4CL9A

N-terminal bromodomain of human brd4 with i-bet295
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title The Structure Based Design of Dual Hdac/Bet Inhibitors as Novel Epigenetic Probes.
doi rcsb
molecule keywords BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 4
molecule tags Transcription
source organism Homo sapiens
total genus 43
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-01-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4cl9A01
4HBVA 4MEPA 5CU8A 5FE3A 5CQ8A 3TLPA 3UVYA 4QSWA 5HRVA 4NR4A 4IR4A 4PCEA 5CFWA 2DVVA 5FE6A 4TU6A 5DX4A 4NYXA 4XYAA 4UYEA 3UV5A 5F25A 4QSTA 3O37A 5BT5A 2GRCA 1N72A 5FE2A 4YBMA 5ENFA 4A9MA 4J0SA 1X0JA 5COIA 5D3HA 5IGKA 3IU6A 5L8UA 5H1UA 5A5NA 5KO4A 2RO1A 1EQFA 4ZQLA 4LZ2A 5HFRA 5IGNA 4UIXA 5F36A 5A81A 5I1QA 3MB3A 3MULA 5C7NA 4PKLA 5D7XA 4FLPA 4Z93A 4CURA 5FG4A 3O33A 5TCMA 5A85A 2YEKA 4QC3A 5FH6A 4CFKA 5CGPA 5CUAA 4IR3A 2L84A 4CLBA 2YDWA 5A5PA 5G4SA 4MEOA 5HRXA 4J3IA 2D9EA 4IR5A 5A7CA 5II2A 3UVWA 5IG6A 5AD3A 4XUAA 5E7DA 5KTXA 4IOOA 5CPEA 4ALHA 4MEQA 3UV4A 4ALGA 4O7AA 3ONIA 4PY6A 4QZSA 5ETBA 5DFCA 5BT4A 5DYXA 5E9VA 5I88A 5A5OA 4A9OA 4TU4A 4LYSA 5J0DA 4NR8A 4YC9A 4A9LA 4YYDA 4N4FA 5HQ7A 4LR6A 5KHMA 5HM0A 3K2JA 2RNXA 2I7KA 5HCLA 4Q0OA 2L85A 4O7CA 5C89A 2RFJA 4NRBA 3Q2EA 3U5OA 3MB4A 5G4RA 5EWDA 4OGJA 5F62A 3QZVA 2G4AA 4KCXA 5DKCA 5EP7A 4NUCA 5F63A 4HXLA 5FE7A 3HMEA 5AMEA 4QSPA 5D3NA 5EQ1A 2DWWA 5DLZA 2E7NA 5LVQA 5EI4A 3MUKA 4O72A 3LXJA 4NUEA 4CUPA 5I40A 3D7CA 5ACYA 5I29A 3G0LA 4QR5A 3JVMA 5DBMA 5EA1A 3DAIA 3I3JA 4N4HA 5CRZA 5L99A 5E0RA 4O7BA 5D3RA 5HJCA 3ZYUA 4DONA 4IOQA 5I7YA 4UYFA 4QUTA 2RI7A 5D3TA 3JVJA 4NRAA 5C87A 3MXFA 4WHUA 4LYWA 5FFYA 5IGMA 4O74A 4Z1QA 5F61A 2KTBB 4TTEA 3O35A 3SVGA 3SVFA 5LJ2A 5DKDA 5C8GA 4UIVA 3G0JA 4A9KA 2DVRA 2RS9B 5D3LA 5EWVA 4QSVA 5L96A 5HQ6A 5I80A 2R0YA 5A83A 4CFLA 2R0SA 5HENA 4NQNA 4O76A 5ETDA 4HXKA 5H1TA 4NRCA 2D82A 4KV1A 5CQ7A 5F3AA 5FDZA 5E9YA 4QBMA 4UYGA 3SVHA 2YELA 3QZSA 4NYVA 2DVQA 4BHWA 4LZSA 5L8TA 2OUOA 4QC1A 4AKNA 4A9NA 4MR3A 5D3PA 5EV9A 1WUMA 5BT3A 4CUQA 5E74A 5II1A 4YYMA 5H85A 4NR6A 5LVRA 5CQTA 3Q2FA 4HXRA 3UVDA 4YYJA 5FH7A 4LRGA 4UIZA 5EGUA 4X2IA 4HBXA 4TZ8A 5FFVA 5CY9A 2NXBA 4QSQA 2R0VA 5DW1A 5HQ5A 5CS8A 4QSRA 4HXSA 4TS8A 4YY4A 2I8NA 1ZS5A 5KTUA 5L97A 4HBYA 4YYHA 4OGIA 5FG6A 4QSXA 2WP2A 5EK9A 1JM4B 1E6IA 4O77A 4E96A 3U5MA 2DVSA 4Z6IA 4O78A 2DKWA 4YH4A 4QNSA 5D24A 5FB0A 4XY8A 4OUFA 1JSPB 5D25A 5DYAA 5EPBA 5KTWA 2RNWA 4PTBA 4HXNA 4O75A 4UIUA 5FE0A 4UYFB 5LKZA 1F68A 5CUCA 4YK0A 4NYWA 5H1VA 3U5JA 4UITA 5TB6A 4Z1SA 5LJ0A 4A9HA 4J0RA 4NUDA 3JVKA 3LJWA 2DATA 4LDFA 3UV2A 5CTLA 2R10A 3LQHA 5ENBA 5DYCA 2YW5A 5FB1A 5EICA 4YH3A 5ENIA 4QB3A 5I89A 4YAXA 5DY7A 5LKXA 4TQNA 4QSSA 3MQMA 4O7FA 5FG5A 5A82A 5FE4A 3GG3A 5LKUA 4TT2A 5E9MA 5E9KA 1WUGA 4CL9A 4MENA 4CUTA 5LJ1A 2OSSA 5IIDA 3LQIA 4QYLA 5DW2A 5ENGA 4KV4A 3LQJA 4O70A 5FE1A 4GPJA 4TT6A 3UW9A 5CQ4A 4YY6A 4NR5A 5CUEA 4UYHA 4HXPA 3FKMX 5D26A 3U5PA 4QEWA 5HEMA 4QSUA 4NR9A 2F6NA 4YATA 5FH8A 5I86A 4IORA 4YABA 4WIVA 5JI8A 5HLSA 4NQMA 5CQ5A 5CQ3A 4ZC9A 5CUGA 5FFWA 2YQDA 5DYUA 4CUUA 5F5ZA 5CP5A 5E3DA 3U5LA 2E7OA 4LYIA 4XUBA 3P5OA 4QUUA 2N9GA 4NXJA 4YYGA 4Y03A 4N4GA 2WP1A 3QZTA 5E9IA 5LUUA 3RCWA 5L98A 2H60A 5A5SA 2E3KA 4BJXA 3UVXA 5KU3A 5CZGA 4F3IA 4YBTA 3O36A 4A9JA 4PCIA 5EWCA 5A5QA 4Q0NA 3U5NA 5EWWA 4YYKA 4O71A 3P1DA 3P1FA 4TZ2A 4A9IA 5I7XA 2YEMA 2F6JA 5HRWA 4C66A 4N4IA 3AQAA 5EPSA 5A5RA 5CQAA 5ENHA 4O7EA 4WHWA 5HELA 4J1PA 4HXOA 4BW1A 5HFQA 3P1EA 2FSAA 3IU5A 5F1HA 5C85A 4QR3A 5AD2A 5F1LA 5FBXA 4YYIA 2L5EA 5IGLA 4UYDA 5EVAA 4QY4A 5CRMA 4Z6HA 5EM3A 4MR6A 5EPRA 4A9FA 5E3GA 5D3SA 5JWMA 5CUDA 5ENEA 5EU1A 4BW2A 4LZRA 4C67A 5EISA 4LC2A 4QEVA 5FE9A 4MR4A 3DWYA 5DKHA 5E73A 4QYDA 4YBSA 4HXMA 4BW4A 3S91A 4ZW1A 3NXBA 3S92A 5LKTA 2LSPB 5F2PA 5ENCA 2RNYA 5FE8A 2OO1A 5ENJA 2MJVB 5DLXA 4TT4A 4CUSA 5C4QA 5K29A 4XY9A 4UIWA 2YYNA 4NR7A 5AMFA 3U5KA 4A9EA 4NS5A 4QEUA 5FE5A 4IR6A 4YYNA 5D0CA 4N3WA 5F60A 3JVLA 3HMFA 4BW3A 3HMHA 3O34A 4PS5A 4TYLA 4YADA 5DFBA 5CQ6A 5CUBA 4RVRA 5DFDA 4MR5A 3P1CA 5EWHA 4QR4A 4HBWA 3AADA 4UIYA 5IBNA 5I83A 5D3JA 5E9LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HBVA 4MEPA 1PUOA 5CU8A 5CQ8A 5FE3A 3TLPA 3UVYA 4QSWA 5HRVA 4NR4A 4IR4A 4PCEA 5CFWA 2DVVA 5FE6A 4TU6A 5DX4A 4NYXA 4XYAA 4UYEA 3UV5A 5F25A 4QSTA 3O37A 5BT5A 2GRCA 1N72A 5FE2A 4YBMA 5ENFA 4A9MA 4J0SA 1X0JA 5COIA 5D3HA 5IGKA 3IU6A 5L8UA 5H1UA 3ERRA 5A5NA 5KO4A 2RO1A 1EQFA 4ZQLA 4LZ2A 5HFRA 5IGNA 4UIXA 5F36A 5A81A 5I1QA 3MB3A 3MULA 5C7NA 4PKLA 5D7XA 4FLPA 4Z93A 4CURA 5FG4A 3O33A 5TCMA 5A85A 2YEKA 4QC3A 5FH6A 4CFKA 5CGPA 5CUAA 4IR3A 2L84A 4CLBA 2YDWA 5A5PA 5G4SA 4MEOA 5HRXA 4J3IA 2D9EA 4IR5A 5A7CA 5II2A 3UVWA 5IG6A 5AD3A 4XUAA 5E7DA 5KTXA 4IOOA 5CPEA 4ALHA 4MEQA 3UV4A 3D1DA 4ALGA 4O7AA 3ONIA 4PY6A 4QZSA 5ETBA 5DFCA 5BT4A 5DYXA 5E9VA 5I88A 5A5OA 4A9OA 4TU4A 4LYSA 5J0DA 4NR8A 4YC9A 4A9LA 4YYDA 4N4FA 5HQ7A 4LR6A 5KHMA 5HM0A 3K2JA 2RNXA 2I7KA 5HCLA 4Q0OA 2L85A 4O7CA 5C89A 1ZKRA 2RFJA 4NRBA 3Q2EA 3U5OA 3MB4A 5G4RA 5EWDA 4OGJA 5F62A 3QZVA 2G4AA 4KCXA 5DKCA 5EP7A 4NUCA 5F63A 4HXLA 5FE7A 3HMEA 5AMEA 4QSPA 5D3NA 5EQ1A 2DWWA 5DLZA 2E7NA 5LVQA 5EI4A 3MUKA 4O72A 3LXJA 4NUEA 4CUPA 5I40A 3D7CA 5ACYA 5I29A 3G0LA 4QR5A 3JVMA 5DBMA 5EA1A 3DAIA 3I3JA 4N4HA 5CRZA 5L99A 5E0RA 4O7BA 5D3RA 5HJCA 3ZYUA 4DONA 4IOQA 5I7YA 4UYFA 4QUTA 2RI7A 5D3TA 3JVJA 4NRAA 5C87A 3MXFA 4WHUA 4LYWA 5FFYA 5IGMA 4O74A 4Z1QA 5F61A 2KTBB 4TTEA 3O35A 3SVGA 3SVFA 3VKHA 5LJ2A 5DKDA 5C8GA 4UIVA 3G0JA 4A9KA 2DVRA 2RS9B 5D3LA 5EWVA 4QSVA 5L96A 5HQ6A 5I80A 2R0YA 5A83A 4CFLA 2R0SA 5HENA 4NQNA 4O76A 5ETDA 4HXKA 5H1TA 4NRCA 2D82A 4KV1A 5CQ7A 5F3AA 5FDZA 4AKHA 5E9YA 4QBMA 4UYGA 3SVHA 2YELA 3QZSA 4NYVA 2DVQA 4BHWA 4LZSA 5L8TA 2OUOA 4QC1A 4AKNA 4A9NA 4MR3A 5D3PA 5EV9A 1WUMA 5BT3A 4CUQA 5E74A 5II1A 4YYMA 5H85A 4NR6A 5LVRA 3VKGA 5CQTA 3Q2FA 4HXRA 3UVDA 4YYJA 5FH7A 4LRGA 4UIZA 5EGUA 4X2IA 4HBXA 4TZ8A 5FFVA 5CY9A 2NXBA 4QSQA 2R0VA 5DW1A 5HQ5A 5CS8A 4QSRA 4HXSA 4TS8A 4YY4A 2I8NA 1ZS5A 5KTUA 5L97A 4HBYA 4YYHA 4OGIA 5FG6A 4QSXA 2WP2A 5EK9A 1JM4B 1E6IA 4O77A 4E96A 3U5MA 2DVSA 4Z6IA 3D1BA 4O78A 2DKWA 4YH4A 4QNSA 5D24A 5FB0A 4XY8A 2EJNA 4OUFA 1JSPB 5D25A 5DYAA 5EPBA 5KTWA 2RNWA 4PTBA 4HXNA 4O75A 4UIUA 5FE0A 4UYFB 5LKZA 1F68A 5CUCA 4YK0A 4NYWA 5H1VA 3U5JA 4UITA 5TB6A 4Z1SA 5LJ0A 4A9HA 4J0RA 4NUDA 3JVKA 3LJWA 2DATA 4LDFA 3UV2A 4AKIA 5CTLA 2R10A 3LQHA 5ENBA 5DYCA 2YW5A 5FB1A 5EICA 4YH3A 5ENIA 4QB3A 5I89A 4YAXA 5DY7A 5LKXA 4AI6A 4TQNA 4QSSA 3MQMA 4O7FA 5FG5A 5A82A 5FE4A 3GG3A 5LKUA 4TT2A 5E9MA 5E9KA 1WUGA 4CL9A 4MENA 4CUTA 5LJ1A 2OSSA 5IIDA 3LQIA 4QYLA 5DW2A 5ENGA 4KV4A 3LQJA 4O70A 5FE1A 4GPJA 4TT6A 3UW9A 5CQ4A 4YY6A 4NR5A 5CUEA 4UYHA 4HXPA 3FKMX 5D26A 3U5PA 4QEWA 5HEMA 4QSUA 4NR9A 2F6NA 4YATA 5FH8A 5I86A 4IORA 4YABA 4WIVA 5JI8A 5HLSA 4NQMA 5CQ5A 5CQ3A 4ZC9A 5CUGA 5FFWA 2YQDA 5DYUA 4CUUA 5F5ZA 5CP5A 5E3DA 3U5LA 2E7OA 4LYIA 4XUBA 3P5OA 4QUUA 2N9GA 4NXJA 4YYGA 4Y03A 4N4GA 2WP1A 3QZTA 5E9IA 5LUUA 3RCWA 5L98A 2H60A 5A5SA 2E3KA 4BJXA 3UVXA 5KU3A 5CZGA 4F3IA 4YBTA 3O36A 4A9JA 4PCIA 5EWCA 5A5QA 4Q0NA 3U5NA 5EWWA 4YYKA 4O71A 3P1DA 3P1FA 4TZ2A 4A9IA 5I7XA 2YEMA 2F6JA 5HRWA 4C66A 4N4IA 3AQAA 5EPSA 5A5RA 5CQAA 5ENHA 4O7EA 4WHWA 5HELA 4J1PA 4HXOA 4BW1A 5HFQA 3P1EA 2FSAA 3IU5A 5F1HA 5C85A 4QR3A 5AD2A 5F1LA 5FBXA 4YYIA 2L5EA 5IGLA 4UYDA 5EVAA 4QY4A 5CRMA 4Z6HA 5EM3A 4MR6A 5EPRA 4A9FA 5E3GA 5D3SA 5JWMA 5CUDA 5ENEA 5EU1A 4BW2A 4LZRA 4C67A 5EISA 4LC2A 4QEVA 5FE9A 4MR4A 4AKGA 3DWYA 5DKHA 5E73A 4QYDA 4YBSA 4HXMA 4BW4A 3S91A 4ZW1A 3NXBA 3S92A 5LKTA 2LSPB 5F2PA 5ENCA 2RNYA 5FE8A 2OO1A 5ENJA 2MJVB 5DLXA 4TT4A 4CUSA 5C4QA 5K29A 4XY9A 4UIWA 2YYNA 4NR7A 5AMFA 3U5KA 4A9EA 4NS5A 4QEUA 5FE5A 4IR6A 4YYNA 5D0CA 4N3WA 5F60A 3JVLA 3HMFA 4BW3A 3HMHA 3O34A 4PS5A 4TYLA 4YADA 5DFBA 5CQ6A 5CUBA 4RVRA 5DFDA 4MR5A 3P1CA 5EWHA 4QR4A 4HBWA 3AADA 4UIYA 5IBNA 5I83A 5D3JA 5E9LA
chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4HBV A;  4MEP A;  5CU8 A;  5FE3 A;  5CQ8 A;  3TLP A;  3UVY A;  4QSW A;  5HRV A;  4NR4 A;  4IR4 A;  4PCE A;  5CFW A;  2DVV A;  5FE6 A;  4TU6 A;  5DX4 A;  4NYX A;  4XYA A;  4UYE A;  3UV5 A;  5F25 A;  4QST A;  3O37 A;  5BT5 A;  2GRC A;  1N72 A;  5FE2 A;  4YBM A;  5ENF A;  4A9M A;  4J0S A;  1X0J A;  5COI A;  5D3H A;  5IGK A;  3IU6 A;  5L8U A;  5H1U A;  5A5N A;  5KO4 A;  2RO1 A;  1EQF A;  4ZQL A;  4LZ2 A;  5HFR A;  5IGN A;  4UIX A;  5F36 A;  5A81 A;  5I1Q A;  3MB3 A;  3MUL A;  5C7N A;  4PKL A;  5D7X A;  4FLP A;  4Z93 A;  4CUR A;  5FG4 A;  3O33 A;  5TCM A;  5A85 A;  2YEK A;  4QC3 A;  5FH6 A;  4CFK A;  5CGP A;  5CUA A;  4IR3 A;  2L84 A;  4CLB A;  2YDW A;  5A5P A;  5G4S A;  4MEO A;  5HRX A;  4J3I A;  2D9E A;  4IR5 A;  5A7C A;  5II2 A;  3UVW A;  5IG6 A;  5AD3 A;  4XUA A;  5E7D A;  5KTX A;  4IOO A;  5CPE A;  4ALH A;  4MEQ A;  3UV4 A;  4ALG A;  4O7A A;  3ONI A;  4PY6 A;  4QZS A;  5ETB A;  5DFC A;  5BT4 A;  5DYX A;  5E9V A;  5I88 A;  5A5O A;  4A9O A;  4TU4 A;  4LYS A;  5J0D A;  4NR8 A;  4YC9 A;  4A9L A; 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