2L5EA

Complex between bd1 of brd3 and gata-1 c-tail
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
PLGSEVSNPSKPGRKTNQLQYMQNVVVKTLWKHQFAWPFYQPVDAIKLNLPDYHKIIKNPMDMGTIKKRLENNYYWSASECMQDFNTMFTNCYIYNKPTDDIVLMAQALEKIFLQKVAQMPQEEVEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural basis and specificity of acetylated transcription factor GATA1 recognition by BET family bromodomain protein Brd3.
pubmed doi rcsb
molecule tags Nuclear protein/transcription
source organism Mus musculus
molecule keywords Bromodomain-containing protein 3
total genus 40
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-10-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 2l5eA01
2OUOA 5DKDA 5ETDA 5H1TA 2DVVA 5FE5A 5E9VA 5FG5A 4QSUA 4YAXA 4LYSA 5DW1A 2RNXA 4QSWA 4NQNA 5L96A 3O35A 4BW2A 4IR4A 4N3WA 3I3JA 4NR8A 5FE2A 5D3SA 5AMEA 5IGMA 2FSAA 3P1FA 4O78A 4CFLA 4HXMA 2RNWA 2L84A 4NR4A 4LZ2A 5FE3A 4A9MA 3P5OA 5D26A 5EWWA 4TTEA 5FDZA 2YEMA 5CU8A 2DWWA 4LDFA 3S92A 5EU1A 3UVWA 5I88A 4HBXA 4UYFB 4OGJA 4HXOA 5C7NA 4LRGA 5CQ7A 5LJ2A 5EPSA 4CUUA 1JSPB 4NYVA 4RVRA 4YYKA 1WUGA 4TS8A 5KTXA 4GPJA 2NXBA 4QSRA 4N4HA 4NUEA 4YABA 4XY8A 3MB3A 2L5EA 4QYLA 4PCEA 4QSSA 4ZW1A 4Q0OA 2RNYA 3FKMX 4XUAA 4UYHA 2DATA 5L99A 4AKNA 5C4QA 5KTWA 5DLXA 4N4IA 4N4FA 4MEOA 4TYLA 5E7DA 5EV9A 4NQMA 5FE4A 4Z1QA 5HQ5A 5D3HA 5DFDA 4NYXA 4MEPA 4IOOA 4J1PA 5HEMA 4A9JA 5LKZA 4UIYA 5CP5A 5A85A 5D3LA 2OO1A 5ENIA 2GRCA 4ALHA 4YC9A 5LKUA 5CRMA 3GG3A 4MENA 4YY4A 4IR5A 5LKXA 5CRZA 3JVJA 5E9LA 4QR5A 5CUAA 5ACYA 5FFVA 5L98A 5IIDA 5EWDA 2RI7A 5DW2A 5EISA 3O36A 4Z6HA 4A9FA 5ENCA 4XUBA 4QYDA 5D3TA 2H60A 4QC1A 4LR6A 5KU3A 2YYNA 5D24A 4NUCA 2I7KA 4ALGA 5A5QA 4TT4A 5DKHA 5EK9A 5EQ1A 5A5NA 4QBMA 4O7FA 4O7EA 2L85A 2YQDA 5A5RA 4TU6A 2E3KA 3HMFA 5F5ZA 5CY9A 2YEKA 2DVSA 4TT6A 1N72A 5F3AA 4A9OA 4A9IA 4UIXA 4QY4A 5I7XA 5ETBA 4A9LA 5C8GA 2R0YA 4QSTA 5I40A 5E74A 4HBWA 3AQAA 4F3IA 5A5SA 3HMHA 5ENEA 4LZSA 4UITA 4NR7A 4UIZA 3S91A 5D3PA 4HXKA 4NS5A 5CPEA 3RCWA 4PS5A 3LXJA 5FG4A 5CQ3A 4YY6A 4QSVA 5H85A 5HRWA 4BW1A 3ZYUA 5DLZA 4IORA 5G4SA 2G4AA 3JVMA 4UYGA 4UIWA 5CUGA 4NR5A 4YH3A 3U5JA 5I86A 4QSQA 5DFBA 5DYXA 4YBSA 4Q0NA 4O74A 4WHWA 5I83A 4QEUA 5F36A 5AD3A 4YADA 5FFYA 5L8UA 4MEQA 4BHWA 4IOQA 5CZGA 5A5OA 4BW4A 4NUDA 5ENGA 5D3JA 3UVDA 4QR3A 1JM4B 4PY6A 5KO4A 5IGKA 5F60A 4CUTA 3LQJA 4A9NA 4CL9A 5BT4A 5LJ1A 1ZS5A 5CUEA 5II1A 4HBYA 3DWYA 5HM0A 2D82A 5HQ7A 4CUPA 3IU6A 5LVQA 3MB4A 4OUFA 3G0JA 4O70A 5D7XA 5D0CA 4TZ2A 5FBXA 2DVRA 2F6JA 2R0SA 4PCIA 5FE8A 5F62A 5EVAA 5E3GA 2RS9B 2MJVB 4UIUA 3SVGA 4O7BA 4NRAA 4XYAA 3HMEA 3SVHA 1WUMA 4DONA 3MULA 4IR6A 4A9KA 5CQ4A 4HBVA 4FLPA 2YW5A 4YYDA 4NR6A 4CUSA 4O75A 5D25A 5DBMA 5E3DA 3O37A 5HRVA 3QZVA 4Z1SA 4J0RA 5I7YA 5CQAA 2DKWA 2R10A 5CQ5A 4TU4A 5C89A 2WP2A 1E6IA 5HRXA 4NYWA 2E7OA 5IBNA 4QNSA 4UIVA 3P1CA 2N9GA 4YK0A 5L8TA 4YBMA 5ENBA 4CUQA 4QSPA 5E9MA 4A9HA 5CTLA 4IR3A 5C87A 2YDWA 5E9KA 5DX4A 5AD2A 4Z93A 5TCMA 5D3RA 5FFWA 2YELA 2LSPB 3MQMA 3U5NA 3UV2A 5KHMA 2WP1A 4QZSA 4QEVA 5L97A 4PTBA 5DYCA 5A5PA 5FG6A 2R0VA 5FE7A 3MUKA 5EWVA 2OSSA 4Y03A 4BJXA 3TLPA 4HXRA 3Q2FA 3QZTA 5F61A 4J3IA 2DVQA 3DAIA 4CFKA 4J0SA 3U5OA 5DKCA 4HXPA 5A81A 5F63A 5A83A 4MR5A 3UV4A 5CQ6A 4YYIA 5FE9A 5E0RA 5K29A 4KV1A 4WHUA 4YYJA 4O7AA 5CUDA 4QUUA 5ENHA 4XY9A 5BT3A 5FB0A 5CGPA 4CURA 3JVKA 3LQIA 3QZSA 5FE1A 5EICA 5CFWA 2KTBB 4UYEA 3UV5A 4HXSA 4YYMA 5D3NA 4OGIA 4MR6A 1X0JA 3K2JA 4PKLA 5LVRA 5I1QA 5A7CA 5EGUA 5ENFA 5JI8A 2E7NA 5E9IA 3LQHA 3O34A 5I29A 3P1DA 4TZ8A 4O76A 4ZC9A 5HJCA 4NRCA 4LYIA 4HXLA 2D9EA 5II2A 2RO1A 5F2PA 5FE0A 5FH6A 2I8NA 5DYUA 4MR4A 5CS8A 5DFCA 4LC2A 3AADA 4CLBA 5F1LA 3D7CA 4LYWA 4QB3A 5G4RA 5LKTA 4UYFA 3G0LA 5JWMA 5FH8A 4BW3A 5HFRA 3P1EA 4YYNA 4UYDA 4O77A 5DYAA 3NXBA 4Z6IA 5CQTA 2RFJA 3LJWA 4WIVA 3UW9A 4YYHA 4X2IA 4YBTA 5A82A 5ENJA 5FB1A 5DY7A 5I80A 3U5PA 3MXFA 5HCLA 5LJ0A 5EP7A 3SVFA 5BT5A 5CQ8A 4HXNA 5LUUA 4QSXA 3UVXA 5C85A 5TB6A 4C66A 4YATA 4LZRA 3O33A 4KCXA 4ZQLA 5HELA 5J0DA 3U5KA 3U5MA 5E73A 5CUCA 5F25A 4TQNA 3ONIA 5H1VA 5EPBA 5CUBA 5KTUA 4QEWA 4E96A 4QR4A 5HFQA 3IU5A 5HLSA 3U5LA 4O7CA 5EWHA 5F1HA 4O72A 2F6NA 1F68A 5EM3A 5IG6A 5AMFA 4A9EA 4QC3A 4N4GA 5E9YA 3Q2EA 5FE6A 4NXJA 4TT2A 5HENA 1EQFA 5COIA 5IGNA 4YH4A 5HQ6A 4MR3A 5H1UA 5FH7A 5IGLA 4KV4A 4NR9A 5EPRA 4YYGA 3JVLA 4O71A 5EWCA 4C67A 5I89A 5EA1A 3UVYA 5EI4A 4QUTA 4NRBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2OUOA 5DKDA 5ETDA 5H1TA 2DVVA 5FE5A 5E9VA 5FG5A 4QSUA 4YAXA 4LYSA 5DW1A 2RNXA 4QSWA 4NQNA 5L96A 3O35A 4BW2A 4IR4A 4N3WA 3I3JA 4NR8A 5FE2A 5D3SA 5AMEA 5IGMA 2FSAA 3P1FA 4O78A 4CFLA 4HXMA 2RNWA 2L84A 4NR4A 4LZ2A 5FE3A 4A9MA 3P5OA 5D26A 5EWWA 4TTEA 5FDZA 2YEMA 5CU8A 2DWWA 4LDFA 4AI6A 3S92A 5EU1A 3UVWA 5I88A 4HBXA 4UYFB 4OGJA 4HXOA 5C7NA 4LRGA 5CQ7A 5LJ2A 5EPSA 4CUUA 1JSPB 4NYVA 4RVRA 4YYKA 1WUGA 4TS8A 5KTXA 4GPJA 2NXBA 4QSRA 4N4HA 4NUEA 4YABA 4XY8A 3MB3A 2L5EA 4QYLA 4PCEA 4QSSA 4ZW1A 4Q0OA 2RNYA 3FKMX 4XUAA 4UYHA 2DATA 5L99A 4AKNA 5C4QA 5KTWA 5DLXA 4N4IA 4N4FA 4MEOA 4TYLA 5E7DA 5EV9A 4NQMA 5FE4A 4Z1QA 5HQ5A 5D3HA 5DFDA 4NYXA 4MEPA 4IOOA 4J1PA 5HEMA 4A9JA 5LKZA 4UIYA 5CP5A 5A85A 5D3LA 2OO1A 5ENIA 2GRCA 4ALHA 4YC9A 5LKUA 5CRMA 3GG3A 4MENA 4YY4A 4IR5A 5LKXA 5CRZA 3JVJA 3D1DA 5E9LA 4QR5A 5CUAA 5ACYA 5FFVA 5L98A 5IIDA 5EWDA 2RI7A 5DW2A 5EISA 3O36A 4Z6HA 4A9FA 5ENCA 4XUBA 4QYDA 5D3TA 2H60A 4QC1A 4LR6A 5KU3A 2YYNA 5D24A 4NUCA 1PUOA 2I7KA 4ALGA 5A5QA 4TT4A 5DKHA 5EK9A 5EQ1A 5A5NA 4QBMA 4O7FA 4O7EA 2L85A 2YQDA 5A5RA 4TU6A 2E3KA 3HMFA 5F5ZA 5CY9A 2YEKA 2DVSA 4TT6A 1N72A 5F3AA 4A9OA 4A9IA 4UIXA 4QY4A 5I7XA 5ETBA 4A9LA 5C8GA 2R0YA 4QSTA 5I40A 5E74A 4HBWA 3AQAA 4F3IA 5A5SA 3HMHA 5ENEA 4LZSA 4UITA 4NR7A 4UIZA 3S91A 5D3PA 4HXKA 4NS5A 5CPEA 3RCWA 4PS5A 3LXJA 5FG4A 5CQ3A 4YY6A 4QSVA 5H85A 5HRWA 4BW1A 3ZYUA 5DLZA 4IORA 5G4SA 2G4AA 3JVMA 4UYGA 4UIWA 5CUGA 4NR5A 4YH3A 3U5JA 5I86A 4QSQA 5DFBA 3ERRA 5DYXA 4YBSA 4Q0NA 4O74A 4WHWA 5I83A 4QEUA 5F36A 5AD3A 4YADA 5FFYA 5L8UA 4MEQA 4BHWA 4IOQA 5CZGA 5A5OA 4BW4A 4NUDA 5ENGA 5D3JA 3UVDA 4QR3A 1JM4B 4PY6A 5KO4A 5IGKA 5F60A 4CUTA 3LQJA 4A9NA 4CL9A 5BT4A 5LJ1A 1ZS5A 5CUEA 5II1A 4HBYA 3DWYA 5HM0A 2D82A 5HQ7A 4CUPA 3IU6A 5LVQA 3MB4A 4OUFA 3G0JA 4O70A 5D7XA 5D0CA 4TZ2A 5FBXA 2DVRA 2F6JA 2R0SA 4PCIA 5FE8A 5F62A 5EVAA 5E3GA 2RS9B 2MJVB 4UIUA 3SVGA 4O7BA 4NRAA 4XYAA 3HMEA 3SVHA 1WUMA 4DONA 3MULA 4IR6A 4A9KA 5CQ4A 4HBVA 4FLPA 2YW5A 4YYDA 4NR6A 4CUSA 4O75A 5D25A 5DBMA 5E3DA 3O37A 5HRVA 3QZVA 4Z1SA 4J0RA 5I7YA 5CQAA 2DKWA 2R10A 5CQ5A 4TU4A 5C89A 2WP2A 1E6IA 5HRXA 4NYWA 2E7OA 5IBNA 4QNSA 4UIVA 3P1CA 2N9GA 4YK0A 5L8TA 4YBMA 5ENBA 4CUQA 4QSPA 5E9MA 4A9HA 5CTLA 4IR3A 5C87A 2YDWA 5E9KA 5DX4A 5AD2A 4Z93A 5TCMA 5D3RA 5FFWA 2YELA 2LSPB 3MQMA 3U5NA 3UV2A 5KHMA 2WP1A 4QZSA 4QEVA 4AKHA 5L97A 4PTBA 5DYCA 5A5PA 5FG6A 2R0VA 5FE7A 3MUKA 5EWVA 2OSSA 4Y03A 4BJXA 3TLPA 4HXRA 3Q2FA 3QZTA 5F61A 4J3IA 2DVQA 3DAIA 4CFKA 4J0SA 3U5OA 5DKCA 4HXPA 5A81A 5F63A 5A83A 4MR5A 3UV4A 5CQ6A 3VKHA 4YYIA 5FE9A 5E0RA 5K29A 4KV1A 4WHUA 4YYJA 4O7AA 5CUDA 4QUUA 5ENHA 4XY9A 5BT3A 5FB0A 5CGPA 4CURA 3JVKA 3LQIA 3QZSA 5FE1A 5EICA 5CFWA 2KTBB 4UYEA 3UV5A 4HXSA 4YYMA 2EJNA 5D3NA 4OGIA 4MR6A 1X0JA 3K2JA 4PKLA 5LVRA 5I1QA 5A7CA 5EGUA 5ENFA 5JI8A 4AKIA 2E7NA 5E9IA 3LQHA 3O34A 5I29A 3P1DA 4TZ8A 4O76A 4ZC9A 5HJCA 4NRCA 4LYIA 4HXLA 2D9EA 5II2A 2RO1A 5F2PA 5FE0A 5FH6A 1ZKRA 2I8NA 5DYUA 4MR4A 5CS8A 5DFCA 4LC2A 3AADA 4CLBA 5F1LA 3D7CA 4LYWA 4QB3A 5G4RA 5LKTA 4UYFA 3G0LA 5JWMA 5FH8A 4BW3A 5HFRA 3P1EA 4YYNA 4UYDA 4O77A 5DYAA 3NXBA 4Z6IA 5CQTA 2RFJA 3LJWA 4WIVA 3UW9A 4YYHA 4X2IA 4YBTA 5A82A 5ENJA 5FB1A 5DY7A 5I80A 3U5PA 3MXFA 5HCLA 5LJ0A 5EP7A 3SVFA 5BT5A 5CQ8A 4HXNA 3D1BA 5LUUA 4QSXA 3UVXA 5C85A 5TB6A 4C66A 4YATA 4LZRA 3O33A 4KCXA 4ZQLA 5HELA 5J0DA 3U5KA 3U5MA 5E73A 5CUCA 5F25A 4TQNA 3ONIA 5H1VA 5EPBA 5CUBA 5KTUA 4QEWA 4E96A 4QR4A 5HFQA 3IU5A 5HLSA 3U5LA 4O7CA 5EWHA 5F1HA 4O72A 2F6NA 1F68A 5EM3A 5IG6A 5AMFA 4A9EA 4QC3A 3VKGA 4N4GA 5E9YA 3Q2EA 5FE6A 4NXJA 4TT2A 5HENA 1EQFA 5COIA 5IGNA 4YH4A 5HQ6A 4MR3A 5H1UA 5FH7A 5IGLA 4KV4A 4NR9A 5EPRA 4AKGA 4YYGA 3JVLA 4O71A 5EWCA 4C67A 5I89A 5EA1A 3UVYA 5EI4A 4QUTA 4NRBA
chains in the Genus database with same CATH topology
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