4BW3A

The first bromodomain of human brd4 in complex with 3,5 dimethylisoxaxole ligand
Total Genus 41

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
AH2 (96-100)TI1 (52-55)AH1 (61-76)TI2 (77-80)TI3 (89-92)TIV1 (88-91)TI4 (90-93)AH3 (107-116)TIV2 (101-104)3H1 (81-83)EMPTYAH4 (122-139)Updating...
connected with : NaN
publication title Naphthyridines as Novel Bet Family Bromodomain Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transcription
source organism Homo sapiens
molecule keywords BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 4
total genus 41
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4bw3A01
5I80A 5K29A 4UIYA 3UVWA 5DKHA 5F2PA 5FE5A 5D3SA 5IGMA 4J1PA 4Q0OA 5E74A 5EA1A 5CQ5A 5D3TA 2R10A 4CUQA 4LC2A 5TCMA 2D9EA 4FLPA 4HXOA 4NUCA 5A7CA 5CUGA 5F1LA 2RO1A 4NRBA 4CUSA 4HBYA 4UIUA 5CQ7A 5CPEA 5LUUA 5E9KA 3U5MA 4O7BA 4YYGA 5CQ4A 3UV4A 4BJXA 5L8UA 3P1FA 4QY4A 5ETDA 5JI8A 3AADA 4GPJA 4HXRA 4HBXA 5HENA 4CUPA 2YELA 4Y03A 4LRGA 5EWHA 4PY6A 4QSSA 4KV1A 5J0DA 1ZS5A 5FFVA 5AD3A 5A5NA 4A9NA 4NR4A 4QC3A 5E3GA 4PKLA 5DW1A 5I7YA 2R0SA 4IR6A 3HMEA 5LVRA 4UYFA 3JVJA 4KV4A 4CUUA 4LYSA 5A5SA 4PTBA 5HJCA 2DVSA 4LZ2A 5C7NA 5C8GA 5HRXA 4TU4A 5IIDA 4NUEA 4MR3A 5D3RA 2R0VA 3JVKA 4QUUA 3LQHA 5A85A 5KTXA 4NQNA 4NRAA 5CQ3A 4CFLA 5EU1A 5D3PA 5CS8A 5D3JA 4YAXA 4QEUA 5A5OA 3U5LA 3IU6A 4NR7A 5COIA 4CUTA 4QSVA 4MEPA 5FE1A 5F60A 4UIVA 2I8NA 5H1TA 5D3HA 5LKZA 4IORA 4TT2A 3UV2A 5L98A 5LVQA 3U5OA 4N3WA 3QZTA 4QR5A 5FE9A 4C67A 4UYHA 4QC1A 3O36A 4QSXA 5H85A 4BW1A 5CRMA 5AD2A 4HXPA 4CURA 4TQNA 4UYGA 2FSAA 5EPSA 3P1CA 5HRVA 5LJ1A 5HQ6A 4UITA 5LKUA 4NYVA 2L5EA 4XY9A 5D0CA 4A9KA 2NXBA 4HXMA 5F36A 5FB0A 5F3AA 4MR5A 4O7AA 2DWWA 4HXNA 3LJWA 2DATA 4Z6HA 5D26A 4HXSA 5ETBA 5C89A 5CTLA 3QZSA 4ALGA 4O7FA 5CFWA 4RVRA 4WHWA 5I83A 4LYIA 4J0RA 2R0YA 4IR3A 4J3IA 4A9IA 4IOOA 4O77A 5D7XA 4YBTA 1JSPB 4YC9A 5E3DA 3UVYA 4IOQA 4CL9A 5EVAA 3MULA 5IGNA 5E9MA 4O70A 5A83A 4NUDA 5EWWA 5CQAA 3AQAA 4YY4A 5H1UA 5F5ZA 4XUBA 4O75A 4O71A 5F61A 5F25A 2OSSA 5CU8A 5A81A 4WIVA 4PCEA 2H60A 5BT3A 3MUKA 5I88A 5FE2A 4QSUA 4QR4A 2L84A 3K2JA 4MEOA 5CUBA 4YYMA 4NXJA 3P1DA 4QB3A 5LJ2A 4O78A 4WHUA 5DX4A 4YATA 5KTWA 5FH7A 4YK0A 1EQFA 3U5KA 4A9JA 3D7CA 4A9EA 5HQ7A 3SVFA 4XUAA 2OO1A 5D24A 4UYFB 5A5PA 4YBSA 4QEVA 3O37A 5G4SA 4NR9A 2YEKA 5EWDA 3U5PA 2RNXA 5L8TA 5E9LA 5II2A 1E6IA 3NXBA 5LKTA 5I29A 5IBNA 4YYIA 2WP1A 4A9OA 4XY8A 4YH3A 3UVDA 4MENA 5HELA 2N9GA 3O33A 4CFKA 2DVRA 2RI7A 3SVGA 4QNSA 4QBMA 5BT5A 4TZ8A 4YYHA 2OUOA 5DLXA 5EQ1A 3G0LA 3HMFA 4AKNA 5G4RA 5L96A 5DFBA 5IGLA 5DKDA 4MEQA 3JVLA 5E9IA 3S91A 5ENHA 2KTBB 5DYCA 5ENGA 3UV5A 5CY9A 4N4IA 5EGUA 5FE4A 4N4FA 4IR5A 4DONA 3QZVA 5A82A 4E96A 4C66A 3ONIA 4NQMA 5CGPA 1N72A 5FG4A 3JVMA 5ENCA 2E3KA 5C4QA 4TZ2A 5FFYA 5CQ6A 3U5NA 5HEMA 3RCWA 4BW3A 2F6JA 5F63A 4YBMA 5EPBA 3Q2EA 4N4GA 4O76A 4NRCA 5CUDA 4QYLA 4HBWA 5AMEA 5F1HA 3I3JA 3G0JA 5ENJA 5E9YA 4YABA 2L85A 4UIZA 5EI4A 4TU6A 5CUAA 5FE3A 5FE0A 4PCIA 4N4HA 4F3IA 3Q2FA 5CUCA 5DYAA 2YQDA 3MB3A 3LQJA 4QYDA 5D25A 4MR6A 4UIXA 1JM4B 4HXKA 2WP2A 4YH4A 4A9FA 4TYLA 4A9HA 4Z1QA 4TS8A 5I86A 4ZW1A 5ENFA 2RNWA 5ENIA 5A5RA 5DFDA 5EWVA 4UIWA 2DVVA 5HCLA 5KTUA 5I7XA 4ZC9A 5DY7A 5FG6A 4TTEA 4O74A 5E73A 2I7KA 2DVQA 4BW4A 1WUGA 4QSTA 5IGKA 3HMHA 4MR4A 5I89A 5TB6A 4LDFA 3IU5A 4PS5A 5FH6A 4Z1SA 5DLZA 5HQ5A 5ACYA 4LR6A 5CQTA 4X2IA 2E7OA 3U5JA 4BHWA 5EPRA 5ENBA 2DKWA 4QSPA 5EK9A 5II1A 5HRWA 4ZQLA 5LKXA 5F62A 4UYEA 4A9MA 5BT4A 2G4AA 5HM0A 4BW2A 4LZSA 4YYJA 5HLSA 3SVHA 4YADA 4YYKA 3UW9A 2RNYA 4NR6A 2MJVB 4J0SA 5KHMA 5CZGA 2YEMA 4YYDA 5C85A 4NYXA 2D82A 3DAIA 4XYAA 4O7EA 5ENEA 1WUMA 5AMFA 2E7NA 5EM3A 5EWCA 3O35A 5KO4A 5FB1A 5L99A 4NYWA 5CP5A 5DW2A 3S92A 4QUTA 3ZYUA 4QZSA 3LXJA 2F6NA 4QSWA 4A9LA 1F68A 4O72A 4QSRA 5D3LA 2RFJA 3MXFA 4LZRA 5HFRA 3DWYA 5EP7A 3TLPA 5IG6A 5E9VA 4HXLA 5E7DA 5DFCA 5FBXA 2RS9B 5I1QA 4O7CA 5FE8A 4LYWA 5A5QA 3UVXA 5FE6A 4NR5A 5D3NA 5FG5A 4TT6A 3GG3A 3LQIA 5L97A 5FH8A 5H1VA 5DKCA 4YY6A 3MB4A 5EV9A 3FKMX 2YYNA 4OGJA 4Q0NA 2LSPB 5FDZA 2YDWA 4NR8A 4UYDA 4OUFA 4OGIA 4HBVA 5DYUA 5C87A 5DYXA 4QEWA 5CQ8A 3P5OA 5DBMA 5EISA 2GRCA 4KCXA 5HFQA 5CUEA 2YW5A 4QR3A 3P1EA 4QSQA 5I40A 5JWMA 3MQMA 3O34A 4TT4A 4CLBA 4ALHA 4YYNA 1X0JA 5FE7A 5EICA 4NS5A 5KU3A 5LJ0A 4Z93A 5E0RA 4Z6IA 5FFWA 4IR4A 5CRZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5I80A 5K29A 4UIYA 3UVWA 5DKHA 5F2PA 5FE5A 5D3SA 5IGMA 4J1PA 4Q0OA 5E74A 5EA1A 4AKIA 5CQ5A 5D3TA 2R10A 4CUQA 4LC2A 5TCMA 2D9EA 4FLPA 4HXOA 4NUCA 5A7CA 5CUGA 5F1LA 2RO1A 4NRBA 4CUSA 4HBYA 4UIUA 5CQ7A 5CPEA 5LUUA 5E9KA 3U5MA 4O7BA 4YYGA 5CQ4A 3UV4A 4BJXA 5L8UA 3P1FA 4QY4A 5ETDA 5JI8A 3AADA 4GPJA 4HXRA 4HBXA 5HENA 4CUPA 2YELA 4Y03A 4LRGA 5EWHA 4PY6A 4QSSA 4KV1A 5J0DA 1ZS5A 5FFVA 5AD3A 5A5NA 4A9NA 4NR4A 4QC3A 5E3GA 4PKLA 5DW1A 5I7YA 2R0SA 4IR6A 3HMEA 5LVRA 4UYFA 3JVJA 4KV4A 4CUUA 4LYSA 5A5SA 4PTBA 5HJCA 2DVSA 4LZ2A 5C7NA 5C8GA 5HRXA 4TU4A 5IIDA 4NUEA 4MR3A 5D3RA 2R0VA 3JVKA 4QUUA 3LQHA 5A85A 5KTXA 3D1BA 4NQNA 4NRAA 5CQ3A 4CFLA 5EU1A 5D3PA 5CS8A 5D3JA 4YAXA 4QEUA 5A5OA 3U5LA 3IU6A 4NR7A 5COIA 4CUTA 4QSVA 4MEPA 5FE1A 5F60A 4UIVA 2I8NA 5H1TA 5D3HA 5LKZA 4IORA 4TT2A 3UV2A 5L98A 5LVQA 3U5OA 4N3WA 3QZTA 4QR5A 5FE9A 4C67A 4UYHA 4QC1A 3O36A 4QSXA 5H85A 4BW1A 5CRMA 5AD2A 4HXPA 4CURA 4TQNA 4UYGA 2FSAA 5EPSA 3P1CA 5HRVA 5LJ1A 5HQ6A 4UITA 5LKUA 3ERRA 2L5EA 4NYVA 4XY9A 5D0CA 4A9KA 2NXBA 4HXMA 5F36A 5FB0A 5F3AA 4MR5A 4O7AA 2DWWA 4HXNA 3LJWA 2DATA 4Z6HA 5D26A 4HXSA 5ETBA 5C89A 5CTLA 3QZSA 4ALGA 4O7FA 5CFWA 4RVRA 4WHWA 5I83A 4LYIA 4J0RA 2R0YA 4IR3A 4J3IA 4A9IA 4IOOA 4O77A 5D7XA 4AI6A 4YBTA 1JSPB 4YC9A 5E3DA 3UVYA 4IOQA 4CL9A 5EVAA 3MULA 5IGNA 5E9MA 4O70A 5A83A 4NUDA 5EWWA 5CQAA 3AQAA 4YY4A 5H1UA 5F5ZA 4XUBA 4O75A 4O71A 5F61A 5F25A 2OSSA 5CU8A 5A81A 4WIVA 4PCEA 2H60A 5BT3A 3MUKA 5I88A 5FE2A 4QSUA 4AKGA 1ZKRA 4QR4A 2L84A 3K2JA 4MEOA 5CUBA 4YYMA 4NXJA 3P1DA 4QB3A 5LJ2A 4O78A 4WHUA 5DX4A 4YATA 5KTWA 5FH7A 4YK0A 1EQFA 3U5KA 4A9JA 3D7CA 4A9EA 3VKHA 5HQ7A 3SVFA 4XUAA 2OO1A 5D24A 4UYFB 5A5PA 4YBSA 4QEVA 3O37A 5G4SA 4NR9A 2YEKA 5EWDA 3U5PA 2RNXA 5L8TA 5E9LA 5II2A 1E6IA 3NXBA 5LKTA 5I29A 5IBNA 4YYIA 2WP1A 4A9OA 4XY8A 4YH3A 3UVDA 4MENA 5HELA 2N9GA 3O33A 4CFKA 2DVRA 2RI7A 3SVGA 4QNSA 4QBMA 5BT5A 4TZ8A 4YYHA 2OUOA 5DLXA 5EQ1A 3G0LA 3HMFA 4AKNA 5G4RA 5L96A 5DFBA 5IGLA 5DKDA 4MEQA 3JVLA 5E9IA 3S91A 5ENHA 2KTBB 5DYCA 5ENGA 3UV5A 5CY9A 4N4IA 5EGUA 5FE4A 4N4FA 4IR5A 4DONA 3QZVA 5A82A 4E96A 4C66A 3ONIA 4NQMA 5CGPA 1N72A 5FG4A 3JVMA 5ENCA 2E3KA 5C4QA 4TZ2A 5FFYA 5CQ6A 3U5NA 5HEMA 3RCWA 4BW3A 2F6JA 5F63A 4YBMA 5EPBA 3Q2EA 4N4GA 4O76A 4NRCA 5CUDA 4QYLA 4HBWA 5AMEA 5F1HA 3I3JA 3G0JA 5ENJA 5E9YA 4YABA 2L85A 4UIZA 5EI4A 4TU6A 5CUAA 5FE3A 5FE0A 4PCIA 4N4HA 4F3IA 3Q2FA 5CUCA 2EJNA 5DYAA 2YQDA 3MB3A 3LQJA 4QYDA 5D25A 4MR6A 4UIXA 1JM4B 4HXKA 2WP2A 4YH4A 4A9FA 4TYLA 4A9HA 4Z1QA 4TS8A 5I86A 4ZW1A 5ENFA 2RNWA 5ENIA 5A5RA 5DFDA 5EWVA 4UIWA 3D1DA 2DVVA 5HCLA 5KTUA 5I7XA 4ZC9A 5DY7A 5FG6A 4TTEA 4O74A 5E73A 2I7KA 2DVQA 4BW4A 1WUGA 4QSTA 5IGKA 3HMHA 4MR4A 5I89A 5TB6A 4LDFA 3IU5A 4PS5A 5FH6A 4Z1SA 5DLZA 5HQ5A 5ACYA 4LR6A 5CQTA 4X2IA 2E7OA 3U5JA 4BHWA 5EPRA 5ENBA 2DKWA 4QSPA 5EK9A 5II1A 5HRWA 4ZQLA 5LKXA 5F62A 4UYEA 4A9MA 5BT4A 2G4AA 5HM0A 4BW2A 4LZSA 4YYJA 5HLSA 3SVHA 4YADA 4YYKA 3UW9A 2RNYA 4NR6A 2MJVB 4J0SA 5KHMA 4AKHA 5CZGA 2YEMA 4YYDA 5C85A 4NYXA 2D82A 3DAIA 4XYAA 4O7EA 5ENEA 1WUMA 5AMFA 2E7NA 5EM3A 5EWCA 3O35A 5KO4A 5FB1A 5L99A 4NYWA 5CP5A 5DW2A 3S92A 4QUTA 3ZYUA 4QZSA 3LXJA 2F6NA 4QSWA 4A9LA 1F68A 4O72A 4QSRA 5D3LA 2RFJA 3MXFA 4LZRA 5HFRA 3DWYA 5EP7A 3TLPA 5IG6A 5E9VA 4HXLA 5E7DA 5DFCA 5FBXA 2RS9B 5I1QA 4O7CA 5FE8A 4LYWA 5A5QA 3UVXA 5FE6A 4NR5A 5D3NA 5FG5A 4TT6A 3GG3A 3LQIA 5L97A 5FH8A 5H1VA 5DKCA 4YY6A 3MB4A 5EV9A 3FKMX 2YYNA 4OGJA 4Q0NA 2LSPB 5FDZA 2YDWA 4NR8A 4UYDA 4OUFA 4OGIA 4HBVA 5DYUA 5C87A 5DYXA 4QEWA 5CQ8A 3P5OA 5DBMA 5EISA 2GRCA 4KCXA 5HFQA 3VKGA 5CUEA 2YW5A 4QR3A 3P1EA 4QSQA 5I40A 5JWMA 3MQMA 3O34A 4TT4A 4CLBA 4ALHA 4YYNA 1X0JA 5FE7A 5EICA 4NS5A 5KU3A 5LJ0A 4Z93A 5E0RA 4Z6IA 5FFWA 4IR4A 1PUOA 5CRZA
chains in the Genus database with same CATH topology
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