4KV1A

Crystal structure of brd4 bromodomain 1 in complex with acetylated rel peptide
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
128
structure length
128
Chain Sequence
ASMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Brd4 maintains constitutively active NF-kappa B in cancer cells by binding to acetylated RelA.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
molecule tags Transcription
source organism Homo sapiens
total genus 43
structure length 128
sequence length 128
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-05-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4kv1A01
4NR9A 2OSSA 3U5JA 4O70A 4NRBA 4XUAA 3AQAA 4E96A 5C87A 4MEQA 3HMEA 2OUOA 4UITA 5F3AA 4YC9A 3JVJA 3UV5A 2RNYA 5CQ4A 5F1HA 3U5LA 2YW5A 4A9KA 5D3HA 5DKCA 4O7BA 4MEPA 5LJ2A 2R0YA 4A9JA 4NYXA 5FB0A 4CURA 5EWCA 2G4AA 3TLPA 4O72A 5G4SA 4KV1A 4TT4A 5KU3A 4Q0NA 4NR7A 5A85A 4XY8A 5ENGA 4QZSA 4YADA 5FE4A 5CQ3A 5EK9A 3FKMX 5F36A 4QSSA 3DWYA 5A5QA 3HMHA 5EU1A 3I3JA 5AD2A 5E3GA 5D0CA 5F25A 4NUCA 2KTBB 2YYNA 3S92A 3P1CA 4IR3A 5DFBA 5E9VA 4QSPA 4WHWA 5HFQA 5FE1A 2RFJA 4UIWA 2YEKA 5H1TA 5KTWA 4N4GA 4Z93A 2DKWA 3UV4A 4A9LA 3RCWA 5C4QA 5F61A 5FB1A 2RS9B 4J1PA 5FBXA 2D9EA 4QC3A 5D7XA 2R10A 4BW3A 4O7CA 4QSUA 4QR3A 4MR6A 2YELA 5IG6A 5DW2A 5DYXA 3MXFA 5A83A 3ONIA 5CUGA 4O7AA 4YBTA 3MULA 2DVRA 4HXNA 4NR5A 5D3PA 3UW9A 4YYJA 1WUGA 4O74A 5DYAA 5DYCA 4QSVA 4ZC9A 5I29A 5FFWA 1N72A 5CUAA 5I86A 4PY6A 5FE6A 3ZYUA 4NR4A 5L97A 5I80A 4XUBA 5CS8A 5HQ7A 5LKXA 4PKLA 4MR5A 4PTBA 5FE2A 5TCMA 3MB4A 4O71A 4MEOA 4LZRA 5A82A 5EPRA 5HEMA 5CQ7A 4UIZA 3U5KA 2N9GA 4IR5A 4O75A 5F5ZA 5L98A 4Q0OA 5I7XA 5HELA 2E7NA 4CL9A 5JI8A 5DLXA 3LQIA 4C67A 2YQDA 2FSAA 4LYSA 4QYLA 4PCEA 5FH6A 4C66A 5HCLA 1E6IA 4HXOA 5DYUA 5CUDA 4LRGA 5COIA 3QZVA 4YYDA 5D26A 5D25A 5F2PA 4XY9A 5KO4A 2RNWA 3IU5A 4CFKA 4YBSA 4IR4A 1F68A 4A9MA 4LYIA 4TS8A 4QB3A 5FE9A 5EWVA 5BT3A 4CLBA 5CUCA 3SVHA 4HXRA 5AMEA 3QZSA 1JM4B 3O36A 4OUFA 5D3RA 5CU8A 4NUEA 2D82A 4YATA 4QEWA 5CQ6A 3UVDA 5CQ8A 2NXBA 4YYHA 5CQAA 4NS5A 5ENCA 2RI7A 3MUKA 4CUQA 4YK0A 4QBMA 3UVXA 5I1QA 4N4HA 5CRZA 3G0LA 5DY7A 4QUUA 2E3KA 5CFWA 3SVFA 4YYIA 5D3TA 5LKUA 5H85A 1WUMA 2DVVA 4UIVA 5FE5A 4YYNA 4BHWA 4QSRA 4QSWA 5G4RA 4QR4A 4MENA 4YH4A 4NR8A 4BW2A 4RVRA 4IR6A 2WP1A 4WIVA 4KV4A 4NUDA 2MJVB 4IORA 4HBWA 5H1VA 5FG5A 2GRCA 4QSXA 2DVQA 4NRCA 5E9LA 4UYEA 5KTUA 5E3DA 3O33A 5ETDA 5FFYA 4YYKA 5EWWA 5DKHA 3JVLA 3P1DA 4NXJA 3MB3A 5FG6A 5IGLA 4TU4A 5E9YA 4UIXA 3QZTA 5LKZA 5CUEA 4O77A 5EPBA 4NRAA 4A9HA 3D7CA 5HJCA 3LQHA 5CRMA 5C89A 4F3IA 2R0VA 5FH7A 5HENA 4Z1QA 4FLPA 1X0JA 5FDZA 2F6NA 2I7KA 5EQ1A 2DVSA 4LZSA 4Z6IA 5ACYA 4TQNA 5F60A 5E9IA 5LVRA 5A5PA 5DKDA 2DATA 5D3NA 5L99A 4O76A 4A9FA 3IU6A 2DWWA 5DBMA 3P5OA 4NQMA 3GG3A 4NYWA 3G0JA 5EVAA 4HBXA 5I88A 4HXMA 4ALHA 5CZGA 5ENFA 5TB6A 3S91A 5FE7A 5ENBA 4HBYA 2OO1A 5IGMA 4QYDA 5HQ6A 5L96A 5D3JA 5DFCA 5IBNA 3Q2EA 5F62A 3JVMA 5AMFA 5H1UA 5HRWA 4UIUA 4CUUA 4BJXA 4O78A 5EICA 5I40A 5I89A 5EA1A 5EISA 5EWHA 4HXPA 4QR5A 2L5EA 5KHMA 4PS5A 4J3IA 5ETBA 4J0SA 5FFVA 5CUBA 4QUTA 5I83A 5EV9A 4N4FA 5HRVA 5A5OA 5CP5A 4NYVA 4LYWA 3LJWA 4O7FA 3NXBA 4ZQLA 5A7CA 4N4IA 3U5MA 5E7DA 5LJ1A 2I8NA 1JSPB 5E73A 4Y03A 5ENIA 4HXLA 5II1A 4TT6A 4YH3A 4ALGA 5HQ5A 4QEVA 4LR6A 5CTLA 4HXKA 4YY6A 5DLZA 4A9IA 5F1LA 5EPSA 3JVKA 1EQFA 5LKTA 2H60A 5IGKA 4MR3A 5EP7A 4HBVA 4Z1SA 5HLSA 2WP2A 3P1EA 5CPEA 2RO1A 5ENHA 5CQ5A 5II2A 5A5NA 4QY4A 4QEUA 4QSQA 4Z6HA 3UVYA 5E9MA 5ENJA 5IIDA 2R0SA 5LJ0A 5L8UA 4O7EA 1ZS5A 4CFLA 5AD3A 4N3WA 3LQJA 5DW1A 5A81A 4AKNA 4J0RA 5E9KA 4CUPA 4YBMA 4GPJA 2F6JA 2L85A 4TT2A 5C8GA 4UYHA 3U5NA 5E0RA 5I7YA 5EWDA 4YY4A 3UV2A 4ZW1A 4A9NA 5L8TA 5BT5A 5DX4A 4MR4A 4PCIA 5K29A 2E7OA 4YYGA 5FG4A 4LZ2A 2YEMA 5C7NA 5CY9A 4UYGA 2YDWA 5HRXA 5CQTA 4X2IA 5FE8A 4UYFB 5E74A 5C85A 3LXJA 4TYLA 4OGJA 4NR6A 4CUSA 5IGNA 4BW1A 4TZ8A 4A9OA 4IOQA 4TZ2A 4UIYA 5EGUA 4A9EA 3DAIA 5A5SA 5J0DA 4QSTA 2RNXA 3U5OA 3O34A 5HFRA 4LDFA 5EM3A 3MQMA 2LSPB 5DFDA 2L84A 4CUTA 4YABA 4WHUA 5BT4A 4YYMA 3P1FA 4IOOA 3UVWA 5LUUA 3K2JA 3O35A 3AADA 4DONA 5JWMA 4TTEA 4KCXA 4BW4A 5FH8A 4QNSA 5F63A 3HMFA 3Q2FA 5FE0A 4LC2A 4YAXA 4TU6A 5D24A 5CGPA 5EI4A 5KTXA 3O37A 5A5RA 5FE3A 4UYFA 3SVGA 4QC1A 5D3SA 4OGIA 4NQNA 5ENEA 4UYDA 5D3LA 4HXSA 5LVQA 3U5PA 5HM0A 4XYAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NR9A 2OSSA 3U5JA 4O70A 4NRBA 4XUAA 3AQAA 4E96A 5C87A 4MEQA 3HMEA 2OUOA 4UITA 5F3AA 4YC9A 3JVJA 3UV5A 2RNYA 5CQ4A 5F1HA 3U5LA 2YW5A 4A9KA 5D3HA 5DKCA 4O7BA 4MEPA 5LJ2A 2R0YA 4A9JA 4NYXA 5FB0A 4CURA 5EWCA 2G4AA 3TLPA 4O72A 5G4SA 4KV1A 1ZKRA 4TT4A 5KU3A 4Q0NA 4NR7A 5A85A 4XY8A 5ENGA 4QZSA 4YADA 5FE4A 5CQ3A 5EK9A 3FKMX 5F36A 4QSSA 3DWYA 5A5QA 3HMHA 5EU1A 3I3JA 5AD2A 5E3GA 5D0CA 5F25A 4NUCA 2KTBB 2YYNA 3S92A 3P1CA 4IR3A 5DFBA 5E9VA 4QSPA 4WHWA 5HFQA 5FE1A 2RFJA 4UIWA 2YEKA 5H1TA 5KTWA 4N4GA 4Z93A 2DKWA 3UV4A 4A9LA 3RCWA 5C4QA 5F61A 5FB1A 2RS9B 4J1PA 5FBXA 2D9EA 4QC3A 5D7XA 4AKIA 2R10A 4BW3A 4O7CA 4QSUA 4QR3A 4MR6A 2YELA 5IG6A 5DW2A 5DYXA 3MXFA 5A83A 3ONIA 5CUGA 4O7AA 4YBTA 3MULA 2DVRA 4HXNA 4NR5A 5D3PA 3UW9A 4YYJA 1WUGA 4O74A 5DYAA 5DYCA 4QSVA 4ZC9A 5I29A 5FFWA 1N72A 5CUAA 5I86A 4PY6A 5FE6A 3ZYUA 4NR4A 5L97A 5I80A 4XUBA 5CS8A 5HQ7A 5LKXA 4PKLA 4MR5A 4PTBA 5FE2A 5TCMA 3MB4A 4O71A 4MEOA 4LZRA 5A82A 5EPRA 5HEMA 5CQ7A 4UIZA 3U5KA 2N9GA 4IR5A 4O75A 5F5ZA 5L98A 4Q0OA 5I7XA 5HELA 2E7NA 4CL9A 5JI8A 5DLXA 3LQIA 4C67A 2YQDA 2FSAA 4LYSA 4QYLA 4PCEA 5FH6A 4C66A 5HCLA 1E6IA 4HXOA 5DYUA 5CUDA 4LRGA 5COIA 3QZVA 4YYDA 5D26A 5D25A 5F2PA 4XY9A 5KO4A 2RNWA 3IU5A 4CFKA 4YBSA 4IR4A 1F68A 4A9MA 4LYIA 4TS8A 4QB3A 5FE9A 5EWVA 5BT3A 4CLBA 5CUCA 3SVHA 4HXRA 5AMEA 3QZSA 1JM4B 3O36A 4OUFA 5D3RA 5CU8A 4NUEA 2D82A 4YATA 4QEWA 3D1BA 5CQ6A 3UVDA 5CQ8A 2NXBA 4YYHA 5CQAA 4NS5A 5ENCA 3ERRA 2RI7A 3MUKA 4CUQA 4YK0A 4QBMA 3UVXA 5I1QA 3VKGA 4N4HA 5CRZA 3G0LA 5DY7A 4QUUA 2E3KA 5CFWA 3SVFA 4YYIA 5D3TA 5LKUA 3VKHA 5H85A 1WUMA 2DVVA 4UIVA 5FE5A 4YYNA 4BHWA 4QSRA 4QSWA 5G4RA 4QR4A 4MENA 4YH4A 4NR8A 4BW2A 4RVRA 4IR6A 2WP1A 4WIVA 4KV4A 4NUDA 4AKGA 2MJVB 4IORA 4HBWA 5H1VA 5FG5A 2GRCA 4QSXA 2DVQA 4NRCA 5E9LA 4UYEA 5KTUA 5E3DA 3O33A 5ETDA 5FFYA 4YYKA 5EWWA 5DKHA 1PUOA 3JVLA 3P1DA 4NXJA 3MB3A 5FG6A 5IGLA 4TU4A 5E9YA 4UIXA 3QZTA 5LKZA 5CUEA 4O77A 5EPBA 4NRAA 4A9HA 3D7CA 5HJCA 3LQHA 5CRMA 5C89A 4F3IA 2R0VA 5FH7A 5HENA 4Z1QA 4FLPA 2EJNA 1X0JA 5FDZA 2F6NA 2I7KA 5EQ1A 2DVSA 4LZSA 4Z6IA 5ACYA 4TQNA 5F60A 5E9IA 5LVRA 5A5PA 5DKDA 2DATA 5D3NA 5L99A 4O76A 4A9FA 3IU6A 2DWWA 5DBMA 3P5OA 4NQMA 3GG3A 4NYWA 3G0JA 5EVAA 4HBXA 5I88A 4HXMA 4ALHA 5CZGA 5ENFA 5TB6A 3S91A 5FE7A 5ENBA 4HBYA 2OO1A 5IGMA 4QYDA 5HQ6A 5L96A 5D3JA 5DFCA 5IBNA 3Q2EA 5F62A 3JVMA 5AMFA 5H1UA 5HRWA 4UIUA 4CUUA 4BJXA 4O78A 5EICA 5I40A 5I89A 5EA1A 5EISA 5EWHA 4HXPA 4QR5A 2L5EA 5KHMA 4PS5A 4J3IA 5ETBA 4J0SA 5FFVA 5CUBA 4QUTA 5I83A 5EV9A 4N4FA 5HRVA 5A5OA 5CP5A 4NYVA 4LYWA 3LJWA 4O7FA 3NXBA 4ZQLA 5A7CA 4N4IA 3U5MA 5E7DA 5LJ1A 2I8NA 1JSPB 5E73A 4Y03A 5ENIA 4HXLA 5II1A 4TT6A 4YH3A 4ALGA 5HQ5A 4QEVA 4LR6A 5CTLA 4HXKA 4YY6A 5DLZA 4A9IA 5F1LA 5EPSA 3JVKA 1EQFA 5LKTA 2H60A 5IGKA 4MR3A 5EP7A 4HBVA 4Z1SA 5HLSA 2WP2A 3P1EA 5CPEA 4AI6A 2RO1A 5ENHA 5CQ5A 5II2A 5A5NA 4QY4A 4QEUA 4QSQA 4Z6HA 3UVYA 5E9MA 5ENJA 5IIDA 2R0SA 5LJ0A 5L8UA 4O7EA 1ZS5A 4CFLA 5AD3A 4N3WA 3LQJA 5DW1A 5A81A 4AKNA 4J0RA 5E9KA 4CUPA 4YBMA 4GPJA 2F6JA 2L85A 4TT2A 5C8GA 4UYHA 3U5NA 5E0RA 5I7YA 5EWDA 4YY4A 3UV2A 4ZW1A 4A9NA 5L8TA 5BT5A 5DX4A 4MR4A 4PCIA 5K29A 2E7OA 4YYGA 5FG4A 4LZ2A 2YEMA 5C7NA 5CY9A 4UYGA 2YDWA 5HRXA 5CQTA 4X2IA 5FE8A 4UYFB 5E74A 5C85A 3LXJA 4TYLA 4OGJA 4NR6A 4CUSA 5IGNA 4BW1A 4TZ8A 4A9OA 4IOQA 4TZ2A 4UIYA 5EGUA 4A9EA 3DAIA 5A5SA 5J0DA 4QSTA 2RNXA 3U5OA 3O34A 5HFRA 4LDFA 5EM3A 3MQMA 2LSPB 5DFDA 2L84A 4CUTA 4YABA 4WHUA 5BT4A 4YYMA 3P1FA 4IOOA 3UVWA 5LUUA 3K2JA 3O35A 3AADA 4DONA 5JWMA 4TTEA 4KCXA 4BW4A 4AKHA 5FH8A 4QNSA 5F63A 3HMFA 3Q2FA 5FE0A 4LC2A 4YAXA 4TU6A 5D24A 5CGPA 5EI4A 5KTXA 3O37A 5A5RA 5FE3A 4UYFA 3SVGA 4QC1A 5D3SA 4OGIA 4NQNA 5ENEA 4UYDA 3D1DA 5D3LA 4HXSA 5LVQA 3U5PA 5HM0A 4XYAA
chains in the Genus database with same CATH topology
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