5E9IA

Crystal structure of baz2b bromodomain in complex with fragment f60
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
116
structure length
116
Chain Sequence
SMSVKKPKRDDSKDLALCSMILTEMETHEDAWPFLLPVNLKLVPGYKKVIKKPMDFSTIREKLSSGQYPNLETFALDVRLVFDNCETFNEDDSDIGRAGHNMRKYFEKKWTDTFKV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title High-Throughput Fragment Docking into the BAZ2B Bromodomain: Efficient in Silico Screening for X-Ray Crystallography.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B
molecule tags Transcription
source organism Homo sapiens
total genus 39
structure length 116
sequence length 116
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-10-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5e9iA00
5A5SA 5EPRA 5E9IA 2RO1A 4YYJA 4XUAA 4KV4A 4QUTA 2DVRA 5F63A 4Q0OA 3MB3A 5K29A 4QSPA 4YK0A 2FSAA 3DAIA 5HRWA 3U5JA 4QC1A 3AQAA 4NUCA 5LKXA 2G4AA 5E9VA 3HMEA 5L97A 2KTBB 5FFWA 5TCMA 5LJ2A 5C7NA 3JVJA 4CFKA 5FE9A 2R0YA 1EQFA 3SVHA 3RCWA 4PY6A 4NYWA 5C85A 3U5KA 5IGKA 5DYXA 5EPBA 3UVYA 5CTLA 4LRGA 4QR5A 5DKCA 5D3HA 3AADA 3UV4A 2RI7A 3U5OA 4CFLA 5DFBA 5A81A 5DKDA 5A83A 4YH3A 4YADA 5CUBA 2OSSA 1JSPB 2L5EA 5BT3A 4MR6A 5DFCA 5DW1A 5FFVA 5I1QA 5C8GA 5H85A 4GPJA 4NUEA 4MR4A 3UVDA 4A9MA 5G4SA 4O7FA 5F62A 5CZGA 5E9YA 4UIZA 2E3KA 4NR6A 4ZQLA 4IOQA 4YYMA 4NR8A 2L84A 4QSWA 5LKUA 5AD3A 3QZSA 5I29A 4NQMA 4OGIA 5DYCA 5ACYA 4BW1A 5HQ7A 4PS5A 5FE0A 5EWVA 5H1VA 2R0SA 5D24A 1N72A 4A9IA 5CP5A 4MENA 4TU6A 5L8TA 5DKHA 5I7YA 5EGUA 5FE5A 4HBYA 4YY6A 4WHUA 4OGJA 5FH7A 5H1TA 5E74A 2RNWA 5E9KA 4YY4A 4QEVA 4HXNA 5HFQA 2NXBA 5FE8A 4TTEA 5DFDA 4O7AA 5L99A 4CUTA 4ALHA 5LVRA 5KTUA 2YEMA 4PKLA 4TT2A 4A9JA 1JM4B 2RNYA 4TT4A 5FG4A 4LYWA 5E3GA 4XY8A 4ZW1A 4UYHA 4E96A 4TZ2A 1WUGA 4YYHA 5I83A 3SVFA 5F5ZA 4ALGA 2D82A 2GRCA 2OUOA 1X0JA 4MEQA 4QBMA 4Z6HA 5DBMA 5CQ7A 4BW2A 5E9LA 5J0DA 4O7CA 4NYXA 5EPSA 5CGPA 4YYNA 4A9EA 4QR4A 5F61A 3JVLA 4IOOA 4QUUA 3P1DA 1F68A 3P5OA 5EWCA 5CQ3A 5D3RA 4HXSA 5D26A 4UYFB 4YYIA 4O76A 2R10A 5I88A 5BT5A 5CUGA 5A5NA 4RVRA 4NRAA 4XUBA 3O35A 4ZC9A 5FG6A 5LJ1A 5EVAA 5LKTA 3U5NA 5A7CA 4A9LA 4YH4A 5FE3A 4WHWA 5KO4A 5FG5A 5EU1A 5EK9A 5I89A 5L98A 4QSQA 5C89A 4Q0NA 5JWMA 5TB6A 4QSTA 4NUDA 4O74A 2N9GA 5E73A 4TU4A 3GG3A 5FB1A 3LXJA 3I3JA 2YDWA 4C67A 4CLBA 5KHMA 4A9NA 3U5PA 3D7CA 5FE6A 5EWWA 4XYAA 4QYLA 4F3IA 2RS9B 5D3PA 5F2PA 5FFYA 4NQNA 5EQ1A 4IR4A 4TS8A 5EWHA 4A9OA 2H60A 5EV9A 4QSXA 5CFWA 3QZTA 5D7XA 5HQ6A 5DLZA 4HXOA 5FBXA 4CUPA 4UITA 5E3DA 4LZRA 4QYDA 3Q2FA 4HXMA 4TT6A 4O72A 4YC9A 5DYAA 3LQIA 3UVWA 5IBNA 5H1UA 4HBVA 4NRCA 4MR3A 3U5MA 3UVXA 4BW4A 5IG6A 4N3WA 5HQ5A 2DVQA 3U5LA 4J0SA 2RFJA 3MQMA 4N4FA 5AMEA 3G0JA 3UV2A 4UYEA 5A85A 4QR3A 4YAXA 5ENFA 5HEMA 5CY9A 5FE1A 2LSPB 2YW5A 3Q2EA 5FE4A 4XY9A 5CU8A 5DYUA 5CPEA 2OO1A 5LVQA 4QSUA 3UW9A 5FH6A 4FLPA 4WIVA 5CQ4A 5FH8A 4LR6A 3DWYA 2DVVA 5ENEA 4UIYA 5D3TA 5I86A 5A5OA 4Z6IA 3SVGA 5L8UA 5ENJA 4UIUA 5EM3A 4HXRA 5F25A 5A5PA 5HCLA 4HBXA 5HRVA 3HMHA 4UYFA 2DWWA 3MUKA 4YYDA 4O75A 2MJVB 4HXPA 4Z1SA 2E7OA 5D25A 4QEWA 5G4RA 5ETDA 4J3IA 3LQJA 4C66A 3O33A 3O37A 4J0RA 5EICA 4QY4A 4DONA 2DATA 5CRMA 5CQ5A 4A9HA 4O70A 5E9MA 4HBWA 5HLSA 4CURA 1E6IA 5EP7A 5LKZA 4CUSA 4UYDA 3NXBA 4NRBA 5F1HA 3MULA 5ETBA 5F1LA 5ENCA 4TQNA 5FE7A 2E7NA 4CUQA 1WUMA 4MEPA 5E0RA 2RNXA 5HFRA 4QB3A 4KCXA 4A9FA 5ENBA 3JVMA 5II2A 5L96A 5I80A 4LDFA 4UIWA 2WP1A 2YYNA 4Y03A 3TLPA 5CUDA 4O77A 2DKWA 4LYSA 3S92A 3IU5A 3S91A 5A82A 5HELA 5F3AA 3HMFA 5D3JA 5DX4A 3LQHA 5KTWA 4CUUA 5AD2A 5A5RA 5ENIA 5II1A 4YBMA 4AKNA 5ENHA 5I40A 4UIVA 4N4GA 3O34A 4O71A 5CS8A 5FDZA 5D3LA 5LUUA 4QC3A 5E7DA 2D9EA 4UYGA 5HRXA 4A9KA 4KV1A 5D3NA 4MR5A 5EISA 5IGLA 4J1PA 3MXFA 4YYGA 4YYKA 5EWDA 4IR3A 3JVKA 4O78A 5CQAA 4N4HA 5HJCA 4PTBA 4HXKA 5IGNA 5DLXA 4Z1QA 5DW2A 3K2JA 3G0LA 5C4QA 3P1CA 1ZS5A 2F6NA 4YABA 2DVSA 4YATA 4QNSA 4QSVA 4YBSA 3P1FA 4HXLA 4QEUA 4LYIA 3O36A 5ENGA 4IORA 2R0VA 4NR7A 5AMFA 4O7BA 5KTXA 5CUAA 4BW3A 4LZ2A 5FB0A 5D3SA 4MEOA 4N4IA 5A5QA 5CUEA 3LJWA 3UV5A 4NS5A 5IIDA 5CQ6A 3P1EA 4IR5A 4NR5A 4O7EA 4CL9A 2I8NA 5IGMA 5JI8A 3ONIA 2WP2A 4YBTA 5CRZA 5LJ0A 4PCIA 4NXJA 5F36A 4LC2A 5C87A 5FE2A 2I7KA 5EA1A 4TYLA 2L85A 4BHWA 5HM0A 4IR6A 2YELA 4LZSA 2F6JA 4NR9A 4QSSA 5CQ8A 5DY7A 3MB4A 5HENA 5COIA 5I7XA 3QZVA 5D0CA 4NR4A 5KU3A 5CUCA 4OUFA 4UIXA 4QSRA 5BT4A 4QZSA 4PCEA 3FKMX 5EI4A 5CQTA 2YEKA 4X2IA 2YQDA 4Z93A 4NYVA 3IU6A 5F60A 4BJXA 4TZ8A 3ZYUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5A5SA 5EPRA 5E9IA 2RO1A 4YYJA 4XUAA 4KV4A 4QUTA 2DVRA 5F63A 4Q0OA 3MB3A 5K29A 4QSPA 4YK0A 2FSAA 3DAIA 5HRWA 3U5JA 4QC1A 3AQAA 4NUCA 5LKXA 2G4AA 5E9VA 3HMEA 5L97A 2KTBB 5FFWA 5TCMA 5LJ2A 5C7NA 3JVJA 4CFKA 5FE9A 2R0YA 1EQFA 3SVHA 3RCWA 4PY6A 4NYWA 5C85A 3U5KA 5IGKA 5DYXA 5EPBA 3UVYA 5CTLA 4LRGA 4QR5A 3D1BA 5DKCA 5D3HA 3AADA 3UV4A 2RI7A 3U5OA 4CFLA 5DFBA 4AKIA 5A81A 5DKDA 5A83A 4YH3A 4YADA 5CUBA 2OSSA 1JSPB 2L5EA 5BT3A 4MR6A 5DFCA 5DW1A 5FFVA 5I1QA 5C8GA 5H85A 4GPJA 4NUEA 4MR4A 3UVDA 4A9MA 5G4SA 4O7FA 5F62A 5CZGA 5E9YA 4UIZA 2E3KA 4NR6A 4ZQLA 4IOQA 4YYMA 4NR8A 2L84A 4QSWA 5LKUA 4AI6A 5AD3A 3QZSA 5I29A 4NQMA 4OGIA 5DYCA 5ACYA 4BW1A 5HQ7A 4PS5A 5FE0A 5EWVA 5H1VA 2R0SA 5D24A 1N72A 4A9IA 3ERRA 5CP5A 4MENA 4TU6A 5L8TA 5DKHA 5I7YA 5EGUA 5FE5A 4HBYA 4YY6A 4WHUA 4OGJA 5FH7A 5H1TA 5E74A 2RNWA 5E9KA 4YY4A 4QEVA 4HXNA 5HFQA 2NXBA 5FE8A 4TTEA 5DFDA 4O7AA 5L99A 4CUTA 4ALHA 5LVRA 5KTUA 2YEMA 4PKLA 4TT2A 4A9JA 1JM4B 2RNYA 4TT4A 5FG4A 4LYWA 5E3GA 4XY8A 4ZW1A 4UYHA 4E96A 4TZ2A 1WUGA 4YYHA 5I83A 3SVFA 5F5ZA 4ALGA 2D82A 2GRCA 2OUOA 1X0JA 4MEQA 4QBMA 4Z6HA 5DBMA 5CQ7A 4BW2A 5E9LA 5J0DA 4O7CA 4NYXA 5EPSA 5CGPA 2EJNA 4YYNA 4A9EA 4QR4A 5F61A 3JVLA 4IOOA 4QUUA 3P1DA 1F68A 3P5OA 5EWCA 5CQ3A 5D3RA 4HXSA 5D26A 4UYFB 4YYIA 4O76A 2R10A 5I88A 5BT5A 5CUGA 5A5NA 4RVRA 4NRAA 4XUBA 3O35A 4ZC9A 5FG6A 5LJ1A 5EVAA 5LKTA 3U5NA 5A7CA 4A9LA 4YH4A 5FE3A 4WHWA 5KO4A 5FG5A 5EU1A 5EK9A 5I89A 5L98A 4QSQA 5C89A 4Q0NA 5JWMA 5TB6A 4QSTA 4NUDA 4O74A 2N9GA 5E73A 4TU4A 3GG3A 5FB1A 3LXJA 3I3JA 2YDWA 4C67A 4CLBA 5KHMA 4A9NA 3U5PA 3D7CA 5FE6A 5EWWA 4XYAA 4QYLA 4F3IA 2RS9B 5D3PA 5F2PA 5FFYA 4NQNA 5EQ1A 4IR4A 4TS8A 5EWHA 4A9OA 2H60A 5EV9A 4QSXA 5CFWA 3QZTA 5D7XA 5HQ6A 5DLZA 4HXOA 5FBXA 4CUPA 4UITA 5E3DA 4LZRA 4QYDA 3VKHA 3Q2FA 4HXMA 4TT6A 4O72A 4YC9A 5DYAA 3LQIA 3UVWA 5IBNA 5H1UA 4HBVA 4NRCA 3VKGA 4MR3A 3U5MA 3UVXA 4BW4A 5IG6A 4N3WA 5HQ5A 2DVQA 3U5LA 4J0SA 2RFJA 3MQMA 4N4FA 5AMEA 3G0JA 3UV2A 4UYEA 5A85A 4QR3A 4YAXA 5ENFA 5HEMA 5CY9A 5FE1A 2LSPB 2YW5A 3Q2EA 5FE4A 4XY9A 5CU8A 5DYUA 5CPEA 2OO1A 4AKHA 5LVQA 4QSUA 3UW9A 5FH6A 4FLPA 4WIVA 5CQ4A 5FH8A 4LR6A 3DWYA 2DVVA 5ENEA 4UIYA 5D3TA 5I86A 5A5OA 4Z6IA 3SVGA 5L8UA 5ENJA 4UIUA 5EM3A 4HXRA 5F25A 5A5PA 5HCLA 4HBXA 5HRVA 3HMHA 4UYFA 2DWWA 3MUKA 4YYDA 4O75A 2MJVB 4HXPA 4Z1SA 2E7OA 5D25A 4QEWA 5G4RA 5ETDA 4J3IA 3LQJA 4C66A 3O33A 3O37A 4J0RA 5EICA 4QY4A 4DONA 2DATA 5CRMA 5CQ5A 4A9HA 4O70A 5E9MA 4HBWA 5HLSA 4CURA 1E6IA 5EP7A 5LKZA 4CUSA 4UYDA 3NXBA 4NRBA 5F1HA 3MULA 5ETBA 5F1LA 5ENCA 4TQNA 5FE7A 2E7NA 4CUQA 1WUMA 4MEPA 5E0RA 2RNXA 5HFRA 4QB3A 4KCXA 4A9FA 5ENBA 3JVMA 5II2A 5L96A 5I80A 4LDFA 4UIWA 1PUOA 2WP1A 2YYNA 4Y03A 3TLPA 5CUDA 4O77A 2DKWA 4LYSA 3S92A 3IU5A 3S91A 5A82A 5HELA 5F3AA 3HMFA 5D3JA 5DX4A 3LQHA 5KTWA 4CUUA 5AD2A 5A5RA 5ENIA 5II1A 4YBMA 4AKNA 5ENHA 5I40A 4UIVA 4N4GA 3O34A 4O71A 5CS8A 5FDZA 5D3LA 5LUUA 4QC3A 5E7DA 2D9EA 4UYGA 5HRXA 4A9KA 4KV1A 5D3NA 4MR5A 5EISA 5IGLA 4J1PA 3MXFA 4YYGA 4YYKA 5EWDA 4IR3A 3JVKA 3D1DA 4O78A 5CQAA 4N4HA 5HJCA 4PTBA 4HXKA 5IGNA 5DLXA 4Z1QA 5DW2A 3K2JA 3G0LA 5C4QA 3P1CA 1ZS5A 2F6NA 4YABA 2DVSA 4YATA 4QNSA 4QSVA 4YBSA 3P1FA 4HXLA 4QEUA 4LYIA 3O36A 5ENGA 4IORA 2R0VA 4NR7A 5AMFA 4O7BA 5KTXA 5CUAA 4BW3A 4LZ2A 5FB0A 5D3SA 4MEOA 4N4IA 5A5QA 5CUEA 3LJWA 3UV5A 4NS5A 5IIDA 5CQ6A 3P1EA 4IR5A 4NR5A 4O7EA 4CL9A 2I8NA 5IGMA 4AKGA 5JI8A 3ONIA 2WP2A 4YBTA 5CRZA 5LJ0A 4PCIA 4NXJA 5F36A 4LC2A 5C87A 5FE2A 2I7KA 5EA1A 4TYLA 2L85A 4BHWA 5HM0A 4IR6A 2YELA 4LZSA 2F6JA 4NR9A 4QSSA 5CQ8A 5DY7A 3MB4A 5HENA 5COIA 1ZKRA 5I7XA 3QZVA 5D0CA 4NR4A 5KU3A 5CUCA 4OUFA 4UIXA 4QSRA 5BT4A 4QZSA 4PCEA 3FKMX 5EI4A 5CQTA 2YEKA 4X2IA 2YQDA 4Z93A 4NYVA 3IU6A 5F60A 4BJXA 4TZ8A 3ZYUA
chains in the Genus database with same CATH topology
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