4BW2A

The first bromodomain of human brd4 in complex with 3,5 dimethylisoxaxole ligand
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transcription
source organism Homo sapiens
publication title Naphthyridines as Novel Bet Family Bromodomain Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 4
total genus 44
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4bw2A01
5CP5A 4NRCA 4IR6A 4O7EA 5A85A 4TZ2A 5HELA 5E9LA 4NR5A 4XY9A 5CGPA 5L96A 2E3KA 4HBWA 4HXOA 5ETDA 3FKMX 4BW1A 2YEMA 5EP7A 5HRXA 4NR6A 5FE3A 4PY6A 3U5NA 5AMFA 2I7KA 3O37A 5CUBA 5ENGA 1JM4B 4O7AA 4QSPA 4NXJA 4QSUA 4UYHA 3SVGA 4QR5A 5F1HA 4ALHA 5D3RA 5I40A 2YELA 5EWWA 4PTBA 2L85A 3P5OA 4QC3A 4YYHA 4TZ8A 4HXRA 4QSQA 5EI4A 4GPJA 4KCXA 5I29A 5CQ5A 4N4HA 1E6IA 5II1A 5FE4A 4Q0NA 3QZVA 5LJ2A 4QUTA 3P1CA 4A9IA 4Z93A 5HENA 3P1FA 3Q2EA 5F3AA 4LZSA 5I7XA 4YYIA 3G0JA 2G4AA 4HXPA 4NRAA 4OGJA 5A83A 5C89A 2L84A 5HM0A 4MEPA 2GRCA 3MB3A 5L99A 5DKCA 3UV5A 4ALGA 4LYIA 4O7CA 4O77A 2RNXA 3NXBA 5EK9A 3TLPA 4N3WA 5HFRA 2F6JA 5EPBA 5LKZA 4LR6A 5DLZA 5DW2A 4PCEA 5ENBA 4XUAA 5A81A 5TB6A 5KO4A 4A9HA 3U5PA 5E7DA 5DKDA 5EVAA 2NXBA 3UVXA 5FG5A 1F68A 4QNSA 4UYFB 4O74A 4LDFA 5E3GA 4N4IA 4QSTA 5FE8A 5FFWA 3U5JA 4QSVA 4YH4A 4O75A 5I86A 5G4SA 5DYCA 4CUPA 4A9EA 5EU1A 4J0SA 4QR3A 5FE0A 3MB4A 3QZSA 5EV9A 2YW5A 5CZGA 5KTXA 5CFWA 4KV4A 4QYDA 4QZSA 5C7NA 3LXJA 4UIVA 3JVMA 5COIA 5FB0A 2WP2A 4LYWA 2H60A 4O7BA 3MXFA 5A82A 3HMEA 2OSSA 3LQJA 4QSWA 5CQTA 5A5SA 5ENHA 4QEVA 5LKTA 2E7NA 5HQ7A 5FB1A 3P1EA 4XUBA 5JWMA 4J0RA 5E3DA 5I80A 5A7CA 5HQ6A 4MR6A 3D7CA 5LVQA 5EPRA 4YY4A 4QEUA 5IGKA 1WUMA 5D3LA 4YBMA 4YH3A 4LC2A 4BW3A 4O70A 5FE5A 4LYSA 4HBVA 2DVRA 1EQFA 5D3JA 5FH8A 5H1VA 4UIXA 4CURA 4J3IA 4LZRA 4QSXA 4TU6A 5ENFA 4Z1SA 4N4GA 5ENJA 5C4QA 5EICA 5D26A 4UYGA 4NS5A 4FLPA 5IBNA 5A5OA 4Y03A 5CQAA 2N9GA 4NQMA 5CQ4A 5DKHA 3UV2A 5DYXA 5DYUA 5EISA 3S92A 3MQMA 4Q0OA 3AQAA 4IOOA 5CRZA 3HMFA 4CUSA 4BW4A 5E74A 5DY7A 5EM3A 5A5NA 5CQ8A 2R0YA 5ENIA 4NR9A 3ONIA 4QBMA 5CS8A 5EWHA 4N4FA 4A9FA 3UV4A 4IR5A 4UYFA 5F25A 4HBYA 5ACYA 2DVVA 5DW1A 5I83A 4QY4A 5JI8A 5HFQA 4IR3A 2RNYA 5D7XA 4RVRA 5DBMA 5AD2A 4F3IA 3GG3A 5BT3A 2R10A 2YYNA 4TT6A 4IOQA 5L8UA 5HQ5A 5HEMA 3DAIA 2OUOA 4YY6A 5FDZA 4A9NA 3S91A 5D3NA 5CQ6A 5FG4A 4BHWA 4A9MA 3IU6A 5F63A 5E9YA 4KV1A 4QR4A 3UVYA 4NYXA 5HRWA 5E9KA 4Z6HA 4Z1QA 5CUGA 3U5KA 4YYGA 4CUQA 5HJCA 2E7OA 5C85A 4ZC9A 5F1LA 2YQDA 4O72A 2KTBB 4QYLA 5I7YA 5FFYA 5FE2A 4NUCA 2DKWA 5ENCA 5FE1A 4HXKA 4YADA 5D0CA 5IIDA 5II2A 5KU3A 4UYEA 4PCIA 5LJ0A 5EA1A 4TT2A 4HXLA 4MR5A 5K29A 5D25A 5FG6A 4QC1A 5CUDA 3DWYA 4HXSA 2OO1A 2DATA 2LSPB 4O78A 4NR8A 1X0JA 5EGUA 4OUFA 5E73A 5LUUA 1N72A 4YC9A 5AMEA 5EWDA 4UIZA 5HCLA 5L98A 3O36A 3RCWA 3SVHA 5CU8A 5CPEA 3ZYUA 4X2IA 3G0LA 2MJVB 5A5QA 2DWWA 4YABA 4OGIA 4WHWA 3I3JA 2YEKA 4O7FA 2I8NA 5LKXA 3JVKA 4TQNA 5C87A 5IGNA 2D82A 4MEOA 4IORA 5L97A 5CUAA 5KTUA 3HMHA 1JSPB 4LRGA 1ZS5A 5DLXA 4QEWA 4PS5A 4DONA 3LQHA 5DFBA 2L5EA 5CQ7A 4NUEA 5ETBA 4NQNA 2WP1A 5HRVA 4YYNA 5DFDA 2R0VA 5CUEA 5EWCA 4WIVA 5H1UA 4UIUA 5F5ZA 5IG6A 5L8TA 5CQ3A 3AADA 5DYAA 4CUTA 2RI7A 4QUUA 3UW9A 5J0DA 3QZTA 2DVQA 3LQIA 3MUKA 4NYVA 4NR7A 3JVLA 3O33A 4CL9A 5LJ1A 2R0SA 4YYJA 5EPSA 4BJXA 5E9VA 4TT4A 5F60A 3U5OA 5G4RA 5D3SA 5HLSA 4HXNA 4UITA 5EQ1A 4PKLA 5FE9A 4MR3A 2RO1A 5FBXA 4NR4A 4MR4A 3U5LA 4YATA 3K2JA 3UVDA 4NUDA 3IU5A 3Q2FA 5A5PA 4XY8A 5LVRA 5BT4A 2RS9B 5F62A 5D3HA 5FH7A 3O34A 2RNWA 4UYDA 4Z6IA 4E96A 5IGLA 4YBSA 5D3PA 2RFJA 3LJWA 4ZW1A 2DVSA 4C67A 4QB3A 4UIWA 5AD3A 4NRBA 4XYAA 2D9EA 5E0RA 5F36A 5H1TA 4AKNA 5KTWA 5FH6A 4LZ2A 3UVWA 4CLBA 5CRMA 5LKUA 5CY9A 4O76A 4NYWA 4QSRA 5D24A 5KHMA 5F61A 4YK0A 4MEQA 4HXMA 5E9MA 4A9LA 5EWVA 3O35A 4UIYA 1WUGA 5IGMA 5DX4A 3MULA 5E9IA 4TS8A 5H85A 4YYKA 4A9JA 5C8GA 4TU4A 5I89A 5FFVA 4C66A 4O71A 5A5RA 4CFKA 4TYLA 4A9OA 4J1PA 4YYMA 4YAXA 5TCMA 4QSSA 5ENEA 5CTLA 3U5MA 3P1DA 4HBXA 4YYDA 5I1QA 5FE6A 2F6NA 4ZQLA 5DFCA 4CFLA 4CUUA 2FSAA 5D3TA 2YDWA 5BT5A 5FE7A 5CUCA 4TTEA 5F2PA 5I88A 4BW2A 4WHUA 4MENA 4YBTA 4IR4A 3JVJA 4A9KA 3SVFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5CP5A 4NRCA 4IR6A 4O7EA 5A85A 4TZ2A 5HELA 5E9LA 4NR5A 4XY9A 5CGPA 5L96A 2E3KA 4HBWA 4HXOA 5ETDA 3FKMX 4BW1A 2YEMA 5EP7A 5HRXA 4NR6A 5FE3A 4PY6A 3U5NA 5AMFA 2I7KA 3O37A 5CUBA 5ENGA 1JM4B 4O7AA 4QSPA 4NXJA 4QSUA 4UYHA 3SVGA 4QR5A 5F1HA 4ALHA 5D3RA 5I40A 2YELA 5EWWA 4PTBA 2L85A 3P5OA 4QC3A 4YYHA 4TZ8A 4HXRA 4QSQA 5EI4A 4GPJA 4KCXA 4AKIA 5I29A 5CQ5A 4N4HA 1E6IA 5II1A 5FE4A 4Q0NA 3QZVA 5LJ2A 4QUTA 3P1CA 4A9IA 4Z93A 5HENA 3P1FA 3Q2EA 5F3AA 4LZSA 5I7XA 4YYIA 3G0JA 2G4AA 4HXPA 4NRAA 4OGJA 5A83A 5C89A 2L84A 5HM0A 4MEPA 2GRCA 3MB3A 5L99A 5DKCA 3UV5A 4ALGA 4LYIA 4O7CA 4O77A 2RNXA 3NXBA 5EK9A 3TLPA 4N3WA 5HFRA 2F6JA 5EPBA 5LKZA 4LR6A 5DLZA 5DW2A 4PCEA 5ENBA 4XUAA 5A81A 5TB6A 5KO4A 4A9HA 3U5PA 5E7DA 5DKDA 5EVAA 2NXBA 3UVXA 5FG5A 1F68A 4QNSA 4UYFB 4O74A 4LDFA 5E3GA 4N4IA 4QSTA 5FE8A 5FFWA 3U5JA 4QSVA 4YH4A 4O75A 5I86A 5G4SA 5DYCA 4CUPA 4A9EA 5EU1A 4J0SA 4QR3A 5FE0A 3MB4A 3QZSA 5EV9A 2YW5A 5CZGA 5KTXA 5CFWA 4KV4A 4QYDA 4QZSA 5C7NA 3LXJA 4UIVA 3JVMA 5COIA 5FB0A 2WP2A 4LYWA 2H60A 4O7BA 3MXFA 5A82A 3HMEA 3ERRA 2OSSA 3LQJA 4QSWA 5CQTA 5A5SA 5ENHA 4QEVA 5LKTA 2E7NA 5HQ7A 5FB1A 3P1EA 4XUBA 5JWMA 4J0RA 5E3DA 5I80A 5A7CA 5HQ6A 4MR6A 3D7CA 5LVQA 5EPRA 4YY4A 4QEUA 5IGKA 1WUMA 5D3LA 4YBMA 4YH3A 4LC2A 4BW3A 4O70A 5FE5A 4LYSA 4HBVA 2DVRA 1EQFA 5D3JA 5FH8A 5H1VA 4UIXA 4CURA 4J3IA 4LZRA 4QSXA 4TU6A 5ENFA 4Z1SA 4N4GA 5ENJA 5C4QA 5EICA 5D26A 4UYGA 4NS5A 4FLPA 5IBNA 5A5OA 4Y03A 5CQAA 2N9GA 4NQMA 5CQ4A 5DKHA 3UV2A 5DYXA 5DYUA 5EISA 3S92A 1ZKRA 3MQMA 4Q0OA 3AQAA 4IOOA 5CRZA 3HMFA 4CUSA 4BW4A 5E74A 5DY7A 5EM3A 5A5NA 5CQ8A 2R0YA 5ENIA 4NR9A 3ONIA 4QBMA 5CS8A 5EWHA 4N4FA 4A9FA 3UV4A 4IR5A 4UYFA 5F25A 4HBYA 5ACYA 2DVVA 5DW1A 5I83A 4QY4A 5JI8A 5HFQA 4IR3A 2RNYA 5D7XA 4RVRA 5DBMA 5AD2A 4F3IA 3GG3A 5BT3A 2YYNA 2R10A 4TT6A 4AI6A 4IOQA 5L8UA 5HQ5A 5HEMA 3DAIA 2OUOA 4YY6A 5FDZA 4A9NA 3S91A 5D3NA 5CQ6A 5FG4A 4BHWA 4AKHA 4A9MA 3IU6A 5F63A 5E9YA 4KV1A 4QR4A 3UVYA 4NYXA 5HRWA 5E9KA 4Z6HA 4Z1QA 5CUGA 3U5KA 4YYGA 4CUQA 5HJCA 2E7OA 5C85A 4ZC9A 5F1LA 2YQDA 4O72A 2KTBB 4QYLA 5I7YA 5FFYA 5FE2A 4NUCA 2DKWA 5ENCA 5FE1A 4HXKA 4YADA 5D0CA 5IIDA 5II2A 5KU3A 4UYEA 4PCIA 5LJ0A 5EA1A 4TT2A 4HXLA 4MR5A 5K29A 5D25A 5FG6A 4QC1A 5CUDA 3DWYA 4HXSA 2OO1A 2DATA 2LSPB 4O78A 4NR8A 1X0JA 5EGUA 4OUFA 5E73A 5LUUA 1N72A 4YC9A 5AMEA 5EWDA 4UIZA 5HCLA 5L98A 3O36A 3RCWA 3SVHA 5CU8A 5CPEA 3ZYUA 4X2IA 3G0LA 2MJVB 5A5QA 2DWWA 4YABA 4OGIA 4WHWA 1PUOA 3I3JA 2YEKA 4O7FA 2I8NA 5LKXA 3JVKA 4TQNA 5C87A 5IGNA 2D82A 4MEOA 4IORA 4AKGA 5L97A 5CUAA 5KTUA 3HMHA 1JSPB 4LRGA 1ZS5A 5DLXA 4QEWA 4PS5A 4DONA 3LQHA 5DFBA 2L5EA 5CQ7A 4NUEA 5ETBA 4NQNA 2WP1A 5HRVA 4YYNA 5DFDA 2R0VA 5CUEA 5EWCA 4WIVA 5H1UA 4UIUA 5F5ZA 5IG6A 5L8TA 5CQ3A 3AADA 5DYAA 4CUTA 2RI7A 4QUUA 3UW9A 5J0DA 3QZTA 2DVQA 3LQIA 3MUKA 4NYVA 4NR7A 3JVLA 3O33A 4CL9A 5LJ1A 2R0SA 4YYJA 5EPSA 4BJXA 5E9VA 4TT4A 5F60A 3U5OA 5G4RA 5D3SA 5HLSA 4HXNA 4UITA 5EQ1A 4PKLA 3D1BA 5FE9A 4MR3A 2RO1A 5FBXA 4NR4A 4MR4A 3U5LA 4YATA 3K2JA 3UVDA 4NUDA 3IU5A 3Q2FA 5A5PA 4XY8A 5LVRA 5BT4A 2RS9B 5F62A 5D3HA 5FH7A 3O34A 2RNWA 4UYDA 4Z6IA 4E96A 5IGLA 4YBSA 5D3PA 2RFJA 3LJWA 4ZW1A 2DVSA 4C67A 4QB3A 4UIWA 5AD3A 4NRBA 4XYAA 2D9EA 5E0RA 5F36A 5H1TA 4AKNA 3D1DA 5KTWA 5FH6A 4LZ2A 3UVWA 4CLBA 5CRMA 5LKUA 5CY9A 4O76A 4NYWA 4QSRA 5D24A 5KHMA 5F61A 4YK0A 4MEQA 3VKGA 4HXMA 5E9MA 4A9LA 5EWVA 3O35A 4UIYA 2EJNA 1WUGA 5IGMA 5DX4A 3MULA 5E9IA 4TS8A 5H85A 4YYKA 4A9JA 5C8GA 4TU4A 5I89A 5FFVA 4C66A 4O71A 5A5RA 4CFKA 4TYLA 4A9OA 4J1PA 4YYMA 4YAXA 5TCMA 4QSSA 5ENEA 5CTLA 3U5MA 3P1DA 4HBXA 4YYDA 5I1QA 5FE6A 2F6NA 4ZQLA 5DFCA 4CFLA 4CUUA 2FSAA 5D3TA 2YDWA 5BT5A 5FE7A 5CUCA 4TTEA 5F2PA 3VKHA 5I88A 4BW2A 4WHUA 4MENA 4YBTA 4IR4A 3JVJA 4A9KA 3SVFA
chains in the Genus database with same CATH topology
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