5CQTA

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with benzo[cd]indol-2(1h)-one ligand
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
131
structure length
131
Chain Sequence
HHLVPRGSNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein/inhibitor
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Discovery of Benzo[cd]indol-2(1H)-ones as Potent and Specific BET Bromodomain Inhibitors: Structure-Based Virtual Screening, Optimization, and Biological Evaluation
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 42
structure length 131
sequence length 131
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-07-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5cqtA01
3GG3A 4QSSA 3UVYA 3U5LA 3HMFA 5I83A 1ZS5A 5CQ8A 4A9FA 2YYNA 5CQ5A 2LSPB 2DVRA 3O37A 2R0SA 5ENIA 4QY4A 5DKCA 3MUKA 4YBTA 4KV1A 4XUAA 5CGPA 3JVKA 5DY7A 4CL9A 5HLSA 4C67A 5FB1A 5HRVA 2RS9B 5G4SA 5FBXA 4TZ8A 4YATA 5I7XA 4DONA 2F6JA 3NXBA 5FH7A 2RFJA 4UYGA 5CQTA 5H1VA 5ETDA 4LR6A 5F62A 3MB4A 3ONIA 4N4HA 3RCWA 5CQ6A 5DFBA 4ZW1A 5KTXA 4HBXA 4LYWA 4YH3A 4Q0NA 5KTUA 3ZYUA 4QNSA 3Q2EA 5A82A 5E9LA 4Z1SA 4TT4A 5L99A 2NXBA 5EWCA 5ENFA 5A85A 3SVHA 3U5OA 5D3RA 4ALHA 4OGJA 3U5MA 5CUDA 5FFWA 4TS8A 3QZTA 4MR4A 4O7EA 5DX4A 4MEOA 4YY4A 3MQMA 5DYXA 4YYKA 4LZRA 5LJ0A 3LJWA 5C7NA 3AQAA 5FFYA 5HENA 5FFVA 4UITA 5DLXA 5CTLA 4O74A 5EK9A 4TU4A 4TTEA 5I7YA 3G0LA 5F2PA 4PKLA 4NRAA 5A83A 2YELA 4A9JA 4IR6A 5EVAA 4A9LA 4LC2A 4QUUA 4UYHA 5F61A 4Z93A 4A9EA 4OUFA 5D3PA 5DYUA 3U5NA 4IOOA 5I89A 4QSWA 5E0RA 5I29A 4QEWA 4J0SA 3S92A 5A5RA 4PCEA 4E96A 5I88A 5CRZA 5C89A 4NUEA 4Q0OA 2E3KA 4QSVA 3LXJA 5KTWA 4MR5A 5EWHA 3DWYA 4QSTA 4CUSA 5EISA 4UIVA 2DKWA 5FG5A 5HEMA 5G4RA 3LQJA 4YK0A 5LUUA 5FG6A 4TQNA 4NQMA 4UIZA 4MENA 4QSUA 2GRCA 4IORA 4X2IA 5CY9A 5I80A 5FE1A 5D3TA 5EM3A 3P1DA 4O7BA 5CUBA 4YYIA 5D7XA 2DVQA 5D24A 5LJ2A 5IIDA 4LRGA 5EWVA 4YABA 4YY6A 5EGUA 5E9KA 4C66A 2H60A 5EWWA 4YYHA 4HXLA 5FB0A 5F60A 4UYDA 5F36A 3P1EA 4QC1A 4UYFB 2YEMA 4QBMA 5DYCA 4N4FA 4NUDA 5D3LA 5FDZA 4NR8A 4CUTA 3UV2A 5CP5A 4BW3A 5KU3A 4MEQA 4QR5A 5ENCA 5D3HA 4Z1QA 5HCLA 3P1CA 4A9NA 4UIXA 4ZC9A 5F63A 5HELA 4J0RA 4NYWA 5AMFA 1X0JA 4UYEA 4YC9A 4BW2A 3I3JA 5FE0A 5FE5A 4NUCA 4NR9A 4XY9A 5LJ1A 4HBWA 4CUUA 5CZGA 5JWMA 4NR4A 3P5OA 4CURA 3QZSA 5COIA 4UIUA 5CQ4A 5ENGA 2I8NA 5LVQA 4UIYA 5EWDA 5DKHA 1JSPB 2DVSA 2E7NA 4QYLA 4QR4A 5H1TA 1JM4B 5E3DA 5A5NA 5EPBA 2F6NA 4MR6A 3D7CA 5D25A 5HJCA 5LKZA 4A9HA 4WHWA 4XUBA 4QR3A 5C4QA 4YYGA 1EQFA 4O72A 3JVLA 4TT2A 4QSPA 3LQIA 3U5PA 2YQDA 4MEPA 3SVFA 2DATA 4WIVA 5D0CA 4CUPA 5CUGA 4NR6A 5FH8A 4PTBA 5ENJA 5C8GA 3MB3A 4LZ2A 4F3IA 3SVGA 4ZQLA 2RNWA 1E6IA 5CUCA 4HXMA 5HQ6A 2WP2A 5C87A 4UIWA 4YBMA 4HXNA 4KV4A 4HBYA 5ENBA 4A9IA 4A9OA 4XYAA 5CUEA 4HXKA 5DFCA 5DYAA 4BJXA 5HRXA 5HQ7A 4HXSA 5BT5A 5E9VA 5DKDA 5L8TA 3UVXA 5A7CA 5EPRA 5D3JA 4O7FA 1N72A 2DWWA 2DVVA 5EA1A 3UVDA 2D82A 5J0DA 3O34A 5E7DA 2YDWA 4O71A 3K2JA 5HFRA 5LKTA 2E7OA 4QSRA 5A81A 3U5JA 4NRCA 4HXRA 5H1UA 1WUGA 5F1HA 3O33A 5K29A 5IGMA 5D3NA 4YADA 4N3WA 5ETBA 4O7AA 4O75A 1F68A 4NYXA 5A5QA 5FE2A 4BHWA 4YAXA 2KTBB 4O78A 4IR5A 5FE7A 2G4AA 4HXOA 3LQHA 2R10A 5IGLA 3FKMX 4NYVA 4IR3A 2D9EA 4O76A 4XY8A 5IBNA 3P1FA 2L85A 4BW4A 2RI7A 4Z6HA 5EQ1A 5KHMA 5FE9A 4QEVA 4CFKA 4J1PA 5BT3A 5A5OA 4Z6IA 3U5KA 5EP7A 3UVWA 5A5PA 5LVRA 3UW9A 4IOQA 5F3AA 5AD2A 2YEKA 5L8UA 4LYIA 4YYMA 5II2A 2RO1A 3IU6A 2YW5A 2FSAA 4NRBA 4NXJA 2L5EA 4J3IA 3UV4A 5CQ7A 2WP1A 5E74A 4QB3A 5IGKA 5HRWA 4NS5A 4TYLA 3MXFA 5H85A 5FE3A 5FG4A 5E9YA 3O35A 4TZ2A 3DAIA 5DFDA 5EU1A 5L98A 4CFLA 5AD3A 3QZVA 5L97A 4KCXA 2N9GA 5CS8A 4QZSA 5CU8A 2I7KA 3IU5A 5C85A 1WUMA 4PCIA 5A5SA 5HM0A 5E9IA 4NR5A 3O36A 5DBMA 3Q2FA 5EICA 4OGIA 2OUOA 5CFWA 5F25A 3TLPA 3JVJA 5II1A 4WHUA 4QC3A 4IR4A 4PS5A 3JVMA 4HXPA 5D26A 5FE6A 4N4GA 5LKXA 2R0VA 5I1QA 3HMHA 4O70A 5ENEA 2MJVB 5TCMA 5CQ3A 4QSQA 3UV5A 5E73A 2R0YA 4PY6A 4FLPA 4YH4A 5EI4A 4RVRA 5ENHA 4GPJA 5E3GA 5FH6A 4MR3A 5ACYA 5LKUA 5D3SA 5FE4A 4NR7A 4YYDA 4YYNA 4TU6A 4O77A 5AMEA 4UYFA 4QSXA 2OO1A 3G0JA 4QUTA 5CQAA 4A9MA 5L96A 5HQ5A 4NQNA 4LYSA 2OSSA 4CUQA 5CPEA 2L84A 5DW2A 4LDFA 2RNXA 5TB6A 5FE8A 5EV9A 4CLBA 3MULA 4TT6A 2RNYA 5IG6A 4LZSA 5CUAA 4YYJA 4QEUA 4YBSA 5EPSA 3HMEA 4Y03A 4QYDA 5KO4A 4HBVA 5DW1A 3AADA 4BW1A 4ALGA 4AKNA 5I86A 5IGNA 5F5ZA 5CRMA 5F1LA 5HFQA 3S91A 5E9MA 5BT4A 5JI8A 4O7CA 5DLZA 4A9KA 4N4IA 5I40A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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