3IU5A

Crystal structure of the first bromodomain of human poly-bromodomain containing protein 1 (pb1)
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
114
structure length
114
Chain Sequence
SMTVDPIAVCHELYNTIRDYKDEQGRLLCELFIRAPKRRNQPDYYEVVSQPIDLMKIQQKLKMEEYDDVNLLTADFQLLFNNAKSYYKPDSPEYKAACKLWDLYLRTRNEFVQK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Histone recognition and large-scale structural analysis of the human bromodomain family.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protein polybromo-1
molecule tags Transcription
source organism Homo sapiens
total genus 39
structure length 114
sequence length 114
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 3iu5A00
3MB3A 5CZGA 5D3SA 4HBWA 4YK0A 4CUPA 5DYCA 4CUQA 5DYAA 5HFQA 3JVLA 3JVMA 5CRMA 3P1DA 4NRCA 5FG4A 5FH8A 3G0JA 4IR4A 4QR5A 4YYJA 5C89A 4NR7A 5EICA 4UIWA 5DBMA 2MJVB 5H85A 4UIYA 4YYKA 4N4FA 4O70A 5F25A 3U5OA 5F61A 4MR4A 5JI8A 5AMEA 5IIDA 2OUOA 3O36A 4MEQA 3Q2EA 5E0RA 4LR6A 4QSSA 3U5KA 4QUTA 4J3IA 4CUUA 5FFVA 3QZSA 2DKWA 5E9YA 3O34A 4Y03A 4MR3A 1WUGA 4BW1A 5EPBA 3K2JA 5F1LA 5EWCA 2R0SA 5ETBA 4GPJA 5ENBA 4O71A 2RNWA 5F60A 2DVQA 5HM0A 3SVFA 1EQFA 4WHUA 5CQ6A 5I1QA 2OO1A 5L99A 5HQ7A 4UYFA 4QSRA 4MENA 5HENA 5EQ1A 5D25A 4QSWA 5FDZA 4N4IA 4QB3A 5L96A 4NS5A 4YY6A 4NUDA 5ENCA 5CUEA 4TYLA 5G4RA 4BW3A 4QR4A 4O7FA 5D7XA 5TCMA 1X0JA 5I40A 5E9IA 5E3GA 3UV4A 4PCEA 4HXMA 4UIVA 5DY7A 3UW9A 5E73A 5IGKA 4Z1SA 4A9HA 5L8TA 3D7CA 5CQ3A 4QR3A 5HEMA 4YYHA 5LJ0A 4O7AA 5E3DA 5DW2A 5LVQA 4C67A 5HCLA 4NR9A 5DLXA 5CQ5A 5A5NA 4LYSA 5HELA 5KU3A 4YABA 3MB4A 4WHWA 3FKMX 4HXRA 4QC3A 3UVDA 2F6NA 3P5OA 4LZRA 5EWDA 5HFRA 5HQ5A 3IU6A 2RFJA 5CP5A 2YELA 3Q2FA 2E7OA 5LKXA 5E7DA 4O74A 5E74A 4QYLA 4Z6HA 5IGMA 5LKTA 2R0YA 5HLSA 3U5JA 4ALHA 3GG3A 4YYNA 3I3JA 4NR4A 4UYGA 2WP1A 5L98A 5E9MA 4NR5A 4IR5A 2DATA 4ZC9A 2R0VA 4KCXA 4NR6A 5FFYA 4YYIA 2D82A 2YYNA 3O37A 5F3AA 5II2A 5FE4A 4QBMA 5CQ4A 5FE8A 5H1TA 3MUKA 4OGIA 4PS5A 5FE7A 5D3JA 2OSSA 4O75A 4TZ2A 4A9LA 4A9FA 4UITA 2DVSA 3P1CA 5A82A 5KTWA 4HXLA 4CURA 4A9OA 4ALGA 2D9EA 5A85A 4N4GA 4TU6A 4O78A 5ACYA 4PY6A 5LJ1A 5E9KA 2RS9B 2R10A 3P1FA 4NR8A 3O35A 5FE2A 5ENJA 4YAXA 5EK9A 2YEKA 5EWHA 5IGLA 5FH7A 4MR6A 4WIVA 4UYEA 3HMHA 3TLPA 5EPRA 4Z93A 3HMEA 4NYXA 4UYHA 5C87A 4YATA 3DAIA 4MR5A 4TQNA 3ONIA 5DYXA 5AD3A 3QZTA 4IR6A 4NUEA 4A9JA 2I8NA 4QSQA 4KV4A 3UV2A 4Q0OA 5D26A 5HQ6A 5IGNA 5LVRA 4HXPA 5F5ZA 5CUBA 4J0SA 5JWMA 5D0CA 5I88A 5DKHA 5IG6A 4BW2A 4NRBA 3U5LA 2LSPB 5CQ7A 5AMFA 4PKLA 5FE0A 2RO1A 5EI4A 4UYFB 5BT5A 4CLBA 4UIUA 4XY8A 3U5NA 2DVRA 5HRVA 5FG6A 4NXJA 3MQMA 4QEVA 3DWYA 5KTXA 1N72A 2F6JA 2RNYA 4ZW1A 4PTBA 5K29A 4QSTA 5EU1A 4QSPA 5J0DA 5A5RA 5CQAA 4TTEA 4Z1QA 5EVAA 5C7NA 4LRGA 5CUDA 5HRWA 4KV1A 3LQJA 2G4AA 2YDWA 4HXNA 4YBSA 4A9EA 4YC9A 3U5PA 3JVJA 5CQTA 5EP7A 4YADA 4O7CA 5EWWA 5D3LA 3UVWA 2E7NA 4BHWA 2E3KA 3NXBA 3MULA 2RNXA 5TB6A 5DYUA 5F63A 5KO4A 3SVGA 1WUMA 5DFBA 4MEPA 5COIA 3S92A 4HBXA 2L85A 5I89A 4DONA 5EWVA 4NYVA 4NYWA 5ETDA 4QYDA 5DW1A 5C8GA 5ENIA 5D3NA 4YY4A 4TZ8A 5FE5A 4QSVA 3AADA 3UV5A 4A9MA 5F36A 3S91A 4QSUA 4LDFA 2DWWA 5FB1A 5ENFA 5HJCA 5I7XA 5F2PA 5A5QA 5I86A 4HXSA 2GRCA 4O76A 4A9KA 3QZVA 2L5EA 2FSAA 4F3IA 5EGUA 5A7CA 4XY9A 5I29A 4LYWA 5DX4A 2DVVA 5CPEA 4O72A 5CY9A 4QNSA 4MEOA 2YW5A 2YEMA 4N3WA 5G4SA 5C4QA 5CUAA 4LYIA 5FFWA 5AD2A 5LUUA 5HRXA 4HBYA 4QEWA 4QEUA 4CFKA 1F68A 4HXKA 3IU5A 1JSPB 4HXOA 3JVKA 4YH4A 5C85A 2H60A 4TS8A 5KTUA 1E6IA 5DKCA 4XUBA 3UVXA 2YQDA 4YYMA 4YH3A 4ZQLA 2WP2A 5I83A 5EM3A 3ZYUA 4E96A 4RVRA 4YBTA 5BT3A 5KHMA 4XUAA 4IR3A 4OGJA 3O33A 5D3RA 5FB0A 3HMFA 4A9IA 4CUSA 3UVYA 3LQIA 5IBNA 4TT6A 4IORA 2L84A 4Q0NA 4A9NA 2I7KA 5E9VA 5I7YA 4N4HA 5D3TA 5CUCA 5D3PA 3AQAA 5DFCA 5D24A 5BT4A 4HBVA 4C66A 5ENGA 4CFLA 2KTBB 5CS8A 4LZ2A 5H1VA 1ZS5A 5CRZA 5EISA 4LC2A 3LQHA 5CQ8A 5EPSA 4AKNA 5A5PA 5FBXA 4TU4A 5DFDA 4O77A 4IOOA 5L97A 4QC1A 4QZSA 5FE3A 1JM4B 4NQMA 3MXFA 4YYDA 4IOQA 4FLPA 4YYGA 4QUUA 5DLZA 4NRAA 4X2IA 4UIXA 5CUGA 5L8UA 5LKUA 5ENHA 4PCIA 5FE6A 4OUFA 5CU8A 4CUTA 4NUCA 4TT2A 5F62A 5LJ2A 5EV9A 3P1EA 5FE1A 3U5MA 4BJXA 5A83A 4UYDA 4XYAA 5EA1A 5A5OA 4J0RA 5ENEA 5CGPA 5F1HA 4UIZA 4Z6IA 5FH6A 3LXJA 4J1PA 5CTLA 4YBMA 5FE9A 5DKDA 2RI7A 4CL9A 4NQNA 5A5SA 4TT4A 4O7BA 5E9LA 5H1UA 5I80A 4QY4A 3G0LA 5II1A 4LZSA 3RCWA 5FG5A 4QSXA 2N9GA 5A81A 3SVHA 2NXBA 4BW4A 5CFWA 3LJWA 5D3HA 5LKZA 4O7EA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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