4HBYA

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with a quinazolin ligand
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein/inhibitor
source organism Homo sapiens
publication title Identification of a Chemical Probe for Bromo and Extra C-Terminal Bromodomain Inhibition through Optimization of a Fragment-Derived Hit.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
total genus 43
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-09-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4hbyA01
4MENA 5D24A 4QSTA 5AMFA 5L8UA 5LKXA 1E6IA 5L96A 4MEPA 2DATA 4OGIA 5EPBA 4NYVA 4PS5A 4O75A 3MB4A 4WHUA 5EA1A 5E9YA 4DONA 3ZYUA 4XY9A 5EWVA 4N4IA 4YAXA 4A9KA 5CGPA 5E3GA 3LJWA 5FE5A 5FE2A 5A83A 4Q0NA 2KTBB 4QR4A 4BW2A 5G4RA 5A5OA 4QUTA 4MR5A 3FKMX 4NR5A 4O78A 5DLZA 5D3PA 4HXRA 5EP7A 5DFBA 3LXJA 5LJ2A 5DW1A 5CS8A 4N4HA 2L5EA 3MXFA 4TT4A 5FE7A 3QZVA 4BJXA 4QB3A 3U5KA 4HBWA 5LVQA 4A9LA 5CQ6A 2GRCA 5F3AA 2I8NA 4NRBA 4A9EA 3S91A 5H1UA 5I88A 4A9NA 3DAIA 4O7FA 5CQ7A 4LYSA 4PTBA 4N4GA 3LQJA 5A82A 4O7EA 5E74A 4OUFA 3MULA 3U5NA 5DYUA 4IR4A 5II1A 4QY4A 4QBMA 4TT6A 5A5QA 3P5OA 3P1EA 5F61A 5HRWA 5EISA 4YH3A 5I89A 5FB1A 4ZQLA 4QC1A 5I7XA 5F62A 1WUGA 4Y03A 5D3TA 3U5MA 5C85A 1JM4B 4YABA 4N4FA 4GPJA 5IGLA 5I7YA 4UYFA 4LDFA 5BT4A 4BW4A 4C67A 4HXPA 5LKTA 4O71A 4TZ2A 4YC9A 4Z6HA 5A5NA 4CUQA 2YEKA 3P1FA 5F25A 5EWHA 5ENIA 4NR7A 2L85A 4QEWA 5DX4A 4J0SA 4UIXA 5G4SA 5DKDA 2G4AA 5CY9A 5LJ0A 4UYFB 1EQFA 5D3LA 2RNYA 4QSXA 3SVGA 3IU5A 4UIVA 4NS5A 1X0JA 4NUEA 3O37A 4QUUA 5HFRA 5CZGA 3S92A 3D7CA 5FH8A 4AKNA 2RNWA 3GG3A 5FG6A 5HENA 5DYXA 5F60A 1JSPB 4QSRA 4Z93A 4O7BA 5LKUA 5CQ5A 5DY7A 5F63A 4HBVA 4F3IA 5DBMA 4KV4A 5IG6A 3JVLA 5ACYA 4QSUA 4UIYA 4QSPA 3SVFA 3HMHA 5E9MA 5CRMA 5A81A 3TLPA 4YY6A 5HQ5A 5EM3A 5EK9A 5DFCA 5JWMA 4MEOA 4YK0A 5CFWA 5HJCA 5ENJA 5KHMA 5D25A 5A85A 5HRVA 4CURA 5FH6A 4IR5A 4TTEA 2WP1A 2DKWA 3P1CA 5CU8A 2RFJA 5I1QA 4HXMA 2WP2A 2YEMA 5FE9A 4XY8A 5CRZA 4IR6A 3U5JA 5D3RA 4NYXA 2YQDA 5COIA 4N3WA 2LSPB 5DW2A 4E96A 5HFQA 4TZ8A 5HLSA 4UIWA 4NUCA 4YY4A 4TYLA 5FH7A 2YELA 4CUUA 5BT5A 4WHWA 3O33A 5F36A 4O70A 4HXOA 5EWCA 4HXSA 5L99A 4ALHA 4O7AA 4ZW1A 4A9JA 3O35A 4A9OA 3P1DA 3UVWA 5E73A 5CPEA 4WIVA 5HRXA 3HMFA 5DFDA 5HELA 4HXLA 4YH4A 5ENHA 5K29A 4HBXA 4CFKA 5FE3A 5LUUA 3U5OA 5ENBA 2R0YA 3O34A 4QC3A 5ENGA 3AQAA 5EPSA 5FFYA 4TQNA 4ZC9A 4MR6A 2YW5A 5H1TA 4UYDA 4UYEA 4YYIA 2DVVA 5KU3A 2R10A 4YADA 5JI8A 4YYKA 4MR3A 4CFLA 1ZS5A 5E7DA 2DVRA 5I40A 4XUAA 5I80A 2NXBA 4UIUA 3UVXA 4HBYA 5IGKA 5LJ1A 4QEVA 3DWYA 4NRCA 4LC2A 2F6NA 3ONIA 3G0LA 3IU6A 2RNXA 2RI7A 3AADA 5CUCA 4O72A 5C8GA 5D26A 4QSWA 5DYCA 4A9FA 5DLXA 5EV9A 2L84A 5F1HA 5EVAA 4XYAA 4O74A 4QYLA 5BT3A 5J0DA 4TS8A 5DYAA 4LZSA 3RCWA 5I83A 5D3NA 3LQHA 5D7XA 2DVSA 4QR3A 5CUEA 5E0RA 4NQMA 3U5LA 4LYIA 5FG4A 5AD2A 5ETBA 4Z6IA 4YYJA 4A9HA 5HM0A 4KCXA 5IGNA 5FE6A 4LRGA 5A7CA 4PCIA 5IGMA 4NR4A 4NRAA 2MJVB 3UV4A 4C66A 5H85A 4Q0OA 5FE4A 5LKZA 5E3DA 5CUGA 4RVRA 4Z1SA 2RS9B 2OSSA 5KTXA 5DKHA 5F5ZA 4BW3A 5E9KA 4IORA 4UYHA 5EICA 4LR6A 3Q2FA 5II2A 4CUSA 2D9EA 5TB6A 3UVYA 5HQ6A 5ENFA 5FE8A 4LYWA 4CUPA 5D3HA 5CQ4A 4IOOA 4XUBA 4J3IA 4YATA 3UV5A 5L98A 5CQ8A 4IR3A 4UIZA 5CTLA 5EGUA 5E9IA 4MEQA 4QZSA 5FE0A 4PY6A 4UITA 3Q2EA 4CLBA 4YYHA 5FG5A 2E3KA 3G0JA 1WUMA 2E7NA 4O76A 2N9GA 5CQTA 4QNSA 4A9IA 4YBSA 4KV1A 5IBNA 5AD3A 3UVDA 4MR4A 2I7KA 4CL9A 5CUDA 4QSSA 4QR5A 4YYMA 3U5PA 5FFWA 4BHWA 5CQAA 2R0SA 3LQIA 4QEUA 5KO4A 3MUKA 5DKCA 5A5RA 4BW1A 4PKLA 4YBTA 3QZSA 2YDWA 5D3SA 2OO1A 4QYDA 5FE1A 5I29A 5HEMA 5C89A 5C4QA 3MB3A 4Z1QA 3SVHA 5CUAA 4NR9A 5L97A 3JVKA 3NXBA 4IOQA 4YYDA 5I86A 5A5SA 4NYWA 4OGJA 5L8TA 3O36A 4LZ2A 5H1VA 5EU1A 3QZTA 5FBXA 4QSVA 4HXKA 4NUDA 2H60A 4NQNA 4YYNA 3UW9A 4FLPA 5CQ3A 4HXNA 2F6JA 5EWWA 5A5PA 3JVMA 4ALGA 2D82A 5E9VA 4J1PA 4NXJA 5EQ1A 5F2PA 3K2JA 4TT2A 5FFVA 5EPRA 5AMEA 5KTUA 2R0VA 4UYGA 4NR8A 4PCEA 5TCMA 5FB0A 3JVJA 5C87A 4LZRA 4J0RA 3I3JA 4O77A 5CP5A 3UV2A 2DVQA 4TU4A 2E7OA 5HQ7A 5CUBA 4A9MA 2FSAA 2YYNA 4YYGA 2RO1A 1F68A 3MQMA 5ETDA 5LVRA 1N72A 4NR6A 5D3JA 5KTWA 4X2IA 5C7NA 5IIDA 4QSQA 5FDZA 2OUOA 5EWDA 5EI4A 5D0CA 5ENCA 5ENEA 5E9LA 4CUTA 5F1LA 5HCLA 3HMEA 4O7CA 4YBMA 2DWWA 4TU6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4MENA 5D24A 4QSTA 5AMFA 5L8UA 5LKXA 1E6IA 5L96A 4MEPA 2DATA 4OGIA 5EPBA 4NYVA 4PS5A 4O75A 3MB4A 4WHUA 5EA1A 5E9YA 4DONA 3ZYUA 4XY9A 5EWVA 4N4IA 4YAXA 4A9KA 5CGPA 5E3GA 3LJWA 5FE5A 5FE2A 5A83A 4Q0NA 2KTBB 4QR4A 4BW2A 5G4RA 5A5OA 4QUTA 4MR5A 3FKMX 4NR5A 4O78A 5DLZA 5D3PA 4HXRA 5EP7A 3VKGA 5DFBA 3LXJA 5LJ2A 5DW1A 5CS8A 4N4HA 3VKHA 2L5EA 3MXFA 4TT4A 5FE7A 3QZVA 4BJXA 4QB3A 3U5KA 4HBWA 5LVQA 4A9LA 5CQ6A 2GRCA 5F3AA 2I8NA 4NRBA 4A9EA 3S91A 5H1UA 5I88A 4A9NA 3DAIA 4O7FA 5CQ7A 4LYSA 4PTBA 3D1BA 4N4GA 3LQJA 4AKIA 5A82A 4O7EA 5E74A 4OUFA 3MULA 3U5NA 5DYUA 4IR4A 5II1A 4QY4A 4QBMA 4TT6A 5A5QA 3P5OA 3P1EA 5F61A 5HRWA 5EISA 4YH3A 5I89A 5FB1A 4ZQLA 4QC1A 5I7XA 5F62A 1WUGA 4Y03A 5D3TA 3U5MA 5C85A 1JM4B 4YABA 4N4FA 4GPJA 5IGLA 5I7YA 4UYFA 4LDFA 5BT4A 4BW4A 4C67A 4HXPA 5LKTA 4O71A 4TZ2A 4YC9A 4Z6HA 5A5NA 4CUQA 2YEKA 3P1FA 5F25A 5EWHA 5ENIA 4NR7A 2L85A 4QEWA 4AKHA 5DX4A 4J0SA 4UIXA 5G4SA 5DKDA 2G4AA 5CY9A 5LJ0A 4UYFB 1EQFA 5D3LA 2RNYA 4QSXA 3SVGA 3IU5A 4UIVA 4NS5A 1X0JA 4NUEA 3O37A 4QUUA 5HFRA 5CZGA 3S92A 3D7CA 5FH8A 4AKNA 2RNWA 3GG3A 5FG6A 5HENA 5DYXA 5F60A 1JSPB 4QSRA 4Z93A 4O7BA 5LKUA 5CQ5A 5DY7A 5F63A 4HBVA 4F3IA 5DBMA 4KV4A 5IG6A 3JVLA 5ACYA 4QSUA 4UIYA 4QSPA 3SVFA 3HMHA 5E9MA 5CRMA 5A81A 3TLPA 4YY6A 5HQ5A 5EM3A 5EK9A 5DFCA 5JWMA 4MEOA 4YK0A 5CFWA 5HJCA 5ENJA 5KHMA 5D25A 5A85A 5HRVA 4CURA 5FH6A 4IR5A 4TTEA 2WP1A 2DKWA 3P1CA 5CU8A 2RFJA 5I1QA 4HXMA 2WP2A 2YEMA 5FE9A 4XY8A 5CRZA 4IR6A 3U5JA 5D3RA 4NYXA 2YQDA 5COIA 4N3WA 2LSPB 5DW2A 4E96A 5HFQA 4TZ8A 2EJNA 5HLSA 4UIWA 4NUCA 4YY4A 3ERRA 4TYLA 5FH7A 1PUOA 2YELA 4CUUA 5BT5A 4WHWA 3O33A 5F36A 4O70A 4HXOA 5EWCA 4HXSA 5L99A 4ALHA 4O7AA 4ZW1A 4A9JA 3O35A 4A9OA 3P1DA 3UVWA 5E73A 5CPEA 4WIVA 5HRXA 3HMFA 5DFDA 5HELA 4HXLA 4YH4A 5ENHA 5K29A 4HBXA 4CFKA 5FE3A 5LUUA 3U5OA 5ENBA 2R0YA 3O34A 4QC3A 5ENGA 3AQAA 5EPSA 5FFYA 4TQNA 4ZC9A 4MR6A 2YW5A 5H1TA 4UYDA 4UYEA 4YYIA 2DVVA 5KU3A 2R10A 4YADA 5JI8A 4YYKA 4MR3A 4CFLA 1ZS5A 5E7DA 2DVRA 5I40A 4XUAA 5I80A 2NXBA 4UIUA 3UVXA 4HBYA 5IGKA 5LJ1A 4QEVA 3DWYA 4NRCA 4LC2A 2F6NA 3ONIA 3G0LA 2RNXA 3IU6A 2RI7A 3AADA 5CUCA 4O72A 5C8GA 5D26A 4QSWA 5DYCA 4A9FA 5DLXA 5EV9A 2L84A 5F1HA 5EVAA 4XYAA 4O74A 4QYLA 5BT3A 5J0DA 4TS8A 5DYAA 4LZSA 3RCWA 5I83A 5D3NA 3LQHA 5D7XA 2DVSA 4QR3A 5CUEA 5E0RA 4NQMA 3U5LA 4LYIA 5FG4A 5AD2A 3D1DA 5ETBA 4Z6IA 4YYJA 4A9HA 5HM0A 4KCXA 5IGNA 5FE6A 4LRGA 5A7CA 4PCIA 5IGMA 4NR4A 4NRAA 2MJVB 3UV4A 4C66A 5H85A 4Q0OA 5FE4A 5LKZA 5E3DA 5CUGA 4RVRA 4Z1SA 2RS9B 2OSSA 5KTXA 5DKHA 5F5ZA 4BW3A 5E9KA 4IORA 4UYHA 5EICA 4LR6A 3Q2FA 5II2A 4CUSA 2D9EA 5TB6A 3UVYA 5HQ6A 5ENFA 5FE8A 4LYWA 4CUPA 5D3HA 5CQ4A 4IOOA 4XUBA 4J3IA 4YATA 3UV5A 5L98A 5CQ8A 4IR3A 4UIZA 5CTLA 5EGUA 5E9IA 4MEQA 4QZSA 5FE0A 4PY6A 4UITA 3Q2EA 4CLBA 4YYHA 5FG5A 2E3KA 3G0JA 1WUMA 2E7NA 4O76A 2N9GA 5CQTA 4QNSA 4A9IA 4YBSA 4KV1A 5IBNA 5AD3A 3UVDA 4MR4A 2I7KA 4CL9A 5CUDA 4QSSA 1ZKRA 4QR5A 4YYMA 3U5PA 5FFWA 4BHWA 5CQAA 2R0SA 3LQIA 4QEUA 5KO4A 3MUKA 5DKCA 5A5RA 4BW1A 4PKLA 4YBTA 3QZSA 2YDWA 5D3SA 2OO1A 4QYDA 5FE1A 5I29A 5HEMA 5C89A 5C4QA 3MB3A 4Z1QA 3SVHA 5CUAA 4NR9A 5L97A 3JVKA 3NXBA 4IOQA 4YYDA 5I86A 5A5SA 4NYWA 4OGJA 5L8TA 3O36A 4LZ2A 5H1VA 5EU1A 3QZTA 5FBXA 4QSVA 4HXKA 4NUDA 2H60A 4AKGA 4NQNA 4YYNA 3UW9A 4FLPA 5CQ3A 4HXNA 2F6JA 5EWWA 5A5PA 3JVMA 4ALGA 2D82A 5E9VA 4J1PA 4NXJA 5EQ1A 5F2PA 3K2JA 4TT2A 5FFVA 5EPRA 5AMEA 5KTUA 2R0VA 4UYGA 4NR8A 4PCEA 5TCMA 5FB0A 3JVJA 5C87A 4LZRA 4AI6A 4J0RA 3I3JA 4O77A 5CP5A 3UV2A 2DVQA 4TU4A 2E7OA 5HQ7A 5CUBA 4A9MA 2FSAA 2YYNA 4YYGA 2RO1A 1F68A 3MQMA 5ETDA 5LVRA 1N72A 4NR6A 5D3JA 5KTWA 4X2IA 5C7NA 5IIDA 4QSQA 5FDZA 2OUOA 5EWDA 5EI4A 5D0CA 5ENCA 5ENEA 5E9LA 4CUTA 5F1LA 5HCLA 3HMEA 4O7CA 4YBMA 2DWWA 4TU6A
chains in the Genus database with same CATH topology
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