4XYAA

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with a 2-amine-9h-purine ligand
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title 9H-Purine Scaffold Reveals Induced-Fit Pocket Plasticity of the BRD9 Bromodomain.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription
total genus 44
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-02-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4xyaA01
3K2JA 5FBXA 4O7CA 4IORA 4WIVA 5CZGA 4NR7A 4Z6IA 4QSWA 2R0SA 5EWHA 3JVKA 4NRAA 4YYNA 5ENBA 5FH6A 5ENGA 5I7XA 5HLSA 4YYHA 2RNWA 4F3IA 4HXSA 4O7BA 5EISA 4CURA 5DYAA 5FH8A 4NUCA 5F3AA 4CUPA 5IG6A 5FDZA 4NUDA 4KV4A 4BHWA 4LR6A 4YYJA 5CUDA 2D82A 2E7NA 5E9KA 4PKLA 5FH7A 4BW4A 5C87A 4XY8A 5C85A 5DX4A 4CUSA 5EA1A 5IGNA 3P5OA 4CLBA 1EQFA 5DFCA 5HFRA 5BT5A 5A83A 3MB3A 2DVQA 5LJ0A 5I29A 3LJWA 4HXLA 4YK0A 4NQNA 4KCXA 2OO1A 2RS9B 2GRCA 5DKHA 5BT4A 5F62A 5DFBA 4QBMA 4NXJA 4PY6A 5CUEA 5DW2A 4GPJA 4NR8A 5DKCA 5CPEA 4LYWA 5E9IA 4A9EA 4O72A 5H1TA 3IU6A 3U5NA 4UYGA 4YYKA 3SVGA 4XY9A 3GG3A 4IOOA 5CTLA 3U5LA 4QSRA 4YYDA 5HQ6A 5LKTA 4J1PA 4A9LA 2R10A 2NXBA 3LQIA 4E96A 2E3KA 4IR5A 3S91A 3D7CA 4HXKA 5H1VA 5E73A 4QEUA 5CUGA 4O7FA 4NR4A 5DLXA 4YY4A 5E3DA 4A9MA 5AD2A 4A9KA 2I8NA 4QEVA 5A5QA 4O70A 2YEMA 5KTXA 2E7OA 5H85A 4UYFB 5E74A 5H1UA 3HMEA 5CUAA 4C67A 4BW3A 4O76A 4HBVA 5F25A 2D9EA 5FG4A 1WUMA 5D26A 3QZVA 3NXBA 5KU3A 4NR6A 3QZTA 4HXNA 5D3LA 3U5JA 5CGPA 4UYEA 3Q2FA 4QSUA 4TYLA 5TB6A 5HRVA 4WHUA 5A81A 4O7AA 2H60A 4QC3A 4A9NA 5TCMA 5HM0A 5A82A 3I3JA 4Z93A 2DVRA 2YQDA 4QY4A 4XUBA 5CUBA 5E9VA 5CQ6A 5L96A 5EQ1A 4QSSA 5IIDA 4XUAA 4QYDA 4Z1QA 4LYIA 2DKWA 4N4HA 3U5KA 5EWVA 4DONA 3IU5A 4XYAA 4TQNA 5LKUA 4YAXA 4UIWA 5I83A 3MUKA 4QSXA 5EV9A 5I86A 5ETDA 4YYGA 5D3SA 5CS8A 4LZSA 5ENCA 5FFVA 4QSVA 5DLZA 5FG5A 3O36A 5LKZA 2DVVA 4MENA 3P1CA 5A5PA 5A7CA 4PCEA 5ENJA 3U5OA 4MR4A 5DBMA 3FKMX 5ENIA 5HRWA 5HJCA 5C8GA 4ZW1A 4TU6A 4WHWA 3UVDA 5EGUA 5FFYA 5HEMA 4NS5A 3G0LA 5L8UA 4MEPA 4N3WA 5JI8A 5DYXA 4ZC9A 2G4AA 2RNXA 3P1FA 5HCLA 4TS8A 5ENFA 5E7DA 2N9GA 4A9OA 5F60A 5DYCA 4TT2A 5HRXA 4A9JA 5KO4A 5A5SA 5LJ1A 4Z6HA 2R0VA 3Q2EA 5D3RA 3O35A 5I80A 4QSTA 5II1A 4UYDA 5EPSA 4CUTA 5IGKA 2FSAA 5F63A 5EU1A 2F6NA 1WUGA 5EPBA 2OUOA 4UITA 4TU4A 3DAIA 5DFDA 4QEWA 4PTBA 5EVAA 5FE3A 3TLPA 4MR5A 1ZS5A 1X0JA 5EI4A 5FG6A 5CU8A 3LXJA 2YYNA 4Q0OA 4UYFA 5EM3A 2WP2A 5KHMA 4OUFA 3RCWA 4N4FA 5F5ZA 4IR6A 4UIVA 5D3JA 2DWWA 3JVMA 4HBWA 5D3HA 5HQ7A 4YADA 4TTEA 5DY7A 4HBYA 5ENEA 4MR6A 5LVRA 2MJVB 4A9IA 2DVSA 5CQ5A 5HQ5A 1F68A 4QR3A 5FB0A 5EPRA 1E6IA 5EWDA 5L98A 4ALGA 5CRZA 4TT4A 5CP5A 4NYWA 4YYIA 4NYXA 3HMFA 4NRBA 3DWYA 5ENHA 4YY6A 2RO1A 5CFWA 3G0JA 5EK9A 5CQ7A 3S92A 4QC1A 3O34A 3U5MA 5I88A 5LUUA 1JM4B 4UIYA 4QNSA 5DKDA 1JSPB 5D3PA 4O77A 3HMHA 4TT6A 2L5EA 5DYUA 4A9HA 3O33A 4KV1A 4YH4A 4N4GA 4IR3A 3UV4A 5FE8A 4NRCA 2OSSA 3ZYUA 4CL9A 4J0SA 3MB4A 3O37A 5F61A 5CQ3A 5LJ2A 5G4SA 4Y03A 5AD3A 5LKXA 4QZSA 4TZ8A 5FB1A 2LSPB 2RFJA 4QYLA 3UVYA 5CQTA 4ZQLA 5FE2A 3P1DA 5KTUA 5G4RA 1N72A 5E9MA 5CQAA 2WP1A 5D25A 4LYSA 2I7KA 5FE1A 3UV5A 3LQHA 5EWCA 5AMFA 5AMEA 4NYVA 4Q0NA 4X2IA 2R0YA 2L85A 4FLPA 3UVWA 4O75A 2YELA 5CUCA 2KTBB 3QZSA 4LRGA 2YW5A 4CUQA 4YBTA 5ETBA 4O71A 4PCIA 5JWMA 4O78A 5F1HA 4TZ2A 5FE0A 4BW2A 3JVJA 4CFKA 4YABA 5EP7A 2L84A 5HENA 5II2A 5CQ4A 4YC9A 4LC2A 4O7EA 5K29A 5J0DA 5L97A 5I40A 5FFWA 5E9LA 4YATA 4N4IA 2F6JA 4J0RA 5D3NA 5A85A 5I89A 4IR4A 5I1QA 4QR5A 5EICA 4HXRA 5F36A 4PS5A 5ACYA 3ONIA 4RVRA 5COIA 5D7XA 4YYMA 5CY9A 4NR5A 5F2PA 3UVXA 4QSQA 4J3IA 4IOQA 4A9FA 2YEKA 5HELA 3MXFA 4MR3A 3SVFA 4QUUA 4QR4A 5A5NA 2RNYA 5F1LA 4OGIA 5IBNA 4UIZA 4YBSA 5A5OA 4UIXA 5FE9A 4LDFA 4HXOA 5E9YA 4YH3A 4LZRA 3U5PA 5E3GA 2YDWA 4HBXA 4NR9A 3P1EA 5C89A 3SVHA 4HXMA 4MEQA 4CUUA 5FE7A 4AKNA 3JVLA 4QSPA 5C4QA 4HXPA 5D0CA 4UYHA 5I7YA 4NQMA 4C66A 5D3TA 5C7NA 4MEOA 5EWWA 5HFQA 5IGMA 3LQJA 5LVQA 5E0RA 5FE6A 4CFLA 5L8TA 2DATA 5BT3A 4UIUA 4YBMA 5D24A 4BJXA 4LZ2A 4NUEA 5CRMA 5IGLA 3AADA 4QUTA 2RI7A 5FE4A 4BW1A 5FE5A 5KTWA 3MULA 4QB3A 4OGJA 3AQAA 5CQ8A 3UW9A 4ALHA 3UV2A 5DW1A 5L99A 3MQMA 5A5RA 4Z1SA 4O74A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3K2JA 5FBXA 4O7CA 4IORA 4WIVA 5CZGA 4NR7A 4Z6IA 4QSWA 2R0SA 5EWHA 3JVKA 4NRAA 4YYNA 5ENBA 5FH6A 5ENGA 5I7XA 5HLSA 4YYHA 2RNWA 4F3IA 4HXSA 4O7BA 5EISA 4CURA 5DYAA 5FH8A 4NUCA 5F3AA 4CUPA 5IG6A 5FDZA 4NUDA 4KV4A 4BHWA 3ERRA 4LR6A 5CUDA 4YYJA 2D82A 2E7NA 5E9KA 4PKLA 5FH7A 4BW4A 5C87A 4XY8A 5C85A 5DX4A 4CUSA 5EA1A 5IGNA 3P5OA 4CLBA 1EQFA 5DFCA 5HFRA 5BT5A 5A83A 3MB3A 2DVQA 5LJ0A 5I29A 3LJWA 4HXLA 4YK0A 4NQNA 4KCXA 2OO1A 2RS9B 2GRCA 5DKHA 5BT4A 4AKGA 5F62A 5DFBA 4QBMA 4NXJA 4PY6A 5CUEA 5DW2A 4GPJA 4NR8A 5DKCA 5CPEA 4LYWA 5E9IA 4A9EA 4O72A 5H1TA 3IU6A 3U5NA 4UYGA 4YYKA 3SVGA 4XY9A 3GG3A 4IOOA 5CTLA 3U5LA 4QSRA 4YYDA 5HQ6A 5LKTA 4J1PA 4A9LA 2R10A 2NXBA 3LQIA 4E96A 2E3KA 4IR5A 3S91A 3D7CA 4HXKA 5H1VA 5E73A 4QEUA 5CUGA 4O7FA 4NR4A 5DLXA 4YY4A 5E3DA 4A9MA 5AD2A 4A9KA 2I8NA 4QEVA 5A5QA 4O70A 2YEMA 5KTXA 2E7OA 5H85A 4UYFB 5E74A 5H1UA 3HMEA 5CUAA 4C67A 4BW3A 4O76A 4HBVA 5F25A 2D9EA 5FG4A 1WUMA 5D26A 3QZVA 3NXBA 5KU3A 4NR6A 3QZTA 4HXNA 5D3LA 3U5JA 5CGPA 4UYEA 3Q2FA 4QSUA 4TYLA 5TB6A 5HRVA 4WHUA 5A81A 4O7AA 2H60A 4QC3A 4A9NA 5TCMA 5HM0A 5A82A 3I3JA 4Z93A 2DVRA 2YQDA 4QY4A 4XUBA 5CUBA 5E9VA 5CQ6A 5L96A 5EQ1A 4QSSA 5IIDA 4XUAA 4QYDA 4Z1QA 4LYIA 2DKWA 4N4HA 3U5KA 5EWVA 4DONA 3IU5A 4XYAA 4TQNA 5LKUA 4YAXA 4UIWA 5I83A 3MUKA 4QSXA 5EV9A 5I86A 5ETDA 4YYGA 5D3SA 5CS8A 4LZSA 5ENCA 5FFVA 4QSVA 5DLZA 3D1DA 5FG5A 3O36A 5LKZA 2DVVA 4MENA 3P1CA 5A5PA 5A7CA 4PCEA 5ENJA 3U5OA 4MR4A 5DBMA 3FKMX 5ENIA 5HRWA 5HJCA 5C8GA 4ZW1A 4TU6A 4WHWA 3UVDA 5EGUA 5FFYA 5HEMA 4NS5A 3G0LA 5L8UA 4MEPA 4N3WA 5JI8A 5DYXA 4ZC9A 2G4AA 2RNXA 3P1FA 5HCLA 4TS8A 5ENFA 5E7DA 2N9GA 4A9OA 5F60A 5DYCA 4TT2A 5HRXA 4A9JA 5KO4A 5A5SA 5LJ1A 4Z6HA 2R0VA 1PUOA 3Q2EA 5D3RA 3O35A 5I80A 4QSTA 5II1A 4UYDA 5EPSA 4CUTA 5IGKA 2FSAA 5F63A 5EU1A 2F6NA 1WUGA 5EPBA 2OUOA 4UITA 4TU4A 3DAIA 5DFDA 4QEWA 4PTBA 5EVAA 5FE3A 3TLPA 4MR5A 1ZS5A 1X0JA 5EI4A 5FG6A 5CU8A 3LXJA 2YYNA 4Q0OA 4UYFA 5EM3A 2WP2A 5KHMA 4OUFA 3RCWA 4N4FA 5F5ZA 4IR6A 4UIVA 5D3JA 2DWWA 3JVMA 4HBWA 5D3HA 5HQ7A 4YADA 4TTEA 5DY7A 4HBYA 5ENEA 4MR6A 5LVRA 2MJVB 4A9IA 2DVSA 5CQ5A 5HQ5A 1F68A 4QR3A 5FB0A 5EPRA 1E6IA 5EWDA 5L98A 4ALGA 5CRZA 4TT4A 5CP5A 4NYWA 4YYIA 4NYXA 3HMFA 1ZKRA 4NRBA 3DWYA 5ENHA 4YY6A 2RO1A 5CFWA 3G0JA 5EK9A 5CQ7A 3S92A 4QC1A 3O34A 3U5MA 5I88A 5LUUA 1JM4B 4UIYA 4QNSA 5DKDA 2EJNA 5D3PA 1JSPB 4O77A 3HMHA 4TT6A 2L5EA 5DYUA 4A9HA 3VKGA 3O33A 4KV1A 4YH4A 4N4GA 4IR3A 3UV4A 5FE8A 4NRCA 2OSSA 3ZYUA 4CL9A 4J0SA 3MB4A 3O37A 5F61A 5CQ3A 5LJ2A 5G4SA 4Y03A 5AD3A 5LKXA 4QZSA 4TZ8A 5FB1A 2LSPB 2RFJA 4QYLA 3UVYA 5CQTA 4ZQLA 5FE2A 3P1DA 5KTUA 5G4RA 1N72A 5E9MA 5CQAA 2WP1A 5D25A 4LYSA 2I7KA 5FE1A 3UV5A 3LQHA 5EWCA 5AMFA 5AMEA 4NYVA 4Q0NA 4X2IA 2R0YA 2L85A 4FLPA 3UVWA 4O75A 2YELA 5CUCA 2KTBB 3QZSA 4LRGA 2YW5A 4CUQA 4YBTA 5ETBA 4O71A 4PCIA 5JWMA 4O78A 5F1HA 4TZ2A 5FE0A 4BW2A 3JVJA 4CFKA 4YABA 5EP7A 2L84A 5HENA 5II2A 5CQ4A 4YC9A 4LC2A 4O7EA 5K29A 5J0DA 5L97A 5I40A 5FFWA 5E9LA 4YATA 4N4IA 2F6JA 4J0RA 5D3NA 5A85A 5I89A 4IR4A 5I1QA 4QR5A 5EICA 4HXRA 5F36A 4PS5A 5ACYA 3ONIA 4RVRA 5COIA 5D7XA 4YYMA 5CY9A 4NR5A 5F2PA 3UVXA 4QSQA 4AKHA 4AI6A 4J3IA 4IOQA 4A9FA 2YEKA 5HELA 3MXFA 4MR3A 3SVFA 4QUUA 4QR4A 5A5NA 2RNYA 5F1LA 4OGIA 5IBNA 4UIZA 4YBSA 5A5OA 4UIXA 5FE9A 4LDFA 4HXOA 5E9YA 4YH3A 4LZRA 3U5PA 4AKIA 5E3GA 2YDWA 4HBXA 4NR9A 3P1EA 5C89A 3SVHA 4HXMA 4MEQA 4CUUA 5FE7A 4AKNA 3JVLA 4QSPA 5C4QA 4HXPA 5D0CA 4UYHA 5I7YA 4NQMA 4C66A 5D3TA 5C7NA 4MEOA 5EWWA 5HFQA 3VKHA 5IGMA 3LQJA 5LVQA 5E0RA 3D1BA 5FE6A 4CFLA 5L8TA 2DATA 5BT3A 4UIUA 4YBMA 5D24A 4BJXA 4LZ2A 4NUEA 5CRMA 5IGLA 3AADA 4QUTA 2RI7A 5FE4A 4BW1A 5FE5A 5KTWA 3MULA 4QB3A 4OGJA 3AQAA 5CQ8A 3UW9A 4ALHA 3UV2A 5DW1A 5L99A 3MQMA 5A5RA 4Z1SA 4O74A
chains in the Genus database with same CATH topology
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