4MR3A

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with a quinazolinone ligand (rvx-oh)
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title RVX-208, an inhibitor of BET transcriptional regulators with selectivity for the second bromodomain.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transcription/transcription inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
total genus 41
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4mr3A01
2D82A 4TZ8A 2I7KA 4XUAA 3RCWA 5ENFA 5D3TA 5EPBA 3AADA 4YYGA 5DKDA 5I80A 3U5KA 4O74A 3MUKA 5BT5A 5DFDA 4NR6A 5DY7A 5ENCA 2R0VA 4QSPA 4XUBA 5FE5A 5EWCA 4IR6A 3G0LA 4YATA 5FE1A 5EM3A 5E9IA 4QSTA 5A5RA 5HLSA 5IGNA 4QYDA 2RNXA 2F6JA 2YEKA 5ENJA 3HMFA 5CZGA 5EICA 5DYUA 4MR3A 5EPSA 5L8TA 4QSXA 5DW2A 4XYAA 5E9VA 5HEMA 5FG5A 4YBSA 5EPRA 4QEVA 4UIYA 4N4FA 5EK9A 4X2IA 4A9IA 4QB3A 4QR3A 4YK0A 2MJVB 2R10A 2R0YA 2G4AA 4MEQA 5DYCA 3QZVA 4YYJA 2RFJA 5A5PA 5II1A 5A82A 3ONIA 4J0SA 5I40A 4WIVA 5E9YA 4UYHA 4N4HA 4MR6A 5E73A 4A9EA 5FG6A 5C85A 5F63A 2DVQA 4LR6A 5D26A 5A7CA 3MXFA 5DLXA 4UYFB 5DKCA 2YELA 4A9JA 3JVMA 5CQ3A 4YYIA 5FE9A 5D25A 4NQNA 4AKNA 5EWHA 5IBNA 3MULA 4YY4A 3O36A 4XY9A 4ZQLA 5D3PA 3DWYA 4C67A 2DWWA 5DLZA 4TZ2A 5A5SA 4TT6A 2WP1A 3P1EA 4J1PA 3LQJA 3AQAA 1X0JA 1JSPB 4HXOA 4YC9A 5LJ0A 2LSPB 3UV5A 5COIA 4YYHA 4LYSA 2L85A 4KV4A 4NUCA 3D7CA 5I86A 4TTEA 2RO1A 2R0SA 2NXBA 4HBYA 4NRAA 4O7EA 5CUBA 5LVQA 5I7XA 4Z6IA 3K2JA 5BT3A 1ZS5A 2GRCA 5EU1A 5FBXA 4IR5A 5HM0A 3IU6A 4NR4A 4NR5A 5FG4A 5HFQA 3UV4A 3MB3A 5CRZA 5F3AA 3S92A 4WHUA 5FFVA 5TB6A 4J3IA 5CP5A 2KTBB 4UIUA 3QZSA 3LQHA 5CUEA 4E96A 5HQ5A 5I1QA 3Q2FA 4O7AA 3IU5A 4Z1SA 4O7CA 4BW1A 4MEOA 4YYMA 2I8NA 1WUGA 4CURA 4O72A 5ENGA 5CQ5A 2L5EA 3O33A 3S91A 4DONA 4OGJA 2YYNA 5KU3A 5FE6A 3MQMA 1F68A 2E7OA 5EV9A 4N4IA 1N72A 4OGIA 5FE7A 2YEMA 4QSWA 5L97A 2DVRA 5FE3A 5CUDA 4QEWA 5D7XA 3SVGA 4YYNA 4BW4A 3DAIA 5ENBA 4YAXA 2E3KA 4IOQA 4A9HA 1WUMA 4UYEA 5EP7A 3O37A 4LZRA 5H85A 5I7YA 3O35A 4NYVA 4NS5A 5EWWA 5D3HA 3LJWA 2DVVA 5FH6A 3TLPA 4YABA 4CUSA 3P1FA 4O71A 3O34A 4O76A 5L98A 3JVKA 4ALGA 4HBWA 3LQIA 5IGMA 3NXBA 4LZSA 1EQFA 2DKWA 4PTBA 4TS8A 4CUUA 5CRMA 2L84A 5EISA 5LKXA 4QY4A 4N4GA 3ZYUA 4ALHA 5E9KA 3FKMX 5FB0A 4NRCA 4YYKA 4HBVA 4HXLA 5L8UA 5D3JA 5DFBA 5BT4A 4UYGA 2E7NA 5CFWA 4QZSA 5CUAA 4MR4A 4A9KA 4HXPA 4QNSA 4O77A 4A9MA 5F2PA 5HQ7A 4QC3A 4UYDA 5K29A 5H1TA 5LVRA 4NQMA 2RI7A 5F25A 5D3RA 2DVSA 2H60A 4CFLA 3I3JA 5CQ8A 3UV2A 4IORA 4UIXA 4F3IA 5DX4A 5HFRA 5LUUA 3SVFA 5LKUA 5A83A 4MR5A 4QSRA 5ENHA 5CPEA 4PCIA 4LZ2A 5A81A 4ZW1A 4BHWA 1E6IA 4BW3A 5CY9A 5E74A 2OO1A 5D3LA 3U5PA 5CQ4A 4UIVA 5C8GA 4A9LA 2FSAA 4XY8A 3HMEA 4YH3A 4Q0OA 5IG6A 4YADA 4QSQA 5CQ6A 2WP2A 5E3GA 2D9EA 5HCLA 3UVYA 5IGKA 3GG3A 3LXJA 3U5LA 3QZTA 4NXJA 3MB4A 4IR4A 4YH4A 4IOOA 4KCXA 5CQAA 5HRXA 5LKZA 5E3DA 4WHWA 5L99A 5FB1A 3P1CA 5AD3A 4NYXA 2RS9B 4QSSA 4HXRA 2F6NA 4Y03A 4Z93A 4A9NA 5HRVA 5F5ZA 4MEPA 5F62A 5KHMA 5KTWA 5D0CA 4NUDA 4HXMA 4QSVA 4TQNA 4YY6A 5A85A 5H1UA 5EGUA 5DYAA 5ENIA 4PY6A 5KTXA 4UITA 5ETBA 5FH7A 4O7BA 3UW9A 5CUCA 4TU6A 2YDWA 4HXKA 4LYWA 5E9LA 5C4QA 5F61A 1JM4B 4TT4A 4NUEA 4O70A 5DBMA 4NRBA 5CQ7A 5C87A 2OSSA 5CGPA 5CUGA 5LJ1A 4YYDA 4CFKA 4HBXA 4GPJA 3UVWA 4A9OA 4CUPA 5KO4A 5CTLA 4LC2A 5CQTA 5H1VA 2DATA 4YBMA 5HQ6A 4QEUA 5E9MA 5AMFA 4MENA 4C66A 4NYWA 4HXSA 5A5NA 4QYLA 4BJXA 3SVHA 5EWVA 2YQDA 4RVRA 5KTUA 5CU8A 5C89A 4LRGA 5EQ1A 4BW2A 5LKTA 5EWDA 4IR3A 5D3SA 4J0RA 4CLBA 4QUTA 4O7FA 5EI4A 5JWMA 5FE8A 5FH8A 4NR9A 5DYXA 5JI8A 5I89A 5ENEA 4QUUA 5ETDA 5HRWA 4UIWA 3P5OA 4PKLA 5G4SA 5LJ2A 4UYFA 4ZC9A 5FDZA 5DW1A 5HENA 5II2A 5C7NA 3HMHA 4QBMA 2RNYA 3Q2EA 3U5JA 3UVDA 4TU4A 4HXNA 4NR8A 5HELA 4QC1A 5A5OA 4CUTA 5F36A 5ACYA 4FLPA 5I83A 5E7DA 3G0JA 5FFWA 5G4RA 5IGLA 4KV1A 5FE2A 4PS5A 2OUOA 3JVLA 5DFCA 5FE4A 4LDFA 5CS8A 4N3WA 4QR5A 4CUQA 5E0RA 5FFYA 5J0DA 2YW5A 4QSUA 4TT2A 5A5QA 5TCMA 5L96A 3U5NA 5IIDA 2RNWA 5DKHA 5D24A 5D3NA 4OUFA 5F60A 4Z6HA 3U5MA 4UIZA 5F1LA 5I29A 5F1HA 4Q0NA 4PCEA 5EA1A 3P1DA 4O75A 3JVJA 5HJCA 4A9FA 4O78A 4CL9A 5EVAA 2N9GA 4LYIA 5AD2A 3U5OA 5FE0A 4YBTA 4NR7A 3UVXA 4Z1QA 5I88A 4TYLA 5AMEA 4QR4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2D82A 4TZ8A 2I7KA 4XUAA 3RCWA 5ENFA 5D3TA 5EPBA 3AADA 4YYGA 5DKDA 5I80A 3U5KA 4O74A 3MUKA 5BT5A 5DFDA 4NR6A 5DY7A 5ENCA 2R0VA 4QSPA 4XUBA 5FE5A 5EWCA 4IR6A 3G0LA 4YATA 5FE1A 5EM3A 5E9IA 4QSTA 5A5RA 5HLSA 5IGNA 4QYDA 2RNXA 2F6JA 2YEKA 5ENJA 3HMFA 5CZGA 5EICA 5DYUA 4MR3A 5EPSA 5L8TA 4QSXA 5DW2A 4XYAA 5E9VA 5HEMA 5FG5A 3VKHA 4YBSA 1ZKRA 5EPRA 4QEVA 4UIYA 4N4FA 5EK9A 4X2IA 4A9IA 4QB3A 4QR3A 1PUOA 4YK0A 2MJVB 2R10A 2R0YA 2G4AA 4MEQA 5DYCA 3QZVA 4YYJA 2RFJA 5A5PA 5II1A 5A82A 3ONIA 4J0SA 5I40A 4WIVA 5E9YA 4UYHA 4N4HA 4MR6A 5E73A 4A9EA 5FG6A 5C85A 5F63A 2DVQA 4LR6A 5D26A 5A7CA 3MXFA 5DLXA 4UYFB 5DKCA 2YELA 4A9JA 3JVMA 5CQ3A 4YYIA 5FE9A 5D25A 4NQNA 4AKNA 5EWHA 5IBNA 3MULA 4YY4A 3O36A 4XY9A 4ZQLA 5D3PA 3DWYA 4C67A 2DWWA 5DLZA 4TZ2A 5A5SA 4TT6A 2WP1A 3P1EA 4J1PA 3LQJA 3AQAA 1X0JA 1JSPB 4HXOA 4YC9A 5LJ0A 2LSPB 3UV5A 5COIA 4YYHA 4LYSA 2L85A 4KV4A 4NUCA 3D7CA 5I86A 4TTEA 2RO1A 2R0SA 2NXBA 4HBYA 4NRAA 4O7EA 5CUBA 5LVQA 5I7XA 4Z6IA 3K2JA 5BT3A 1ZS5A 2GRCA 5EU1A 5FBXA 4IR5A 5HM0A 3IU6A 4NR4A 4NR5A 5FG4A 5HFQA 3UV4A 3MB3A 5CRZA 5F3AA 3S92A 4WHUA 5FFVA 5TB6A 4J3IA 5CP5A 2KTBB 4UIUA 3QZSA 3LQHA 5CUEA 4E96A 5HQ5A 5I1QA 3Q2FA 4O7AA 3IU5A 4Z1SA 4O7CA 4BW1A 4MEOA 4YYMA 2I8NA 1WUGA 4CURA 4O72A 5ENGA 5CQ5A 2L5EA 3O33A 3S91A 4DONA 4OGJA 2YYNA 5KU3A 5FE6A 3MQMA 1F68A 2E7OA 5EV9A 4N4IA 1N72A 4OGIA 5FE7A 2YEMA 4QSWA 5L97A 2DVRA 5FE3A 5CUDA 4QEWA 5D7XA 3SVGA 4YYNA 4BW4A 3DAIA 5ENBA 4YAXA 2E3KA 4IOQA 4A9HA 1WUMA 4UYEA 5EP7A 3O37A 4LZRA 5H85A 5I7YA 3O35A 4NYVA 4NS5A 5EWWA 5D3HA 3LJWA 2DVVA 5FH6A 3TLPA 4YABA 4CUSA 3P1FA 4O71A 3O34A 4O76A 5L98A 3JVKA 4ALGA 4HBWA 3LQIA 4AKHA 5IGMA 3NXBA 4LZSA 1EQFA 2DKWA 4PTBA 4TS8A 4CUUA 5CRMA 2L84A 5EISA 5LKXA 4QY4A 4N4GA 3ZYUA 4ALHA 5E9KA 3FKMX 5FB0A 4NRCA 4YYKA 4HBVA 4HXLA 5L8UA 5D3JA 5DFBA 5BT4A 4UYGA 2E7NA 5CFWA 4QZSA 5CUAA 4MR4A 4A9KA 4HXPA 4QNSA 4O77A 4A9MA 5F2PA 5HQ7A 4QC3A 4UYDA 5K29A 5H1TA 5LVRA 4NQMA 2RI7A 5F25A 5D3RA 2DVSA 2H60A 4CFLA 3I3JA 5CQ8A 3UV2A 4IORA 4UIXA 4F3IA 5DX4A 5HFRA 5LUUA 3SVFA 5LKUA 5A83A 4MR5A 4QSRA 5ENHA 5CPEA 4PCIA 4LZ2A 5A81A 4ZW1A 4BHWA 1E6IA 4BW3A 5CY9A 5E74A 2OO1A 5D3LA 3U5PA 5CQ4A 4UIVA 5C8GA 4A9LA 4AKGA 2FSAA 4XY8A 3HMEA 4YH3A 4Q0OA 5IG6A 4YADA 4QSQA 5CQ6A 2WP2A 5E3GA 2D9EA 5HCLA 3UVYA 5IGKA 3GG3A 3LXJA 3U5LA 3QZTA 4NXJA 3MB4A 4IR4A 4YH4A 4IOOA 4KCXA 5CQAA 5HRXA 5LKZA 5E3DA 4WHWA 5L99A 5FB1A 3P1CA 5AD3A 4NYXA 2RS9B 4QSSA 4HXRA 2F6NA 4Y03A 4Z93A 4A9NA 5HRVA 5F5ZA 4MEPA 5F62A 5KHMA 5KTWA 5D0CA 4NUDA 4HXMA 4QSVA 4TQNA 4YY6A 5A85A 5H1UA 5EGUA 5DYAA 5ENIA 4PY6A 5KTXA 4UITA 5ETBA 5FH7A 4O7BA 3UW9A 5CUCA 4TU6A 2YDWA 4HXKA 4LYWA 5E9LA 5C4QA 5F61A 1JM4B 4TT4A 4NUEA 4O70A 5DBMA 4NRBA 5CQ7A 5C87A 2OSSA 5CGPA 5CUGA 5LJ1A 4YYDA 4CFKA 4HBXA 4GPJA 3UVWA 4A9OA 4CUPA 5KO4A 5CTLA 4LC2A 5CQTA 5H1VA 2DATA 4YBMA 5HQ6A 4QEUA 5E9MA 5AMFA 4MENA 4C66A 4NYWA 4HXSA 5A5NA 4QYLA 4BJXA 3SVHA 5EWVA 2YQDA 4RVRA 5KTUA 5CU8A 5C89A 4LRGA 5EQ1A 4BW2A 5LKTA 5EWDA 4IR3A 5D3SA 4J0RA 4CLBA 4QUTA 4O7FA 5EI4A 5JWMA 5FE8A 5FH8A 4AKIA 4NR9A 5DYXA 5JI8A 5I89A 5ENEA 4QUUA 5ETDA 5HRWA 4UIWA 3P5OA 4PKLA 5G4SA 5LJ2A 4UYFA 3ERRA 4ZC9A 5FDZA 5DW1A 5HENA 5II2A 5C7NA 3HMHA 4QBMA 2RNYA 3Q2EA 3U5JA 3UVDA 4TU4A 4HXNA 4NR8A 5HELA 4QC1A 5A5OA 4CUTA 5F36A 5ACYA 4FLPA 5I83A 5E7DA 3G0JA 5FFWA 5G4RA 5IGLA 4KV1A 5FE2A 4PS5A 2OUOA 3JVLA 5DFCA 5FE4A 4LDFA 5CS8A 4N3WA 4QR5A 4CUQA 3VKGA 5E0RA 5FFYA 5J0DA 2YW5A 4QSUA 4TT2A 5A5QA 5TCMA 5L96A 3U5NA 5IIDA 2RNWA 5DKHA 5D24A 5D3NA 4OUFA 5F60A 4Z6HA 3U5MA 4UIZA 5F1LA 5I29A 5F1HA 4AI6A 3D1BA 4Q0NA 4PCEA 5EA1A 3P1DA 4O75A 3JVJA 5HJCA 4A9FA 4O78A 4CL9A 5EVAA 2N9GA 4LYIA 5AD2A 3U5OA 5FE0A 2EJNA 4YBTA 4NR7A 3UVXA 4Z1QA 3D1DA 5I88A 4TYLA 5AMEA 4QR4A
chains in the Genus database with same CATH topology
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