4XYAA

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with a 2-amine-9h-purine ligand
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transcription
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title 9H-Purine Scaffold Reveals Induced-Fit Pocket Plasticity of the BRD9 Bromodomain.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 44
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-02-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4xyaA01
5EWHA 5H85A 2NXBA 5EM3A 5FE6A 4J3IA 4NUDA 4LZSA 4TS8A 4WHWA 4NQNA 5EICA 5E74A 3O33A 3JVMA 4RVRA 4NS5A 4HXOA 4QSWA 5DKHA 5LUUA 4QNSA 4O7BA 5EWDA 4Z6IA 3MUKA 2GRCA 3QZVA 4J1PA 3LQIA 2E3KA 5CQ4A 5L8TA 5AD2A 5II1A 5K29A 5HRVA 4YBTA 5FE2A 3O35A 4A9JA 5HCLA 4QSQA 5DY7A 5EGUA 4YY4A 2RNWA 5EPSA 5IBNA 4XUBA 3DWYA 5CRMA 4YK0A 5FE3A 4PY6A 4A9IA 5DYUA 2L5EA 5CZGA 5KU3A 5BT3A 4O72A 5FG5A 3P1CA 4HBYA 5FB0A 5KO4A 5CP5A 4A9LA 5FG6A 4PCEA 5HM0A 3S91A 2DVVA 5CQAA 4BW3A 5C89A 4A9NA 2MJVB 4NR5A 5E3GA 5HRWA 5HENA 3K2JA 4Z93A 5FDZA 4UITA 5DKDA 5DW1A 3UVDA 5HQ5A 3G0JA 3FKMX 4MEPA 5ENHA 2OO1A 5ENJA 4BW1A 3Q2EA 5CUDA 4YABA 5FE1A 4CFLA 4O74A 4NUCA 5E0RA 5LVRA 2RS9B 5FFVA 1WUGA 4AKNA 5I7XA 4CFKA 2YDWA 4NUEA 2N9GA 5TB6A 4YYMA 5A7CA 5D3TA 4QC3A 4NQMA 5HELA 5E9VA 5CPEA 2F6JA 5E9LA 4MENA 5HFRA 1EQFA 5CU8A 3TLPA 2OUOA 4BW4A 4N4FA 2E7NA 2DVRA 2OSSA 4IOQA 4TQNA 4YYHA 4TT4A 5F1HA 5EVAA 4A9KA 4UYHA 4CUUA 5IGLA 4IR3A 5A83A 4UYDA 4QUUA 5A5QA 5FE5A 2RFJA 4YATA 5F2PA 4BHWA 5LJ2A 5II2A 3MXFA 5C87A 5DFDA 4YY6A 4E96A 4MR4A 3LQHA 4YBSA 5EWVA 4QC1A 4YYKA 5D0CA 4QY4A 5EWCA 3SVFA 5J0DA 5I89A 5CUEA 4KCXA 5IIDA 4IORA 5CUCA 3LJWA 2H60A 5JWMA 4QUTA 4NR8A 2YEMA 3IU6A 4A9OA 4LYSA 3Q2FA 5FE9A 1ZS5A 4N4IA 4NR7A 4O70A 5FB1A 2YELA 2DVQA 5HEMA 5CS8A 4NRCA 5CQTA 5EV9A 2RI7A 4PTBA 1WUMA 4C67A 4DONA 5A5RA 5AD3A 5LKZA 5A5NA 2R0VA 2WP2A 4O77A 4CUTA 4UYEA 4YYDA 3U5MA 5CUAA 5FE7A 4C66A 3DAIA 4CL9A 5F61A 4A9EA 5LKTA 3HMHA 4MR3A 4BJXA 5I88A 4A9FA 4QEVA 4HXRA 4O7CA 5DYAA 5ENIA 5CQ8A 5I7YA 3UV5A 2YYNA 3UV4A 3MULA 3UVYA 2YEKA 5D3RA 4NR6A 5CQ3A 2RO1A 4IR5A 5A5OA 4QSPA 5DFBA 3AQAA 4OUFA 4QB3A 4UIZA 3SVGA 3ZYUA 4QEUA 3U5KA 5D24A 4Q0OA 5FH7A 1JM4B 4XY9A 4HXLA 4QSSA 5DFCA 5EU1A 1N72A 5F63A 5LJ0A 5KTWA 5I1QA 4TZ2A 5EISA 5F25A 2YQDA 2DVSA 5HJCA 4CLBA 3I3JA 4TTEA 5ENGA 3U5LA 2DWWA 5CFWA 5L99A 5DYCA 3U5OA 4GPJA 5DLXA 3QZTA 4IR4A 5H1TA 2RNYA 2WP1A 4CUQA 4N3WA 5I83A 4UYFA 5F5ZA 4TU4A 3UVXA 2KTBB 5ENFA 4Z6HA 2I7KA 4O75A 3SVHA 2FSAA 5CTLA 2R0SA 4XYAA 4YAXA 1E6IA 3LXJA 5LVQA 4WIVA 4TT6A 5FBXA 4KV1A 4BW2A 3O37A 2G4AA 4FLPA 2DKWA 3P1EA 4A9HA 1JSPB 4LZ2A 4YADA 4HBVA 4LYWA 5IGKA 4ALHA 5DLZA 5HLSA 4QSUA 5E3DA 4A9MA 4UIYA 4N4HA 5LKUA 4QSVA 5C85A 4ALGA 2E7OA 5ETDA 3MB4A 5FFYA 4QYLA 4YYGA 5DYXA 3U5PA 4UYFB 4HBXA 4QR4A 4J0SA 4O78A 5EI4A 4O7FA 4O7AA 3ONIA 3NXBA 4UIVA 5CGPA 5EP7A 2L84A 5A5SA 5CY9A 4CUPA 5H1UA 5HQ7A 5C4QA 5CRZA 5C7NA 3P5OA 3U5JA 4N4GA 3MQMA 3LQJA 2LSPB 3IU5A 4MEQA 4YH4A 4LRGA 5HFQA 4IR6A 5L97A 5CQ6A 4YYJA 5BT5A 5A5PA 2R10A 4Y03A 4YYIA 3AADA 5CQ5A 5IGMA 4QSRA 4XY8A 3HMEA 4NYWA 5ETBA 5ACYA 4ZQLA 4X2IA 4LR6A 4TZ8A 4NR9A 5ENBA 5C8GA 5HRXA 3JVLA 4O76A 3U5NA 5DKCA 3O34A 3RCWA 4UYGA 4QSXA 1X0JA 4HBWA 4Z1SA 3GG3A 2D82A 4TU6A 5JI8A 2L85A 3UV2A 4HXNA 5HQ6A 5FE0A 5LKXA 5AMFA 4Z1QA 5D3LA 5F3AA 5I29A 5KHMA 5I40A 4HXKA 5EWWA 4NYXA 5FH8A 3JVKA 4NR4A 5FE4A 4TYLA 4YBMA 5EPBA 4PS5A 4QR3A 5D3SA 3UW9A 2R0YA 4O71A 2RNXA 4PKLA 5D3PA 2F6NA 4LDFA 5E73A 5EQ1A 3D7CA 4YC9A 4QR5A 5F60A 5E9IA 4ZC9A 5DX4A 4CUSA 4NRBA 5EA1A 5IG6A 4KV4A 4QEWA 4HXPA 3O36A 4UIUA 5E9KA 5CQ7A 4OGIA 4WHUA 3JVJA 4YH3A 5L96A 5BT4A 3MB3A 5G4SA 5F36A 5D3HA 5ENCA 3P1FA 5D3JA 5H1VA 5FH6A 4CURA 5TCMA 5IGNA 3S92A 4UIXA 4MR5A 4LC2A 5D7XA 5CUGA 4QYDA 5LJ1A 5E7DA 5A85A 5G4RA 2I8NA 4QSTA 5A81A 4YYNA 5EPRA 2D9EA 4O7EA 5ENEA 4PCIA 4NYVA 4OGJA 2YW5A 5D26A 3G0LA 4NRAA 5D3NA 3QZSA 2DATA 4QZSA 5AMEA 5I86A 5DBMA 4LZRA 3P1DA 5DW2A 4NXJA 5L98A 5COIA 4UIWA 5CUBA 5FG4A 4IOOA 1F68A 4Q0NA 5FE8A 5I80A 5E9YA 3UVWA 4HXSA 3HMFA 4MEOA 4XUAA 4HXMA 4F3IA 5L8UA 5F1LA 5EK9A 5A82A 5F62A 4TT2A 5KTUA 5KTXA 4J0RA 5FFWA 4QBMA 5E9MA 4MR6A 4ZW1A 4LYIA 5D25A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5EWHA 5H85A 2NXBA 5EM3A 5FE6A 4J3IA 4NUDA 4LZSA 4TS8A 4WHWA 4NQNA 5EICA 5E74A 3O33A 3JVMA 4RVRA 4NS5A 4HXOA 4QSWA 5DKHA 5LUUA 4QNSA 4O7BA 5EWDA 4Z6IA 3MUKA 2GRCA 3QZVA 3D1DA 4J1PA 3LQIA 2E3KA 5CQ4A 5L8TA 5AD2A 5II1A 5K29A 5HRVA 4YBTA 5FE2A 3O35A 4A9JA 5HCLA 4QSQA 5DY7A 5EGUA 4YY4A 2RNWA 4AKIA 5EPSA 5IBNA 4XUBA 3DWYA 5CRMA 4YK0A 5FE3A 4PY6A 4A9IA 5DYUA 2L5EA 5CZGA 5KU3A 5BT3A 4O72A 5FG5A 3P1CA 4HBYA 5FB0A 5KO4A 5CP5A 4A9LA 5FG6A 4PCEA 5HM0A 3S91A 2DVVA 5CQAA 4BW3A 5C89A 4A9NA 2MJVB 4NR5A 5E3GA 5HRWA 5HENA 3K2JA 4Z93A 5FDZA 4UITA 5DKDA 5DW1A 3UVDA 5HQ5A 3G0JA 3FKMX 4MEPA 5ENHA 2OO1A 5ENJA 4BW1A 3Q2EA 5CUDA 4YABA 5FE1A 4CFLA 4O74A 4NUCA 5E0RA 5LVRA 2RS9B 5FFVA 1WUGA 4AKNA 5I7XA 4CFKA 2YDWA 4NUEA 2N9GA 5TB6A 4YYMA 5A7CA 5D3TA 4QC3A 4NQMA 5HELA 5E9VA 5CPEA 2F6JA 5E9LA 4MENA 5HFRA 1EQFA 5CU8A 3TLPA 2OUOA 4BW4A 4N4FA 2E7NA 2DVRA 2OSSA 4IOQA 4TQNA 4YYHA 4TT4A 5F1HA 5EVAA 4A9KA 4UYHA 4CUUA 5IGLA 4IR3A 5A83A 4UYDA 4QUUA 5A5QA 5FE5A 2RFJA 4YATA 5F2PA 4BHWA 5LJ2A 5II2A 3MXFA 5C87A 5DFDA 4YY6A 4E96A 4MR4A 3LQHA 4YBSA 5EWVA 4QC1A 4YYKA 5D0CA 4QY4A 5EWCA 3SVFA 5J0DA 3D1BA 5I89A 5CUEA 4KCXA 5IIDA 4AKGA 4IORA 5CUCA 3LJWA 2H60A 5JWMA 4QUTA 4NR8A 2YEMA 3IU6A 4A9OA 4LYSA 3Q2FA 5FE9A 1ZS5A 4N4IA 4AI6A 4NR7A 1ZKRA 4O70A 5FB1A 2YELA 2DVQA 5HEMA 5CS8A 4NRCA 5CQTA 5EV9A 2RI7A 4PTBA 1WUMA 4C67A 4DONA 5A5RA 5AD3A 5LKZA 5A5NA 2R0VA 2WP2A 4O77A 4CUTA 4UYEA 4YYDA 3U5MA 5CUAA 5FE7A 4C66A 3DAIA 4CL9A 5F61A 4A9EA 5LKTA 3HMHA 4MR3A 4BJXA 5I88A 4A9FA 4QEVA 4HXRA 4O7CA 5DYAA 5ENIA 5CQ8A 5I7YA 3UV5A 2YYNA 3UV4A 3MULA 3UVYA 2YEKA 5D3RA 4NR6A 5CQ3A 2RO1A 4IR5A 5A5OA 4QSPA 5DFBA 3AQAA 4OUFA 4QB3A 4UIZA 3SVGA 3ZYUA 4QEUA 3U5KA 5D24A 4Q0OA 5FH7A 1JM4B 4XY9A 4HXLA 4QSSA 5DFCA 5EU1A 1N72A 5F63A 5LJ0A 5KTWA 5I1QA 4TZ2A 5EISA 5F25A 2YQDA 2DVSA 5HJCA 4CLBA 3I3JA 4TTEA 5ENGA 3U5LA 2DWWA 5CFWA 5L99A 5DYCA 3U5OA 4GPJA 5DLXA 3QZTA 4IR4A 5H1TA 2RNYA 2WP1A 4CUQA 4N3WA 5I83A 4UYFA 5F5ZA 4TU4A 3UVXA 2KTBB 3VKGA 5ENFA 4Z6HA 2I7KA 4O75A 3SVHA 2FSAA 5CTLA 2R0SA 4XYAA 4YAXA 1E6IA 3LXJA 5LVQA 4WIVA 4TT6A 5FBXA 4KV1A 4BW2A 3O37A 2G4AA 4FLPA 2DKWA 3P1EA 4A9HA 1JSPB 4LZ2A 4YADA 4HBVA 4LYWA 5IGKA 4ALHA 5DLZA 5HLSA 4QSUA 5E3DA 4A9MA 4UIYA 4N4HA 5LKUA 4QSVA 5C85A 4ALGA 2E7OA 5ETDA 3MB4A 5FFYA 4QYLA 4YYGA 5DYXA 3U5PA 4UYFB 4HBXA 4QR4A 4J0SA 4O78A 5EI4A 4O7FA 4O7AA 3ONIA 3NXBA 4UIVA 5CGPA 5EP7A 2L84A 5A5SA 5CY9A 4CUPA 5H1UA 5HQ7A 5C4QA 5CRZA 5C7NA 3P5OA 3U5JA 4N4GA 3MQMA 3LQJA 2LSPB 3IU5A 4MEQA 4YH4A 4LRGA 5HFQA 4IR6A 5L97A 5CQ6A 4YYJA 5BT5A 5A5PA 2R10A 4Y03A 4YYIA 3AADA 5CQ5A 3ERRA 4QSRA 4XY8A 5IGMA 3HMEA 4NYWA 5ETBA 5ACYA 4ZQLA 4X2IA 4LR6A 4TZ8A 4NR9A 5ENBA 5C8GA 5HRXA 3JVLA 4O76A 3U5NA 5DKCA 3O34A 4AKHA 3RCWA 4UYGA 4QSXA 1X0JA 4HBWA 4Z1SA 3GG3A 2D82A 4TU6A 5JI8A 2L85A 3UV2A 4HXNA 5HQ6A 5FE0A 5LKXA 5AMFA 4Z1QA 5D3LA 5F3AA 5I29A 5KHMA 5I40A 4HXKA 5EWWA 4NYXA 5FH8A 3JVKA 4NR4A 5FE4A 4TYLA 4YBMA 5EPBA 4PS5A 4QR3A 5D3SA 3UW9A 2R0YA 4O71A 2RNXA 4PKLA 5D3PA 2F6NA 4LDFA 5E73A 5EQ1A 3D7CA 4YC9A 4QR5A 5F60A 5E9IA 4ZC9A 5DX4A 4CUSA 4NRBA 5EA1A 5IG6A 4KV4A 4QEWA 4HXPA 3O36A 4UIUA 5E9KA 5CQ7A 4OGIA 4WHUA 3JVJA 4YH3A 5L96A 5BT4A 3MB3A 5G4SA 5F36A 5D3HA 5ENCA 3P1FA 5D3JA 5H1VA 5FH6A 4CURA 5TCMA 5IGNA 3S92A 4UIXA 4MR5A 4LC2A 5D7XA 5CUGA 4QYDA 5LJ1A 5E7DA 5A85A 5G4RA 2I8NA 4QSTA 5A81A 4YYNA 5EPRA 2D9EA 4O7EA 5ENEA 4PCIA 3VKHA 4NYVA 4OGJA 2YW5A 5D26A 3G0LA 4NRAA 5D3NA 3QZSA 2DATA 2EJNA 4QZSA 5AMEA 5I86A 5DBMA 4LZRA 3P1DA 5DW2A 4NXJA 5L98A 5COIA 4UIWA 5CUBA 5FG4A 4IOOA 1F68A 4Q0NA 5FE8A 5I80A 5E9YA 3UVWA 4HXSA 3HMFA 4MEOA 4XUAA 4HXMA 4F3IA 5L8UA 5F1LA 5EK9A 5A82A 5F62A 4TT2A 5KTUA 5KTXA 4J0RA 1PUOA 5FFWA 4QBMA 5E9MA 4MR6A 4ZW1A 4LYIA 5D25A
chains in the Genus database with same CATH topology
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