HXNA 4NYXA 5HENA 5ENJA 5FE9A 4J0RA 5DLXA 5ETDA 4BJXA 4QSVA 5C85A 4KV4A 4LDFA 5CZGA 5DFBA 4O7AA 4F3IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4PS5A 2YELA 4J1PA 4O75A 5ENBA 4UYFA 5I40A 4A9OA 4XYAA 5LKXA 4QSUA 5EA1A 4MR4A 4ZW1A 5II2A 5CPEA 5IIDA 2I7KA 5EPBA 5COIA 4XY8A 4BW1A 3D1DA 5ACYA 5C8GA 5LKZA 2R10A 3SVHA 3DWYA 4XUBA 5EPSA 5IGKA 4IR4A 5FG4A 4MR6A 5L99A 5IGNA 4BW4A 5ENHA 4UYHA 4HBWA 4O7CA 4A9HA 4TQNA 5HJCA 2OUOA 1EQFA 5LJ2A 5CFWA 2G4AA 4TTEA 5CQ3A 4CFKA 4J0SA 3JVLA 5EPRA 4YABA 5A5QA 4BHWA 4TZ2A 4E96A 2DVQA 2E3KA 4QC1A 4IR3A 4HXPA 4UIWA 4IR5A 5L98A 3SVFA 4QSSA 4DONA 3IU5A 5ENCA 5DY7A 2RNYA 5I86A 4MEPA 4YAXA 4QNSA 5FFYA 4Z6IA 3FKMX 5HLSA 4O74A 2RS9B 5J0DA 2NXBA 5KTWA 4YC9A 3UV5A 4AKHA 4MR5A 2OO1A 2GRCA 5CUBA 5FE3A 4HBXA 5FB1A 1F68A 5H85A 4TT2A 4HXOA 5E3GA 2MJVB 4IOOA 5HRVA 4XY9A 4PCIA 3GG3A 4OUFA 5CRZA 5HELA 4ALGA 2RFJA 4LYIA 5F3AA 3U5OA 5FE4A 5FE6A 5FH6A 4O70A 4QBMA 4N4GA 5CS8A 4QY4A 5ENEA 5D3NA 5EVAA 5E3DA 3MB4A 5A5OA 5C4QA 2H60A 5FE7A 4QEUA 4Y03A 5C7NA 5D0CA 5TCMA 4QEWA 4YATA 5DX4A 4CUSA 4UIVA 3LQIA 3TLPA 5A7CA 4QR5A 5FH8A 4UITA 4N3WA 3U5NA 3U5PA 5F1LA 2RNXA 5CQAA 3O33A 4IOQA 2KTBB 1WUGA 4Z1SA 5CTLA 5EWVA 4A9EA 3JVJA 4LC2A 3HMFA 5I88A 3HMEA 4CUQA 5ENIA 4YYNA 4A9KA 3QZVA 5IGMA 5D26A 4QR4A 4RVRA 4WHUA 5D3TA 4YYKA 5BT3A 5A85A 4Q0NA 2RO1A 5ETBA 4ZQLA 4QYDA 4O76A 5AD3A 2L5EA 5FB0A 3RCWA 5CUEA 2D82A 4QSXA 2YDWA 3P1DA 5CU8A 3S91A 4YYDA 4YK0A 5F2PA 5DKHA 4YBMA 3UV2A 5G4SA 4LYSA 4CUPA 5CQ8A 2YQDA 5EWWA 3UW9A 5F62A 4CUTA 4HXKA 5F61A 5CQTA 4YYGA 3DAIA 5EV9A 5CQ6A 5DKCA 5F36A 4N4HA 4A9IA 5FFVA 4NRAA 2FSAA 4CURA 4AKIA 3I3JA 5JI8A 4OGIA 1JM4B 2DVVA 5DBMA 5E9YA 4MEOA 4NR4A 4QEVA 2DWWA 3ZYUA 5CQ4A 4LYWA 5DFCA 5D25A 5FE5A 4QR3A 4TYLA 4UIXA 5FE1A 3P5OA 4A9JA 4O77A 1WUMA 4J3IA 4WIVA 4IORA 4YYJA 5IG6A 3O37A 5FBXA 5ENGA 3G0LA 2R0YA 4NR9A 4QB3A 5D3LA 5DKDA 5LVRA 4ALHA 3Q2EA 2YEMA 2EJNA 5D3SA 5EK9A 5AD2A 5DW1A 5FDZA 2YYNA 4HXMA 5FG6A 5K29A 4NYWA 3HMHA 5DYAA 2LSPB 5L8UA 4XUAA 5G4RA 4AKGA 5I7XA 5EM3A 3O35A 5E73A 4HBYA 3UVDA 4NRCA 5L96A 5A81A 1X0JA 5LKTA 4BW2A 5D7XA 5CQ7A 4AI6A 4N4IA 2L85A 4YBSA 3VKHA 4QZSA 2N9GA 3D1BA 5FE2A 3IU6A 3SVGA 4YBTA 5II1A 4ZC9A 5LVQA 2R0VA 3AADA 4PCEA 4KV1A 4MEQA 5CUDA 5CRMA 4Z93A 3AQAA 5HFQA 4TU6A 4O78A 2DKWA 4QSTA 4O7EA 5H1VA 4NR5A 5CUGA 4X2IA 2DATA 4O71A 5LUUA 5IGLA 4C66A 5EWDA 3NXBA 5E9KA 5D3HA 5IBNA 3ONIA 3QZSA 4TS8A 3U5JA 5DYCA 5A5NA 3VKGA 5FFWA 5HRWA 4NQNA 5EGUA 4NUDA 2E7NA 4UIZA 5KO4A 5EU1A 5D3JA 5C87A 5I29A 5I89A 5EWCA 3MQMA 5DYUA 5DFDA 5FH7A 4Z1QA 4CL9A 4FLPA 5FG5A 2OSSA 4OGJA 4QUTA 5A5SA 4PTBA 5F5ZA 4YYIA 5CUAA 2WP1A 4A9LA 2RI7A 4LZ2A 4AKNA 5LJ1A 4TZ8A 2F6JA 4NYVA 3P1FA 4YH3A 5EWHA 5HCLA 4QSWA 5ENFA 3LQHA 5L97A 5H1UA 5HFRA 4QSRA 5E74A 5I1QA 3LXJA 5FE0A 2RNWA 4C67A 5BT5A 4UYGA 5E9LA 2D9EA 4CLBA 4TT4A 2L84A 4UYDA 5LKUA 5D3PA 5A5RA 4NRBA 2E7OA 1JSPB 5F1HA 5HRXA 3MUKA 3JVKA 3P1EA 3LJWA 5HM0A 4YH4A 5I83A 4NUCA 5D3RA 4QSPA 2F6NA 3O36A 5EI4A 4YADA 4N4FA 5H1TA 5KU3A 4O72A 5HEMA 4UIUA 5JWMA 2I8NA 4NQMA 3ERRA 4LR6A 2YEKA 3S92A 3UVWA 4QUUA 5TB6A 5DW2A 5I7YA 5HQ6A 4NUEA 5CQ5A 5I80A 4HXLA 4LRGA 5CUCA 4WHWA 5E9MA 3QZTA 3U5MA 4BW3A 5EP7A 4UYEA 5E7DA 3U5KA 3JVMA 3MB3A 5KTUA 4PY6A 2DVRA 4NR6A 4O7FA 4NS5A 4YY6A 4IR6A 3LQJA 4MENA 2YW5A 4A9MA 2R0SA 3MULA 5CY9A 5HQ7A 1ZS5A 3UVYA 4QYLA 4YYMA 2DVSA 4A9FA 4LZSA 3U5LA 3G0JA 5A82A 5AMEA 4HXRA 5HQ5A 5EQ1A 4UIYA 5E9VA 5CGPA 4TT6A 4MR3A 1ZKRA 5F25A 4GPJA 4Z6HA 5D24A 4YY4A 4PKLA 5DYXA 5EISA 4CUUA 2WP2A 4KCXA 5BT4A 4HBVA 5KHMA 4UYFB 5E9IA 4NXJA 5F60A 5LJ0A 5A83A 3P1CA 1E6IA 4HXSA 4O7BA 4QSQA 5CP5A 5L8TA 1N72A 3K2JA 3MXFA 4QC3A 4TU4A 3Q2FA 5DLZA 3D7CA 4Q0OA 3O34A 4LZRA 4NR8A 5E0RA 5EICA 3UV4A 4CFLA 4A9NA 4YYHA 5C89A 5AMFA 5FE8A 5A5PA 4NR7A 5KTXA 1PUOA 3UVXA 5F63A 4HXNA 4NYXA 5HENA 5ENJA 5FE9A 4J0RA 5DLXA 5ETDA 4BJXA 4QSVA 5C85A 4KV4A 4LDFA 5CZGA 5DFBA 4O7AA 4F3IA
chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4PS5 A;  2YEL A;  4J1P A;  4O75 A;  5ENB A;  4UYF A;  5I40 A;  4A9O A;  4XYA A;  5LKX A;  4QSU A;  5EA1 A;  4MR4 A;  4ZW1 A;  5II2 A;  5CPE A;  5IID A;  2I7K A;  5EPB A;  5COI A;  4XY8 A;  4BW1 A;  5ACY A;  5C8G A;  5LKZ A;  2R10 A;  3SVH A;  3DWY A;  4XUB A;  5EPS A;  5IGK A;  4IR4 A;  5FG4 A;  4MR6 A;  5L99 A;  5IGN A;  4BW4 A;  5ENH A;  4UYH A;  4HBW A;  4O7C A;  4A9H A;  4TQN A;  5HJC A;  2OUO A;  1EQF A;  5LJ2 A;  5CFW A;  2G4A A;  4TTE A;  5CQ3 A;  4CFK A;  4J0S A;  3JVL A;  5EPR A;  4YAB A;  5A5Q A;  4BHW A;  4TZ2 A;  4E96 A;  2DVQ A;  2E3K A;  4QC1 A;  4IR3 A;  4HXP A;  4UIW A;  4IR5 A;  5L98 A;  3SVF A;  4QSS A;  4DON A;  3IU5 A;  5ENC A;  5DY7 A;  2RNY A;  5I86 A;  4MEP A;  4YAX A;  4QNS A;  5FFY A;  4Z6I A;  3FKM X;  5HLS A;  4O74 A;  2RS9 B;  5J0D A;  2NXB A;  5KTW A;  4YC9 A;  3UV5 A;  4MR5 A;  2OO1 A;  2GRC A;  5CUB A;  5FE3 A;  4HBX A;  5FB1 A;  1F68 A;  5H85 A;  4TT2 A;  4HXO A;  5E3G A;  2MJV B;  4IOO A;  5HRV A;  4XY9 A;  4PCI A;  3GG3 A;  4OUF A;  5CRZ A;  5HEL A;  4ALG A; 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