5DYUA

Crystal structure of baz2b bromodomain in complex with fragment f39
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
116
structure length
116
Chain Sequence
SMSVKKPKRDDSKDLALCSMILTEMETHEDAWPFLLPVNLKLVPGYKKVIKKPMDFSTIREKLSSGQYPNLETFALDVRLVFDNCETFNEDDSDIGRAGHNMRKYFEKKWTDTFKV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transcription
molecule keywords Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B
publication title High-Throughput Fragment Docking into the BAZ2B Bromodomain: Efficient in Silico Screening for X-Ray Crystallography.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 40
structure length 116
sequence length 116
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-09-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5dyuA00
4NR4A 5CQ5A 4CUUA 5CUBA 2L5EA 3UVYA 4O70A 4Z6IA 5FB0A 4LRGA 5A5NA 5CUGA 4IORA 5FDZA 4O7CA 5COIA 5H1VA 5ENCA 5HCLA 4IOQA 1JM4B 3U5JA 4LR6A 4HXSA 5CGPA 4Z1SA 5CUCA 4YC9A 5A85A 5HELA 5HJCA 4YBTA 2RFJA 5DLZA 4QYLA 5CFWA 4A9MA 5DFDA 4CL9A 5E0RA 5FE8A 5LKXA 4YH4A 3JVLA 4QSQA 4RVRA 3HMFA 4CFLA 3G0LA 5EICA 5CQTA 5I83A 4A9EA 4IR3A 2R10A 5D3HA 4J3IA 5FG4A 1X0JA 4XY9A 5FB1A 1JSPB 4MENA 5CZGA 3JVMA 5EWDA 1ZS5A 4HXOA 3LXJA 5DBMA 4HBXA 4NUEA 4QSRA 3IU6A 3O37A 2RNWA 4UIXA 4LYSA 5A82A 4MEOA 5TB6A 5C87A 5KU3A 2D9EA 3DAIA 4CUQA 5IIDA 5E73A 4O72A 4QSVA 2FSAA 5E9KA 3RCWA 2YQDA 3NXBA 5IBNA 2OUOA 4J0SA 2DVQA 5L99A 5F61A 4MR6A 4UIVA 5CQ4A 5DYCA 4BW2A 5AMEA 4QNSA 4AKNA 4QSUA 4BHWA 4NYWA 4ALHA 4XY8A 4WIVA 2YEKA 4A9JA 5D24A 4A9LA 4E96A 4CLBA 3FKMX 3LQIA 3P1EA 5ACYA 5DY7A 4TU4A 5HFRA 4NR9A 4UYHA 5FE6A 5EPBA 4Z93A 2DVVA 5F5ZA 4TZ8A 4A9FA 3U5OA 5F60A 5D3PA 4PS5A 4XUBA 3UV4A 2DVRA 4HXNA 5FG5A 5FE5A 5BT3A 4KV1A 4YYHA 4J0RA 5EWCA 3MUKA 5D3RA 5FH7A 5AD3A 4BW1A 4MEQA 5C89A 3O36A 4QC3A 4YYIA 5F25A 4QSSA 4YYGA 4OGIA 4NRAA 5EPSA 2NXBA 4NUDA 4KV4A 5DFBA 4TZ2A 5A7CA 5L97A 4Q0NA 5BT4A 5L8UA 5I86A 5CU8A 5E9IA 4O75A 5H1UA 5ENBA 2RNYA 4O7EA 4NRCA 5E9VA 5FH8A 4BW3A 5C4QA 5L8TA 4A9KA 5DYAA 5HRVA 5IGLA 5ETBA 3P1FA 4O71A 1WUMA 5ENFA 5KTXA 5DYXA 4A9NA 5AD2A 3LJWA 5E3GA 4NR5A 5HQ5A 5BT5A 3AADA 5DKHA 4XYAA 4NR8A 5ENIA 5DX4A 4QSTA 4ZQLA 5CQ7A 5A5RA 4PKLA 5IGNA 5D7XA 5HLSA 5FFYA 4HXRA 3O35A 5C85A 2LSPB 2I7KA 4UIZA 5EGUA 4Q0OA 5EM3A 5EK9A 3HMHA 3TLPA 4YATA 4DONA 3UV2A 4O74A 3U5NA 4YYDA 2I8NA 3S92A 2RO1A 4LZSA 5FFWA 4YYKA 4TYLA 5DFCA 4C66A 4NUCA 2R0YA 4HXLA 5LKUA 3MB4A 5D26A 5A5OA 5D3NA 5E74A 4Z6HA 3QZVA 3UVWA 4O7AA 4QR4A 3K2JA 2DKWA 2RI7A 5II1A 3O34A 5LUUA 5FH6A 5IGMA 3SVHA 4PTBA 5HFQA 4LYWA 4NYVA 5I7XA 4MR5A 4QB3A 5EVAA 4QR3A 5H85A 4YH3A 3U5PA 4O7FA 4UYGA 4YAXA 4QSPA 4N3WA 5CUAA 5D3TA 4NS5A 5IGKA 4PCEA 4X2IA 5FE4A 5HEMA 4NXJA 5H1TA 3IU5A 4C67A 4LDFA 5LKZA 3MULA 4O7BA 5CQAA 4QEUA 5ENJA 5FE0A 4KCXA 4YABA 1F68A 5JWMA 5KTWA 5CRMA 2R0SA 5HENA 4O78A 5DLXA 3JVJA 5A83A 5ENEA 4YADA 3ONIA 3MQMA 5DW1A 3U5KA 5LJ0A 5FE3A 4F3IA 5EISA 4CUSA 5F1HA 4YBMA 5FE1A 4MR4A 4A9OA 2F6JA 5CUDA 5CS8A 5AMFA 4FLPA 5ENHA 4TT6A 5EA1A 5I29A 3HMEA 3LQHA 3AQAA 2MJVB 5I80A 4QYDA 4A9IA 4UIUA 4BJXA 4QUTA 5FE9A 5LVRA 5L96A 3DWYA 3UVDA 5EWVA 3ZYUA 4HBWA 4QZSA 4CUTA 4N4HA 5IG6A 5EU1A 3UV5A 3P1CA 5DW2A 3S91A 5EV9A 5I1QA 2H60A 2R0VA 4N4FA 4UYDA 2WP1A 4YYJA 5I40A 4QR5A 4IR6A 5I88A 5L98A 4CFKA 2WP2A 1N72A 5FE7A 3MXFA 2E7NA 5F2PA 4QEVA 4PY6A 5HQ6A 2YELA 4NR7A 5FG6A 4NR6A 5D25A 3JVKA 1E6IA 5EWHA 4NRBA 4Y03A 2RS9B 5F1LA 5ENGA 4NQNA 5KHMA 4A9HA 4LYIA 4YY6A 4OUFA 4UIWA 5II2A 5CTLA 5E9MA 1WUGA 3P1DA 5LVQA 4QBMA 2DATA 5D0CA 4LZ2A 4ZW1A 1EQFA 3I3JA 5F36A 5CUEA 4TQNA 4BW4A 4IR5A 4UYFA 5CY9A 5LJ1A 4ZC9A 5FBXA 3SVFA 5C8GA 4NYXA 5JI8A 2YEMA 4IR4A 4HXMA 4QSWA 5CPEA 4IOOA 3U5LA 4N4GA 3QZTA 4O76A 4N4IA 5DKDA 2YYNA 4TTEA 3QZSA 2OO1A 5TCMA 4OGJA 2G4AA 5FFVA 5D3JA 5G4RA 5KTUA 5CP5A 2OSSA 4J1PA 3P5OA 5CQ3A 2D82A 2YDWA 2E3KA 4XUAA 2KTBB 5CQ6A 5A5SA 4QSXA 4TS8A 4ALGA 5A5PA 5F3AA 4Z1QA 5EPRA 3SVGA 4UYEA 3G0JA 2DVSA 2L84A 3Q2EA 4HXPA 5CRZA 4MEPA 2RNXA 4YYNA 4CURA 5EI4A 4QC1A 5K29A 4WHUA 5A5QA 5C7NA 5HM0A 4GPJA 5E9LA 4PCIA 5A81A 5E3DA 3U5MA 3GG3A 4HBYA 4QY4A 5HRWA 5DYUA 3LQJA 4YY4A 2N9GA 4QUUA 5G4SA 3O33A 5CQ8A 3MB3A 5F63A 3Q2FA 5EQ1A 4HBVA 4YK0A 5DKCA 5FE2A 5LKTA 5EWWA 4HXKA 4TT4A 5E9YA 5EP7A 3UW9A 4TU6A 4UITA 2F6NA 4QEWA 3UVXA 5E7DA 5KO4A 5HQ7A 4YBSA 5HRXA 2GRCA 5J0DA 4WHWA 3D7CA 5D3SA 4MR3A 5D3LA 2E7OA 4NQMA 2YW5A 4LZRA 4LC2A 4CUPA 5ETDA 4YYMA 5I89A 4O77A 2DWWA 4TT2A 4UIYA 5LJ2A 5F62A 4UYFB 5I7YA 2L85A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NR4A 5CQ5A 4CUUA 5CUBA 2L5EA 3UVYA 4O70A 4Z6IA 5FB0A 4LRGA 5A5NA 5CUGA 4IORA 5FDZA 4O7CA 5COIA 5H1VA 5ENCA 3VKHA 5HCLA 4IOQA 1JM4B 3U5JA 4LR6A 4HXSA 5CGPA 4Z1SA 5CUCA 4YC9A 5A85A 5HELA 5HJCA 4YBTA 2RFJA 5DLZA 4QYLA 4AKIA 5CFWA 4A9MA 5DFDA 4CL9A 5E0RA 5FE8A 5LKXA 4YH4A 3JVLA 4QSQA 4RVRA 3HMFA 4CFLA 3G0LA 5EICA 5CQTA 5I83A 4A9EA 4IR3A 2R10A 5D3HA 4J3IA 5FG4A 1X0JA 4XY9A 5FB1A 1JSPB 4MENA 5CZGA 3JVMA 5EWDA 1ZS5A 4HXOA 3LXJA 5DBMA 4HBXA 4NUEA 4QSRA 3IU6A 3O37A 2RNWA 4UIXA 4LYSA 5A82A 4MEOA 5TB6A 5C87A 5KU3A 2D9EA 3DAIA 4CUQA 5IIDA 5E73A 4O72A 4QSVA 2FSAA 5E9KA 3RCWA 2YQDA 3NXBA 5IBNA 2OUOA 4J0SA 2DVQA 5L99A 5F61A 4MR6A 4UIVA 5CQ4A 5DYCA 4BW2A 5AMEA 4QNSA 4AKNA 4QSUA 4BHWA 4NYWA 4ALHA 4XY8A 4WIVA 2YEKA 4A9JA 5D24A 4A9LA 4E96A 4CLBA 3FKMX 3LQIA 3P1EA 5ACYA 5DY7A 4TU4A 5HFRA 4NR9A 4UYHA 5FE6A 5EPBA 4Z93A 2DVVA 5F5ZA 4TZ8A 4A9FA 3U5OA 5F60A 5D3PA 4PS5A 4XUBA 3UV4A 2DVRA 4HXNA 5FG5A 5FE5A 5BT3A 4KV1A 4YYHA 4J0RA 5EWCA 3MUKA 5D3RA 5FH7A 5AD3A 4BW1A 4MEQA 5C89A 3O36A 3D1DA 4QC3A 4YYIA 5F25A 4QSSA 4YYGA 4OGIA 4NRAA 5EPSA 2NXBA 4NUDA 4KV4A 5DFBA 4TZ2A 5A7CA 5L97A 4Q0NA 5BT4A 5L8UA 5I86A 5CU8A 5E9IA 4O75A 5H1UA 5ENBA 2RNYA 4O7EA 4NRCA 5E9VA 5FH8A 4BW3A 5C4QA 5L8TA 4A9KA 5DYAA 5HRVA 5IGLA 5ETBA 3P1FA 4O71A 1WUMA 5ENFA 5KTXA 5DYXA 4A9NA 5AD2A 3LJWA 5E3GA 4NR5A 5HQ5A 5BT5A 3AADA 5DKHA 4XYAA 4NR8A 5ENIA 5DX4A 4QSTA 4ZQLA 5CQ7A 5A5RA 4PKLA 5IGNA 5D7XA 5HLSA 5FFYA 4HXRA 3O35A 5C85A 2LSPB 2I7KA 4UIZA 5EGUA 4Q0OA 5EM3A 5EK9A 3HMHA 4AKGA 3TLPA 2EJNA 4YATA 3D1BA 3UV2A 4DONA 4O74A 3U5NA 4YYDA 2I8NA 3S92A 2RO1A 4LZSA 5FFWA 4YYKA 4TYLA 5DFCA 4C66A 4NUCA 2R0YA 4HXLA 5LKUA 3MB4A 5D26A 5A5OA 5D3NA 5E74A 4Z6HA 3QZVA 3UVWA 4O7AA 4QR4A 3K2JA 2DKWA 2RI7A 5II1A 3O34A 5LUUA 5FH6A 5IGMA 3SVHA 4PTBA 5HFQA 4LYWA 4NYVA 5I7XA 4MR5A 4QB3A 5EVAA 4QR3A 5H85A 4YH3A 3U5PA 4O7FA 4UYGA 4YAXA 4QSPA 4AKHA 4N3WA 5CUAA 5D3TA 4NS5A 5IGKA 4PCEA 4X2IA 5FE4A 5HEMA 4NXJA 5H1TA 3IU5A 4C67A 4LDFA 5LKZA 3MULA 4O7BA 5CQAA 4QEUA 5ENJA 5FE0A 4KCXA 4YABA 1F68A 5JWMA 5KTWA 5CRMA 2R0SA 5HENA 4O78A 5DLXA 3JVJA 5A83A 5ENEA 4YADA 3VKGA 3ONIA 3MQMA 5DW1A 3U5KA 5LJ0A 5FE3A 4F3IA 5EISA 4CUSA 5F1HA 4YBMA 5FE1A 4MR4A 4A9OA 2F6JA 5CUDA 5CS8A 5AMFA 4FLPA 5ENHA 4TT6A 5EA1A 5I29A 3HMEA 3LQHA 3AQAA 2MJVB 5I80A 4QYDA 4A9IA 4UIUA 4BJXA 4QUTA 5FE9A 5LVRA 5L96A 3DWYA 3UVDA 5EWVA 3ZYUA 4HBWA 4QZSA 4CUTA 4N4HA 5IG6A 5EU1A 3UV5A 3P1CA 5DW2A 3S91A 5EV9A 5I1QA 2H60A 2R0VA 4N4FA 4UYDA 2WP1A 4YYJA 5I40A 4QR5A 4IR6A 5I88A 5L98A 4CFKA 2WP2A 1N72A 5FE7A 3MXFA 2E7NA 5F2PA 4QEVA 4PY6A 5HQ6A 2YELA 4NR7A 5FG6A 4NR6A 5D25A 3JVKA 1E6IA 5EWHA 4NRBA 4Y03A 2RS9B 5F1LA 5ENGA 4NQNA 5KHMA 1ZKRA 4A9HA 4LYIA 4YY6A 4OUFA 4UIWA 5II2A 5CTLA 5E9MA 1WUGA 3P1DA 5LVQA 4QBMA 2DATA 5D0CA 4LZ2A 4ZW1A 1EQFA 3I3JA 5F36A 5CUEA 4TQNA 4BW4A 4IR5A 4UYFA 5CY9A 5LJ1A 4ZC9A 5FBXA 3SVFA 5C8GA 4NYXA 5JI8A 2YEMA 4IR4A 4HXMA 4QSWA 5CPEA 4IOOA 3U5LA 4N4GA 3QZTA 4O76A 4N4IA 5DKDA 2YYNA 4TTEA 3QZSA 2OO1A 5TCMA 4OGJA 2G4AA 5FFVA 5D3JA 5G4RA 5KTUA 5CP5A 2OSSA 4J1PA 3P5OA 4AI6A 5CQ3A 2D82A 2YDWA 2E3KA 4XUAA 2KTBB 5CQ6A 5A5SA 4QSXA 4TS8A 4ALGA 5A5PA 5F3AA 4Z1QA 5EPRA 3SVGA 4UYEA 3G0JA 2DVSA 2L84A 3Q2EA 4HXPA 5CRZA 4MEPA 2RNXA 4YYNA 4CURA 5EI4A 4QC1A 5K29A 4WHUA 5A5QA 5C7NA 5HM0A 4GPJA 5E9LA 4PCIA 5A81A 5E3DA 3U5MA 3GG3A 4HBYA 4QY4A 5HRWA 5DYUA 3LQJA 4YY4A 2N9GA 4QUUA 5G4SA 3O33A 5CQ8A 3MB3A 5F63A 3Q2FA 5EQ1A 4HBVA 4YK0A 5DKCA 5FE2A 5LKTA 5EWWA 4HXKA 4TT4A 5E9YA 5EP7A 1PUOA 3UW9A 4TU6A 4UITA 2F6NA 4QEWA 3UVXA 5E7DA 5KO4A 5HQ7A 4YBSA 5HRXA 2GRCA 5J0DA 4WHWA 3D7CA 5D3SA 4MR3A 5D3LA 2E7OA 4NQMA 2YW5A 4LZRA 4LC2A 4CUPA 5ETDA 4YYMA 5I89A 4O77A 2DWWA 4TT2A 4UIYA 5LJ2A 3ERRA 5F62A 4UYFB 5I7YA 2L85A
chains in the Genus database with same CATH topology
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