4KV4A

Brd4 bromodomain 2 in complex with acetylated rel peptide
Total Genus 40

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
111
structure length
111
Chain Sequence
AGSEQLKCCSGILKEMFAKKHAAYAWPFYKPVDVEALGLHDYCDIIKHPMDMSTIKSKLEAREYRDAQEFGADVRLMFSNCYKYNPPDHEVVAMARKLQDVFEMRFAKMPD

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
3H1 (22-24)AH1 (4-20)EMPTYAH2 (25-28)3H2 (29-31)TVIII1 (49-52)TI1 (36-39)TII1 (39-42)AH5 (70-87)AH3 (44-48)TI2 (89-92)AH6 (93-111)AH4 (55-64)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transcription
source organism Homo sapiens
publication title Brd4 maintains constitutively active NF-kappa B in cancer cells by binding to acetylated RelA.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
total genus 40
structure length 111
sequence length 111
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-05-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4kv4A00
3G0LA 5CTLA 5E3DA 3O33A 3DAIA 3ONIA 4HBXA 4ALHA 5CQTA 5F2PA 5C4QA 4QSWA 4XY8A 5H1UA 5EICA 4N4IA 4O78A 5CUCA 4Y03A 5CU8A 4HXMA 5KU3A 4YABA 5C8GA 5LJ1A 5HRVA 5I7YA 5C7NA 5LJ2A 4QR5A 5F1LA 4WIVA 5A5OA 5TB6A 4IOQA 5EPBA 3UVWA 5I7XA 5DFDA 5EWVA 4LYSA 4BW1A 3FKMX 5ACYA 4QYDA 4UYHA 4YAXA 3Q2FA 5I83A 3LJWA 4HBWA 3AADA 5HM0A 3MB4A 5FB0A 4BHWA 4HXPA 5A5QA 4O7CA 5L8UA 5H85A 2L84A 5FBXA 5IGNA 4A9LA 4QEVA 5C87A 5D0CA 5EQ1A 5EWHA 4CLBA 4LDFA 4OGJA 4QYLA 4CL9A 4MEPA 4O72A 5LKZA 5F63A 5FFYA 4O74A 4A9MA 5DYCA 4NQMA 3U5NA 3GG3A 5LVRA 2YW5A 2YYNA 3NXBA 5CRMA 3IU5A 5DYUA 5HRXA 5BT5A 5I29A 5I80A 3S92A 4KCXA 5IGMA 5FG4A 3AQAA 5EV9A 5ENIA 4UYFB 5EVAA 4NR9A 4NYWA 3QZSA 1ZS5A 4IORA 5IIDA 1JSPB 5D3RA 5ENFA 5LKTA 5G4RA 2OSSA 5IGLA 4NR7A 4Z1SA 5FFVA 4QSQA 4C67A 2MJVB 4PKLA 2OUOA 4AKNA 4CUUA 5A5NA 5DFBA 4UIVA 4YYJA 5E0RA 3O34A 3UW9A 5FH6A 3LQJA 5E9VA 3Q2EA 4LZSA 4YADA 5ETBA 2RS9B 5EK9A 5E3GA 1JM4B 3SVFA 5CGPA 5E7DA 5KHMA 5HQ5A 4XY9A 3P1FA 5D25A 4A9JA 4QEUA 4TZ8A 5I89A 2F6NA 5LVQA 2YEKA 3DWYA 4Q0NA 3UV4A 4UITA 2D9EA 5CUDA 5C89A 5KTWA 5D26A 5CQ8A 4IR4A 4CUPA 5FE8A 5D3LA 3HMHA 4UYGA 5D3HA 4MR3A 4LRGA 5EM3A 4LYWA 4MR4A 5EISA 2DWWA 5II1A 4YYKA 3O35A 5EWDA 3QZVA 2I7KA 4O75A 4NYXA 5E9KA 3O36A 4UYEA 4QUUA 5CFWA 4QSRA 5FH7A 4QR3A 4YYHA 5JWMA 4QUTA 4YY6A 5H1TA 4O70A 4TYLA 4IR5A 3U5KA 3G0JA 3TLPA 2RI7A 2E3KA 5FH8A 4ZQLA 4O71A 5HFQA 4Z6HA 4NR8A 2WP2A 4QSSA 5A85A 2RNWA 3JVJA 3P5OA 5CQ3A 5F3AA 2DATA 3UVDA 4NS5A 4YK0A 2R0VA 5F60A 5EWCA 5ENCA 2DVSA 4E96A 2YQDA 4J3IA 4A9EA 5FFWA 3MULA 4PCEA 4QSPA 4NR5A 5D3PA 4PTBA 4A9HA 4UIXA 2OO1A 5IBNA 5I40A 5ENBA 4O7AA 4HXRA 5FE4A 5EWWA 5A7CA 4LYIA 5HJCA 5CQ5A 4YYIA 5CUBA 4MEQA 3O37A 5E73A 3HMFA 4BW3A 5EI4A 5DKHA 4QEWA 3UV2A 5A5PA 4CURA 4TT6A 4CUQA 3S91A 5DYXA 4HXNA 4O7BA 5DW1A 5HEMA 4HXSA 3MQMA 4TT4A 4F3IA 5CQ6A 5L99A 4NRAA 3U5PA 5FE1A 4WHWA 5FG6A 5LJ0A 3JVLA 5BT3A 5FE7A 4LZRA 4O77A 4C66A 3UV5A 5FE9A 1WUGA 4XYAA 5FE3A 5A83A 1WUMA 5E9YA 4O7EA 4RVRA 5ETDA 4YATA 2F6JA 4BW4A 4YYDA 2LSPB 4PS5A 3JVKA 4IR6A 5KTXA 5CY9A 2G4AA 4IR3A 4YH4A 4NUDA 3HMEA 5E9LA 3UVXA 5DBMA 4QNSA 1N72A 3I3JA 5F5ZA 3ZYUA 4LR6A 4CUTA 4TQNA 5DY7A 4NR6A 5LKUA 5HLSA 5DLXA 5CQ4A 4YBTA 5J0DA 4ALGA 4PCIA 4HXKA 4NXJA 4UIWA 5FE5A 4A9NA 4CUSA 5ENEA 3U5JA 5A5RA 5CP5A 5HQ7A 5EA1A 4J1PA 4QC1A 5TCMA 1E6IA 5I88A 5F62A 5CRZA 2RO1A 4PY6A 5A5SA 5LKXA 5HQ6A 2YELA 4MR5A 4O76A 4Q0OA 2YEMA 4TTEA 4J0SA 3MB3A 4YY4A 5E74A 5F1HA 5G4SA 5A82A 5FE0A 3MXFA 4WHUA 5CQ7A 5AD3A 4UIZA 5EU1A 4LZ2A 5CUEA 5C85A 5DX4A 2DKWA 2KTBB 4YH3A 4HXLA 5ENGA 3P1EA 5FB1A 3LQHA 4TT2A 5CUGA 5D7XA 2WP1A 4O7FA 1X0JA 3JVMA 3P1DA 4N4GA 5CPEA 5D3NA 4OGIA 5FE2A 3QZTA 4UIUA 5I1QA 5F25A 5FE6A 4XUBA 5EGUA 4KV4A 4QC3A 3SVGA 4QBMA 2RNYA 5D3SA 4QB3A 4UYFA 5HRWA 5D3TA 2L5EA 4CFLA 4Z6IA 4QR4A 4Z93A 5I86A 4NYVA 3MUKA 3P1CA 4TU6A 4OUFA 4NQNA 3LQIA 2H60A 4HBYA 5EPRA 4A9IA 4TU4A 5DKDA 4MEOA 4TS8A 2R10A 3U5OA 5HELA 2GRCA 3RCWA 2R0SA 4MR6A 5L96A 4NRCA 4NUEA 4Z1QA 2NXBA 4LC2A 5H1VA 4QY4A 4CFKA 5DFCA 3SVHA 4IOOA 5FDZA 5CZGA 3IU6A 5E9MA 4YYGA 5JI8A 4NUCA 2FSAA 4NR4A 5F36A 1F68A 5II2A 4DONA 4N4HA 2DVVA 5A81A 5KTUA 2E7OA 4QSTA 3LXJA 2YDWA 5AMFA 2L85A 4N3WA 4QSXA 5AD2A 4ZW1A 4HXOA 5L98A 5DW2A 2RFJA 5E9IA 2N9GA 4YBMA 4ZC9A 5FG5A 5DYAA 5D3JA 4XUAA 5ENJA 3U5LA 5KO4A 5LUUA 5F61A 5HFRA 2DVRA 5ENHA 5CUAA 5EP7A 4A9OA 4QSUA 4BJXA 4UYDA 4A9FA 4KV1A 4J0RA 4YBSA 4GPJA 5L8TA 2RNXA 4A9KA 5AMEA 5HENA 1EQFA 5IG6A 4UIYA 5K29A 4YYMA 4QSVA 5IGKA 4NRBA 4BW2A 5L97A 3U5MA 4MENA 3K2JA 2I8NA 4YC9A 4QZSA 5EPSA 3D7CA 5CS8A 2E7NA 4N4FA 2D82A 4YYNA 4HBVA 4TZ2A 5CQAA 5COIA 2R0YA 5D24A 2DVQA 5DKCA 4FLPA 5DLZA 3UVYA 5BT4A 4X2IA 5HCLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3G0LA 5CTLA 5E3DA 3O33A 3DAIA 3ONIA 4HBXA 4ALHA 5CQTA 5F2PA 5C4QA 4QSWA 4XY8A 5H1UA 5EICA 4N4IA 4O78A 5CUCA 4Y03A 5CU8A 4HXMA 5KU3A 4YABA 5C8GA 5LJ1A 5HRVA 5I7YA 5C7NA 5LJ2A 4QR5A 5F1LA 4WIVA 5A5OA 5TB6A 4IOQA 5EPBA 3UVWA 5I7XA 5DFDA 5EWVA 4LYSA 4BW1A 3FKMX 5ACYA 4QYDA 4UYHA 4YAXA 3Q2FA 5I83A 3LJWA 4HBWA 3AADA 5HM0A 3MB4A 5FB0A 4BHWA 4HXPA 5A5QA 4O7CA 5L8UA 5H85A 2L84A 5FBXA 5IGNA 3VKGA 4A9LA 4QEVA 5C87A 5D0CA 5EQ1A 5EWHA 4CLBA 4LDFA 4OGJA 4QYLA 4CL9A 4MEPA 4O72A 5LKZA 5F63A 5FFYA 4O74A 4A9MA 5DYCA 4NQMA 3U5NA 3GG3A 5LVRA 2YW5A 2YYNA 3NXBA 5CRMA 3IU5A 5DYUA 5HRXA 5BT5A 5I29A 5I80A 3S92A 4KCXA 5IGMA 5FG4A 3AQAA 5EV9A 5ENIA 4UYFB 5EVAA 4NR9A 4NYWA 3QZSA 1ZS5A 4IORA 5IIDA 1JSPB 5D3RA 5ENFA 5LKTA 5G4RA 2OSSA 5IGLA 4NR7A 4Z1SA 5FFVA 4QSQA 4C67A 2MJVB 4PKLA 3VKHA 2OUOA 4AKNA 4CUUA 5A5NA 5DFBA 4UIVA 4YYJA 5E0RA 3O34A 3UW9A 5FH6A 3LQJA 5E9VA 3Q2EA 4LZSA 4YADA 5ETBA 2RS9B 5EK9A 5E3GA 1JM4B 3SVFA 5CGPA 5E7DA 5KHMA 5HQ5A 4XY9A 3P1FA 5D25A 4A9JA 4QEUA 4TZ8A 5I89A 2F6NA 5LVQA 2YEKA 3DWYA 4Q0NA 3UV4A 4UITA 2D9EA 5CUDA 5C89A 5KTWA 5D26A 5CQ8A 4IR4A 4CUPA 5FE8A 5D3LA 3HMHA 4UYGA 5D3HA 4MR3A 4LRGA 5EM3A 4LYWA 4MR4A 5EISA 2DWWA 5II1A 4YYKA 3O35A 5EWDA 3QZVA 2I7KA 4O75A 4NYXA 5E9KA 3O36A 4UYEA 4QUUA 1PUOA 5CFWA 4QSRA 5FH7A 4QR3A 4YYHA 5JWMA 4QUTA 4YY6A 5H1TA 4O70A 4TYLA 4IR5A 3U5KA 3G0JA 3TLPA 2RI7A 2E3KA 5FH8A 4ZQLA 4O71A 5HFQA 4Z6HA 4NR8A 2WP2A 4QSSA 5A85A 2RNWA 3JVJA 3P5OA 5CQ3A 5F3AA 2DATA 3UVDA 4NS5A 4YK0A 2R0VA 5F60A 3D1BA 5EWCA 5ENCA 2DVSA 4E96A 2YQDA 4J3IA 4A9EA 5FFWA 3MULA 4PCEA 4QSPA 3D1DA 4NR5A 5D3PA 4PTBA 4A9HA 4UIXA 2OO1A 5IBNA 5I40A 5ENBA 4O7AA 4HXRA 5FE4A 5EWWA 5A7CA 4LYIA 5HJCA 5CQ5A 4YYIA 5CUBA 4MEQA 3O37A 5E73A 3HMFA 4BW3A 5EI4A 5DKHA 4QEWA 3UV2A 5A5PA 4CURA 4TT6A 4CUQA 3S91A 5DYXA 4HXNA 4O7BA 5DW1A 5HEMA 4HXSA 3MQMA 4TT4A 4F3IA 5CQ6A 5L99A 4NRAA 3U5PA 5FE1A 4WHWA 5FG6A 5LJ0A 3JVLA 5BT3A 5FE7A 4LZRA 4O77A 4C66A 3UV5A 5FE9A 1WUGA 4XYAA 5FE3A 5A83A 1WUMA 5E9YA 4O7EA 4RVRA 5ETDA 4YATA 2F6JA 4BW4A 4YYDA 2LSPB 4PS5A 3JVKA 4IR6A 5KTXA 5CY9A 2G4AA 4IR3A 4YH4A 1ZKRA 3ERRA 4NUDA 3HMEA 5E9LA 3UVXA 5DBMA 4QNSA 1N72A 3I3JA 5F5ZA 3ZYUA 4LR6A 4CUTA 4TQNA 5DY7A 4NR6A 5LKUA 5HLSA 5DLXA 5CQ4A 4YBTA 5J0DA 4ALGA 4PCIA 4HXKA 4NXJA 4UIWA 5FE5A 4A9NA 4CUSA 5ENEA 3U5JA 5A5RA 5CP5A 5HQ7A 5EA1A 4J1PA 4QC1A 5TCMA 1E6IA 5I88A 5F62A 5CRZA 2RO1A 4PY6A 5A5SA 5LKXA 5HQ6A 2YELA 4MR5A 4O76A 4Q0OA 2YEMA 4TTEA 4J0SA 3MB3A 4YY4A 5E74A 5F1HA 5G4SA 5A82A 5FE0A 3MXFA 4WHUA 5CQ7A 5AD3A 2EJNA 4UIZA 4LZ2A 5EU1A 5CUEA 5C85A 5DX4A 2DKWA 2KTBB 4YH3A 4HXLA 5ENGA 3P1EA 5FB1A 4AKIA 3LQHA 4TT2A 5CUGA 5D7XA 2WP1A 4O7FA 1X0JA 3JVMA 3P1DA 4N4GA 5CPEA 5D3NA 4OGIA 5FE2A 3QZTA 4UIUA 5I1QA 5F25A 5FE6A 4XUBA 5EGUA 4KV4A 4QC3A 3SVGA 4QBMA 2RNYA 5D3SA 4QB3A 4UYFA 5HRWA 5D3TA 2L5EA 4CFLA 4Z6IA 4QR4A 4Z93A 5I86A 4NYVA 3MUKA 3P1CA 4TU6A 4OUFA 4NQNA 3LQIA 2H60A 4HBYA 5EPRA 4A9IA 4TU4A 5DKDA 4MEOA 4TS8A 2R10A 3U5OA 5HELA 2GRCA 3RCWA 2R0SA 4MR6A 5L96A 4NRCA 4NUEA 4Z1QA 2NXBA 4LC2A 5H1VA 4QY4A 4CFKA 5DFCA 3SVHA 4IOOA 5FDZA 4AKGA 5CZGA 3IU6A 5E9MA 4YYGA 5JI8A 4NUCA 2FSAA 4NR4A 5F36A 4AI6A 1F68A 5II2A 4DONA 4N4HA 2DVVA 5A81A 5KTUA 2E7OA 4QSTA 3LXJA 2YDWA 5AMFA 2L85A 4N3WA 4QSXA 5AD2A 4ZW1A 4HXOA 5L98A 5DW2A 2RFJA 4AKHA 5E9IA 2N9GA 4YBMA 4ZC9A 5FG5A 5DYAA 5D3JA 4XUAA 5ENJA 3U5LA 5KO4A 5LUUA 5F61A 5HFRA 2DVRA 5ENHA 5CUAA 5EP7A 4A9OA 4QSUA 4BJXA 4UYDA 4A9FA 4KV1A 4J0RA 4YBSA 4GPJA 5L8TA 2RNXA 4A9KA 5AMEA 5HENA 1EQFA 5IG6A 4UIYA 5K29A 4YYMA 4QSVA 5IGKA 4NRBA 4BW2A 5L97A 3U5MA 4MENA 3K2JA 2I8NA 4YC9A 4QZSA 5EPSA 3D7CA 5CS8A 2E7NA 4N4FA 2D82A 4YYNA 4HBVA 4TZ2A 5CQAA 5COIA 2R0YA 5D24A 2DVQA 5DKCA 4FLPA 5DLZA 3UVYA 5BT4A 4X2IA 5HCLA
chains in the Genus database with same CATH topology
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