5LJ1A

N-terminal bromodomain of human brd4 with 8-(((3r,4r,5s)-3-((4,4-difluorocyclohexyl)methoxy)-5-methoxypiperidin-4-yl)amino)-3-methyl-5-(5-methylpyridin-3-yl)-1,7-naphthyridin-2(1h)-one
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title A Chemical Probe for the ATAD2 Bromodomain.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transcription
source organism Homo sapiens
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
total genus 43
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-07-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5lj1A01
4HXMA 5LJ1A 4PTBA 4NYVA 2YEKA 5L97A 4CUPA 4YBMA 4UIVA 3O37A 5CUGA 4QR5A 5FH6A 5F60A 5E9MA 4YYMA 4CLBA 4ZQLA 5LVQA 4UYGA 2L5EA 5A85A 3UVXA 5FE7A 5HFRA 4CUQA 1E6IA 5HQ5A 5KTXA 3SVHA 4NRCA 4Y03A 5A5SA 2YEMA 4J0SA 5ENCA 5FBXA 5FE5A 4UYFA 5CGPA 5FFWA 1WUMA 5ACYA 4HBVA 4TS8A 5E0RA 5A5PA 4MR5A 4N4GA 5CUAA 1EQFA 4MR4A 5ETDA 4WHUA 5HRVA 3D7CA 4A9JA 4CUSA 2NXBA 5FE2A 5EPRA 5CQ5A 5KTWA 4TZ2A 5IGKA 3GG3A 4O75A 3JVLA 5A81A 4N4IA 4FLPA 5EICA 4TQNA 4QR3A 5EU1A 5F36A 5CPEA 5EI4A 2RS9B 4A9HA 5A5RA 5L8UA 2RNXA 4O74A 4IR3A 2YYNA 4QSSA 5F63A 5CQTA 2R0SA 5D3JA 4YYKA 4AKNA 3P5OA 5EPSA 5I83A 5DBMA 4BW1A 3DWYA 4QSVA 2E7OA 5LJ2A 3U5NA 3MQMA 5CUBA 5F62A 5CZGA 4UIZA 4ZW1A 4Z6IA 2GRCA 3G0LA 5CRZA 3HMEA 4UIUA 5CFWA 4QSQA 5A5QA 2DVVA 3O36A 2D9EA 2L85A 2MJVB 5D7XA 4YY4A 4YATA 2OSSA 3S92A 3P1CA 5ENJA 5EPBA 2OUOA 4NQNA 4UYDA 4BW3A 5E3GA 5HQ6A 1JSPB 4LYWA 4BHWA 2E3KA 4QNSA 4HXOA 4PCIA 5CQ4A 5DLXA 4YYIA 1JM4B 5CQAA 4Q0OA 5E74A 5H85A 5DKHA 5C4QA 5IBNA 5TCMA 5F5ZA 3U5KA 5IGMA 5K29A 4MR6A 4QEVA 5KU3A 4KV1A 5FB0A 3MULA 5HJCA 4HXPA 5A5NA 1WUGA 5FE1A 3NXBA 4QSUA 4Z6HA 2DKWA 4WHWA 4HXNA 3FKMX 4GPJA 4QEWA 5CUEA 4A9KA 4HBXA 5EGUA 2YELA 4QBMA 5LKUA 3JVJA 4QSRA 5ENHA 4IOQA 4XY8A 5HRXA 5E9VA 5CRMA 4MEOA 5IG6A 4UIYA 4PCEA 5I7YA 4LRGA 4LC2A 5FB1A 4ZC9A 4NR5A 4YBSA 5EV9A 5D3LA 5BT3A 5E9KA 5DX4A 2RFJA 2G4AA 3QZTA 4NYWA 5A5OA 5FE9A 4YYJA 4CL9A 5EWWA 4HXSA 5DFCA 5HCLA 5II1A 4A9EA 3Q2EA 4QSWA 4IR6A 4J0RA 5IGNA 2RNWA 4UYEA 4O71A 4CURA 4NRBA 2F6JA 3G0JA 5EQ1A 4QSPA 4TU4A 4YYDA 4UYFB 4NQMA 3AQAA 5H1TA 3MXFA 4MEPA 4OUFA 5ETBA 5EP7A 4YK0A 5FFYA 4O7EA 4LZ2A 3LQHA 4IOOA 5AD3A 4TT2A 5AD2A 5HEMA 4A9IA 1N72A 5DYXA 5DW1A 1ZS5A 5I40A 4O77A 4NRAA 4O7AA 5HELA 4LYSA 4C66A 5ENEA 4NUEA 2DVQA 4N4HA 2L84A 4CFLA 3Q2FA 3RCWA 3P1EA 4NUDA 5FE3A 4TZ8A 4YABA 3O33A 5C87A 4Z1QA 4O72A 2F6NA 5E3DA 2YQDA 5HQ7A 5TB6A 4UITA 4UIWA 4UYHA 4TTEA 5ENGA 5FH7A 5L99A 3LQIA 5I86A 5CUCA 5COIA 4QEUA 2KTBB 5I89A 3LXJA 4CUUA 3MUKA 5LKXA 5FFVA 5EWCA 3IU6A 4XUAA 3UV2A 5BT4A 5CTLA 3ZYUA 4YBTA 5DFDA 5HENA 4YYNA 4ALHA 5E9IA 4A9MA 4DONA 5CQ7A 4TT6A 5EWHA 5CQ6A 4IR4A 5G4SA 3QZSA 3P1DA 2I7KA 2R0VA 4YH3A 4TT4A 4HXRA 4QSXA 3U5OA 4BW4A 5I80A 5FG6A 5FE4A 4A9OA 3ONIA 5AMEA 5EISA 5ENFA 4HXKA 5A82A 5KTUA 5CY9A 5ENBA 4O7CA 4LR6A 3P1FA 4Z93A 5I7XA 4HXLA 3LJWA 5D24A 5F1HA 4J1PA 5D3SA 5LKZA 5DY7A 3UW9A 4X2IA 1F68A 5HFQA 3AADA 5DYCA 2RNYA 4LDFA 5H1UA 5C7NA 5D25A 2RI7A 4NS5A 5L98A 3UVWA 5LKTA 2DVRA 4O70A 4O76A 5DLZA 5F1LA 5DKDA 5HRWA 4E96A 4KCXA 4QC3A 2R10A 2D82A 2I8NA 5E73A 4WIVA 2E7NA 3S91A 2R0YA 4O7BA 5BT5A 5E7DA 5KO4A 5II2A 4CUTA 4QY4A 5I1QA 4NXJA 4RVRA 5LUUA 4NUCA 4LZSA 4BJXA 5E9LA 2FSAA 4BW2A 2H60A 4O78A 5D3HA 5HLSA 5G4RA 5FE6A 3U5MA 4HBWA 4CFKA 4OGJA 5KHMA 4TYLA 3U5PA 5D0CA 5HM0A 2OO1A 5CQ8A 4NR8A 5CP5A 5EA1A 2WP1A 5L8TA 5EVAA 4KV4A 5C8GA 3UV4A 5F61A 4A9NA 4F3IA 5E9YA 5C89A 4MR3A 3HMHA 3U5LA 2WP2A 4IORA 2N9GA 5FG4A 5C85A 4Z1SA 5FDZA 5J0DA 4NYXA 3DAIA 5D3RA 4YAXA 4YH4A 5FH8A 3U5JA 5EM3A 3HMFA 4J3IA 5I88A 5F3AA 4UIXA 5IGLA 2YW5A 4TU6A 4QUTA 3UVDA 3MB3A 5CU8A 4QC1A 4NR4A 4YY6A 5DKCA 4XYAA 2YDWA 4QSTA 3O35A 5EWVA 5EWDA 4NR6A 5D3TA 4QYLA 5LVRA 5A83A 3K2JA 3QZVA 4PS5A 3TLPA 4ALGA 5DFBA 5JWMA 3JVKA 5DYUA 5JI8A 3O34A 2RO1A 5L96A 4YYHA 3LQJA 5F25A 4Q0NA 3SVGA 4QZSA 3UV5A 4NR9A 5FG5A 4HBYA 5D3PA 5IIDA 2DVSA 4O7FA 4IR5A 2DATA 5A7CA 4NR7A 5LJ0A 5CS8A 4QYDA 4LZRA 4QUUA 3SVFA 4MEQA 4XUBA 4A9FA 4QR4A 4QB3A 4YC9A 4PY6A 5D26A 4LYIA 4PKLA 5CUDA 1X0JA 2DWWA 4XY9A 4YADA 4C67A 4MENA 5DYAA 5ENIA 3UVYA 3IU5A 5F2PA 5FE0A 3I3JA 5I29A 5AMFA 3JVMA 5DW2A 5EK9A 4N4FA 4N3WA 4YYGA 5FE8A 4OGIA 3MB4A 5H1VA 4A9LA 5D3NA 5CQ3A 2LSPB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HXMA 5LJ1A 4PTBA 4NYVA 2YEKA 5L97A 4CUPA 4YBMA 4UIVA 3O37A 5CUGA 4QR5A 5FH6A 5F60A 5E9MA 4YYMA 4CLBA 4ZQLA 5LVQA 4UYGA 2L5EA 5A85A 3UVXA 5FE7A 5HFRA 4CUQA 1E6IA 5HQ5A 5KTXA 3SVHA 4NRCA 4Y03A 5A5SA 2YEMA 4J0SA 5ENCA 5FBXA 5FE5A 4UYFA 5CGPA 5FFWA 1WUMA 5ACYA 4HBVA 4TS8A 5E0RA 5A5PA 4MR5A 4N4GA 5CUAA 1EQFA 1PUOA 4MR4A 5ETDA 4AI6A 3ERRA 4WHUA 5HRVA 3D7CA 4A9JA 4CUSA 2NXBA 5FE2A 5EPRA 5CQ5A 5KTWA 4TZ2A 5IGKA 3GG3A 4O75A 3JVLA 5A81A 4N4IA 4FLPA 5EICA 4TQNA 4QR3A 5EU1A 5F36A 5CPEA 5EI4A 2RS9B 4A9HA 5A5RA 5L8UA 2RNXA 4O74A 4IR3A 2YYNA 4QSSA 5F63A 5CQTA 2R0SA 5D3JA 4YYKA 4AKNA 3P5OA 5EPSA 5I83A 5DBMA 4BW1A 3DWYA 4QSVA 2E7OA 5LJ2A 3U5NA 3MQMA 5CUBA 5F62A 5CZGA 4UIZA 4ZW1A 4Z6IA 2GRCA 3G0LA 5CRZA 3HMEA 4UIUA 5CFWA 4QSQA 5A5QA 2DVVA 3O36A 2D9EA 2L85A 2MJVB 5D7XA 4YY4A 4YATA 2OSSA 3S92A 3P1CA 5ENJA 5EPBA 2OUOA 4NQNA 4UYDA 4BW3A 5E3GA 5HQ6A 1JSPB 4LYWA 4BHWA 2E3KA 4QNSA 4HXOA 4PCIA 5CQ4A 3D1DA 5DLXA 4YYIA 1JM4B 5CQAA 4Q0OA 5E74A 5H85A 5DKHA 5C4QA 5IBNA 5TCMA 5F5ZA 3U5KA 5IGMA 5K29A 4MR6A 4QEVA 5KU3A 4KV1A 5FB0A 3MULA 5HJCA 4HXPA 5A5NA 1WUGA 5FE1A 3NXBA 4QSUA 4Z6HA 2DKWA 4WHWA 4HXNA 3FKMX 4GPJA 4QEWA 5CUEA 4A9KA 4HBXA 5EGUA 2YELA 4QBMA 5LKUA 3JVJA 4QSRA 5ENHA 4IOQA 4XY8A 5HRXA 5E9VA 5CRMA 4MEOA 5IG6A 4UIYA 4PCEA 5I7YA 4LRGA 4LC2A 5FB1A 4ZC9A 4NR5A 4YBSA 5EV9A 5D3LA 5BT3A 5E9KA 5DX4A 2RFJA 2G4AA 3QZTA 4NYWA 5A5OA 5FE9A 4YYJA 4CL9A 5EWWA 4HXSA 5DFCA 5HCLA 5II1A 4A9EA 3Q2EA 4QSWA 4IR6A 4J0RA 5IGNA 3VKHA 2RNWA 4UYEA 4O71A 4CURA 4NRBA 2F6JA 3G0JA 5EQ1A 4QSPA 4TU4A 4YYDA 4UYFB 4NQMA 3AQAA 5H1TA 3MXFA 4MEPA 4OUFA 5ETBA 5EP7A 4YK0A 5FFYA 4O7EA 4LZ2A 3LQHA 4IOOA 5AD3A 4TT2A 5AD2A 5HEMA 4A9IA 1N72A 5DYXA 5DW1A 1ZS5A 5I40A 4O77A 4NRAA 4O7AA 5HELA 4LYSA 4C66A 5ENEA 4NUEA 2DVQA 4N4HA 2L84A 4CFLA 3Q2FA 3RCWA 3P1EA 4NUDA 5FE3A 4TZ8A 4YABA 3O33A 5C87A 4Z1QA 4O72A 2F6NA 5E3DA 2YQDA 5HQ7A 5TB6A 4UITA 4UIWA 4UYHA 4TTEA 5ENGA 5FH7A 5L99A 3LQIA 5I86A 5CUCA 5COIA 4QEUA 2KTBB 5I89A 3LXJA 4CUUA 3MUKA 5LKXA 5FFVA 5EWCA 3IU6A 4XUAA 3UV2A 3D1BA 5CTLA 3ZYUA 5BT4A 4YBTA 5DFDA 5HENA 4YYNA 1ZKRA 4ALHA 5E9IA 4A9MA 4DONA 5CQ7A 4TT6A 5EWHA 5CQ6A 4IR4A 5G4SA 3QZSA 3P1DA 2I7KA 2R0VA 4YH3A 4AKGA 4TT4A 4HXRA 4QSXA 3U5OA 4BW4A 5I80A 5FG6A 5FE4A 4A9OA 3ONIA 5AMEA 5EISA 5ENFA 4HXKA 5A82A 5KTUA 5CY9A 5ENBA 4O7CA 4LR6A 3P1FA 4Z93A 5I7XA 4HXLA 3LJWA 5D24A 5F1HA 4J1PA 5D3SA 5LKZA 5DY7A 3UW9A 4X2IA 1F68A 5HFQA 3AADA 5DYCA 2RNYA 4LDFA 5H1UA 5C7NA 5D25A 2RI7A 4NS5A 5L98A 3UVWA 5LKTA 2DVRA 4O70A 4O76A 5DLZA 5F1LA 5DKDA 5HRWA 4E96A 4KCXA 4QC3A 2R10A 2D82A 2I8NA 5E73A 4WIVA 2E7NA 3S91A 2R0YA 4O7BA 4AKIA 5BT5A 5E7DA 5KO4A 5II2A 4CUTA 4QY4A 5I1QA 4NXJA 2EJNA 4RVRA 5LUUA 4NUCA 4LZSA 4BJXA 5E9LA 2FSAA 4BW2A 2H60A 4O78A 5D3HA 5HLSA 5G4RA 5FE6A 3U5MA 4HBWA 4CFKA 4OGJA 5KHMA 4TYLA 3U5PA 5D0CA 5HM0A 2OO1A 5CQ8A 4NR8A 5CP5A 5EA1A 2WP1A 5L8TA 5EVAA 4KV4A 5C8GA 3UV4A 5F61A 4A9NA 4F3IA 5E9YA 5C89A 4MR3A 3HMHA 3U5LA 2WP2A 4IORA 2N9GA 5FG4A 5C85A 4Z1SA 5FDZA 5J0DA 4NYXA 3DAIA 5D3RA 4YAXA 4YH4A 5FH8A 3U5JA 5EM3A 3HMFA 4J3IA 5I88A 5F3AA 4UIXA 5IGLA 2YW5A 4TU6A 4QUTA 3UVDA 3MB3A 5CU8A 4QC1A 4NR4A 4YY6A 5DKCA 4XYAA 2YDWA 4QSTA 3O35A 5EWVA 5EWDA 4NR6A 5D3TA 4QYLA 5LVRA 5A83A 3K2JA 3QZVA 4PS5A 3TLPA 4ALGA 5DFBA 5JWMA 3JVKA 5DYUA 5JI8A 3O34A 2RO1A 5L96A 4YYHA 3LQJA 5F25A 4Q0NA 3SVGA 4QZSA 3UV5A 4NR9A 5FG5A 4HBYA 5D3PA 5IIDA 2DVSA 4O7FA 4AKHA 4IR5A 2DATA 5A7CA 4NR7A 5LJ0A 5CS8A 4QYDA 3VKGA 4LZRA 4QUUA 3SVFA 4MEQA 4XUBA 4A9FA 4QR4A 4QB3A 4YC9A 4PY6A 5D26A 4LYIA 4PKLA 5CUDA 1X0JA 2DWWA 4XY9A 4YADA 4C67A 4MENA 5DYAA 5ENIA 3UVYA 3IU5A 5F2PA 5FE0A 3I3JA 5I29A 5AMFA 3JVMA 5DW2A 5EK9A 4N4FA 4N3WA 4YYGA 5FE8A 4OGIA 3MB4A 5H1VA 4A9LA 5D3NA 5CQ3A 2LSPB
chains in the Genus database with same CATH topology
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 4HXM A;  5LJ1 A;  4PTB A;  4NYV A;  2YEK A;  5L97 A;  4CUP A;  4YBM A;  4UIV A;  3O37 A;  5CUG A;  4QR5 A;  5FH6 A;  5F60 A;  5E9M A;  4YYM A;  4CLB A;  4ZQL A;  5LVQ A;  4UYG A;  2L5E A;  5A85 A;  3UVX A;  5FE7 A;  5HFR A;  4CUQ A;  1E6I A;  5HQ5 A;  5KTX A;  3SVH A;  4NRC A;  4Y03 A;  5A5S A;  2YEM A;  4J0S A;  5ENC A;  5FBX A;  5FE5 A;  4UYF A;  5CGP A;  5FFW A;  1WUM A;  5ACY A;  4HBV A;  4TS8 A;  5E0R A;  5A5P A;  4MR5 A;  4N4G A;  5CUA A;  1EQF A;  4MR4 A;  5ETD A;  4WHU A;  5HRV A;  3D7C A;  4A9J A;  4CUS A;  2NXB A;  5FE2 A;  5EPR A;  5CQ5 A;  5KTW A;  4TZ2 A;  5IGK A;  3GG3 A;  4O75 A;  3JVL A;  5A81 A;  4N4I A;  4FLP A;  5EIC A;  4TQN A;  4QR3 A;  5EU1 A;  5F36 A;  5CPE A;  5EI4 A;  2RS9 B;  4A9H A;  5A5R A;  5L8U A;  2RNX A;  4O74 A;  4IR3 A;  2YYN A;  4QSS A;  5F63 A;  5CQT A;  2R0S A;  5D3J A;  4YYK A;  4AKN A;  3P5O A;  5EPS A;  5I83 A;  5DBM A;  4BW1 A;  3DWY A;  4QSV A;  2E7O A;  5LJ2 A;  3U5N A;  3MQM A;  5CUB A;  5F62 A;  5CZG A;  4UIZ A;  4ZW1 A;  4Z6I A;  2GRC A;  3G0L A; 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