4UYGA

C-terminal bromodomain of human brd2 with i-bet726 (gsk1324726a)
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
109
structure length
109
Chain Sequence
SEQLKHCNGILKELLSKKHAAYAWPFYKPVDASALGLHDYHDIIKHPMDLSTVKRKMENRDYRDAQEFAADVRLMFSNCYKYNPPDHDVVAMARKLQDVFEFRYAKMPD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title The Discovery of I-Bet726 (Gsk1324726A), a Potent Tetrahydroquinoline Apoa1 Up-Regulator and Selective Bet Bromodomain Inhibitor.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2
molecule tags Transcription
source organism Homo sapiens
total genus 40
structure length 109
sequence length 109
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-08-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4uygA00
4QSUA 5CQ4A 5FH8A 5DYUA 3U5KA 5D7XA 4MEOA 5EPBA 5I86A 3DAIA 5DYXA 5LKZA 4ALHA 4A9IA 4TS8A 3FKMX 5CQ3A 5H85A 4YABA 3G0JA 5E9VA 2R0VA 3D7CA 3O34A 1F68A 3G0LA 5CQTA 2RO1A 5I7XA 5BT5A 5EWDA 3ZYUA 3O36A 5F25A 5AMEA 4ZC9A 4CUQA 4YYDA 4XY9A 4YBTA 5D24A 4AKNA 4HXKA 5EWCA 4NRBA 4LZSA 3U5PA 4CUTA 4XY8A 4A9OA 5ENGA 2DVQA 5FE1A 5D3RA 4NRCA 4O77A 3SVHA 3Q2FA 2I8NA 5G4SA 5C8GA 5KO4A 5DYCA 3RCWA 4NYWA 5D3JA 3LQIA 5HENA 5ETBA 2NXBA 5FG4A 4J0RA 2OUOA 5EA1A 5F60A 5IGKA 5LKUA 4HXSA 4YBMA 4QSQA 4TT4A 2MJVB 4O7AA 2GRCA 4DONA 5DKHA 4UIXA 2DATA 4TU6A 4YYMA 5F5ZA 3O37A 4YK0A 3JVLA 4QZSA 4ZQLA 5BT4A 4PKLA 5EWHA 3UV2A 2RI7A 4HXNA 5ENEA 5FFVA 4OGJA 2D9EA 5I29A 5FB1A 5A81A 5EP7A 5FFWA 2YYNA 3UVXA 4MEQA 4LZRA 4UIVA 5C7NA 5H1UA 2YQDA 5ENJA 4HXLA 4KCXA 4IOOA 5A5OA 4QYDA 5I80A 5IGMA 2YELA 5HFRA 2YEKA 5L99A 5CRMA 4UYFA 4BJXA 4J1PA 4HBXA 5I40A 5E9IA 2R0SA 4UIUA 5CUCA 5ENCA 4C66A 5F61A 4O72A 2E7OA 5D3NA 5LJ0A 4QR4A 4IR4A 4YAXA 5A5PA 5F2PA 1EQFA 5A85A 5HRVA 1JSPB 5EI4A 5FG5A 4QYLA 3P1FA 4YYNA 5FE2A 3Q2EA 5JWMA 5DKCA 4ZW1A 4ALGA 4YY6A 4LYSA 4UYGA 3HMEA 5DFDA 5A83A 2RNWA 4XUAA 4YATA 4HXPA 4NR5A 5E74A 4MR5A 5DYAA 5CQ5A 4QY4A 5CGPA 4CUSA 4QUUA 4QSRA 4LZ2A 4QEWA 5L96A 3MUKA 3QZTA 4CFLA 4QSPA 4FLPA 5EGUA 4NUCA 4XYAA 3MXFA 5LKTA 4Z1SA 4Z6IA 3MULA 5E3DA 4NUEA 4BW1A 4KV4A 3S92A 2H60A 4NQNA 5K29A 4NYXA 5EWVA 2R0YA 4YYHA 1ZS5A 4NYVA 4IR3A 5L98A 4PY6A 5IBNA 4MR4A 3ONIA 4YADA 5HELA 4LYIA 4A9EA 3K2JA 5G4RA 5CFWA 4QNSA 4NR6A 4BW3A 2WP1A 5EPSA 5A5RA 5AD2A 5EQ1A 5EWWA 4O7FA 2RNYA 5EICA 5I7YA 1JM4B 2E7NA 4YC9A 4BW2A 4UYDA 4WHWA 4KV1A 5CUGA 5FB0A 5HM0A 4LR6A 5CUDA 3MQMA 5D3PA 4BHWA 4CFKA 4NRAA 4IR5A 5FH6A 2L84A 3U5MA 5KTUA 5LJ1A 4A9NA 2DKWA 3MB4A 3UVWA 2YDWA 4O75A 2YW5A 4CLBA 4UIZA 3U5NA 4O76A 5EVAA 4PCEA 5H1VA 5CY9A 4N3WA 5CZGA 5LVQA 5E9KA 2R10A 5FE5A 3UVYA 5CQ8A 5A82A 4CURA 5HRWA 4O7BA 4QUTA 3JVMA 2RS9B 4NUDA 5C85A 4XUBA 5CUBA 4TQNA 5DX4A 4Q0NA 2OSSA 4A9MA 5C87A 3LXJA 3DWYA 4Y03A 5CQ7A 4CL9A 4UYEA 4IR6A 4QC3A 4CUPA 2KTBB 1WUMA 4A9FA 5F3AA 4N4FA 5DFBA 5IGNA 2DVSA 5D0CA 5CUEA 4BW4A 5KU3A 5CS8A 5DLXA 5AD3A 5HCLA 5I89A 2DVRA 4Q0OA 4PCIA 5CTLA 4QBMA 5D25A 5E73A 5EM3A 4HXOA 5DY7A 5FDZA 5D26A 3JVKA 3O33A 4MR3A 5F36A 2WP2A 2L5EA 5I88A 5C89A 5J0DA 4QSXA 4YYJA 5A7CA 4GPJA 5E7DA 3TLPA 5KHMA 5II2A 5DW1A 5F62A 2D82A 4QR3A 5EISA 3UV5A 4Z93A 3P1DA 5D3SA 5A5NA 4N4IA 4YYGA 3U5JA 5FE3A 5C4QA 5CP5A 5ENIA 4NR9A 5F1LA 3QZVA 5DFCA 3QZSA 5F1HA 4Z1QA 5DBMA 5DKDA 5EU1A 4WIVA 4O70A 2RFJA 3MB3A 5I1QA 2G4AA 2LSPB 3AADA 3HMHA 5CRZA 5HRXA 5LUUA 4O7CA 3LQJA 4Z6HA 5HJCA 5HFQA 5TCMA 4N4HA 4A9HA 4YYIA 2DVVA 4PS5A 5L8UA 5E3GA 4YYKA 5D3LA 4MEPA 3P5OA 4WHUA 4HBVA 4HBYA 5HEMA 4MR6A 3I3JA 5HQ6A 4TZ8A 3AQAA 4N4GA 4TTEA 5D3HA 5A5SA 4NQMA 5D3TA 5DLZA 5L8TA 2OO1A 5E9MA 3P1CA 4UYFB 4LRGA 5ENHA 3IU6A 3SVFA 3JVJA 2E3KA 5COIA 4O7EA 5FE6A 5AMFA 4IORA 4QC1A 5EV9A 3SVGA 2I7KA 3LQHA 4UIYA 3U5OA 5KTWA 4TT2A 4RVRA 2F6NA 4OGIA 3O35A 5LKXA 5IGLA 2DWWA 4F3IA 5FE9A 4J3IA 4O78A 5E9LA 4TT6A 1X0JA 3S91A 5II1A 5ENFA 5FBXA 4UITA 4QB3A 5EPRA 2L85A 2FSAA 5LJ2A 5CUAA 4X2IA 3UW9A 5BT3A 5KTXA 5E9YA 4NR8A 4LC2A 4MENA 5FH7A 5LVRA 5FG6A 3UVDA 4QEVA 3LJWA 4UYHA 1WUGA 5FE4A 4A9JA 5IIDA 5ACYA 3GG3A 5A5QA 3NXBA 4QEUA 5HQ5A 4TYLA 3IU5A 3U5LA 5JI8A 2RNXA 4A9KA 5FE8A 4QSSA 5HLSA 4YY4A 4PTBA 5F63A 4E96A 5ETDA 4HXMA 1N72A 4TU4A 5CU8A 4NS5A 4YH3A 4TZ2A 4NR7A 4C67A 5FE7A 4QR5A 4IOQA 5ENBA 4YBSA 4A9LA 3P1EA 5FE0A 5CQAA 4J0SA 4YH4A 5FFYA 2F6JA 4O71A 4QSVA 5HQ7A 5CQ6A 5L97A 2N9GA 5CPEA 5DW2A 4CUUA 4HBWA 4O74A 4QSWA 5EK9A 4HXRA 1E6IA 4QSTA 4OUFA 5E0RA 3UV4A 4LYWA 3HMFA 5IG6A 5TB6A 2YEMA 4UIWA 4NR4A 4LDFA 4NXJA 5H1TA 5I83A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VKGA 4QSUA 5CQ4A 5FH8A 5DYUA 3U5KA 5D7XA 4MEOA 5EPBA 5I86A 3DAIA 5DYXA 5LKZA 4ALHA 4A9IA 4TS8A 3FKMX 5CQ3A 5H85A 4YABA 3G0JA 5E9VA 2R0VA 3D7CA 3O34A 1F68A 3G0LA 5CQTA 2RO1A 5I7XA 5BT5A 5EWDA 3ZYUA 3O36A 5F25A 5AMEA 4ZC9A 4CUQA 4YYDA 4XY9A 4YBTA 5D24A 4AKNA 3D1BA 4HXKA 5EWCA 4NRBA 4LZSA 3U5PA 4CUTA 4XY8A 4A9OA 5ENGA 2DVQA 5FE1A 5D3RA 4NRCA 4O77A 3SVHA 3Q2FA 2I8NA 5G4SA 5C8GA 5KO4A 5DYCA 3RCWA 4NYWA 5D3JA 3LQIA 5HENA 5ETBA 2NXBA 5FG4A 4J0RA 2OUOA 5EA1A 5F60A 5IGKA 5LKUA 4HXSA 4YBMA 4QSQA 4AKGA 4TT4A 2MJVB 4O7AA 2GRCA 1PUOA 4DONA 5DKHA 4UIXA 2DATA 4TU6A 4YYMA 5F5ZA 3O37A 4YK0A 3JVLA 4QZSA 4ZQLA 5BT4A 4PKLA 5EWHA 3UV2A 2RI7A 4HXNA 5ENEA 5FFVA 4OGJA 2D9EA 5I29A 5FB1A 5A81A 5EP7A 5FFWA 2YYNA 3UVXA 4MEQA 4LZRA 4UIVA 5C7NA 5H1UA 2YQDA 5ENJA 4HXLA 4KCXA 4IOOA 5A5OA 4QYDA 5I80A 5IGMA 2YELA 5HFRA 2YEKA 5L99A 5CRMA 3VKHA 4UYFA 4BJXA 4J1PA 4HBXA 5I40A 5E9IA 2R0SA 4UIUA 5CUCA 5ENCA 4C66A 5F61A 4O72A 2E7OA 5D3NA 5LJ0A 4QR4A 4IR4A 4YAXA 5A5PA 5F2PA 1EQFA 5A85A 5HRVA 1JSPB 5EI4A 5FG5A 4QYLA 3P1FA 4YYNA 5FE2A 3Q2EA 5JWMA 5DKCA 4ZW1A 4ALGA 4YY6A 1ZKRA 4LYSA 4UYGA 3HMEA 5DFDA 5A83A 2RNWA 4XUAA 4YATA 4HXPA 4NR5A 5E74A 4MR5A 5DYAA 5CQ5A 4QY4A 5CGPA 4CUSA 4QUUA 4QSRA 4LZ2A 4QEWA 5L96A 3MUKA 3QZTA 4CFLA 4QSPA 4FLPA 5EGUA 4NUCA 4XYAA 3MXFA 5LKTA 4Z1SA 4Z6IA 3MULA 5E3DA 4NUEA 4BW1A 4KV4A 3S92A 2H60A 4NQNA 5K29A 4NYXA 5EWVA 2R0YA 4YYHA 1ZS5A 4NYVA 4IR3A 5L98A 4PY6A 5IBNA 4MR4A 3ONIA 4YADA 5HELA 4LYIA 4A9EA 3K2JA 5G4RA 5CFWA 4QNSA 4NR6A 4BW3A 2WP1A 5EPSA 5A5RA 5AD2A 5EQ1A 5EWWA 4O7FA 2RNYA 5EICA 5I7YA 1JM4B 2E7NA 4YC9A 4BW2A 4UYDA 4WHWA 4KV1A 5CUGA 5FB0A 5HM0A 4LR6A 5CUDA 3MQMA 5D3PA 4BHWA 4CFKA 4NRAA 4IR5A 5FH6A 2L84A 3U5MA 5KTUA 5LJ1A 4A9NA 2DKWA 3MB4A 3UVWA 2YDWA 4O75A 2YW5A 4CLBA 4UIZA 3U5NA 4O76A 5EVAA 4PCEA 5H1VA 5CY9A 4N3WA 5CZGA 5LVQA 5E9KA 2R10A 5FE5A 3UVYA 5CQ8A 5A82A 4CURA 5HRWA 4O7BA 4QUTA 3JVMA 2RS9B 4NUDA 5C85A 4XUBA 5CUBA 4TQNA 5DX4A 4Q0NA 2OSSA 4A9MA 5C87A 3LXJA 3DWYA 4Y03A 5CQ7A 4CL9A 4UYEA 4IR6A 4QC3A 4CUPA 2KTBB 1WUMA 4A9FA 5F3AA 4N4FA 5DFBA 5IGNA 2DVSA 5D0CA 5CUEA 4BW4A 5KU3A 5CS8A 5DLXA 5AD3A 5HCLA 5I89A 2DVRA 4Q0OA 4PCIA 5CTLA 4QBMA 5D25A 5E73A 5EM3A 4HXOA 5DY7A 5FDZA 5D26A 3JVKA 3O33A 4MR3A 5F36A 2WP2A 2L5EA 5I88A 5C89A 5J0DA 4QSXA 4YYJA 5A7CA 4GPJA 5E7DA 3TLPA 5KHMA 5II2A 5DW1A 5F62A 2D82A 4QR3A 5EISA 3UV5A 4Z93A 3P1DA 5D3SA 5A5NA 4N4IA 4YYGA 3U5JA 5FE3A 5C4QA 5CP5A 5ENIA 4NR9A 5F1LA 3QZVA 5DFCA 3QZSA 5F1HA 4AKHA 4Z1QA 5DBMA 5DKDA 5EU1A 4WIVA 4O70A 2RFJA 3MB3A 5I1QA 2G4AA 2LSPB 3AADA 3HMHA 5CRZA 5HRXA 5LUUA 4O7CA 3LQJA 4Z6HA 5HJCA 5HFQA 5TCMA 4N4HA 4A9HA 4YYIA 2DVVA 4PS5A 5L8UA 5E3GA 4YYKA 5D3LA 4MEPA 3P5OA 4WHUA 4HBVA 4HBYA 5HEMA 4MR6A 3I3JA 5HQ6A 4TZ8A 3AQAA 4N4GA 4TTEA 5D3HA 5A5SA 4NQMA 5D3TA 4AI6A 5DLZA 5L8TA 2OO1A 5E9MA 3P1CA 4UYFB 4LRGA 5ENHA 3IU6A 3SVFA 3JVJA 2E3KA 5COIA 4O7EA 5FE6A 5AMFA 4IORA 4QC1A 5EV9A 2EJNA 3SVGA 2I7KA 3LQHA 4UIYA 3U5OA 5KTWA 4TT2A 4RVRA 2F6NA 4OGIA 3O35A 5LKXA 5IGLA 2DWWA 4F3IA 5FE9A 4J3IA 4O78A 5E9LA 4TT6A 1X0JA 3S91A 4AKIA 5II1A 5ENFA 5FBXA 4UITA 4QB3A 5EPRA 2L85A 2FSAA 5LJ2A 5CUAA 4X2IA 3UW9A 5BT3A 5KTXA 5E9YA 4NR8A 4LC2A 4MENA 5FH7A 5LVRA 5FG6A 3UVDA 4QEVA 3LJWA 4UYHA 1WUGA 5FE4A 4A9JA 5IIDA 5ACYA 3GG3A 5A5QA 3NXBA 3ERRA 4QEUA 5HQ5A 4TYLA 3IU5A 3U5LA 5JI8A 2RNXA 4A9KA 5FE8A 4QSSA 5HLSA 4YY4A 4PTBA 5F63A 4E96A 5ETDA 4HXMA 1N72A 4TU4A 5CU8A 4NS5A 4YH3A 4TZ2A 4NR7A 4C67A 5FE7A 4QR5A 4IOQA 5ENBA 4YBSA 4A9LA 3D1DA 3P1EA 5FE0A 5CQAA 4J0SA 4YH4A 5FFYA 2F6JA 4O71A 4QSVA 5HQ7A 5CQ6A 5L97A 2N9GA 5CPEA 5DW2A 4CUUA 4HBWA 4O74A 4QSWA 5EK9A 4HXRA 1E6IA 4QSTA 4OUFA 5E0RA 3UV4A 4LYWA 3HMFA 5IG6A 5TB6A 2YEMA 4UIWA 4NR4A 4LDFA 4NXJA 5H1TA 5I83A
chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4QSU A;  5CQ4 A;  5FH8 A;  5DYU A;  3U5K A;  5D7X A;  4MEO A;  5EPB A;  5I86 A;  3DAI A;  5DYX A;  5LKZ A;  4ALH A;  4A9I A;  4TS8 A;  3FKM X;  5CQ3 A;  5H85 A;  4YAB A;  3G0J A;  5E9V A;  2R0V A;  3D7C A;  3O34 A;  1F68 A;  3G0L A;  5CQT A;  2RO1 A;  5I7X A;  5BT5 A;  5EWD A;  3ZYU A;  3O36 A;  5F25 A;  5AME A;  4ZC9 A;  4CUQ A;  4YYD A;  4XY9 A;  4YBT A;  5D24 A;  4AKN A;  4HXK A;  5EWC A;  4NRB A;  4LZS A;  3U5P A;  4CUT A;  4XY8 A;  4A9O A;  5ENG A;  2DVQ A;  5FE1 A;  5D3R A;  4NRC A;  4O77 A;  3SVH A;  3Q2F A;  2I8N A;  5G4S A;  5C8G A;  5KO4 A;  5DYC A;  3RCW A;  4NYW A;  5D3J A;  3LQI A;  5HEN A;  5ETB A;  2NXB A;  5FG4 A;  4J0R A;  2OUO A;  5EA1 A;  5F60 A;  5IGK A;  5LKU A;  4HXS A;  4YBM A;  4QSQ A;  4TT4 A;  2MJV B;  4O7A A;  2GRC A;  4DON A;  5DKH A;  4UIX A;  2DAT A;  4TU6 A;  4YYM A;  5F5Z A;  3O37 A;  4YK0 A;  3JVL A;  4QZS A;  4ZQL A;  5BT4 A;  4PKL A;  5EWH A;  3UV2 A;  2RI7 A;  4HXN A;  5ENE A;  5FFV A;  4OGJ A;  2D9E A;  5I29 A;  5FB1 A;  5A81 A;  5EP7 A;  5FFW A;  2YYN A; 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