5LJ1A

N-terminal bromodomain of human brd4 with 8-(((3r,4r,5s)-3-((4,4-difluorocyclohexyl)methoxy)-5-methoxypiperidin-4-yl)amino)-3-methyl-5-(5-methylpyridin-3-yl)-1,7-naphthyridin-2(1h)-one
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title A Chemical Probe for the ATAD2 Bromodomain.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription
total genus 43
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-07-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5lj1A01
2RS9B 5CP5A 4HXKA 4YYDA 4YYHA 2E3KA 4LDFA 5HFRA 5CUGA 4Z1SA 3K2JA 5JI8A 5CUBA 5F61A 4LRGA 3Q2EA 4N4HA 5F36A 4TQNA 3MULA 4O77A 4XYAA 4TT4A 2R0VA 4HXPA 4YATA 3O34A 3UV4A 4YYNA 4A9IA 5C85A 4BW2A 5FFWA 4CUPA 5DKCA 5EI4A 5I83A 4NQMA 2RNYA 4HXMA 5DYXA 3U5PA 5LJ1A 2NXBA 5L8TA 5CQ8A 5DW2A 4QZSA 4UYFA 5D24A 5BT5A 5I7XA 5E9MA 4TTEA 2E7OA 4A9KA 3SVHA 4HXOA 5FDZA 3RCWA 4YYKA 4PTBA 5LKTA 5EWHA 4HXSA 4NUEA 3ZYUA 4CUQA 4MR6A 5E3DA 4UIZA 5E74A 4QB3A 5CY9A 4YAXA 5I88A 5EPSA 2L85A 3HMFA 5D3PA 3O37A 5L8UA 3U5OA 4OUFA 2R0YA 5CQ7A 5HQ5A 3O36A 3UVDA 2YEMA 4TS8A 4MR3A 4FLPA 5CUDA 5FE2A 3AADA 5DLXA 4PCEA 5L96A 5A5SA 4QYLA 5KU3A 3D7CA 4CUTA 3IU6A 5CRMA 5FG5A 2DKWA 4QSSA 4HBYA 5EPRA 4NR7A 5EISA 5FE1A 2KTBB 4YY4A 5ENCA 5D3SA 4A9OA 4ZC9A 4UYHA 2WP2A 5CZGA 4QEVA 5CQTA 5LKXA 5D0CA 5CQ6A 4GPJA 5EGUA 5C87A 5ETDA 4YBSA 5LUUA 5EV9A 3LQHA 3TLPA 4O7EA 4A9JA 5A81A 5CPEA 4F3IA 5D3JA 2DATA 4TT6A 5A5OA 2YW5A 4O74A 4X2IA 5EVAA 4LC2A 5FBXA 5A82A 5I7YA 5EU1A 4O70A 4OGJA 5DYUA 4O7AA 5I86A 5CUEA 4LZ2A 5FB1A 3SVGA 5FE5A 4LR6A 4O7FA 3UVYA 4NR4A 4NR9A 1WUMA 4NS5A 4Q0NA 5FE0A 4J1PA 2DVRA 3S92A 4MENA 5D3HA 5EWWA 4CFLA 4MEOA 3O35A 5LVRA 5I29A 5F3AA 2WP1A 2L5EA 4TZ8A 2OSSA 3LQJA 4YYGA 4KV4A 2R10A 4UIWA 2DWWA 5EM3A 5FE3A 5COIA 4CUUA 4A9EA 4QNSA 5CQ3A 3U5MA 5I40A 5K29A 5FH7A 4O78A 4Z6HA 2F6JA 2DVSA 4YBMA 4LZRA 4XUBA 5I89A 4UYDA 4YYIA 3UV5A 4TU6A 3P1EA 4YADA 5EWCA 5EWVA 3JVMA 5A5RA 5HRXA 5II2A 5ACYA 5ENIA 5D7XA 4TU4A 5EA1A 5CUCA 5D3RA 3MB3A 5H1VA 5D26A 5HFQA 4HBXA 4QUTA 5H1UA 5D3LA 5L98A 5H1TA 4LYIA 4HXRA 5LKZA 4XY9A 5E0RA 4YBTA 3MB4A 4N4GA 4NYVA 5IGKA 5FG4A 2YYNA 5C4QA 5EWDA 5F1HA 5F5ZA 5FFYA 5D3NA 3Q2FA 5HLSA 5E9VA 4KCXA 4MEPA 2I7KA 1X0JA 4QY4A 3JVJA 4MEQA 2RO1A 5HCLA 5FE6A 2D9EA 2RNWA 5FG6A 5ENFA 3QZSA 4A9MA 5EICA 5ENGA 4YH4A 4UIVA 5EQ1A 4O7CA 5II1A 4C66A 5HQ6A 3UV2A 4BW3A 3UW9A 5D3TA 5C8GA 4NXJA 2I8NA 3P1DA 4UIXA 5FH8A 3HMEA 4Z1QA 5ETBA 4YYMA 5G4RA 4UITA 4MR5A 4BHWA 4CURA 4DONA 4N4IA 3AQAA 2RNXA 2N9GA 2L84A 5F1LA 5H85A 5G4SA 4NR5A 4C67A 3JVKA 5ENHA 4TT2A 5L97A 3P1FA 5E9IA 4O76A 4E96A 5I1QA 5KTXA 4QR3A 4O7BA 2YELA 5DY7A 4ZW1A 4O71A 5CRZA 4HBWA 2RFJA 4IORA 4YC9A 4ALHA 4AKNA 5FFVA 1EQFA 3NXBA 4J3IA 5DKDA 5J0DA 5CQAA 3QZVA 5DLZA 4Y03A 4QSPA 2OO1A 5A5NA 4OGIA 5DYCA 4IR5A 4CL9A 4A9NA 4LZSA 4QR4A 4QEWA 4QYDA 4A9HA 4QSXA 4ZQLA 3LXJA 2YEKA 4QC1A 4O72A 5ENJA 4QC3A 5KHMA 2OUOA 5CS8A 3IU5A 4WHUA 5CTLA 2DVVA 2R0SA 5EPBA 1WUGA 5C89A 5CQ4A 4XUAA 5DYAA 5LKUA 5A5PA 4LYWA 4BW1A 3QZTA 5FH6A 4PKLA 5JWMA 4QSRA 1E6IA 5F2PA 4UIYA 5KO4A 5IGMA 4LYSA 5FE4A 4A9LA 4TZ2A 5AD2A 4CFKA 4IR4A 4QSWA 4HBVA 4IOQA 3I3JA 5FE9A 5TB6A 4XY8A 2E7NA 4UIUA 3SVFA 4YH3A 5C7NA 5F62A 3G0JA 4PY6A 4NRCA 4QSTA 5A85A 4UYFB 3U5JA 5E73A 5FE8A 5BT4A 5F63A 3MXFA 4YY6A 3GG3A 4HXLA 4NQNA 4QBMA 1N72A 2RI7A 4HXNA 1JM4B 4A9FA 5A7CA 5HJCA 3P5OA 3S91A 4YYJA 5DFCA 4NRAA 4TYLA 5E9LA 4BJXA 3P1CA 5DKHA 3U5KA 5FE7A 4NR6A 5CGPA 5EP7A 5TCMA 5BT3A 5DW1A 2YQDA 5KTUA 2MJVB 4QSQA 5CQ5A 2F6NA 5L99A 3U5NA 5D25A 4Q0OA 5HRVA 5DX4A 2LSPB 4NYWA 5FB0A 5E9YA 5IBNA 3U5LA 5HEMA 5F25A 3FKMX 2H60A 4QEUA 5KTWA 5A5QA 5DFDA 4Z93A 4O75A 3MUKA 5CUAA 5EK9A 4IR3A 4KV1A 4IR6A 3LJWA 5IGNA 3DAIA 5HENA 2YDWA 3O33A 4N3WA 4NUDA 4PCIA 4Z6IA 5F60A 3UVWA 4CLBA 4QSUA 4RVRA 4NRBA 4NYXA 5AMFA 2D82A 3DWYA 4N4FA 4QUUA 4MR4A 2FSAA 4WIVA 4J0SA 4UYEA 5IGLA 3ONIA 5LJ0A 5LJ2A 3G0LA 4IOOA 4CUSA 4WHWA 5ENEA 4QR5A 4NUCA 5I80A 1F68A 4PS5A 3LQIA 5HELA 5LVQA 3MQMA 5HRWA 4QSVA 4YK0A 4NR8A 3UVXA 4YABA 2DVQA 5IG6A 5ENBA 5DBMA 4ALGA 4BW4A 5IIDA 2GRCA 5CU8A 2G4AA 5HQ7A 3JVLA 5CFWA 5HM0A 5AD3A 4J0RA 5E7DA 3HMHA 5DFBA 5E3GA 5E9KA 5A83A 1JSPB 4UYGA 5AMEA 1ZS5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2RS9B 5CP5A 4HXKA 4YYDA 4YYHA 2E3KA 4LDFA 5HFRA 5CUGA 4Z1SA 3K2JA 5JI8A 5CUBA 5F61A 4LRGA 3Q2EA 4N4HA 5F36A 4TQNA 3MULA 4O77A 4XYAA 4TT4A 2R0VA 4HXPA 4YATA 3O34A 3UV4A 4YYNA 4A9IA 5C85A 4BW2A 5FFWA 4CUPA 5DKCA 5EI4A 5I83A 4NQMA 2RNYA 4HXMA 5DYXA 3U5PA 5LJ1A 2NXBA 5L8TA 5CQ8A 5DW2A 4QZSA 4UYFA 5D24A 5BT5A 5I7XA 5E9MA 4TTEA 2E7OA 4A9KA 3SVHA 4HXOA 5FDZA 3RCWA 4YYKA 4PTBA 5LKTA 5EWHA 4HXSA 4NUEA 3ZYUA 4CUQA 4MR6A 5E3DA 4UIZA 5E74A 4QB3A 5CY9A 4YAXA 4AKHA 5I88A 5EPSA 2L85A 3HMFA 5D3PA 3O37A 5L8UA 3U5OA 4OUFA 2R0YA 5CQ7A 5HQ5A 3O36A 3UVDA 2YEMA 4TS8A 4MR3A 4FLPA 5CUDA 5FE2A 3AADA 5DLXA 4PCEA 5L96A 5A5SA 4QYLA 5KU3A 3D7CA 4CUTA 3IU6A 5CRMA 5FG5A 2DKWA 4QSSA 4HBYA 5EPRA 4NR7A 5EISA 5FE1A 2KTBB 4YY4A 5ENCA 5D3SA 4A9OA 4ZC9A 4UYHA 2WP2A 5CZGA 4QEVA 5CQTA 5LKXA 5D0CA 5CQ6A 4GPJA 5EGUA 5C87A 5ETDA 4YBSA 5LUUA 5EV9A 3LQHA 3TLPA 4O7EA 4A9JA 5A81A 5CPEA 4F3IA 5D3JA 2DATA 4TT6A 5A5OA 2YW5A 4O74A 4X2IA 5EVAA 4LC2A 4AKIA 5FBXA 5A82A 5I7YA 5EU1A 4O70A 4OGJA 5DYUA 4O7AA 5I86A 5CUEA 4LZ2A 5FB1A 3SVGA 5FE5A 4LR6A 4O7FA 3UVYA 4NR4A 4NR9A 1WUMA 4NS5A 4Q0NA 5FE0A 4J1PA 2DVRA 3S92A 4MENA 5D3HA 5EWWA 4CFLA 4MEOA 3O35A 5LVRA 5I29A 5F3AA 2WP1A 2L5EA 4TZ8A 2OSSA 3LQJA 4YYGA 4KV4A 2R10A 4UIWA 2DWWA 5EM3A 5FE3A 5COIA 4CUUA 4A9EA 4QNSA 5CQ3A 3U5MA 5I40A 5K29A 5FH7A 4O78A 4Z6HA 2F6JA 2DVSA 4YBMA 4LZRA 4XUBA 5I89A 4UYDA 4YYIA 3UV5A 4TU6A 3P1EA 4YADA 3D1BA 5EWCA 5EWVA 3JVMA 5A5RA 3VKHA 5HRXA 5II2A 5ACYA 5ENIA 5D7XA 4TU4A 5EA1A 5CUCA 5D3RA 3MB3A 5H1VA 5D26A 5HFQA 4HBXA 4QUTA 5H1UA 5D3LA 5L98A 5H1TA 4LYIA 4HXRA 5LKZA 4XY9A 5E0RA 4YBTA 3MB4A 4N4GA 4NYVA 5IGKA 5FG4A 2YYNA 5C4QA 5EWDA 5F1HA 5F5ZA 5FFYA 5D3NA 3Q2FA 5HLSA 5E9VA 4KCXA 4MEPA 2I7KA 1X0JA 4QY4A 3JVJA 4MEQA 2RO1A 5HCLA 5FE6A 2D9EA 2RNWA 5FG6A 5ENFA 3QZSA 4A9MA 5EICA 5ENGA 4YH4A 4UIVA 5EQ1A 4O7CA 5II1A 4C66A 5HQ6A 3UV2A 4BW3A 3UW9A 5D3TA 5C8GA 4NXJA 2I8NA 3P1DA 4UIXA 5FH8A 3HMEA 4Z1QA 5ETBA 4YYMA 5G4RA 4UITA 4MR5A 4BHWA 4CURA 4DONA 4N4IA 3AQAA 2RNXA 2N9GA 2L84A 5F1LA 5H85A 5G4SA 4NR5A 4C67A 3JVKA 5ENHA 4TT2A 5L97A 3P1FA 5E9IA 4O76A 4E96A 5I1QA 4AKGA 5KTXA 4QR3A 4O7BA 2YELA 5DY7A 4ZW1A 4O71A 5CRZA 4HBWA 2RFJA 4IORA 4YC9A 4ALHA 4AKNA 5FFVA 1EQFA 3NXBA 4J3IA 5DKDA 5J0DA 5CQAA 3QZVA 5DLZA 2EJNA 4QSPA 4Y03A 2OO1A 5A5NA 4OGIA 1PUOA 5DYCA 4IR5A 3ERRA 4CL9A 4A9NA 4LZSA 4QR4A 4QEWA 4QYDA 4A9HA 4QSXA 4ZQLA 3LXJA 2YEKA 4QC1A 4O72A 5ENJA 4QC3A 5KHMA 2OUOA 5CS8A 3IU5A 4WHUA 5CTLA 2DVVA 2R0SA 5EPBA 1WUGA 5C89A 5CQ4A 4XUAA 5DYAA 5LKUA 5A5PA 4LYWA 4BW1A 3QZTA 5FH6A 4PKLA 5JWMA 4QSRA 1E6IA 5F2PA 4UIYA 5KO4A 5IGMA 4LYSA 5FE4A 3VKGA 4A9LA 4TZ2A 5AD2A 4CFKA 4IR4A 4QSWA 4HBVA 4IOQA 3I3JA 5FE9A 5TB6A 4XY8A 2E7NA 4UIUA 3SVFA 4YH3A 5C7NA 5F62A 3G0JA 4PY6A 4NRCA 4QSTA 5A85A 4UYFB 3U5JA 5E73A 5FE8A 5BT4A 5F63A 3MXFA 4YY6A 3GG3A 4HXLA 4NQNA 3D1DA 4QBMA 1N72A 2RI7A 4HXNA 1JM4B 4A9FA 5A7CA 5HJCA 3P5OA 3S91A 4YYJA 5DFCA 4NRAA 4TYLA 5E9LA 4BJXA 3P1CA 5DKHA 3U5KA 5FE7A 4NR6A 5CGPA 5EP7A 5TCMA 5BT3A 5DW1A 2YQDA 5KTUA 2MJVB 4QSQA 5CQ5A 2F6NA 5L99A 3U5NA 5D25A 4Q0OA 5HRVA 5DX4A 2LSPB 4NYWA 5FB0A 5E9YA 5IBNA 3U5LA 5HEMA 5F25A 3FKMX 2H60A 4QEUA 5KTWA 5A5QA 5DFDA 4Z93A 4O75A 3MUKA 5CUAA 5EK9A 4IR3A 4KV1A 4IR6A 3LJWA 4AI6A 5IGNA 3DAIA 1ZKRA 5HENA 2YDWA 3O33A 4N3WA 4NUDA 4PCIA 4Z6IA 5F60A 3UVWA 4CLBA 4QSUA 4RVRA 4NRBA 4NYXA 5AMFA 2D82A 3DWYA 4N4FA 4QUUA 4MR4A 2FSAA 4WIVA 4J0SA 4UYEA 5IGLA 3ONIA 5LJ0A 5LJ2A 3G0LA 4IOOA 4CUSA 4WHWA 5ENEA 4QR5A 4NUCA 5I80A 1F68A 4PS5A 3LQIA 5HELA 5LVQA 3MQMA 5HRWA 4QSVA 4YK0A 4NR8A 3UVXA 4YABA 2DVQA 5IG6A 5ENBA 5DBMA 4ALGA 4BW4A 5IIDA 2GRCA 5CU8A 2G4AA 5HQ7A 3JVLA 5CFWA 5HM0A 5AD3A 4J0RA 5E7DA 3HMHA 5DFBA 5E3GA 5E9KA 5A83A 1JSPB 4UYGA 5AMEA 1ZS5A
chains in the Genus database with same CATH topology
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