2MJVB

Solution structures of second bromodomain of brd4 with di-acetylated twist peptide
Total Genus 34
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
34
sequence length
128
structure length
128
Chain Sequence
KDVPDSQQHPAPEKSSKVSEQLKCCSGILKEMFAKKHAAYAWPFYKPVDVEALGLHDYCDIIKHPMDMSTIKSKLEAREYRDAQEFGADVRLMFSNCYKYNPPDHEVVAMARKLQDVFEMRFAKMPDE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Disrupting the Interaction of BRD4 with Diacetylated Twist Suppresses Tumorigenesis in Basal-like Breast Cancer.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Twist-related protein 1
molecule tags Transcription
source organism Homo sapiens
total genus 34
structure length 128
sequence length 128
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-01-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 2mjvB00
5EU1A 4XYAA 5CZGA 5FFVA 5J0DA 4TT2A 5F3AA 3O33A 5I29A 2NXBA 1E6IA 3SVFA 5DFBA 3MULA 4QYLA 1X0JA 4YYGA 5I7XA 4YABA 4NR4A 4HXMA 3QZSA 3O37A 4WHUA 5D3JA 5FE0A 5DFDA 3ONIA 4LRGA 5EV9A 5KO4A 5CRMA 5HFQA 4YBMA 4QSPA 4CL9A 4N3WA 4O71A 5CFWA 4QR5A 4HXKA 4RVRA 4UIUA 4PTBA 5K29A 5CS8A 5EWHA 4NRAA 3Q2EA 4O7FA 3UV4A 3G0JA 4QSVA 4A9LA 3GG3A 3P5OA 4QSWA 5I88A 4TT4A 4F3IA 4J3IA 2L84A 5CY9A 4YADA 3O35A 2R0VA 4A9FA 4QBMA 4TZ8A 3LXJA 5E9MA 5EPRA 4Q0OA 5KTUA 1EQFA 4KV4A 5BT3A 5EGUA 4X2IA 5D0CA 3HMHA 2LSPB 5II2A 3P1DA 5TCMA 3QZTA 4MR4A 4XY8A 2RO1A 5E9LA 5ENIA 5ENCA 5DYCA 5E9IA 5L8TA 4YYJA 2DWWA 4J1PA 5I89A 4NYVA 5E3GA 5FE8A 4PCIA 3RCWA 3JVKA 5D3TA 2FSAA 5A5RA 3K2JA 3I3JA 4J0RA 2YEKA 5DLZA 2YDWA 5F5ZA 3UVWA 5AD2A 5HLSA 4XUAA 4QR3A 4Z6IA 2N9GA 5F1HA 3TLPA 4NR8A 3SVHA 5CUAA 5ETBA 5A83A 4TS8A 5LJ2A 4HBWA 4CUTA 4A9IA 5E7DA 5KHMA 4TTEA 5KU3A 3NXBA 5HEMA 4MR5A 4UYHA 4CLBA 5L8UA 5CUBA 5E9YA 4NYWA 4NR7A 1N72A 5ENGA 5FH7A 4NRCA 5CTLA 5CUCA 5FE2A 5F36A 4A9NA 5H1VA 5CQ3A 5CGPA 4ZQLA 3O36A 5F62A 5BT5A 5CUDA 5EWVA 5L97A 5F61A 5DY7A 5D3SA 3U5MA 3U5LA 5L98A 5DBMA 4YBSA 4O7EA 5F1LA 5CQTA 4Z93A 5ENJA 5FE6A 5CU8A 4LDFA 4YYMA 5LKZA 4TYLA 5CUGA 2WP1A 2E7OA 5D3HA 4LYIA 5I83A 5HRVA 4CUUA 4QSSA 4QSXA 3D7CA 4YYHA 5D3LA 5DW2A 5CQ7A 4LR6A 5CPEA 5DFCA 4HBYA 5EI4A 2RNYA 2I7KA 5H1TA 3LQIA 4QB3A 5EWCA 5EISA 5LUUA 5HFRA 5CQ8A 3HMEA 5C7NA 4YBTA 4FLPA 5EM3A 2L5EA 5IGNA 5A85A 4NRBA 5FDZA 3U5PA 4PY6A 1JM4B 5I1QA 3LJWA 4IR4A 3JVLA 5AD3A 3S91A 3LQHA 3MQMA 5CP5A 5ETDA 5I86A 4IOOA 4YYDA 5DLXA 3AADA 2L85A 5D24A 4A9OA 3ZYUA 5IG6A 5HRWA 2DVRA 4XUBA 5FH6A 2DVVA 4NQNA 5A5PA 4Q0NA 4A9MA 3P1EA 5LJ1A 4YAXA 5FG4A 4TT6A 3S92A 5DX4A 5H1UA 4UITA 5EPSA 2OO1A 5HENA 4QC3A 2YELA 2H60A 4NR5A 5A5OA 5DYUA 5CQAA 2YEMA 3QZVA 5E9KA 5A7CA 4O7AA 4UIXA 4YH4A 5FE4A 5II1A 5DKDA 4YYNA 4ALGA 4TU6A 3MB3A 3UV2A 4UYFA 4J0SA 4CFLA 5A5SA 4C66A 2YW5A 5L96A 5DKHA 4HXPA 5D3PA 5BT4A 5G4RA 3MXFA 5DYAA 5KTXA 4QR4A 4QYDA 5JWMA 5ENBA 2WP2A 4IR3A 5CQ6A 2DKWA 3Q2FA 3MB4A 5DW1A 4HXRA 5HJCA 5C89A 4CUPA 4LZSA 5KTWA 2R0SA 3IU6A 5IIDA 4CUSA 5AMFA 2DATA 3G0LA 4MR3A 4MEQA 4ALHA 4YH3A 5E73A 3UW9A 5IGKA 5LKXA 4A9KA 4UYDA 4MENA 4Y03A 5D25A 2F6NA 4N4HA 5IGMA 4YYKA 4YY4A 3DAIA 2E3KA 4PKLA 4HXNA 4UIYA 4NUCA 2E7NA 4O78A 2YYNA 4CURA 3UVYA 1WUGA 5D3NA 4UYFB 3UVXA 3P1FA 4O75A 4IR5A 2DVSA 4MR6A 4IORA 5L99A 3FKMX 3IU5A 5AMEA 4A9HA 4ZW1A 5FFWA 4TQNA 1JSPB 2DVQA 5C85A 5IGLA 4O74A 5FB0A 4YYIA 3DWYA 2R10A 5FB1A 3JVMA 3MUKA 5FE1A 4CFKA 5EWDA 4NYXA 4QSRA 5EP7A 5FFYA 4O7BA 5F25A 5E0RA 4PS5A 4QEWA 2KTBB 5JI8A 4KCXA 4ZC9A 5HCLA 4OGIA 1WUMA 2YQDA 2R0YA 4N4GA 5C4QA 4BW2A 4BJXA 5F63A 4TU4A 4QNSA 3LQJA 5F2PA 4CUQA 5I80A 3AQAA 5A81A 5LJ0A 4N4FA 4YATA 4YK0A 5H85A 5TB6A 4LZ2A 4NQMA 4Z1QA 4WHWA 5EWWA 3JVJA 4IOQA 2OUOA 4NUEA 4HXLA 4YY6A 5FG6A 5C8GA 5HELA 4XY9A 4NR9A 4QC1A 5E3DA 4LYSA 3P1CA 4WIVA 5EICA 5FE7A 5LVQA 4NUDA 5FBXA 5HQ6A 4TZ2A 4UYEA 4OGJA 5HQ5A 5E9VA 5FG5A 5LKUA 4NXJA 5D3RA 3UVDA 4N4IA 5A5NA 3UV5A 4QSTA 4HXOA 4BW4A 2GRCA 5I40A 5FE5A 3O34A 4UIVA 4UIWA 2RI7A 4UYGA 4QEVA 5EVAA 1F68A 4BHWA 4Z1SA 2I8NA 4QEUA 4O77A 4IR6A 5FH8A 4A9JA 4NS5A 5HQ7A 5LVRA 5CRZA 5D26A 5CUEA 5A5QA 4BW3A 4HBXA 3U5JA 4E96A 4C67A 5HRXA 4HBVA 5EA1A 4LC2A 4O72A 4MEPA 5ENEA 5ENFA 4O76A 3U5OA 5A82A 5F60A 3HMFA 3SVGA 4MEOA 5EK9A 2RNWA 2D9EA 4DONA 5DYXA 5G4SA 5E74A 2MJVB 4YC9A 5C87A 4PCEA 5ACYA 2G4AA 4QY4A 5EQ1A 2D82A 4QUUA 5D7XA 4O70A 4QSQA 4QUTA 4Z6HA 4QSUA 5HM0A 3U5KA 4GPJA 5EPBA 5ENHA 5FE9A 4QZSA 5CQ4A 4HXSA 4KV1A 4OUFA 2RS9B 4A9EA 4O7CA 2OSSA 5I7YA 3U5NA 4LYWA 5COIA 5LKTA 2F6JA 4UIZA 5DKCA 5FE3A 2RNXA 4BW1A 4AKNA 1ZS5A 5CQ5A 4NR6A 4LZRA 2RFJA 5IBNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5EU1A 4XYAA 5CZGA 5FFVA 5J0DA 4TT2A 5F3AA 3O33A 5I29A 2NXBA 1E6IA 3SVFA 5DFBA 3MULA 4QYLA 1X0JA 4YYGA 5I7XA 4YABA 4NR4A 4HXMA 3QZSA 3O37A 4WHUA 5D3JA 5FE0A 5DFDA 3ONIA 4LRGA 5EV9A 5KO4A 5CRMA 5HFQA 4YBMA 4QSPA 4CL9A 4N3WA 4O71A 5CFWA 4QR5A 4HXKA 4RVRA 4UIUA 4PTBA 5K29A 5CS8A 5EWHA 4NRAA 3Q2EA 4O7FA 4AKIA 3UV4A 3G0JA 4QSVA 4A9LA 3GG3A 3P5OA 4QSWA 5I88A 4TT4A 4F3IA 4J3IA 2L84A 5CY9A 4YADA 3O35A 2R0VA 4A9FA 4QBMA 4TZ8A 3LXJA 5E9MA 5EPRA 4Q0OA 5KTUA 1EQFA 4KV4A 5BT3A 5EGUA 4X2IA 4AKHA 5D0CA 3HMHA 2LSPB 5II2A 3P1DA 5TCMA 3QZTA 4MR4A 4XY8A 2RO1A 5E9LA 5ENIA 5ENCA 5DYCA 5E9IA 5L8TA 4YYJA 2DWWA 4J1PA 5I89A 4NYVA 5E3GA 5FE8A 4PCIA 3RCWA 3JVKA 5D3TA 2FSAA 5A5RA 3K2JA 3I3JA 4J0RA 2YEKA 5DLZA 2YDWA 5F5ZA 3UVWA 5AD2A 5HLSA 4XUAA 4QR3A 4Z6IA 2N9GA 5F1HA 3TLPA 4NR8A 3SVHA 5CUAA 5ETBA 5A83A 4TS8A 5LJ2A 3VKHA 4HBWA 4CUTA 4A9IA 5E7DA 5KHMA 4TTEA 5KU3A 3NXBA 5HEMA 4MR5A 4UYHA 4CLBA 5L8UA 5CUBA 5E9YA 4NYWA 4NR7A 1N72A 5ENGA 5FH7A 4NRCA 5CTLA 5CUCA 5FE2A 5F36A 4A9NA 5H1VA 5CQ3A 5CGPA 4ZQLA 3O36A 5F62A 5BT5A 5CUDA 5EWVA 5L97A 5F61A 5DY7A 5D3SA 3U5MA 3U5LA 5L98A 5DBMA 4YBSA 4O7EA 5F1LA 5CQTA 4Z93A 5ENJA 5FE6A 3D1DA 5CU8A 4LDFA 4YYMA 5LKZA 4TYLA 5CUGA 2WP1A 2E7OA 5D3HA 4LYIA 5I83A 5HRVA 4CUUA 4QSSA 4QSXA 3D7CA 4YYHA 5D3LA 5DW2A 5CQ7A 4LR6A 5CPEA 5DFCA 4HBYA 5EI4A 2RNYA 2I7KA 5H1TA 3LQIA 4QB3A 5EWCA 5EISA 5LUUA 5HFRA 5CQ8A 3HMEA 5C7NA 4YBTA 4FLPA 5EM3A 2L5EA 5IGNA 5A85A 4NRBA 5FDZA 3U5PA 4PY6A 1JM4B 5I1QA 3LJWA 4IR4A 3JVLA 5AD3A 3S91A 3ERRA 3LQHA 3MQMA 5CP5A 5ETDA 5I86A 4IOOA 4YYDA 5DLXA 3AADA 2L85A 5D24A 4A9OA 3ZYUA 5IG6A 5HRWA 2DVRA 4XUBA 5FH6A 2DVVA 4NQNA 5A5PA 4Q0NA 4A9MA 3P1EA 5LJ1A 4YAXA 5FG4A 4TT6A 3S92A 5DX4A 5H1UA 4UITA 5EPSA 2OO1A 5HENA 4QC3A 2YELA 2H60A 4NR5A 5A5OA 5DYUA 5CQAA 2YEMA 3QZVA 5E9KA 4AKGA 5A7CA 4O7AA 4UIXA 4YH4A 5FE4A 5II1A 5DKDA 4YYNA 4ALGA 4TU6A 3MB3A 3UV2A 4UYFA 4J0SA 4CFLA 5A5SA 4C66A 2YW5A 5L96A 5DKHA 4HXPA 5D3PA 5BT4A 5G4RA 3MXFA 5DYAA 5KTXA 4QR4A 4QYDA 5JWMA 5ENBA 2WP2A 4IR3A 5CQ6A 2DKWA 3Q2FA 3MB4A 5DW1A 4HXRA 5HJCA 5C89A 4CUPA 4LZSA 5KTWA 2R0SA 3IU6A 5IIDA 4CUSA 5AMFA 2DATA 3G0LA 4MR3A 4MEQA 4ALHA 4YH3A 5E73A 3UW9A 5IGKA 5LKXA 4A9KA 4UYDA 4MENA 4Y03A 5D25A 2F6NA 4N4HA 5IGMA 4YYKA 4YY4A 3DAIA 2E3KA 4PKLA 4HXNA 4UIYA 4NUCA 2E7NA 4O78A 2YYNA 4CURA 3UVYA 1WUGA 5D3NA 4UYFB 3UVXA 3P1FA 4O75A 4IR5A 2DVSA 4MR6A 4IORA 5L99A 3FKMX 3IU5A 5AMEA 4A9HA 4ZW1A 5FFWA 4TQNA 1JSPB 3VKGA 2DVQA 5C85A 5IGLA 4O74A 5FB0A 4YYIA 3DWYA 2R10A 5FB1A 3JVMA 3MUKA 5FE1A 4CFKA 5EWDA 4NYXA 4QSRA 5EP7A 5FFYA 4O7BA 5F25A 5E0RA 4PS5A 4QEWA 2KTBB 5JI8A 4KCXA 4ZC9A 5HCLA 4OGIA 1WUMA 2YQDA 2R0YA 4N4GA 5C4QA 4BW2A 4BJXA 5F63A 4TU4A 4QNSA 3LQJA 5F2PA 4CUQA 5I80A 3AQAA 5A81A 5LJ0A 4N4FA 4YATA 4YK0A 5H85A 5TB6A 4LZ2A 4NQMA 4Z1QA 4WHWA 5EWWA 1PUOA 3JVJA 4IOQA 2OUOA 4NUEA 4HXLA 4YY6A 5FG6A 5C8GA 5HELA 4XY9A 4NR9A 4QC1A 5E3DA 4LYSA 3P1CA 4WIVA 5EICA 5FE7A 5LVQA 4NUDA 5FBXA 5HQ6A 4TZ2A 4UYEA 4OGJA 5HQ5A 5E9VA 5FG5A 5LKUA 4NXJA 5D3RA 3UVDA 4N4IA 5A5NA 3UV5A 4QSTA 4HXOA 4BW4A 2GRCA 5I40A 5FE5A 3O34A 4UIVA 4UIWA 2RI7A 4UYGA 4QEVA 5EVAA 1F68A 4BHWA 4Z1SA 2I8NA 4QEUA 4O77A 4IR6A 5FH8A 4A9JA 4NS5A 5HQ7A 5LVRA 5CRZA 5D26A 5CUEA 5A5QA 4BW3A 4HBXA 3D1BA 3U5JA 4E96A 4C67A 5HRXA 4HBVA 5EA1A 1ZKRA 4LC2A 4O72A 4MEPA 5ENEA 5ENFA 4O76A 3U5OA 5A82A 5F60A 3HMFA 3SVGA 4MEOA 5EK9A 2RNWA 2D9EA 4DONA 5DYXA 5G4SA 5E74A 2MJVB 4YC9A 5C87A 4PCEA 5ACYA 2G4AA 4QY4A 2EJNA 5EQ1A 2D82A 4QUUA 5D7XA 4O70A 4QSQA 4QUTA 4Z6HA 4QSUA 5HM0A 3U5KA 4GPJA 5EPBA 5ENHA 5FE9A 4QZSA 5CQ4A 4HXSA 4KV1A 4OUFA 2RS9B 4A9EA 4O7CA 2OSSA 5I7YA 3U5NA 4LYWA 5COIA 5LKTA 2F6JA 4UIZA 5DKCA 5FE3A 2RNXA 4BW1A 4AKNA 4AI6A 1ZS5A 5CQ5A 4NR6A 4LZRA 2RFJA 5IBNA
chains in the Genus database with same CATH topology
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