4E96A

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with the inhibitor pfi-1
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
124
structure length
124
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Identification of a chemical probe for bromo and extra C-terminal bromodomain inhibition through optimization of a fragment-derived hit.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
molecule tags Protein binding/inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 43
structure length 124
sequence length 124
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4e96A01
4QEVA 1WUGA 4TTEA 5E9LA 4YYGA 2D82A 2YELA 5F25A 5LJ0A 4MEQA 2RNWA 3O36A 4F3IA 4ZW1A 5EA1A 5EISA 1EQFA 5COIA 3AADA 3I3JA 5H1VA 5EPBA 5L99A 4NR4A 4UIWA 5EICA 4J1PA 4TYLA 3MB3A 5DYUA 3MXFA 3O34A 4KV4A 4NR5A 4UYDA 5HRVA 5A83A 4CUPA 1JM4B 5LKTA 5II2A 3O33A 4CUTA 4O75A 4KCXA 5IGNA 2RS9B 4GPJA 4CUQA 4NR8A 4CURA 5F61A 3LJWA 4LYWA 1N72A 5A81A 5G4RA 5FDZA 4PCIA 2OSSA 4CLBA 5CTLA 5FG4A 5EWHA 3UV4A 4QEWA 5I83A 4YADA 4YABA 4NUEA 4NYVA 5EP7A 4YYNA 4A9KA 4YBTA 5FH6A 5L96A 5ETDA 2E3KA 2YW5A 5CQ8A 2DVSA 4E96A 5FE3A 4J0RA 5F36A 4HXPA 4BJXA 5KTWA 5ENGA 5CU8A 4YH3A 4A9HA 3RCWA 2RO1A 4BW2A 5FE9A 5CZGA 2R10A 5LJ2A 2DVRA 4YH4A 4Z1QA 4HBVA 4WHUA 5CQ5A 5I7XA 5DYXA 2DWWA 4QYLA 4TU6A 5HQ6A 4QR5A 5I1QA 5DKCA 3JVMA 5E9IA 5LVRA 5FE7A 4HXRA 3UV5A 2I7KA 4BHWA 4CFKA 5F1LA 5E9KA 5LKXA 5CQ4A 4TZ2A 3LQHA 3U5PA 5CQ3A 5D3NA 2DKWA 3O37A 4Z1SA 4O7EA 4NRAA 1X0JA 5DYAA 3NXBA 5A5NA 4QZSA 2G4AA 5G4SA 3UW9A 4PY6A 2L84A 4UYHA 3S91A 4TZ8A 4Q0NA 4N4GA 5IIDA 4NR6A 4QSWA 5F3AA 3UVXA 5AMFA 5CRMA 5I40A 4XYAA 4QSSA 4O76A 5EVAA 5EU1A 5HQ7A 4TT2A 4Q0OA 5D26A 5A5SA 2NXBA 4RVRA 3QZSA 5H85A 4C66A 2KTBB 2OO1A 2FSAA 5H1UA 5EWDA 3AQAA 5ENFA 4UIUA 4A9OA 5EPRA 4HXKA 3HMHA 4QR3A 4NQMA 4QSPA 5DFDA 4QB3A 3U5LA 5BT3A 5A5RA 4LZRA 4MR3A 4YATA 4N4FA 3MUKA 5FFVA 5FE5A 5FE1A 5DX4A 4QEUA 4MR5A 5CUCA 3U5NA 5D7XA 4YYIA 4NS5A 2MJVB 4TT6A 2YDWA 5CY9A 5ENHA 5CUDA 4TS8A 5FE4A 5LKUA 4ALHA 5EWWA 4QC3A 5EV9A 4MEOA 4MENA 3U5KA 5J0DA 5CPEA 5ETBA 4C67A 5DYCA 5EPSA 4XY8A 5AD2A 4UITA 5EWVA 5FG5A 5L97A 5I80A 3G0JA 4PKLA 5HEMA 4HBYA 5DBMA 4DONA 5FE8A 5DW2A 3LQJA 4O72A 5HENA 4LRGA 2RNYA 4NQNA 5DLZA 5EK9A 2OUOA 5JWMA 4YYJA 5FE2A 2DVQA 5I86A 2R0VA 4IR5A 5II1A 5A5QA 5FH8A 3Q2EA 5LUUA 5A5PA 5EM3A 5AD3A 4QBMA 4UYGA 4QR4A 4NR7A 3DAIA 4UIZA 4NR9A 4HXSA 3DWYA 5E0RA 2L85A 3O35A 3Q2FA 5LVQA 4QSXA 5FBXA 5FB1A 4QY4A 4LZ2A 2DATA 5BT5A 5FG6A 4CFLA 4QSRA 4TT4A 5D3HA 5E9MA 5KHMA 4ALGA 3ZYUA 5IGLA 4HXLA 5I88A 4Z93A 4UYFB 4UIVA 4A9LA 4PCEA 4Y03A 4YYMA 2YEKA 5FH7A 5ENJA 5KO4A 3D7CA 4MR4A 5E73A 4QSUA 3UVDA 3UV2A 5FB0A 4ZQLA 4O7CA 4HXNA 4HBWA 5CUEA 5D3JA 4LZSA 3QZTA 5FE6A 2N9GA 4A9FA 5JI8A 5HRXA 2RNXA 4YAXA 5LKZA 3U5JA 5DKHA 3U5MA 4QUTA 3FKMX 4LDFA 5I29A 5L8TA 4YYHA 5FFYA 1F68A 5F1HA 4O7AA 5CS8A 5F60A 3JVJA 5E3GA 5IG6A 4TQNA 4NXJA 4QSVA 5EGUA 5CQ6A 4LYIA 3IU6A 5EQ1A 5F2PA 4Z6IA 5CP5A 2YYNA 4A9EA 5ACYA 2E7OA 5C7NA 4BW3A 5HM0A 5ENCA 4N4HA 2YQDA 4LR6A 5D25A 2I8NA 5EI4A 5LJ1A 5K29A 5ENIA 5D3LA 5E7DA 5E9VA 4IR3A 5HFRA 5D3PA 4QSTA 4OUFA 4YC9A 3MQMA 4A9NA 4YK0A 4A9JA 5HJCA 4HXOA 5C8GA 2L5EA 2WP1A 2H60A 3JVKA 4NUDA 5HRWA 4TU4A 5E3DA 2GRCA 4NYWA 5KTUA 3TLPA 4YBMA 5C85A 5C4QA 3P5OA 5C87A 3HMFA 1ZS5A 4QUUA 3GG3A 5D3RA 5HCLA 4WHWA 3QZVA 3IU5A 4N3WA 5D3TA 4XUBA 2LSPB 4YYKA 3JVLA 5E9YA 1JSPB 4O77A 4QYDA 5CRZA 4WIVA 4BW4A 4OGJA 5CGPA 5I89A 3UVYA 4O70A 5I7YA 5D24A 2F6NA 2R0SA 5BT4A 4IR6A 5TCMA 3LQIA 3HMEA 4LC2A 4CUSA 3MB4A 4QSQA 4O7BA 5CQTA 5CUAA 4PTBA 4NRCA 4UYEA 4YY6A 1WUMA 3G0LA 4HXMA 4N4IA 4NYXA 2YEMA 4IOOA 5DY7A 4IOQA 5HFQA 4NUCA 4A9IA 4X2IA 4IORA 4UYFA 3SVGA 4PS5A 3P1EA 5CQ7A 4FLPA 3MULA 3SVHA 4BW1A 4MEPA 5CFWA 3UVWA 5KU3A 4O7FA 2WP2A 4QNSA 4J3IA 5CUBA 4O74A 3K2JA 4QC1A 5D3SA 4KV1A 4YBSA 5TB6A 3P1CA 5F5ZA 3LXJA 2RI7A 5E74A 4XUAA 2R0YA 5FE0A 5H1TA 4HBXA 4O71A 5CQAA 4A9MA 4OGIA 5D0CA 3P1FA 5DFCA 4YYDA 5AMEA 5KTXA 5IBNA 5A7CA 2RFJA 5FFWA 5DW1A 3P1DA 3U5OA 5A82A 4AKNA 5DLXA 5F63A 5IGMA 5A85A 5ENEA 4IR4A 4Z6HA 4LYSA 4ZC9A 4CL9A 2D9EA 3SVFA 5C89A 2F6JA 5DKDA 5EWCA 5IGKA 4XY9A 3S92A 5HQ5A 2E7NA 3ONIA 1E6IA 2DVVA 4J0SA 5CUGA 5L8UA 4UIXA 4UIYA 5HELA 5L98A 4MR6A 4CUUA 5DFBA 5ENBA 4NRBA 5HLSA 5A5OA 4O78A 4YY4A 5F62A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4QEVA 1WUGA 4TTEA 5E9LA 4YYGA 2D82A 2YELA 5F25A 5LJ0A 4MEQA 2RNWA 3O36A 4F3IA 4ZW1A 5EA1A 5EISA 1EQFA 5COIA 3AADA 3I3JA 5H1VA 5EPBA 5L99A 2EJNA 4NR4A 4UIWA 5EICA 4J1PA 4TYLA 3MB3A 5DYUA 3MXFA 3O34A 4KV4A 4NR5A 4UYDA 5HRVA 5A83A 4CUPA 1JM4B 5LKTA 5II2A 3O33A 4CUTA 4O75A 4KCXA 5IGNA 2RS9B 4GPJA 4CUQA 4NR8A 4CURA 5F61A 3LJWA 4LYWA 1N72A 5A81A 5G4RA 5FDZA 4PCIA 2OSSA 4CLBA 5CTLA 5FG4A 5EWHA 3UV4A 4QEWA 5I83A 4YADA 4YABA 4NUEA 4NYVA 5EP7A 4YYNA 4A9KA 4YBTA 5FH6A 5L96A 5ETDA 2YW5A 2E3KA 5CQ8A 2DVSA 4E96A 5FE3A 4J0RA 5F36A 4HXPA 4BJXA 5KTWA 5ENGA 5CU8A 4YH3A 4A9HA 3RCWA 2RO1A 4BW2A 5FE9A 5CZGA 2R10A 5LJ2A 2DVRA 4YH4A 4Z1QA 4HBVA 4WHUA 5CQ5A 5I7XA 5DYXA 2DWWA 4QYLA 4TU6A 5HQ6A 4QR5A 5I1QA 5DKCA 3JVMA 5E9IA 5LVRA 5FE7A 4HXRA 3UV5A 2I7KA 4BHWA 4CFKA 5F1LA 5E9KA 5LKXA 5CQ4A 4AKGA 4TZ2A 3LQHA 3U5PA 5CQ3A 5D3NA 2DKWA 3O37A 4Z1SA 4O7EA 4NRAA 1X0JA 5DYAA 3NXBA 5A5NA 4QZSA 2G4AA 5G4SA 3UW9A 4PY6A 2L84A 4UYHA 3S91A 4TZ8A 4Q0NA 4N4GA 5IIDA 4NR6A 4QSWA 5F3AA 3UVXA 5AMFA 5CRMA 5I40A 4XYAA 4QSSA 4O76A 5EVAA 1PUOA 5EU1A 5HQ7A 4TT2A 4Q0OA 5D26A 5A5SA 2NXBA 4RVRA 3QZSA 5H85A 4C66A 2KTBB 4AKHA 4AI6A 2OO1A 2FSAA 5H1UA 5EWDA 3AQAA 5ENFA 4UIUA 4A9OA 5EPRA 4HXKA 3HMHA 4QR3A 4NQMA 4QSPA 5DFDA 4QB3A 3U5LA 5BT3A 5A5RA 4LZRA 4MR3A 4YATA 4N4FA 3MUKA 5FFVA 5FE5A 5FE1A 5DX4A 4QEUA 4MR5A 5CUCA 3U5NA 5D7XA 4YYIA 4NS5A 2MJVB 4TT6A 2YDWA 5CY9A 5ENHA 5CUDA 4TS8A 5FE4A 5LKUA 4ALHA 5EWWA 4QC3A 5EV9A 4MEOA 4MENA 3U5KA 5J0DA 5CPEA 5ETBA 4C67A 5DYCA 5EPSA 4XY8A 5AD2A 4UITA 5EWVA 5FG5A 5L97A 5I80A 3G0JA 4PKLA 5HEMA 4HBYA 5DBMA 4DONA 5FE8A 5DW2A 3LQJA 4O72A 5HENA 4LRGA 2RNYA 4NQNA 5DLZA 5EK9A 2OUOA 5JWMA 4YYJA 5FE2A 2DVQA 5I86A 2R0VA 4IR5A 5II1A 5A5QA 5FH8A 3Q2EA 5LUUA 5A5PA 5EM3A 5AD3A 4QBMA 4UYGA 4QR4A 4NR7A 3DAIA 4UIZA 4NR9A 4HXSA 3DWYA 5E0RA 2L85A 3O35A 3Q2FA 5LVQA 4QSXA 5FBXA 5FB1A 4QY4A 4LZ2A 2DATA 5BT5A 5FG6A 4CFLA 4QSRA 4TT4A 5D3HA 5E9MA 5KHMA 4ALGA 3ZYUA 5IGLA 4HXLA 5I88A 4Z93A 4UYFB 4UIVA 4A9LA 4PCEA 4Y03A 4YYMA 2YEKA 5FH7A 5ENJA 5KO4A 3ERRA 3D7CA 4MR4A 5E73A 4QSUA 3UVDA 3UV2A 5FB0A 4ZQLA 4O7CA 4HXNA 3VKGA 4HBWA 5CUEA 5D3JA 4LZSA 3QZTA 5FE6A 2N9GA 4A9FA 5JI8A 5HRXA 2RNXA 4YAXA 5LKZA 3U5JA 5DKHA 3U5MA 4QUTA 3FKMX 4LDFA 5I29A 5L8TA 4YYHA 5FFYA 3D1DA 1F68A 5F1HA 4O7AA 5CS8A 5F60A 3JVJA 5E3GA 5IG6A 4TQNA 4NXJA 4QSVA 5EGUA 5CQ6A 4LYIA 3IU6A 5EQ1A 5F2PA 4Z6IA 5CP5A 2YYNA 4A9EA 5ACYA 2E7OA 5C7NA 4BW3A 5HM0A 5ENCA 4N4HA 2YQDA 4LR6A 5D25A 2I8NA 5EI4A 5LJ1A 5K29A 5ENIA 5D3LA 5E7DA 5E9VA 4IR3A 5HFRA 5D3PA 4QSTA 4OUFA 4YC9A 3MQMA 4A9NA 4YK0A 4A9JA 5HJCA 4HXOA 5C8GA 2L5EA 2WP1A 2H60A 3JVKA 4NUDA 5HRWA 4TU4A 5E3DA 2GRCA 4NYWA 5KTUA 3TLPA 4YBMA 5C85A 5C4QA 3P5OA 5C87A 3HMFA 1ZS5A 4QUUA 3GG3A 5D3RA 5HCLA 4WHWA 3QZVA 3IU5A 4N3WA 4AKIA 5D3TA 4XUBA 2LSPB 4YYKA 3JVLA 5E9YA 1JSPB 4O77A 4QYDA 5CRZA 4WIVA 4BW4A 4OGJA 5CGPA 5I89A 3UVYA 4O70A 5I7YA 5D24A 2F6NA 2R0SA 5BT4A 3D1BA 4IR6A 5TCMA 3LQIA 3HMEA 4LC2A 4CUSA 3MB4A 4QSQA 4O7BA 5CQTA 5CUAA 4PTBA 4NRCA 4UYEA 4YY6A 1WUMA 3G0LA 4HXMA 4N4IA 4NYXA 2YEMA 4IOOA 5DY7A 4IOQA 3VKHA 5HFQA 4NUCA 4A9IA 4X2IA 4IORA 4UYFA 3SVGA 4PS5A 3P1EA 5CQ7A 4FLPA 3MULA 3SVHA 4BW1A 4MEPA 5CFWA 3UVWA 5KU3A 4O7FA 2WP2A 4QNSA 4J3IA 5CUBA 4O74A 3K2JA 4QC1A 5D3SA 4KV1A 4YBSA 5TB6A 3P1CA 5F5ZA 3LXJA 2RI7A 5E74A 4XUAA 2R0YA 5FE0A 5H1TA 4HBXA 4O71A 5CQAA 4A9MA 4OGIA 5D0CA 3P1FA 5DFCA 4YYDA 5AMEA 5KTXA 5IBNA 5A7CA 2RFJA 5FFWA 5DW1A 3P1DA 3U5OA 5A82A 4AKNA 5DLXA 5F63A 5IGMA 5A85A 5ENEA 4IR4A 4Z6HA 4LYSA 4ZC9A 4CL9A 1ZKRA 2D9EA 3SVFA 5C89A 2F6JA 5DKDA 5EWCA 5IGKA 4XY9A 3S92A 5HQ5A 2E7NA 3ONIA 1E6IA 2DVVA 4J0SA 5CUGA 5L8UA 4UIXA 4UIYA 5HELA 5L98A 4MR6A 4CUUA 5DFBA 5ENBA 4NRBA 5HLSA 5A5OA 4O78A 4YY4A 5F62A
chains in the Genus database with same CATH topology
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