4YYKA

Crystal structure of brd9 bromodomain bound to a crotonyllysine peptide
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
101
structure length
101
Chain Sequence
STPIQQLLEHFLRQLQRKDPHGFFAFPVTDAIAPGYSMIIKHPMDFGTMKDKIVANEYKSVTEFKADFKLMCDNAMTYNRPDTVYYKLAKKILHAGFKMMS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Protein binding
source organism Homo sapiens
publication title A Subset of Human Bromodomains Recognizes Butyryllysine and Crotonyllysine Histone Peptide Modifications.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bromodomain-containing protein 9
total genus 37
structure length 101
sequence length 101
chains with identical sequence B, D, E
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4yykA00
4UIZA 5ENFA 5CUEA 4PTBA 4IR4A 4YADA 4WHUA 4N4GA 3TLPA 4OGIA 4C67A 4UIWA 4O7BA 5IBNA 4CUTA 4A9KA 5FE8A 5KU3A 5EWDA 4LC2A 2DVVA 4UIVA 5EPBA 5HM0A 5HQ5A 4QSXA 4YC9A 5EK9A 2FSAA 3O35A 5EWHA 4YYMA 5ENJA 4IR3A 4IOOA 2L84A 4WHWA 5L97A 5J0DA 4QSPA 5CRMA 3IU6A 4A9LA 5LJ2A 5E73A 3U5LA 4OUFA 5EA1A 2E7NA 4DONA 5G4SA 4XY9A 5IGNA 4TT2A 3AADA 1N72A 3Q2FA 5L8UA 5LVRA 4Z1QA 5IGKA 5G4RA 3UV2A 4Q0NA 5HCLA 1X0JA 2L85A 5LVQA 3GG3A 4CUUA 4Q0OA 3U5MA 4TZ8A 5E9VA 2G4AA 2N9GA 5DYUA 2RNXA 4N4HA 1JSPB 4A9NA 2I7KA 4MR4A 4J3IA 5TCMA 5BT3A 3S91A 5IGMA 2D82A 5L8TA 4NUDA 3O33A 3FKMX 5KO4A 3U5OA 5I7YA 3AQAA 5F60A 4O7EA 4HXKA 5CGPA 4J1PA 5DW2A 3QZTA 5C85A 4NR6A 3JVLA 4YBTA 4KV4A 4QR3A 5ENIA 3MB4A 5H1VA 4YBSA 3G0JA 5H1TA 5F1LA 5ENEA 4YY4A 4IOQA 5A5NA 5F2PA 4J0RA 4UYEA 2NXBA 5DYAA 4UYGA 4X2IA 5FB1A 4QEWA 5CRZA 4F3IA 5A85A 5FE7A 5CQ3A 5TB6A 5IIDA 5II1A 4OGJA 4A9HA 5CQ4A 5ENBA 1WUMA 5I83A 4NRBA 3ONIA 4CUQA 4QBMA 5CQ6A 4NR8A 5FFYA 4BHWA 3K2JA 4MENA 2GRCA 3MB3A 5HLSA 4O72A 4XY8A 5IG6A 2I8NA 3LJWA 4A9EA 5HFRA 4A9FA 4PCIA 5A5PA 3UVYA 5JWMA 5F63A 5EWWA 5CQ8A 4QYDA 5C4QA 4UIYA 3LQIA 3P1FA 4N4FA 5LKZA 5FFVA 4N4IA 4YYKA 5EISA 2YW5A 4NR9A 4FLPA 5EVAA 2R0VA 5F25A 3SVHA 5LJ1A 4YH4A 5FDZA 4GPJA 5F1HA 5HELA 3LQHA 5FE6A 4O7CA 4CL9A 5FE0A 5DKDA 5FE2A 4PKLA 4TU6A 2DVQA 3LQJA 2DVSA 5AD2A 5CUGA 5HEMA 5I1QA 4O70A 5F62A 4AKNA 5D26A 4NUEA 5HQ6A 5DX4A 5K29A 4YYJA 4NR4A 5D3LA 4NYVA 5D3HA 5HRVA 3LXJA 2YYNA 5EQ1A 3S92A 4QSVA 5COIA 4YYHA 3U5JA 5LJ0A 5HQ7A 1WUGA 3U5NA 4IORA 4BW3A 5LKUA 4HXOA 2R0SA 3O34A 4TT6A 5C89A 5E7DA 4QR4A 5DW1A 3ZYUA 3MULA 5A7CA 3RCWA 5FE5A 4QZSA 2OUOA 5A5QA 5A5SA 4PCEA 4XUAA 5H85A 4QEUA 4LYWA 4PS5A 4YH3A 4ALHA 5D0CA 2KTBB 5KHMA 5C87A 2RFJA 2WP2A 5DFDA 4LZ2A 2F6JA 5C8GA 3MUKA 4QC1A 5DKCA 4QUUA 4YBMA 5ENCA 4HBVA 5CTLA 4NRCA 5CQ7A 2E7OA 4YY6A 2DKWA 2L5EA 5E0RA 5D3JA 5E9LA 5F61A 5KTUA 4RVRA 5A81A 4HBXA 4A9MA 5I89A 4O78A 5FH6A 4MR5A 5FG4A 5CQTA 1ZS5A 4YABA 5EPRA 2YDWA 5E3GA 4CURA 2OO1A 4CFLA 4BW2A 1E6IA 4YYNA 4QB3A 4HBYA 3QZVA 5EGUA 4TYLA 3SVFA 5DLZA 2YEMA 5D3NA 4TS8A 4A9IA 5E9KA 4QSRA 4QYLA 4A9JA 4O75A 3QZSA 3MQMA 4LR6A 4LYSA 4MR3A 5LKXA 5DKHA 5EP7A 4UYHA 2MJVB 4N3WA 1EQFA 4BJXA 5I88A 5CPEA 4TZ2A 4YAXA 5LKTA 2R0YA 4QUTA 4WIVA 5F3AA 4LYIA 3UVWA 5CUAA 4TT4A 5FBXA 4NR5A 4O7AA 2RO1A 4YYDA 4HXRA 5EU1A 4ZQLA 5FB0A 4TTEA 3NXBA 4ALGA 5BT5A 2RS9B 4HXLA 5CZGA 3P1CA 5A5OA 5C7NA 2LSPB 4NRAA 5FG5A 5EI4A 3MXFA 3P1DA 2DVRA 5CUDA 5EWVA 4C66A 5AD3A 3JVJA 5D7XA 4QNSA 2F6NA 4UYDA 4NYWA 3O36A 4NXJA 5CU8A 5CY9A 4XUBA 5IGLA 4BW1A 3D7CA 5DBMA 5I7XA 2RI7A 5KTWA 5A5RA 4QSUA 5DLXA 4NR7A 4PY6A 4IR5A 5II2A 4O74A 4Z1SA 5CS8A 4O71A 5D3PA 4UITA 5D3TA 5DYCA 4E96A 3HMFA 3U5PA 5DFBA 4ZC9A 3O37A 2DWWA 5I29A 1JM4B 5HENA 2H60A 5L96A 4NYXA 5D3RA 5CFWA 5LUUA 5EV9A 5L99A 2RNWA 3HMHA 4MEPA 5KTXA 5I40A 5D24A 5CQ5A 3IU5A 4HXNA 5FE4A 3UV4A 4UIXA 4CLBA 3UVXA 3P1EA 5CUBA 5FH7A 5ACYA 5E3DA 4XYAA 3JVKA 4IR6A 4YATA 2E3KA 3P5OA 4HXMA 4NUCA 4CUSA 4Z93A 4YYIA 3G0LA 5EM3A 4QR5A 4LZSA 4QY4A 5E9YA 5CQAA 4UYFB 3UW9A 2WP1A 4KCXA 4LDFA 4CFKA 4O76A 4QEVA 5E74A 4UYFA 5FH8A 5HRWA 2DATA 5DFCA 5DY7A 4QC3A 5A82A 5FE3A 5JI8A 3DWYA 4QSQA 1F68A 5EPSA 2D9EA 5EICA 5ENGA 4QSSA 5E9IA 5E9MA 4TQNA 4ZW1A 2R10A 4UIUA 5F36A 4MEQA 5HFQA 4YYGA 4LZRA 4KV1A 4QSTA 4A9OA 5L98A 5AMFA 5D3SA 3UV5A 4O7FA 2YQDA 4TU4A 5ENHA 2YEKA 5FFWA 4MR6A 4CUPA 2YELA 5ETBA 2OSSA 4NS5A 4YK0A 4HXSA 5DYXA 3SVGA 3HMEA 5ETDA 4HBWA 4LRGA 4Z6IA 5F5ZA 3Q2EA 3U5KA 3DAIA 5EWCA 4BW4A 4MEOA 5I80A 5FE1A 5BT4A 4Y03A 4NQNA 5HJCA 5A83A 5FE9A 5HRXA 2RNYA 4Z6HA 5D25A 3UVDA 4O77A 4J0SA 4QSWA 4NQMA 5AMEA 4HXPA 5FG6A 5CUCA 5I86A 3I3JA 5CP5A 3JVMA 5H1UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4UIZA 5ENFA 5CUEA 4PTBA 4IR4A 3VKHA 4YADA 4WHUA 4N4GA 3TLPA 4OGIA 4C67A 4UIWA 4O7BA 5IBNA 4CUTA 4A9KA 5FE8A 5KU3A 5EWDA 4LC2A 2DVVA 4UIVA 5EPBA 5HM0A 5HQ5A 4QSXA 4YC9A 5EK9A 2FSAA 3O35A 5EWHA 4YYMA 5ENJA 4IR3A 4IOOA 2L84A 4WHWA 5L97A 5J0DA 4QSPA 5CRMA 3IU6A 4A9LA 5LJ2A 5E73A 3U5LA 4OUFA 5EA1A 2E7NA 4DONA 5G4SA 4XY9A 5IGNA 4TT2A 3AADA 1N72A 3Q2FA 5L8UA 5LVRA 4Z1QA 5IGKA 5G4RA 3UV2A 4Q0NA 5HCLA 1X0JA 2L85A 5LVQA 3GG3A 4CUUA 4Q0OA 3U5MA 4TZ8A 5E9VA 2G4AA 2N9GA 5DYUA 2RNXA 4N4HA 1JSPB 4A9NA 2I7KA 4MR4A 4J3IA 5TCMA 5BT3A 3S91A 5IGMA 2D82A 5L8TA 4NUDA 3O33A 3ERRA 3FKMX 5KO4A 3U5OA 5I7YA 3AQAA 5F60A 4O7EA 4HXKA 5CGPA 4J1PA 5DW2A 3QZTA 5C85A 4NR6A 3JVLA 4YBTA 4KV4A 4QR3A 5ENIA 3MB4A 5H1VA 4YBSA 3G0JA 5H1TA 5F1LA 5ENEA 4YY4A 4IOQA 5A5NA 5F2PA 4J0RA 4UYEA 2NXBA 5DYAA 4UYGA 4X2IA 5FB1A 4QEWA 5CRZA 4F3IA 5A85A 5FE7A 5CQ3A 5TB6A 5IIDA 5II1A 4OGJA 4A9HA 5CQ4A 5ENBA 1WUMA 5I83A 4NRBA 3ONIA 4CUQA 4QBMA 5CQ6A 4NR8A 5FFYA 4BHWA 3K2JA 4MENA 2GRCA 3MB3A 5HLSA 4O72A 4XY8A 5IG6A 2I8NA 3LJWA 4A9EA 5HFRA 4A9FA 4PCIA 5A5PA 3UVYA 5JWMA 5F63A 5EWWA 5CQ8A 4QYDA 5C4QA 4UIYA 3LQIA 3P1FA 4N4FA 5LKZA 5FFVA 4N4IA 4YYKA 5EISA 2YW5A 4NR9A 4FLPA 5EVAA 2R0VA 5F25A 3SVHA 5LJ1A 4YH4A 5FDZA 4GPJA 5F1HA 5HELA 4AI6A 3LQHA 5FE6A 4O7CA 4CL9A 5FE0A 5DKDA 5FE2A 4PKLA 4TU6A 2DVQA 3LQJA 2DVSA 5AD2A 5CUGA 4AKIA 5HEMA 5I1QA 4O70A 5F62A 4AKNA 5D26A 4NUEA 5HQ6A 5DX4A 5K29A 4YYJA 4NR4A 5D3LA 4NYVA 5D3HA 5HRVA 3LXJA 2YYNA 5EQ1A 3S92A 4QSVA 5COIA 4YYHA 3U5JA 5LJ0A 5HQ7A 1WUGA 3U5NA 4IORA 4BW3A 5LKUA 4HXOA 2R0SA 3O34A 4TT6A 5C89A 5E7DA 4QR4A 5DW1A 3ZYUA 3MULA 5A7CA 3RCWA 5FE5A 4QZSA 2OUOA 5A5QA 5A5SA 4PCEA 4XUAA 5H85A 4QEUA 4LYWA 4PS5A 4YH3A 2EJNA 4ALHA 5D0CA 2KTBB 5KHMA 5C87A 2RFJA 2WP2A 5DFDA 4LZ2A 2F6JA 5C8GA 3MUKA 4QC1A 5DKCA 4QUUA 4YBMA 5ENCA 4HBVA 5CTLA 4NRCA 5CQ7A 2E7OA 4YY6A 3D1BA 2DKWA 2L5EA 5E0RA 1ZKRA 5D3JA 5E9LA 5F61A 5KTUA 4RVRA 5A81A 1PUOA 4HBXA 4A9MA 5I89A 4O78A 5FH6A 4MR5A 5FG4A 5CQTA 1ZS5A 4YABA 5EPRA 2YDWA 5E3GA 4CURA 2OO1A 4CFLA 4BW2A 1E6IA 4YYNA 4QB3A 4HBYA 3QZVA 5EGUA 4TYLA 3SVFA 5DLZA 2YEMA 5D3NA 4TS8A 4A9IA 5E9KA 4QSRA 4QYLA 4A9JA 4O75A 3QZSA 3MQMA 4LR6A 4LYSA 4MR3A 5LKXA 5DKHA 5EP7A 4UYHA 2MJVB 4N3WA 1EQFA 4BJXA 5I88A 5CPEA 4TZ2A 4YAXA 5LKTA 2R0YA 4QUTA 4WIVA 5F3AA 4LYIA 3UVWA 5CUAA 4TT4A 5FBXA 4NR5A 4O7AA 2RO1A 4YYDA 4HXRA 5EU1A 4ZQLA 5FB0A 4TTEA 3NXBA 4ALGA 5BT5A 2RS9B 4HXLA 5CZGA 3P1CA 5A5OA 5C7NA 2LSPB 4NRAA 5FG5A 5EI4A 3MXFA 3P1DA 2DVRA 5CUDA 5EWVA 4C66A 5AD3A 3JVJA 5D7XA 4QNSA 2F6NA 4UYDA 4NYWA 3O36A 4NXJA 5CU8A 5CY9A 4XUBA 5IGLA 4BW1A 3D7CA 5DBMA 5I7XA 2RI7A 5KTWA 5A5RA 4QSUA 5DLXA 4NR7A 4PY6A 4IR5A 5II2A 4O74A 4Z1SA 5CS8A 4O71A 5D3PA 4UITA 5D3TA 5DYCA 4E96A 3HMFA 3U5PA 5DFBA 4ZC9A 3O37A 2DWWA 5I29A 1JM4B 5HENA 2H60A 5L96A 4NYXA 5D3RA 5CFWA 5LUUA 5EV9A 5L99A 2RNWA 3HMHA 4MEPA 5KTXA 5I40A 5D24A 5CQ5A 3IU5A 4HXNA 5FE4A 3UV4A 4UIXA 4CLBA 3UVXA 3P1EA 5CUBA 5FH7A 5ACYA 5E3DA 4XYAA 3JVKA 4IR6A 4YATA 2E3KA 3P5OA 4HXMA 4NUCA 4CUSA 4Z93A 4AKHA 4YYIA 4AKGA 3G0LA 5EM3A 4QR5A 4LZSA 4QY4A 5E9YA 5CQAA 4UYFB 3UW9A 2WP1A 4KCXA 4LDFA 4CFKA 4O76A 4QEVA 5E74A 4UYFA 5FH8A 5HRWA 2DATA 5DFCA 5DY7A 4QC3A 5A82A 5FE3A 5JI8A 3DWYA 4QSQA 1F68A 5EPSA 2D9EA 5EICA 5ENGA 4QSSA 5E9IA 5E9MA 4TQNA 4ZW1A 2R10A 4UIUA 5F36A 4MEQA 5HFQA 4YYGA 4LZRA 4KV1A 4QSTA 4A9OA 5L98A 5AMFA 5D3SA 3UV5A 4O7FA 2YQDA 4TU4A 5ENHA 2YEKA 5FFWA 4MR6A 4CUPA 2YELA 5ETBA 2OSSA 4NS5A 4YK0A 4HXSA 5DYXA 3SVGA 3HMEA 5ETDA 4HBWA 4LRGA 4Z6IA 3D1DA 5F5ZA 3Q2EA 3U5KA 3DAIA 5EWCA 4BW4A 4MEOA 5I80A 5FE1A 5BT4A 4Y03A 4NQNA 5HJCA 5A83A 5FE9A 5HRXA 2RNYA 4Z6HA 5D25A 3UVDA 4O77A 4J0SA 3VKGA 4QSWA 4NQMA 5AMEA 4HXPA 5FG6A 5CUCA 5I86A 3I3JA 5CP5A 3JVMA 5H1UA
chains in the Genus database with same CATH topology
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