1WUMA

Complex structure of pcaf bromodomain with small chemical ligand np2
Total Genus 31
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
31
sequence length
118
structure length
118
Chain Sequence
GSHMSKEPRDPDQLYSTLKSILQQVKSHQSAWPFMEPVKRTEAPGYYEVIRFPMDLKTMSERLKNRYYVSKKLFMADLQRVFTNCKEYNPPESEYYKCANILEKFFFSKIKEAGLIDK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase
molecule keywords Histone acetyltransferase PCAF
publication title Selective small molecules blocking HIV-1 Tat and coactivator PCAF association
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 31
structure length 118
sequence length 118
ec nomenclature ec 2.3.1.48: Histone acetyltransferase.
pdb deposition date 2004-12-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 1wumA00
1JM4B 4BW4A 5EWDA 5HFRA 5A5OA 5D3SA 4LZSA 4LZRA 4QEVA 3MQMA 4PKLA 5CUCA 3O34A 5IGMA 2YQDA 4QEWA 2RNYA 4N4GA 5CFWA 3P5OA 3P1DA 4AKNA 4CL9A 3UV2A 5FG4A 5H1TA 5KU3A 4MR5A 4NUDA 5D0CA 3SVHA 3G0JA 4TZ8A 2RO1A 4NYVA 3U5KA 5LKXA 4YATA 1WUGA 3LXJA 2RI7A 2GRCA 3S91A 4OGIA 5F1LA 5FE8A 2RFJA 4O70A 4ALHA 2NXBA 5HENA 4J0RA 4IOOA 3TLPA 5ENCA 4A9IA 5F61A 4YBTA 4IR5A 5HELA 4KV4A 4PS5A 4Z93A 5IGLA 4NRCA 5CRMA 4NUEA 5E7DA 4PCEA 5HQ7A 5IG6A 5ETBA 3Q2EA 4Z6HA 4NR5A 5E9VA 5H85A 4QNSA 3D7CA 3O33A 5I7YA 3FKMX 4YBSA 5FDZA 3UVYA 5BT3A 3MB4A 4UYEA 5A81A 4TU6A 5DFCA 3P1CA 2L84A 5DW2A 4NQNA 4QR4A 4HXNA 5CTLA 5FE4A 3LQHA 4HXOA 4QYDA 5D3PA 3U5PA 4MEOA 4LZ2A 5A5SA 5CP5A 4NR6A 4QEUA 3IU6A 5BT4A 5AMEA 4O78A 5IGNA 5ENGA 4HBVA 5TB6A 4UYHA 5ENHA 4ALGA 4O7CA 4BHWA 4QSUA 5FE2A 2WP1A 5C85A 5HRWA 1WUMA 3RCWA 2D82A 5ENEA 5CQTA 3UV5A 5FE7A 5D3NA 4HXRA 4LDFA 4NR8A 4CUPA 5E9MA 5CS8A 4YYDA 2RNWA 3JVMA 3HMEA 2R0VA 5LJ0A 2RNXA 5HFQA 5L98A 4A9NA 4BW3A 4QSVA 5CUAA 5ENJA 5AD2A 5DKCA 5DY7A 3U5LA 3JVLA 5II1A 4TT2A 5D3TA 5D3HA 5FE9A 3ONIA 5I7XA 4UIZA 4Q0NA 4QR5A 5FFWA 4CUQA 4CFLA 5KO4A 3DWYA 5CRZA 4MEQA 4RVRA 5TCMA 3O37A 5C4QA 1N72A 5CU8A 5KTWA 5I83A 4TYLA 2YW5A 3UVDA 4QBMA 3QZVA 4YABA 4NUCA 5EWHA 2I8NA 5IBNA 5EK9A 5I80A 4YBMA 4YYKA 5D3JA 5D25A 4BW2A 4TTEA 4YK0A 5BT5A 5H1UA 2H60A 2D9EA 5F5ZA 4ZW1A 5CQ7A 5FE0A 4X2IA 5A83A 3G0LA 4A9MA 4NYXA 4CLBA 3MUKA 4NXJA 4MEPA 4YH4A 4NRAA 3K2JA 3MULA 5D3LA 5JI8A 2OUOA 5E9IA 4TT4A 5LVRA 2N9GA 5A5QA 3JVJA 4WHWA 5LKTA 4A9EA 5LJ2A 5A7CA 3U5JA 3AQAA 5D3RA 5FBXA 5I40A 5F62A 5EPSA 3O36A 5HCLA 4Z1QA 5I1QA 4O77A 5ENBA 2OSSA 5EV9A 5HQ6A 4O7AA 2DVVA 4YH3A 3QZSA 3SVFA 2L85A 2DVRA 2E3KA 3HMFA 3NXBA 4QC1A 4A9FA 4QSXA 4CFKA 4LYWA 5II2A 5D26A 3UVWA 5HEMA 4O74A 4HXPA 3ZYUA 4C66A 4IR6A 4NYWA 5AMFA 4YC9A 4LYIA 5EU1A 5E3GA 4IR3A 4YYGA 4N4HA 5DFBA 5IIDA 4BW1A 5FB0A 2I7KA 4YYJA 4O71A 5DBMA 5FE3A 2RS9B 5KTUA 5DX4A 4ZC9A 4OGJA 5CGPA 5EQ1A 4TZ2A 5CQ8A 4WHUA 4QY4A 2E7OA 2KTBB 5DYXA 1E6IA 4XY9A 4YY6A 5C87A 4N4FA 4KV1A 4A9KA 4GPJA 4BJXA 4MR4A 5F1HA 5A85A 5FE6A 4QC3A 4A9LA 5HQ5A 2E7NA 5DLXA 5DKDA 4YYIA 5I88A 4UIWA 5FH8A 1EQFA 3LQIA 4IORA 5EP7A 4QSRA 4Q0OA 4IOQA 5K29A 5C8GA 4O7EA 5EGUA 5A5PA 5ETDA 5CQAA 5CUDA 3QZTA 5F2PA 5CPEA 5LKZA 3MXFA 5A5RA 3JVKA 4WIVA 3P1FA 2FSAA 4OUFA 5F60A 5L8TA 5EVAA 5CUGA 3S92A 1X0JA 5EWCA 5CQ5A 4O72A 5FFYA 4QR3A 4NQMA 3P1EA 4O76A 2YEKA 4QB3A 5F25A 5F36A 3IU5A 4UYDA 5L8UA 2DVQA 4XY8A 1ZS5A 5EWVA 4C67A 4DONA 4YYMA 5CY9A 5I29A 5E3DA 4XYAA 4XUAA 5CQ6A 3UV4A 2L5EA 4CUSA 2DVSA 3MB3A 5DKHA 4PCIA 3DAIA 4N4IA 3I3JA 4QSPA 4UITA 2DKWA 4O7FA 4NRBA 4HBYA 4HXSA 4TS8A 3HMHA 5G4RA 2YELA 4J0SA 5E9YA 5I89A 4A9OA 5KTXA 5LUUA 5HM0A 5F63A 5HLSA 5CQ4A 4HXMA 5DYAA 4UYFB 5CQ3A 5FFVA 4QSSA 4J3IA 5LVQA 3U5OA 4CUUA 5LJ1A 1F68A 2DATA 4A9JA 4J1PA 4UIYA 4ZQLA 5CUEA 4HBWA 4A9HA 5FG6A 4NR7A 4LR6A 4YAXA 5E0RA 4E96A 5DYCA 5I86A 5FB1A 5LKUA 5FE5A 4QSWA 3O35A 5E9LA 5FG5A 5FH7A 2YEMA 5J0DA 5ENIA 4FLPA 4PTBA 5HRVA 5G4SA 4TU4A 4HBXA 5EI4A 4HXLA 5HJCA 4YY4A 5IGKA 4O75A 4YADA 5DW1A 2OO1A 3UVXA 4TQNA 4Y03A 5DYUA 2LSPB 2YDWA 2YYNA 2G4AA 5ENFA 4UIXA 5DFDA 5JWMA 4LRGA 2F6JA 3AADA 4XUBA 5EA1A 5EPBA 5CZGA 4YYHA 5L96A 4O7BA 5E74A 2R10A 5L97A 4LYSA 5EICA 5ACYA 2MJVB 5L99A 4MR6A 5FE1A 3UW9A 3LJWA 3U5MA 5H1VA 4MENA 3GG3A 4IR4A 2WP2A 4NS5A 4LC2A 4F3IA 1JSPB 4N3WA 5A82A 5EPRA 4QSQA 5D24A 5HRXA 4CUTA 3LQJA 5E9KA 5C7NA 5AD3A 2R0YA 4QUUA 4KCXA 4UIVA 3SVGA 4UYGA 3U5NA 4MR3A 4QYLA 5EM3A 5COIA 4QZSA 4QSTA 5C89A 4CURA 4QUTA 5KHMA 4UYFA 2R0SA 5F3AA 4UIUA 5FH6A 2F6NA 4NR4A 5DLZA 4Z6IA 5E73A 4PY6A 5D7XA 4YYNA 5EISA 4NR9A 5CUBA 5EWWA 4Z1SA 5A5NA 3Q2FA 2DWWA 4TT6A 4HXKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JM4B 4BW4A 5EWDA 5HFRA 5A5OA 5D3SA 4LZSA 4LZRA 4QEVA 3MQMA 4PKLA 5CUCA 3O34A 5IGMA 2YQDA 4QEWA 2RNYA 4N4GA 5CFWA 3P5OA 3P1DA 4AKNA 4CL9A 3UV2A 5FG4A 5H1TA 5KU3A 4MR5A 4NUDA 5D0CA 3SVHA 3G0JA 4TZ8A 2RO1A 4NYVA 3U5KA 5LKXA 4YATA 1WUGA 3LXJA 2RI7A 2GRCA 3S91A 4OGIA 5F1LA 5FE8A 2RFJA 4O70A 4ALHA 2NXBA 5HENA 4J0RA 4IOOA 3TLPA 5ENCA 4A9IA 5F61A 4YBTA 4IR5A 5HELA 4KV4A 4PS5A 4Z93A 5IGLA 4NRCA 5CRMA 4NUEA 5E7DA 4PCEA 5HQ7A 5IG6A 5ETBA 3Q2EA 4Z6HA 4NR5A 5E9VA 5H85A 4QNSA 3D7CA 3O33A 5I7YA 3FKMX 4YBSA 5FDZA 3UVYA 5BT3A 3MB4A 4UYEA 5A81A 4TU6A 5DFCA 3P1CA 2L84A 5DW2A 4NQNA 4QR4A 4HXNA 5CTLA 5FE4A 3LQHA 4HXOA 4QYDA 5D3PA 3U5PA 4MEOA 4LZ2A 5A5SA 5CP5A 4NR6A 4QEUA 3IU6A 5BT4A 5AMEA 4O78A 5IGNA 5ENGA 4HBVA 5TB6A 4UYHA 5ENHA 4ALGA 4O7CA 4BHWA 4QSUA 5FE2A 2WP1A 5C85A 5HRWA 2EJNA 4AKHA 1WUMA 3RCWA 2D82A 5ENEA 5CQTA 3UV5A 5FE7A 3VKGA 5D3NA 4HXRA 1PUOA 4LDFA 4NR8A 4CUPA 5E9MA 5CS8A 4YYDA 2RNWA 3JVMA 3HMEA 2R0VA 5LJ0A 2RNXA 5HFQA 5L98A 4A9NA 4BW3A 4QSVA 5CUAA 5ENJA 5AD2A 5DKCA 5DY7A 3U5LA 3JVLA 5II1A 4TT2A 5D3TA 5D3HA 5FE9A 3D1DA 3ONIA 5I7XA 4UIZA 4Q0NA 4QR5A 5FFWA 4CUQA 4CFLA 5KO4A 3DWYA 5CRZA 4MEQA 4RVRA 5TCMA 3O37A 5C4QA 1N72A 5CU8A 5KTWA 5I83A 4TYLA 2YW5A 3UVDA 4QBMA 3QZVA 4YABA 4NUCA 5EWHA 2I8NA 1ZKRA 5IBNA 5EK9A 5I80A 4YBMA 4YYKA 5D3JA 5D25A 4BW2A 4TTEA 4YK0A 5BT5A 5H1UA 2H60A 2D9EA 5F5ZA 4ZW1A 5CQ7A 5FE0A 4X2IA 5A83A 3G0LA 4A9MA 4NYXA 4CLBA 3MUKA 4NXJA 4MEPA 4YH4A 4NRAA 3K2JA 3MULA 5D3LA 5JI8A 2OUOA 5E9IA 4TT4A 5LVRA 2N9GA 5A5QA 3JVJA 4WHWA 5LKTA 4A9EA 5LJ2A 5A7CA 3U5JA 3AQAA 5D3RA 5FBXA 5I40A 5F62A 5EPSA 3O36A 5HCLA 4AKGA 4Z1QA 5I1QA 4O77A 5ENBA 2OSSA 5EV9A 5HQ6A 4O7AA 2DVVA 4YH3A 3QZSA 3SVFA 2L85A 2DVRA 2E3KA 3HMFA 3NXBA 4QC1A 4A9FA 4QSXA 4CFKA 4LYWA 5II2A 5D26A 3UVWA 5HEMA 4O74A 4HXPA 3ZYUA 4C66A 4IR6A 4NYWA 5AMFA 4YC9A 4LYIA 5EU1A 5E3GA 4IR3A 4YYGA 4N4HA 5DFBA 5IIDA 4BW1A 5FB0A 2I7KA 4YYJA 4O71A 5DBMA 5FE3A 2RS9B 5KTUA 5DX4A 4ZC9A 4OGJA 5CGPA 5EQ1A 4TZ2A 5CQ8A 4WHUA 4QY4A 2E7OA 2KTBB 5DYXA 1E6IA 4XY9A 4YY6A 5C87A 3ERRA 4N4FA 4KV1A 4A9KA 4GPJA 4BJXA 4MR4A 5F1HA 5A85A 5FE6A 4QC3A 4A9LA 5HQ5A 2E7NA 5DLXA 5DKDA 4YYIA 5I88A 4UIWA 5FH8A 1EQFA 3LQIA 4IORA 5EP7A 4QSRA 4Q0OA 3VKHA 4IOQA 5K29A 5C8GA 4O7EA 5EGUA 5A5PA 5ETDA 5CQAA 5CUDA 3QZTA 5F2PA 5CPEA 5LKZA 3MXFA 5A5RA 3JVKA 4WIVA 3P1FA 2FSAA 4OUFA 5F60A 5L8TA 5EVAA 5CUGA 3S92A 1X0JA 5EWCA 5CQ5A 4O72A 5FFYA 4QR3A 4NQMA 3P1EA 4O76A 2YEKA 4QB3A 5F25A 5F36A 3IU5A 4UYDA 5L8UA 2DVQA 4XY8A 1ZS5A 5EWVA 4C67A 4DONA 4YYMA 5CY9A 5I29A 5E3DA 4XYAA 4XUAA 5CQ6A 3UV4A 2L5EA 4CUSA 2DVSA 3MB3A 5DKHA 4PCIA 3DAIA 4N4IA 3I3JA 4QSPA 4UITA 2DKWA 4O7FA 4NRBA 4HBYA 4HXSA 4TS8A 3HMHA 5G4RA 2YELA 4J0SA 5E9YA 5I89A 4A9OA 5KTXA 5LUUA 5HM0A 5F63A 5HLSA 5CQ4A 4HXMA 5DYAA 4UYFB 5CQ3A 5FFVA 4QSSA 4J3IA 5LVQA 3U5OA 4CUUA 5LJ1A 1F68A 2DATA 4A9JA 4J1PA 4UIYA 4ZQLA 5CUEA 4HBWA 4A9HA 5FG6A 4NR7A 4LR6A 4YAXA 5E0RA 4E96A 5DYCA 5I86A 5FB1A 5LKUA 4AKIA 5FE5A 4QSWA 3O35A 5E9LA 5FG5A 5FH7A 2YEMA 5J0DA 5ENIA 4FLPA 4PTBA 5HRVA 5G4SA 4TU4A 4HBXA 5EI4A 4HXLA 5HJCA 4YY4A 5IGKA 4O75A 4YADA 5DW1A 2OO1A 3UVXA 4TQNA 4Y03A 5DYUA 2LSPB 3D1BA 2YDWA 2YYNA 2G4AA 5ENFA 4UIXA 5DFDA 5JWMA 4LRGA 2F6JA 3AADA 4XUBA 5EA1A 5EPBA 5CZGA 4YYHA 5L96A 4O7BA 5E74A 2R10A 5L97A 4LYSA 5EICA 5ACYA 2MJVB 5L99A 4MR6A 5FE1A 3UW9A 3LJWA 3U5MA 5H1VA 4MENA 3GG3A 4IR4A 2WP2A 4NS5A 4LC2A 4F3IA 1JSPB 4N3WA 5A82A 5EPRA 4QSQA 5D24A 5HRXA 4CUTA 3LQJA 5E9KA 5C7NA 5AD3A 2R0YA 4QUUA 4KCXA 4UIVA 4AI6A 3SVGA 4UYGA 3U5NA 4MR3A 4QYLA 5EM3A 5COIA 4QZSA 4QSTA 5C89A 4CURA 4QUTA 5KHMA 4UYFA 2R0SA 5F3AA 4UIUA 5FH6A 2F6NA 4NR4A 5DLZA 4Z6IA 5E73A 4PY6A 5D7XA 4YYNA 5EISA 4NR9A 5CUBA 5EWWA 4Z1SA 5A5NA 3Q2FA 2DWWA 4TT6A 4HXKA
chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1JM4 B;  4BW4 A;  5EWD A;  5HFR A;  5A5O A;  5D3S A;  4LZS A;  4LZR A;  4QEV A;  3MQM A;  4PKL A;  5CUC A;  3O34 A;  5IGM A;  2YQD A;  4QEW A;  2RNY A;  4N4G A;  5CFW A;  3P5O A;  3P1D A;  4AKN A;  4CL9 A;  3UV2 A;  5FG4 A;  5H1T A;  5KU3 A;  4MR5 A;  4NUD A;  5D0C A;  3SVH A;  3G0J A;  4TZ8 A;  2RO1 A;  4NYV A;  3U5K A;  5LKX A;  4YAT A;  1WUG A;  3LXJ A;  2RI7 A;  2GRC A;  3S91 A;  4OGI A;  5F1L A;  5FE8 A;  2RFJ A;  4O70 A;  4ALH A;  2NXB A;  5HEN A;  4J0R A;  4IOO A;  3TLP A;  5ENC A;  4A9I A;  5F61 A;  4YBT A;  4IR5 A;  5HEL A;  4KV4 A;  4PS5 A;  4Z93 A;  5IGL A;  4NRC A;  5CRM A;  4NUE A;  5E7D A;  4PCE A;  5HQ7 A;  5IG6 A;  5ETB A;  3Q2E A;  4Z6H A;  4NR5 A;  5E9V A;  5H85 A;  4QNS A;  3D7C A;  3O33 A;  5I7Y A;  3FKM X;  4YBS A;  5FDZ A;  3UVY A;  5BT3 A;  3MB4 A;  4UYE A;  5A81 A;  4TU6 A;  5DFC A;  3P1C A;  2L84 A;  5DW2 A;  4NQN A;  4QR4 A;  4HXN A;  5CTL A;  5FE4 A;  3LQH A;  4HXO A;  4QYD A;  5D3P A;  3U5P A;  4MEO A;  4LZ2 A;  5A5S A;  5CP5 A;  4NR6 A;  4QEU A;  3IU6 A;  5BT4 A; 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