4HBXA

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with a quinazolin ligand
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Identification of a Chemical Probe for Bromo and Extra C-Terminal Bromodomain Inhibition through Optimization of a Fragment-Derived Hit.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
molecule tags Protein binding/inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 43
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-09-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4hbxA01
4TTEA 5AMFA 4UYFA 4IORA 4NUDA 4LZSA 4A9FA 5E9IA 4N3WA 4TYLA 4Z6HA 3SVHA 3I3JA 2I8NA 5FE7A 3Q2FA 4NRCA 3U5LA 3MULA 4J1PA 4QSQA 5CFWA 3U5JA 5F36A 4O7CA 4HBVA 3MB4A 2RNYA 5D3NA 4C67A 4PY6A 2FSAA 4NQNA 4YYGA 5LJ1A 4DONA 5CP5A 4QC3A 4CFKA 5E73A 4QR5A 4NUCA 3U5MA 4LC2A 4YADA 4TT2A 5LJ0A 2DVRA 3UV4A 4LDFA 3U5PA 5F3AA 4QSWA 3QZSA 1E6IA 5IGKA 2R0SA 3NXBA 5HJCA 4QNSA 5A5NA 4N4IA 5DFBA 5HLSA 3QZTA 5DBMA 4TT6A 3O35A 5II1A 5CUDA 3FKMX 4Q0OA 5ENJA 4CUPA 5CPEA 2YELA 3RCWA 2YW5A 5C8GA 4LR6A 4MR5A 3G0LA 5FG5A 4CUUA 4IOQA 3UVYA 5CTLA 4BW2A 5EWHA 5F25A 2F6NA 5C89A 4A9EA 4YYIA 4QBMA 4LZ2A 5HM0A 5ETBA 4YYMA 5IBNA 4NYXA 4YH4A 4UYHA 5CY9A 5JWMA 5F2PA 5I29A 5DY7A 4J0SA 4J0RA 5LJ2A 3LXJA 5D24A 5CUAA 3O33A 5CQ6A 4O74A 4YYHA 1WUMA 5DW2A 5A5PA 5KO4A 5L8TA 4YBTA 1WUGA 5H1UA 4TZ2A 5KTWA 5D7XA 5G4RA 5EISA 2I7KA 5ENEA 3TLPA 4YBMA 4Z93A 1JSPB 3S91A 5HFRA 4PS5A 4UIYA 4QSRA 1N72A 3HMFA 2R10A 5FH6A 4MR6A 5HEMA 5EVAA 4ZC9A 5C7NA 5IGNA 4HXOA 5F61A 2YDWA 4MENA 2L85A 4J3IA 4QEVA 4IR5A 4CLBA 5LVRA 4NRBA 5CU8A 4CL9A 5I7YA 4O78A 3O36A 5CQTA 4CUQA 4WHWA 5A5RA 5E74A 4HBXA 4UYDA 5HQ6A 5EWVA 4AKNA 3HMEA 4O7EA 3U5KA 3HMHA 3LJWA 2RNWA 5I89A 5A5QA 3SVGA 5HQ5A 2DKWA 5EA1A 3U5OA 2DVSA 2F6JA 2YQDA 4TT4A 5CZGA 5H1VA 4NR8A 4XUAA 4TU4A 3IU6A 4BW3A 3D7CA 4UIWA 5K29A 4A9OA 4LZRA 4YYKA 5E9MA 4QY4A 3QZVA 3UW9A 3JVLA 4A9KA 5D3HA 4UIUA 2E7OA 5CRMA 3P1EA 4TZ8A 4PKLA 2RFJA 4BHWA 4YH3A 5KHMA 5JI8A 4O7AA 4BW4A 4NR5A 4QSUA 5FBXA 4A9IA 5A5SA 4TS8A 2H60A 4O7BA 5FE8A 4HBYA 4XY9A 5E9LA 4O76A 5D3SA 4KV1A 5BT5A 2E3KA 4QC1A 5C87A 5E3GA 5FB1A 3JVJA 5FE5A 5CUGA 4N4GA 2YEKA 5D3LA 5DLXA 2L84A 5TB6A 4UIZA 5L97A 5J0DA 4QYLA 4RVRA 5EV9A 3GG3A 4XYAA 5EPBA 2WP1A 4QR3A 4LYSA 2NXBA 5G4SA 4Z1QA 5CGPA 2E7NA 1ZS5A 4KCXA 5II2A 5IGLA 5FE2A 4Q0NA 4UIXA 5ENHA 3U5NA 4O72A 5E9YA 4PCIA 5ACYA 5LKUA 5IGMA 5E9VA 2L5EA 5H85A 5ENIA 4LYIA 5DYXA 4QEWA 5A83A 5D25A 3UVDA 3LQIA 5FE6A 4GPJA 1X0JA 4NUEA 5LKTA 5EPSA 3S92A 4NRAA 4IR3A 5CUBA 5DLZA 4WIVA 3O34A 4CFLA 4QYDA 5FG4A 2YYNA 4HXRA 4YYDA 3AADA 5BT3A 2RNXA 4MEPA 4QUTA 2WP2A 4UYFB 4OGJA 5A7CA 5AD2A 5EPRA 4LYWA 5CQ3A 4YAXA 5LKZA 2YEMA 4Z6IA 5IG6A 5I83A 5I88A 4NR7A 3MQMA 5ENGA 5H1TA 4HXMA 5EWDA 2OUOA 5FFVA 5CUEA 4QSPA 5HRXA 5IIDA 4CUSA 4O77A 4YY4A 3G0JA 4IR6A 4BW1A 4A9JA 2D82A 3P1FA 5C85A 4IR4A 5KTXA 4MR3A 5D26A 5L8UA 5FB0A 4TQNA 4ALHA 2MJVB 4UYGA 5EWCA 5CQ5A 2LSPB 3LQJA 5DKCA 5D0CA 4UITA 4A9NA 4HXPA 5DX4A 4YC9A 2R0VA 2G4AA 4QSXA 4WHUA 4UYEA 4HXSA 5EWWA 4Z1SA 2DVVA 5COIA 5HENA 3O37A 1F68A 5FH7A 4X2IA 5LUUA 5FE1A 5F62A 4ZW1A 5E9KA 4A9MA 4MEQA 5FFWA 4N4HA 3MUKA 4HXLA 5EGUA 4QB3A 4O71A 5D3RA 4C66A 2N9GA 4QZSA 5DFCA 4NR6A 4IOOA 5I1QA 2RO1A 3P1CA 5EU1A 5ENFA 5I86A 5ENCA 4QSVA 4YATA 5EM3A 4MR4A 5L98A 5I7XA 5HRWA 2KTBB 4QUUA 4PCEA 3AQAA 3MXFA 5CUCA 5EK9A 5A5OA 1JM4B 5E0RA 3JVMA 5C4QA 5EQ1A 2D9EA 5HFQA 4A9LA 4YY6A 4OUFA 3ZYUA 5F60A 5D3TA 3UV5A 3DWYA 4NXJA 5KU3A 4BJXA 4ALGA 5D3PA 4E96A 5CRZA 5AD3A 5L99A 2R0YA 5A82A 5FE0A 5CQ8A 4QEUA 5TCMA 3UV2A 5FFYA 5DW1A 3Q2EA 5HRVA 4CURA 3UVXA 4HBWA 4QR4A 5FG6A 3P1DA 2GRCA 3JVKA 4O75A 5DYCA 5AMEA 2DWWA 4NYWA 4F3IA 5F63A 5L96A 5A85A 2OO1A 4NQMA 4FLPA 5I40A 4YABA 2DATA 4NYVA 4N4FA 5HELA 5D3JA 5ETDA 4NS5A 4O70A 4ZQLA 5F1LA 5DYUA 5DKDA 4QSTA 4YYJA 3K2JA 5E7DA 5LKXA 4OGIA 4NR4A 3MB3A 2RI7A 5BT4A 1EQFA 5KTUA 4O7FA 4Y03A 5DKHA 5A81A 4HXKA 5FDZA 3ONIA 5CQAA 2OSSA 3SVFA 4YK0A 5HQ7A 4KV4A 3UVWA 5F1HA 4UIVA 5EICA 5HCLA 5FE9A 4A9HA 4YYNA 5I80A 4XY8A 5FE3A 5FE4A 4PTBA 5ENBA 5FH8A 4LRGA 5DFDA 2DVQA 3DAIA 5EP7A 4XUBA 3LQHA 5CS8A 2RS9B 5CQ4A 3IU5A 4HXNA 5CQ7A 5LVQA 5E3DA 5EI4A 4NR9A 4TU6A 3P5OA 4MEOA 5DYAA 4QSSA 5F5ZA 4CUTA 4YBSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4TTEA 5AMFA 4UYFA 4IORA 4NUDA 4LZSA 4A9FA 5E9IA 4N3WA 4TYLA 4Z6HA 3SVHA 3I3JA 2I8NA 5FE7A 3Q2FA 4NRCA 3U5LA 3MULA 4J1PA 4QSQA 5CFWA 3U5JA 5F36A 4O7CA 4HBVA 3MB4A 2RNYA 5D3NA 4C67A 4PY6A 2FSAA 4NQNA 4YYGA 5LJ1A 4DONA 5CP5A 4QC3A 4CFKA 5E73A 4QR5A 4NUCA 3U5MA 4LC2A 4YADA 4TT2A 5LJ0A 2DVRA 3UV4A 4LDFA 3U5PA 5F3AA 4QSWA 3QZSA 1E6IA 5IGKA 2R0SA 3NXBA 5HJCA 4QNSA 5A5NA 4N4IA 5DFBA 5HLSA 3QZTA 5DBMA 4TT6A 3O35A 5II1A 5CUDA 3FKMX 4Q0OA 5ENJA 4CUPA 4AI6A 5CPEA 2YELA 3RCWA 2YW5A 5C8GA 4LR6A 4MR5A 3G0LA 5FG5A 4CUUA 4IOQA 3UVYA 5CTLA 4BW2A 5EWHA 5F25A 2F6NA 5C89A 4A9EA 4YYIA 4QBMA 4LZ2A 5HM0A 5ETBA 4YYMA 5IBNA 4NYXA 4YH4A 4UYHA 5CY9A 5JWMA 5F2PA 5I29A 5DY7A 4J0SA 4J0RA 5LJ2A 3LXJA 5D24A 5CUAA 3O33A 5CQ6A 4O74A 4YYHA 1WUMA 5DW2A 5A5PA 5KO4A 5L8TA 4YBTA 1WUGA 5H1UA 4TZ2A 5KTWA 5D7XA 5G4RA 5EISA 2I7KA 5ENEA 3TLPA 4YBMA 4Z93A 1JSPB 3S91A 5HFRA 4PS5A 4UIYA 4QSRA 1N72A 3HMFA 2R10A 5FH6A 4MR6A 5HEMA 5EVAA 4ZC9A 5C7NA 5IGNA 4HXOA 5F61A 2YDWA 4MENA 2L85A 4J3IA 4QEVA 4IR5A 4CLBA 5LVRA 4NRBA 5CU8A 4CL9A 5I7YA 4O78A 3O36A 5CQTA 4CUQA 4WHWA 5A5RA 5E74A 4HBXA 4UYDA 5HQ6A 5EWVA 4AKNA 3HMEA 4O7EA 3U5KA 3HMHA 3LJWA 2RNWA 5I89A 5A5QA 3SVGA 5HQ5A 2DKWA 5EA1A 3U5OA 2DVSA 2F6JA 2YQDA 4TT4A 5CZGA 5H1VA 4NR8A 4XUAA 4TU4A 3IU6A 4BW3A 3D7CA 4UIWA 5K29A 4A9OA 4LZRA 4YYKA 5E9MA 4QY4A 3QZVA 3UW9A 3JVLA 4A9KA 5D3HA 4UIUA 2E7OA 5CRMA 3P1EA 4TZ8A 4PKLA 2RFJA 4BHWA 4YH3A 5KHMA 5JI8A 4O7AA 4BW4A 4NR5A 4QSUA 5FBXA 4A9IA 5A5SA 4TS8A 2H60A 4O7BA 5FE8A 4HBYA 4XY9A 5E9LA 4O76A 5D3SA 4KV1A 5BT5A 2E3KA 4QC1A 5C87A 5E3GA 5FB1A 3JVJA 5FE5A 5CUGA 3VKHA 4N4GA 2YEKA 5D3LA 5DLXA 2L84A 5TB6A 4UIZA 5L97A 5J0DA 4QYLA 4RVRA 5EV9A 3GG3A 4XYAA 5EPBA 2WP1A 4QR3A 4LYSA 2NXBA 5G4SA 4Z1QA 5CGPA 2E7NA 1ZS5A 4KCXA 5II2A 5IGLA 5FE2A 4Q0NA 4UIXA 5ENHA 3U5NA 4O72A 5E9YA 4PCIA 5ACYA 5LKUA 5IGMA 5E9VA 2L5EA 5H85A 5ENIA 4LYIA 5DYXA 4QEWA 5A83A 5D25A 3UVDA 3LQIA 5FE6A 4GPJA 1X0JA 4NUEA 5LKTA 5EPSA 3S92A 4NRAA 4IR3A 5CUBA 5DLZA 4WIVA 3O34A 4CFLA 4QYDA 5FG4A 2YYNA 4HXRA 4YYDA 3AADA 5BT3A 2RNXA 4MEPA 4QUTA 2WP2A 4UYFB 4OGJA 5A7CA 5AD2A 5EPRA 3D1DA 1ZKRA 4LYWA 5CQ3A 4YAXA 5LKZA 2YEMA 4Z6IA 5IG6A 5I83A 5I88A 4NR7A 3D1BA 3MQMA 5ENGA 5H1TA 4HXMA 5EWDA 2OUOA 5FFVA 5CUEA 4QSPA 5HRXA 5IIDA 4CUSA 4O77A 4YY4A 3ERRA 3G0JA 4IR6A 4BW1A 4A9JA 2D82A 3P1FA 5C85A 4IR4A 5KTXA 4MR3A 5D26A 5L8UA 5FB0A 4TQNA 4ALHA 2MJVB 4UYGA 5EWCA 5CQ5A 2LSPB 3LQJA 5DKCA 5D0CA 4UITA 4A9NA 4HXPA 5DX4A 4YC9A 2R0VA 2G4AA 4QSXA 4WHUA 4UYEA 4HXSA 5EWWA 4Z1SA 2DVVA 5COIA 5HENA 3O37A 1F68A 5FH7A 4X2IA 5LUUA 5FE1A 5F62A 4ZW1A 5E9KA 4A9MA 4MEQA 5FFWA 4N4HA 3MUKA 4HXLA 5EGUA 4QB3A 4O71A 5D3RA 4C66A 2N9GA 4QZSA 5DFCA 4NR6A 4IOOA 5I1QA 2RO1A 3P1CA 5EU1A 5ENFA 4AKGA 5I86A 5ENCA 4QSVA 4YATA 5EM3A 4MR4A 5L98A 5I7XA 5HRWA 2KTBB 4QUUA 4PCEA 3AQAA 3MXFA 5CUCA 5EK9A 5A5OA 1JM4B 5E0RA 3JVMA 5C4QA 5EQ1A 2D9EA 5HFQA 4A9LA 4YY6A 4OUFA 3ZYUA 5F60A 5D3TA 3UV5A 3DWYA 4NXJA 5KU3A 4BJXA 4ALGA 5D3PA 4E96A 5CRZA 5AD3A 5L99A 2R0YA 5A82A 5FE0A 5CQ8A 4QEUA 5TCMA 3UV2A 5FFYA 5DW1A 3Q2EA 5HRVA 4CURA 3UVXA 4HBWA 4QR4A 5FG6A 3P1DA 2GRCA 3JVKA 4O75A 5DYCA 5AMEA 2DWWA 4NYWA 4F3IA 5F63A 5L96A 5A85A 2OO1A 4NQMA 4FLPA 4AKHA 5I40A 4YABA 2DATA 4NYVA 4N4FA 5HELA 5D3JA 5ETDA 4NS5A 4O70A 4ZQLA 5F1LA 5DYUA 2EJNA 5DKDA 4QSTA 4YYJA 3K2JA 5E7DA 5LKXA 4OGIA 4NR4A 3MB3A 2RI7A 5BT4A 1EQFA 5KTUA 4O7FA 4Y03A 5DKHA 5A81A 4HXKA 5FDZA 3ONIA 5CQAA 2OSSA 3SVFA 4YK0A 5HQ7A 4KV4A 3UVWA 5F1HA 4UIVA 5EICA 5HCLA 5FE9A 4A9HA 4YYNA 5I80A 4XY8A 5FE3A 5FE4A 4PTBA 5ENBA 5FH8A 4LRGA 5DFDA 4AKIA 2DVQA 3DAIA 5EP7A 4XUBA 3LQHA 5CS8A 2RS9B 5CQ4A 3IU5A 1PUOA 4HXNA 5CQ7A 5LVQA 5E3DA 5EI4A 3VKGA 4NR9A 4TU6A 3P5OA 4MEOA 5DYAA 4QSSA 5F5ZA 4CUTA 4YBSA
chains in the Genus database with same CATH topology
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