4IOOA

Crystal structure of the first bromodomain of brd4 in complex with n-methyltrimethylacetamide
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
126
structure length
126
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Different orientations of low-molecular-weight fragments in the binding pocket of a BRD4 bromodomain.
pubmed doi rcsb
molecule tags Dna binding protein
source organism Homo sapiens
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
total genus 45
structure length 126
sequence length 126
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-01-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4iooA01
5G4SA 5H1VA 4LRGA 3DAIA 5E9MA 5HQ6A 5H1UA 4TS8A 2R0VA 4A9LA 5FG6A 5EWDA 4UYGA 5D24A 3K2JA 5CQ8A 4LYWA 4O70A 3LQIA 4MEPA 5IGMA 4TT4A 5DFBA 2DVSA 4MEQA 4Q0OA 5ENJA 2RS9B 3S91A 5FE6A 5G4RA 4A9HA 4OUFA 5HRWA 3U5NA 2YEKA 4QYDA 5CQ5A 5II1A 4O75A 5CGPA 3O33A 5ENGA 3I3JA 4LYSA 3P5OA 4UYFA 5CY9A 4YBSA 4QEVA 4NRAA 5FE1A 5A5SA 4YABA 4Z93A 5ENIA 5C87A 4PCIA 4XY8A 5CQ3A 4NR7A 4TQNA 3U5JA 4O7CA 4QY4A 3P1EA 5CQTA 4YH3A 5EWVA 5IGNA 5KU3A 4IOOA 5HLSA 5CUDA 5EWHA 5I29A 5D3JA 5E9KA 5EWWA 4O7BA 5D3LA 2DVRA 5I1QA 4XUAA 3DWYA 5EP7A 4OGIA 2L85A 5CS8A 4J3IA 5LJ0A 4A9IA 5DX4A 3UVWA 3U5MA 4PS5A 1F68A 4UIZA 3MULA 3JVJA 5FG4A 5A82A 5A83A 5D26A 5J0DA 5A5OA 4BW3A 5DW1A 4C66A 2DATA 5DFDA 4J1PA 2FSAA 5COIA 4A9EA 4IR6A 3JVKA 2E7OA 4O7EA 3P1CA 4NUDA 5CRZA 5I89A 4ZC9A 5CQ6A 4GPJA 5DLZA 4NRCA 5HENA 1WUMA 5ENHA 4KV1A 5KTUA 4CUPA 4OGJA 3LXJA 1N72A 4CUUA 4TZ8A 4LZRA 3U5OA 3RCWA 4QSWA 5D3HA 5L99A 4MR6A 2RNXA 5F3AA 2DWWA 3QZSA 3O37A 5ENBA 4YYJA 5CFWA 5CUAA 5IGLA 5A81A 4HXKA 5EICA 3QZTA 3MQMA 5CTLA 5LKTA 5KO4A 1JM4B 4QC3A 3LJWA 5HQ5A 4UITA 2RO1A 4HBYA 3MXFA 5D3NA 4QSXA 4QR3A 2R10A 5EISA 2OSSA 4YATA 2YDWA 4HXPA 4QSPA 5HFQA 5IIDA 5EQ1A 5CQ7A 4NUCA 2E7NA 3UVYA 5EWCA 4WHUA 4QEWA 4NRBA 4PY6A 5L96A 3SVGA 4XUBA 4QSSA 4BW1A 4XYAA 3U5PA 5CPEA 4HBVA 4MR3A 5EK9A 4YYMA 2RI7A 5FE5A 3O34A 4TU6A 5CU8A 5E9VA 4MR4A 5LVRA 4LR6A 5EPSA 5D3SA 5C89A 5FE3A 4NYVA 4O78A 5DFCA 3UV2A 2F6NA 3AADA 4HXSA 2WP2A 5TB6A 5HJCA 3AQAA 5I7YA 4PCEA 4A9NA 4YYNA 5HM0A 5HRXA 4YADA 3UVXA 5DKDA 2DKWA 5K29A 5F61A 4O77A 4MEOA 4CFLA 4QB3A 4UIVA 5E9LA 5L98A 4O7AA 5F2PA 4ALGA 5FE2A 2L84A 3JVMA 5EI4A 5FB0A 5EU1A 4QR4A 3ZYUA 5I88A 5FB1A 4N4FA 5DKHA 4NR5A 5EGUA 5BT4A 4TZ2A 5C8GA 5A5PA 5I86A 4N4GA 4CUTA 4TTEA 3ONIA 5JWMA 5EVAA 5EA1A 5ETDA 5DYUA 5DW2A 2L5EA 5FG5A 4QSRA 3FKMX 5FFVA 5F1LA 4KV4A 5CZGA 5F36A 4FLPA 5FFYA 4NYWA 5CUGA 4O72A 5KHMA 4HXLA 4HXNA 4QYLA 2I7KA 4NR4A 4J0RA 2GRCA 3UV5A 5DYCA 5FE4A 5A5QA 3MB3A 5E9YA 4LDFA 5AMFA 4X2IA 4A9OA 5LJ2A 3P1FA 3O35A 4BW4A 4DONA 4N4HA 5A5RA 5IGKA 4IR5A 4Z6HA 4O71A 5E74A 5DY7A 5C4QA 5E3GA 5FE8A 2KTBB 1E6IA 5IG6A 5EPBA 3SVHA 4LZ2A 5BT3A 5H85A 2LSPB 2YELA 5AD2A 4UIUA 4Y03A 5DYAA 5I40A 5FBXA 5DYXA 3MUKA 4ZW1A 5A85A 2WP1A 4QEUA 2OO1A 1EQFA 3IU5A 5FDZA 5IBNA 4CUSA 4YBMA 4N4IA 5E0RA 4ZQLA 4MR5A 4Q0NA 4NYXA 4NR6A 4A9JA 5FE0A 1X0JA 5AMEA 4QUTA 5F5ZA 5FE7A 5HRVA 2D82A 4QBMA 4UIWA 4CURA 4NR8A 4RVRA 5HFRA 4TU4A 4Z1SA 4HXRA 5EV9A 4QSUA 4NR9A 5CQAA 5F25A 3G0LA 4A9KA 4TT6A 4QSVA 2F6JA 3U5KA 5DKCA 2DVQA 5E7DA 5TCMA 5D3TA 4A9MA 5ENCA 3GG3A 4NS5A 4IOQA 4UYEA 3IU6A 2R0SA 4BHWA 3HMEA 3MB4A 3P1DA 5I83A 4NQMA 5FH7A 4BW2A 4MENA 5C7NA 5A7CA 3S92A 2H60A 3TLPA 5D7XA 5F60A 5L8TA 4IR4A 4KCXA 4Z6IA 1WUGA 2D9EA 4N3WA 2R0YA 4BJXA 4C67A 4UIYA 4F3IA 4O7FA 5HQ7A 4AKNA 4YY4A 5F62A 4QSTA 3HMFA 4UYDA 5C85A 4YK0A 2YQDA 5ENEA 4HXOA 4J0SA 5I80A 5FH6A 4YYGA 5ETBA 4YBTA 5D25A 5CP5A 5D3RA 5LKZA 4PKLA 1JSPB 4QZSA 5FFWA 4PTBA 5LKUA 4YAXA 4HBWA 4Z1QA 4E96A 2RNYA 2YW5A 4CL9A 5JI8A 4UYFB 2N9GA 5ENFA 2G4AA 5CUCA 3Q2EA 5EM3A 3LQJA 5L8UA 4NXJA 5DLXA 5HELA 4QNSA 2MJVB 4NQNA 4O76A 4UYHA 5HEMA 5L97A 2E3KA 4YY6A 2NXBA 5A5NA 5CQ4A 4WIVA 3O36A 4YYDA 4O74A 5EPRA 3UV4A 5II2A 4A9FA 4TT2A 3SVFA 5AD3A 3NXBA 4HXMA 3D7CA 5LKXA 4YYHA 3LQHA 4QUUA 4CLBA 4QSQA 5CUBA 5LUUA 5KTXA 5CRMA 4NUEA 4YYIA 5H1TA 5LJ1A 4IORA 4QC1A 3G0JA 3U5LA 4QR5A 5D0CA 5FH8A 5FE9A 3QZVA 5BT5A 1ZS5A 4ALHA 2RNWA 4CFKA 4LZSA 5CUEA 4IR3A 4YYKA 5F1HA 2YEMA 5E9IA 5F63A 4CUQA 5E3DA 5E73A 4XY9A 4HBXA 3JVLA 5LVQA 5ACYA 4LYIA 3UW9A 4LC2A 4YC9A 2YYNA 5HCLA 5KTWA 2I8NA 2RFJA 3HMHA 5D3PA 4UIXA 2DVVA 4YH4A 2OUOA 3Q2FA 3UVDA 5I7XA 4TYLA 5DBMA 4WHWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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