5D3JA

First bromodomain of brd4 bound to inhibitor xd33
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
126
structure length
126
Chain Sequence
MNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transcription
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title 4-Acyl Pyrrole Derivatives Yield Novel Vectors for Designing Inhibitors of the Acetyl-Lysine Recognition Site of BRD4(1).
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 43
structure length 126
sequence length 126
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5d3jA01
3P1DA 4TS8A 5COIA 4O74A 5HQ5A 3G0JA 5DFCA 4XYAA 3SVHA 5FG6A 4TT4A 4N4IA 5LKTA 4UYGA 4HXLA 2DKWA 4QNSA 5IGKA 3TLPA 5F2PA 5HFRA 5FG4A 3U5OA 4LC2A 4O77A 4YYDA 4NUEA 4QSWA 5D0CA 4QSVA 5CPEA 4E96A 4O70A 3UVXA 5D3HA 5CFWA 5G4RA 4QEUA 4XY8A 5E74A 5CUDA 5LJ0A 4QY4A 1JSPB 5C85A 3P5OA 5AD2A 4DONA 4HXPA 5A83A 2KTBB 4UYFA 2E7OA 4YADA 5CQ5A 4LZ2A 5D3NA 4TU4A 3SVGA 4CFLA 3O33A 5I83A 4A9JA 4ALGA 4LYWA 4NR9A 4NYWA 2D82A 5LKZA 5CRMA 5FE5A 4YATA 4IOQA 2G4AA 5DW2A 4N4FA 5H85A 3G0LA 3JVLA 5JI8A 5F63A 4UYFB 5CP5A 4C67A 4WHWA 4J0SA 4BW3A 3QZSA 4IR4A 2DVQA 4C66A 5KTWA 5F62A 4CUQA 5IIDA 5EWVA 5CTLA 3AADA 5AMFA 5CUAA 5BT3A 3GG3A 1F68A 4NYXA 4Y03A 5FH8A 3QZVA 5CQ7A 2L5EA 5CUBA 4FLPA 4N4GA 4MR3A 5L8UA 5A5QA 5E3GA 3O35A 2I7KA 4UYHA 5EWHA 2N9GA 3UW9A 5ENFA 4AKNA 5EICA 4YH3A 4YC9A 4CUTA 3NXBA 4YYKA 5HJCA 5D3LA 4NYVA 5E9KA 2OUOA 5L96A 3LQIA 4XY9A 5FE6A 5ENHA 3DWYA 4QSPA 4UIVA 5EISA 3UVDA 4A9LA 2H60A 5EU1A 4YK0A 5CS8A 4YYNA 5DFDA 4QR4A 5FE9A 5DX4A 4YH4A 4HXRA 4PY6A 4TQNA 5II1A 5I80A 3P1CA 4RVRA 5FH7A 5D25A 4QR3A 4J1PA 4YYMA 4NR4A 3MQMA 4LDFA 4IR3A 4IR6A 5KTXA 2E7NA 4YYGA 4HXMA 5F1LA 5A5SA 4CUPA 5FB1A 5D26A 5HFQA 2DVSA 5I89A 3MB3A 3FKMX 2E3KA 5DKCA 5DYXA 5D24A 4XUBA 4NS5A 4KV4A 1X0JA 4UIWA 4HXSA 4A9OA 3LJWA 4GPJA 4IORA 4NQMA 5G4SA 5J0DA 3U5KA 3UV5A 4YYJA 4HBVA 5I29A 3IU6A 5D3JA 3IU5A 5TCMA 4QSQA 3AQAA 3SVFA 4HBWA 2YDWA 5DY7A 3U5PA 5I86A 5CQ8A 5IG6A 4YBMA 5F5ZA 5A5RA 3ONIA 3DAIA 4O7EA 4CURA 5H1TA 5I7XA 4OGIA 4TU6A 5CUCA 3MB4A 2DATA 4YYHA 5HEMA 4O7BA 3LQHA 4CUUA 5LKXA 5ENEA 5A81A 5DFBA 4MR4A 3I3JA 5FFWA 4NQNA 5E9MA 4O7CA 4NUDA 5E9VA 2FSAA 4OUFA 5AMEA 4ALHA 2D9EA 5A82A 2YQDA 2DVRA 4UIXA 4BW4A 5K29A 5FBXA 5HENA 4YY4A 5JWMA 2NXBA 4J0RA 2DWWA 5FE4A 5E0RA 5FE7A 5I1QA 5EPRA 5CUGA 3JVMA 4MEQA 4QSUA 5DKDA 5ENIA 4F3IA 4TZ2A 2YW5A 4QSXA 4TZ8A 5EWCA 2R10A 4NXJA 2YYNA 4O7AA 3MXFA 4HXNA 4QUTA 2F6JA 5E3DA 4CL9A 4HXKA 4QEVA 5CQ6A 3RCWA 5CQ3A 4OGJA 4PCEA 4IR5A 4YYIA 4J3IA 5CUEA 2R0SA 5LVRA 5FE1A 4QSSA 5IGLA 4HXOA 1WUGA 4Z93A 4QUUA 4Q0NA 4Q0OA 5EVAA 4NUCA 5EPBA 4QC1A 4A9IA 5HCLA 5D3PA 5F60A 3UVWA 4LZRA 3Q2EA 5DLXA 5LJ1A 4YY6A 4TTEA 5LJ2A 5C7NA 4NR5A 4BW1A 4QBMA 4QYDA 4LZSA 5II2A 5CGPA 1ZS5A 4TT6A 5EV9A 5ACYA 5C87A 3HMEA 3O36A 5HRWA 2GRCA 4QEWA 5CU8A 5LVQA 5HELA 5EQ1A 4UIZA 4UYDA 3Q2FA 5I40A 5LUUA 4MR6A 4O78A 2F6NA 2R0YA 5AD3A 3O37A 3ZYUA 1EQFA 4PKLA 4A9FA 5L97A 4O71A 5L99A 2RS9B 4NR8A 5KHMA 4MEOA 4LYIA 5FE0A 5DLZA 4MEPA 5D3TA 3O34A 5HRXA 4QZSA 5H1UA 2RNYA 4N3WA 1N72A 4ZC9A 5ETBA 5FFVA 5KO4A 5CY9A 5EWWA 4YBTA 4UYEA 4NRCA 2MJVB 3K2JA 4BW2A 5EP7A 5F1HA 4NR6A 5KU3A 2RNWA 3LXJA 5FG5A 3QZTA 4O75A 4CUSA 4LR6A 5DYAA 5L98A 5DYCA 5CQTA 4UIUA 4Z6HA 5FDZA 5IBNA 5A85A 5ENCA 4BHWA 5IGNA 2YELA 5E9LA 5C89A 5C8GA 4QR5A 2OSSA 4WHUA 5HQ6A 5DKHA 5ENGA 3U5MA 5A5OA 5EWDA 3HMFA 4PCIA 5EK9A 3UVYA 5DBMA 2RO1A 3D7CA 3LQJA 4A9EA 5D7XA 4ZW1A 3S92A 4N4HA 5ENBA 2R0VA 4CFKA 5FE8A 2L84A 2YEMA 5KTUA 5H1VA 5A5NA 3UV4A 5HQ7A 4A9KA 4LYSA 3P1FA 4NR7A 2WP1A 5ETDA 3HMHA 3JVKA 4YABA 5BT4A 5EPSA 5F36A 4O7FA 5HLSA 3U5JA 4HBYA 4O72A 2YEKA 4ZQLA 5FB0A 2I8NA 4MENA 5BT5A 2L85A 4WIVA 2RNXA 5HM0A 4UIYA 3U5NA 5L8TA 4A9MA 5DW1A 5F61A 4QSTA 5CZGA 3P1EA 1JM4B 4YAXA 4MR5A 5FFYA 4Z1QA 4O76A 4TYLA 2WP2A 2DVVA 5HRVA 4QB3A 5E9IA 4A9HA 2LSPB 5A5PA 5I88A 4KV1A 5E7DA 5A7CA 4NRBA 4Z6IA 4CLBA 5C4QA 5IGMA 5F3AA 4HBXA 5D3RA 3MULA 4BJXA 4IOOA 3MUKA 5I7YA 4YBSA 4QYLA 2RI7A 5FE3A 2RFJA 4TT2A 4PTBA 4Z1SA 4A9NA 4XUAA 5EM3A 1E6IA 3S91A 5E9YA 5EA1A 4LRGA 4QSRA 4X2IA 5DYUA 5E73A 3JVJA 5FE2A 5ENJA 4NRAA 5F25A 5CRZA 5CQAA 4UITA 5D3SA 2OO1A 5EI4A 3UV2A 4QC3A 4PS5A 5LKUA 5TB6A 5CQ4A 4KCXA 1WUMA 5EGUA 3U5LA 5FH6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3P1DA 4TS8A 5COIA 4O74A 5HQ5A 3G0JA 5DFCA 4XYAA 3SVHA 5FG6A 4TT4A 4N4IA 5LKTA 4UYGA 4HXLA 2DKWA 4QNSA 5IGKA 3TLPA 5F2PA 5HFRA 5FG4A 3U5OA 4LC2A 4AKIA 4O77A 4YYDA 1PUOA 4NUEA 4QSWA 5D0CA 4QSVA 5CPEA 4E96A 4O70A 3UVXA 5D3HA 5CFWA 5G4RA 4QEUA 4XY8A 5E74A 5CUDA 5LJ0A 4QY4A 1JSPB 5C85A 3P5OA 5AD2A 4DONA 4HXPA 5A83A 2KTBB 4UYFA 2E7OA 4YADA 5CQ5A 4LZ2A 5D3NA 4TU4A 3SVGA 4CFLA 3O33A 5I83A 4A9JA 4ALGA 4LYWA 4NR9A 4NYWA 2D82A 5LKZA 5CRMA 5FE5A 4YATA 4IOQA 2G4AA 5DW2A 4N4FA 5H85A 3G0LA 3JVLA 5JI8A 5F63A 4UYFB 5CP5A 4C67A 4WHWA 4J0SA 4BW3A 3QZSA 4IR4A 2DVQA 4C66A 5KTWA 5F62A 4CUQA 5IIDA 5EWVA 5CTLA 3AADA 5AMFA 5CUAA 5BT3A 3GG3A 1F68A 4NYXA 4Y03A 5FH8A 3QZVA 5CQ7A 2L5EA 5CUBA 4FLPA 4N4GA 4MR3A 5L8UA 5A5QA 5E3GA 3O35A 2I7KA 4UYHA 5EWHA 2N9GA 3UW9A 5ENFA 4AKNA 5EICA 4YH3A 4YC9A 4CUTA 3NXBA 4YYKA 5HJCA 5D3LA 4NYVA 5E9KA 2OUOA 5L96A 3LQIA 4XY9A 5FE6A 5ENHA 3DWYA 4QSPA 4UIVA 5EISA 3UVDA 4A9LA 2H60A 5EU1A 4YK0A 5CS8A 4YYNA 5DFDA 4QR4A 5FE9A 5DX4A 4YH4A 4HXRA 4PY6A 4TQNA 5II1A 5I80A 3P1CA 4RVRA 5FH7A 5D25A 4QR3A 4J1PA 4YYMA 4NR4A 3MQMA 4LDFA 4IR3A 4IR6A 5KTXA 2E7NA 4YYGA 4HXMA 5F1LA 5A5SA 4CUPA 5FB1A 5D26A 5HFQA 2DVSA 5I89A 3MB3A 3FKMX 2E3KA 5DKCA 5DYXA 5D24A 4AI6A 4XUBA 4NS5A 4KV4A 1X0JA 4UIWA 4HXSA 4A9OA 4AKGA 3LJWA 4GPJA 4IORA 4NQMA 5G4SA 5J0DA 3U5KA 3UV5A 4YYJA 4HBVA 5I29A 3IU6A 5D3JA 3IU5A 5TCMA 4QSQA 3AQAA 3SVFA 4HBWA 2YDWA 5DY7A 3U5PA 4AKHA 5I86A 5CQ8A 5IG6A 4YBMA 5F5ZA 5A5RA 3ONIA 3DAIA 4O7EA 4CURA 5H1TA 5I7XA 4OGIA 4TU6A 5CUCA 3MB4A 2DATA 4YYHA 5HEMA 4O7BA 3LQHA 4CUUA 5LKXA 5ENEA 5A81A 5DFBA 4MR4A 3I3JA 5FFWA 4NQNA 5E9MA 4O7CA 4NUDA 5E9VA 2FSAA 4OUFA 5AMEA 4ALHA 2D9EA 5A82A 2YQDA 2DVRA 4UIXA 4BW4A 5K29A 5FBXA 5HENA 4YY4A 5JWMA 2NXBA 4J0RA 2DWWA 5FE4A 5E0RA 5FE7A 5I1QA 5EPRA 5CUGA 3JVMA 4MEQA 4QSUA 5DKDA 3D1BA 5ENIA 4F3IA 4TZ2A 2YW5A 4QSXA 4TZ8A 5EWCA 2R10A 4NXJA 2YYNA 4O7AA 3MXFA 4HXNA 4QUTA 2F6JA 5E3DA 4CL9A 4HXKA 4QEVA 5CQ6A 3RCWA 5CQ3A 3D1DA 4OGJA 4PCEA 4IR5A 4YYIA 4J3IA 5CUEA 2EJNA 2R0SA 5LVRA 5FE1A 4QSSA 5IGLA 4HXOA 1WUGA 4Z93A 4QUUA 4Q0NA 4Q0OA 5EVAA 4NUCA 5EPBA 4QC1A 4A9IA 5HCLA 5D3PA 5F60A 3UVWA 4LZRA 3Q2EA 5DLXA 5LJ1A 4YY6A 4TTEA 5LJ2A 5C7NA 4NR5A 4BW1A 4QBMA 4QYDA 4LZSA 5II2A 5CGPA 1ZS5A 4TT6A 5EV9A 5ACYA 5C87A 3HMEA 3O36A 1ZKRA 5HRWA 2GRCA 4QEWA 5CU8A 5LVQA 5HELA 5EQ1A 4UIZA 4UYDA 3Q2FA 5I40A 5LUUA 4MR6A 4O78A 3VKGA 2F6NA 2R0YA 5AD3A 3O37A 3ZYUA 1EQFA 4PKLA 4A9FA 5L97A 4O71A 5L99A 2RS9B 4NR8A 5KHMA 4MEOA 4LYIA 5FE0A 5DLZA 4MEPA 5D3TA 3O34A 5HRXA 4QZSA 5H1UA 2RNYA 4N3WA 1N72A 4ZC9A 5ETBA 5FFVA 5KO4A 5CY9A 5EWWA 4YBTA 4UYEA 4NRCA 2MJVB 3K2JA 4BW2A 5EP7A 5F1HA 4NR6A 5KU3A 2RNWA 3LXJA 5FG5A 3QZTA 4O75A 4CUSA 4LR6A 5DYAA 5L98A 5DYCA 5CQTA 4UIUA 4Z6HA 5FDZA 5IBNA 5A85A 5ENCA 4BHWA 5IGNA 2YELA 5E9LA 5C89A 5C8GA 4QR5A 2OSSA 4WHUA 5HQ6A 5DKHA 5ENGA 3U5MA 5A5OA 5EWDA 3HMFA 4PCIA 5EK9A 3UVYA 5DBMA 2RO1A 3D7CA 3LQJA 4A9EA 5D7XA 4ZW1A 3S92A 4N4HA 5ENBA 2R0VA 4CFKA 5FE8A 2L84A 2YEMA 5KTUA 5H1VA 5A5NA 3UV4A 5HQ7A 4A9KA 4LYSA 3P1FA 4NR7A 2WP1A 5ETDA 3HMHA 3JVKA 4YABA 5BT4A 5EPSA 5F36A 4O7FA 5HLSA 3U5JA 4HBYA 4O72A 2YEKA 4ZQLA 5FB0A 2I8NA 4MENA 5BT5A 2L85A 4WIVA 3ERRA 2RNXA 5HM0A 4UIYA 3U5NA 5L8TA 4A9MA 5DW1A 5F61A 4QSTA 5CZGA 3P1EA 1JM4B 4YAXA 4MR5A 5FFYA 4Z1QA 4O76A 4TYLA 2WP2A 2DVVA 5HRVA 4QB3A 5E9IA 4A9HA 2LSPB 5A5PA 5I88A 4KV1A 5E7DA 5A7CA 4NRBA 4Z6IA 4CLBA 5C4QA 5IGMA 5F3AA 4HBXA 5D3RA 3MULA 4BJXA 4IOOA 3MUKA 5I7YA 4YBSA 4QYLA 2RI7A 5FE3A 2RFJA 4TT2A 4PTBA 4Z1SA 4A9NA 4XUAA 5EM3A 1E6IA 3S91A 3VKHA 5E9YA 5EA1A 4LRGA 4QSRA 4X2IA 5DYUA 5E73A 3JVJA 5FE2A 5ENJA 4NRAA 5F25A 5CRZA 5CQAA 4UITA 5D3SA 2OO1A 5EI4A 3UV2A 4QC3A 4PS5A 5LKUA 5TB6A 5CQ4A 4KCXA 1WUMA 5EGUA 3U5LA 5FH6A
chains in the Genus database with same CATH topology
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