5LJ1A

N-terminal bromodomain of human brd4 with 8-(((3r,4r,5s)-3-((4,4-difluorocyclohexyl)methoxy)-5-methoxypiperidin-4-yl)amino)-3-methyl-5-(5-methylpyridin-3-yl)-1,7-naphthyridin-2(1h)-one
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title A Chemical Probe for the ATAD2 Bromodomain.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription
total genus 43
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-07-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5lj1A01
5CUAA 5C87A 4LYWA 4A9LA 5L8TA 4X2IA 4QR5A 5LJ0A 5FE4A 2FSAA 5EWCA 5FE2A 2DVRA 4J0SA 4UYFA 5DFDA 5DFBA 5ENJA 5LKTA 5E9MA 2RNYA 4HBVA 5FG4A 4TT2A 5I40A 4C66A 5F61A 3QZTA 5IG6A 5CUEA 3UVXA 2OUOA 4NXJA 5F1HA 5LKZA 2RI7A 4QSQA 4YC9A 5HEMA 4NYVA 4YYIA 5F63A 5G4SA 4BW3A 4E96A 5LKXA 4RVRA 5I88A 5DW1A 4O78A 4BJXA 2D82A 4PCIA 4WHWA 5JWMA 3K2JA 4PKLA 5H1VA 1ZS5A 3Q2FA 4HBYA 1EQFA 5KU3A 3LQJA 4ALGA 4XY9A 4NUDA 4QEWA 5FDZA 4A9EA 5CRMA 5EWHA 5A5NA 2GRCA 3HMFA 3U5JA 2YEKA 5DKHA 4ALHA 4QSRA 5H1TA 2KTBB 4LYIA 4O7BA 4YY4A 4PY6A 2L5EA 5CQ4A 5EV9A 2I8NA 5FB0A 5CP5A 5EVAA 4UIWA 4QSWA 3S91A 4MEPA 2OO1A 1X0JA 5L96A 5D7XA 2R0SA 5HELA 5D3TA 5LJ2A 3UVWA 4FLPA 4Z93A 4N4GA 4CFLA 4YABA 4CUUA 4HXOA 4O7FA 3SVHA 4A9JA 5IGKA 4HBWA 5CPEA 3UVDA 2DKWA 5II1A 5HM0A 4O76A 5TB6A 4YADA 5EK9A 4QSVA 2N9GA 4NR7A 4YBMA 5EISA 5CQ7A 5CZGA 4O72A 4YBSA 2RNXA 2WP1A 5KHMA 3ONIA 4J3IA 2YYNA 3MXFA 2H60A 4YAXA 4NR6A 5C8GA 5E74A 4LC2A 1WUGA 3JVMA 5ENIA 5AMFA 3HMHA 4LR6A 4O7CA 5EWWA 3MB4A 5DKDA 4CUSA 3SVFA 5EU1A 4QB3A 5HQ5A 3I3JA 5F3AA 4KV1A 5L97A 4YYNA 5ENFA 2YEMA 4A9OA 5E73A 4QUUA 4CUTA 5FE5A 4QBMA 5A85A 5FE3A 4TT4A 5E9VA 4ZQLA 4HBXA 4UYHA 5IGLA 5L8UA 4XUBA 2MJVB 4HXNA 5EPBA 5E9LA 5IIDA 5HRVA 5FFWA 5DYXA 4TTEA 4O74A 5CQ5A 4LZSA 3O36A 4XUAA 5I83A 5F60A 5F2PA 5DYCA 5E9IA 4YYDA 5K29A 5EWVA 3Q2EA 3P5OA 4CLBA 5AD2A 5BT4A 4MEQA 4QY4A 3S92A 4NYWA 4LZRA 2YDWA 5G4RA 5CQTA 3HMEA 4QR4A 5EWDA 5DW2A 4N4FA 5ACYA 5D0CA 5FE7A 4HXPA 5EP7A 5D24A 4UIUA 4YYHA 4PS5A 4TQNA 5D3NA 4A9MA 5HRXA 5KTXA 3D7CA 4NQNA 2D9EA 4NRCA 4YK0A 4J1PA 4YYJA 5D3RA 2WP2A 5EQ1A 4TU6A 5ETDA 5D3SA 4Z6HA 4UIYA 4F3IA 5I86A 4YH4A 3U5PA 3UV5A 2I7KA 4C67A 5DFCA 4LDFA 2DVQA 3GG3A 5CQ8A 4QSPA 5CQ3A 5A5SA 4O7AA 4TZ8A 4NUEA 5HRWA 2G4AA 4XY8A 5E9YA 3MQMA 4MR4A 5EPSA 3AQAA 4IR5A 5FG5A 5F5ZA 5IBNA 4IORA 4WIVA 4O75A 2YW5A 4UIZA 4Z6IA 4O77A 5ENHA 5KTWA 4J0RA 3U5MA 4Z1QA 5FB1A 2L85A 4MR3A 2R10A 5HCLA 5BT3A 4N3WA 4NR4A 4HXRA 5DY7A 5A7CA 4KCXA 2RO1A 3AADA 5DYAA 5LVRA 5L98A 4QNSA 4Q0OA 3O35A 2YQDA 5IGMA 2R0YA 3RCWA 4BHWA 5JI8A 5DYUA 5I80A 5LJ1A 4IOOA 5COIA 5I7XA 3NXBA 4XYAA 4Q0NA 4O7EA 5I7YA 5HFRA 4TU4A 3U5KA 5E9KA 5C89A 2E7OA 4NR8A 3U5OA 5A5RA 1E6IA 4NS5A 4UITA 4OGIA 3IU6A 2LSPB 1JSPB 5CS8A 1WUMA 4NQMA 4TYLA 5CTLA 5C7NA 5I29A 4IOQA 5CUGA 3LXJA 4A9HA 4UYGA 4QC1A 4IR4A 4MENA 4UYFB 5E7DA 5CGPA 5CQAA 5AMEA 5H85A 5DBMA 5FE8A 3QZVA 3G0LA 5FFYA 5FH7A 3ZYUA 4TZ2A 4BW4A 5C4QA 5CUDA 4QYLA 3JVLA 4UYDA 4A9FA 2F6NA 4YATA 2E7NA 3DAIA 4YH3A 4NRAA 3TLPA 5DLXA 4CUPA 5LVQA 3P1CA 5FBXA 3U5LA 4Z1SA 5EA1A 4MR5A 3P1FA 5TCMA 3LQIA 4YY6A 2DVSA 2RNWA 2YELA 1JM4B 5D3JA 2DVVA 3UVYA 3JVKA 5EI4A 5HJCA 4YYKA 3LQHA 3O34A 2E3KA 5CU8A 4QEVA 3SVGA 4N4IA 1N72A 4CUQA 3JVJA 4QUTA 4O70A 5KTUA 4CURA 4HXSA 4DONA 5FG6A 4Y03A 5E0RA 5ETBA 4QSSA 5D3LA 3UV4A 4A9NA 4GPJA 5F1LA 5EGUA 5CY9A 5F36A 3MULA 4OUFA 4CL9A 5EPRA 5FFVA 4UYEA 5D3PA 2L84A 4QR3A 5CRZA 5CQ6A 5FH6A 2RFJA 4A9KA 2DATA 4QZSA 4QSXA 3MUKA 5LKUA 4NR9A 4N4HA 5D25A 3IU5A 4NYXA 4HXKA 4KV4A 4NUCA 5ENBA 4BW2A 5HLSA 4ZW1A 4IR3A 5DKCA 5EICA 4OGJA 2DWWA 4QEUA 4UIXA 4HXLA 4QYDA 5F25A 1F68A 5ENGA 3O37A 4LRGA 4NRBA 4WHUA 5A5OA 5A83A 4IR6A 5A82A 5FH8A 4BW1A 5J0DA 4O71A 5ENEA 5EM3A 3U5NA 4AKNA 5C85A 5A5PA 5FE0A 4LYSA 3P1DA 5HENA 5CUCA 4TT6A 4TS8A 3LJWA 4UIVA 5II2A 2OSSA 5HQ7A 4LZ2A 5KO4A 5D3HA 5A81A 4MEOA 3UW9A 4MR6A 4HXMA 5IGNA 4A9IA 5F62A 5DX4A 5E3GA 5A5QA 5I1QA 4NR5A 4QC3A 2RS9B 5ENCA 5FE6A 3UV2A 4YYMA 5E3DA 5L99A 5BT5A 3FKMX 5HFQA 4YBTA 2NXBA 2F6JA 3O33A 3DWYA 4PCEA 5AD3A 5LUUA 5DLZA 5CUBA 4QSUA 4PTBA 5FE9A 4CFKA 5HQ6A 3MB3A 4YYGA 2R0VA 5H1UA 3QZSA 3P1EA 5CFWA 3G0JA 5I89A 5FE1A 4QSTA 4ZC9A 5D26A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5CUAA 5C87A 4LYWA 4A9LA 5L8TA 4X2IA 4QR5A 5LJ0A 5FE4A 2FSAA 5EWCA 5FE2A 2DVRA 4J0SA 4UYFA 5DFDA 5DFBA 5ENJA 5LKTA 5E9MA 2RNYA 4HBVA 5FG4A 4TT2A 5I40A 4C66A 5F61A 3QZTA 5IG6A 5CUEA 3UVXA 2OUOA 4NXJA 5F1HA 5LKZA 2RI7A 4QSQA 4YC9A 5HEMA 4NYVA 4YYIA 5F63A 5G4SA 4BW3A 4E96A 5LKXA 4RVRA 5I88A 5DW1A 4O78A 4BJXA 4AKIA 2D82A 4PCIA 4WHWA 5JWMA 3K2JA 4PKLA 5H1VA 1ZS5A 3Q2FA 4HBYA 1EQFA 5KU3A 3LQJA 4ALGA 4XY9A 4NUDA 4QEWA 5FDZA 4A9EA 5CRMA 5EWHA 5A5NA 2GRCA 4AKGA 3HMFA 3U5JA 2YEKA 5DKHA 4ALHA 4QSRA 5H1TA 2KTBB 4LYIA 4O7BA 4YY4A 4PY6A 2L5EA 5CQ4A 5EV9A 2I8NA 5FB0A 1PUOA 5CP5A 5EVAA 4UIWA 4QSWA 3S91A 4MEPA 2OO1A 1X0JA 5L96A 5D7XA 2R0SA 1ZKRA 5D3TA 5HELA 5LJ2A 3UVWA 4FLPA 4Z93A 4N4GA 4CFLA 4YABA 4CUUA 4HXOA 4O7FA 3SVHA 4A9JA 5IGKA 4HBWA 5CPEA 2EJNA 3UVDA 2DKWA 5II1A 5HM0A 4O76A 5TB6A 3D1DA 4YADA 5EK9A 4QSVA 2N9GA 4NR7A 4YBMA 5EISA 5CQ7A 5CZGA 4O72A 4YBSA 2RNXA 2WP1A 5KHMA 3VKHA 3ONIA 4J3IA 2YYNA 3MXFA 2H60A 4YAXA 4NR6A 5C8GA 5E74A 4LC2A 1WUGA 3JVMA 5ENIA 5AMFA 3HMHA 4LR6A 4O7CA 5EWWA 3MB4A 5DKDA 4CUSA 3SVFA 5EU1A 4QB3A 5HQ5A 3I3JA 5F3AA 4KV1A 5L97A 4YYNA 5ENFA 2YEMA 4A9OA 5E73A 4QUUA 4CUTA 5FE5A 4QBMA 5A85A 5FE3A 4TT4A 5E9VA 4ZQLA 4HBXA 4UYHA 5IGLA 5L8UA 4XUBA 2MJVB 4HXNA 5EPBA 5E9LA 5IIDA 5HRVA 5FFWA 5DYXA 4TTEA 4O74A 5CQ5A 4LZSA 3O36A 4XUAA 5I83A 5F60A 5F2PA 5DYCA 5E9IA 4YYDA 5K29A 5EWVA 3Q2EA 3P5OA 4CLBA 5AD2A 5BT4A 4MEQA 4QY4A 3S92A 4NYWA 4LZRA 2YDWA 5G4RA 5CQTA 3HMEA 4QR4A 5EWDA 5DW2A 4N4FA 5ACYA 5D0CA 5FE7A 4HXPA 5EP7A 5D24A 4UIUA 4YYHA 4PS5A 4TQNA 5D3NA 4A9MA 5HRXA 5KTXA 3D7CA 4NQNA 2D9EA 4NRCA 4YK0A 4J1PA 4AKHA 4YYJA 5D3RA 2WP2A 5EQ1A 4TU6A 5ETDA 5D3SA 4Z6HA 4UIYA 4F3IA 5I86A 4YH4A 3U5PA 3UV5A 2I7KA 4C67A 5DFCA 4LDFA 2DVQA 3GG3A 5CQ8A 4QSPA 5CQ3A 5A5SA 4O7AA 4TZ8A 4NUEA 5HRWA 2G4AA 4XY8A 5E9YA 3MQMA 4MR4A 5EPSA 3AQAA 4IR5A 5FG5A 3D1BA 5F5ZA 5IBNA 4IORA 4WIVA 4O75A 2YW5A 4UIZA 4Z6IA 4O77A 5ENHA 5KTWA 4J0RA 3U5MA 4Z1QA 5FB1A 2L85A 4MR3A 2R10A 5HCLA 5BT3A 4N3WA 4NR4A 4HXRA 5DY7A 5A7CA 4KCXA 2RO1A 3AADA 5DYAA 5LVRA 5L98A 4QNSA 4Q0OA 3O35A 2YQDA 5IGMA 2R0YA 3RCWA 4BHWA 5JI8A 5DYUA 5I80A 5LJ1A 4IOOA 5COIA 5I7XA 3NXBA 4XYAA 4Q0NA 4O7EA 5I7YA 5HFRA 4TU4A 3U5KA 5E9KA 5C89A 2E7OA 4NR8A 3U5OA 5A5RA 1E6IA 4NS5A 4UITA 4OGIA 3IU6A 2LSPB 1JSPB 5CS8A 1WUMA 4NQMA 4TYLA 5CTLA 5C7NA 5I29A 4IOQA 5CUGA 3LXJA 4A9HA 4UYGA 4QC1A 4IR4A 4MENA 4UYFB 5E7DA 5CGPA 5CQAA 5AMEA 5H85A 5DBMA 5FE8A 3QZVA 3G0LA 5FFYA 5FH7A 3ZYUA 4TZ2A 4BW4A 5C4QA 5CUDA 4QYLA 3JVLA 4UYDA 4A9FA 2F6NA 4YATA 2E7NA 3DAIA 4YH3A 4NRAA 3TLPA 5DLXA 4CUPA 5LVQA 3P1CA 5FBXA 3U5LA 4Z1SA 5EA1A 4MR5A 3P1FA 5TCMA 3LQIA 4YY6A 2DVSA 2RNWA 2YELA 1JM4B 5D3JA 2DVVA 3UVYA 3JVKA 5EI4A 5HJCA 4YYKA 3LQHA 3O34A 2E3KA 5CU8A 4QEVA 3SVGA 4N4IA 1N72A 4CUQA 3JVJA 4QUTA 4O70A 5KTUA 4CURA 4HXSA 4DONA 5FG6A 4Y03A 5E0RA 5ETBA 4QSSA 5D3LA 3UV4A 4A9NA 4GPJA 5F1LA 5EGUA 5CY9A 5F36A 3MULA 4OUFA 4CL9A 5EPRA 5FFVA 4UYEA 5D3PA 2L84A 4QR3A 5CRZA 5CQ6A 5FH6A 2RFJA 4A9KA 2DATA 4QZSA 4QSXA 3MUKA 5LKUA 4NR9A 4N4HA 5D25A 3IU5A 3ERRA 4NYXA 4HXKA 4KV4A 4NUCA 5ENBA 4BW2A 5HLSA 4ZW1A 4IR3A 5DKCA 5EICA 4OGJA 2DWWA 4QEUA 4UIXA 4HXLA 4QYDA 5F25A 1F68A 5ENGA 3O37A 4LRGA 4NRBA 4WHUA 5A5OA 5A83A 4IR6A 5A82A 5FH8A 4BW1A 5J0DA 4O71A 5ENEA 5EM3A 3U5NA 4AKNA 5C85A 5A5PA 5FE0A 4LYSA 3P1DA 5HENA 5CUCA 4TT6A 4TS8A 3LJWA 4UIVA 5II2A 2OSSA 5HQ7A 4LZ2A 3VKGA 5KO4A 5D3HA 4AI6A 5A81A 4MEOA 3UW9A 4MR6A 4HXMA 5IGNA 4A9IA 5F62A 5DX4A 5E3GA 5A5QA 5I1QA 4NR5A 4QC3A 2RS9B 5ENCA 5FE6A 3UV2A 4YYMA 5E3DA 5L99A 5BT5A 3FKMX 5HFQA 4YBTA 2NXBA 2F6JA 3O33A 3DWYA 4PCEA 5AD3A 5LUUA 5DLZA 5CUBA 4QSUA 4PTBA 5FE9A 4CFKA 5HQ6A 3MB3A 4YYGA 2R0VA 5H1UA 3QZSA 3P1EA 5CFWA 3G0JA 5I89A 5FE1A 4QSTA 4ZC9A 5D26A
chains in the Genus database with same CATH topology
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