4MR3A

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with a quinazolinone ligand (rvx-oh)
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transcription/transcription inhibitor
source organism Homo sapiens
publication title RVX-208, an inhibitor of BET transcriptional regulators with selectivity for the second bromodomain.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
total genus 41
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4mr3A01
4XUBA 5IGNA 5JI8A 4HBXA 4TYLA 3UVXA 5A5OA 4A9LA 5FH8A 2DKWA 5FE0A 3JVJA 4Z93A 2R0VA 5IIDA 4LYSA 4O71A 5C8GA 4TT4A 4LR6A 5DKDA 4MR4A 5BT5A 4YATA 5L8TA 5CQTA 3SVFA 3G0LA 4X2IA 5E73A 5BT4A 3QZTA 5IG6A 5COIA 5I1QA 3Q2EA 4NYWA 3MXFA 4YBTA 4LYWA 5LKUA 3UV4A 5E3DA 5A5NA 2DATA 4RVRA 5FE5A 4NYXA 5HQ5A 5DFCA 5CP5A 4TU4A 4J1PA 5HRXA 4NR9A 4QR5A 4NR6A 5HJCA 4NRCA 4IR6A 4QYLA 5D3SA 5HRVA 5ENHA 5F3AA 5I86A 2I7KA 5IGLA 4C67A 5D3NA 5FG6A 4NR8A 5EWHA 5FDZA 2R10A 4KV1A 5E9YA 4ZC9A 1WUMA 2N9GA 5CPEA 4XY9A 5E9IA 4BW1A 4PS5A 5G4RA 5HELA 4UIWA 5ENJA 4OUFA 5FH6A 5D26A 2R0SA 4A9JA 1N72A 5LUUA 4E96A 3QZSA 4A9MA 4UIZA 5CU8A 4HXRA 4CL9A 2D9EA 4IOOA 2OUOA 5AD2A 3MUKA 5CQ4A 5EK9A 2RS9B 4QSSA 1F68A 4QY4A 5CQ5A 5ENBA 5F1HA 5A5SA 5HFQA 5EV9A 4O78A 5I7XA 1X0JA 4HXSA 2RNWA 4PTBA 3P1DA 5H1VA 4WHWA 4CLBA 5HQ7A 4J0RA 5DX4A 4IORA 5C89A 3MULA 5CQ8A 5FB0A 5EU1A 3UV2A 3GG3A 5DLZA 4O70A 5DW1A 5LKTA 4CFKA 2FSAA 2YW5A 5D24A 2OSSA 2DVVA 4YABA 3O33A 4YC9A 4QEVA 4CUUA 4QUUA 2D82A 5F36A 3UW9A 5E9LA 5I40A 5CUBA 5KU3A 5F2PA 5H85A 3UVYA 5I88A 3I3JA 5EWVA 4MEQA 5D3JA 4UYEA 4J0SA 5I89A 4HXMA 5F60A 5FG4A 4QSVA 5JWMA 4OGIA 4TS8A 5E0RA 2G4AA 4NRAA 2KTBB 4QNSA 2DVSA 5EICA 4UYHA 4CUTA 4CUPA 5A5PA 4UIUA 4GPJA 5EPBA 2YQDA 4YYIA 4YY6A 4MENA 4QC3A 5ENCA 2WP2A 4O7FA 4O72A 4QBMA 5EWWA 5LVQA 5CRZA 2E7NA 4MR5A 4CUSA 5DLXA 4TT2A 4WHUA 5E9MA 4QB3A 4N4HA 5EM3A 2I8NA 5EPRA 4BW2A 4UIYA 4QC1A 5EWCA 5HCLA 3SVGA 5CUAA 2RNXA 4TQNA 5EISA 5J0DA 4MR6A 4A9NA 3U5NA 2DWWA 3LXJA 5DYCA 4YYMA 5IBNA 5FE9A 4NQMA 4HXPA 5LJ0A 3HMFA 4LZ2A 5DW2A 4N4IA 3JVKA 5F25A 5HRWA 5LJ2A 5IGKA 4YK0A 5BT3A 5HFRA 4C66A 5LKZA 4OGJA 4TZ2A 4YBSA 3P5OA 5ETBA 2YELA 5L8UA 5FFYA 4QSUA 4NUEA 2RNYA 5DFBA 5C4QA 5AMFA 4QSTA 5D25A 5DFDA 5DYXA 5CRMA 5A7CA 3LQIA 3O37A 4YYNA 4QR3A 4UITA 4YY4A 4YADA 5FH7A 4O77A 3U5OA 5E9VA 4F3IA 5L98A 5HQ6A 4UIVA 3U5KA 5C7NA 2LSPB 4N3WA 4O75A 3RCWA 3FKMX 4NXJA 3AQAA 5D3HA 5CQAA 4ALHA 5L96A 5KO4A 5I7YA 3AADA 4QSRA 4TT6A 5FE2A 4HBYA 3UV5A 5D3TA 5CUGA 5DY7A 5CTLA 5FE7A 1E6IA 4IR4A 3ZYUA 5L99A 5FBXA 4HBWA 3LQHA 4BW4A 4KCXA 5ETDA 2YEKA 5KTWA 3UVDA 5D3LA 5CQ3A 5FG5A 4NYVA 4Z1SA 3P1FA 5KTXA 5A5RA 4TZ8A 5H1TA 5DKHA 5FE1A 4QSPA 4YBMA 5CQ6A 1WUGA 4A9HA 1EQFA 4CURA 2L5EA 4QSWA 4A9FA 5FE8A 4NR7A 3MB4A 5C87A 4Z1QA 4MR3A 5HM0A 4LDFA 5EPSA 5D3RA 5D0CA 5EI4A 5FFWA 5CUEA 4QUTA 5CS8A 4AKNA 3G0JA 5CGPA 4IR3A 4NS5A 5A81A 2RFJA 4O7AA 5AMEA 4QR4A 4MEOA 4UYGA 4HBVA 5K29A 5KHMA 3MB3A 3NXBA 4NR5A 3LQJA 4ZW1A 4XUAA 3P1CA 2YYNA 3S92A 3QZVA 3ONIA 3K2JA 5A5QA 4O7CA 3JVLA 4FLPA 4LC2A 4NQNA 5II1A 5TCMA 4IOQA 5HEMA 3IU6A 5HENA 3JVMA 2H60A 5CQ7A 5A85A 4A9OA 3Q2FA 2DVQA 2E3KA 1JM4B 4NRBA 2GRCA 2OO1A 4PCIA 5EGUA 4CUQA 5DKCA 2NXBA 4XYAA 5H1UA 5I80A 5DYUA 3LJWA 3P1EA 4Q0OA 4UIXA 5FE4A 2WP1A 2R0YA 4UYFB 5LVRA 5L97A 4QEWA 4TU6A 5DBMA 4QYDA 4A9EA 3U5LA 5IGMA 3HMEA 5EVAA 5E3GA 5CY9A 5HLSA 5F62A 3SVHA 5LKXA 4MEPA 4PKLA 4NR4A 5D7XA 5EA1A 5FE6A 3TLPA 4QSQA 2YDWA 5FB1A 3D7CA 2RO1A 4KV4A 4CFLA 3U5PA 4NUDA 5A82A 4HXNA 4A9KA 5F61A 5E7DA 4YAXA 4YYDA 5DYAA 4J3IA 5D3PA 4LRGA 4UYDA 5A83A 4DONA 4O7EA 5E74A 5ENGA 3O34A 1ZS5A 4PCEA 5TB6A 4YYKA 2E7OA 4N4GA 4Y03A 5EP7A 3DWYA 2MJVB 5ENEA 4YH4A 5G4SA 4BJXA 5FE3A 3HMHA 2RI7A 2DVRA 5I29A 4O7BA 4TTEA 5ENIA 3DAIA 4A9IA 4PY6A 4BW3A 4YYJA 5ACYA 5KTUA 5CUDA 3S91A 4QZSA 3O35A 5ENFA 4ZQLA 3UVWA 5LJ1A 3U5MA 5I83A 5FFVA 2L84A 4XY8A 5EWDA 5CUCA 3MQMA 2L85A 5E9KA 1JSPB 4ALGA 4HXOA 5F63A 4UYFA 4BHWA 4O74A 4QEUA 4YYHA 4O76A 5CZGA 4IR5A 5II2A 4Z6IA 3U5JA 4HXKA 4LYIA 4WIVA 2F6JA 5CFWA 4Q0NA 5EQ1A 5C85A 5F5ZA 4YH3A 4LZSA 4Z6HA 2YEMA 4QSXA 4HXLA 4N4FA 5AD3A 4LZRA 5F1LA 3O36A 4YYGA 4NUCA 2F6NA 3IU5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4XUBA 5IGNA 5JI8A 4HBXA 4TYLA 3UVXA 5A5OA 4A9LA 5FH8A 2DKWA 5FE0A 3JVJA 4Z93A 2R0VA 5IIDA 4LYSA 4O71A 5C8GA 4TT4A 4LR6A 5DKDA 4MR4A 5BT5A 4YATA 5L8TA 5CQTA 3SVFA 3G0LA 4X2IA 5E73A 5BT4A 3QZTA 5IG6A 5COIA 5I1QA 3Q2EA 4NYWA 3MXFA 4YBTA 4LYWA 5LKUA 3UV4A 5E3DA 5A5NA 2DATA 4RVRA 5FE5A 4NYXA 5HQ5A 5DFCA 5CP5A 4TU4A 4J1PA 5HRXA 1ZKRA 4NR9A 4QR5A 4NR6A 5HJCA 4NRCA 4IR6A 4QYLA 5D3SA 5HRVA 5ENHA 5F3AA 5I86A 2I7KA 5IGLA 4C67A 5D3NA 5FG6A 4NR8A 5EWHA 5FDZA 2R10A 4KV1A 5E9YA 4ZC9A 1WUMA 2N9GA 5CPEA 4XY9A 5E9IA 4BW1A 4PS5A 5G4RA 5HELA 4UIWA 5ENJA 4OUFA 5FH6A 5D26A 2R0SA 4A9JA 1N72A 5LUUA 4E96A 3QZSA 4A9MA 4UIZA 5CU8A 4HXRA 4CL9A 2D9EA 4IOOA 2OUOA 5AD2A 3MUKA 5CQ4A 5EK9A 2EJNA 2RS9B 4QSSA 1F68A 4QY4A 5CQ5A 5ENBA 5F1HA 5A5SA 5HFQA 5EV9A 4AKIA 4O78A 5I7XA 1X0JA 4HXSA 2RNWA 4PTBA 3P1DA 5H1VA 4WHWA 4CLBA 5HQ7A 4J0RA 5DX4A 4IORA 5C89A 3MULA 5CQ8A 5FB0A 5EU1A 3UV2A 3GG3A 5DLZA 4O70A 5DW1A 5LKTA 4CFKA 2FSAA 2YW5A 5D24A 2OSSA 2DVVA 4YABA 3VKHA 3O33A 4YC9A 4QEVA 4CUUA 4QUUA 2D82A 5F36A 3UW9A 5E9LA 5I40A 5CUBA 5KU3A 5F2PA 5H85A 3UVYA 5I88A 3I3JA 5EWVA 4MEQA 5D3JA 4UYEA 4J0SA 5I89A 4HXMA 5F60A 5FG4A 4QSVA 5JWMA 4OGIA 4TS8A 5E0RA 2G4AA 4NRAA 2KTBB 4QNSA 2DVSA 5EICA 4UYHA 4CUTA 4CUPA 5A5PA 4UIUA 4GPJA 5EPBA 2YQDA 4YYIA 4YY6A 4MENA 4QC3A 5ENCA 2WP2A 4O7FA 4O72A 4QBMA 5EWWA 4AKHA 5LVQA 5CRZA 2E7NA 4MR5A 4CUSA 5DLXA 4TT2A 4WHUA 5E9MA 4QB3A 4N4HA 5EM3A 2I8NA 5EPRA 4BW2A 4UIYA 4QC1A 5EWCA 5HCLA 3SVGA 5CUAA 2RNXA 4TQNA 5EISA 5J0DA 4MR6A 4A9NA 3U5NA 2DWWA 3LXJA 5DYCA 4YYMA 5IBNA 5FE9A 4NQMA 4HXPA 5LJ0A 3HMFA 4LZ2A 5DW2A 4N4IA 3VKGA 3JVKA 5F25A 5HRWA 5LJ2A 5IGKA 4YK0A 4AKGA 5BT3A 3ERRA 5HFRA 4C66A 5LKZA 4OGJA 4TZ2A 4YBSA 3P5OA 5ETBA 2YELA 5L8UA 5FFYA 4QSUA 4NUEA 2RNYA 5DFBA 5C4QA 5AMFA 4QSTA 3D1BA 5D25A 5DFDA 5DYXA 5CRMA 5A7CA 3LQIA 3O37A 4YYNA 4QR3A 4UITA 4YY4A 4YADA 5FH7A 4O77A 3U5OA 5E9VA 4F3IA 5L98A 5HQ6A 4UIVA 3U5KA 5C7NA 2LSPB 4N3WA 4O75A 3RCWA 3FKMX 4NXJA 3AQAA 5D3HA 5CQAA 4ALHA 5L96A 1PUOA 5KO4A 5I7YA 3AADA 4QSRA 4TT6A 5FE2A 4HBYA 3UV5A 5D3TA 5CUGA 5DY7A 5CTLA 5FE7A 1E6IA 4IR4A 3ZYUA 5L99A 5FBXA 4HBWA 3LQHA 4BW4A 4KCXA 5ETDA 4AI6A 2YEKA 5KTWA 3UVDA 5D3LA 5CQ3A 5FG5A 4NYVA 4Z1SA 3P1FA 5KTXA 5A5RA 4TZ8A 5H1TA 5DKHA 5FE1A 4QSPA 4YBMA 5CQ6A 1WUGA 4A9HA 1EQFA 4CURA 2L5EA 4QSWA 4A9FA 5FE8A 4NR7A 3MB4A 5C87A 4Z1QA 4MR3A 5HM0A 4LDFA 5EPSA 5D3RA 5D0CA 5EI4A 5FFWA 5CUEA 4QUTA 5CS8A 4AKNA 3G0JA 5CGPA 4IR3A 4NS5A 5A81A 2RFJA 4O7AA 5AMEA 4QR4A 4MEOA 4UYGA 4HBVA 5K29A 5KHMA 3MB3A 3NXBA 4NR5A 3LQJA 4ZW1A 4XUAA 3P1CA 2YYNA 3S92A 3QZVA 3ONIA 3K2JA 5A5QA 4O7CA 3JVLA 4FLPA 4LC2A 4NQNA 5II1A 5TCMA 4IOQA 5HEMA 3IU6A 5HENA 3JVMA 2H60A 5CQ7A 5A85A 4A9OA 3Q2FA 2DVQA 2E3KA 1JM4B 4NRBA 2GRCA 2OO1A 4PCIA 5EGUA 4CUQA 5DKCA 2NXBA 4XYAA 5H1UA 5I80A 5DYUA 3LJWA 3P1EA 4Q0OA 4UIXA 5FE4A 2WP1A 2R0YA 4UYFB 5LVRA 5L97A 4QEWA 4TU6A 5DBMA 4QYDA 4A9EA 3U5LA 5IGMA 3HMEA 5EVAA 5E3GA 5CY9A 5HLSA 5F62A 3SVHA 5LKXA 4MEPA 4PKLA 4NR4A 5D7XA 5EA1A 5FE6A 3TLPA 4QSQA 2YDWA 5FB1A 3D7CA 2RO1A 4KV4A 4CFLA 3U5PA 4NUDA 5A82A 4HXNA 4A9KA 5F61A 5E7DA 4YAXA 3D1DA 4YYDA 5DYAA 4J3IA 5D3PA 4LRGA 4UYDA 5A83A 4DONA 4O7EA 5E74A 5ENGA 3O34A 1ZS5A 4PCEA 5TB6A 4YYKA 2E7OA 4N4GA 4Y03A 5EP7A 3DWYA 2MJVB 5ENEA 4YH4A 5G4SA 4BJXA 5FE3A 3HMHA 2RI7A 2DVRA 5I29A 4O7BA 4TTEA 5ENIA 3DAIA 4A9IA 4PY6A 4BW3A 4YYJA 5ACYA 5KTUA 5CUDA 3S91A 4QZSA 3O35A 5ENFA 4ZQLA 3UVWA 5LJ1A 3U5MA 5I83A 5FFVA 2L84A 4XY8A 5EWDA 5CUCA 3MQMA 2L85A 5E9KA 1JSPB 4ALGA 4HXOA 5F63A 4UYFA 4BHWA 4O74A 4QEUA 4YYHA 4O76A 5CZGA 4IR5A 5II2A 4Z6IA 3U5JA 4HXKA 4LYIA 4WIVA 2F6JA 5CFWA 4Q0NA 5EQ1A 5C85A 5F5ZA 4YH3A 4LZSA 4Z6HA 2YEMA 4QSXA 4HXLA 4N4FA 5AD3A 4LZRA 5F1LA 3O36A 4YYGA 4NUCA 2F6NA 3IU5A
chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4XUB A;  5IGN A;  5JI8 A;  4HBX A;  4TYL A;  3UVX A;  5A5O A;  4A9L A;  5FH8 A;  2DKW A;  5FE0 A;  3JVJ A;  4Z93 A;  2R0V A;  5IID A;  4LYS A;  4O71 A;  5C8G A;  4TT4 A;  4LR6 A;  5DKD A;  4MR4 A;  5BT5 A;  4YAT A;  5L8T A;  5CQT A;  3SVF A;  3G0L A;  4X2I A;  5E73 A;  5BT4 A;  3QZT A;  5IG6 A;  5COI A;  5I1Q A;  3Q2E A;  4NYW A;  3MXF A;  4YBT A;  4LYW A;  5LKU A;  3UV4 A;  5E3D A;  5A5N A;  2DAT A;  4RVR A;  5FE5 A;  4NYX A;  5HQ5 A;  5DFC A;  5CP5 A;  4TU4 A;  4J1P A;  5HRX A;  4NR9 A;  4QR5 A;  4NR6 A;  5HJC A;  4NRC A;  4IR6 A;  4QYL A;  5D3S A;  5HRV A;  5ENH A;  5F3A A;  5I86 A;  2I7K A;  5IGL A;  4C67 A;  5D3N A;  5FG6 A;  4NR8 A;  5EWH A;  5FDZ A;  2R10 A;  4KV1 A;  5E9Y A;  4ZC9 A;  1WUM A;  2N9G A;  5CPE A;  4XY9 A;  5E9I A;  4BW1 A;  4PS5 A;  5G4R A;  5HEL A;  4UIW A;  5ENJ A;  4OUF A;  5FH6 A;  5D26 A;  2R0S A;  4A9J A;  1N72 A;  5LUU A;  4E96 A;  3QZS A;  4A9M A;  4UIZ A;  5CU8 A;  4HXR A;  4CL9 A;  2D9E A;  4IOO A;  2OUO A;  5AD2 A;  3MUK A;  5CQ4 A;  5EK9 A;  2RS9 B;  4QSS A; 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