4GPJA

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with a isoxazolylbenzimidazole ligand
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title The design and synthesis of 5- and 6-isoxazolylbenzimidazoles as selective inhibitors of the BET Bromodomains
rcsb
molecule tags Protein binding/inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
total genus 45
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-08-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4gpjA01
4UITA 3UW9A 4HBYA 4MR6A 4YYHA 4LYWA 4NUDA 5ENBA 3U5LA 4YBSA 4QR4A 4UIXA 3MB4A 5D3PA 4BW1A 5C8GA 4QUUA 4NR4A 4GPJA 4ALHA 3AADA 3JVJA 5CRMA 3O35A 4QZSA 5CQ4A 3TLPA 5E9IA 4QSXA 4Z6HA 5CFWA 3IU6A 4O7FA 4LYSA 4C66A 4UIYA 1JSPB 5D3LA 2E3KA 4TT2A 5DFBA 4O7EA 5F61A 5LVRA 5HRWA 5FBXA 5ETBA 3HMHA 4QSRA 5F5ZA 3JVKA 3LQHA 4NRAA 2L85A 2WP1A 2RS9B 3P1FA 4NRBA 4UYFB 5CQ3A 5FE3A 4LRGA 4A9HA 4HBVA 5A85A 4UYEA 5DYXA 2DVRA 5A5NA 4UYHA 5A5RA 4MENA 5HQ7A 5EPRA 5CZGA 3QZTA 5IGKA 5LKZA 3LQJA 3O33A 5F1LA 5D3TA 5CUDA 2YEKA 5FE0A 2DVQA 4Q0OA 5HCLA 5HFRA 5CP5A 4QSPA 5AMFA 5ETDA 3ZYUA 5D0CA 2D9EA 3I3JA 4LZSA 2E7NA 4N4FA 5HENA 4YYIA 4NRCA 4NUCA 5A5QA 4NR7A 3JVMA 4BW3A 4O74A 3UVXA 5EQ1A 4HXPA 5IGNA 5CU8A 4KV4A 4KV1A 5BT5A 5DKDA 3K2JA 4HXKA 5FH8A 5L98A 5CQ6A 4YC9A 4O75A 3LJWA 4NR8A 3UVWA 4OGIA 5FE9A 5DX4A 4UIWA 4OGJA 4O78A 5ENCA 4FLPA 5E73A 5II1A 5L99A 5EISA 5FH6A 1N72A 5KTUA 5KO4A 2YQDA 5EI4A 4QEUA 5EM3A 5CY9A 5G4RA 4CUQA 5H1TA 4IOQA 4A9LA 4A9OA 4UYFA 3P1EA 3RCWA 4TZ8A 5CQ8A 3UV4A 4PCEA 5EP7A 5EGUA 2G4AA 4O7CA 4XYAA 4NYXA 2F6NA 2RFJA 5EWDA 4UYGA 3S91A 5LUUA 5EWCA 5D3HA 4N3WA 4IOOA 5F25A 5D25A 1E6IA 2H60A 4A9FA 4BHWA 5A82A 5CQ7A 4CLBA 2D82A 5EU1A 3UVYA 2I8NA 2R0YA 5CUBA 5AD2A 4YYMA 5DYAA 5A5SA 2YW5A 4Z6IA 3MB3A 2OO1A 3U5OA 5HRVA 4ZW1A 4YABA 4HXLA 2DVVA 4UYDA 4YK0A 5D7XA 4Y03A 5BT4A 3UVDA 4N4IA 4LC2A 4O76A 5FFVA 5FFYA 3LXJA 3S92A 5ENGA 4HBWA 2R0VA 5L97A 5H1UA 4ZC9A 3O34A 5A5OA 5F1HA 5KHMA 5HRXA 3IU5A 2L84A 4C67A 4YBMA 5KU3A 5LKUA 4PTBA 2L5EA 4UIVA 2I7KA 2YDWA 5LJ1A 2LSPB 5ENEA 5CGPA 3FKMX 5HQ5A 4QR5A 5HELA 1WUMA 2R10A 2RNXA 5FG6A 2F6JA 5EICA 4A9IA 4QSVA 5I80A 3Q2EA 3Q2FA 4O70A 5I88A 5HFQA 5IIDA 5I40A 5L96A 2N9GA 5E9LA 4QC1A 4QSUA 5FE4A 5FE5A 3QZSA 5EWHA 4QB3A 4J0SA 5DFDA 5IGLA 3U5JA 5EA1A 5I89A 5FG5A 5F36A 4TTEA 4CUTA 4CFLA 4QEWA 4E96A 5I7YA 4QY4A 4IR5A 5HEMA 4CL9A 4PCIA 2OSSA 4QSWA 2DVSA 2YELA 5F60A 5FE7A 5I1QA 4J3IA 5IGMA 4F3IA 4QC3A 4WIVA 5C87A 4NYWA 4QR3A 2FSAA 5DKCA 5EVAA 4AKNA 4BW4A 2RNYA 4PY6A 5DLXA 2WP2A 2E7OA 5FFWA 2YEMA 4TT6A 4HXNA 2RO1A 3MQMA 4YATA 5FE8A 5CQTA 5A81A 5I86A 5EPBA 4YH3A 5CS8A 2RI7A 4QUTA 4Q0NA 4NQNA 5ENJA 5I7XA 5E3DA 4YYNA 5JI8A 3O37A 5EPSA 4YY6A 4NR5A 5H1VA 4IR4A 4NXJA 5E3GA 3SVHA 3UV2A 4QEVA 4J0RA 4A9EA 4YAXA 5C4QA 3HMFA 4UIZA 4HXRA 4NS5A 5D24A 4WHWA 4DONA 4YYJA 1X0JA 4A9MA 5L8UA 5FDZA 4J1PA 3UV5A 5DLZA 5CUAA 5D3RA 4MR5A 5DY7A 4UIUA 5FB0A 4LZRA 4YBTA 5E9YA 5FE6A 5F3AA 4QYDA 4TYLA 5DFCA 2RNWA 4MR3A 3G0JA 4OUFA 3SVFA 4QSTA 4CURA 5L8TA 4BJXA 5CQAA 4O77A 4KCXA 5DW2A 3U5PA 5CPEA 4MEQA 5A7CA 4PS5A 5AD3A 5C89A 4ALGA 4WHUA 5C85A 4TT4A 5CRZA 5IG6A 3DAIA 5EWVA 4BW2A 2DKWA 4XUBA 5BT3A 5DYUA 5H85A 5E9MA 3JVLA 5A5PA 3U5KA 3D7CA 4RVRA 4IORA 4XUAA 5E7DA 3MXFA 4HBXA 3LQIA 5ENHA 1EQFA 4NUEA 5AMEA 2R0SA 4HXSA 4YADA 5EV9A 4CUPA 4QBMA 2GRCA 3G0LA 4PKLA 4A9JA 4HXOA 4IR6A 3MUKA 5CTLA 5FH7A 3QZVA 4A9NA 4N4GA 5TB6A 3SVGA 4TQNA 4MEPA 2NXBA 5IBNA 3GG3A 5FG4A 4YYGA 4TZ2A 5D3SA 5FE1A 5I83A 5LVQA 3P1CA 3NXBA 4O7BA 4MEOA 3U5MA 3AQAA 2MJVB 4O7AA 4LR6A 5CUEA 4QYLA 4A9KA 4N4HA 3P1DA 4NQMA 5E0RA 5CQ5A 4XY9A 5ENIA 2DWWA 4NR6A 5HLSA 5CUCA 5CUGA 5I29A 5KTXA 5LJ0A 5HM0A 5F62A 5FB1A 5C7NA 1ZS5A 5A83A 4X2IA 5E9VA 5E74A 5LJ2A 4MR4A 5II2A 5ACYA 5DBMA 5J0DA 3ONIA 4IR3A 4CUSA 3O36A 4O72A 4CFKA 4HXMA 4LYIA 4NR9A 5F2PA 5EK9A 4LDFA 5TCMA 4NYVA 2DATA 4Z1QA 4YYDA 3HMEA 3P5OA 4QNSA 1WUGA 4QSQA 4ZQLA 2OUOA 5LKTA 5E9KA 5DW1A 3MULA 4CUUA 5FE2A 5G4SA 4O71A 5D3JA 5EWWA 5LKXA 5K29A 4QSSA 5JWMA 4LZ2A 4Z93A 5COIA 4TS8A 4YH4A 4TU4A 4TU6A 4YYKA 1F68A 3DWYA 1JM4B 2YYNA 5ENFA 4Z1SA 5DKHA 5DYCA 2KTBB 5D3NA 5F63A 4YY4A 5D26A 5HJCA 4XY8A 5KTWA 3U5NA 5HQ6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ERRA 4UITA 3UW9A 4HBYA 4MR6A 4YYHA 4LYWA 4NUDA 5ENBA 3U5LA 4YBSA 4QR4A 4UIXA 3MB4A 5D3PA 4BW1A 5C8GA 4QUUA 4NR4A 4GPJA 4ALHA 3AADA 3JVJA 5CRMA 3O35A 4QZSA 5CQ4A 3TLPA 5E9IA 4QSXA 4Z6HA 5CFWA 3IU6A 4O7FA 4LYSA 4C66A 4UIYA 1JSPB 5D3LA 2E3KA 4TT2A 5DFBA 4O7EA 5F61A 5LVRA 5HRWA 3VKGA 5FBXA 5ETBA 3HMHA 4QSRA 5F5ZA 3JVKA 3LQHA 4NRAA 2L85A 2WP1A 2RS9B 3P1FA 4NRBA 4UYFB 5CQ3A 5FE3A 4LRGA 4A9HA 4HBVA 5A85A 4UYEA 5DYXA 2DVRA 5A5NA 4UYHA 5A5RA 4MENA 5HQ7A 5EPRA 5CZGA 3QZTA 5IGKA 5LKZA 3LQJA 3O33A 5F1LA 2EJNA 5D3TA 5CUDA 2YEKA 5FE0A 2DVQA 4Q0OA 5HCLA 5HFRA 5CP5A 4QSPA 5AMFA 5ETDA 3ZYUA 5D0CA 2D9EA 3I3JA 4LZSA 2E7NA 4N4FA 5HENA 4YYIA 4NRCA 4NUCA 5A5QA 4NR7A 3JVMA 4BW3A 4O74A 3UVXA 1ZKRA 5EQ1A 4HXPA 5IGNA 5CU8A 4KV4A 4KV1A 5BT5A 5DKDA 3K2JA 4HXKA 5FH8A 5L98A 5CQ6A 4YC9A 4O75A 3LJWA 4NR8A 3UVWA 4OGIA 5FE9A 5DX4A 4UIWA 4OGJA 4O78A 5ENCA 4FLPA 5E73A 5II1A 5L99A 5EISA 5FH6A 1N72A 5KTUA 5KO4A 2YQDA 5EI4A 4QEUA 5EM3A 5CY9A 5G4RA 4CUQA 5H1TA 4IOQA 4A9LA 4A9OA 4UYFA 3P1EA 3RCWA 4TZ8A 5CQ8A 3UV4A 4PCEA 5EP7A 5EGUA 2G4AA 4O7CA 4XYAA 4NYXA 2F6NA 2RFJA 5EWDA 4UYGA 3S91A 5LUUA 5EWCA 5D3HA 4N3WA 4IOOA 5F25A 5D25A 1E6IA 2H60A 4A9FA 4BHWA 5A82A 5CQ7A 4CLBA 2D82A 5EU1A 3UVYA 2I8NA 2R0YA 5CUBA 5AD2A 4YYMA 5DYAA 5A5SA 2YW5A 4Z6IA 3MB3A 2OO1A 3U5OA 5HRVA 4ZW1A 4YABA 4HXLA 2DVVA 4UYDA 4YK0A 5D7XA 4Y03A 5BT4A 3UVDA 4N4IA 4LC2A 4O76A 5FFVA 5FFYA 3LXJA 3S92A 5ENGA 4HBWA 2R0VA 5L97A 5H1UA 4ZC9A 3O34A 5A5OA 5F1HA 5KHMA 5HRXA 3IU5A 2L84A 4C67A 4YBMA 5KU3A 5LKUA 4PTBA 2L5EA 4UIVA 2I7KA 2YDWA 5LJ1A 2LSPB 5ENEA 5CGPA 3FKMX 5HQ5A 4QR5A 5HELA 1WUMA 2R10A 2RNXA 5FG6A 2F6JA 5EICA 4A9IA 4QSVA 5I80A 3Q2EA 3Q2FA 4O70A 5I88A 5HFQA 5IIDA 5I40A 5L96A 2N9GA 5E9LA 4QC1A 4AKIA 4QSUA 5FE4A 5FE5A 3VKHA 3QZSA 5EWHA 4QB3A 4J0SA 5DFDA 5IGLA 3U5JA 5EA1A 5I89A 5FG5A 5F36A 4TTEA 4CUTA 4CFLA 4QEWA 4E96A 4AKHA 1PUOA 5I7YA 4QY4A 4IR5A 5HEMA 4CL9A 4PCIA 2OSSA 4QSWA 2DVSA 2YELA 5F60A 5FE7A 5I1QA 4J3IA 5IGMA 4F3IA 4QC3A 4WIVA 5C87A 4NYWA 4QR3A 2FSAA 5DKCA 5EVAA 4AKNA 4BW4A 2RNYA 4PY6A 5DLXA 2WP2A 2E7OA 5FFWA 2YEMA 4TT6A 4HXNA 2RO1A 3MQMA 4YATA 5FE8A 5CQTA 5A81A 5I86A 5EPBA 4YH3A 5CS8A 2RI7A 4QUTA 4Q0NA 4NQNA 5ENJA 5I7XA 5E3DA 4YYNA 5JI8A 3O37A 5EPSA 4YY6A 4NR5A 5H1VA 4IR4A 4NXJA 5E3GA 3SVHA 3UV2A 4QEVA 4J0RA 4A9EA 4YAXA 5C4QA 3D1BA 3HMFA 4UIZA 4HXRA 4NS5A 5D24A 4WHWA 4DONA 4YYJA 1X0JA 3D1DA 4A9MA 5L8UA 5FDZA 4J1PA 3UV5A 5DLZA 5CUAA 5D3RA 4MR5A 5DY7A 4UIUA 5FB0A 4LZRA 4YBTA 5E9YA 5FE6A 5F3AA 4QYDA 4TYLA 5DFCA 2RNWA 4MR3A 3G0JA 4OUFA 3SVFA 4QSTA 4CURA 5L8TA 4BJXA 5CQAA 4O77A 4KCXA 5DW2A 3U5PA 5CPEA 4MEQA 5A7CA 4PS5A 5AD3A 5C89A 4ALGA 4WHUA 5C85A 4TT4A 5CRZA 5IG6A 3DAIA 5EWVA 4BW2A 2DKWA 4XUBA 5BT3A 5DYUA 5H85A 5E9MA 3JVLA 5A5PA 3U5KA 3D7CA 4RVRA 4IORA 4XUAA 5E7DA 3MXFA 4HBXA 3LQIA 5ENHA 1EQFA 4NUEA 5AMEA 2R0SA 4HXSA 4YADA 5EV9A 4CUPA 4QBMA 2GRCA 3G0LA 4PKLA 4A9JA 4HXOA 4IR6A 3MUKA 5CTLA 5FH7A 3QZVA 4A9NA 4N4GA 5TB6A 3SVGA 4TQNA 4MEPA 2NXBA 5IBNA 3GG3A 5FG4A 4YYGA 4TZ2A 5D3SA 5FE1A 5I83A 5LVQA 3P1CA 3NXBA 4O7BA 4MEOA 3U5MA 3AQAA 2MJVB 4O7AA 4LR6A 5CUEA 4QYLA 4A9KA 4N4HA 3P1DA 4NQMA 5E0RA 5CQ5A 4XY9A 5ENIA 2DWWA 4NR6A 4AI6A 5HLSA 5CUCA 5CUGA 5I29A 5KTXA 5LJ0A 5HM0A 5F62A 5FB1A 5C7NA 1ZS5A 5A83A 4X2IA 5E9VA 5E74A 5LJ2A 4MR4A 4AKGA 5II2A 5ACYA 5DBMA 5J0DA 3ONIA 4IR3A 4CUSA 3O36A 4O72A 4CFKA 4HXMA 4LYIA 4NR9A 5F2PA 5EK9A 4LDFA 5TCMA 4NYVA 2DATA 4Z1QA 4YYDA 3HMEA 3P5OA 4QNSA 1WUGA 4QSQA 4ZQLA 2OUOA 5LKTA 5E9KA 5DW1A 3MULA 4CUUA 5FE2A 5G4SA 4O71A 5D3JA 5EWWA 5LKXA 5K29A 4QSSA 5JWMA 4LZ2A 4Z93A 5COIA 4TS8A 4YH4A 4TU4A 4TU6A 4YYKA 1F68A 3DWYA 1JM4B 2YYNA 5ENFA 4Z1SA 5DKHA 5DYCA 2KTBB 5D3NA 5F63A 4YY4A 5D26A 5HJCA 4XY8A 5KTWA 3U5NA 5HQ6A
chains in the Genus database with same CATH topology
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