5LJ1A

N-terminal bromodomain of human brd4 with 8-(((3r,4r,5s)-3-((4,4-difluorocyclohexyl)methoxy)-5-methoxypiperidin-4-yl)amino)-3-methyl-5-(5-methylpyridin-3-yl)-1,7-naphthyridin-2(1h)-one
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transcription
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title A Chemical Probe for the ATAD2 Bromodomain.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 43
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-07-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5lj1A01
4LC2A 4MEQA 4XUAA 5EP7A 3LJWA 3IU5A 4BJXA 3Q2FA 5C8GA 5KHMA 2FSAA 5A82A 4QYLA 4ALHA 5DX4A 4HXMA 3HMHA 5DLXA 3LQJA 5CRMA 3SVGA 4QZSA 5CTLA 5A5OA 1WUGA 4OGJA 4TYLA 1JM4B 4NR5A 3FKMX 5EI4A 4TU4A 4HXKA 4YYDA 3LQIA 2RI7A 4MEPA 5D3RA 4YBMA 5EGUA 5G4SA 5HJCA 4XY9A 4DONA 4HBYA 4A9LA 4QSQA 5II1A 4CUPA 4N3WA 5TCMA 5CS8A 5CY9A 3G0JA 4XY8A 3AQAA 5FFYA 5FBXA 5A5RA 4MR3A 4QSUA 4UIVA 5FG5A 3Q2EA 4XUBA 4IR6A 3S91A 5ENHA 2RO1A 3UW9A 5EWWA 4A9OA 5F61A 4HXNA 5I40A 4QEVA 2D9EA 4LZRA 3S92A 5HLSA 2L5EA 5CRZA 5I1QA 4O7EA 4UIUA 3JVJA 5F63A 5FE0A 5EPRA 4O78A 4O7BA 4LYWA 5DY7A 4CUUA 5D3JA 5FG4A 5F3AA 4NRBA 3QZTA 5HEMA 4PTBA 5FDZA 5D3TA 2YEMA 4AKNA 5EU1A 5BT3A 4X2IA 5E9KA 5E73A 5CUEA 4TS8A 4J0RA 5HM0A 4UIXA 2YDWA 1JSPB 5AD2A 4HXPA 5CQAA 5I80A 4CUSA 4O7FA 3HMEA 5EWVA 4LR6A 4A9HA 5DYAA 5DBMA 4O7CA 5H1TA 3UVWA 5ENFA 4PCEA 5K29A 4UYDA 4ZQLA 5A85A 4NQMA 5LJ0A 5D25A 5EPBA 5DYUA 3U5MA 5CUAA 5J0DA 4J0SA 4QUUA 4A9NA 4O77A 3IU6A 5L98A 3SVFA 5EWHA 5E9IA 4NRCA 5E9LA 3LQHA 5IG6A 5HCLA 4QSTA 4WIVA 5DKCA 4HBXA 4BW2A 4IR3A 5D3LA 4UYHA 5E9YA 5A5PA 5TB6A 5CQ5A 5BT5A 3SVHA 3O35A 3LXJA 5E3DA 4YATA 4KV4A 4NRAA 4TQNA 4YYIA 2E3KA 1X0JA 4IOQA 4YAXA 4NR8A 5EWDA 4QEUA 4O70A 4YBTA 3NXBA 4J1PA 2YQDA 5A7CA 4QBMA 4A9MA 5F25A 5HQ7A 4NS5A 3GG3A 3ONIA 5FE9A 5L99A 4UYEA 3UVYA 5FE3A 3I3JA 4YYMA 2GRCA 4HXLA 4BW3A 2YEKA 4NR9A 5EWCA 3DAIA 2H60A 5E0RA 3P1FA 5CUBA 1N72A 2DVRA 5LVRA 4Q0OA 4N4HA 5FB1A 5CQ3A 2G4AA 4Q0NA 4MENA 2D82A 5D7XA 4CUTA 3P5OA 4ZC9A 2L84A 4CLBA 5BT4A 5KTUA 4QSPA 5L8TA 4QC1A 5FE7A 3QZSA 4QB3A 5FE8A 4CFLA 5LKTA 5COIA 5CQ4A 5EK9A 3D7CA 4QSXA 4F3IA 2L85A 5DFBA 4E96A 2KTBB 4UYFA 3U5JA 4QR5A 4HBWA 5IIDA 5II2A 4Z1SA 3MB3A 2F6JA 5DW1A 2WP1A 4LDFA 4BW1A 5CP5A 5FG6A 5CUCA 5EA1A 5FE2A 5DLZA 5C7NA 2YELA 5A5SA 4YYHA 3UVXA 2DVVA 2YW5A 4YC9A 4QUTA 4Z93A 5I89A 3U5PA 5F5ZA 5A81A 4Z1QA 4NR4A 5D3PA 5I7YA 4WHUA 5EQ1A 3UVDA 4QSWA 5D24A 4QY4A 4NR7A 4OUFA 3JVKA 5KU3A 5LKZA 4QC3A 2I8NA 4UIZA 4A9IA 5AMFA 5HENA 4GPJA 5I7XA 4Z6HA 5L8UA 4NYWA 4UYFB 5DW2A 3MQMA 2DKWA 5HRXA 3TLPA 4PCIA 5D0CA 3U5LA 3DWYA 4LYSA 2YYNA 1EQFA 3U5NA 5CQ6A 5ENCA 4CUQA 3P1DA 4LZSA 5FE5A 5ETDA 5FE1A 5FE4A 5D26A 4QNSA 5EISA 5EV9A 5F1LA 3UV2A 5C89A 4MR6A 5CU8A 5IGKA 4YK0A 4QEWA 4HBVA 4KV1A 2WP2A 4PKLA 4CL9A 5FH7A 2RNXA 5HRWA 1ZS5A 5LKXA 3O34A 4QSRA 5H1VA 5FFVA 4NXJA 4MEOA 4J3IA 5EICA 2OO1A 3P1EA 4YYKA 5DKHA 2OSSA 5ETBA 4TT6A 5ENJA 5D3HA 5DKDA 5A5QA 4O74A 4UIWA 5HFQA 5HQ6A 4A9KA 3UV4A 5LVQA 4O72A 3U5KA 2MJVB 4LYIA 5FE6A 4YADA 2OUOA 3ZYUA 4HXSA 5I83A 4HXOA 3JVLA 3QZVA 2RFJA 4MR4A 5IBNA 5F60A 4YY4A 5CUGA 3MULA 4NUEA 2R0VA 4PS5A 5I29A 2NXBA 5I88A 4Z6IA 5EM3A 4TT2A 5F2PA 5E3GA 5F36A 4BW4A 4C66A 3AADA 4C67A 5ENBA 5E74A 4BHWA 5A5NA 3MB4A 4LRGA 2LSPB 4YH4A 5ENGA 4KCXA 4TU6A 4O76A 3K2JA 5KO4A 5HFRA 4A9JA 4N4IA 5CQ7A 2R10A 5F62A 5JI8A 5C87A 4YH3A 2R0YA 5ACYA 4YYGA 5ENEA 4QR3A 5LJ1A 4TTEA 3JVMA 2R0SA 4A9FA 5HRVA 5FH6A 4ZW1A 4RVRA 5CPEA 4YYNA 4HXRA 5IGLA 5HQ5A 4UITA 3G0LA 5CGPA 5EVAA 4UIYA 5KTWA 4UYGA 5LUUA 5IGMA 4QSSA 4O7AA 5DYCA 4YY6A 5IGNA 3HMFA 4TZ8A 4CURA 2DVSA 5AMEA 4N4GA 4QYDA 5DFDA 5DYXA 4CFKA 4Y03A 5HELA 5C85A 5KTXA 5FB0A 4IOOA 5I86A 1WUMA 4LZ2A 5E7DA 4N4FA 5H1UA 5E9VA 3MXFA 4NR6A 2E7NA 4NUCA 4QR4A 2RS9B 5ENIA 4O71A 2I7KA 5CQ8A 5A83A 5L97A 4ALGA 5L96A 4WHWA 4XYAA 4TZ2A 4OGIA 3O36A 5H85A 3O37A 4IORA 4NQNA 4FLPA 5D3SA 4A9EA 4YBSA 4MR5A 5JWMA 5D3NA 5LJ2A 4TT4A 2E7OA 5F1HA 4O75A 2DATA 3P1CA 4IR4A 2DWWA 4QSVA 4NUDA 4YABA 1F68A 2RNYA 4NYVA 3O33A 2RNWA 2F6NA 5CUDA 5EPSA 4YYJA 3U5OA 3MUKA 4IR5A 5FH8A 5DFCA 2N9GA 5CZGA 4PY6A 5E9MA 1E6IA 5CFWA 3RCWA 5LKUA 5C4QA 5G4RA 5AD3A 2DVQA 5CQTA 3UV5A 5FFWA 4NYXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LC2A 4MEQA 4XUAA 5EP7A 3LJWA 3IU5A 4BJXA 3Q2FA 5C8GA 5KHMA 2FSAA 5A82A 4QYLA 4ALHA 5DX4A 4HXMA 3HMHA 5DLXA 3LQJA 5CRMA 3SVGA 4QZSA 5CTLA 5A5OA 1WUGA 4OGJA 4TYLA 1JM4B 4NR5A 3FKMX 5EI4A 4TU4A 4HXKA 4YYDA 3LQIA 2RI7A 4MEPA 5D3RA 4YBMA 5EGUA 5G4SA 5HJCA 4XY9A 4DONA 4HBYA 4A9LA 4QSQA 5II1A 4CUPA 4N3WA 5TCMA 3VKHA 5CS8A 5CY9A 3G0JA 3VKGA 4XY8A 3AQAA 5FFYA 5FBXA 5A5RA 4MR3A 4QSUA 4UIVA 5FG5A 3Q2EA 4XUBA 4IR6A 3S91A 5ENHA 2RO1A 3UW9A 5EWWA 4A9OA 5F61A 4HXNA 5I40A 4QEVA 2D9EA 4LZRA 3S92A 5HLSA 2L5EA 5CRZA 5I1QA 4O7EA 4UIUA 3JVJA 5F63A 5FE0A 4AI6A 5EPRA 4O78A 4O7BA 4LYWA 5DY7A 4CUUA 5D3JA 5FG4A 5F3AA 4NRBA 3QZTA 5HEMA 4PTBA 5FDZA 5D3TA 2YEMA 4AKNA 5EU1A 5BT3A 4X2IA 5E9KA 5E73A 5CUEA 4TS8A 4J0RA 5HM0A 4UIXA 2YDWA 1JSPB 5AD2A 4HXPA 5CQAA 5I80A 4CUSA 4O7FA 3HMEA 5EWVA 4LR6A 4A9HA 5DYAA 5DBMA 4O7CA 5H1TA 3UVWA 5ENFA 4PCEA 5K29A 4UYDA 4ZQLA 5A85A 4NQMA 5LJ0A 3D1DA 5D25A 5EPBA 5DYUA 3U5MA 5CUAA 5J0DA 4J0SA 4QUUA 4A9NA 4O77A 3IU6A 5L98A 3SVFA 5EWHA 5E9IA 4NRCA 5E9LA 3LQHA 5IG6A 5HCLA 4QSTA 4WIVA 5DKCA 4HBXA 4BW2A 4IR3A 5D3LA 4UYHA 5E9YA 5A5PA 5TB6A 5CQ5A 5BT5A 3SVHA 3O35A 3LXJA 5E3DA 4YATA 4AKIA 4KV4A 4NRAA 4TQNA 4YYIA 2E3KA 1X0JA 4IOQA 4YAXA 4NR8A 5EWDA 4QEUA 4O70A 4YBTA 3NXBA 4J1PA 2YQDA 5A7CA 4QBMA 4A9MA 5F25A 5HQ7A 4NS5A 3GG3A 3ONIA 5FE9A 5L99A 4UYEA 3UVYA 5FE3A 3I3JA 4YYMA 2GRCA 4HXLA 4BW3A 2YEKA 4NR9A 5EWCA 3DAIA 2H60A 5E0RA 3P1FA 5CUBA 1N72A 2DVRA 5LVRA 4Q0OA 4N4HA 5FB1A 5CQ3A 2G4AA 4Q0NA 4MENA 2D82A 5D7XA 4CUTA 3P5OA 4ZC9A 2L84A 4CLBA 5BT4A 5KTUA 4QSPA 5L8TA 4QC1A 5FE7A 3QZSA 4QB3A 5FE8A 4CFLA 5LKTA 5COIA 5CQ4A 5EK9A 3D7CA 4QSXA 4F3IA 2L85A 5DFBA 4E96A 2KTBB 4UYFA 3U5JA 4QR5A 4HBWA 5IIDA 5II2A 4Z1SA 3MB3A 2F6JA 5DW1A 2WP1A 4LDFA 4BW1A 5CP5A 5FG6A 5CUCA 5EA1A 5FE2A 5DLZA 5C7NA 2YELA 5A5SA 4YYHA 3UVXA 2DVVA 2YW5A 4YC9A 4QUTA 4Z93A 5I89A 3U5PA 5F5ZA 5A81A 4Z1QA 4NR4A 5D3PA 5I7YA 4WHUA 5EQ1A 3UVDA 4QSWA 5D24A 4QY4A 4NR7A 4OUFA 3JVKA 5KU3A 5LKZA 4QC3A 1PUOA 2I8NA 4UIZA 4A9IA 5AMFA 5HENA 4GPJA 5I7XA 4Z6HA 5L8UA 4NYWA 4UYFB 5DW2A 3MQMA 2DKWA 5HRXA 3TLPA 4PCIA 5D0CA 3U5LA 3DWYA 4LYSA 2YYNA 1EQFA 3U5NA 5CQ6A 5ENCA 4CUQA 3P1DA 4LZSA 5FE5A 5ETDA 5FE1A 5FE4A 5D26A 4QNSA 5EISA 5EV9A 5F1LA 3UV2A 5C89A 2EJNA 4MR6A 5CU8A 5IGKA 4YK0A 4QEWA 4HBVA 4KV1A 2WP2A 4PKLA 4CL9A 5FH7A 2RNXA 5HRWA 1ZS5A 5LKXA 3O34A 4QSRA 5H1VA 5FFVA 4NXJA 4MEOA 4J3IA 5EICA 2OO1A 3P1EA 4YYKA 5DKHA 2OSSA 5ETBA 4TT6A 5ENJA 5D3HA 5DKDA 5A5QA 4O74A 4UIWA 3ERRA 5HFQA 5HQ6A 4A9KA 3UV4A 5LVQA 4O72A 3U5KA 2MJVB 4LYIA 5FE6A 4YADA 2OUOA 3ZYUA 4HXSA 5I83A 4HXOA 3JVLA 3QZVA 1ZKRA 2RFJA 4MR4A 5IBNA 5F60A 4YY4A 5CUGA 3MULA 4NUEA 2R0VA 4PS5A 5I29A 2NXBA 5I88A 4Z6IA 5EM3A 4TT2A 5F2PA 5E3GA 5F36A 4BW4A 4C66A 3AADA 3D1BA 4C67A 5ENBA 5E74A 4BHWA 5A5NA 3MB4A 4LRGA 2LSPB 4YH4A 5ENGA 4KCXA 4TU6A 4O76A 3K2JA 5KO4A 5HFRA 4A9JA 4N4IA 5CQ7A 2R10A 5F62A 5JI8A 5C87A 4YH3A 2R0YA 5ACYA 4YYGA 5ENEA 4QR3A 5LJ1A 4TTEA 3JVMA 2R0SA 4A9FA 5HRVA 5FH6A 4ZW1A 4RVRA 5CPEA 4YYNA 4HXRA 5IGLA 5HQ5A 4UITA 3G0LA 5CGPA 5EVAA 4UIYA 5KTWA 4UYGA 5LUUA 5IGMA 4QSSA 4O7AA 5DYCA 4YY6A 5IGNA 3HMFA 4TZ8A 4CURA 2DVSA 5AMEA 4N4GA 4QYDA 5DFDA 5DYXA 4CFKA 4Y03A 5HELA 5C85A 5KTXA 5FB0A 4IOOA 5I86A 1WUMA 4LZ2A 5E7DA 4N4FA 5H1UA 5E9VA 3MXFA 4NR6A 2E7NA 4NUCA 4QR4A 2RS9B 5ENIA 4O71A 2I7KA 5CQ8A 5A83A 5L97A 4ALGA 5L96A 4WHWA 4XYAA 4TZ2A 4OGIA 3O36A 4AKGA 5H85A 3O37A 4IORA 4NQNA 4FLPA 5D3SA 4A9EA 4YBSA 4MR5A 5JWMA 5D3NA 5LJ2A 4TT4A 2E7OA 4AKHA 5F1HA 4O75A 2DATA 3P1CA 4IR4A 2DWWA 4QSVA 4NUDA 4YABA 1F68A 2RNYA 4NYVA 3O33A 2RNWA 2F6NA 5CUDA 5EPSA 4YYJA 3U5OA 3MUKA 4IR5A 5FH8A 5DFCA 2N9GA 5CZGA 4PY6A 5E9MA 1E6IA 5CFWA 3RCWA 5LKUA 5C4QA 5G4RA 5AD3A 2DVQA 5CQTA 3UV5A 5FFWA 4NYXA
chains in the Genus database with same CATH topology
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