5CY9A

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with benzo[cd]indol-2(1h)-one ligand
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
131
structure length
131
Chain Sequence
HLVPRGSNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein/inhibitor
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Discovery of Benzo[cd]indol-2(1H)-ones as Potent and Specific BET Bromodomain Inhibitors: Structure-Based Virtual Screening, Optimization, and Biological Evaluation
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 43
structure length 131
sequence length 131
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-07-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5cy9A01
5E9VA 4N4HA 5F62A 5F60A 2WP2A 3O33A 5E73A 5LKXA 4YYKA 5FE2A 4NR7A 5E9IA 2YDWA 3HMFA 5II1A 5LJ1A 3QZSA 3NXBA 4O7BA 4YK0A 5A5SA 4FLPA 4PTBA 4A9KA 4LYIA 5FE7A 5HFRA 4X2IA 4XY8A 2DVRA 4OUFA 4PY6A 4UIYA 4TTEA 3UVWA 5HFQA 5IBNA 4YYGA 5FG6A 5A81A 5EA1A 5LKZA 4IR3A 4QEUA 2OO1A 5F25A 5HELA 2RNYA 4NRAA 5CQTA 5ENJA 5D24A 1JM4B 5CUGA 4HXPA 2FSAA 5E7DA 5A5QA 4QB3A 5G4RA 4N4IA 4Z93A 5I7YA 4QR4A 5LKTA 3O35A 3GG3A 4CFKA 4J1PA 4XUBA 4LZ2A 4J0SA 4QBMA 5ETBA 4LR6A 4TZ2A 5DBMA 4WIVA 4O74A 2L85A 4MR4A 4TT4A 4NRCA 2I8NA 4O7CA 4PS5A 5C85A 5CQAA 3UVXA 5BT5A 5I80A 4CFLA 2WP1A 5CZGA 5ETDA 5DW1A 5ENFA 5FDZA 5HRWA 5EPBA 4O7FA 5LJ0A 4ALHA 4NR6A 5I88A 5HQ6A 5FFWA 3S92A 5FE5A 5EISA 2KTBB 3AADA 5EM3A 4AKNA 4QUTA 5I83A 5IGMA 2OSSA 3FKMX 4A9NA 3DAIA 4LDFA 2H60A 4HBVA 4A9HA 5EU1A 5FE6A 5CQ8A 3I3JA 5HLSA 3P5OA 4A9FA 3QZVA 4CUPA 2L5EA 4DONA 5COIA 5HRXA 3P1CA 4HXMA 5BT4A 4UYFA 3LQJA 5F61A 5I86A 4HXNA 4WHUA 5EWHA 5DYCA 5L98A 5I89A 3IU6A 4UYEA 5D3PA 4BW2A 4HXLA 3G0JA 5E9MA 5F1LA 2RO1A 4QUUA 5DLZA 4CUSA 4IR5A 4BW1A 2L84A 5AMEA 2RFJA 3P1FA 3O36A 4QC1A 5D3LA 3Q2FA 5AMFA 3JVKA 4O71A 3MULA 2G4AA 3IU5A 5F63A 5G4SA 5I40A 4IOQA 3MB3A 2R10A 3HMEA 4NUEA 5D3NA 5D3HA 3U5PA 3UV2A 4LYSA 5FH7A 5CY9A 5A7CA 4YADA 4YH4A 2E7NA 4MEOA 4HXRA 2F6NA 4PCEA 4F3IA 5ENBA 5C7NA 5DX4A 4QSRA 5JWMA 5DY7A 5A82A 4CURA 2D82A 1N72A 4HXOA 4C66A 2DKWA 2E7OA 3D7CA 5H85A 5H1UA 3ZYUA 4ZC9A 5F1HA 4O75A 5CQ6A 4YBMA 4YYMA 3S91A 4Z1SA 4LZRA 4A9JA 5D0CA 4QSQA 4TU6A 4O7AA 4QR5A 5CQ3A 5FFVA 5E74A 3U5OA 3UVYA 5C89A 5FB1A 5L96A 3JVJA 5ENCA 4NR4A 4LYWA 5CUAA 5DYAA 4YAXA 5DYUA 5D26A 5LKUA 2RS9B 4CL9A 4A9EA 5FE8A 5LVRA 4E96A 4NR8A 5FG5A 2YEKA 5CQ5A 4QR3A 5A5PA 5TB6A 4CUUA 2DVVA 4XY9A 5FE4A 2GRCA 5E9KA 4KV4A 4QC3A 4BJXA 5C8GA 5FH6A 2LSPB 5ENHA 4NS5A 4O77A 5AD3A 5FG4A 5LUUA 5A5RA 3DWYA 4ZW1A 3TLPA 1F68A 4UITA 4YYDA 4TT6A 2I7KA 4MEPA 2NXBA 4OGJA 4A9IA 2YYNA 4YATA 4GPJA 2OUOA 4J3IA 4IR4A 5DW2A 3U5LA 5CUEA 4QYDA 4UYFB 4QSUA 5IG6A 4HBXA 2DVSA 5BT3A 5FE3A 2DATA 4IORA 4MEQA 5FH8A 4PKLA 5CRMA 2N9GA 5EWWA 4YY4A 5IGKA 5D3JA 5D3RA 5A5NA 5EQ1A 5CQ7A 4UYHA 5HEMA 3P1DA 4NYXA 5EPSA 4O76A 4TU4A 4BHWA 3P1EA 5IIDA 5F36A 3LJWA 4NQNA 5KU3A 3SVFA 3LQIA 5FE9A 2YEMA 5H1TA 5DFBA 4NXJA 5KO4A 4WHWA 5I29A 5KTUA 4YBTA 5EVAA 4MR5A 4YABA 1JSPB 4HXSA 5HQ5A 4C67A 3O34A 4NRBA 4CLBA 3UVDA 4KV1A 5EV9A 5HRVA 4MR3A 4NYWA 4UIUA 5ENIA 5F5ZA 4BW3A 5CGPA 5F3AA 4A9LA 3MB4A 5L8TA 3JVMA 4Q0OA 4O7EA 4ZQLA 5DFCA 4YYJA 4QSTA 4XYAA 4OGIA 4Z1QA 4HXKA 2R0VA 3U5MA 3MXFA 1E6IA 4LRGA 1WUMA 3MUKA 5EWCA 5EGUA 5E9LA 5L8UA 5HQ7A 4MENA 5D3TA 5FE0A 2DWWA 4TQNA 5F2PA 5DFDA 3MQMA 4TZ8A 2F6JA 5C87A 5CUDA 5DKCA 4O70A 5K29A 4YBSA 5I7XA 5ACYA 5KHMA 4O78A 5IGNA 3SVGA 5E0RA 4YYHA 2RNXA 5FB0A 5C4QA 4IR6A 5E3GA 4LC2A 5CS8A 5EWDA 5AD2A 3HMHA 1EQFA 4XUAA 5J0DA 4HBYA 4Q0NA 1ZS5A 2R0SA 5CFWA 5LJ2A 4CUTA 2YW5A 5KTXA 4CUQA 3LXJA 4A9OA 4NR5A 4J0RA 2DVQA 4TYLA 2RI7A 2RNWA 4LZSA 4YH3A 3UV5A 4TT2A 4A9MA 4TS8A 5DYXA 5E3DA 2MJVB 5II2A 5E9YA 5HCLA 5D3SA 4QNSA 2R0YA 4UIXA 4HBWA 4N4GA 4YY6A 5H1VA 5HENA 4Z6IA 5ENGA 4YYNA 5DLXA 1WUGA 2E3KA 4O72A 5ENEA 5D25A 5FFYA 5L99A 2YQDA 5EICA 4QSXA 4RVRA 4QSPA 4QEVA 5L97A 2YELA 3QZTA 4KCXA 5CP5A 4BW4A 5EPRA 5A85A 4QSWA 5CRZA 5HJCA 1X0JA 4UYGA 3U5NA 3LQHA 4Y03A 3G0LA 5DKHA 4UYDA 4NR9A 5CTLA 3SVHA 3U5KA 4ALGA 4UIVA 3UW9A 4QY4A 2D9EA 4QSVA 5EK9A 5D7XA 4N3WA 5CUCA 5I1QA 5A83A 5HM0A 4QYLA 4N4FA 4NUCA 5EP7A 5DKDA 3ONIA 4NQMA 4QZSA 3U5JA 3O37A 3RCWA 5TCMA 4IOOA 5CUBA 4NUDA 5CQ4A 4PCIA 4YYIA 5FBXA 4UIZA 3JVLA 4QSSA 4NYVA 4QEWA 5EI4A 4YC9A 5IGLA 5LVQA 5A5OA 4UIWA 3K2JA 5JI8A 5FE1A 3AQAA 5CU8A 3Q2EA 5CPEA 4Z6HA 5KTWA 4MR6A 3UV4A 5EWVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5E9VA 4N4HA 5F62A 5F60A 2WP2A 3O33A 5E73A 3D1DA 5LKXA 4YYKA 5FE2A 4NR7A 5E9IA 2YDWA 3HMFA 5II1A 5LJ1A 3QZSA 3NXBA 4O7BA 4YK0A 5A5SA 4FLPA 3VKGA 4PTBA 4A9KA 4LYIA 5FE7A 5HFRA 4X2IA 4XY8A 2DVRA 4OUFA 4PY6A 4UIYA 4TTEA 3UVWA 5HFQA 5IBNA 4YYGA 1PUOA 5FG6A 5A81A 5EA1A 5LKZA 4IR3A 4QEUA 2OO1A 5F25A 5HELA 2RNYA 4NRAA 5CQTA 5ENJA 5D24A 1JM4B 5CUGA 4HXPA 2FSAA 5E7DA 5A5QA 4QB3A 5G4RA 4N4IA 4Z93A 5I7YA 4QR4A 5LKTA 3O35A 3GG3A 4CFKA 4J1PA 4XUBA 4LZ2A 4J0SA 4QBMA 5ETBA 4LR6A 4TZ2A 5DBMA 4WIVA 4O74A 2L85A 4MR4A 4TT4A 4NRCA 2I8NA 4O7CA 4PS5A 5C85A 5CQAA 3UVXA 5BT5A 5I80A 4CFLA 2WP1A 5CZGA 5ETDA 5DW1A 5ENFA 5FDZA 5HRWA 5EPBA 4O7FA 5LJ0A 4ALHA 4NR6A 4AKHA 5I88A 5HQ6A 5FFWA 3S92A 5FE5A 5EISA 2KTBB 3AADA 5EM3A 4AKNA 4QUTA 5I83A 5IGMA 2OSSA 3FKMX 4A9NA 3DAIA 4LDFA 2H60A 4HBVA 4A9HA 5EU1A 5FE6A 5CQ8A 3I3JA 5HLSA 3P5OA 4A9FA 3QZVA 4CUPA 2L5EA 4DONA 5COIA 5HRXA 3P1CA 4HXMA 5BT4A 4UYFA 3LQJA 5F61A 5I86A 4HXNA 4WHUA 5EWHA 5DYCA 5L98A 5I89A 3IU6A 4UYEA 5D3PA 4BW2A 4HXLA 3G0JA 5E9MA 5F1LA 2RO1A 4QUUA 5DLZA 4CUSA 4IR5A 4BW1A 2L84A 5AMEA 2RFJA 3P1FA 3O36A 4QC1A 5D3LA 3D1BA 3Q2FA 5AMFA 3JVKA 4O71A 3MULA 2G4AA 3IU5A 5F63A 5G4SA 5I40A 4IOQA 3MB3A 2R10A 3HMEA 4NUEA 5D3NA 5D3HA 3U5PA 3UV2A 4LYSA 5FH7A 5CY9A 5A7CA 4YADA 4YH4A 2E7NA 4MEOA 4HXRA 2F6NA 4PCEA 4F3IA 5ENBA 5C7NA 3ERRA 5DX4A 4QSRA 5JWMA 5DY7A 5A82A 4CURA 2D82A 1N72A 4HXOA 4C66A 2DKWA 2E7OA 3D7CA 5H85A 5H1UA 3ZYUA 4ZC9A 5F1HA 4O75A 5CQ6A 4YBMA 4YYMA 3S91A 4Z1SA 4LZRA 4A9JA 5D0CA 4QSQA 2EJNA 4O7AA 4TU6A 4QR5A 5CQ3A 5FFVA 5E74A 3U5OA 3UVYA 5C89A 5FB1A 5L96A 3JVJA 5ENCA 4NR4A 4LYWA 5CUAA 5DYAA 4YAXA 5DYUA 5D26A 5LKUA 2RS9B 4CL9A 4A9EA 5FE8A 5LVRA 4E96A 4NR8A 5FG5A 2YEKA 5CQ5A 4QR3A 5A5PA 5TB6A 4CUUA 2DVVA 4XY9A 5FE4A 2GRCA 5E9KA 4KV4A 4QC3A 4BJXA 5C8GA 5FH6A 2LSPB 5ENHA 4NS5A 4O77A 5AD3A 5FG4A 4AKGA 5LUUA 5A5RA 3DWYA 4ZW1A 3TLPA 1F68A 4UITA 4YYDA 4TT6A 2I7KA 4MEPA 2NXBA 4OGJA 4A9IA 2YYNA 4YATA 4GPJA 2OUOA 4J3IA 4IR4A 5DW2A 3U5LA 5CUEA 4QYDA 4UYFB 1ZKRA 4QSUA 5IG6A 4HBXA 2DVSA 5BT3A 5FE3A 2DATA 4IORA 4MEQA 5FH8A 4PKLA 5CRMA 2N9GA 5EWWA 4YY4A 5IGKA 5D3JA 5D3RA 5A5NA 5EQ1A 5CQ7A 4UYHA 5HEMA 3P1DA 4NYXA 5EPSA 4O76A 4TU4A 4BHWA 3P1EA 5IIDA 5F36A 3LJWA 4NQNA 5KU3A 3SVFA 3LQIA 5FE9A 2YEMA 5H1TA 5DFBA 4NXJA 5KO4A 4WHWA 5I29A 5KTUA 4YBTA 5EVAA 4MR5A 4YABA 1JSPB 4HXSA 5HQ5A 4C67A 3O34A 4NRBA 4CLBA 3UVDA 4KV1A 5EV9A 5HRVA 4MR3A 4NYWA 4UIUA 5ENIA 5F5ZA 4BW3A 5CGPA 5F3AA 4A9LA 3MB4A 5L8TA 3JVMA 4Q0OA 4O7EA 4ZQLA 5DFCA 4YYJA 4QSTA 4XYAA 4OGIA 4Z1QA 4HXKA 2R0VA 3U5MA 3MXFA 1E6IA 4AI6A 4LRGA 1WUMA 3MUKA 5EWCA 5EGUA 5E9LA 5L8UA 5HQ7A 4MENA 5D3TA 5FE0A 2DWWA 4TQNA 5F2PA 5DFDA 3MQMA 4TZ8A 2F6JA 5C87A 5CUDA 5DKCA 4O70A 5K29A 4YBSA 5I7XA 5ACYA 5KHMA 4O78A 5IGNA 3SVGA 5E0RA 4YYHA 2RNXA 5FB0A 5C4QA 4IR6A 5E3GA 4LC2A 5CS8A 5EWDA 5AD2A 3HMHA 1EQFA 4XUAA 5J0DA 4HBYA 4Q0NA 1ZS5A 2R0SA 5CFWA 5LJ2A 4CUTA 2YW5A 5KTXA 4CUQA 3LXJA 4A9OA 4NR5A 4J0RA 2DVQA 4TYLA 2RI7A 2RNWA 4LZSA 4YH3A 3UV5A 4TT2A 4A9MA 4TS8A 5DYXA 5E3DA 2MJVB 5II2A 5E9YA 5HCLA 5D3SA 4QNSA 2R0YA 4UIXA 4HBWA 4N4GA 4YY6A 5H1VA 5HENA 4Z6IA 5ENGA 4YYNA 5DLXA 3VKHA 1WUGA 2E3KA 4O72A 5ENEA 5D25A 5FFYA 5L99A 2YQDA 5EICA 4QSXA 4RVRA 4QSPA 4QEVA 5L97A 2YELA 3QZTA 4KCXA 4AKIA 5CP5A 4BW4A 5EPRA 5A85A 4QSWA 5CRZA 5HJCA 1X0JA 4UYGA 3U5NA 3LQHA 4Y03A 3G0LA 5DKHA 4UYDA 4NR9A 5CTLA 3SVHA 3U5KA 4ALGA 4UIVA 3UW9A 4QY4A 2D9EA 4QSVA 5EK9A 5D7XA 4N3WA 5CUCA 5I1QA 5A83A 5HM0A 4QYLA 4N4FA 4NUCA 5EP7A 5DKDA 3ONIA 4NQMA 4QZSA 3U5JA 3O37A 3RCWA 5TCMA 4IOOA 5CUBA 4NUDA 5CQ4A 4PCIA 4YYIA 5FBXA 4UIZA 3JVLA 4QSSA 4NYVA 4QEWA 5EI4A 4YC9A 5IGLA 5LVQA 5A5OA 4UIWA 3K2JA 5JI8A 5FE1A 3AQAA 5CU8A 3Q2EA 5CPEA 4Z6HA 5KTWA 4MR6A 3UV4A 5EWVA
chains in the Genus database with same CATH topology
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