4CUPA

Crystal structure of human baz2b in complex with fragment-1 n09421
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
115
structure length
115
Chain Sequence
SMSVKKPKRDDSKDLALCSMILTEMETHEDAWPFLLPVNLKLVPGYKKVIKKPMDFSTIREKLSSGQYPNLETFALDVRLVFDNCETFNEDDSDIGRAGHNMRKYFEKKWTDTFK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Crystal Structure of Human Baz2B in Complex with Fragment-1 N09421
rcsb
molecule keywords BROMODOMAIN ADJACENT TO ZINC FINGER DOMAIN PROTEIN 2B
molecule tags Transcription
source organism Homo sapiens
total genus 42
structure length 115
sequence length 115
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-03-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4cupA00
4CFLA 4QC3A 4O7FA 5D26A 3LXJA 4QZSA 4O70A 5LUUA 5LKUA 4MEQA 4QC1A 4Z93A 4OGJA 5IGLA 5FE1A 5EU1A 5C89A 4O7CA 5CUBA 1X0JA 4NRCA 4BW2A 4Z1QA 5A85A 4A9NA 4YATA 5HEMA 5CRMA 2DATA 5FG6A 4UYEA 5JI8A 4YH3A 4A9EA 4WHWA 4UYDA 5EWVA 5EPBA 3S91A 2DVVA 4QEWA 5EV9A 5D3RA 5IGKA 5CP5A 4MENA 5E3DA 5F36A 5IIDA 3RCWA 5F5ZA 4IR3A 5EK9A 4HBXA 4PY6A 4CLBA 5IG6A 5TB6A 3U5PA 1JM4B 4UYGA 5E9LA 4Y03A 5A5SA 4A9JA 4QSTA 5FFYA 5E3GA 1EQFA 4MR4A 4NS5A 4QSQA 5A82A 2G4AA 4BW1A 5CU8A 2OUOA 5EICA 4O7BA 5HM0A 2LSPB 4XUAA 4XY9A 4J1PA 4TT4A 4NRBA 5DKCA 5E73A 4CFKA 5JWMA 3U5NA 4UYHA 5ACYA 2DVQA 5ETDA 3O33A 4N4GA 4NUDA 5I89A 4TU4A 4N4FA 2I7KA 3QZVA 2OO1A 4MEPA 4J3IA 4NRAA 5FE0A 3P1DA 4NYWA 3U5KA 3UVDA 3JVKA 2KTBB 5DLXA 5EWDA 4IR4A 5II2A 4ZW1A 4O78A 5L98A 5HENA 4XUBA 3TLPA 4YBSA 4UIXA 4UIVA 4Z6HA 3UVYA 5A5QA 5CQTA 3I3JA 4FLPA 4OUFA 5DYCA 3D7CA 3SVFA 4QEVA 5DFCA 1N72A 4LR6A 5D3TA 5CUDA 4MR6A 5DYXA 4LDFA 5CQ8A 4CUQA 4NXJA 5AD3A 5LJ0A 2H60A 2GRCA 5FB1A 4ZC9A 5BT4A 5CUEA 4QSSA 4UYFB 4E96A 2L85A 3U5OA 3S92A 5EVAA 5E7DA 5F61A 3JVJA 5DFDA 4O71A 4TZ2A 5ENFA 4LRGA 5E9YA 5G4RA 3Q2EA 5FE4A 5E9IA 5KO4A 3U5JA 4YYJA 2WP1A 2OSSA 4HXKA 4HBVA 3O36A 5BT3A 5F1LA 5EQ1A 5FE5A 4NR5A 4QBMA 5IBNA 5LJ1A 4CURA 3FKMX 4IR5A 3HMFA 5ENJA 4O7AA 4QSUA 5E74A 3HMHA 5L99A 5I1QA 5FE3A 5D7XA 5CY9A 3MUKA 5D3NA 5EPRA 5AD2A 4AKNA 2RO1A 2R0SA 2YDWA 5A5RA 5DW1A 5LVQA 5C87A 5DLZA 4TQNA 5LKZA 5KTXA 5KU3A 3HMEA 5E9KA 5CQ7A 4QEUA 3P1CA 4HXLA 5L97A 4XY8A 5FB0A 3Q2FA 4TTEA 4N4HA 5EI4A 5H1UA 4Q0OA 4KV4A 4PKLA 2F6JA 5A5OA 4NYXA 4X2IA 5IGNA 5FE7A 4QYLA 4NR9A 5BT5A 2E7OA 4Z6IA 2NXBA 5ENIA 3JVLA 2WP2A 4LYWA 5HRXA 4HXMA 4UIZA 4ALGA 5ETBA 4LZ2A 3DAIA 5A83A 4HBYA 4KCXA 3ZYUA 3P5OA 5D0CA 3GG3A 5HFQA 4QR3A 5DFBA 3IU5A 4YC9A 2YYNA 4HBWA 4O76A 5HQ5A 4PCIA 5KHMA 3G0LA 5I7XA 4O74A 4PS5A 2L5EA 4YABA 1ZS5A 5CPEA 5ENGA 3IU6A 3LJWA 3QZSA 2D9EA 3AADA 4NR4A 5F2PA 4A9FA 5CZGA 4LYIA 2R0VA 5CQ5A 4QSXA 5G4SA 2RFJA 5FE9A 5I83A 4YYIA 2YQDA 5HJCA 5DX4A 4BW4A 4A9HA 5FDZA 3LQHA 4QYDA 2DKWA 4YY6A 4A9KA 5CGPA 4YBMA 3UV2A 3O34A 4N4IA 4O7EA 1E6IA 5F3AA 4HXRA 4HXNA 4QSRA 4YK0A 4HXOA 5CUCA 5EP7A 5D3JA 5AMEA 5DW2A 5CUAA 5DKDA 2FSAA 5HCLA 3SVGA 4LYSA 4PCEA 5CRZA 5DY7A 4MEOA 3LQIA 4YYDA 4PTBA 3UVWA 4QSWA 4TU6A 5ENCA 4J0SA 5D3SA 4O75A 2YEKA 5ENBA 5D25A 4ZQLA 2YELA 5DKHA 5KTWA 2D82A 5EPSA 5K29A 3O37A 5AMFA 5A7CA 5IGMA 5E0RA 1F68A 5F62A 3MB4A 4QSVA 4WHUA 4CUPA 3QZTA 5EWCA 4C66A 5ENEA 5I29A 5HRVA 5C85A 3MXFA 4QUTA 4QUUA 5F25A 2F6NA 5A5NA 4Z1SA 3SVHA 5FFVA 4CUUA 4MR3A 5D3LA 4LC2A 3DWYA 4QR5A 3MQMA 3MB3A 4NQMA 5LKXA 2YEMA 4NUCA 4IR6A 5LKTA 1JSPB 4YBTA 4QSPA 5CFWA 4YYHA 3UV4A 4ALHA 3ONIA 5CS8A 4IOOA 4CL9A 3MULA 4J0RA 4LZRA 5EISA 5HRWA 5I88A 5F60A 5D3PA 4Q0NA 2YW5A 4N3WA 2RS9B 5CTLA 4A9OA 4TYLA 1WUGA 5D3HA 2MJVB 3P1EA 4HXPA 5II1A 5H85A 4QNSA 4UITA 5A5PA 4QB3A 5C4QA 4NR7A 2DWWA 5EA1A 4BJXA 4IORA 5KTUA 5J0DA 5FE8A 5L96A 4RVRA 4XYAA 2RNXA 5F1HA 4MR5A 5COIA 5ENHA 4NYVA 5I80A 4TZ8A 1WUMA 3O35A 2E7NA 4UIYA 5FH8A 5CQ3A 4YYNA 3LQJA 5LJ2A 5E9MA 2RNYA 4CUSA 4QR4A 5I40A 2RNWA 4O77A 5FH6A 4TT2A 4C67A 5L8UA 4QY4A 5FE2A 4BW3A 4A9LA 4GPJA 4IOQA 5H1TA 5LVRA 2RI7A 5CUGA 5DYAA 4CUTA 4YY4A 5FBXA 3K2JA 3UW9A 3P1FA 4NR8A 5E9VA 5F63A 4YYMA 5FH7A 5H1VA 5HLSA 4YH4A 5EGUA 5FG5A 5D24A 4WIVA 4YAXA 4OGIA 5FG4A 5HELA 4LZSA 5FFWA 4F3IA 5DYUA 5EWWA 5L8TA 5HQ6A 4NR6A 4O72A 5CQ4A 4NUEA 3UVXA 4A9IA 4A9MA 5FE6A 2R0YA 4UIWA 5I86A 4KV1A 5EWHA 3U5LA 4YADA 5CQ6A 5I7YA 4UYFA 4YYGA 2R10A 5DBMA 4TT6A 3U5MA 2N9GA 4BHWA 5C7NA 2DVSA 5A81A 4DONA 3G0JA 3UV5A 2DVRA 5CQAA 3NXBA 3AQAA 5C8GA 4UIUA 2E3KA 5TCMA 4YYKA 2L84A 4TS8A 5HQ7A 5HFRA 5EM3A 3JVMA 4HXSA 2I8NA 4NQNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CFLA 4QC3A 4O7FA 5D26A 3LXJA 4QZSA 4O70A 5LUUA 5LKUA 4MEQA 4QC1A 4Z93A 4OGJA 5IGLA 5FE1A 5EU1A 5C89A 4O7CA 5CUBA 1X0JA 4NRCA 4BW2A 4Z1QA 5A85A 4A9NA 4YATA 5HEMA 5CRMA 2DATA 5FG6A 4UYEA 5JI8A 4YH3A 4A9EA 4WHWA 4UYDA 5EWVA 5EPBA 3S91A 2DVVA 4QEWA 5EV9A 5D3RA 5IGKA 5CP5A 4MENA 5E3DA 5F36A 5IIDA 3RCWA 5F5ZA 4IR3A 5EK9A 4HBXA 4PY6A 4CLBA 5IG6A 5TB6A 3U5PA 1JM4B 4UYGA 5E9LA 4Y03A 5A5SA 4A9JA 4QSTA 5FFYA 5E3GA 1EQFA 4MR4A 4NS5A 4QSQA 5A82A 2G4AA 4BW1A 5CU8A 2OUOA 5EICA 4O7BA 5HM0A 2LSPB 4XUAA 4XY9A 4J1PA 4TT4A 4NRBA 5DKCA 5E73A 4CFKA 5JWMA 3U5NA 4UYHA 1PUOA 2DVQA 5ETDA 3O33A 4N4GA 5ACYA 4NUDA 5I89A 4TU4A 4N4FA 2I7KA 3QZVA 2OO1A 4MEPA 4J3IA 4NRAA 5FE0A 3P1DA 4NYWA 3U5KA 3UVDA 3VKHA 3JVKA 2KTBB 5DLXA 5EWDA 4IR4A 5II2A 4ZW1A 4O78A 5L98A 5HENA 4XUBA 3TLPA 4YBSA 4UIXA 4UIVA 4Z6HA 3UVYA 5A5QA 5CQTA 3I3JA 4FLPA 4OUFA 5DYCA 3D7CA 3SVFA 4QEVA 5DFCA 1N72A 4LR6A 5D3TA 5CUDA 4MR6A 5DYXA 4LDFA 5CQ8A 4CUQA 4NXJA 5AD3A 5LJ0A 2H60A 2GRCA 5FB1A 4ZC9A 5BT4A 5CUEA 4QSSA 4UYFB 4E96A 2L85A 3U5OA 3S92A 5EVAA 5E7DA 5F61A 3JVJA 5DFDA 4O71A 4TZ2A 5ENFA 4LRGA 5E9YA 5G4RA 3Q2EA 5FE4A 5E9IA 5KO4A 3U5JA 4YYJA 2WP1A 2OSSA 4HXKA 4HBVA 3O36A 5BT3A 5F1LA 5EQ1A 5FE5A 4NR5A 4QBMA 5IBNA 5LJ1A 4CURA 3FKMX 4IR5A 3D1DA 3HMFA 5ENJA 4O7AA 4QSUA 5E74A 3HMHA 5L99A 5I1QA 5FE3A 5D7XA 5CY9A 3MUKA 5D3NA 5EPRA 5AD2A 4AKNA 2RO1A 2R0SA 2YDWA 5A5RA 5DW1A 5LVQA 5C87A 5DLZA 4TQNA 5LKZA 5KTXA 5KU3A 3HMEA 5E9KA 5CQ7A 4QEUA 3P1CA 4HXLA 5L97A 4XY8A 5FB0A 3Q2FA 4TTEA 4N4HA 5EI4A 5H1UA 4Q0OA 4KV4A 4PKLA 2F6JA 5A5OA 4NYXA 4X2IA 5IGNA 5FE7A 4QYLA 4NR9A 5BT5A 2E7OA 4Z6IA 2NXBA 5ENIA 3JVLA 2WP2A 4LYWA 5HRXA 4HXMA 4UIZA 4ALGA 5ETBA 4LZ2A 3DAIA 5A83A 4HBYA 4KCXA 3ZYUA 3P5OA 5D0CA 3GG3A 5HFQA 4QR3A 5DFBA 3IU5A 4YC9A 2YYNA 4HBWA 4O76A 5HQ5A 4PCIA 5KHMA 3G0LA 5I7XA 4O74A 4PS5A 2L5EA 4YABA 1ZS5A 5CPEA 5ENGA 3IU6A 3LJWA 3QZSA 2D9EA 3AADA 4NR4A 5F2PA 4A9FA 5CZGA 4AI6A 4LYIA 2R0VA 5CQ5A 4QSXA 5G4SA 2RFJA 5FE9A 5I83A 4YYIA 2YQDA 5HJCA 5DX4A 4BW4A 4A9HA 5FDZA 3LQHA 4QYDA 2DKWA 4YY6A 4A9KA 5CGPA 4YBMA 3UV2A 3O34A 4N4IA 4O7EA 1E6IA 5F3AA 4HXRA 4HXNA 4QSRA 4YK0A 4HXOA 5CUCA 5EP7A 5D3JA 5AMEA 5DW2A 5CUAA 5DKDA 2FSAA 5HCLA 3SVGA 4LYSA 4PCEA 5CRZA 5DY7A 4MEOA 3LQIA 4YYDA 4PTBA 3UVWA 4QSWA 4TU6A 5ENCA 4J0SA 5D3SA 4O75A 2YEKA 5ENBA 5D25A 4ZQLA 2YELA 5DKHA 5KTWA 2D82A 5EPSA 5K29A 3O37A 4AKIA 5AMFA 5A7CA 5IGMA 5E0RA 1F68A 5F62A 3MB4A 4QSVA 4WHUA 4CUPA 3QZTA 5EWCA 4C66A 5ENEA 5I29A 5HRVA 5C85A 3MXFA 4QUTA 4QUUA 5F25A 2F6NA 5A5NA 4Z1SA 3SVHA 5FFVA 4CUUA 4MR3A 5D3LA 4LC2A 3DWYA 4QR5A 3MQMA 3MB3A 3ERRA 4NQMA 5LKXA 2YEMA 4NUCA 4IR6A 5LKTA 1JSPB 4YBTA 4QSPA 5CFWA 4YYHA 3UV4A 4ALHA 3ONIA 5CS8A 3VKGA 4IOOA 4CL9A 3MULA 4J0RA 4LZRA 5EISA 5HRWA 5I88A 5F60A 5D3PA 4Q0NA 2YW5A 4N3WA 2EJNA 2RS9B 5CTLA 4A9OA 4TYLA 1WUGA 5D3HA 2MJVB 3P1EA 4HXPA 5II1A 5H85A 4QNSA 4UITA 5A5PA 4QB3A 1ZKRA 5C4QA 4NR7A 2DWWA 5EA1A 4BJXA 4IORA 5KTUA 5J0DA 5FE8A 5L96A 4RVRA 4XYAA 2RNXA 5F1HA 4MR5A 5COIA 5ENHA 4NYVA 5I80A 4TZ8A 1WUMA 3O35A 2E7NA 4UIYA 5FH8A 5CQ3A 4YYNA 3LQJA 5LJ2A 5E9MA 2RNYA 4CUSA 4QR4A 5I40A 2RNWA 4O77A 5FH6A 4TT2A 4C67A 5L8UA 4QY4A 5FE2A 4BW3A 4A9LA 4GPJA 4IOQA 5H1TA 5LVRA 2RI7A 5CUGA 5DYAA 4CUTA 4YY4A 5FBXA 3K2JA 3UW9A 3P1FA 4NR8A 5E9VA 5F63A 4YYMA 5FH7A 5H1VA 5HLSA 4YH4A 3D1BA 5EGUA 5FG5A 5D24A 4AKGA 4WIVA 4YAXA 4OGIA 5FG4A 5HELA 4LZSA 5FFWA 4F3IA 5DYUA 5EWWA 5L8TA 5HQ6A 4NR6A 4O72A 5CQ4A 4NUEA 3UVXA 4A9IA 4A9MA 5FE6A 2R0YA 4UIWA 5I86A 4KV1A 5EWHA 3U5LA 4YADA 5CQ6A 5I7YA 4UYFA 4YYGA 2R10A 5DBMA 4TT6A 3U5MA 2N9GA 4BHWA 5C7NA 4AKHA 2DVSA 5A81A 4DONA 3G0JA 3UV5A 2DVRA 5CQAA 3NXBA 3AQAA 5C8GA 4UIUA 2E3KA 5TCMA 4YYKA 2L84A 4TS8A 5HQ7A 5HFRA 5EM3A 3JVMA 4HXSA 2I8NA 4NQNA
chains in the Genus database with same CATH topology
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