5DYUA

Crystal structure of baz2b bromodomain in complex with fragment f39
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
116
structure length
116
Chain Sequence
SMSVKKPKRDDSKDLALCSMILTEMETHEDAWPFLLPVNLKLVPGYKKVIKKPMDFSTIREKLSSGQYPNLETFALDVRLVFDNCETFNEDDSDIGRAGHNMRKYFEKKWTDTFKV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B
publication title High-Throughput Fragment Docking into the BAZ2B Bromodomain: Efficient in Silico Screening for X-Ray Crystallography.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription
total genus 40
structure length 116
sequence length 116
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-09-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5dyuA00
5I89A 5DLXA 3DWYA 2F6JA 2I8NA 4E96A 4HXSA 5CUDA 5EWVA 4N4GA 4OGJA 4BW2A 5JWMA 4IR5A 5HJCA 5I1QA 5L99A 4J3IA 5HRXA 2WP1A 4HBXA 5FE7A 5EPSA 4QSSA 4O74A 4UYFA 5L98A 5ENBA 5FE2A 5DW2A 5FE5A 4YC9A 5KTWA 5D0CA 3O37A 5BT5A 5TB6A 4MEOA 4YYKA 2OO1A 3MUKA 5F60A 5LJ2A 5F5ZA 5I86A 3QZTA 3LXJA 4HXRA 5C89A 2YDWA 5FH8A 4DONA 4N4IA 3HMFA 1F68A 4PCEA 5E0RA 5FE4A 2DATA 4HXMA 4NYXA 4MENA 4Q0NA 3UVXA 4NXJA 4QEUA 4N4FA 4O77A 5EVAA 5HQ7A 2DVSA 5AD2A 5IG6A 4TS8A 2R10A 4UIUA 5DFBA 5CQAA 4TQNA 3LQIA 4O7CA 5CUGA 3HMEA 4J0SA 5E9MA 5LKZA 4UIWA 4F3IA 4QR3A 5EPRA 5F63A 5FE3A 3RCWA 4A9HA 5CQ3A 4LYWA 4O70A 5BT3A 2RFJA 4YY4A 4YYIA 4NRBA 5G4SA 4YBTA 5A7CA 5EWHA 3O36A 3AADA 5D3LA 4BW1A 4UITA 5HQ6A 3DAIA 5LKXA 4NS5A 5D3TA 3HMHA 5I40A 4QYLA 3U5MA 4XUBA 2R0YA 3QZSA 4RVRA 5IGLA 5DKDA 4UIZA 4MEQA 5CQ6A 5E3DA 4OUFA 5TCMA 3UV2A 4TTEA 4A9KA 5AMFA 4YAXA 4NQMA 5CPEA 5HFRA 5CZGA 3U5KA 4YH3A 5FBXA 5D24A 5ENCA 4YYJA 5FFVA 4KCXA 4UIVA 3MB4A 5D3JA 2YEMA 4XY8A 5A5RA 5IGMA 5E9IA 5ETBA 5D3NA 4QYDA 4CFLA 5KO4A 3K2JA 2G4AA 5CQ7A 2RNYA 4YK0A 4O7BA 4TZ8A 5A81A 3P1EA 4A9IA 5HELA 4QC1A 4AKNA 4QEVA 4LZ2A 1JSPB 5EPBA 5DW1A 5D7XA 5A5SA 5IGKA 5H1VA 2E3KA 5EI4A 3LQHA 3NXBA 4YADA 5D25A 2NXBA 5AD3A 5FE8A 4QC3A 4YBMA 1N72A 3U5JA 3SVGA 2L84A 4HXOA 4MR4A 5DKCA 5LKUA 4ZC9A 3D7CA 4LC2A 5A5QA 5CQTA 1E6IA 4WIVA 5F2PA 5EA1A 4TT6A 5HQ5A 5E73A 4WHWA 5E9YA 5L8TA 2N9GA 5F36A 5I7YA 4CFKA 5ENJA 3P5OA 4A9JA 5C8GA 3MXFA 4NQNA 3U5NA 5ENHA 4Z6IA 5E74A 4NUCA 4NRAA 4NR5A 3ONIA 5LVRA 3IU6A 5E9LA 4UYHA 4TT4A 4O72A 2R0SA 4QSTA 4NR8A 3Q2EA 5I29A 4X2IA 5HLSA 5A85A 4NUDA 5DYXA 4Z6HA 3I3JA 4QNSA 4XYAA 5D3HA 5EICA 5KHMA 4QSWA 2DVVA 5C4QA 5I80A 2YYNA 5DFCA 2WP2A 2KTBB 4IR6A 4LYIA 5E9KA 5C85A 5F1LA 4A9EA 5FG6A 4O7AA 5AMEA 3UVDA 5L8UA 2OUOA 1X0JA 5FH6A 4BW3A 4LZSA 4UIXA 5D3SA 5I7XA 2YELA 5KU3A 2YW5A 4IR4A 4QR5A 5FE6A 4O75A 5A83A 5FG4A 3TLPA 5CU8A 5CP5A 4BHWA 4CURA 5HM0A 3P1DA 2I7KA 4QSXA 3O33A 4TZ2A 5D26A 4O71A 4MR6A 5DFDA 4YY6A 4ZQLA 3JVMA 2R0VA 4LRGA 5CQ5A 4HBYA 4QSRA 4XY9A 3FKMX 4A9OA 2D82A 4QSPA 4TYLA 3SVFA 5JI8A 4PKLA 2DKWA 4IORA 2RI7A 5I88A 4J1PA 4O7FA 5DX4A 5CGPA 4LZRA 2E7OA 5CY9A 5ACYA 5EK9A 5FB1A 2RNWA 5CUCA 4A9LA 1WUMA 2DVQA 1EQFA 5EV9A 4YBSA 4QR4A 5E7DA 5FH7A 5LJ1A 5H85A 3GG3A 5ENEA 4Q0OA 3MQMA 2LSPB 5HRWA 5LVQA 5CUBA 5ETDA 4NRCA 4YH4A 5CQ8A 5I83A 3U5LA 4PCIA 4NR9A 5KTXA 4ALHA 1WUGA 4O7EA 5EM3A 4NYWA 5EISA 4IOQA 5HRVA 5II2A 3SVHA 2DVRA 2H60A 5FFWA 3P1CA 5ENIA 4CUPA 4CL9A 5KTUA 4UYGA 5LUUA 5F62A 5IGNA 5LJ0A 2E7NA 4TT2A 5EWCA 3ZYUA 4UYFB 5DKHA 4HXPA 3IU5A 4CUUA 3S92A 3QZVA 5LKTA 5A5NA 5L97A 2RO1A 4UIYA 4YATA 4KV4A 4NUEA 2OSSA 3O35A 4QBMA 4UYEA 4QSQA 2YQDA 4ZW1A 4LYSA 4KV1A 4UYDA 4OGIA 3UVYA 4YABA 5BT4A 4NR6A 4NR7A 5C7NA 1JM4B 4TU6A 5CRZA 4YYNA 3JVKA 4HXKA 5FG5A 2MJVB 3S91A 5FE9A 5L96A 4YYMA 5G4RA 5HFQA 3U5OA 5ENGA 5CTLA 3UV4A 4J0RA 5CS8A 4ALGA 4Z1QA 5COIA 4C67A 5DLZA 4BJXA 4MR5A 5HEMA 4Z93A 5CFWA 5EQ1A 4NYVA 3UV5A 5C87A 5IBNA 5DYCA 3UVWA 5HENA 5H1TA 4LDFA 5CQ4A 4YYDA 4IR3A 4HBVA 4PS5A 3JVJA 4CUQA 4FLPA 5EGUA 4O76A 4QUUA 5CUAA 4BW4A 5H1UA 5FB0A 2F6NA 3JVLA 3MB3A 4QSUA 3O34A 5FE1A 3UW9A 5J0DA 5K29A 4QZSA 4QSVA 5CRMA 4QB3A 5EP7A 3G0LA 4WHUA 5DYAA 4YYHA 3P1FA 5A5OA 4QY4A 5FFYA 4A9MA 2RS9B 5F61A 2FSAA 4O78A 4HXNA 4QEWA 4QUTA 3MULA 4NR4A 5CUEA 2RNXA 2L85A 3AQAA 5E3GA 4HBWA 4TU4A 5EWWA 4CUTA 4C66A 3G0JA 5DY7A 4Z1SA 2GRCA 5IIDA 5D3PA 4XUAA 4CUSA 2YEKA 4MR3A 4LR6A 5DBMA 4N3WA 4IOOA 5E9VA 4PY6A 3Q2FA 3LJWA 4A9FA 2L5EA 5HCLA 5ENFA 5FDZA 5F3AA 5F25A 4YYGA 2DWWA 5EU1A 5II1A 4A9NA 2D9EA 5F1HA 3LQJA 4CLBA 4HXLA 5DYUA 4Y03A 5A5PA 4MEPA 3U5PA 4PTBA 5FE0A 1ZS5A 4GPJA 4N4HA 5D3RA 5EWDA 5A82A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5I89A 5DLXA 3DWYA 2F6JA 2I8NA 4AI6A 4E96A 4HXSA 5CUDA 5EWVA 4N4GA 4OGJA 4BW2A 5JWMA 4IR5A 5HJCA 5I1QA 5L99A 4J3IA 5HRXA 2WP1A 4HBXA 5FE7A 5EPSA 4QSSA 4O74A 4UYFA 5L98A 5ENBA 5FE2A 5DW2A 5FE5A 4YC9A 5KTWA 5D0CA 3O37A 5BT5A 5TB6A 4MEOA 4YYKA 2OO1A 3MUKA 5F60A 5LJ2A 5F5ZA 5I86A 3QZTA 3LXJA 4HXRA 5C89A 2YDWA 5FH8A 4DONA 4N4IA 3HMFA 1F68A 4PCEA 5E0RA 5FE4A 2DATA 4HXMA 4NYXA 4MENA 4Q0NA 3UVXA 4NXJA 4QEUA 4N4FA 4O77A 5EVAA 5HQ7A 2DVSA 5AD2A 5IG6A 4TS8A 2R10A 4UIUA 5DFBA 5CQAA 4TQNA 3LQIA 4O7CA 5CUGA 3HMEA 4J0SA 5E9MA 5LKZA 4UIWA 4F3IA 4QR3A 5EPRA 5F63A 5FE3A 3RCWA 4A9HA 5CQ3A 4LYWA 4O70A 5BT3A 2RFJA 4YY4A 4YYIA 4NRBA 5G4SA 4YBTA 5A7CA 5EWHA 3O36A 3AADA 5D3LA 4BW1A 4UITA 5HQ6A 3DAIA 5LKXA 4NS5A 1ZKRA 5D3TA 3HMHA 5I40A 4QYLA 3U5MA 4XUBA 2R0YA 3QZSA 4RVRA 5IGLA 5DKDA 4UIZA 4MEQA 5CQ6A 5E3DA 4OUFA 5TCMA 3UV2A 4TTEA 4A9KA 5AMFA 4YAXA 4NQMA 5CPEA 5HFRA 5CZGA 3U5KA 4YH3A 5FBXA 5D24A 5ENCA 4YYJA 5FFVA 4KCXA 4UIVA 3MB4A 5D3JA 2YEMA 4XY8A 5A5RA 5IGMA 5E9IA 5ETBA 5D3NA 4QYDA 4CFLA 5KO4A 3K2JA 2G4AA 5CQ7A 2RNYA 4YK0A 4O7BA 4TZ8A 5A81A 3P1EA 4A9IA 5HELA 4QC1A 4AKNA 4QEVA 4LZ2A 1JSPB 5EPBA 3D1DA 5DW1A 5D7XA 5A5SA 5IGKA 5H1VA 2E3KA 5EI4A 3LQHA 3NXBA 4YADA 5D25A 2NXBA 5AD3A 5FE8A 4QC3A 4YBMA 1N72A 3U5JA 3SVGA 2L84A 4HXOA 4MR4A 5DKCA 5LKUA 4ZC9A 3D7CA 4LC2A 5A5QA 5CQTA 1E6IA 4WIVA 5F2PA 5EA1A 4TT6A 5HQ5A 5E73A 4WHWA 5E9YA 5L8TA 2N9GA 5F36A 5I7YA 4CFKA 5ENJA 3P5OA 4A9JA 5C8GA 3MXFA 4NQNA 3U5NA 5ENHA 4Z6IA 5E74A 4NUCA 4NRAA 4NR5A 3ONIA 5LVRA 3IU6A 5E9LA 4UYHA 4TT4A 4O72A 2R0SA 4QSTA 4NR8A 3Q2EA 5I29A 4X2IA 5HLSA 5A85A 4NUDA 5DYXA 4Z6HA 3I3JA 4QNSA 4XYAA 5D3HA 5EICA 5KHMA 4QSWA 2DVVA 5C4QA 5I80A 2YYNA 5DFCA 2WP2A 2EJNA 2KTBB 4IR6A 4LYIA 5E9KA 5C85A 5F1LA 4A9EA 5FG6A 4O7AA 5AMEA 3UVDA 5L8UA 2OUOA 1X0JA 5FH6A 4BW3A 4LZSA 4UIXA 5D3SA 5I7XA 2YELA 5KU3A 2YW5A 4IR4A 4QR5A 5FE6A 4O75A 5A83A 5FG4A 3TLPA 4AKHA 5CU8A 5CP5A 4BHWA 4CURA 5HM0A 3P1DA 2I7KA 4QSXA 3O33A 4TZ2A 5D26A 4O71A 4MR6A 5DFDA 4YY6A 4ZQLA 3JVMA 2R0VA 4LRGA 5CQ5A 4HBYA 4QSRA 4XY9A 3FKMX 4A9OA 2D82A 4QSPA 4TYLA 3SVFA 5JI8A 4PKLA 2DKWA 4IORA 2RI7A 5I88A 4J1PA 4O7FA 5DX4A 5CGPA 4LZRA 2E7OA 5CY9A 5ACYA 5EK9A 5FB1A 2RNWA 5CUCA 4A9LA 1WUMA 2DVQA 1EQFA 5EV9A 4YBSA 4QR4A 5E7DA 5FH7A 5LJ1A 5H85A 3D1BA 3GG3A 5ENEA 4Q0OA 3MQMA 4AKIA 2LSPB 5HRWA 5LVQA 5CUBA 5ETDA 4NRCA 4YH4A 5CQ8A 5I83A 3U5LA 4PCIA 4NR9A 5KTXA 4ALHA 1WUGA 4O7EA 5EM3A 4NYWA 5EISA 4IOQA 5HRVA 5II2A 3SVHA 2DVRA 2H60A 5FFWA 3P1CA 5ENIA 4CUPA 4CL9A 5KTUA 4UYGA 5LUUA 5F62A 5IGNA 5LJ0A 2E7NA 4TT2A 5EWCA 3ZYUA 4UYFB 5DKHA 4HXPA 3IU5A 4CUUA 3S92A 3QZVA 5LKTA 5A5NA 5L97A 2RO1A 4UIYA 4YATA 4KV4A 4NUEA 2OSSA 3O35A 4QBMA 4UYEA 4QSQA 2YQDA 4ZW1A 4LYSA 4KV1A 4UYDA 4OGIA 3UVYA 4YABA 5BT4A 4NR6A 4NR7A 5C7NA 1JM4B 4TU6A 5CRZA 4YYNA 3JVKA 4HXKA 5FG5A 2MJVB 3S91A 5FE9A 5L96A 4YYMA 5G4RA 3VKHA 5HFQA 3U5OA 5ENGA 5CTLA 4AKGA 3UV4A 4J0RA 5CS8A 4ALGA 4Z1QA 3ERRA 5COIA 4C67A 5DLZA 4BJXA 4MR5A 5HEMA 4Z93A 5CFWA 5EQ1A 4NYVA 3UV5A 5C87A 5IBNA 5DYCA 3UVWA 5HENA 5H1TA 4LDFA 5CQ4A 4YYDA 4IR3A 4HBVA 4PS5A 3JVJA 4CUQA 4FLPA 5EGUA 4O76A 4QUUA 5CUAA 4BW4A 5H1UA 5FB0A 2F6NA 3JVLA 3MB3A 4QSUA 3O34A 5FE1A 3UW9A 5J0DA 5K29A 4QZSA 4QSVA 5CRMA 4QB3A 5EP7A 3G0LA 4WHUA 5DYAA 4YYHA 3P1FA 5A5OA 4QY4A 5FFYA 4A9MA 2RS9B 5F61A 2FSAA 4O78A 4HXNA 4QEWA 4QUTA 3MULA 4NR4A 5CUEA 2RNXA 2L85A 3AQAA 5E3GA 4HBWA 4TU4A 5EWWA 4CUTA 4C66A 3G0JA 5DY7A 4Z1SA 3VKGA 2GRCA 5IIDA 5D3PA 1PUOA 4XUAA 4CUSA 2YEKA 4MR3A 4LR6A 5DBMA 4N3WA 4IOOA 5E9VA 4PY6A 3Q2FA 3LJWA 4A9FA 2L5EA 5HCLA 5ENFA 5FDZA 5F3AA 5F25A 4YYGA 2DWWA 5EU1A 5II1A 4A9NA 2D9EA 5F1HA 3LQJA 4CLBA 4HXLA 5DYUA 4Y03A 5A5PA 4MEPA 3U5PA 4PTBA 5FE0A 1ZS5A 4GPJA 4N4HA 5D3RA 5EWDA 5A82A
chains in the Genus database with same CATH topology
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