4IOOA

Crystal structure of the first bromodomain of brd4 in complex with n-methyltrimethylacetamide
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
126
structure length
126
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Dna binding protein
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Different orientations of low-molecular-weight fragments in the binding pocket of a BRD4 bromodomain.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 45
structure length 126
sequence length 126
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-01-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4iooA01
5FE7A 3P1DA 3AADA 5I88A 5AMEA 3U5PA 5D26A 5I80A 2RFJA 5DW1A 5FFYA 4NR5A 2I7KA 4HXOA 5HQ7A 3P5OA 5D3HA 2YEMA 4QSPA 5E0RA 4ALHA 4YY4A 2E3KA 3U5OA 4QR5A 5I29A 2DVSA 4YYKA 2YDWA 4YK0A 4YABA 5DLXA 3UVDA 4YY6A 4IR6A 4O7BA 4UYFA 3UVWA 4J0SA 5G4SA 4LZRA 4QNSA 4NYWA 4O72A 4TZ8A 3LQHA 5F60A 5H1VA 5CQ6A 5CQ8A 5HCLA 4QZSA 3GG3A 5KU3A 5LKUA 3JVLA 2D82A 4PS5A 4NR8A 5L96A 5D3SA 4O7EA 4A9IA 4CFKA 4XUAA 4Z6IA 4QUTA 3HMHA 5CUEA 5C7NA 2RNXA 2R10A 4HXPA 4PCEA 4Q0NA 3UVYA 4NRCA 4TS8A 4NR7A 5HENA 1X0JA 5CUCA 2RNWA 5CTLA 5HRXA 3MXFA 5DKCA 4HXLA 4CL9A 4Z6HA 4RVRA 5FG5A 4YYNA 4QYLA 4O77A 5EI4A 5CUDA 4CUTA 4QSRA 4YBSA 5HLSA 3U5KA 3HMFA 5EV9A 4J3IA 5IGKA 5DYCA 5IIDA 2OO1A 3O33A 3P1FA 5E9MA 5L8UA 3NXBA 5H85A 4A9FA 5C85A 2RS9B 4LYWA 5DYXA 2YW5A 4LYSA 4ALGA 3O36A 4NUCA 4YYGA 3U5JA 5HELA 5LKTA 4N4IA 5HRWA 4WIVA 5KO4A 4N4GA 4YATA 3G0JA 4QBMA 2GRCA 5I89A 4NUEA 5DFDA 5ENJA 5HJCA 2L5EA 3S91A 4A9HA 5DFBA 5II2A 4LYIA 4HBYA 5FG6A 3MULA 4UITA 2WP2A 4LR6A 5A5OA 2L84A 4NRBA 4HXSA 4YYHA 5ETDA 3Q2FA 2E7NA 3G0LA 3O37A 4A9NA 4ZQLA 4HBXA 4IR5A 4YH4A 5EU1A 4HBVA 3I3JA 4NYXA 5EQ1A 3SVHA 2RO1A 3IU5A 2DWWA 2R0VA 5ETBA 5F61A 4AKNA 3LXJA 4N4HA 5F2PA 4MR4A 4UYHA 4DONA 4OGJA 4O74A 5ENCA 5KTWA 5CQ5A 4C67A 3P1CA 4TT6A 5FH8A 5DY7A 5I83A 4PTBA 4O7FA 4YYIA 5E9KA 5JI8A 5CP5A 4UIZA 4CURA 5D3LA 4QSSA 4IR3A 5FE4A 2DKWA 4O76A 5HRVA 5BT3A 5EICA 5FB1A 5E9VA 3MB3A 5FG4A 5HFRA 3UV4A 5EPSA 3QZVA 4O70A 5FE2A 4MEQA 5ENGA 3JVJA 4YH3A 3SVGA 3TLPA 4A9LA 4CUUA 4OUFA 5CUAA 4QC3A 5D3RA 2RI7A 4F3IA 5FE5A 4QR3A 3DWYA 5I1QA 5C87A 5J0DA 4Q0OA 4HXKA 4TU6A 4PY6A 4MEPA 5L99A 5EK9A 4OGIA 4XY9A 4BW3A 4TQNA 5HQ6A 4Z93A 4NUDA 4WHUA 5E9LA 3JVMA 4Z1QA 5A7CA 5EWDA 5L98A 5H1UA 5H1TA 5CGPA 4QR4A 4J0RA 4YAXA 3UV2A 3O35A 4GPJA 4QSUA 2YELA 5ENHA 4NQMA 5E9YA 4TU4A 4NRAA 4PCIA 4PKLA 4NXJA 4CLBA 4BW1A 3MB4A 4J1PA 5EPRA 5LUUA 4NR9A 4QSVA 5FE0A 4QSWA 4ZC9A 5CFWA 5I7XA 4CUQA 4XY8A 4O7AA 4YADA 4TZ2A 5JWMA 5E74A 4YBMA 4QB3A 3IU6A 4O71A 2OUOA 3UVXA 5EM3A 3HMEA 4UYGA 4O7CA 4TT2A 4BJXA 4A9JA 5CQTA 3ONIA 5I40A 4MENA 5EWVA 5ENIA 2I8NA 5D0CA 4WHWA 5FB0A 5AMFA 4UIYA 5LJ0A 4NQNA 3LQIA 3S92A 3P1EA 2F6NA 2N9GA 2D9EA 5C4QA 4LRGA 4N3WA 3U5NA 5KTXA 4QSXA 4O75A 4NR4A 4XYAA 4BHWA 5FFWA 1JM4B 2RNYA 4QEUA 5CU8A 2E7OA 4A9KA 4QEWA 3MQMA 5EWWA 5CQ3A 5FE8A 5F63A 5CUBA 2H60A 4BW2A 5EGUA 5EA1A 5L97A 4CUPA 5LJ2A 4O78A 5TB6A 4XUBA 4A9OA 5ACYA 4YYMA 3AQAA 1F68A 5EWCA 5HFQA 5F1LA 4A9EA 2F6JA 5D7XA 4IORA 4NR6A 5AD2A 4Y03A 5F62A 5A82A 1ZS5A 4A9MA 4UIWA 3LQJA 5CRMA 5LKZA 5CQAA 4QY4A 5FE6A 5D3PA 5I7YA 3ZYUA 4KV4A 5FBXA 5IGNA 4KCXA 5CPEA 5D25A 5IGMA 4LZSA 2YEKA 3SVFA 4LC2A 3FKMX 4BW4A 1WUGA 4UIUA 4C66A 5DKDA 5DX4A 4UYDA 2L85A 3O34A 5COIA 5E9IA 4YC9A 4E96A 5CS8A 2YYNA 4TTEA 4UYEA 2LSPB 5DFCA 5HM0A 5CUGA 5D24A 2FSAA 4KV1A 5F36A 3DAIA 1E6IA 5EISA 5ENBA 4ZW1A 4NYVA 2R0SA 5EPBA 3UW9A 5LVQA 4YBTA 2MJVB 3UV5A 3QZSA 2DVVA 2KTBB 5CRZA 4NS5A 5I86A 4UIVA 4QSQA 5A5QA 5IBNA 5FDZA 4HXNA 4QSTA 5E3DA 5DLZA 5DBMA 5KTUA 5EWHA 5E7DA 3D7CA 4UYFB 5CZGA 4YYJA 4IR4A 4MEOA 5E73A 5CQ7A 2G4AA 5TCMA 5IG6A 4QC1A 5FFVA 4LDFA 4HXMA 2DATA 5HQ5A 2R0YA 3RCWA 4MR6A 4TYLA 2WP1A 5E3GA 4IOOA 5D3TA 5FH6A 5BT5A 5A81A 5ENEA 5C89A 4FLPA 5DW2A 1EQFA 5D3JA 5A5SA 4CFLA 5A83A 4HBWA 5KHMA 5CQ4A 5LVRA 1WUMA 3QZTA 2DVRA 5K29A 4IOQA 5LJ1A 5FE1A 5D3NA 5A5NA 5FH7A 2DVQA 4LZ2A 5ENFA 5LKXA 3U5MA 5F3AA 5DKHA 5FE3A 4CUSA 5BT4A 5F5ZA 3MUKA 5F1HA 5II1A 2NXBA 5A85A 2YQDA 3JVKA 4QEVA 4YYDA 5EP7A 4MR3A 5A5PA 4TT4A 5C8GA 5F25A 4N4FA 5G4RA 1JSPB 5AD3A 5DYAA 4QUUA 5L8TA 4HXRA 3LJWA 4QYDA 3K2JA 5EVAA 1N72A 5CY9A 4X2IA 4UIXA 5A5RA 5HEMA 5IGLA 3Q2EA 5FE9A 5DYUA 4MR5A 2OSSA 3U5LA 4Z1SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5FE7A 3P1DA 3AADA 5I88A 5AMEA 3U5PA 5D26A 5I80A 2RFJA 5DW1A 5FFYA 4NR5A 2I7KA 4HXOA 5HQ7A 3P5OA 5D3HA 2YEMA 4QSPA 5E0RA 4ALHA 4YY4A 2E3KA 3U5OA 4QR5A 5I29A 2DVSA 4YYKA 2YDWA 4YK0A 4YABA 5DLXA 3UVDA 4YY6A 4IR6A 4O7BA 4UYFA 3UVWA 4J0SA 5G4SA 4LZRA 4QNSA 4NYWA 4O72A 4TZ8A 3LQHA 5F60A 5H1VA 5CQ6A 5CQ8A 5HCLA 4QZSA 3GG3A 5KU3A 5LKUA 3JVLA 2D82A 4PS5A 4NR8A 5L96A 5D3SA 4O7EA 4A9IA 4CFKA 4XUAA 4Z6IA 4QUTA 3HMHA 5CUEA 5C7NA 2RNXA 2R10A 4HXPA 4PCEA 4Q0NA 3UVYA 4NRCA 4TS8A 4NR7A 5HENA 1X0JA 5CUCA 2RNWA 5CTLA 5HRXA 3MXFA 5DKCA 4HXLA 4CL9A 4Z6HA 4RVRA 5FG5A 4YYNA 4QYLA 4O77A 5EI4A 5CUDA 4CUTA 4QSRA 4YBSA 5HLSA 3U5KA 3HMFA 5EV9A 4J3IA 5IGKA 5DYCA 5IIDA 2OO1A 3O33A 3P1FA 5E9MA 5L8UA 3NXBA 5H85A 4A9FA 5C85A 2RS9B 4LYWA 5DYXA 2YW5A 4LYSA 4ALGA 3O36A 4NUCA 4YYGA 3U5JA 5HELA 5LKTA 4N4IA 5HRWA 4WIVA 5KO4A 4N4GA 4YATA 3G0JA 4QBMA 2GRCA 5I89A 4NUEA 5DFDA 5ENJA 5HJCA 2L5EA 3S91A 4A9HA 5DFBA 5II2A 4AI6A 4LYIA 4HBYA 5FG6A 3MULA 4UITA 2WP2A 4LR6A 5A5OA 2L84A 4NRBA 4HXSA 4YYHA 5ETDA 3Q2FA 2E7NA 3G0LA 3O37A 4A9NA 4ZQLA 4HBXA 4IR5A 4YH4A 5EU1A 2EJNA 4HBVA 3I3JA 4NYXA 5EQ1A 3SVHA 2RO1A 3IU5A 2DWWA 2R0VA 5ETBA 5F61A 4AKNA 3LXJA 4N4HA 5F2PA 4MR4A 4UYHA 4DONA 4OGJA 4O74A 5ENCA 5KTWA 5CQ5A 4C67A 3P1CA 4TT6A 5FH8A 5DY7A 5I83A 4PTBA 4O7FA 4YYIA 5E9KA 5JI8A 5CP5A 4UIZA 4CURA 5D3LA 4QSSA 4IR3A 5FE4A 2DKWA 4O76A 5HRVA 5BT3A 3D1DA 1PUOA 5EICA 5FB1A 5E9VA 3MB3A 5FG4A 5HFRA 3UV4A 5EPSA 3QZVA 4O70A 5FE2A 4MEQA 5ENGA 3JVJA 4YH3A 3SVGA 3TLPA 4A9LA 4CUUA 4OUFA 5CUAA 4QC3A 5D3RA 2RI7A 4F3IA 5FE5A 4QR3A 3DWYA 5I1QA 5C87A 5J0DA 4Q0OA 4HXKA 4TU6A 4PY6A 4MEPA 5L99A 5EK9A 4OGIA 4XY9A 4BW3A 4TQNA 5HQ6A 4Z93A 4NUDA 4WHUA 5E9LA 3JVMA 4Z1QA 5A7CA 5EWDA 5L98A 5H1UA 5H1TA 5CGPA 4QR4A 4J0RA 4YAXA 3UV2A 3O35A 4GPJA 4QSUA 2YELA 5ENHA 4NQMA 5E9YA 4TU4A 4NRAA 4PCIA 4PKLA 4NXJA 4CLBA 4BW1A 3MB4A 4J1PA 5EPRA 5LUUA 4NR9A 4QSVA 5FE0A 4QSWA 4ZC9A 5CFWA 5I7XA 4CUQA 4XY8A 4O7AA 4YADA 4TZ2A 5JWMA 5E74A 4YBMA 4QB3A 3IU6A 4O71A 2OUOA 3UVXA 5EM3A 3HMEA 4UYGA 4O7CA 4TT2A 4BJXA 4A9JA 5CQTA 3ONIA 5I40A 4MENA 5EWVA 5ENIA 2I8NA 5D0CA 4WHWA 5FB0A 5AMFA 4UIYA 3D1BA 5LJ0A 4NQNA 3LQIA 3S92A 3P1EA 3VKHA 2F6NA 2N9GA 2D9EA 5C4QA 4LRGA 4N3WA 3U5NA 5KTXA 4QSXA 4O75A 4NR4A 4XYAA 4BHWA 5FFWA 1JM4B 2RNYA 4QEUA 5CU8A 2E7OA 4A9KA 4QEWA 3MQMA 5EWWA 5CQ3A 5FE8A 5F63A 5CUBA 2H60A 4BW2A 5EGUA 5EA1A 5L97A 4CUPA 5LJ2A 4O78A 5TB6A 4XUBA 4A9OA 5ACYA 4YYMA 3AQAA 1F68A 5EWCA 5HFQA 5F1LA 4A9EA 2F6JA 5D7XA 4IORA 4NR6A 5AD2A 4Y03A 5F62A 5A82A 4AKGA 1ZS5A 4A9MA 4UIWA 3LQJA 5CRMA 5LKZA 5CQAA 4QY4A 5FE6A 5D3PA 5I7YA 3ZYUA 4KV4A 5FBXA 5IGNA 4KCXA 5CPEA 5D25A 5IGMA 4LZSA 2YEKA 3SVFA 4LC2A 3FKMX 4BW4A 1WUGA 4UIUA 4C66A 5DKDA 5DX4A 4UYDA 2L85A 3O34A 5COIA 4AKIA 4AKHA 5E9IA 4YC9A 4E96A 5CS8A 3ERRA 2YYNA 4TTEA 4UYEA 2LSPB 5DFCA 5HM0A 5CUGA 5D24A 2FSAA 4KV1A 5F36A 3DAIA 1E6IA 5EISA 5ENBA 4ZW1A 4NYVA 2R0SA 5EPBA 3UW9A 1ZKRA 4YBTA 5LVQA 2MJVB 3UV5A 3QZSA 2DVVA 2KTBB 5CRZA 4NS5A 5I86A 4UIVA 4QSQA 5A5QA 5IBNA 5FDZA 4HXNA 4QSTA 5E3DA 5DLZA 5DBMA 5KTUA 5EWHA 5E7DA 3D7CA 4UYFB 5CZGA 4YYJA 4IR4A 4MEOA 5E73A 5CQ7A 2G4AA 5TCMA 5IG6A 4QC1A 5FFVA 4LDFA 4HXMA 2DATA 5HQ5A 2R0YA 3RCWA 4MR6A 4TYLA 2WP1A 5E3GA 4IOOA 5D3TA 5FH6A 5BT5A 5A81A 5ENEA 5C89A 4FLPA 5DW2A 1EQFA 5D3JA 5A5SA 4CFLA 5A83A 4HBWA 5KHMA 5CQ4A 5LVRA 1WUMA 3QZTA 2DVRA 3VKGA 5K29A 4IOQA 5LJ1A 5FE1A 5D3NA 5A5NA 5FH7A 2DVQA 4LZ2A 5ENFA 5LKXA 3U5MA 5F3AA 5DKHA 5FE3A 4CUSA 5BT4A 5F5ZA 3MUKA 5F1HA 5II1A 2NXBA 5A85A 2YQDA 3JVKA 4QEVA 4YYDA 5EP7A 4MR3A 5A5PA 4TT4A 5C8GA 5F25A 4N4FA 5G4RA 1JSPB 5AD3A 5DYAA 4QUUA 5L8TA 4HXRA 3LJWA 4QYDA 3K2JA 5EVAA 1N72A 5CY9A 4X2IA 4UIXA 5A5RA 5HEMA 5IGLA 3Q2EA 5FE9A 5DYUA 4MR5A 2OSSA 3U5LA 4Z1SA
chains in the Genus database with same CATH topology
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 5FE7 A;  3P1D A;  3AAD A;  5I88 A;  5AME A;  3U5P A;  5D26 A;  5I80 A;  2RFJ A;  5DW1 A;  5FFY A;  4NR5 A;  2I7K A;  4HXO A;  5HQ7 A;  3P5O A;  5D3H A;  2YEM A;  4QSP A;  5E0R A;  4ALH A;  4YY4 A;  2E3K A;  3U5O A;  4QR5 A;  5I29 A;  2DVS A;  4YYK A;  2YDW A;  4YK0 A;  4YAB A;  5DLX A;  3UVD A;  4YY6 A;  4IR6 A;  4O7B A;  4UYF A;  3UVW A;  4J0S A;  5G4S A;  4LZR A;  4QNS A;  4NYW A;  4O72 A;  4TZ8 A;  3LQH A;  5F60 A;  5H1V A;  5CQ6 A;  5CQ8 A;  5HCL A;  4QZS A;  3GG3 A;  5KU3 A;  5LKU A;  3JVL A;  2D82 A;  4PS5 A;  4NR8 A;  5L96 A;  5D3S A;  4O7E A;  4A9I A;  4CFK A;  4XUA A;  4Z6I A;  4QUT A;  3HMH A;  5CUE A;  5C7N A;  2RNX A;  2R10 A;  4HXP A;  4PCE A;  4Q0N A;  3UVY A;  4NRC A;  4TS8 A;  4NR7 A;  5HEN A;  1X0J A;  5CUC A;  2RNW A;  5CTL A;  5HRX A;  3MXF A;  5DKC A;  4HXL A;  4CL9 A;  4Z6H A;  4RVR A;  5FG5 A;  4YYN A;  4QYL A;  4O77 A;  5EI4 A;  5CUD A;  4CUT A;  4QSR A;  4YBS A;  5HLS A;  3U5K A;  3HMF A;  5EV9 A;  4J3I A;  5IGK A;  5DYC A;  5IID A;  2OO1 A;  3O33 A;  3P1F A;  5E9M A; 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