4IOOA

Crystal structure of the first bromodomain of brd4 in complex with n-methyltrimethylacetamide
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
126
structure length
126
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Dna binding protein
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Different orientations of low-molecular-weight fragments in the binding pocket of a BRD4 bromodomain.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 45
structure length 126
sequence length 126
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-01-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4iooA01
2E7NA 4HXRA 5EICA 5AMFA 4LYSA 5A5SA 2R0YA 3UVXA 2I7KA 4KCXA 4YYJA 5DY7A 5LVQA 5CRMA 4TTEA 4QEUA 4O7BA 1ZS5A 4ZC9A 4O72A 4BW4A 3JVLA 4CUTA 5JI8A 4FLPA 5DFDA 4YYIA 4TU6A 5LKTA 5FE0A 5EP7A 4KV1A 4YBTA 5D7XA 4UIYA 5DW1A 3O34A 4NRCA 5KTXA 5ETBA 4NR6A 4OGIA 4CFKA 5A5RA 5LJ0A 3P1CA 5E3GA 4QSWA 5A5NA 4N4GA 4X2IA 2YEKA 5D3LA 5ENEA 5ENCA 5FE1A 4E96A 5D0CA 5BT4A 5EPSA 3U5KA 5D26A 4O75A 3QZVA 5EISA 4UIXA 5ENBA 4A9FA 3P1FA 3DWYA 5EQ1A 5FFYA 3O33A 3UVWA 3D7CA 4HBVA 3G0LA 5HCLA 4NQNA 4YYGA 4PY6A 5DW2A 5D3TA 3ZYUA 4PKLA 5FB1A 5CGPA 3FKMX 4N4IA 4HXSA 4YH3A 4QSUA 5L8TA 2KTBB 4O71A 2H60A 5A82A 4F3IA 3LXJA 5F36A 2WP1A 3HMEA 4YC9A 2YW5A 4YY4A 3SVGA 2DVRA 4HXLA 3Q2EA 4MR6A 4YBSA 2R0SA 5H1UA 3MB3A 2GRCA 3SVHA 4Z6IA 4NRBA 4A9OA 5DLZA 4UYHA 4QSSA 5E0RA 4CL9A 4DONA 5FG6A 4NR4A 4QYDA 5CU8A 5CTLA 4O7AA 5HFRA 4MEOA 4IR4A 5FH7A 5A85A 2RNYA 3P1DA 2E3KA 5E9YA 2OUOA 2R10A 4A9IA 4NYWA 5IGNA 4TT2A 1EQFA 4MR5A 5EV9A 5LVRA 4TZ8A 3U5NA 2YYNA 5G4RA 4CLBA 5L96A 5DYXA 3AADA 5L99A 5CS8A 2L5EA 4YY6A 3JVJA 3DAIA 4HXMA 4BJXA 1WUMA 5E9KA 4BW3A 3MB4A 2DKWA 4OGJA 4XY8A 2DVQA 4IR5A 5L8UA 5DYAA 3P5OA 3Q2FA 5D3RA 3UVYA 4AKNA 5F61A 4QYLA 4O7EA 4A9HA 5COIA 4UITA 3G0JA 5FE5A 2NXBA 4N4FA 4J0RA 5K29A 4NUCA 4Y03A 4J1PA 5CQ8A 5LJ1A 5CUCA 2YELA 2L85A 3K2JA 5FFVA 5HELA 4LZRA 5CUAA 5F60A 4PTBA 4IORA 5AD2A 2RFJA 1X0JA 3UV4A 2RS9B 3HMHA 5LKZA 4N3WA 4UYFB 4NR9A 4YADA 5I40A 4O76A 4QZSA 3LQJA 3NXBA 4NR7A 2OSSA 5F1LA 5EWDA 3MQMA 5CRZA 4CUQA 5F2PA 5FE4A 4CUSA 4YYMA 5E3DA 5HFQA 4XY9A 5A5OA 4UYGA 5EWHA 4QSRA 3U5MA 5ACYA 5HQ7A 2MJVB 4YABA 3RCWA 4LDFA 3U5LA 4N4HA 4TT4A 5D24A 4O77A 5HLSA 5EGUA 5F25A 5CQAA 4ALGA 4LC2A 5CZGA 4NXJA 4WIVA 5I7XA 4LZ2A 3O36A 4HBWA 5CQ7A 4LYIA 5I86A 5KTUA 4J3IA 3S92A 4QC3A 1WUGA 4NUEA 4QSQA 5A5QA 5C85A 5EK9A 2DATA 5DKHA 5ETDA 4YATA 4UYFA 5G4SA 5F62A 5HRWA 1JM4B 5FH6A 3UV2A 3HMFA 5C89A 4LRGA 5F1HA 5DYUA 4WHUA 4A9MA 4C66A 5A5PA 5HQ6A 3U5JA 5I89A 2YQDA 5HQ5A 5CQ4A 5BT5A 2OO1A 5A7CA 5ENJA 5F5ZA 4HXOA 5KHMA 5HRVA 5I7YA 5FB0A 4QY4A 4YK0A 5ENHA 5LKXA 4QSVA 5KTWA 3SVFA 4MEQA 4QR4A 2F6NA 4ZQLA 4QEVA 4O78A 5L98A 3UV5A 5ENIA 5EI4A 5DYCA 5FE3A 3GG3A 5E9IA 3UVDA 4A9KA 5KU3A 5E74A 5CQTA 4NYXA 4NQMA 5FE7A 1N72A 5CFWA 3MXFA 4ALHA 5EPBA 4TS8A 5AMEA 4C67A 4QC1A 4XUAA 5I80A 3O37A 5FE8A 5C8GA 4NS5A 4MEPA 4O7FA 4MENA 4QSTA 4TT6A 2E7OA 5HENA 3ONIA 5EVAA 3JVMA 3MUKA 4PCIA 5LKUA 3U5OA 2D9EA 4UIUA 4A9NA 4CURA 2WP2A 4Q0NA 5FBXA 2LSPB 5D3SA 4BW1A 3TLPA 5H85A 5E9VA 2RNWA 4GPJA 4PS5A 5LUUA 4O7CA 5EU1A 4IOQA 5H1VA 5DKDA 1F68A 5D3JA 5HM0A 4O70A 4BHWA 5CUGA 4YYNA 4Z93A 2RO1A 5HJCA 2DWWA 3IU6A 4LR6A 5TB6A 4WHWA 4QNSA 4MR3A 4A9EA 5JWMA 2F6JA 5C87A 3I3JA 5CUBA 4QR5A 3AQAA 4J0SA 5A83A 3JVKA 5E9MA 2R0VA 4PCEA 5CQ6A 5FG4A 5IGLA 3P1EA 5EWVA 4YBMA 4CFLA 3U5PA 4HBXA 5DFCA 4ZW1A 4Q0OA 2FSAA 5DLXA 4Z1QA 4TU4A 5AD3A 5E7DA 4NRAA 3QZSA 1E6IA 5IIDA 2YDWA 4RVRA 5E9LA 5HRXA 4UIWA 2DVSA 5ENFA 4A9JA 3LJWA 2L84A 5L97A 5A81A 3QZTA 5FH8A 4TZ2A 4QR3A 5FDZA 4YYHA 5EA1A 4UIZA 4QEWA 5II1A 2I8NA 4YYKA 5D3PA 4HXNA 4UYEA 5IGMA 5CUEA 4O74A 3O35A 5II2A 4HBYA 4IOOA 4UYDA 5DFBA 3UW9A 3MULA 4NR8A 4XUBA 5I88A 5J0DA 3S91A 4YH4A 2RI7A 5IBNA 2YEMA 5IG6A 4LYWA 4QSXA 5F3AA 5I29A 4QSPA 4QB3A 4QUTA 1JSPB 5KO4A 3IU5A 4A9LA 5F63A 5CUDA 5E73A 4YAXA 4CUPA 5D3NA 5CY9A 4NYVA 4Z6HA 4KV4A 5EM3A 5DBMA 5C7NA 5CP5A 5EWWA 5H1TA 2DVVA 5D3HA 4TQNA 5FG5A 5I1QA 4Z1SA 2N9GA 4UIVA 2D82A 5TCMA 5HEMA 5BT3A 4NUDA 4YYDA 3LQHA 5LJ2A 4TYLA 4LZSA 4NR5A 4BW2A 5CPEA 4XYAA 4OUFA 5FFWA 4HXKA 4QUUA 2G4AA 4MR4A 5I83A 4HXPA 5FE6A 5CQ5A 3LQIA 4IR3A 5ENGA 4IR6A 5DX4A 4QBMA 5EPRA 5C4QA 5D25A 5DKCA 5CQ3A 5IGKA 5FE2A 2RNXA 4CUUA 5FE9A 5EWCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2E7NA 4HXRA 5EICA 5AMFA 4LYSA 5A5SA 2R0YA 3UVXA 2I7KA 4KCXA 4YYJA 5DY7A 5LVQA 5CRMA 4TTEA 4QEUA 4O7BA 1ZS5A 4ZC9A 4O72A 4BW4A 3JVLA 4CUTA 5JI8A 4FLPA 5DFDA 4YYIA 4TU6A 5LKTA 5FE0A 5EP7A 4KV1A 4YBTA 5D7XA 4UIYA 5DW1A 3O34A 4NRCA 5KTXA 5ETBA 4NR6A 4OGIA 4CFKA 5A5RA 5LJ0A 3P1CA 5E3GA 4QSWA 5A5NA 4N4GA 4X2IA 2YEKA 5D3LA 5ENEA 5ENCA 5FE1A 4E96A 5D0CA 5BT4A 5EPSA 3U5KA 5D26A 4O75A 3QZVA 5EISA 4UIXA 5ENBA 4A9FA 3P1FA 3DWYA 5EQ1A 5FFYA 3O33A 3UVWA 3D7CA 4HBVA 3G0LA 5HCLA 4NQNA 4YYGA 4PY6A 5DW2A 5D3TA 3ZYUA 4PKLA 4AKGA 5FB1A 5CGPA 3FKMX 4N4IA 4HXSA 4YH3A 4QSUA 5L8TA 2KTBB 4O71A 2H60A 5A82A 4F3IA 3LXJA 3VKHA 5F36A 2WP1A 3HMEA 4YC9A 2YW5A 4YY4A 3SVGA 2DVRA 4HXLA 3Q2EA 4MR6A 4YBSA 2R0SA 5H1UA 3MB3A 2GRCA 3SVHA 4Z6IA 4NRBA 4A9OA 5DLZA 4UYHA 4QSSA 5E0RA 4CL9A 4DONA 5FG6A 4NR4A 4QYDA 5CU8A 5CTLA 4O7AA 5HFRA 4MEOA 4IR4A 5FH7A 5A85A 2RNYA 3P1DA 2E3KA 5E9YA 2OUOA 2R10A 4A9IA 4NYWA 5IGNA 4TT2A 1EQFA 4MR5A 5EV9A 5LVRA 4TZ8A 3U5NA 2YYNA 5G4RA 4AI6A 4CLBA 5L96A 5DYXA 3AADA 5L99A 5CS8A 2L5EA 4YY6A 3JVJA 3DAIA 4HXMA 4BJXA 1WUMA 5E9KA 4BW3A 3MB4A 2DKWA 4OGJA 4XY8A 2DVQA 4IR5A 5L8UA 5DYAA 3P5OA 3Q2FA 5D3RA 3UVYA 4AKNA 5F61A 4QYLA 4O7EA 4A9HA 1ZKRA 5COIA 4UITA 3G0JA 5FE5A 2NXBA 4N4FA 4J0RA 5K29A 4NUCA 4Y03A 4J1PA 5CQ8A 5LJ1A 5CUCA 2YELA 2L85A 3K2JA 5FFVA 5HELA 4LZRA 5CUAA 5F60A 4PTBA 4IORA 5AD2A 2RFJA 1X0JA 3UV4A 2RS9B 3HMHA 5LKZA 4N3WA 4UYFB 4NR9A 4YADA 5I40A 4O76A 4QZSA 3LQJA 3NXBA 4NR7A 2OSSA 5F1LA 5EWDA 3MQMA 5CRZA 4CUQA 5F2PA 5FE4A 4CUSA 4YYMA 2EJNA 5E3DA 5HFQA 4XY9A 5A5OA 4UYGA 5EWHA 4QSRA 3U5MA 5ACYA 5HQ7A 2MJVB 4YABA 3RCWA 4LDFA 3U5LA 4N4HA 4TT4A 5D24A 4O77A 5HLSA 5EGUA 5F25A 5CQAA 4ALGA 4LC2A 5CZGA 4NXJA 4WIVA 5I7XA 4LZ2A 3O36A 4HBWA 5CQ7A 4LYIA 5I86A 5KTUA 1PUOA 4J3IA 3S92A 4QC3A 1WUGA 4NUEA 4QSQA 5A5QA 5C85A 5EK9A 2DATA 5DKHA 5ETDA 4YATA 4UYFA 5G4SA 5F62A 5HRWA 1JM4B 5FH6A 3UV2A 3HMFA 5C89A 4LRGA 5F1HA 5DYUA 4WHUA 4A9MA 4C66A 5A5PA 5HQ6A 3U5JA 5I89A 2YQDA 5HQ5A 5CQ4A 5BT5A 2OO1A 5A7CA 5ENJA 5F5ZA 4HXOA 5KHMA 5HRVA 5I7YA 5FB0A 4QY4A 4YK0A 5ENHA 5LKXA 4QSVA 5KTWA 3SVFA 4MEQA 4QR4A 2F6NA 4ZQLA 4QEVA 4O78A 5L98A 3UV5A 5ENIA 5EI4A 5DYCA 5FE3A 3GG3A 5E9IA 3UVDA 4A9KA 5KU3A 5E74A 5CQTA 4NYXA 4NQMA 5FE7A 1N72A 5CFWA 3MXFA 4ALHA 5EPBA 4TS8A 5AMEA 4C67A 4QC1A 4XUAA 5I80A 3O37A 5FE8A 5C8GA 4NS5A 4MEPA 4O7FA 4MENA 4QSTA 4TT6A 2E7OA 5HENA 3ONIA 5EVAA 3JVMA 3MUKA 4PCIA 5LKUA 3U5OA 2D9EA 4UIUA 4A9NA 4CURA 2WP2A 4Q0NA 5FBXA 2LSPB 5D3SA 4BW1A 3TLPA 5H85A 5E9VA 2RNWA 4GPJA 4PS5A 5LUUA 4O7CA 5EU1A 4IOQA 5H1VA 5DKDA 1F68A 5D3JA 5HM0A 4O70A 4BHWA 5CUGA 4YYNA 4Z93A 2RO1A 5HJCA 2DWWA 3IU6A 4LR6A 5TB6A 4WHWA 4QNSA 4MR3A 4A9EA 5JWMA 2F6JA 5C87A 3I3JA 5CUBA 4QR5A 3AQAA 4J0SA 5A83A 3JVKA 5E9MA 2R0VA 4PCEA 5CQ6A 5FG4A 5IGLA 3P1EA 5EWVA 4YBMA 4CFLA 3U5PA 4HBXA 5DFCA 4ZW1A 4Q0OA 2FSAA 5DLXA 4Z1QA 4AKIA 4TU4A 5AD3A 5E7DA 4NRAA 3QZSA 1E6IA 5IIDA 2YDWA 4RVRA 3ERRA 5E9LA 5HRXA 4UIWA 4AKHA 2DVSA 5ENFA 4A9JA 3LJWA 2L84A 5L97A 5A81A 3QZTA 5FH8A 4TZ2A 4QR3A 5FDZA 4YYHA 5EA1A 4UIZA 4QEWA 5II1A 2I8NA 4YYKA 5D3PA 4HXNA 4UYEA 5IGMA 3VKGA 5CUEA 4O74A 3O35A 5II2A 4HBYA 4IOOA 4UYDA 5DFBA 3UW9A 3MULA 4NR8A 4XUBA 5I88A 5J0DA 3S91A 4YH4A 2RI7A 5IBNA 2YEMA 5IG6A 4LYWA 4QSXA 5F3AA 5I29A 4QSPA 4QB3A 4QUTA 1JSPB 3D1BA 3IU5A 5KO4A 4A9LA 5F63A 5CUDA 5E73A 4YAXA 4CUPA 5D3NA 5CY9A 4NYVA 4Z6HA 4KV4A 5EM3A 5DBMA 5C7NA 5CP5A 5EWWA 5H1TA 2DVVA 5D3HA 4TQNA 5FG5A 5I1QA 4Z1SA 2N9GA 4UIVA 2D82A 5TCMA 5HEMA 5BT3A 4NUDA 4YYDA 3LQHA 5LJ2A 4TYLA 4LZSA 4NR5A 4BW2A 5CPEA 4XYAA 4OUFA 5FFWA 4HXKA 4QUUA 2G4AA 4MR4A 5I83A 4HXPA 5FE6A 5CQ5A 3LQIA 4IR3A 5ENGA 4IR6A 5DX4A 4QBMA 5EPRA 5C4QA 5D25A 5DKCA 5CQ3A 5IGKA 5FE2A 3D1DA 2RNXA 4CUUA 5FE9A 5EWCA
chains in the Genus database with same CATH topology
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