5D3JA

First bromodomain of brd4 bound to inhibitor xd33
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
126
structure length
126
Chain Sequence
MNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title 4-Acyl Pyrrole Derivatives Yield Novel Vectors for Designing Inhibitors of the Acetyl-Lysine Recognition Site of BRD4(1).
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription
total genus 43
structure length 126
sequence length 126
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5d3jA01
2YDWA 5A83A 4CURA 4NR6A 4MR3A 3UVWA 4XYAA 5D3LA 2YEKA 5IIDA 4UIVA 5H1TA 5L96A 4BJXA 4ZW1A 5CUGA 4QSTA 3P1FA 5F36A 3Q2FA 4UYFB 2RNYA 5EPSA 3SVHA 5DW1A 5CUBA 4BHWA 4QSWA 5DKHA 5CQTA 5AD2A 4PS5A 4QSXA 5DKCA 4O7FA 3UVDA 3JVMA 4TYLA 5EK9A 4XY8A 3MB4A 2DWWA 4NR4A 5TCMA 5HRVA 5ENFA 4ALHA 5DYXA 4A9OA 5BT4A 4NUDA 4QUTA 2RFJA 4PTBA 3JVKA 4QZSA 5FE3A 4C67A 2FSAA 4MEOA 5FE6A 5EWCA 2DVSA 4CUUA 4YYGA 4NYWA 1F68A 3U5MA 1JM4B 5HFQA 5A81A 5C87A 2I8NA 3UV4A 4QSUA 5CQ3A 4Z1QA 5KTXA 4A9EA 4QUUA 2R0VA 4TU6A 3IU5A 4HXOA 5D7XA 4O7BA 3FKMX 4UIZA 3UV2A 4QEVA 3G0LA 1EQFA 4TT6A 5CTLA 5C4QA 5EWVA 5HJCA 5DYCA 3O33A 5I80A 4LYWA 5ACYA 3LQIA 3SVFA 5DBMA 5ENBA 4YYNA 3I3JA 5EWDA 5F25A 3P1DA 4PCIA 5CQ7A 5FBXA 4UYGA 5EP7A 5JWMA 4NUCA 5D3RA 4QR4A 5A7CA 4LZ2A 4OUFA 5HM0A 4PCEA 4QSSA 5F61A 3QZSA 4HXKA 3HMFA 4O74A 4YK0A 5D3NA 3D7CA 4BW2A 5HQ6A 4WHWA 3K2JA 5E9MA 5EA1A 5F60A 4IR4A 5E9IA 5FE8A 4O76A 5FB0A 5EI4A 5EICA 4MR6A 2I7KA 4O72A 4YBTA 2YELA 5A82A 4OGIA 3U5KA 4N4GA 2WP2A 5LKZA 5DKDA 4A9FA 4QR5A 5C8GA 5ETBA 4NRCA 2RI7A 5A5NA 5EU1A 2NXBA 5DYUA 4LYIA 5L97A 4Q0NA 4CUSA 4O7EA 4A9NA 4ALGA 3MUKA 5CU8A 5E73A 4TU4A 3QZVA 4NR5A 3IU6A 5HQ5A 4UYDA 4AKNA 4O75A 4QB3A 5A5SA 4YYKA 4NQNA 4IOQA 2DVRA 5CQ8A 5EISA 3UVXA 4C66A 4A9LA 3HMHA 5CUAA 5D25A 4MEQA 4IR5A 5HENA 4YAXA 5FG6A 5L99A 5FH7A 3MQMA 4XUAA 5IGKA 4J3IA 4MR5A 5FE5A 4WHUA 5ETDA 5A5RA 5HRXA 3RCWA 4FLPA 3JVJA 5CQ6A 5C89A 3O36A 4YBSA 5D3JA 2WP1A 5FH8A 5CQAA 4Q0OA 5H85A 4J0RA 4TTEA 4LRGA 5FE9A 5AMFA 4RVRA 5CPEA 4NYXA 2L5EA 4LZRA 2OSSA 5AD3A 3LXJA 4O77A 3SVGA 4O7AA 4TT2A 5E9KA 3LQHA 5EWWA 4QEUA 5HCLA 2OUOA 4BW1A 4CLBA 4KCXA 4CUPA 5K29A 4A9JA 1X0JA 5FE4A 2R10A 4HXRA 2RNWA 5DY7A 2RS9B 2L84A 5D26A 3S92A 5IGLA 5CFWA 4QYDA 4YH3A 2L85A 3DAIA 4QSQA 2GRCA 5D3TA 4A9KA 4Y03A 4DONA 5A5QA 4YYIA 2R0YA 4Z1SA 4HBXA 4MEPA 5FE7A 4YYHA 5E3GA 5ENCA 4TZ8A 4YYDA 4QYLA 3U5LA 3ONIA 2LSPB 4IR6A 4HXNA 5FDZA 4XUBA 4XY9A 5CUEA 5G4SA 2D82A 5CQ5A 5EWHA 5C7NA 4NRBA 5E9LA 5D3SA 3JVLA 5I7YA 5F1LA 4QNSA 4NRAA 4J0SA 4CUTA 4J1PA 5IBNA 5ENEA 3P1CA 4Z93A 5EGUA 5FG5A 4LR6A 4QEWA 5C85A 3MB3A 5D3HA 5A5PA 4NS5A 5HQ7A 5E74A 3P5OA 5BT3A 4X2IA 5EVAA 3AADA 5G4RA 3HMEA 5I40A 5FB1A 4YC9A 5FH6A 5KTWA 5LUUA 4UIWA 3UV5A 4QSRA 2E7NA 4IORA 2F6NA 2D9EA 3MULA 3Q2EA 2YW5A 5LJ1A 5F2PA 4UIYA 5DW2A 4LC2A 5KTUA 5DLXA 4CFLA 2OO1A 4Z6HA 4NR7A 4PY6A 2DVVA 4NQMA 4QSVA 3TLPA 5HELA 5I86A 5L8UA 4NR9A 4UIXA 5A85A 4CFKA 5FFYA 4YABA 4N4HA 5CGPA 4TT4A 5E0RA 4MR4A 4CUQA 3UVYA 5CRZA 2KTBB 5F1HA 5LKUA 5FE2A 4QC3A 3LJWA 4ZQLA 5HFRA 4KV4A 1WUGA 4QBMA 3G0JA 4QC1A 5KHMA 5DFDA 4E96A 4UIUA 5CZGA 5FFVA 5F62A 1E6IA 5L98A 5I29A 2DVQA 5CRMA 5F3AA 5ENJA 5CUDA 5DLZA 5F63A 5CQ4A 4YBMA 5I83A 4UYFA 5CS8A 5EPRA 4ZC9A 5A5OA 5LJ0A 3UW9A 4PKLA 1WUMA 2YEMA 4UYHA 5TB6A 5EQ1A 5HLSA 3QZTA 3U5JA 4UITA 2E3KA 4YADA 4KV1A 5LVQA 4HXLA 5II2A 3DWYA 2F6JA 2DATA 3AQAA 1N72A 4YATA 4Z6IA 5FG4A 5D3PA 5EPBA 3NXBA 3O34A 4YY6A 5ENIA 5BT5A 4N4IA 5E9YA 5FE0A 5HRWA 3U5PA 5D0CA 5LVRA 5IGMA 3ZYUA 4O71A 4YY4A 5DFCA 3U5NA 5FFWA 1ZS5A 4F3IA 1JSPB 4O78A 5I1QA 5L8TA 3U5OA 5ENHA 4A9IA 4QR3A 2YQDA 4NXJA 5DX4A 4N4FA 4GPJA 4HXSA 4IOOA 4TQNA 2YYNA 4HXPA 5DFBA 4YYJA 5DYAA 4A9MA 4CL9A 4MENA 2H60A 5AMEA 5I88A 4O70A 4N3WA 4NYVA 5F5ZA 3O37A 4BW4A 4QSPA 4LDFA 5D24A 2G4AA 5JI8A 4IR3A 4LZSA 5E9VA 5IG6A 5H1UA 4TZ2A 5CY9A 4HBYA 5E3DA 4YH4A 4HBWA 2DKWA 5I7XA 4A9HA 5KO4A 3S91A 3O35A 3MXFA 2MJVB 4HBVA 5II1A 3P1EA 5COIA 4HXMA 4UYEA 4LYSA 4YYMA 5LJ2A 3GG3A 2R0SA 4WIVA 4QY4A 5HEMA 5IGNA 4O7CA 5LKXA 5EV9A 4TS8A 5E7DA 5I89A 3LQJA 2E7OA 4NR8A 4NUEA 5FE1A 5KU3A 5ENGA 5J0DA 2N9GA 5CP5A 2RNXA 5H1VA 2RO1A 4OGJA 5EM3A 5CUCA 5LKTA 4BW3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2YDWA 5A83A 4CURA 4NR6A 4MR3A 3UVWA 4XYAA 5D3LA 1ZKRA 2YEKA 5IIDA 4UIVA 5H1TA 5L96A 4BJXA 4ZW1A 5CUGA 4QSTA 3P1FA 5F36A 3Q2FA 4UYFB 2RNYA 5EPSA 3SVHA 5DW1A 5CUBA 4BHWA 4QSWA 5DKHA 5CQTA 5AD2A 4PS5A 4QSXA 5DKCA 4O7FA 3UVDA 3JVMA 4TYLA 5EK9A 4XY8A 1PUOA 3MB4A 2DWWA 4NR4A 5TCMA 5HRVA 5ENFA 4ALHA 5DYXA 4A9OA 5BT4A 4NUDA 4QUTA 2RFJA 4PTBA 3JVKA 4QZSA 5FE3A 4C67A 2FSAA 4MEOA 5FE6A 5EWCA 2DVSA 4CUUA 4YYGA 4NYWA 1F68A 3U5MA 1JM4B 5HFQA 5A81A 5C87A 2I8NA 3UV4A 4QSUA 5CQ3A 4AI6A 4Z1QA 5KTXA 4A9EA 4QUUA 2R0VA 4TU6A 3IU5A 4HXOA 5D7XA 4O7BA 3FKMX 4UIZA 3UV2A 4QEVA 3G0LA 1EQFA 4TT6A 5CTLA 5C4QA 5EWVA 5HJCA 5DYCA 3O33A 5I80A 4LYWA 5ACYA 3LQIA 3SVFA 5DBMA 5ENBA 4YYNA 3I3JA 5EWDA 5F25A 3P1DA 4PCIA 5CQ7A 5FBXA 4UYGA 5EP7A 3D1DA 5JWMA 4NUCA 5D3RA 4QR4A 5A7CA 4LZ2A 4OUFA 5HM0A 4PCEA 4QSSA 5F61A 3QZSA 4HXKA 3HMFA 4O74A 4YK0A 5D3NA 3D7CA 4BW2A 5HQ6A 4WHWA 3K2JA 5E9MA 5EA1A 5F60A 4IR4A 5E9IA 5FE8A 4O76A 5FB0A 5EI4A 5EICA 4MR6A 2I7KA 4O72A 4YBTA 2YELA 5A82A 4OGIA 3U5KA 4N4GA 2WP2A 5LKZA 5DKDA 4A9FA 4QR5A 5C8GA 5ETBA 4NRCA 2RI7A 5A5NA 5EU1A 2NXBA 5DYUA 4LYIA 5L97A 4Q0NA 4CUSA 4O7EA 4A9NA 4ALGA 3MUKA 3ERRA 5CU8A 5E73A 4TU4A 3QZVA 4NR5A 3IU6A 5HQ5A 4UYDA 4AKNA 4O75A 3VKGA 4QB3A 5A5SA 4YYKA 4NQNA 4IOQA 2DVRA 5CQ8A 5EISA 3UVXA 4C66A 4A9LA 3HMHA 5CUAA 5D25A 4MEQA 4IR5A 5HENA 4YAXA 5FG6A 5L99A 5FH7A 3MQMA 4XUAA 5IGKA 4J3IA 4MR5A 5FE5A 4WHUA 5ETDA 5A5RA 5HRXA 3RCWA 4FLPA 3JVJA 5CQ6A 5C89A 3O36A 4YBSA 5D3JA 2WP1A 5FH8A 5CQAA 4Q0OA 5H85A 4J0RA 4TTEA 4LRGA 5FE9A 5AMFA 4RVRA 2EJNA 4NYXA 5CPEA 2L5EA 4LZRA 2OSSA 5AD3A 3LXJA 4O77A 3SVGA 4O7AA 4TT2A 5E9KA 3LQHA 5EWWA 4QEUA 5HCLA 2OUOA 4BW1A 4CLBA 4KCXA 4CUPA 5K29A 4A9JA 1X0JA 5FE4A 2R10A 4HXRA 2RNWA 5DY7A 2RS9B 2L84A 5D26A 3S92A 5IGLA 5CFWA 4QYDA 4YH3A 2L85A 3DAIA 4QSQA 2GRCA 5D3TA 4A9KA 4Y03A 4DONA 5A5QA 4YYIA 2R0YA 4Z1SA 4HBXA 4MEPA 5FE7A 4YYHA 5E3GA 5ENCA 4TZ8A 4YYDA 4QYLA 3U5LA 3ONIA 2LSPB 4IR6A 4HXNA 5FDZA 4XUBA 4XY9A 5CUEA 5G4SA 2D82A 5CQ5A 5EWHA 5C7NA 4NRBA 5E9LA 5D3SA 3JVLA 5I7YA 5F1LA 4QNSA 4NRAA 4J0SA 4CUTA 4J1PA 5IBNA 5ENEA 3P1CA 4Z93A 5EGUA 5FG5A 4LR6A 4QEWA 5C85A 3MB3A 4AKGA 5D3HA 5A5PA 4NS5A 5HQ7A 5E74A 3P5OA 5BT3A 4X2IA 5EVAA 3AADA 5G4RA 3VKHA 3HMEA 5I40A 5FB1A 4YC9A 5FH6A 5KTWA 5LUUA 4UIWA 3UV5A 4QSRA 2E7NA 4IORA 2F6NA 2D9EA 3MULA 3Q2EA 2YW5A 5LJ1A 5F2PA 4UIYA 5DW2A 4LC2A 5KTUA 5DLXA 4CFLA 2OO1A 4Z6HA 4NR7A 4PY6A 2DVVA 4NQMA 4QSVA 3TLPA 5HELA 5I86A 5L8UA 4NR9A 4UIXA 5A85A 4CFKA 5FFYA 4YABA 4N4HA 5CGPA 4TT4A 5E0RA 4MR4A 4CUQA 3UVYA 5CRZA 2KTBB 4AKIA 5F1HA 5LKUA 5FE2A 4QC3A 3LJWA 4ZQLA 5HFRA 4KV4A 1WUGA 4QBMA 3G0JA 4QC1A 5KHMA 5DFDA 4E96A 4UIUA 5CZGA 5FFVA 5F62A 1E6IA 5L98A 5I29A 2DVQA 5CRMA 5F3AA 5ENJA 5CUDA 5DLZA 5F63A 5CQ4A 4YBMA 5I83A 4UYFA 5CS8A 5EPRA 4ZC9A 5A5OA 5LJ0A 3UW9A 4PKLA 1WUMA 2YEMA 4UYHA 5TB6A 5EQ1A 5HLSA 3QZTA 4AKHA 3U5JA 4UITA 2E3KA 4YADA 4KV1A 5LVQA 4HXLA 5II2A 3DWYA 2F6JA 2DATA 3AQAA 1N72A 4YATA 4Z6IA 5FG4A 5D3PA 5EPBA 3NXBA 3O34A 4YY6A 5ENIA 5BT5A 4N4IA 5E9YA 5FE0A 5HRWA 3U5PA 5D0CA 5LVRA 5IGMA 3ZYUA 4O71A 4YY4A 3D1BA 5DFCA 3U5NA 5FFWA 1ZS5A 4F3IA 1JSPB 4O78A 5I1QA 5L8TA 3U5OA 5ENHA 4A9IA 4QR3A 2YQDA 4NXJA 5DX4A 4N4FA 4GPJA 4HXSA 4IOOA 4TQNA 2YYNA 4HXPA 5DFBA 4YYJA 5DYAA 4A9MA 4CL9A 4MENA 2H60A 5AMEA 5I88A 4O70A 4N3WA 4NYVA 5F5ZA 3O37A 4BW4A 4QSPA 4LDFA 5D24A 2G4AA 5JI8A 4IR3A 4LZSA 5E9VA 5IG6A 5H1UA 4TZ2A 5CY9A 4HBYA 5E3DA 4YH4A 4HBWA 2DKWA 5I7XA 4A9HA 5KO4A 3S91A 3O35A 3MXFA 2MJVB 4HBVA 5II1A 3P1EA 5COIA 4HXMA 4UYEA 4LYSA 4YYMA 5LJ2A 3GG3A 2R0SA 4WIVA 4QY4A 5HEMA 5IGNA 4O7CA 5LKXA 5EV9A 4TS8A 5E7DA 5I89A 3LQJA 2E7OA 4NR8A 4NUEA 5FE1A 5KU3A 5ENGA 5J0DA 2N9GA 5CP5A 2RNXA 5H1VA 2RO1A 4OGJA 5EM3A 5CUCA 5LKTA 4BW3A
chains in the Genus database with same CATH topology
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 2YDW A;  5A83 A;  4CUR A;  4NR6 A;  4MR3 A;  3UVW A;  4XYA A;  5D3L A;  2YEK A;  5IID A;  4UIV A;  5H1T A;  5L96 A;  4BJX A;  4ZW1 A;  5CUG A;  4QST A;  3P1F A;  5F36 A;  3Q2F A;  4UYF B;  2RNY A;  5EPS A;  3SVH A;  5DW1 A;  5CUB A;  4BHW A;  4QSW A;  5DKH A;  5CQT A;  5AD2 A;  4PS5 A;  4QSX A;  5DKC A;  4O7F A;  3UVD A;  3JVM A;  4TYL A;  5EK9 A;  4XY8 A;  3MB4 A;  2DWW A;  4NR4 A;  5TCM A;  5HRV A;  5ENF A;  4ALH A;  5DYX A;  4A9O A;  5BT4 A;  4NUD A;  4QUT A;  2RFJ A;  4PTB A;  3JVK A;  4QZS A;  5FE3 A;  4C67 A;  2FSA A;  4MEO A;  5FE6 A;  5EWC A;  2DVS A;  4CUU A;  4YYG A;  4NYW A;  1F68 A;  3U5M A;  1JM4 B;  5HFQ A;  5A81 A;  5C87 A;  2I8N A;  3UV4 A;  4QSU A;  5CQ3 A;  4Z1Q A;  5KTX A;  4A9E A;  4QUU A;  2R0V A;  4TU6 A;  3IU5 A;  4HXO A;  5D7X A;  4O7B A;  3FKM X;  4UIZ A;  3UV2 A;  4QEV A;  3G0L A;  1EQF A;  4TT6 A;  5CTL A;  5C4Q A;  5EWV A;  5HJC A;  5DYC A;  3O33 A;  5I80 A;  4LYW A;  5ACY A;  3LQI A;  3SVF A;  5DBM A;  5ENB A;  4YYN A;  3I3J A;  5EWD A;  5F25 A;  3P1D A;  4PCI A; 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