3P5OA

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with ibet inhibitor
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Suppression of inflammation by a synthetic histone mimic
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
molecule tags Signaling protein/inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 44
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-10-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 3p5oA01
4O78A 4YY4A 2DVRA 5CRZA 5FB1A 5ENHA 5CGPA 4HBWA 5E9YA 5FG5A 3UV4A 5IBNA 4MEOA 4TQNA 5L98A 5LJ1A 4CUUA 2R0VA 4YBSA 5E9KA 3LXJA 3MB3A 2FSAA 2D9EA 4QUTA 5DW1A 4NQMA 4OGIA 4N4GA 4O7EA 4O74A 4A9HA 4YYHA 2L85A 4YABA 5FB0A 5FFVA 4YYMA 5EWCA 2E7OA 5DLZA 3QZVA 5FH6A 5L99A 5E9IA 2E3KA 4O7AA 2F6NA 5II1A 5I80A 2DATA 3O37A 3JVMA 5I1QA 5II2A 5DYCA 5D3RA 4TYLA 2DVVA 5E0RA 3UVXA 5IIDA 4TU4A 5J0DA 4MENA 5EM3A 5LKTA 5FE6A 3HMHA 5EI4A 5E73A 3U5MA 4NR4A 5H1VA 5F1LA 4OUFA 5F25A 5EK9A 5F3AA 3P1DA 5D24A 2YQDA 4LRGA 4NXJA 5HLSA 4MEQA 4O72A 3Q2FA 2YEMA 4QSVA 4IR4A 2DVQA 5K29A 4NRAA 3DWYA 5HFQA 5DYUA 5DX4A 5I7XA 4TZ8A 2I7KA 5C7NA 2E7NA 4LYIA 5IGLA 5CQAA 5L97A 5ENCA 5A5QA 5DFDA 4TS8A 4A9KA 5IGKA 4LR6A 5D3TA 5FH7A 4DONA 5LVQA 3UVYA 1E6IA 4UYGA 5EA1A 5L8TA 5D3SA 4QY4A 3P5OA 3O36A 5CU8A 4PTBA 5EWWA 4WHWA 4X2IA 2NXBA 1WUGA 5EPBA 4HXRA 5ENGA 4LDFA 4PKLA 5F62A 4MR3A 4QSXA 5FH8A 3JVJA 2D82A 2MJVB 4QZSA 3TLPA 5IGNA 5C87A 4TT4A 4KCXA 4NR7A 5FE0A 4KV1A 5EU1A 5H1TA 5DFBA 4LYWA 3ONIA 4Q0NA 2OO1A 4A9OA 1WUMA 4TT2A 5F61A 5E3DA 4YY6A 4UYHA 4QSWA 5L96A 4UYFA 5HRVA 5KU3A 4CFLA 4UIXA 4N4FA 4PCEA 2DWWA 4MR4A 5DLXA 5JI8A 3S92A 4N4IA 3MULA 5ENEA 4NR5A 2R0YA 5ENFA 5CQ3A 5CRMA 4NRCA 3U5NA 4J0RA 4QEVA 5CFWA 3IU6A 3LQHA 4YADA 5D3JA 4A9FA 4Y03A 4N3WA 5IG6A 4QSRA 4WHUA 5ENIA 5LJ0A 5FE8A 4QR3A 4AKNA 5HENA 4NQNA 3MB4A 4LC2A 5AMEA 1X0JA 4NYWA 5DY7A 5FE5A 4HBXA 3QZSA 4TTEA 5CQ4A 4NUCA 4OGJA 4CFKA 5DBMA 2RNXA 4IOQA 5CUAA 5I83A 5HQ7A 2OUOA 1F68A 4UIYA 5CQ8A 4YAXA 3D7CA 4YYDA 4KV4A 5EWVA 5EV9A 4IOOA 4O7CA 4ALHA 5C8GA 4CUPA 4UIZA 2YDWA 3UV5A 5A5PA 5D3LA 1JSPB 5G4RA 4O70A 4NR6A 4ZW1A 2RNWA 4QEWA 5FE4A 4A9NA 1EQFA 5ACYA 4YBTA 4XUBA 4BW3A 5D26A 3G0LA 5DW2A 4LZSA 4NR8A 2DKWA 4HBVA 3U5LA 4PY6A 2RFJA 5CPEA 5CQ5A 5E9MA 4A9IA 4C66A 4YYNA 5AD3A 3U5PA 5HELA 5LUUA 1JM4B 4RVRA 4CUQA 4QEUA 4YH3A 4YYIA 4QR5A 4Z6HA 4A9EA 3UV2A 5FG4A 4QSUA 4CL9A 2RS9B 4TT6A 4NR9A 4BW1A 4Q0OA 4XY9A 5E7DA 5EP7A 4CURA 2R10A 4UITA 5D3NA 4TZ2A 5HRXA 3P1CA 4A9JA 2I8NA 5A7CA 4O71A 5H85A 4QBMA 4YBMA 4O7BA 4IR3A 4QUUA 5C89A 5CUEA 3JVLA 5DKDA 5HM0A 3O35A 4CLBA 4O76A 5FE1A 5KTWA 5JWMA 4TU6A 4PCIA 5A81A 2F6JA 2YYNA 4C67A 5F60A 3ZYUA 5D7XA 4PS5A 4MEPA 3P1EA 5IGMA 4UYFB 4QSTA 4O77A 5E9LA 4N4HA 4QC3A 5A5RA 2N9GA 4ALGA 5FE2A 4QR4A 2LSPB 5CQ6A 5AD2A 2OSSA 3NXBA 4IR5A 2R0SA 4UYEA 5E3GA 5EWDA 3DAIA 2G4AA 3S91A 4HBYA 4MR5A 5HJCA 4HXLA 4NUEA 3MQMA 5CUDA 3AADA 5A5SA 5LKZA 4NYXA 4CUTA 5FE7A 5TCMA 4YH4A 5HRWA 5CQTA 3MUKA 5BT3A 3LQJA 5D3HA 5CQ7A 2L84A 4HXOA 5KTXA 4A9LA 4MR6A 5ETBA 5KTUA 2YELA 5FG6A 5FE9A 4Z1QA 4J0SA 4F3IA 5C4QA 5F5ZA 3Q2EA 5HFRA 5BT4A 5FDZA 5A82A 4NUDA 5I29A 4HXNA 5C85A 4J1PA 5D25A 3G0JA 5EGUA 5DFCA 5I7YA 5FBXA 5E74A 5AMFA 3SVFA 5D0CA 3U5KA 5CUBA 5F63A 5CP5A 2RO1A 5BT5A 5L8UA 4A9MA 3SVHA 4E96A 3U5OA 5F2PA 4IR6A 3O33A 5H1UA 5I88A 2H60A 4O75A 5FE3A 5A5OA 5CS8A 3RCWA 3SVGA 3IU5A 4HXPA 5KO4A 5KHMA 5CUGA 5EPSA 4BHWA 4YYKA 4BJXA 5CUCA 4Z6IA 4Z93A 2YEKA 4UYDA 5EWHA 5LJ2A 4NS5A 5CY9A 4XUAA 5LVRA 4CUSA 5CZGA 3HMEA 5A5NA 5ENJA 5ENBA 5E9VA 4YYGA 4QYLA 3U5JA 3LJWA 5EISA 4YK0A 2KTBB 5HQ5A 5FFYA 4GPJA 3LQIA 4XY8A 3MXFA 2L5EA 4BW4A 2WP1A 4YYJA 1ZS5A 4YC9A 4QNSA 4J3IA 3I3JA 5F1HA 4NRBA 4ZC9A 2RNYA 2YW5A 4UIWA 5DKHA 4QB3A 5LKXA 3UW9A 4QSPA 4FLPA 4QSSA 4UIUA 4LZ2A 3P1FA 4QSQA 5I86A 4LYSA 4O7FA 2WP2A 4ZQLA 5CTLA 3UVWA 4QYDA 4NYVA 4XYAA 3UVDA 5FFWA 3JVKA 3GG3A 3FKMX 5HCLA 4HXMA 4LZRA 5COIA 3HMFA 4HXKA 5EVAA 4YATA 4HXSA 5G4SA 3QZTA 2RI7A 5A85A 5DYAA 5D3PA 4BW2A 1N72A 5I89A 3O34A 4WIVA 3AQAA 5F36A 4IORA 5DYXA 3K2JA 5EPRA 2GRCA 4Z1SA 5HQ6A 5ETDA 5EICA 5EQ1A 2DVSA 5HEMA 4UIVA 5LKUA 5TB6A 5DKCA 5A83A 5I40A 4QC1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4O78A 4YY4A 2DVRA 5CRZA 5FB1A 5ENHA 5CGPA 4HBWA 5E9YA 5FG5A 3UV4A 5IBNA 4MEOA 4TQNA 5L98A 5LJ1A 4CUUA 2R0VA 4YBSA 5E9KA 3LXJA 3MB3A 2FSAA 2D9EA 4QUTA 5DW1A 4NQMA 4OGIA 4N4GA 4O7EA 4O74A 4A9HA 4YYHA 2L85A 4YABA 5FB0A 5FFVA 4YYMA 5EWCA 2E7OA 5DLZA 3QZVA 5FH6A 5L99A 1ZKRA 5E9IA 2E3KA 4O7AA 2F6NA 5II1A 5I80A 2DATA 3O37A 3JVMA 5I1QA 5II2A 4AKHA 5DYCA 5D3RA 4TYLA 2DVVA 5E0RA 3UVXA 5IIDA 4TU4A 5J0DA 4MENA 5EM3A 5LKTA 5FE6A 3HMHA 5EI4A 5E73A 3U5MA 4NR4A 5H1VA 5F1LA 4OUFA 5F25A 5EK9A 5F3AA 3P1DA 5D24A 2YQDA 4LRGA 3D1BA 4NXJA 5HLSA 4MEQA 4O72A 3Q2FA 2YEMA 4QSVA 4IR4A 2DVQA 5K29A 4NRAA 3DWYA 5HFQA 5DYUA 5DX4A 5I7XA 4TZ8A 2I7KA 5C7NA 2E7NA 4AI6A 4LYIA 5IGLA 5CQAA 5L97A 5ENCA 5A5QA 5DFDA 4TS8A 4A9KA 5IGKA 4LR6A 5D3TA 5FH7A 4DONA 5LVQA 3UVYA 1E6IA 4UYGA 5EA1A 5L8TA 5D3SA 4QY4A 3P5OA 3O36A 5CU8A 4PTBA 5EWWA 4WHWA 4X2IA 2NXBA 1WUGA 5EPBA 4HXRA 5ENGA 4LDFA 4PKLA 5F62A 4MR3A 4QSXA 5FH8A 3JVJA 2D82A 2MJVB 4QZSA 3TLPA 5IGNA 5C87A 4TT4A 4KCXA 4NR7A 5FE0A 4KV1A 5EU1A 5H1TA 5DFBA 4LYWA 3ONIA 4Q0NA 2OO1A 4A9OA 1WUMA 4TT2A 5F61A 5E3DA 4YY6A 4UYHA 4QSWA 5L96A 4UYFA 5HRVA 5KU3A 4CFLA 4UIXA 4N4FA 4PCEA 2DWWA 4MR4A 5DLXA 5JI8A 3S92A 4N4IA 3MULA 5ENEA 4NR5A 2R0YA 5ENFA 5CQ3A 5CRMA 4NRCA 3U5NA 4J0RA 4QEVA 5CFWA 3IU6A 3LQHA 4YADA 5D3JA 4A9FA 4Y03A 4N3WA 5IG6A 4QSRA 4WHUA 5ENIA 5LJ0A 5FE8A 4QR3A 4AKNA 5HENA 4NQNA 3MB4A 4LC2A 5AMEA 1X0JA 4NYWA 5DY7A 5FE5A 3ERRA 4HBXA 3QZSA 4TTEA 5CQ4A 4NUCA 4OGJA 4CFKA 5DBMA 2RNXA 4IOQA 5CUAA 5I83A 5HQ7A 3VKHA 2OUOA 1F68A 4UIYA 5CQ8A 4YAXA 3D7CA 4YYDA 4KV4A 5EWVA 5EV9A 4IOOA 4O7CA 4ALHA 5C8GA 4CUPA 4UIZA 2YDWA 3UV5A 5A5PA 5D3LA 1JSPB 5G4RA 4O70A 4NR6A 4ZW1A 2RNWA 4QEWA 5FE4A 4A9NA 1EQFA 5ACYA 4YBTA 4XUBA 4BW3A 5D26A 3G0LA 5DW2A 4LZSA 4NR8A 2DKWA 4HBVA 3U5LA 4PY6A 2RFJA 5CPEA 5CQ5A 5E9MA 4A9IA 4C66A 4YYNA 5AD3A 3U5PA 5HELA 5LUUA 1JM4B 4RVRA 4CUQA 4QEUA 4YH3A 4YYIA 4QR5A 4Z6HA 4A9EA 3UV2A 5FG4A 4QSUA 4CL9A 2RS9B 4TT6A 4NR9A 4BW1A 4Q0OA 4XY9A 5E7DA 5EP7A 4CURA 2R10A 4UITA 5D3NA 4TZ2A 5HRXA 3P1CA 4A9JA 2I8NA 5A7CA 4O71A 5H85A 4QBMA 4YBMA 4O7BA 4IR3A 4QUUA 5C89A 5CUEA 3JVLA 5DKDA 5HM0A 3O35A 4CLBA 4O76A 5FE1A 5KTWA 5JWMA 4TU6A 4PCIA 5A81A 2F6JA 2YYNA 4C67A 5F60A 3ZYUA 5D7XA 4PS5A 4MEPA 3P1EA 5IGMA 4UYFB 4QSTA 4O77A 3VKGA 5E9LA 4N4HA 4QC3A 5A5RA 2N9GA 4ALGA 5FE2A 4QR4A 2LSPB 5CQ6A 5AD2A 2OSSA 3NXBA 4IR5A 2R0SA 4UYEA 5E3GA 5EWDA 3DAIA 2G4AA 3S91A 4HBYA 4MR5A 5HJCA 4HXLA 4NUEA 3MQMA 5CUDA 3AADA 5A5SA 5LKZA 4NYXA 4CUTA 5FE7A 5TCMA 4YH4A 5HRWA 5CQTA 3MUKA 5BT3A 3LQJA 5D3HA 5CQ7A 2L84A 4HXOA 5KTXA 4A9LA 4MR6A 5ETBA 5KTUA 2YELA 5FG6A 5FE9A 4Z1QA 4J0SA 4F3IA 5C4QA 5F5ZA 3Q2EA 5HFRA 5BT4A 5FDZA 5A82A 4NUDA 5I29A 4HXNA 5C85A 4J1PA 5D25A 3G0JA 5EGUA 5DFCA 5I7YA 5FBXA 5E74A 5AMFA 3SVFA 5D0CA 3U5KA 5CUBA 5F63A 5CP5A 2RO1A 5BT5A 5L8UA 2EJNA 4A9MA 3SVHA 4E96A 3U5OA 5F2PA 4IR6A 3O33A 5H1UA 5I88A 2H60A 4O75A 5FE3A 5A5OA 5CS8A 3RCWA 3SVGA 3IU5A 4HXPA 5KO4A 5KHMA 5CUGA 5EPSA 4BHWA 4YYKA 4BJXA 5CUCA 4Z6IA 4Z93A 2YEKA 4UYDA 5EWHA 5LJ2A 4NS5A 5CY9A 4XUAA 5LVRA 4CUSA 5CZGA 3HMEA 3D1DA 5ENJA 5A5NA 5ENBA 5E9VA 4YYGA 4QYLA 3U5JA 3LJWA 5EISA 4YK0A 2KTBB 5HQ5A 5FFYA 4GPJA 3LQIA 4XY8A 3MXFA 2L5EA 4BW4A 2WP1A 4YYJA 1ZS5A 4YC9A 4QNSA 4J3IA 3I3JA 5F1HA 1PUOA 4NRBA 4ZC9A 2RNYA 2YW5A 4AKGA 4UIWA 5DKHA 4QB3A 5LKXA 3UW9A 4QSPA 4FLPA 4QSSA 4UIUA 4LZ2A 3P1FA 4QSQA 5I86A 4LYSA 4O7FA 2WP2A 4ZQLA 5CTLA 3UVWA 4QYDA 4NYVA 4XYAA 3UVDA 5FFWA 3JVKA 3GG3A 3FKMX 5HCLA 4HXMA 4LZRA 5COIA 3HMFA 4HXKA 5EVAA 4YATA 4HXSA 5G4SA 3QZTA 4AKIA 2RI7A 5A85A 5DYAA 5D3PA 4BW2A 1N72A 5I89A 3O34A 4WIVA 3AQAA 5F36A 4IORA 5DYXA 3K2JA 5EPRA 2GRCA 4Z1SA 5HQ6A 5ETDA 5EICA 5EQ1A 2DVSA 5HEMA 4UIVA 5LKUA 5TB6A 5DKCA 5A83A 5I40A 4QC1A
chains in the Genus database with same CATH topology
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