1JM4B

Nmr structure of p/caf bromodomain in complex with hiv-1 tat peptide
Total Genus 28
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
28
sequence length
118
structure length
118
Chain Sequence
GSHMSKEPRDPDQLYSTLKSILQQVKSHQSAWPFMEPVKRTEAPGYYEVIRFPMDLKTMSERLKNRYYVSKKLFMADLQRVFTNCKEYNPPESEYYKCANILEKFFFSKIKEAGLIDK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structural basis of lysine-acetylated HIV-1 Tat recognition by PCAF bromodomain
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
molecule keywords HIV-1 Tat Peptide
total genus 28
structure length 118
sequence length 118
ec nomenclature ec 2.3.1.48: Histone acetyltransferase.
pdb deposition date 2001-07-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 1jm4B00
4OGIA 5L97A 4QUTA 4LZRA 4HXLA 4XYAA 4HXNA 4NR6A 4A9NA 4LR6A 5AD3A 3O33A 3NXBA 1WUMA 2E7OA 5CY9A 5FDZA 4BHWA 4Q0OA 4XUBA 3MB3A 2G4AA 2MJVB 3U5NA 5DW2A 5EWHA 4YYJA 3U5PA 4NYVA 5ENJA 5H1UA 5CRZA 5CUAA 3HMFA 5D3HA 5HQ6A 5I7XA 5ENGA 3P1FA 4O75A 1JM4B 3JVJA 5DYCA 5HRWA 4QSXA 5G4RA 4YY6A 4TU6A 4ZC9A 4ALGA 4LYSA 4MR5A 4QSQA 4O78A 5CUGA 1E6IA 5A5RA 3MUKA 4J1PA 5DLXA 3UV2A 2E7NA 2D82A 5LJ2A 5KTWA 5ENHA 2DVQA 5FE3A 5HFQA 2KTBB 5F36A 5F5ZA 4O71A 4YYGA 4GPJA 5CU8A 2DATA 4NQNA 4PS5A 3DWYA 5FH8A 4A9HA 4A9EA 3D7CA 5C8GA 4A9KA 4N4GA 4CLBA 5FBXA 4TT2A 5ACYA 5LKXA 4QYDA 2RO1A 4PKLA 2YELA 5HCLA 2OUOA 5CUEA 4WHWA 3P1EA 5E0RA 4NRAA 5CUCA 5I83A 4TT4A 4Y03A 5CGPA 4LZSA 4O70A 5EICA 2DVRA 2RNXA 2YDWA 5FFVA 4LZ2A 4TU4A 5EISA 4YYKA 4QR3A 4A9FA 3MXFA 3AADA 4QNSA 3HMEA 4HBVA 5H1VA 2OO1A 4E96A 4QSVA 5I7YA 4Z1SA 2I8NA 5LKZA 4QSRA 2RFJA 3SVFA 5HQ5A 4UIYA 5L96A 5EWDA 5I40A 3I3JA 5E9LA 5D26A 4NR8A 5IG6A 5C4QA 3O36A 4PTBA 2GRCA 3LQJA 2F6NA 4NR5A 5CPEA 1N72A 5I89A 5CQ7A 4YH3A 4BW1A 5C85A 4QSWA 4CFKA 5D0CA 5D3RA 4CUSA 4O77A 4UIWA 1WUGA 3MQMA 4DONA 5E9YA 5A7CA 3IU5A 4KV1A 5LKTA 2E3KA 2R10A 4YK0A 4QZSA 2LSPB 5FE1A 5CRMA 5KO4A 5HEMA 5DYAA 5DY7A 5CQ8A 5EA1A 5E3DA 5F62A 4HBYA 4TZ8A 4TYLA 4UIZA 5HRVA 5HM0A 4LRGA 2N9GA 4N4FA 5IGKA 4Z6IA 4IR4A 4YAXA 4IORA 4UYFA 5F63A 4UYHA 3IU6A 3ONIA 5FFWA 5JI8A 5D3TA 5A5OA 5HENA 4Z6HA 4AKNA 3U5LA 4UYEA 4QY4A 5ENIA 5F25A 3U5JA 4QUUA 2YEKA 4YADA 5EP7A 3TLPA 4TQNA 4BW2A 5ENBA 3JVLA 4LYWA 4UITA 5FE6A 3UV4A 5CQ4A 2F6JA 4NS5A 3AQAA 5A85A 5DKHA 5FE9A 4YATA 4RVRA 4WIVA 5CUDA 5CTLA 5KTXA 5EWVA 5CQTA 5EU1A 5DLZA 4YYHA 3P1CA 2R0YA 5CQ5A 5A5NA 4NR4A 4Q0NA 5F61A 4ZW1A 5FE4A 4IR6A 3U5MA 5C89A 5AMEA 5L8TA 3UVWA 5LVRA 4A9JA 5CQ6A 3O37A 5EWWA 5E3GA 4HXKA 4BW3A 5KTUA 3K2JA 1F68A 5TCMA 5AD2A 5EPBA 1EQFA 5ENEA 5FE5A 2I7KA 5K29A 3O34A 3UW9A 4J0SA 5LJ1A 4O7BA 5E9MA 5IGNA 2YEMA 3SVHA 4OUFA 4A9IA 5FG5A 2RS9B 5F1LA 5I86A 5DKCA 5FE0A 4HXRA 5I29A 5D3JA 5FG4A 5KU3A 5DKDA 4MEOA 5FB1A 4C66A 4QC1A 2H60A 4NQMA 5COIA 5I88A 5BT3A 4IOQA 5CZGA 4YH4A 5IBNA 5D3PA 3MB4A 4MR4A 5F3AA 4J0RA 4IR5A 4ALHA 5D3LA 4NRBA 5CQ3A 4YY4A 4OGJA 4CL9A 5FE8A 5LUUA 2FSAA 4A9OA 5EWCA 2RNYA 3QZTA 3GG3A 3Q2FA 5CUBA 4CUUA 4XUAA 4HXSA 4TTEA 5FFYA 4YYDA 4NYWA 4WHUA 3JVMA 4NUDA 5C7NA 4CURA 5D25A 4A9MA 3UVDA 5BT4A 2R0SA 5H85A 5D24A 4N3WA 5L99A 4CUPA 4QR4A 5IIDA 3UV5A 4YYMA 4YC9A 4O7FA 2YQDA 5C87A 4X2IA 4QSUA 3Q2EA 5IGMA 4YYIA 3HMHA 5FE2A 3JVKA 5CP5A 5E9IA 2L85A 5ENCA 3UVYA 4HXOA 4QEUA 3UVXA 5DW1A 4HXPA 4O7EA 4XY9A 4FLPA 5L8UA 5FG6A 4O7AA 1ZS5A 5A5QA 5ETDA 5DFDA 5A83A 2DVVA 4PCEA 5ENFA 5EGUA 4O76A 3DAIA 5A82A 4ZQLA 4NUEA 3FKMX 2L84A 3U5OA 4NR7A 5EPRA 4C67A 3G0JA 3SVGA 2L5EA 4KCXA 5E73A 4QYLA 4Z93A 2DVSA 5EVAA 5LVQA 4BJXA 4J3IA 5HQ7A 5E9KA 5CQAA 5HRXA 4MR6A 5F1HA 5HJCA 4XY8A 5HELA 4LYIA 5D3SA 1X0JA 4NYXA 5BT5A 5HLSA 3LJWA 4BW4A 2NXBA 4CUTA 5H1TA 2R0VA 4IR3A 4CFLA 3LQIA 5DYUA 4LC2A 3LQHA 5G4SA 4UYFB 4YBSA 4NUCA 2RNWA 4UIUA 5DBMA 4QBMA 4YYNA 5HFRA 4NXJA 5EQ1A 2RI7A 5FH7A 5F60A 5TB6A 3ZYUA 4TT6A 5IGLA 3RCWA 4MEQA 5EK9A 4IOOA 5DYXA 5JWMA 5KHMA 4CUQA 4QC3A 2WP1A 4YBTA 4F3IA 4Z1QA 5EPSA 5L98A 5E74A 4MENA 4MR3A 4HBWA 4UYDA 3LXJA 3P1DA 4LDFA 5J0DA 4TS8A 5D7XA 4UIVA 4YBMA 5LJ0A 4QEVA 2WP2A 4YABA 4QSPA 5DFCA 2DKWA 5II2A 3G0LA 2OSSA 5FB0A 3MULA 3S92A 3U5KA 3O35A 4MEPA 5II1A 2D9EA 4QSSA 3QZSA 4N4IA 4NR9A 5EV9A 5EM3A 4NRCA 5ETBA 5DFBA 4QSTA 5AMFA 2DWWA 5LKUA 5I80A 4UYGA 5FH6A 4HBXA 4O72A 4A9LA 4QEWA 5D3NA 4PY6A 4UIXA 1JSPB 3P5OA 3S91A 4TZ2A 4N4HA 5E7DA 2YYNA 4O7CA 5A5PA 5CFWA 5DX4A 5F2PA 5EI4A 4QB3A 3QZVA 4O74A 5CS8A 4HXMA 4KV4A 2YW5A 5I1QA 4PCIA 5A5SA 5A81A 4QR5A 5E9VA 5FE7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4OGIA 3VKGA 5L97A 4QUTA 4LZRA 4HXLA 4XYAA 4HXNA 4NR6A 4A9NA 4LR6A 5AD3A 3VKHA 3O33A 3NXBA 1WUMA 2E7OA 5CY9A 5FDZA 4BHWA 4Q0OA 4XUBA 3MB3A 2G4AA 2MJVB 3U5NA 5DW2A 5EWHA 4YYJA 3U5PA 4NYVA 5ENJA 5H1UA 5CRZA 5CUAA 3HMFA 5D3HA 5HQ6A 5I7XA 5ENGA 3P1FA 4O75A 1JM4B 3JVJA 5DYCA 5HRWA 4QSXA 5G4RA 4YY6A 4TU6A 4ZC9A 4ALGA 4LYSA 4MR5A 4QSQA 4O78A 5CUGA 1E6IA 5A5RA 3MUKA 4J1PA 5DLXA 3UV2A 2E7NA 2D82A 5LJ2A 5KTWA 5ENHA 2DVQA 5FE3A 5HFQA 2KTBB 5F36A 5F5ZA 4O71A 4YYGA 4GPJA 5CU8A 2DATA 4NQNA 4PS5A 3DWYA 5FH8A 4A9HA 4A9EA 3D7CA 5C8GA 1PUOA 4A9KA 4N4GA 4CLBA 5FBXA 4TT2A 5ACYA 5LKXA 4QYDA 2RO1A 4PKLA 2YELA 5HCLA 2OUOA 5CUEA 4WHWA 3P1EA 5E0RA 4NRAA 5CUCA 5I83A 4TT4A 4Y03A 5CGPA 4LZSA 4O70A 5EICA 2DVRA 2RNXA 2YDWA 5FFVA 4LZ2A 4TU4A 5EISA 4YYKA 4QR3A 4A9FA 3MXFA 3AADA 4QNSA 3HMEA 4HBVA 5H1VA 2OO1A 4E96A 4QSVA 5I7YA 4Z1SA 2I8NA 5LKZA 4QSRA 2RFJA 3SVFA 5HQ5A 4UIYA 5L96A 5EWDA 5I40A 3I3JA 5E9LA 5D26A 4NR8A 5IG6A 5C4QA 3O36A 4PTBA 2GRCA 3LQJA 2F6NA 4NR5A 5CPEA 1N72A 5I89A 5CQ7A 4YH3A 4BW1A 5C85A 4QSWA 4CFKA 5D0CA 5D3RA 4CUSA 4O77A 2EJNA 4UIWA 1WUGA 3MQMA 4DONA 5E9YA 5A7CA 3IU5A 4KV1A 5LKTA 2E3KA 2R10A 4YK0A 4QZSA 2LSPB 5FE1A 5CRMA 5KO4A 5HEMA 5DYAA 5DY7A 5CQ8A 5EA1A 5E3DA 5F62A 4HBYA 4TZ8A 4TYLA 4UIZA 5HRVA 5HM0A 4LRGA 2N9GA 4N4FA 5IGKA 4Z6IA 4IR4A 4YAXA 4IORA 4UYFA 5F63A 4UYHA 3IU6A 3ONIA 5FFWA 5JI8A 5D3TA 5A5OA 5HENA 4Z6HA 4AKNA 3U5LA 4UYEA 4QY4A 5ENIA 5F25A 3U5JA 4QUUA 3D1BA 2YEKA 4YADA 5EP7A 3TLPA 4TQNA 4BW2A 5ENBA 3JVLA 4LYWA 4UITA 5FE6A 3UV4A 5CQ4A 2F6JA 4NS5A 3AQAA 5A85A 5DKHA 5FE9A 4YATA 4RVRA 4WIVA 5CUDA 5CTLA 5KTXA 5EWVA 5CQTA 5EU1A 5DLZA 4YYHA 3P1CA 2R0YA 4AKIA 5CQ5A 5A5NA 4NR4A 4Q0NA 5F61A 4ZW1A 5FE4A 4IR6A 3U5MA 5C89A 5AMEA 5L8TA 3UVWA 5LVRA 4A9JA 5CQ6A 3O37A 5EWWA 5E3GA 4HXKA 4BW3A 5KTUA 3K2JA 1F68A 5TCMA 5AD2A 5EPBA 1EQFA 5ENEA 5FE5A 2I7KA 5K29A 3O34A 3UW9A 4J0SA 5LJ1A 4AKHA 4O7BA 5E9MA 5IGNA 2YEMA 3SVHA 4OUFA 4A9IA 5FG5A 2RS9B 5F1LA 5I86A 5DKCA 5FE0A 4HXRA 4AI6A 5I29A 5D3JA 5FG4A 5KU3A 5DKDA 4MEOA 5FB1A 4C66A 4QC1A 2H60A 4NQMA 5COIA 5I88A 5BT3A 4IOQA 5CZGA 4YH4A 5IBNA 5D3PA 3MB4A 4AKGA 4MR4A 5F3AA 4J0RA 4IR5A 4ALHA 5D3LA 4NRBA 5CQ3A 4YY4A 4OGJA 4CL9A 5FE8A 5LUUA 2FSAA 4A9OA 5EWCA 2RNYA 3QZTA 3GG3A 3Q2FA 5CUBA 4CUUA 4XUAA 4HXSA 4TTEA 5FFYA 4YYDA 4NYWA 4WHUA 3JVMA 4NUDA 5C7NA 4CURA 5D25A 4A9MA 3UVDA 5BT4A 3D1DA 2R0SA 3ERRA 5H85A 5D24A 4N3WA 5L99A 4CUPA 4QR4A 5IIDA 3UV5A 4YYMA 4YC9A 4O7FA 2YQDA 5C87A 4X2IA 4QSUA 3Q2EA 5IGMA 4YYIA 3HMHA 1ZKRA 5FE2A 3JVKA 5CP5A 5E9IA 2L85A 5ENCA 3UVYA 4HXOA 4QEUA 3UVXA 5DW1A 4HXPA 4O7EA 4XY9A 4FLPA 5L8UA 5FG6A 4O7AA 1ZS5A 5A5QA 5ETDA 5DFDA 5A83A 2DVVA 4PCEA 5ENFA 5EGUA 4O76A 3DAIA 5A82A 4ZQLA 4NUEA 3FKMX 2L84A 3U5OA 4NR7A 5EPRA 4C67A 3G0JA 3SVGA 2L5EA 4KCXA 5E73A 4QYLA 4Z93A 2DVSA 5EVAA 5LVQA 4BJXA 4J3IA 5HQ7A 5E9KA 5CQAA 5HRXA 4MR6A 5F1HA 5HJCA 4XY8A 5HELA 4LYIA 5D3SA 1X0JA 4NYXA 5BT5A 5HLSA 3LJWA 4BW4A 2NXBA 4CUTA 5H1TA 2R0VA 4IR3A 4CFLA 3LQIA 5DYUA 4LC2A 3LQHA 5G4SA 4UYFB 4YBSA 4NUCA 2RNWA 4UIUA 5DBMA 4QBMA 4YYNA 5HFRA 4NXJA 5EQ1A 2RI7A 5FH7A 5F60A 5TB6A 3ZYUA 4TT6A 5IGLA 3RCWA 4MEQA 5EK9A 4IOOA 5DYXA 5JWMA 5KHMA 4CUQA 4QC3A 2WP1A 4YBTA 4F3IA 4Z1QA 5EPSA 5L98A 5E74A 4MENA 4MR3A 4HBWA 4UYDA 3LXJA 3P1DA 4LDFA 5J0DA 4TS8A 5D7XA 4UIVA 4YBMA 5LJ0A 4QEVA 2WP2A 4YABA 4QSPA 5DFCA 2DKWA 5II2A 3G0LA 2OSSA 5FB0A 3MULA 3S92A 3U5KA 3O35A 4MEPA 5II1A 2D9EA 4QSSA 3QZSA 4N4IA 4NR9A 5EV9A 5EM3A 4NRCA 5ETBA 5DFBA 4QSTA 5AMFA 2DWWA 5LKUA 5I80A 4UYGA 5FH6A 4HBXA 4O72A 4A9LA 4QEWA 5D3NA 4PY6A 4UIXA 1JSPB 3P5OA 3S91A 4TZ2A 4N4HA 5E7DA 2YYNA 4O7CA 5A5PA 5CFWA 5DX4A 5F2PA 5EI4A 4QB3A 3QZVA 4O74A 5CS8A 4HXMA 4KV4A 2YW5A 5I1QA 4PCIA 5A5SA 5A81A 4QR5A 5E9VA 5FE7A
chains in the Genus database with same CATH topology
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