5EVAA

Crystal structure of the human brpf1 bromodomain in complex with seed16
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
113
structure length
113
Chain Sequence
EMQLTPFLILLRKTLEQLQEKDTGNIFSEPVPLSEVPDYLDHIKKPMDFFTMKQNLEAYRYLNFDDFEEDFNLIVSNCLKYNAKDTIFYRAAVRLREQGGAVLRQARRQAEKM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Twenty Crystal Structures of Bromodomain and PHD Finger Containing Protein 1 (BRPF1)/Ligand Complexes Reveal Conserved Binding Motifs and Rare Interactions.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Peregrin
molecule tags Dna binding protein
source organism Homo sapiens
total genus 43
structure length 113
sequence length 113
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-11-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5evaA00
3MQMA 4UIUA 3LJWA 4QSXA 5CP5A 5F3AA 5LVQA 4QBMA 4QR3A 3ONIA 2DVVA 4QY4A 3G0LA 4O75A 5E9KA 4HXRA 4GPJA 4QUUA 3UV2A 5FFWA 2R0YA 5EWHA 5I40A 4CFLA 3O34A 5LKXA 5F63A 3P1FA 2N9GA 4HXSA 4QR4A 5FG6A 5DBMA 1ZS5A 5KU3A 4YYMA 2DKWA 5ETBA 5CQ3A 5ETDA 2YQDA 5HJCA 4MENA 4O74A 5FG4A 5DFCA 1WUGA 4PKLA 5KHMA 4A9HA 4A9MA 4NR4A 3P1EA 4YYIA 5TB6A 5IIDA 5DFBA 5LVRA 2R0SA 5FE8A 4HBXA 3Q2EA 5L8TA 4HBVA 3SVFA 4CUSA 2F6NA 5E9YA 4CUQA 2E3KA 5LJ0A 5I7XA 5CUDA 3UW9A 5EWWA 5CGPA 4UYFA 5A7CA 4J0SA 3HMHA 5F25A 5L98A 5BT5A 3U5NA 1JM4B 4HXLA 5D24A 5EPSA 5G4SA 5EWCA 4NYXA 4LDFA 3G0JA 5CQ4A 5IGKA 5A5QA 4NRCA 5FH7A 4TYLA 4O78A 5I29A 5IGMA 5D3JA 4YADA 2RI7A 4UYFB 5I7YA 5EV9A 4CURA 4MR3A 4BJXA 5FE5A 5I88A 4YY4A 3LQIA 3U5PA 3P1CA 4TS8A 4YYNA 5FE9A 5JWMA 4TQNA 5F1HA 2LSPB 5EWVA 4Z1SA 3IU5A 4XUBA 4O72A 4ZC9A 5H1UA 4ALGA 4NR8A 5TCMA 3UV4A 2KTBB 5EK9A 4BW2A 5BT3A 3JVLA 4QNSA 5CS8A 4TU6A 5KTUA 2DVSA 4QSUA 4A9FA 5KTXA 2MJVB 2R0VA 3U5JA 4HXPA 4YC9A 4YBMA 4N4FA 5H1VA 3P1DA 1N72A 5FDZA 3JVJA 5ENCA 5E0RA 4BW4A 5D7XA 5AD3A 4NUDA 5CQ6A 1EQFA 4XY8A 5EP7A 3O37A 4O7CA 4NS5A 5CQAA 5HCLA 5AMFA 5F62A 4YYKA 5HQ6A 5IGLA 5D3SA 2DVQA 4UITA 4NXJA 5FFVA 4O7FA 5CUGA 4NR7A 5CUBA 4LYSA 2RS9B 2YW5A 5CQ7A 4CLBA 5EA1A 5E74A 3GG3A 4MR4A 5CPEA 5E9IA 4O71A 3MUKA 4Q0OA 5D26A 3LXJA 4RVRA 4Z93A 1WUMA 5AMEA 3UVXA 5EPBA 4QSRA 3MULA 4LZRA 4TT2A 4A9KA 5ENHA 4IORA 3SVHA 4PCIA 4QSPA 4A9OA 4YY6A 2RFJA 4HXMA 5E9MA 5LKZA 3U5OA 5K29A 4IR3A 4A9NA 2OO1A 4A9JA 4YATA 5L96A 4AKNA 2G4AA 4N4IA 2L85A 5C85A 5E73A 4YYJA 5LKTA 5E9LA 5C87A 5CQ5A 5HRVA 4LYWA 4QB3A 5HENA 5HFRA 3MB4A 4OGJA 5LUUA 2DVRA 3SVGA 5CUEA 5D3HA 3RCWA 5ENJA 4NR9A 4UYGA 4Y03A 4QC1A 2DWWA 2YEMA 4QSWA 4YYDA 4XUAA 4NRAA 4CUUA 4J0RA 4C67A 2RNXA 5DYXA 4BW3A 5ACYA 4YH4A 4TU4A 2YDWA 4CFKA 5I1QA 4IR5A 4N4GA 3JVKA 3LQJA 4PS5A 5KTWA 4NR5A 4OGIA 4E96A 5EGUA 4QEUA 4YYGA 4Z1QA 4OUFA 4X2IA 4DONA 4HBYA 2NXBA 5F5ZA 5A5OA 4IOOA 5IBNA 4O7EA 4N3WA 4TTEA 5DKCA 5C7NA 3QZTA 5HRWA 3DWYA 5I86A 4HXNA 2E7NA 4QUTA 4QSSA 5IG6A 4QEVA 3O36A 2F6JA 5A5NA 5AD2A 4O70A 5DFDA 5D3RA 5A5PA 4LZSA 4YBTA 1JSPB 5EWDA 4N4HA 5FE6A 4C66A 5C89A 5II2A 3U5LA 3JVMA 2E7OA 4UYDA 4CL9A 5HRXA 5EM3A 4IR4A 2I7KA 3K2JA 5ENEA 4NQNA 5EISA 5JI8A 4NUCA 4PY6A 5FE2A 4O76A 5J0DA 5FB1A 4MR5A 5EI4A 5LJ1A 2H60A 4NRBA 5DYAA 5C4QA 5HEMA 4O7BA 5CFWA 4WIVA 5F1LA 4KV4A 5EICA 4YK0A 2R10A 5COIA 2L5EA 3AQAA 1E6IA 5FFYA 4YABA 5LJ2A 2D82A 4ALHA 4UIZA 2YYNA 4LYIA 5G4RA 5EPRA 4UYEA 4LRGA 4NYVA 5FG5A 5HQ7A 5DX4A 4BHWA 5CQ8A 4QSQA 5HQ5A 5EVAA 5L8UA 5HLSA 5FB0A 5E7DA 2I8NA 5CUCA 3HMFA 4QYLA 5FE0A 4Q0NA 4XYAA 4MEQA 5HFQA 5D3TA 5FE1A 2OSSA 5D3LA 5I83A 3QZVA 4O7AA 4BW1A 5A82A 3O35A 3NXBA 5BT4A 2FSAA 5FH8A 3QZSA 4UIWA 4KV1A 4UIVA 3S92A 3UVWA 4F3IA 5CY9A 4TZ2A 5KO4A 5CUAA 3S91A 4QZSA 4QC3A 2L84A 4NQMA 3P5OA 4PTBA 4MEOA 3I3JA 5FE3A 4YAXA 3AADA 1F68A 3MB3A 5I80A 5I89A 2RNWA 4TT6A 2OUOA 5DYUA 5FBXA 5ENGA 5C8GA 5L97A 5F2PA 5LKUA 4WHWA 5L99A 4QSVA 3DAIA 4J3IA 4MEPA 4HXKA 4LZ2A 5D3PA 4A9LA 5ENFA 3UVDA 4XY9A 5EQ1A 4QSTA 3IU6A 5DYCA 5FE7A 2RNYA 5A85A 3UV5A 5D0CA 4WHUA 5DKHA 5FH6A 4CUPA 3D7CA 5DKDA 5HELA 5E3DA 3O33A 5CU8A 5A83A 3FKMX 5II1A 3U5MA 4IR6A 4J1PA 4CUTA 4YBSA 5A5RA 3HMEA 4TT4A 2YEKA 4LC2A 5CTLA 4KCXA 5EU1A 5F36A 4MR6A 5A5SA 4IOQA 5DLZA 3ZYUA 5E9VA 4YH3A 5IGNA 4UIXA 2WP1A 2GRCA 5DY7A 4HBWA 4QR5A 4O77A 5DLXA 5H85A 3UVYA 5D3NA 4FLPA 2RO1A 5CRMA 4TZ8A 5ENBA 4A9IA 4UYHA 4LR6A 4ZQLA 4NR6A 5FE4A 5DW1A 5CZGA 4NUEA 3Q2FA 4UIYA 4A9EA 2D9EA 4NYWA 3TLPA 5HM0A 4QEWA 5ENIA 3MXFA 4ZW1A 5DW2A 4QYDA 5A81A 5D25A 2YELA 2WP2A 3U5KA 5H1TA 4HXOA 5F61A 2DATA 5CQTA 1X0JA 4PCEA 3LQHA 4Z6IA 5F60A 5CRZA 4YYHA 4Z6HA 5E3GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MQMA 4UIUA 3LJWA 4QSXA 5CP5A 5F3AA 5LVQA 4QBMA 4QR3A 3ONIA 2DVVA 4QY4A 3VKGA 3G0LA 4O75A 5E9KA 4HXRA 4GPJA 4QUUA 3UV2A 5FFWA 2R0YA 5EWHA 5I40A 4CFLA 3O34A 5LKXA 5F63A 3P1FA 2N9GA 4HXSA 4QR4A 5FG6A 5DBMA 1ZS5A 5KU3A 4YYMA 2DKWA 5ETBA 5CQ3A 5ETDA 2YQDA 5HJCA 4MENA 4O74A 5FG4A 5DFCA 1WUGA 4PKLA 5KHMA 4A9HA 4A9MA 4NR4A 3P1EA 4YYIA 5TB6A 5IIDA 5DFBA 5LVRA 2R0SA 5FE8A 4HBXA 3Q2EA 5L8TA 4HBVA 3ERRA 3SVFA 4CUSA 2F6NA 5E9YA 4CUQA 2E3KA 5LJ0A 5I7XA 5CUDA 3UW9A 5EWWA 5CGPA 4UYFA 5A7CA 4J0SA 3HMHA 5F25A 5L98A 5BT5A 3U5NA 1JM4B 4HXLA 5D24A 5EPSA 5G4SA 5EWCA 4NYXA 4LDFA 3G0JA 5CQ4A 5IGKA 5A5QA 4NRCA 5FH7A 4TYLA 4O78A 5I29A 5IGMA 5D3JA 4YADA 2RI7A 4UYFB 5I7YA 5EV9A 4CURA 4MR3A 4BJXA 5FE5A 5I88A 4YY4A 3LQIA 3U5PA 3P1CA 4TS8A 4YYNA 5FE9A 5JWMA 4TQNA 5F1HA 2LSPB 5EWVA 4Z1SA 3IU5A 4XUBA 3VKHA 4O72A 4ZC9A 5H1UA 4ALGA 4NR8A 5TCMA 3UV4A 2KTBB 5EK9A 4BW2A 5BT3A 3JVLA 4QNSA 5CS8A 4TU6A 5KTUA 2DVSA 4QSUA 4A9FA 5KTXA 2MJVB 2R0VA 3U5JA 4HXPA 4YC9A 4YBMA 4N4FA 5H1VA 4AKGA 3P1DA 1N72A 5FDZA 3JVJA 5ENCA 5E0RA 4BW4A 5D7XA 5AD3A 4NUDA 5CQ6A 1EQFA 4XY8A 5EP7A 3O37A 4O7CA 4NS5A 5CQAA 5HCLA 5AMFA 5F62A 4YYKA 5HQ6A 5IGLA 5D3SA 2DVQA 4UITA 4NXJA 5FFVA 4O7FA 5CUGA 4NR7A 5CUBA 4LYSA 2RS9B 2YW5A 5CQ7A 2EJNA 4CLBA 5EA1A 5E74A 3GG3A 4MR4A 5CPEA 5E9IA 4O71A 3MUKA 4Q0OA 5D26A 3LXJA 4RVRA 4Z93A 1WUMA 5AMEA 3UVXA 5EPBA 4QSRA 3MULA 4LZRA 4TT2A 4A9KA 5ENHA 4IORA 3SVHA 4PCIA 4AKIA 4QSPA 4A9OA 4YY6A 2RFJA 4HXMA 5E9MA 5LKZA 3U5OA 5K29A 4IR3A 4A9NA 2OO1A 4A9JA 4YATA 5L96A 4AKNA 2G4AA 4N4IA 2L85A 5C85A 5E73A 4YYJA 5LKTA 5E9LA 5C87A 5CQ5A 5HRVA 4LYWA 4QB3A 5HENA 5HFRA 3MB4A 4OGJA 5LUUA 2DVRA 3SVGA 5CUEA 5D3HA 3RCWA 5ENJA 4NR9A 4UYGA 4Y03A 4QC1A 2DWWA 2YEMA 4QSWA 4YYDA 4XUAA 4NRAA 4CUUA 4J0RA 4C67A 2RNXA 5DYXA 4BW3A 5ACYA 4YH4A 4TU4A 2YDWA 4CFKA 5I1QA 4IR5A 4N4GA 3JVKA 3LQJA 1ZKRA 4PS5A 5KTWA 4NR5A 4OGIA 4E96A 5EGUA 4QEUA 4YYGA 4Z1QA 4OUFA 4X2IA 4DONA 4HBYA 2NXBA 5F5ZA 5A5OA 4IOOA 5IBNA 4O7EA 4N3WA 4TTEA 5DKCA 5C7NA 3QZTA 5HRWA 3DWYA 5I86A 4HXNA 2E7NA 4QUTA 4QSSA 5IG6A 4AKHA 4QEVA 3O36A 2F6JA 5A5NA 5AD2A 4O70A 5DFDA 5D3RA 5A5PA 4LZSA 4YBTA 1JSPB 5EWDA 4N4HA 5FE6A 4C66A 5C89A 5II2A 3U5LA 2E7OA 3JVMA 4UYDA 4CL9A 5HRXA 5EM3A 4IR4A 2I7KA 3K2JA 5ENEA 4NQNA 5EISA 5JI8A 4NUCA 4PY6A 3D1BA 5FE2A 4O76A 5J0DA 5FB1A 4MR5A 5EI4A 5LJ1A 2H60A 4NRBA 5DYAA 5C4QA 5HEMA 4O7BA 5CFWA 4WIVA 5F1LA 4KV4A 5EICA 4YK0A 2R10A 5COIA 2L5EA 3AQAA 1E6IA 5FFYA 4YABA 5LJ2A 2D82A 4ALHA 4UIZA 2YYNA 4LYIA 5G4RA 5EPRA 4UYEA 4LRGA 4NYVA 5FG5A 5HQ7A 5DX4A 4BHWA 5CQ8A 4QSQA 5HQ5A 5EVAA 5L8UA 5HLSA 5FB0A 5E7DA 2I8NA 5CUCA 3HMFA 4QYLA 5FE0A 4Q0NA 4XYAA 4MEQA 5HFQA 5D3TA 5FE1A 2OSSA 5D3LA 5I83A 3QZVA 4O7AA 4BW1A 5A82A 3O35A 3NXBA 5BT4A 2FSAA 5FH8A 3QZSA 4UIWA 4KV1A 4UIVA 3S92A 3UVWA 4F3IA 5CY9A 4TZ2A 5KO4A 5CUAA 3S91A 4QZSA 4QC3A 1PUOA 2L84A 4NQMA 3P5OA 4PTBA 4MEOA 3I3JA 5FE3A 4YAXA 3AADA 1F68A 3MB3A 5I80A 5I89A 2RNWA 4TT6A 2OUOA 5DYUA 5FBXA 5ENGA 5C8GA 5L97A 5F2PA 3D1DA 5LKUA 4WHWA 5L99A 4QSVA 3DAIA 4J3IA 4MEPA 4HXKA 4LZ2A 5D3PA 4A9LA 5ENFA 3UVDA 4XY9A 5EQ1A 4QSTA 3IU6A 5DYCA 5FE7A 2RNYA 5A85A 3UV5A 5D0CA 4WHUA 5DKHA 5FH6A 4CUPA 3D7CA 5DKDA 5HELA 5E3DA 3O33A 5CU8A 5A83A 3FKMX 5II1A 3U5MA 4IR6A 4J1PA 4CUTA 4YBSA 5A5RA 3HMEA 4TT4A 2YEKA 4LC2A 5CTLA 4KCXA 5EU1A 5F36A 4MR6A 5A5SA 4IOQA 5DLZA 3ZYUA 5E9VA 4YH3A 5IGNA 4UIXA 2WP1A 4AI6A 2GRCA 5DY7A 4HBWA 4QR5A 4O77A 5DLXA 5H85A 3UVYA 5D3NA 4FLPA 2RO1A 5CRMA 4TZ8A 5ENBA 4A9IA 4UYHA 4LR6A 4ZQLA 4NR6A 5FE4A 5DW1A 5CZGA 4NUEA 3Q2FA 4UIYA 4A9EA 2D9EA 4NYWA 3TLPA 5HM0A 4QEWA 5ENIA 3MXFA 4ZW1A 5DW2A 4QYDA 5A81A 5D25A 2YELA 2WP2A 3U5KA 5H1TA 4HXOA 5F61A 2DATA 5CQTA 1X0JA 4PCEA 3LQHA 4Z6IA 5F60A 5CRZA 4YYHA 4Z6HA 5E3GA
chains in the Genus database with same CATH topology
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