3U5JA

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with alprazolam
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein/inhibitor
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Benzodiazepines and benzotriazepines as protein interaction inhibitors targeting bromodomains of the BET family.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 44
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-10-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 3u5jA01
3U5KA 5HEMA 3AADA 5CUAA 4FLPA 4ZQLA 5EWDA 5I1QA 2D9EA 4HXMA 5FE3A 5CTLA 5AMEA 1JM4B 4A9KA 2YELA 4MEOA 5D25A 4YYJA 5AMFA 4QR4A 3HMHA 2E7NA 4O7FA 4O78A 4AKNA 5IG6A 2E3KA 4YY6A 4NYXA 5BT5A 5HQ7A 5KO4A 1WUGA 5LJ1A 1WUMA 5KTXA 2RNWA 4HBXA 4O77A 5FB0A 3RCWA 5L8UA 5CRMA 5EU1A 2OUOA 5KTUA 2DVRA 4QEVA 5F2PA 5F36A 2I8NA 5HCLA 3D7CA 4N4GA 5DW1A 5BT3A 5D0CA 4YK0A 2FSAA 5CQ5A 5G4RA 2R0VA 5FE0A 5ETDA 5FFVA 4NR4A 4O74A 5KU3A 4IOQA 4UITA 5II2A 4O75A 3HMEA 2NXBA 2R0YA 5EISA 4QC3A 5ENIA 5BT4A 4J1PA 3U5MA 2L84A 4CFKA 4QYDA 4YH3A 4ALGA 4O7EA 4QUUA 1ZS5A 4MR5A 4LYWA 4QC1A 5ENGA 3I3JA 5HQ5A 4A9IA 5F61A 4MENA 5EVAA 2RO1A 5FE7A 4Z6HA 1EQFA 3LQJA 5G4SA 5CU8A 4WHWA 3LQHA 5EPRA 5A5QA 3AQAA 4XY9A 5HFQA 3LQIA 2WP1A 4TT2A 5CUCA 5DYXA 3FKMX 5FG5A 5CPEA 5H1UA 5AD3A 3IU5A 4CFLA 5C87A 5C7NA 5LKXA 4BW2A 4XUBA 4Z1QA 5HFRA 4NRCA 5EP7A 3U5NA 4HBWA 5FDZA 5ACYA 5FE9A 4HXKA 3O36A 5HENA 3P1FA 5E9VA 5E74A 2N9GA 4CUUA 5EGUA 4TTEA 3P1EA 4NYWA 3SVHA 4N3WA 4UIWA 4YAXA 5DW2A 5FBXA 5C4QA 4A9OA 3ZYUA 2DATA 5EA1A 4NS5A 5JI8A 4O71A 4XUAA 4UIXA 4CL9A 5A81A 4A9NA 2RNXA 4J0RA 4NR6A 5E9LA 2F6NA 4BJXA 2MJVB 3ONIA 4QSSA 4CLBA 3MULA 2L5EA 4WIVA 5F1HA 5A7CA 4OUFA 4GPJA 4TT4A 5F60A 4IR5A 5LJ0A 5FH8A 3IU6A 5KTWA 5FE4A 4NQMA 2R10A 4XYAA 4TT6A 2D82A 4UIVA 4NR8A 5LJ2A 4QR5A 5D24A 5CQ4A 5CRZA 4YABA 4NRAA 2YYNA 5A5RA 4NQNA 5I7XA 5CQ8A 5FG6A 5DFDA 3S91A 3JVLA 5EK9A 3UV4A 2RNYA 3G0JA 4TQNA 2DVVA 4YBMA 4HXLA 3U5OA 3UW9A 5D3PA 5I88A 4Y03A 5H85A 5HLSA 4J3IA 5HELA 4BW1A 4C67A 4NR7A 5HJCA 5A5OA 5D7XA 5LVRA 2L85A 3JVMA 3MB3A 5CQTA 4NUEA 5EPBA 5TCMA 3S92A 4UYDA 5LKUA 4LYSA 4MR6A 4TZ2A 3P1CA 4Q0NA 5CQ3A 4YATA 5JWMA 4ALHA 5FE8A 2YEKA 5FE2A 4UIZA 4NXJA 4NR9A 4C66A 4O72A 4TYLA 4YYDA 3UVYA 4QSRA 2YQDA 4ZC9A 4TU4A 4QSWA 5L8TA 3JVJA 2E7OA 5DYAA 4LRGA 4PCIA 5E0RA 2YDWA 4CURA 5DLXA 4KV1A 5I29A 5IGNA 5DY7A 4A9EA 5E3DA 5CUEA 5LKZA 5CY9A 5D3JA 5E7DA 2RFJA 4CUQA 4QZSA 3GG3A 5C89A 4QEUA 2I7KA 2RI7A 4HXOA 4X2IA 4MR4A 5I80A 4HXNA 5FG4A 5HRXA 5AD2A 5ENBA 5TB6A 3UVXA 5D26A 3MXFA 5D3HA 4YYNA 5CQ6A 5I86A 4O7AA 4YADA 4BW3A 5ENCA 4IR4A 5CFWA 4MR3A 5I7YA 2DKWA 5LVQA 4UIYA 2WP2A 2YEMA 5E3GA 4IR6A 5COIA 5EPSA 5FFWA 3P1DA 5CS8A 2DWWA 4KV4A 4CUSA 5EICA 5LUUA 1F68A 4O7CA 5CUBA 5A85A 4LC2A 4TS8A 3SVFA 4MEPA 5I83A 4PCEA 4NUDA 4HBYA 4QBMA 5DFCA 2OSSA 5A5PA 4A9LA 5ETBA 4KCXA 3O34A 5HRVA 4QUTA 4QY4A 5EWCA 4NRBA 4O7BA 4N4HA 4NUCA 3K2JA 4YBTA 5DX4A 3U5LA 5CUDA 5DFBA 3O35A 4E96A 5IGLA 1N72A 5EV9A 4YYKA 1E6IA 4HXSA 5FE6A 4QSTA 5IBNA 4BHWA 5CZGA 5E9MA 5L99A 4OGIA 5D3RA 5C85A 4IORA 4NYVA 5E73A 3MB4A 3JVKA 4QSUA 4J0SA 5H1VA 3TLPA 4O70A 3QZSA 4HXPA 1X0JA 4RVRA 2DVQA 4TZ8A 4HXRA 4LZSA 5IIDA 4LDFA 4MEQA 4CUPA 5F3AA 5HRWA 5FFYA 5HM0A 2R0SA 4YYMA 5F1LA 5DKHA 4QSXA 4OGJA 4UYEA 5HQ6A 4QEWA 5E9YA 4Z93A 4QNSA 3UV2A 3U5JA 3LXJA 3HMFA 4YYGA 3UV5A 5EWHA 5FE1A 4PS5A 4YH4A 4PTBA 2KTBB 5CGPA 5EQ1A 3G0LA 3DWYA 5DLZA 4Z6IA 4A9JA 4ZW1A 4NR5A 4QR3A 2H60A 5L98A 5F62A 3O37A 5D3NA 3UVDA 5F63A 5DYCA 5CQAA 3MQMA 5L97A 4BW4A 5EWWA 4N4IA 4LZRA 5A5SA 4LYIA 5D3LA 3LJWA 2RS9B 3UVWA 4A9MA 4Z1SA 4O76A 5CP5A 5A82A 2LSPB 4TU6A 2OO1A 5CUGA 5L96A 4IR3A 5I40A 5D3TA 5D3SA 2G4AA 5C8GA 3Q2EA 5A83A 5I89A 5FB1A 5FH6A 4UYGA 4XY8A 4PY6A 5DKCA 5EWVA 3U5PA 5E9IA 5E9KA 4YC9A 4CUTA 4YYIA 4QSQA 5DYUA 3Q2FA 4YBSA 5FE5A 3QZVA 5EI4A 5IGMA 4UIUA 4A9HA 5K29A 5F5ZA 4PKLA 4QSVA 4QSPA 5H1TA 4YYHA 5A5NA 4UYFB 4DONA 5ENEA 3NXBA 5F25A 4F3IA 4QYLA 5DBMA 5KHMA 5EM3A 4HBVA 3DAIA 4N4FA 5ENFA 5DKDA 2DVSA 3SVGA 5J0DA 3MUKA 4QB3A 3QZTA 4LR6A 3P5OA 1JSPB 2GRCA 5CQ7A 3O33A 5ENJA 5II1A 4YY4A 5LKTA 2YW5A 4A9FA 5IGKA 2F6JA 4UYHA 4LZ2A 4Q0OA 4IOOA 4UYFA 5ENHA 5FH7A 4WHUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3U5KA 5HEMA 3AADA 5CUAA 4FLPA 3D1BA 4ZQLA 5EWDA 5I1QA 2D9EA 4HXMA 5FE3A 5CTLA 5AMEA 1JM4B 4A9KA 2YELA 4MEOA 5D25A 4YYJA 5AMFA 3ERRA 4QR4A 3HMHA 4AKIA 2E7NA 4O7FA 4O78A 4AKNA 5IG6A 2E3KA 4YY6A 4NYXA 5BT5A 5HQ7A 5KO4A 1WUGA 5LJ1A 1WUMA 5KTXA 2RNWA 4HBXA 4O77A 5FB0A 3RCWA 5L8UA 5CRMA 5EU1A 2OUOA 5KTUA 2DVRA 4QEVA 5F2PA 5F36A 2I8NA 5HCLA 3D7CA 4N4GA 5DW1A 5BT3A 5D0CA 4YK0A 2FSAA 5CQ5A 5G4RA 2R0VA 5FE0A 5ETDA 5FFVA 4NR4A 4O74A 5KU3A 4IOQA 4UITA 5II2A 4O75A 3HMEA 2NXBA 2R0YA 5EISA 4QC3A 5ENIA 5BT4A 4J1PA 3U5MA 2L84A 4CFKA 4QYDA 4YH3A 4ALGA 4O7EA 4QUUA 1ZS5A 4MR5A 4LYWA 4QC1A 5ENGA 3I3JA 5HQ5A 4A9IA 5F61A 4MENA 5EVAA 2RO1A 5FE7A 4Z6HA 1EQFA 3LQJA 5G4SA 5CU8A 4WHWA 3LQHA 5EPRA 5A5QA 3AQAA 4XY9A 5HFQA 4AKHA 3LQIA 2WP1A 4TT2A 5CUCA 5DYXA 3FKMX 5FG5A 5CPEA 5H1UA 5AD3A 3IU5A 4CFLA 5C87A 5C7NA 5LKXA 4BW2A 4XUBA 4Z1QA 5HFRA 4NRCA 5EP7A 3U5NA 4HBWA 5FDZA 5ACYA 5FE9A 4HXKA 3O36A 5HENA 3P1FA 5E9VA 5E74A 2N9GA 4CUUA 5EGUA 4TTEA 3P1EA 4NYWA 3SVHA 4N3WA 4UIWA 4YAXA 5DW2A 5FBXA 5C4QA 4A9OA 3ZYUA 2DATA 5EA1A 4NS5A 5JI8A 4O71A 4XUAA 4UIXA 4CL9A 5A81A 4A9NA 2RNXA 4J0RA 4NR6A 5E9LA 2F6NA 4BJXA 2MJVB 3ONIA 4QSSA 4CLBA 3MULA 2L5EA 4WIVA 5F1HA 5A7CA 4OUFA 4GPJA 4TT4A 5F60A 4IR5A 5LJ0A 5FH8A 3IU6A 5KTWA 5FE4A 4NQMA 2R10A 4XYAA 4TT6A 2D82A 4UIVA 4NR8A 5LJ2A 4QR5A 5D24A 5CQ4A 5CRZA 4YABA 4NRAA 2YYNA 5A5RA 4NQNA 5I7XA 5CQ8A 5FG6A 5DFDA 3S91A 3JVLA 5EK9A 3UV4A 2RNYA 3G0JA 4TQNA 2DVVA 4YBMA 4HXLA 3U5OA 3UW9A 5D3PA 4AKGA 5I88A 4Y03A 5H85A 5HLSA 3VKHA 4J3IA 5HELA 4BW1A 4C67A 4NR7A 5HJCA 5A5OA 5D7XA 5LVRA 2L85A 3JVMA 3MB3A 5CQTA 4NUEA 5EPBA 5TCMA 3S92A 4UYDA 5LKUA 4LYSA 4MR6A 4TZ2A 3P1CA 4Q0NA 5CQ3A 4YATA 5JWMA 4ALHA 5FE8A 2YEKA 5FE2A 4UIZA 4NXJA 4NR9A 4C66A 4O72A 4TYLA 4YYDA 3UVYA 4QSRA 2YQDA 4ZC9A 4TU4A 4QSWA 5L8TA 3JVJA 2E7OA 5DYAA 4LRGA 4PCIA 5E0RA 2YDWA 4CURA 5DLXA 4KV1A 5I29A 5IGNA 5DY7A 4A9EA 5E3DA 5CUEA 5LKZA 5CY9A 5D3JA 5E7DA 2RFJA 4CUQA 4QZSA 3GG3A 5C89A 4QEUA 2I7KA 2RI7A 4HXOA 4X2IA 4MR4A 5I80A 4HXNA 5FG4A 5HRXA 5AD2A 5ENBA 5TB6A 3UVXA 5D26A 3MXFA 5D3HA 4YYNA 5CQ6A 5I86A 4O7AA 4YADA 4BW3A 5ENCA 4IR4A 5CFWA 4MR3A 5I7YA 2DKWA 5LVQA 4UIYA 2WP2A 2YEMA 5E3GA 4IR6A 5COIA 5EPSA 5FFWA 3P1DA 5CS8A 2DWWA 4KV4A 4CUSA 5EICA 5LUUA 1F68A 4O7CA 5CUBA 5A85A 4LC2A 4TS8A 3SVFA 4MEPA 5I83A 4PCEA 4NUDA 4HBYA 4QBMA 5DFCA 2OSSA 5A5PA 4A9LA 1PUOA 5ETBA 4KCXA 3O34A 5HRVA 4QUTA 4QY4A 5EWCA 4NRBA 4O7BA 4N4HA 4NUCA 3K2JA 4YBTA 5DX4A 3U5LA 5CUDA 5DFBA 3O35A 4E96A 5IGLA 1N72A 5EV9A 4YYKA 1E6IA 4HXSA 5FE6A 4QSTA 2EJNA 5IBNA 4BHWA 5CZGA 5E9MA 5L99A 4OGIA 5D3RA 5C85A 4IORA 4NYVA 5E73A 3MB4A 3JVKA 4QSUA 4J0SA 5H1VA 3TLPA 4O70A 3QZSA 4HXPA 1X0JA 4RVRA 2DVQA 4TZ8A 4HXRA 4LZSA 5IIDA 4LDFA 4MEQA 4CUPA 5F3AA 5HRWA 5FFYA 5HM0A 2R0SA 4YYMA 5F1LA 5DKHA 4QSXA 4OGJA 4UYEA 5HQ6A 4QEWA 5E9YA 4Z93A 4QNSA 3UV2A 3U5JA 3LXJA 3HMFA 4YYGA 3UV5A 5EWHA 5FE1A 4PS5A 4YH4A 4PTBA 2KTBB 5CGPA 5EQ1A 3G0LA 3DWYA 5DLZA 4Z6IA 4A9JA 4ZW1A 4NR5A 4QR3A 2H60A 5L98A 5F62A 3VKGA 3O37A 5D3NA 3UVDA 5F63A 5DYCA 5CQAA 4AI6A 3MQMA 5L97A 4BW4A 5EWWA 4N4IA 4LZRA 5A5SA 4LYIA 5D3LA 3LJWA 2RS9B 3UVWA 4A9MA 4Z1SA 4O76A 5CP5A 5A82A 2LSPB 4TU6A 2OO1A 5CUGA 5L96A 4IR3A 5I40A 5D3TA 5D3SA 2G4AA 5C8GA 3Q2EA 5A83A 5I89A 5FB1A 5FH6A 4UYGA 4XY8A 4PY6A 5DKCA 5EWVA 3U5PA 5E9IA 5E9KA 4YC9A 4CUTA 4YYIA 4QSQA 5DYUA 3Q2FA 4YBSA 5FE5A 3QZVA 5EI4A 5IGMA 4UIUA 4A9HA 5K29A 5F5ZA 4PKLA 4QSVA 4QSPA 5H1TA 4YYHA 5A5NA 3D1DA 4UYFB 4DONA 5ENEA 3NXBA 5F25A 4F3IA 4QYLA 5DBMA 5KHMA 5EM3A 4HBVA 3DAIA 4N4FA 5ENFA 5DKDA 2DVSA 3SVGA 5J0DA 3MUKA 4QB3A 3QZTA 4LR6A 3P5OA 1ZKRA 1JSPB 2GRCA 5CQ7A 3O33A 5ENJA 5II1A 4YY4A 5LKTA 2YW5A 4A9FA 5IGKA 2F6JA 4UYHA 4LZ2A 4Q0OA 4IOOA 4UYFA 5ENHA 5FH7A 4WHUA
chains in the Genus database with same CATH topology
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