5DKCA

Crystal structure of the bromodomain of human brm (smarca2) in complex with pfi-3 chemical probe
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
110
structure length
110
Chain Sequence
PKLTKQMNAIIDTVINYKDSSGRQLSEVFIQLPSRKELPEYYELIRKPVDFKKIKERIRNHKYRSLGDLEKDVMLLCHNAQTFNLEGSQIYEDSIVLQSVFKSARQKIAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
publication title Crystal structure of the bromodomain of human BRM (SMARCA2) in complex with PFI-3 chemical probe
rcsb
molecule keywords Probable global transcription activator SNF2L2
total genus 40
structure length 110
sequence length 110
ec nomenclature ec 3.6.4.-:
pdb deposition date 2015-09-03
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5dkcA00
4IR4A 4ZC9A 3G0JA 2NXBA 4QNSA 4UYGA 5CGPA 1JM4B 3O35A 2YYNA 5DLZA 3U5JA 3DWYA 5L8TA 3I3JA 4Y03A 2DVQA 5EPRA 5EQ1A 4MENA 5COIA 5IGKA 3U5PA 5C8GA 4QSVA 5HFRA 5L8UA 4BHWA 4QB3A 2RS9B 2I7KA 3O34A 5F5ZA 5FB1A 2DVVA 4YABA 4CUSA 3MQMA 5ENCA 5D3HA 2GRCA 4HBVA 5FG5A 3UVYA 5E9KA 5E73A 1JSPB 5C89A 5LJ1A 4BW1A 5EICA 5CUEA 5E3DA 2D82A 5DFCA 4TT2A 5CUCA 5L96A 3O37A 5A5OA 4YK0A 2YEMA 4OGIA 2WP2A 5CQ3A 5E7DA 4C66A 5FE6A 5LUUA 5FE4A 4NR6A 4YBTA 2YQDA 5CQ7A 3GG3A 5FG6A 3HMFA 4QEWA 2DWWA 2YELA 5E74A 3UW9A 3LQHA 4NUCA 3UV5A 4XYAA 4YBMA 5C7NA 3SVHA 5D7XA 2LSPB 4UIZA 5LKTA 4NYWA 4NUEA 2N9GA 5HENA 3FKMX 4QYDA 4LR6A 5EP7A 4Z6IA 5FFVA 4N4FA 4Q0NA 3G0LA 5DLXA 4LYSA 5FFYA 1N72A 3QZVA 5E0RA 3S92A 4QC3A 4A9JA 5EWVA 1WUMA 5HJCA 5D25A 5DKDA 4O78A 4QUUA 5F61A 5DYAA 5IGLA 4WHUA 3SVFA 2E7NA 4O7CA 5EWCA 3MUKA 5CQTA 3LQIA 5KTXA 3P1FA 5F60A 4MR6A 5D3JA 5ACYA 4YH3A 4O75A 4QZSA 5CQ5A 5E9YA 4GPJA 1E6IA 5C4QA 3JVJA 5K29A 4BW4A 2L5EA 3U5KA 4DONA 4LZSA 3P1DA 3QZSA 3JVLA 5G4RA 5DW1A 4CURA 3MB3A 5D0CA 5D3RA 4LDFA 3D7CA 4OUFA 5ENHA 5HQ7A 4C67A 5II1A 3ONIA 4O7AA 4HXMA 5HRWA 4A9IA 4NS5A 5ENFA 4A9HA 4NYXA 5A5PA 5EK9A 2E3KA 3MB4A 5D26A 5F25A 5FE7A 5ENEA 5HLSA 4YYKA 3AQAA 4UYFA 4ZW1A 5IG6A 3LQJA 5EISA 4QSXA 5FFWA 5EU1A 3IU5A 1WUGA 5HM0A 4OGJA 5FE9A 5I29A 4RVRA 5CU8A 4QSQA 5A5SA 2G4AA 4MR5A 4O7FA 3P1CA 4IR3A 5D3SA 2I8NA 3MULA 4IOQA 4CUQA 3IU6A 4TZ8A 2F6NA 3UVXA 5FE3A 4NR4A 4QR4A 4QSTA 5EI4A 3LXJA 4NYVA 3O36A 5LJ2A 5H1UA 5E3GA 5FE5A 5KU3A 5KHMA 3UV2A 4YC9A 3JVMA 4LZ2A 4TZ2A 3AADA 4J3IA 4QEUA 5CUAA 4TTEA 4BJXA 4FLPA 2DATA 5IIDA 4N3WA 4PCEA 2MJVB 5CQ8A 5IBNA 4IR6A 5FB0A 5HQ5A 5DBMA 3SVGA 5DFBA 5TB6A 4QC1A 5KTWA 5EWDA 5CZGA 3P1EA 5CP5A 5EWWA 5CTLA 5IGMA 5CQ6A 5ETBA 5DKCA 5LJ0A 5I40A 4TT4A 5EA1A 4XUAA 5DW2A 4O74A 5FG4A 4PCIA 4O71A 2H60A 5FH7A 2OSSA 5JI8A 5CUDA 5F62A 5KO4A 4YH4A 4Q0OA 4MR4A 3UV4A 4UIXA 2L85A 4YYGA 5DKHA 4ZQLA 5FE1A 5LKXA 5CUGA 3HMHA 5F3AA 1EQFA 5LKZA 4NR7A 5AD3A 5A5RA 5D3LA 5L98A 5ENJA 5LKUA 4YYHA 4HXPA 4NUDA 5DYCA 4MEPA 4YATA 3DAIA 5I86A 3JVKA 5I80A 5EVAA 4A9NA 5FE2A 2OO1A 4YADA 4TS8A 4LRGA 5ENGA 2WP1A 5I7XA 5A5QA 4HXNA 4QY4A 5H1TA 4TT6A 5CQ4A 2RO1A 3Q2FA 4UIYA 5A81A 4J0SA 4HXOA 5DX4A 2R0YA 3S91A 4NRAA 4Z93A 5HRVA 4KV1A 4XUBA 5FE0A 3MXFA 4BW3A 5HEMA 3K2JA 3QZTA 4HXKA 2RFJA 4UYEA 2KTBB 4NQNA 1F68A 5H85A 3LJWA 4WHWA 5J0DA 4YAXA 4AKNA 2OUOA 4N4HA 5LVRA 5JWMA 5DYXA 4IOOA 2R10A 5I83A 5AMEA 5HCLA 1X0JA 5FH8A 5EV9A 4XY9A 4A9FA 4A9EA 2DKWA 4YYNA 4NR9A 3ZYUA 5CRZA 3P5OA 4N4IA 5AMFA 4LYWA 5TCMA 4XY8A 5HFQA 4J0RA 5CY9A 3TLPA 4BW2A 5FE8A 4TYLA 5E9VA 2YEKA 4X2IA 2DVRA 4KV4A 4Z1SA 5F1LA 4O7BA 3U5LA 5FDZA 4YBSA 4NQMA 4ALHA 4O7EA 5F2PA 4QSUA 4UITA 5A7CA 5A83A 5I7YA 5A82A 3U5NA 4KCXA 4MEOA 4NRBA 5I88A 4F3IA 2RNWA 4O72A 4YYMA 4UYFB 4LYIA 4UYDA 4MEQA 4NR5A 5F63A 4YY6A 4A9KA 4LZRA 4LC2A 5AD2A 2RI7A 4QUTA 5D3NA 4QEVA 4N4GA 5D3TA 5FH6A 5C87A 5D3PA 3U5OA 4A9OA 5E9IA 5A5NA 4MR3A 5BT3A 4Z1QA 4E96A 4O76A 4QSPA 2E7OA 4HBXA 5FBXA 2R0VA 1ZS5A 4CUUA 5EGUA 2RNYA 4UIWA 3Q2EA 5EM3A 2L84A 5H1VA 4Z6HA 3UVDA 5D24A 4QBMA 4PKLA 5L99A 4NXJA 2YDWA 3O33A 5ENIA 4HXSA 4CFLA 5II2A 3RCWA 4ALGA 4CL9A 4QR5A 4UIVA 4YYIA 4A9MA 4CLBA 5A85A 5C85A 4TU6A 4QSRA 4QYLA 4NR8A 4CFKA 4PY6A 5I1QA 4O77A 5G4SA 5BT4A 5ENBA 2YW5A 4PS5A 3HMEA 4O70A 2FSAA 4HXRA 5BT5A 2RNXA 5CRMA 5CS8A 4IR5A 3NXBA 5DY7A 4CUTA 4QSSA 5CQAA 5HRXA 2R0SA 4IORA 5ETDA 3UVWA 5CUBA 2DVSA 5DYUA 5EWHA 4A9LA 4QR3A 5L97A 3U5MA 5IGNA 5DFDA 4PTBA 5CPEA 4J1PA 4HXLA 5I89A 4YYDA 5F1HA 5HELA 5LVQA 4YY4A 2F6JA 4HBWA 4HBYA 4UYHA 4CUPA 4NRCA 4UIUA 5KTUA 4YYJA 4TU4A 4TQNA 5HQ6A 2D9EA 5E9MA 4WIVA 5E9LA 4QSWA 5EPBA 5EPSA 5F36A 5CFWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4IR4A 3VKHA 4ZC9A 3G0JA 2NXBA 4QNSA 4UYGA 5CGPA 1JM4B 3O35A 2YYNA 5DLZA 3U5JA 3DWYA 5L8TA 3I3JA 4Y03A 2DVQA 5EPRA 5EQ1A 4MENA 5COIA 5IGKA 3U5PA 5C8GA 4QSVA 5HFRA 5L8UA 4BHWA 4QB3A 2RS9B 2I7KA 3O34A 5F5ZA 5FB1A 2DVVA 4YABA 4CUSA 3MQMA 5ENCA 5D3HA 2GRCA 4HBVA 5FG5A 3UVYA 5E9KA 5E73A 1JSPB 5C89A 5LJ1A 4BW1A 5EICA 5CUEA 5E3DA 2D82A 5DFCA 4TT2A 5CUCA 5L96A 3O37A 5A5OA 4YK0A 2YEMA 4OGIA 2WP2A 5CQ3A 5E7DA 4C66A 5FE6A 5LUUA 5FE4A 4NR6A 4YBTA 2YQDA 5CQ7A 3GG3A 5FG6A 3HMFA 4QEWA 2DWWA 2YELA 5E74A 3UW9A 3LQHA 4NUCA 3UV5A 4XYAA 4YBMA 5C7NA 3SVHA 5D7XA 2LSPB 4UIZA 5LKTA 4NYWA 4NUEA 2N9GA 5HENA 3FKMX 4QYDA 4LR6A 5EP7A 4Z6IA 5FFVA 4N4FA 4Q0NA 3G0LA 5DLXA 4LYSA 5FFYA 1N72A 3QZVA 5E0RA 3S92A 4QC3A 4A9JA 5EWVA 1WUMA 5HJCA 5D25A 5DKDA 4O78A 4QUUA 5F61A 5DYAA 3D1DA 5IGLA 4WHUA 3SVFA 2E7NA 4O7CA 5EWCA 3MUKA 5CQTA 3LQIA 5KTXA 3P1FA 5F60A 4MR6A 5D3JA 5ACYA 4YH3A 4O75A 4QZSA 5CQ5A 5E9YA 4GPJA 1E6IA 5C4QA 3JVJA 5K29A 4BW4A 2L5EA 3U5KA 4DONA 4LZSA 3P1DA 3QZSA 3JVLA 5G4RA 5DW1A 4CURA 3MB3A 5D0CA 5D3RA 4LDFA 3D7CA 4OUFA 5ENHA 5HQ7A 4C67A 5II1A 3ONIA 4O7AA 4HXMA 5HRWA 4A9IA 4NS5A 5ENFA 4A9HA 4NYXA 5A5PA 5EK9A 2E3KA 3MB4A 5D26A 5F25A 5FE7A 5ENEA 5HLSA 4YYKA 3AQAA 4UYFA 4ZW1A 5IG6A 3LQJA 5EISA 4QSXA 5FFWA 5EU1A 3IU5A 1WUGA 5HM0A 4OGJA 5FE9A 5I29A 4RVRA 5CU8A 4QSQA 5A5SA 4AKHA 2G4AA 4MR5A 4O7FA 3P1CA 4IR3A 5D3SA 2I8NA 3MULA 4IOQA 4CUQA 3IU6A 4TZ8A 2F6NA 3UVXA 5FE3A 4AKGA 4NR4A 4QR4A 4QSTA 5EI4A 3LXJA 4NYVA 3O36A 5LJ2A 5H1UA 5E3GA 5FE5A 5KU3A 5KHMA 3UV2A 4YC9A 3JVMA 4LZ2A 4TZ2A 3AADA 4J3IA 4QEUA 5CUAA 4TTEA 4BJXA 4FLPA 2DATA 5IIDA 4N3WA 4PCEA 2MJVB 5CQ8A 5IBNA 4IR6A 5FB0A 5HQ5A 5DBMA 3SVGA 5DFBA 5TB6A 4QC1A 5KTWA 5EWDA 5CZGA 3P1EA 5CP5A 5EWWA 5CTLA 5IGMA 5CQ6A 5ETBA 5DKCA 5LJ0A 5I40A 4TT4A 5EA1A 4XUAA 5DW2A 4O74A 5FG4A 4PCIA 4O71A 2H60A 5FH7A 2OSSA 5JI8A 5CUDA 2EJNA 5F62A 3ERRA 5KO4A 4YH4A 4Q0OA 4MR4A 3UV4A 4UIXA 2L85A 4YYGA 5DKHA 4ZQLA 5FE1A 5LKXA 5CUGA 3HMHA 5F3AA 1EQFA 5LKZA 4NR7A 5AD3A 5A5RA 5D3LA 5L98A 5ENJA 5LKUA 4YYHA 4HXPA 4NUDA 5DYCA 4MEPA 4YATA 3DAIA 5I86A 3JVKA 5I80A 5EVAA 4A9NA 5FE2A 2OO1A 4YADA 4TS8A 4LRGA 5ENGA 2WP1A 5I7XA 5A5QA 4HXNA 4QY4A 5H1TA 4TT6A 5CQ4A 2RO1A 3Q2FA 4UIYA 5A81A 4J0SA 4HXOA 5DX4A 2R0YA 3S91A 4NRAA 4Z93A 5HRVA 4KV1A 4XUBA 5FE0A 3MXFA 4BW3A 5HEMA 3K2JA 3QZTA 4HXKA 2RFJA 4UYEA 2KTBB 4NQNA 1F68A 5H85A 3LJWA 4WHWA 5J0DA 4YAXA 4AKNA 2OUOA 4N4HA 5LVRA 5JWMA 5DYXA 4IOOA 2R10A 5I83A 5AMEA 5HCLA 1X0JA 5FH8A 5EV9A 4XY9A 4A9FA 4AKIA 4A9EA 2DKWA 4YYNA 4NR9A 3ZYUA 5CRZA 3P5OA 4N4IA 5AMFA 4LYWA 5TCMA 4XY8A 5HFQA 4J0RA 5CY9A 3VKGA 3TLPA 4BW2A 5FE8A 4TYLA 5E9VA 2YEKA 4X2IA 2DVRA 4KV4A 4Z1SA 5F1LA 4O7BA 3U5LA 5FDZA 4YBSA 4NQMA 4ALHA 4O7EA 5F2PA 4QSUA 4UITA 5A7CA 5A83A 5I7YA 5A82A 3U5NA 4KCXA 1PUOA 4MEOA 4NRBA 5I88A 4F3IA 2RNWA 4O72A 4YYMA 4UYFB 4LYIA 4UYDA 4MEQA 4NR5A 5F63A 4YY6A 4A9KA 4LZRA 4LC2A 5AD2A 4AI6A 2RI7A 4QUTA 5D3NA 4QEVA 4N4GA 5D3TA 5FH6A 5C87A 5D3PA 3U5OA 4A9OA 1ZKRA 5E9IA 5A5NA 4MR3A 5BT3A 4Z1QA 4E96A 4O76A 4QSPA 2E7OA 4HBXA 5FBXA 2R0VA 1ZS5A 3D1BA 4CUUA 5EGUA 2RNYA 4UIWA 3Q2EA 5EM3A 2L84A 5H1VA 4Z6HA 3UVDA 5D24A 4QBMA 4PKLA 5L99A 4NXJA 2YDWA 3O33A 5ENIA 4HXSA 4CFLA 5II2A 3RCWA 4ALGA 4CL9A 4QR5A 4UIVA 4YYIA 4A9MA 4CLBA 5A85A 5C85A 4TU6A 4QSRA 4QYLA 4NR8A 4CFKA 4PY6A 5I1QA 4O77A 5G4SA 5BT4A 5ENBA 2YW5A 4PS5A 3HMEA 4O70A 2FSAA 4HXRA 5BT5A 2RNXA 5CRMA 5CS8A 4IR5A 3NXBA 5DY7A 4CUTA 4QSSA 5CQAA 5HRXA 2R0SA 4IORA 5ETDA 3UVWA 5CUBA 2DVSA 5DYUA 5EWHA 4A9LA 4QR3A 5L97A 3U5MA 5IGNA 5DFDA 4PTBA 5CPEA 4J1PA 4HXLA 5I89A 4YYDA 5F1HA 5HELA 5LVQA 4YY4A 2F6JA 4HBWA 4HBYA 4UYHA 4CUPA 4NRCA 4UIUA 5KTUA 4YYJA 4TU4A 4TQNA 5HQ6A 2D9EA 5E9MA 4WIVA 5E9LA 4QSWA 5EPBA 5EPSA 5F36A 5CFWA
chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4IR4 A;  4ZC9 A;  3G0J A;  2NXB A;  4QNS A;  4UYG A;  5CGP A;  1JM4 B;  3O35 A;  2YYN A;  5DLZ A;  3U5J A;  3DWY A;  5L8T A;  3I3J A;  4Y03 A;  2DVQ A;  5EPR A;  5EQ1 A;  4MEN A;  5COI A;  5IGK A;  3U5P A;  5C8G A;  4QSV A;  5HFR A;  5L8U A;  4BHW A;  4QB3 A;  2RS9 B;  2I7K A;  3O34 A;  5F5Z A;  5FB1 A;  2DVV A;  4YAB A;  4CUS A;  3MQM A;  5ENC A;  5D3H A;  2GRC A;  4HBV A;  5FG5 A;  3UVY A;  5E9K A;  5E73 A;  1JSP B;  5C89 A;  5LJ1 A;  4BW1 A;  5EIC A;  5CUE A;  5E3D A;  2D82 A;  5DFC A;  4TT2 A;  5CUC A;  5L96 A;  3O37 A;  5A5O A;  4YK0 A;  2YEM A;  4OGI A;  2WP2 A;  5CQ3 A;  5E7D A;  4C66 A;  5FE6 A;  5LUU A;  5FE4 A;  4NR6 A;  4YBT A;  2YQD A;  5CQ7 A;  3GG3 A;  5FG6 A;  3HMF A;  4QEW A;  2DWW A;  2YEL A;  5E74 A;  3UW9 A;  3LQH A;  4NUC A;  3UV5 A;  4XYA A;  4YBM A;  5C7N A;  3SVH A;  5D7X A;  2LSP B;  4UIZ A;  5LKT A;  4NYW A;  4NUE A;  2N9G A;  5HEN A;  3FKM X;  4QYD A;  4LR6 A;  5EP7 A;  4Z6I A;  5FFV A;  4N4F A;  4Q0N A;  3G0L A;  5DLX A;  4LYS A;  5FFY A;  1N72 A;  3QZV A;  5E0R A; 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