4MENA

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with a 5-methyl-triazolopyrimidine ligand
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Discovery of Novel Small-Molecule Inhibitors of BRD4 Using Structure-Based Virtual Screening.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transcription/transcription inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
total genus 45
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-08-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4menA01
5CZGA 3O35A 1X0JA 5CPEA 4QR4A 4MENA 5FE5A 4CUQA 5ETDA 4OGJA 4Z1SA 4KV1A 4PKLA 4O70A 3LQJA 5H1VA 5E9LA 5FE6A 4YYNA 4OUFA 5EISA 4TYLA 5I1QA 5EK9A 4QSWA 5ENIA 3TLPA 5E74A 3I3JA 2DVRA 4IR3A 5FE8A 2DKWA 5CGPA 4BW3A 4HXKA 4NS5A 4Z6IA 2DVSA 5HENA 4XY8A 5TB6A 3P1EA 5AMFA 5EA1A 5CUDA 2WP1A 5CQTA 4UYDA 4YH3A 5EP7A 2D9EA 2RFJA 5A7CA 3O37A 4N4GA 4NUCA 4PCEA 4QB3A 5L97A 5CP5A 3MQMA 5E0RA 5F1HA 5IGLA 1JSPB 3P1DA 4A9JA 5FB0A 5I29A 4YYGA 5BT4A 4MR3A 4WHWA 4QEVA 1WUGA 2YW5A 4XUAA 4BW1A 5HELA 4J3IA 4NQMA 3P5OA 4ALHA 3MULA 4LRGA 4HXLA 2N9GA 5BT3A 5CUCA 5ACYA 5EPSA 4F3IA 2I7KA 4YAXA 5FG4A 4J1PA 4NYVA 1F68A 5DLXA 5L99A 4NR4A 4A9HA 5C4QA 5KTXA 5D3RA 5EI4A 5KU3A 4UITA 5A82A 5HQ6A 5E9MA 2RO1A 4O7CA 2YDWA 5KTUA 5KTWA 5J0DA 4UYEA 5K29A 5LKZA 2OUOA 4YADA 2KTBB 4J0RA 5ETBA 5HFQA 5II2A 4QZSA 4AKNA 5EM3A 4YATA 4PS5A 5I40A 5IIDA 3LJWA 5FE9A 5CRMA 5CQ7A 4YBTA 4TT2A 3MB4A 4NR5A 3UVYA 3DWYA 2FSAA 2YEKA 4TTEA 4BHWA 5D3SA 2L84A 4NQNA 4QYLA 4A9OA 5E3DA 5FB1A 5L96A 4N4FA 4E96A 1WUMA 4QSXA 4QSPA 3O34A 5KO4A 4UIWA 2E3KA 5L8UA 5I86A 2RNXA 4A9EA 4Z6HA 4MEPA 4HBWA 3FKMX 4X2IA 4YY6A 2DWWA 5CUAA 4UIXA 2R0SA 4HXSA 5CUGA 3MXFA 4BW4A 2DATA 4HXPA 1EQFA 3LXJA 5TCMA 4O77A 2YYNA 4HBXA 5FDZA 3NXBA 3UV4A 3SVGA 4TZ2A 5FFVA 4IR6A 4QEWA 4OGIA 4IOOA 4TU6A 4A9IA 4YABA 5D3HA 4YYKA 4CLBA 5IGKA 3S92A 5DBMA 5FFWA 2YELA 5EWCA 4Z93A 5L8TA 4QSVA 3HMHA 4QY4A 4HXNA 3UVDA 4CURA 5F60A 5C89A 5CRZA 2R0VA 4MR5A 5E73A 2DVVA 2GRCA 5A83A 4UIUA 5ENHA 4LZSA 5COIA 5A5RA 2DVQA 4XUBA 4YYDA 5ENBA 5D3JA 4YH4A 5EU1A 5CQ4A 4LYIA 4N3WA 4BJXA 4MEQA 4CUPA 4TU4A 4HXOA 4YYJA 4UIYA 5I7YA 5JWMA 4QC1A 3UV2A 3U5NA 5I80A 4UYFA 4YYIA 4XY9A 2L5EA 5FG6A 5LVRA 2RI7A 5E9VA 4O75A 4DONA 4QNSA 5CU8A 5CFWA 4J0SA 5EICA 4O71A 5D7XA 4A9FA 3S91A 1E6IA 5FBXA 4O74A 5HFRA 5CY9A 5E9YA 4Z1QA 3U5KA 5EWVA 4QYDA 4ZW1A 4YYHA 5DKCA 2LSPB 3QZVA 5FH7A 5DFCA 3MUKA 4WIVA 5EPBA 5D3PA 4YBMA 5H1TA 4NXJA 3IU5A 2OO1A 4XYAA 4UIVA 5D26A 4O7AA 4Q0OA 5F63A 4TS8A 5LUUA 3Q2EA 5AMEA 3JVJA 5FE1A 5E7DA 4ZC9A 2F6NA 5EWHA 4O76A 4NUDA 4NRCA 3ZYUA 5II1A 3HMEA 2WP2A 4IR4A 5A81A 5DY7A 5AD3A 3Q2FA 4PY6A 3K2JA 4LZ2A 4CL9A 4O78A 5G4SA 4RVRA 5BT5A 4A9LA 4O7BA 4N4IA 3UV5A 4CUSA 3U5LA 4NUEA 2E7OA 3LQIA 5D24A 5LKXA 2R10A 4CUTA 4QR3A 3ONIA 5F2PA 5FH6A 5C7NA 5FE2A 5DKDA 4MEOA 4QSUA 5A5OA 3IU6A 5CQ3A 4QSQA 5CUBA 4KV4A 4A9NA 3U5PA 2NXBA 5EV9A 5EGUA 2D82A 4QR5A 5I89A 3O33A 5LJ2A 5C85A 5HCLA 5DYUA 5FH8A 5A5NA 5ENGA 4LC2A 3MB3A 4NRAA 4C67A 5CQ6A 4PCIA 3UW9A 4LDFA 3AQAA 5F62A 5G4RA 5HRXA 4LYSA 4YYMA 2RS9B 4LR6A 3JVMA 5E3GA 4TT4A 5H85A 4Q0NA 3D7CA 4UYFB 5HQ5A 2E7NA 5LJ1A 4Y03A 4O7FA 3DAIA 5CQAA 5EVAA 5DYCA 4IORA 4NR9A 5A5QA 4UYHA 4MR6A 4TZ8A 1ZS5A 3O36A 4QBMA 5EWDA 5FE0A 5C87A 5C8GA 3U5JA 5F61A 5H1UA 3SVHA 4CUUA 5IGNA 5AD2A 4BW2A 3RCWA 5D3TA 5DLZA 4FLPA 5HEMA 5LVQA 3G0JA 5I88A 5D25A 4NR6A 4HXMA 4IR5A 5I7XA 4WHUA 5DFBA 5DW1A 5DFDA 4C66A 2R0YA 3P1FA 5HJCA 4NYXA 5ENEA 4QSRA 4HBVA 5FE3A 5JI8A 2F6JA 4UIZA 3UVXA 3GG3A 3LQHA 3QZTA 5E9IA 1N72A 5HQ7A 4LZRA 5DYAA 5A5PA 4A9KA 5LKUA 5CS8A 3JVKA 4KCXA 5DKHA 5LJ0A 2G4AA 2I8NA 5HLSA 5IGMA 5LKTA 4MR4A 5CUEA 2MJVB 4LYWA 2YEMA 4UYGA 5KHMA 5L98A 4NR7A 5F5ZA 5D0CA 4CFKA 4QUTA 3U5MA 3U5OA 5CQ5A 5ENFA 2RNYA 4IOQA 4YY4A 5EWWA 5D3NA 4NYWA 4ALGA 4QSSA 4TT6A 5F3AA 3HMFA 3JVLA 4A9MA 3AADA 4QUUA 5A85A 5DX4A 5E9KA 5FFYA 4CFLA 4HBYA 5CTLA 4YK0A 5HRWA 2H60A 5F1LA 5HM0A 4NR8A 4GPJA 2YQDA 3P1CA 4YBSA 4QC3A 5A5SA 2L85A 4ZQLA 5HRVA 3UVWA 5CQ8A 4TQNA 4QSTA 4O72A 5ENJA 4YC9A 2OSSA 4QEUA 3SVFA 4NRBA 5F25A 5ENCA 3G0LA 3QZSA 5F36A 5FE7A 1JM4B 5FE4A 5IG6A 5IBNA 5I83A 2RNWA 4HXRA 5EQ1A 5FG5A 4PTBA 5EPRA 4O7EA 5DYXA 4N4HA 5D3LA 5DW2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5CZGA 3O35A 1ZKRA 1X0JA 5CPEA 4QR4A 4MENA 5FE5A 4CUQA 5ETDA 4OGJA 4Z1SA 4KV1A 4PKLA 4O70A 3LQJA 5H1VA 5E9LA 5FE6A 4YYNA 4OUFA 5EISA 4TYLA 5I1QA 5EK9A 4QSWA 5ENIA 3TLPA 5E74A 3I3JA 2DVRA 4IR3A 5FE8A 2DKWA 5CGPA 4BW3A 4HXKA 4NS5A 4Z6IA 2DVSA 5HENA 4XY8A 5TB6A 3P1EA 5AMFA 5EA1A 5CUDA 2WP1A 5CQTA 4UYDA 4YH3A 5EP7A 2D9EA 2RFJA 5A7CA 3O37A 4N4GA 4NUCA 4PCEA 4QB3A 5L97A 5CP5A 3MQMA 5E0RA 5F1HA 4AKGA 5IGLA 1JSPB 3P1DA 4A9JA 5FB0A 5I29A 4YYGA 5BT4A 4MR3A 4WHWA 4QEVA 1WUGA 2YW5A 4XUAA 4BW1A 5HELA 4J3IA 4NQMA 3P5OA 4ALHA 3MULA 4LRGA 4HXLA 2N9GA 5BT3A 5CUCA 5ACYA 5EPSA 4F3IA 2I7KA 4YAXA 5FG4A 4J1PA 4NYVA 1F68A 5DLXA 5L99A 4NR4A 4A9HA 5C4QA 5KTXA 5D3RA 5EI4A 5KU3A 4UITA 5A82A 5HQ6A 5E9MA 2RO1A 4O7CA 2YDWA 5KTUA 5KTWA 5J0DA 4UYEA 5K29A 5LKZA 2OUOA 4YADA 2KTBB 4J0RA 5ETBA 5HFQA 5II2A 4QZSA 4AKNA 5EM3A 4YATA 4PS5A 5I40A 3D1BA 3LJWA 5IIDA 5FE9A 5CRMA 5CQ7A 4YBTA 4TT2A 3MB4A 4NR5A 3UVYA 3DWYA 2FSAA 2YEKA 4TTEA 4BHWA 5D3SA 2L84A 4NQNA 4QYLA 4A9OA 5E3DA 5FB1A 5L96A 4N4FA 4E96A 1WUMA 4QSXA 4QSPA 3O34A 5KO4A 4UIWA 2E3KA 5L8UA 5I86A 2RNXA 4A9EA 4Z6HA 4MEPA 4HBWA 3FKMX 4X2IA 4YY6A 2DWWA 5CUAA 4UIXA 2R0SA 3ERRA 4HXSA 5CUGA 3MXFA 4BW4A 2DATA 4HXPA 1EQFA 3LXJA 5TCMA 3VKGA 4O77A 2YYNA 4HBXA 5FDZA 3NXBA 3UV4A 3SVGA 4TZ2A 5FFVA 4IR6A 4QEWA 4OGIA 4IOOA 4TU6A 4A9IA 4YABA 5D3HA 4YYKA 4CLBA 5IGKA 3S92A 5DBMA 5FFWA 2YELA 5EWCA 4Z93A 5L8TA 4QSVA 3HMHA 4QY4A 4HXNA 3UVDA 4CURA 5F60A 5C89A 5CRZA 2R0VA 4MR5A 5E73A 4AI6A 2DVVA 2GRCA 5A83A 4UIUA 5ENHA 4LZSA 5COIA 5A5RA 2DVQA 4XUBA 4YYDA 5ENBA 5D3JA 4YH4A 5EU1A 5CQ4A 4LYIA 4N3WA 4BJXA 4MEQA 4CUPA 4TU4A 4HXOA 4YYJA 4UIYA 5I7YA 5JWMA 4QC1A 3UV2A 3U5NA 5I80A 4UYFA 4YYIA 4XY9A 2L5EA 5FG6A 5LVRA 2RI7A 1PUOA 5E9VA 4O75A 4DONA 4QNSA 5CU8A 5CFWA 4J0SA 5EICA 4O71A 5D7XA 4A9FA 3S91A 1E6IA 5FBXA 4O74A 5HFRA 5CY9A 5E9YA 4Z1QA 3U5KA 5EWVA 4QYDA 4ZW1A 4YYHA 5DKCA 2LSPB 3QZVA 5FH7A 5DFCA 3MUKA 4WIVA 5EPBA 5D3PA 4YBMA 5H1TA 4NXJA 3IU5A 2OO1A 4XYAA 4UIVA 5D26A 4O7AA 4Q0OA 5F63A 4TS8A 5LUUA 3Q2EA 5AMEA 3JVJA 5FE1A 5E7DA 4ZC9A 2F6NA 5EWHA 4O76A 4NUDA 4NRCA 3ZYUA 5II1A 3HMEA 2WP2A 4IR4A 5A81A 5DY7A 5AD3A 3Q2FA 4PY6A 3K2JA 4LZ2A 4CL9A 4O78A 5G4SA 2EJNA 4RVRA 5BT5A 4A9LA 4O7BA 4N4IA 3UV5A 4CUSA 3U5LA 4NUEA 2E7OA 3LQIA 5D24A 5LKXA 2R10A 4CUTA 4QR3A 3ONIA 5F2PA 5FH6A 5C7NA 5FE2A 5DKDA 4MEOA 4QSUA 5A5OA 3IU6A 5CQ3A 4QSQA 5CUBA 4KV4A 4A9NA 3U5PA 2NXBA 5EV9A 5EGUA 2D82A 4AKIA 4QR5A 5I89A 3O33A 5LJ2A 5C85A 5HCLA 5DYUA 5FH8A 5A5NA 3D1DA 5ENGA 4LC2A 3MB3A 4NRAA 4C67A 5CQ6A 4PCIA 3UW9A 4LDFA 3AQAA 5F62A 5G4RA 5HRXA 4LYSA 4YYMA 2RS9B 4LR6A 3JVMA 5E3GA 4TT4A 5H85A 4Q0NA 3D7CA 4UYFB 5HQ5A 2E7NA 5LJ1A 4Y03A 4O7FA 3DAIA 5CQAA 5EVAA 5DYCA 4IORA 4NR9A 5A5QA 4UYHA 4MR6A 4TZ8A 1ZS5A 3O36A 4QBMA 5EWDA 5FE0A 5C87A 5C8GA 3U5JA 5F61A 5H1UA 3SVHA 4CUUA 5IGNA 5AD2A 4BW2A 3RCWA 5D3TA 5DLZA 4FLPA 5HEMA 5LVQA 3G0JA 5I88A 5D25A 4NR6A 4HXMA 4IR5A 5I7XA 4WHUA 5DFBA 5DW1A 5DFDA 4C66A 2R0YA 3P1FA 5HJCA 4NYXA 5ENEA 4QSRA 4HBVA 5FE3A 5JI8A 2F6JA 4UIZA 3UVXA 3GG3A 3LQHA 3QZTA 5E9IA 1N72A 5HQ7A 4LZRA 5DYAA 5A5PA 4A9KA 5LKUA 5CS8A 3JVKA 4KCXA 5DKHA 5LJ0A 2G4AA 2I8NA 5HLSA 5IGMA 5LKTA 4MR4A 5CUEA 2MJVB 4LYWA 2YEMA 4UYGA 5KHMA 5L98A 4NR7A 5F5ZA 5D0CA 4CFKA 4QUTA 3U5MA 3U5OA 5CQ5A 5ENFA 2RNYA 4IOQA 4YY4A 5EWWA 5D3NA 4NYWA 4ALGA 4QSSA 4TT6A 5F3AA 3HMFA 3JVLA 4A9MA 3AADA 4QUUA 5A85A 5DX4A 5E9KA 5FFYA 4CFLA 4HBYA 5CTLA 4YK0A 5HRWA 2H60A 5F1LA 5HM0A 4NR8A 4GPJA 4AKHA 2YQDA 3VKHA 3P1CA 4YBSA 4QC3A 5A5SA 2L85A 4ZQLA 5HRVA 3UVWA 5CQ8A 4TQNA 4QSTA 4O72A 5ENJA 4YC9A 2OSSA 4QEUA 3SVFA 4NRBA 5F25A 5ENCA 3G0LA 3QZSA 5F36A 5FE7A 1JM4B 5FE4A 5IG6A 5IBNA 5I83A 2RNWA 4HXRA 5EQ1A 5FG5A 4PTBA 5EPRA 4O7EA 5DYXA 4N4HA 5D3LA 5DW2A
chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5CZG A;  3O35 A;  1X0J A;  5CPE A;  4QR4 A;  4MEN A;  5FE5 A;  4CUQ A;  5ETD A;  4OGJ A;  4Z1S A;  4KV1 A;  4PKL A;  4O70 A;  3LQJ A;  5H1V A;  5E9L A;  5FE6 A;  4YYN A;  4OUF A;  5EIS A;  4TYL A;  5I1Q A;  5EK9 A;  4QSW A;  5ENI A;  3TLP A;  5E74 A;  3I3J A;  2DVR A;  4IR3 A;  5FE8 A;  2DKW A;  5CGP A;  4BW3 A;  4HXK A;  4NS5 A;  4Z6I A;  2DVS A;  5HEN A;  4XY8 A;  5TB6 A;  3P1E A;  5AMF A;  5EA1 A;  5CUD A;  2WP1 A;  5CQT A;  4UYD A;  4YH3 A;  5EP7 A;  2D9E A;  2RFJ A;  5A7C A;  3O37 A;  4N4G A;  4NUC A;  4PCE A;  4QB3 A;  5L97 A;  5CP5 A;  3MQM A;  5E0R A;  5F1H A;  5IGL A;  1JSP B;  3P1D A;  4A9J A;  5FB0 A;  5I29 A;  4YYG A;  5BT4 A;  4MR3 A;  4WHW A;  4QEV A;  1WUG A;  2YW5 A;  4XUA A;  4BW1 A;  5HEL A;  4J3I A;  4NQM A;  3P5O A;  4ALH A;  3MUL A;  4LRG A;  4HXL A;  2N9G A;  5BT3 A;  5CUC A;  5ACY A;  5EPS A;  4F3I A;  2I7K A;  4YAX A;  5FG4 A;  4J1P A;  4NYV A;  1F68 A;  5DLX A;  5L99 A;  4NR4 A;  4A9H A;  5C4Q A;  5KTX A;  5D3R A;  5EI4 A;  5KU3 A;  4UIT A;  5A82 A;  5HQ6 A;  5E9M A; 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