3U5JA

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with alprazolam
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein/inhibitor
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Benzodiazepines and benzotriazepines as protein interaction inhibitors targeting bromodomains of the BET family.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 44
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-10-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 3u5jA01
5A5OA 5DW1A 4PKLA 2FSAA 5HM0A 5FFVA 5EWVA 5DKHA 4IORA 2E7NA 5C7NA 4HBVA 5EPRA 4NYWA 4UIXA 3AADA 4A9EA 3IU6A 5LKTA 5IG6A 5BT4A 4Q0OA 5E9KA 4ALHA 2DVQA 1EQFA 2GRCA 5EPSA 5LJ0A 2OO1A 5DX4A 2H60A 3SVHA 1N72A 4TT6A 5ENFA 5TB6A 4IR5A 4Z93A 5HEMA 5F61A 3O35A 2L5EA 5CQ6A 4O7AA 5CUBA 2WP1A 5CQ8A 5EWHA 5HQ6A 5KHMA 2E7OA 5CUCA 3P5OA 5A5NA 4LZSA 4MR4A 3QZSA 4Z6HA 2RNWA 3P1DA 4QSUA 5EA1A 5D3HA 4NUCA 5A5RA 4IR4A 4NXJA 4OGJA 5DYXA 4YYNA 4WHWA 2E3KA 3U5MA 5FE2A 4BW2A 4YH4A 5HRWA 4HXSA 2I7KA 4O7CA 5F5ZA 5A5SA 4KV1A 4IR6A 3S91A 4J0RA 5D7XA 5IGMA 2KTBB 5F60A 5L99A 4ZQLA 5E7DA 5ETDA 5L96A 5AD2A 4J3IA 5E9VA 5CQ5A 4TZ2A 5CRZA 5LKZA 3G0JA 3SVFA 3GG3A 2NXBA 4QEWA 4FLPA 4UIVA 4QYDA 4A9JA 5HFQA 5JWMA 2F6NA 5CQTA 4O75A 5FE6A 4YK0A 5A5PA 4O76A 5CP5A 5D25A 5DFDA 5KTUA 4J0SA 5E9YA 4O74A 5IGKA 4O78A 2YW5A 4UYDA 5CQAA 5FB0A 4YADA 4QSWA 5E3DA 4QEVA 4A9NA 4F3IA 5H85A 5BT3A 4Z6IA 3U5JA 2RNYA 2YELA 5ACYA 2R10A 4KCXA 4PCIA 5F25A 5FE8A 5HCLA 5G4RA 4CUPA 4N3WA 4WHUA 3S92A 2D82A 5DFCA 4BHWA 4HBYA 5FE7A 4YYGA 4GPJA 5A85A 4BW3A 4UIZA 5I40A 3P1EA 4PY6A 4QB3A 4IOQA 5E9MA 4HXNA 4XYAA 4HXRA 4LZ2A 5HQ7A 2N9GA 4NUEA 5KU3A 4Y03A 5D3LA 4QR4A 3UV4A 5EVAA 3FKMX 4UYFB 5FFYA 5JI8A 4YC9A 4YABA 2DATA 1WUMA 5CQ3A 4C66A 5I7YA 3DAIA 5ENGA 5D3SA 5EWDA 4PCEA 5L8UA 4NYVA 4O7FA 5EISA 4NR7A 2R0SA 4TU4A 4PS5A 4O7EA 5C8GA 5FH6A 4O72A 5I86A 2DVVA 4HBWA 3U5NA 2DVSA 3MUKA 5IBNA 5DFBA 3O34A 4XUBA 4QZSA 5FE9A 3P1FA 4TS8A 4QSSA 5KTWA 4QY4A 5F1HA 5EPBA 5F36A 5CQ7A 5D0CA 5ENHA 5G4SA 5F62A 2YYNA 5LUUA 5FH8A 4AKNA 3LQJA 4UITA 4O70A 5F3AA 4CUQA 4YBMA 4A9MA 5IGLA 4MR6A 4A9IA 5EM3A 3MULA 4HXPA 3P1CA 4IOOA 5FH7A 3NXBA 3JVJA 4NRBA 5II1A 5E74A 5LKUA 2R0YA 5E9LA 4MR3A 2OUOA 1JSPB 3MB4A 5L98A 5E3GA 4XY9A 5DKCA 4MEOA 4Z1QA 4IR3A 4LDFA 3U5PA 5A82A 4YYMA 4N4GA 5FG4A 4TQNA 2RS9B 5CUDA 3HMFA 4NUDA 5ENBA 1ZS5A 3Q2EA 1F68A 3U5LA 4YATA 5EICA 4QR3A 5DLZA 4MENA 3LQIA 3QZVA 5E73A 3RCWA 4TTEA 5EWCA 3UVXA 5CY9A 4QC3A 3UW9A 4NR4A 3UV2A 4CFLA 4QR5A 5EP7A 5A83A 3UVWA 5AD3A 5FE5A 5ETBA 4MEQA 5K29A 4ZW1A 3JVMA 3UV5A 5C85A 4N4HA 4XY8A 3JVLA 3MB3A 5FFWA 5TCMA 5CUAA 4QC1A 5CUGA 5C4QA 5HRVA 4Q0NA 3LXJA 5L97A 4O71A 5CUEA 4LYSA 5KO4A 5EK9A 5F63A 3Q2FA 4HXKA 4OGIA 4A9KA 1JM4B 5FE1A 3O33A 5FDZA 4QUTA 5HQ5A 5A81A 4NQMA 4TZ8A 4YYDA 4HXOA 5D3NA 4NR8A 4NR5A 5D3RA 4QUUA 4TT4A 4NQNA 5ENIA 5CU8A 5FB1A 4UIWA 2DVRA 1WUGA 4LYIA 4C67A 5CRMA 4CUSA 2RFJA 4CUUA 4UIUA 5DYCA 4CLBA 5A5QA 4BJXA 5EWWA 5C87A 4CFKA 4O77A 5DY7A 4YBTA 3U5KA 4LC2A 5ENEA 4E96A 5FE4A 5H1TA 5DLXA 5FBXA 2D9EA 4HXMA 4LZRA 4UYHA 4NR9A 5IGNA 3O37A 2MJVB 3MQMA 4ZC9A 5EU1A 5EV9A 5I89A 1X0JA 5KTXA 5E0RA 5ENCA 5LJ2A 4QSPA 4X2IA 5AMEA 4UYEA 5CFWA 2L85A 5DKDA 4QEUA 4BW1A 4CUTA 5IIDA 5I80A 4LRGA 3LJWA 4A9LA 4QBMA 4QYLA 4CURA 4UIYA 5HRXA 5EQ1A 3DWYA 2WP2A 4YY4A 4A9OA 5HENA 4HBXA 5I88A 4UYFA 5A7CA 5I7XA 5I83A 4LR6A 4UYGA 5FE0A 5HFRA 5HLSA 5EI4A 2RI7A 3K2JA 3ONIA 3ZYUA 5LJ1A 4O7BA 5C89A 4BW4A 5EGUA 4YYJA 4NRCA 1E6IA 5COIA 4DONA 5D3PA 4QSRA 4NYXA 2R0VA 5CTLA 5CQ4A 3U5OA 5AMFA 5HJCA 3UVYA 3LQHA 5LVRA 5H1UA 4YYKA 3JVKA 3O36A 4LYWA 3HMEA 5LVQA 5I29A 4ALGA 5CPEA 5D3JA 5DYUA 5D24A 4CL9A 2DKWA 3G0LA 2LSPB 4N4IA 4A9HA 4YYHA 5II2A 5H1VA 3UVDA 5CS8A 4YY6A 4YYIA 3IU5A 3SVGA 2F6JA 4Z1SA 5FG5A 4A9FA 4YAXA 4TU6A 4QSXA 2I8NA 4WIVA 5ENJA 3I3JA 4QSQA 4QSTA 2L84A 4KV4A 3MXFA 4YH3A 4QNSA 5FG6A 4MEPA 4XUAA 5I1QA 5J0DA 4J1PA 5F2PA 5BT5A 3D7CA 3QZTA 5DYAA 4QSVA 4RVRA 5D3TA 4TYLA 4PTBA 4NRAA 4NS5A 2YEKA 4NR6A 2RNXA 2YEMA 5HELA 2YDWA 4N4FA 4OUFA 3AQAA 2G4AA 2OSSA 4YBSA 5D26A 2YQDA 5E9IA 5CZGA 5F1LA 4MR5A 3TLPA 2RO1A 5DBMA 5FE3A 5CGPA 5LKXA 2DWWA 3HMHA 5L8TA 4HXLA 4TT2A 5DW2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5A5OA 5DW1A 4PKLA 2FSAA 5HM0A 5FFVA 5EWVA 5DKHA 4IORA 2E7NA 5C7NA 4HBVA 5EPRA 2EJNA 4NYWA 4UIXA 3AADA 4A9EA 3IU6A 5LKTA 5IG6A 5BT4A 4Q0OA 5E9KA 4ALHA 2DVQA 1EQFA 2GRCA 5EPSA 5LJ0A 2OO1A 5DX4A 2H60A 3SVHA 1N72A 4TT6A 5ENFA 5TB6A 3D1DA 4IR5A 4Z93A 5HEMA 5F61A 3O35A 2L5EA 5CQ6A 4O7AA 5CUBA 2WP1A 5CQ8A 5EWHA 5HQ6A 5KHMA 2E7OA 5CUCA 3P5OA 5A5NA 4LZSA 4MR4A 3QZSA 4Z6HA 2RNWA 3P1DA 4QSUA 5EA1A 5D3HA 4NUCA 5A5RA 4IR4A 4NXJA 4OGJA 5DYXA 4YYNA 4WHWA 2E3KA 3U5MA 5FE2A 4BW2A 4YH4A 5HRWA 4HXSA 2I7KA 4O7CA 5F5ZA 5A5SA 4KV1A 4IR6A 3S91A 4J0RA 5D7XA 5IGMA 2KTBB 5F60A 5L99A 4ZQLA 5E7DA 5ETDA 5L96A 5AD2A 4AKIA 4J3IA 5E9VA 5CQ5A 4TZ2A 5CRZA 5LKZA 3G0JA 3SVFA 3GG3A 2NXBA 4QEWA 4FLPA 4UIVA 4QYDA 4A9JA 5HFQA 5JWMA 2F6NA 5CQTA 4O75A 5FE6A 4YK0A 5A5PA 4O76A 5CP5A 5D25A 5DFDA 5KTUA 4J0SA 5E9YA 4O74A 5IGKA 4O78A 2YW5A 4UYDA 5CQAA 5FB0A 4YADA 4QSWA 5E3DA 4QEVA 4A9NA 4F3IA 5H85A 5BT3A 4Z6IA 3U5JA 2RNYA 2YELA 5ACYA 2R10A 4KCXA 4PCIA 5F25A 5FE8A 5HCLA 5G4RA 4CUPA 4N3WA 4WHUA 3S92A 2D82A 5DFCA 4BHWA 4HBYA 5FE7A 4YYGA 4GPJA 5A85A 4BW3A 4UIZA 5I40A 3P1EA 4PY6A 4QB3A 4IOQA 5E9MA 4HXNA 4XYAA 4HXRA 4LZ2A 5HQ7A 2N9GA 4NUEA 5KU3A 4Y03A 5D3LA 4QR4A 3UV4A 5EVAA 3FKMX 4UYFB 5FFYA 5JI8A 4YC9A 4YABA 2DATA 1WUMA 5CQ3A 4C66A 5I7YA 3DAIA 5ENGA 5D3SA 5EWDA 4PCEA 5L8UA 4NYVA 4O7FA 1PUOA 5EISA 4NR7A 2R0SA 4TU4A 4PS5A 4O7EA 5C8GA 5FH6A 4O72A 5I86A 2DVVA 4HBWA 3U5NA 2DVSA 3MUKA 5IBNA 5DFBA 3O34A 4XUBA 4QZSA 5FE9A 3P1FA 4TS8A 4QSSA 5KTWA 4AKGA 4QY4A 5F1HA 5EPBA 5F36A 5CQ7A 5D0CA 5ENHA 5G4SA 5F62A 2YYNA 5LUUA 5FH8A 4AKNA 3LQJA 4UITA 4O70A 5F3AA 4CUQA 4YBMA 4A9MA 5IGLA 3ERRA 4MR6A 4A9IA 5EM3A 3MULA 4HXPA 3P1CA 4IOOA 3VKHA 5FH7A 3NXBA 3JVJA 4NRBA 5II1A 3D1BA 5E74A 5LKUA 2R0YA 5E9LA 4MR3A 3VKGA 2OUOA 1JSPB 3MB4A 5L98A 5E3GA 4XY9A 5DKCA 4MEOA 4Z1QA 4IR3A 4LDFA 3U5PA 5A82A 4YYMA 4N4GA 5FG4A 4TQNA 2RS9B 5CUDA 3HMFA 4NUDA 5ENBA 1ZS5A 3Q2EA 1F68A 3U5LA 4YATA 5EICA 4QR3A 5DLZA 4MENA 3LQIA 3QZVA 5E73A 3RCWA 4TTEA 5EWCA 3UVXA 5CY9A 4QC3A 3UW9A 4NR4A 3UV2A 4CFLA 4QR5A 5EP7A 5A83A 3UVWA 5AD3A 5FE5A 5ETBA 4MEQA 5K29A 4ZW1A 3JVMA 3UV5A 5C85A 4N4HA 4XY8A 3JVLA 3MB3A 5FFWA 5TCMA 5CUAA 4QC1A 5CUGA 5C4QA 5HRVA 4Q0NA 3LXJA 5L97A 4O71A 5CUEA 4LYSA 5KO4A 5EK9A 5F63A 3Q2FA 4HXKA 4OGIA 4A9KA 1JM4B 5FE1A 3O33A 5FDZA 4QUTA 5HQ5A 5A81A 4NQMA 4TZ8A 4YYDA 4HXOA 5D3NA 4NR8A 4NR5A 5D3RA 4QUUA 4TT4A 4NQNA 5ENIA 5CU8A 5FB1A 4UIWA 2DVRA 1WUGA 4LYIA 4C67A 5CRMA 4CUSA 2RFJA 4CUUA 4UIUA 5DYCA 4CLBA 5A5QA 4BJXA 5EWWA 5C87A 4CFKA 4O77A 1ZKRA 5DY7A 4YBTA 3U5KA 4LC2A 5ENEA 4E96A 5FE4A 5H1TA 5DLXA 5FBXA 2D9EA 4HXMA 4LZRA 4UYHA 4NR9A 5IGNA 3O37A 2MJVB 3MQMA 4ZC9A 5EU1A 5EV9A 5I89A 1X0JA 5KTXA 5E0RA 5ENCA 5LJ2A 4QSPA 4X2IA 5AMEA 4UYEA 5CFWA 2L85A 5DKDA 4QEUA 4BW1A 4CUTA 5IIDA 5I80A 4LRGA 3LJWA 4A9LA 4QBMA 4QYLA 4CURA 4UIYA 5HRXA 5EQ1A 3DWYA 2WP2A 4YY4A 4A9OA 5HENA 4HBXA 5I88A 4UYFA 5A7CA 5I7XA 5I83A 4LR6A 4UYGA 5FE0A 5HFRA 5HLSA 5EI4A 2RI7A 3K2JA 3ONIA 3ZYUA 5LJ1A 4O7BA 5C89A 4BW4A 5EGUA 4YYJA 4NRCA 1E6IA 5COIA 4DONA 5D3PA 4QSRA 4NYXA 2R0VA 5CTLA 5CQ4A 3U5OA 5AMFA 4AI6A 5HJCA 3UVYA 3LQHA 5LVRA 5H1UA 4YYKA 3JVKA 3O36A 4LYWA 3HMEA 5LVQA 5I29A 4ALGA 5CPEA 5D3JA 5DYUA 5D24A 4CL9A 2DKWA 3G0LA 2LSPB 4N4IA 4A9HA 4YYHA 5II2A 5H1VA 3UVDA 5CS8A 4YY6A 4YYIA 3IU5A 3SVGA 2F6JA 4Z1SA 5FG5A 4A9FA 4YAXA 4TU6A 4QSXA 2I8NA 4WIVA 5ENJA 3I3JA 4QSQA 4QSTA 2L84A 4KV4A 3MXFA 4YH3A 4QNSA 5FG6A 4MEPA 4XUAA 5I1QA 5J0DA 4J1PA 5F2PA 5BT5A 3D7CA 3QZTA 5DYAA 4QSVA 4RVRA 5D3TA 4TYLA 4PTBA 4NRAA 4NS5A 2YEKA 4NR6A 2RNXA 2YEMA 5HELA 2YDWA 4N4FA 4OUFA 3AQAA 2G4AA 2OSSA 4YBSA 5D26A 4AKHA 2YQDA 5E9IA 5CZGA 5F1LA 4MR5A 3TLPA 2RO1A 5DBMA 5FE3A 5CGPA 5LKXA 2DWWA 3HMHA 5L8TA 4HXLA 4TT2A 5DW2A
chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5A5O A;  5DW1 A;  4PKL A;  2FSA A;  5HM0 A;  5FFV A;  5EWV A;  5DKH A;  4IOR A;  2E7N A;  5C7N A;  4HBV A;  5EPR A;  4NYW A;  4UIX A;  3AAD A;  4A9E A;  3IU6 A;  5LKT A;  5IG6 A;  5BT4 A;  4Q0O A;  5E9K A;  4ALH A;  2DVQ A;  1EQF A;  2GRC A;  5EPS A;  5LJ0 A;  2OO1 A;  5DX4 A;  2H60 A;  3SVH A;  1N72 A;  4TT6 A;  5ENF A;  5TB6 A;  4IR5 A;  4Z93 A;  5HEM A;  5F61 A;  3O35 A;  2L5E A;  5CQ6 A;  4O7A A;  5CUB A;  2WP1 A;  5CQ8 A;  5EWH A;  5HQ6 A;  5KHM A;  2E7O A;  5CUC A;  3P5O A;  5A5N A;  4LZS A;  4MR4 A;  3QZS A;  4Z6H A;  2RNW A;  3P1D A;  4QSU A;  5EA1 A;  5D3H A;  4NUC A;  5A5R A;  4IR4 A;  4NXJ A;  4OGJ A;  5DYX A;  4YYN A;  4WHW A;  2E3K A;  3U5M A;  5FE2 A;  4BW2 A;  4YH4 A;  5HRW A;  4HXS A;  2I7K A;  4O7C A;  5F5Z A;  5A5S A;  4KV1 A;  4IR6 A;  3S91 A;  4J0R A;  5D7X A;  5IGM A;  2KTB B;  5F60 A;  5L99 A;  4ZQL A;  5E7D A;  5ETD A;  5L96 A;  5AD2 A;  4J3I A;  5E9V A;  5CQ5 A;  4TZ2 A;  5CRZ A;  5LKZ A;  3G0J A;  3SVF A;  3GG3 A;  2NXB A;  4QEW A;  4FLP A;  4UIV A;  4QYD A;  4A9J A; 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