3SVHA

Crystal structure of the bromdomain of human crebbp in complex with a 3,5-dimethylisoxazol ligand
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
117
structure length
117
Chain Sequence
RKKIFKPEELRQALMPTLEALYRQDPESLPFRQPVDPQLLGIPDYFDIVKNPMDLSTIKRKLDTGQYQEPWQYVDDVWLMFNNAWLYNRKTSRVYKFCSKLAEVFEQEIDPVMQSLG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal Structure of the bromdomain of human CREBBP in complex with a 3,5-dimethylisoxazol ligand
rcsb
molecule tags Unknown function
source organism Homo sapiens
molecule keywords CREB-binding protein
total genus 43
structure length 117
sequence length 117
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.3.1.48: Histone acetyltransferase.
pdb deposition date 2011-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 3svhA00
3I3JA 3O34A 4YY4A 3TLPA 5H85A 2L85A 4O72A 4AKNA 4QSWA 4CLBA 4CUQA 5LVQA 3UVYA 5F1LA 5ENCA 4A9IA 3MQMA 4ZW1A 5D7XA 4LZRA 3RCWA 5HQ7A 4CUTA 4CUPA 4YBMA 2YEMA 5LKTA 3MUKA 4HBVA 5KHMA 5FH6A 3O37A 4X2IA 2OSSA 5DYUA 5ENJA 5FB0A 2D9EA 4J3IA 5DLZA 5FFVA 1JM4B 5C8GA 5IGLA 5HELA 4NXJA 4YYMA 4ALGA 4J1PA 1JSPB 5E0RA 4TT2A 2E7NA 2DVVA 5HEMA 4UIWA 5DFBA 4CUUA 5E3GA 5A83A 3LJWA 5CGPA 4O70A 3SVHA 4NR6A 4LZ2A 3LXJA 5FE8A 2WP2A 5F60A 5HENA 4KV1A 5KU3A 4MEPA 3HMHA 3P1EA 4Z1SA 4MEOA 4NUEA 4WHUA 5I80A 2KTBB 5EM3A 2E7OA 2F6JA 2OUOA 4CL9A 3LQJA 4QUTA 5LKUA 4HXLA 5A5QA 5DYCA 5IGMA 4QC1A 5KTUA 5D3SA 5E9MA 5DW2A 4NUCA 5IBNA 3MULA 5EWDA 2E3KA 5L97A 3K2JA 5EISA 4TT6A 4BHWA 2DKWA 4MEQA 4O7BA 5A5NA 4NR5A 5FG5A 3DWYA 5K29A 5DKHA 5HRXA 4YBTA 5HQ6A 5KO4A 4A9LA 5D25A 5D0CA 4E96A 4PS5A 2YQDA 5JWMA 4NYVA 2DWWA 3SVGA 1WUGA 4YYDA 4XYAA 4UYGA 5EP7A 5D3HA 5F5ZA 4C67A 5I40A 4LR6A 5A82A 5EV9A 5AMFA 4LYIA 4HXOA 5L96A 5AD3A 5AMEA 5ETDA 2R10A 5CP5A 5E9LA 5FE1A 5I83A 4QSSA 2RNWA 5I7XA 3NXBA 5D3RA 3SVFA 1EQFA 5FG4A 5ACYA 4ZC9A 3JVMA 5KTWA 4IR6A 5FH8A 5DYAA 2DATA 5ENHA 5IG6A 5H1TA 4HXRA 4QSTA 5E9VA 3U5OA 4XY9A 3S91A 4QEUA 2YDWA 4IORA 5FDZA 3P1DA 5D3TA 2R0SA 4XUAA 5FE0A 4TYLA 4O7EA 2DVSA 3ONIA 4J0SA 4QEWA 3JVJA 4UIVA 5D3PA 5DLXA 5DBMA 2YW5A 3LQHA 5HQ5A 4IR5A 4QEVA 5L8UA 3G0JA 4HBXA 5EWHA 5HFQA 5J0DA 5I29A 5I1QA 5CRZA 2D82A 5E7DA 3JVLA 4WIVA 4N4HA 4YYNA 5CTLA 4NRAA 5DY7A 4CUSA 5EWVA 3Q2FA 1F68A 4MR5A 4UIYA 5CQ7A 5CUGA 4HXSA 5AD2A 4O7AA 4HXNA 5D3NA 3QZTA 5CUAA 5F62A 4UYHA 5E9KA 4HBWA 4QYDA 5I7YA 4WHWA 5EVAA 4KCXA 5BT3A 4QUUA 5FE7A 4OUFA 4YBSA 5A5SA 4CFLA 4A9HA 4N4FA 5FFYA 4QSUA 2L84A 3HMEA 1ZS5A 5FFWA 4RVRA 1X0JA 3U5KA 5TCMA 5E74A 4TU6A 2I7KA 5E3DA 4ALHA 4O76A 5EGUA 4BW3A 5I89A 4O77A 3IU6A 4A9NA 4O7CA 5EI4A 5IGKA 4N3WA 2RO1A 3MB3A 3S92A 4NR8A 3P1FA 4YK0A 4CURA 5IIDA 5DFCA 5CQ3A 4N4GA 3GG3A 4QSRA 4Z1QA 5F1HA 4OGJA 5EPRA 4UYDA 4TT4A 5FE6A 3U5JA 5ENGA 5D3LA 5CQ8A 3DAIA 1WUMA 4MR4A 2RNYA 5EICA 5LJ2A 4TQNA 4YH3A 4BW2A 2G4AA 5I86A 4PTBA 5A81A 4YH4A 3O36A 4QC3A 4MR6A 4TTEA 4IR4A 4QB3A 4YYJA 4PCIA 5FE5A 4QNSA 4Q0OA 2RFJA 3U5PA 5E73A 5II2A 3HMFA 4A9FA 4LYSA 2I8NA 2LSPB 2OO1A 4UYFB 2WP1A 3U5LA 5LUUA 5DKDA 3LQIA 5LVRA 4O7FA 4TZ8A 4YYKA 4NS5A 4BJXA 5FE9A 5CUDA 5FH7A 5COIA 4IR3A 3MB4A 5CUCA 2GRCA 3FKMX 5ENFA 5F63A 5EQ1A 5FBXA 2YYNA 5HCLA 5BT5A 1N72A 4Z93A 4QR5A 4QZSA 5HRWA 5LJ0A 4LZSA 5D26A 5TB6A 4YYGA 3P5OA 4DONA 4YYIA 4NR9A 5CQTA 5G4SA 3UV5A 3UV2A 4YATA 5IGNA 5LKZA 5ENBA 4NYWA 4QBMA 2RNXA 5HM0A 5C87A 5ENEA 5C89A 4PY6A 4BW1A 3P1CA 5CPEA 5F61A 3U5MA 4TS8A 3AADA 5L8TA 2L5EA 4NQMA 4LRGA 4NYXA 4O71A 5F2PA 3U5NA 3QZVA 5ETBA 4Q0NA 4A9EA 5EWCA 5G4RA 4IOQA 4QSXA 4YYHA 4NRBA 4J0RA 5F25A 5L99A 5FE2A 2NXBA 1E6IA 4YC9A 4ZQLA 4NQNA 4QSVA 5DYXA 5KTXA 5C7NA 5CRMA 5LKXA 5A85A 4UITA 5CU8A 2H60A 5A5RA 4UYFA 5JI8A 5C85A 4MR3A 4OGIA 5H1UA 5FB1A 4QR4A 4UIXA 4Z6IA 4O78A 3G0LA 3Q2EA 4MENA 4PCEA 4XUBA 4YABA 5DX4A 5F36A 4Y03A 4KV4A 5L98A 4N4IA 2FSAA 4GPJA 3D7CA 3O33A 3O35A 2N9GA 4LYWA 4A9MA 3UV4A 2YEKA 2R0VA 4NUDA 5DKCA 4YADA 4UIUA 5CFWA 3MXFA 5H1VA 2F6NA 5CQAA 4C66A 3UW9A 5FG6A 4XY8A 5EK9A 4YAXA 3JVKA 3AQAA 5II1A 4TU4A 2DVRA 2MJVB 2YELA 5DFDA 3UVXA 4A9KA 4QSQA 4FLPA 4IOOA 4O75A 5CS8A 4LDFA 3ZYUA 5E9YA 5EPBA 4Z6HA 5EWWA 2DVQA 4NRCA 4NR4A 4YY6A 4CFKA 4PKLA 5CZGA 5FE3A 4HBYA 5HLSA 5CQ4A 5ENIA 3IU5A 4HXKA 3UVDA 5A7CA 5F3AA 5BT4A 4LC2A 5DW1A 4QY4A 5FE4A 4TZ2A 5HJCA 2RS9B 2R0YA 5CUBA 5A5PA 4A9OA 4NR7A 4QSPA 2RI7A 4O74A 5CY9A 3QZSA 4BW4A 4QYLA 4F3IA 5LJ1A 5E9IA 5CQ5A 5D3JA 5EA1A 4UIZA 3UVWA 5A5OA 4HXPA 5HFRA 4UYEA 5CQ6A 5CUEA 5EPSA 5C4QA 5HRVA 4QR3A 5D24A 4HXMA 5I88A 4A9JA 5EU1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3I3JA 3O34A 4YY4A 3TLPA 5H85A 2L85A 4O72A 4AKNA 4QSWA 4CLBA 4CUQA 5LVQA 3UVYA 5F1LA 5ENCA 4A9IA 3MQMA 4ZW1A 5D7XA 4LZRA 3RCWA 5HQ7A 4CUTA 4CUPA 4YBMA 2YEMA 5LKTA 3MUKA 4HBVA 5KHMA 5FH6A 3O37A 4X2IA 2OSSA 5DYUA 5ENJA 3D1BA 2D9EA 5FB0A 4J3IA 5DLZA 5FFVA 1JM4B 5C8GA 5IGLA 5HELA 4NXJA 4YYMA 4ALGA 4J1PA 1JSPB 4AKGA 5E0RA 4TT2A 2E7NA 2DVVA 5HEMA 4UIWA 5DFBA 4CUUA 5E3GA 5A83A 3LJWA 5CGPA 4O70A 3SVHA 4NR6A 4LZ2A 3LXJA 5FE8A 2WP2A 5F60A 5HENA 4KV1A 5KU3A 4MEPA 3HMHA 3P1EA 4Z1SA 4MEOA 4NUEA 4WHUA 5I80A 2KTBB 5EM3A 2E7OA 2F6JA 2OUOA 4CL9A 3LQJA 4QUTA 5LKUA 4HXLA 5A5QA 5DYCA 5IGMA 4QC1A 5KTUA 5D3SA 5E9MA 5DW2A 4NUCA 5IBNA 3MULA 5EWDA 2E3KA 5L97A 3K2JA 5EISA 4TT6A 4BHWA 2DKWA 4MEQA 4O7BA 5A5NA 4NR5A 5FG5A 3DWYA 5K29A 5DKHA 5HRXA 4YBTA 5HQ6A 5KO4A 4A9LA 5D25A 5D0CA 4E96A 4PS5A 2YQDA 5JWMA 4NYVA 2DWWA 3SVGA 1WUGA 4YYDA 4XYAA 4UYGA 5EP7A 5D3HA 5F5ZA 4C67A 5I40A 4LR6A 5A82A 5EV9A 4AI6A 5AMFA 4LYIA 4HXOA 5L96A 5AD3A 5AMEA 5ETDA 2R10A 5CP5A 5E9LA 5FE1A 5I83A 4QSSA 2RNWA 5I7XA 3NXBA 5D3RA 3SVFA 1EQFA 5FG4A 5ACYA 4ZC9A 3JVMA 5KTWA 4IR6A 5FH8A 5DYAA 2DATA 5ENHA 5IG6A 5H1TA 4HXRA 4QSTA 5E9VA 3U5OA 4XY9A 3S91A 4QEUA 2YDWA 4IORA 5FDZA 3P1DA 5D3TA 2R0SA 4XUAA 5FE0A 4TYLA 4O7EA 2DVSA 3ONIA 4J0SA 4QEWA 3JVJA 4UIVA 5D3PA 5DLXA 5DBMA 2YW5A 3LQHA 5HQ5A 4IR5A 4QEVA 5L8UA 3G0JA 4HBXA 5EWHA 5HFQA 5J0DA 5I29A 5I1QA 5CRZA 2D82A 5E7DA 3JVLA 4WIVA 4N4HA 4YYNA 5CTLA 4NRAA 5DY7A 4CUSA 5EWVA 3Q2FA 1F68A 4MR5A 4UIYA 5CQ7A 5CUGA 4HXSA 5AD2A 4O7AA 4HXNA 5D3NA 3QZTA 5CUAA 5F62A 4UYHA 5E9KA 4HBWA 4QYDA 5I7YA 4WHWA 3VKHA 5EVAA 4KCXA 5BT3A 4QUUA 5FE7A 4OUFA 4YBSA 5A5SA 4CFLA 4A9HA 4N4FA 5FFYA 4QSUA 2L84A 3HMEA 1ZS5A 5FFWA 4RVRA 1X0JA 3U5KA 5TCMA 5E74A 4TU6A 2I7KA 5E3DA 4ALHA 4O76A 5EGUA 4BW3A 5I89A 4O77A 3IU6A 4A9NA 4O7CA 5EI4A 5IGKA 4N3WA 2RO1A 3MB3A 3S92A 4NR8A 3P1FA 4YK0A 4CURA 5IIDA 5DFCA 5CQ3A 4N4GA 3GG3A 4QSRA 4Z1QA 5F1HA 4OGJA 5EPRA 4UYDA 4TT4A 5FE6A 3U5JA 5ENGA 5D3LA 5CQ8A 3DAIA 1WUMA 4MR4A 2RNYA 5EICA 5LJ2A 4TQNA 4YH3A 4BW2A 2G4AA 5I86A 4PTBA 5A81A 4YH4A 3O36A 4QC3A 4MR6A 4TTEA 4IR4A 4QB3A 4YYJA 3D1DA 4PCIA 5FE5A 4QNSA 4Q0OA 2RFJA 3U5PA 5E73A 5II2A 3HMFA 4A9FA 4LYSA 2I8NA 2LSPB 2OO1A 4UYFB 2WP1A 3U5LA 5LUUA 5DKDA 3LQIA 5LVRA 4O7FA 4TZ8A 4YYKA 4NS5A 4AKHA 4BJXA 5FE9A 5CUDA 5FH7A 4AKIA 5COIA 4IR3A 3MB4A 5CUCA 2GRCA 3FKMX 5ENFA 5F63A 5EQ1A 5FBXA 2YYNA 5HCLA 5BT5A 1N72A 4Z93A 4QR5A 4QZSA 5HRWA 5LJ0A 4LZSA 5D26A 5TB6A 4YYGA 3P5OA 4DONA 4YYIA 4NR9A 5CQTA 5G4SA 3UV5A 3ERRA 4YATA 3UV2A 5IGNA 5LKZA 5ENBA 4NYWA 4QBMA 2RNXA 5HM0A 5C87A 5ENEA 5C89A 4PY6A 4BW1A 3P1CA 5CPEA 5F61A 3U5MA 4TS8A 3AADA 5L8TA 2L5EA 4NQMA 4LRGA 4NYXA 4O71A 5F2PA 3U5NA 3QZVA 3VKGA 5ETBA 4Q0NA 4A9EA 5EWCA 5G4RA 4IOQA 4QSXA 4YYHA 4NRBA 4J0RA 5F25A 5L99A 5FE2A 2NXBA 1E6IA 4YC9A 4ZQLA 4NQNA 4QSVA 5DYXA 5KTXA 5C7NA 5CRMA 5LKXA 5A85A 4UITA 5CU8A 2H60A 5A5RA 4UYFA 5JI8A 5C85A 4MR3A 4OGIA 5H1UA 5FB1A 4QR4A 4UIXA 4Z6IA 4O78A 3G0LA 3Q2EA 4MENA 4PCEA 4XUBA 4YABA 5DX4A 5F36A 4Y03A 4KV4A 5L98A 4N4IA 2FSAA 4GPJA 3D7CA 3O33A 3O35A 2N9GA 4LYWA 4A9MA 3UV4A 2YEKA 2R0VA 4NUDA 5DKCA 4YADA 4UIUA 5CFWA 3MXFA 5H1VA 2F6NA 5CQAA 4C66A 3UW9A 5FG6A 4XY8A 5EK9A 4YAXA 3JVKA 3AQAA 5II1A 4TU4A 2DVRA 2MJVB 2YELA 5DFDA 3UVXA 4A9KA 4QSQA 4FLPA 4IOOA 4O75A 5CS8A 4LDFA 3ZYUA 5E9YA 5EPBA 4Z6HA 5EWWA 2DVQA 4NRCA 4NR4A 4YY6A 4CFKA 4PKLA 5CZGA 1PUOA 5FE3A 4HBYA 5HLSA 5CQ4A 5ENIA 3IU5A 4HXKA 1ZKRA 3UVDA 5A7CA 5F3AA 5BT4A 4LC2A 5DW1A 4QY4A 5FE4A 4TZ2A 5HJCA 2EJNA 2RS9B 2R0YA 5CUBA 5A5PA 4A9OA 4NR7A 4QSPA 2RI7A 4O74A 5CY9A 3QZSA 4BW4A 4QYLA 4F3IA 5LJ1A 5E9IA 5CQ5A 5D3JA 5EA1A 4UIZA 3UVWA 5A5OA 4HXPA 5HFRA 4UYEA 5CQ6A 5CUEA 5EPSA 5C4QA 5HRVA 4QR3A 5D24A 4HXMA 5I88A 4A9JA 5EU1A
chains in the Genus database with same CATH topology
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